4M3UA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dt/dg at position n-3 of primer/template duplex
Total Genus 329
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
329
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 329
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m3uA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m3uA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m3uA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m3uA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m3uA03
5CYQA 1QHTA 5HLFA 4Z0UA 3OS0A 4JRPA 2D0AA 2IDOA 4CGGA 4CJPA 2Z1IA 4RW7A 3ASMA 3VQDA 4CEDA 1XHZA 4CK1A 4CJQA 1CLQA 3CFOA 1JLEA 3LDSA 4M42A 1IKYA 1BI4A 3TARA 4KAZA 2XHBA 4E0DA 4OGEA 4Z4GA 1UWBA 4NYNA 1VSEA 2EX3A 4IBNA 4RW8A 1C0MA 4M3YA 4ZHRA 3AVJA 4DF4A 5HROA 3THVA 1QE1A 1ZBIA 2RPIA 3AVNA 4E3SA 5J2NA 1TVRA 4HUGA 3OYFA 1Z26A 4BDPA 4HVJA 1Q9XA 4CIFA 3WNEA 2ATQA 2DFEA 4DLGA 3CM6A 4O55A 1C1CA 3MEDA 4Q0BA 3VQBA 2X6NA 1RBRA 2VG6A 1RCHA 4CGHA 3HYFA 5KGXA 3QINA 2RKIA 5T7BA 3RRGA 1NKBA 4N56A 3AO3A 3RMBA 4CJKA 1J54A 3VQAA 4DG1A 4OPKA 3EZ5A 1XI1A 2YNIA 1RBUA 1W0HA 4CEZA 5FRNA 4FLVA 3KD1E 2E6MA 1B9FA 3VQQA 3U6FA 1J53A 3CYMA 4DTJA 4F8RA 4Y1CA 1Q8IA 1KVCA 2VWJA 3DRSA 3DRRA 3QESA 4KTWA 1NK7A 4EZ6A 3U3GA 3V9XA 4I9LA 2O4IA 3KJVA 1WN7A 1YTAA 1BISA 4E7LA 2EHGA 1SL1A 4FJLA 1BIUA 2P51A 2ZQBA 3LZJA 5J2MA 2YV0X 4RW4A 1MU2A 3NF7A 3SUNA 1ASVA 4AHRA 4BDZA 1RT2A 2Z1HA 4F2SA 4MFBA 3OYIA 1BCOA 3S3NA 1NJWA 1IH7A 1GOBA 3JYTA 1U49A 4F2RA 3QEIA 5CYMA 4E19A 3L2QA 4DTRA 4Q5VA 3KLHA 1REVA 3C95A 4FZYA 3NDKA 3ZT2A 1G15A 3OYHA 5FRMA 4KREA 5C42A 1DTQA 3VQ4A 3NH0A 5D3GA 5C24A 3AA3A 4FJXA 1HQUA 3AA5X 4DSJA 4N41A 4Z4CA 1RDBA 3HPHA 4AHSA 4BE1A 3L2WA 4FJKA 4M45A 1W9HA 4CJEA 2PYJA 4ELUA 4FZZA 2KZMA 3KKRA 3K5OA 4KFBA 1RTHA 2HVIA 4J2BA 4FJ8A 3NF9A 4L8RB 1K6YA 1JLGA 1RTIA 4HCBA 3LWLA 4CHQA 1KRPA 1S6QA 5KTQA 4OKKA 4FCYA 3NF6A 3HJFA 3NFAA 3OYBA 3I0SA 4CHYA 3V9WA 3RR7A 1JLAA 1LAVA 4FLYA 1S1VA 3QETA 4HHTA 4FK4A 5HRPA 3HP9A 4W5QA 3OYLA 4DFMA 3VQ8A 4Z4HA 3AVHA 4DS5A 1LWCA 2G8HA 4PWDA 1WNSA 3VQEA 4CEOA 2OZSA 1TKDA 1ASWA 3L3UA 1HYVA 3LZIA 3K5NA 2KW4A 5E41A 4DSFA 1QS4A 4QOZB 4H8KA 4DMNA 3KKSA 3V1OA 2HHXA 4F4KA 3O3FA 1B92A 1JL1A 3VQ5A 2Y1IA 3KTQA 3PV8A 3OYKA 3K59A 2HHSA 3PX4A 1KFSA 1IG9A 3DM2A 3ZSVA 1NK4A 2HW3A 3F9KA 3ZSZA 4ZTJA 1LW0A 3I8DA 2VG7A 1U45A 4NCBA 2VWKA 1D9DA 2OPQA 2OZMA 4B9TA 2HVHA 4BDYA 3ZSQA 2FBTA 2B5JA 1RTJA 3IAYA 1L3TA 3DRPA 3SJJA 4KHNA 2GV9A 1VK0A 1F21A 4FJ5A 4Y1DA 3TAQA 1VSLA 4FLWA 3DLRA 2YHBA 4FM1A 3OJSA 1NJXA 4ZTFA 3DLKA 4DTXA 3MXIA 3SQ1A 3SQ0A 1JLCA 3SZ2A 1WSFA 3OYCA 4CJSA 2HHVA 3PX0A 2I5JA 1L3UA 4M3XA 4OLBA 4LH4A 4O4GA 4CGJA 4CJRA 4BE0A 3M8PA 3VQ7A 4PA1A 3TWHA 4FLXA 1TK8A 3RMCA 3LAKA 4TSXA 1CZBA 4CCHA 1TKXA 3AVGA 3C6TA 4LD0A 1IKXA 1RT6A 4CHOA 4FJJA 4CF8A 1YTUA 3LP2A 3E01A 2P5OA 4F3OA 3RRHA 3V9SA 4CJ3A 3OS1A 4CECA 3TAMA 3DOKA 1RDAA 3K5LA 1VSKA 3AVIA 4I2PA 3CQ8A 3SYZA 2XY5A 3IS9A 2YKMA 1D8YA 1J5OA 4H4OA 5CZ2A 3AVMA 2KZZA 3HPGA 4I9QA 1CZ9A 1VSJA 1YVUA 1SKWA 4DFPA 4CF9A 1NK0A 1J9AA 3KD5E 1I39A 4DU3A 1O1WA 3G10A 1C6VA 2G8FA 4O0IA 3KLEA 2XY6A 4K8XA 4Z4FA 2Q3SA 2QK9A 4FM0A 5I3UA 2BGGA 4AH9A 3IRXA 1U4BA 4PUOA 2P5GA 1TK5A 3G0ZA 4M3UA 1EX4A 3LP0A 3NBPA 4CJUA 4DS4A 3PO4A 4FJ7A 3L2UA 1WAFA 2KQ2A 4EP5A 4XIUA 1WSIA 4B8AB 4YNQA 1XC9A 4DFJA 2W42A 4M3RA 4DTSA 2E6LA 1UA0A 1S1WA 4I2QA 3TAEA 4FLZA 3ULDA 2F8TA 1QQCA 4FLUA 2O4GA 4PY5A 2HB5A 4LSNA 1U48A 1XHXA 4BACA 1UAXA 3QEPA 5FDLA 4CJFA 2XY7A 3AA2A 4IG0A 1JKHA 3LAMA 4DU4A 4CF2A 3HP6A 4LY7A 4IG3A 4AHUA 3LALA 3MAQA 5C25A 2IC3A 2DY4A 3TAGA 3WNFA 3ZT1A 1X9SA 4HUEA 2IOCA 3SPZA 1ZBLA 3MEGA 1QSYA 2YNHA 4CFCA 1C0UA 3OY9A 1HPZA 1JLQA 3KK2A 4DU1A 1SUQA 3DOLA 3DYAA 1KVBA 3NAEA 1S1XA 1S9GA 1FKOA 4B9NA 3HVTA 1SKSA 3NGYA 4E89A 1IKWA 2A1RA 1C1BA 2ITGA 2DTUA 3MECA 3C6UA 1RBSA 4ELTA 2YNFA 3OS2A 3OYJA 3S3MA 5KRTA 4WE1A 4J2DA 4KO0A 3CFPA 3KK1A 4DQIA 3AVFA 3RMAA 4RW6A 3LP3A 2RN2A 2ETJA 4C8OA 1C1AA 1VSDA 4Z4EA 2OYQA 1EXQA 1ZBUA 3QIOA 4W5TA 4C8LA 3SI6A 3UIQA 3DLEA 3SNNA 3ZSOA 5CY4A 3QERA 1BGXT 1RBTA 1HJRA 1JXEA 4FZXC 2ZD1A 3HL8A 3ZT4A 4J2AA 3QLHA 1RILA 3TANA 4OVLA 1S6PA 1C0TA 1NK9A 2G8IA 1SL0A 2F8SA 1S1TA 4C8NA 3QNNA 4W5OA 2RF2A 3SV3A 1UA1A 3SUPA 4AHCA 2B4JA 4CJTA 4J2EA 5HRNA 1B9DA 4CE9A 4MQ3A 4DQPA 4ELVA 1A5WA 2YKNA 4FJNA 1YT3A 3KLIA 2G8UA 4CHZA 4DTPA 2A1SA 1VRTA 3DMJA 4CF0A 4CHPA 3PX6A 1TGOA 1KSPA 3LP1A 4O0JA 5JS2A 1ASUA 1FKPA 2X78A 4GW6A 3B6PA 1VSMA 2KFNA 1U47A 1NJYA 4B9MA 4RW9A 3TI0A 4CFAA 3VQ6A 3OYAA 2BE2A 1KFDA 1TKTA 3QIPA 1TAQA 1DTTA 4KHYA 4ICLA 1TL3A 1EP4A 3ISNC 4YFUA 1CXQA 2B6AA 4E7JA 5EU7A 3AVKA 3EYZA 2FBYA 2Y1JA 4DTNA 1LAWA 1X9WA 4E7KA 1IKVA 3RTVA 1RT7A 5J2QA 3VA0A 1S5JA 2GUIA 1HNVA 3V1QA 4KB0A 4BWMA 1JLFA 1L3VA 1FXXA 1I3AA 1TL1A 1HNIA 3OJUA 3TR8A 4B3OA 3AO5A 2F96A 3QO9A 3ZSYA 3MXJA 3M8RA 4OJRA 3VQPA 5K14A 4M3TA 1KCFA 1TAUA 1IO2A 1GOAA 2D0BA 3HVRA 3LPTA 4NCGA 2PYLA 1JL2A 4FK2A 4B9VA 4DTMA 3VQCA 3U3YA 1UOCA 2OA8A 4CEFA 1CXUA 5J2PA 4CIEA 4N5SA 4GMJB 2HNDA 1A5XA 4C8MA 2Z1GA 3NGZA 2GBZA 1RNHA 2IAJA 3S9HA 4FJMA 1Q9YA 3DI6A 4GVMA 5CZ1A 3L2RA 1NJZA 1NKEA 4DTOA 5J1EA 3O3HA 3HXMA 4KHWA 4CJVA 3H08A 3VN5A 1U04A 4BE2A 4CIGA 1KLNA 1HQEA 1HRHA 3AA4A 4CJLA 4CFBA 4DSIA 4DQSA 4DF8A 2JGUA 3MXMA 3BDPA 1RT4A 3D45A 1Y97A 4N47A 4UQGA 2YHAA 3OYNA 4FJ9A 4I7FA 3AVBA 2XRIA 2X6SA 4PQUA 3OYGA 3KIOA 1BCMA 4DSEA 4JS4A 4KKOA 4QCLA 4KHQA 3TAPA 2P1JA 2G8VA 1FK9A 4ID5A 1HYZA 3A2FA 3PUFA 4OPJA 2HMIA 1SV5A 3ZSXA 2JLEA 1GOCA 1D5AA 4CEQA 1ZBHA 2OPRA 1WAJA 3AVCA 4B8CA 1BQMA 4E1NA 4RG8A 1ZYQA 4LH5A 1KLMA 4FW2A 2AJQA 4O44A 5KRSA 3IG1A 3AVLA 3V1RA 1BIZA 4CFDA 3NHGA 4CEEA 1QSSA 4AHVA 1LV5A 3OYMA 2LSNA 3K58A 1NK8A 4F3TA 3AO1A 1BI4B 2E4LA 3BGRA 1VSFA 1SL2A 1HYSA 4FXDA 3VA3A 4R5PA 3RMDA 2BDPA 2X74A 4LSLA 4KI4A 4W5RA 1T8EA 1NKCA 4FJIA 4JLHA 4KV8A 3ZSRA 2XO7A 4E7IA 3DLBA 3WNHA 3O4QA 3P83D 4KI6A 4KHSA 3AO2A 3C94A 5SZTA 5HBMA 1SKRA 4CK3A 1WLJA 2G8WA 4DWIA 4CF1A 3WNGA 3S3OA 4W5NA 1EETA 3NCIA 2YNGA 3V9UA 1NK5A 3SUQA 4EP4A 3V4IA 1RT1A 3AVAA 4M41A 4FW1A 4EZ9A 3SQ4A 5SWMA 3SPYA 3P1GA 2HHQA 3RWUA 4K8ZA 4HCCA 1L5UA 2HNZA 2IGIA 2WONA 3ZT3A 4B9UA 4OGCA 1RDCA 4O5BA 3NH2A 1RBVA 3FFIA 3QNOA 1NOZA 2OPSA 5HRSA 3T3FA 1HMVA 1RTDA 2KTQA 3T19A 4FLTA 3OYEA 2PY5A 4FJGA 3NE6A 4FVMA 1RDDA 3V81A 4CGFA 3EY1A 3O3GA 4CGIA 1BQNA 2FBXA 1TV6A 3SUOA 1KVAA 3OVNA 4KPYA 2QKBA 4IKFA 4FK0A 1X1PA 1WSEA 3DLHA 3M8SA 2ZE2A 3F73A 1NK6A 4FYDA 1S1UA 2Z1JA 5JS1A 4FJHA 4KHUA 2BANA 3OYDA 1LWEA 4BWJA 1L3SA 3V6DA 4DSLA 4OKJA 1X9MA 4KTZA 1TK0A 3D0PA 3V9ZA 1TKZA 1A5VA 3NGIA 2OPPA 3M8QA 3L2VA 4B9LA 3ZCMA 2KFZA 2WOMA 2FBVA 4KTQA 3O4NA 4AHTA 4E7HA 2HHWA 3AO4A 3CG7A 4N76A 3HK2A 4DSKA 3TABA 2R7YA 4IDKA 4JS5A 4CJWA 4KB1A 1ZBFA 3HPOA 2HNYA 4NCAA 3LWMA 5HP1A 4G1QA 5I42A 1RT3A 3P5JA 4IFYA 1VRUA 3B6OA 2PZSA 2HHUA 5DMRA 3L3VA 4Z4IA 3PY8A 4B08A 3ALYA 3K57A 1JXBA 3ZT0A 1T05A 2D0CA 4JRQA 1XWLA 2FC0A 4DLEA 3KLGA 3DLGA 3VQ9A 5DK5A 4CHNA 3QEWA 3LANA 2QKKA 1LWFA 4DTUA 2QXFA 4NYFA 4M3ZA 4H4MA 4DQQA 1N6QA 3CFRA 3T1AA 3HO1A 2XY8A 4CEAA 4CJ4A 3K5MA 1BHLA 1R0AA 4FM2A 2DFHA 3HM9A 1DLOA 5HRRA 3CM5A 1QTMA 3KLFA 3JSMA 3PO5A 4KRFA 3RR8A 4ID1A 3K2PA 3QEVA 1T7PA 4CERA 4QAGA 4OLAA 1LW2A 2D5RA 1S9EA 1JLBA 1Z25A 5KGWA 3HSTB 5KI6A 4CEBA 4CK2A 3NH1A 3NF8A 4HUFA 4CGDA 1D9FA 3I0RA 5FROA 4C8KA 3SCXA 4AILC 1WSHA 4OKEA 2NUBA 1N5YA 2G8KA 2IS3A 1WSJA 4CJ5A 3KK3A 4DQRA 1ITGA 4DFKA 3AV9A 1NOYA 4E1MA 3ITHA 1VSHA 3MEEA 3HT3A 2HHTA 1EKEA 2VG5A 3L8BA 1WSGA 4M3WA 3LPUA 4HTUA 3SV4A 1RT5A 3SQ2A 4IFVA 1KTQA 3QEXA 1BL3A 1VSIA 3TAFA 1T03A 1QSLA 2DFFA 4CESA 3ZSWA 4B9SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3OJSA 1NBWA 1NJXA 4ZTFA 3SZ2A 1WSFA 4CJSA 2HHVA 2I5JA 1N8RO 1FPOA 1E4FT 3VQ7A 4BE0A 4PA1A 3RMCA 4E1JA 1CZBA 4CZMA 4CCHA 4V19S 2P5OA 3BVOA 3O6WA 3FZKA 2XY5A 3DOKA 1RDAA 1VSKA 1FZ9E 3IS9A 2KZZA 1SKWA 4GY2B 3VETA 1NK0A 3G10A 3KD5E 3FZMA 1C6VA 3AAPA 1I94K 2P9SA 2QWRA 5BREA 1OH7A 2Q3SA 2QK9A 4LF8K 1YHQN 5I3UA 2RCUA 3IRXA 1TK5A 3G0ZA 3NBPA 4DS4A 3PO4A 2KQ2A 3DJCA 4XIUA 4B8AB 4YNQA 3BZCA 4DFJA 4DTSA 4H5TA 5IWAK 4IJNA 2GUPA 3TAEA 4I2QA 2NRHA 4FLUA 2O4GA 4PY5A 2HB5A 3Q7BA 4LSNA 1ZC6A 5AQKA 4BGBA 4FWKA 3VF6A 1JKHA 3LAMA 4IG3A 3LALA 4I6JB 3ZT1A 5BPMA 1X9SA 1HNZK 4GNIA 3SPZA 3MEGA 1QSYA 2HBMA 3VERA 1C0UA 1HPZA 2P9UB 2MMBA 1JLQA 5H37A 4H0PA 3KK2A 4C1NI 4AQYK 4B9NA 1SKSA 3NGYA 4BC4A 3GBTA 2DTUA 4CBXA 2ZM6K 3VTIA 2YNFA 3OYJA 5KRTA 4GVEA 4IZ9A 4KO0A 4DQIA 3RMAA 1YJWN 3VGMA 4C8OA 3ZLJA 2KLAA 1K8AO 4W5TA 4C8LA 3SI6A 5ADXH 3HI0A 5CY4A 2HD0A 3ZX2A 3U9ZA 1BGXT 5F1XA 3CQXA 5JLHA 3QDKA 3U8XA 4DR5K 5C0YA 2UUBK 2A3ZA 2V51B 5AQWA 4LF6K 1VQNN 3HSCA 4J2EA 1B9DA 3DWLA 3VEXA 4MQ3A 3E9OA 4WYBA 5JLFA 4NO7A 4H5WA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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