4MAVA

Crystal structure of signaling protein spb-40 complexed with 5-hydroxymethyl oxalanetriol at 2.80 a resolution
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNYGSQRFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLWPGWRDKRHLTTLVKEMKAEFVREAQAGTEQLLLSAAVTAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSYTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKWKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAIKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
publication title Crystal structure of signaling protein SPB-40 complexed with 5-hydroxymethyl oxalanetriol at 2.80 A resolution
rcsb
total genus 121
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-08-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4mavA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4mavA01
2ZX7A 3O2LA 3AMDA 2X0YA 3WD2A 1XSJA 2WHKA 3NSXA 3GH4A 2JEPA 1JZ3A 3GXDA 1HKJA 4HOZA 4JFVA 4E2OA 3HN3A 4W87A 3ECQA 5C70A 1E72M 3UEQA 4CN1A 4N42A 1VJZA 4HA1A 2DH3A 2PWHA 5EFFA 2FHCA 3WKZA 1G1YA 1JNDA 1BVZA 1MW0A 2XIBA 4NSBA 3AMGA 4AZGA 2CNCA 4TX6A 5A8QA 1WE5A 3M46A 4MJ4A 5CPTA 2WCGA 1OT1A 3KWXA 3VKKA 4C7GA 2DSWA 4E8CA 4MNMA 4PN2A 1G01A 3ARWA 4PMZA 2WMGA 1ZBVA 3K4AA 3AIQA 1FFRA 2Y8VA 4CU7A 4UQBA 3OG2A 1ODUA 2YA0A 2X05A 1V6WA 4BZYA 4WSJA 3U5UA 2XSBA 1EH9A 3NCOA 1J0HA 3L2MA 2DT0A 4P7RA 3K1DA 3U57A 2W5FA 3RO8A 3VIKA 1W9VA 3DYPA 4PMRA 3L4WA 4IPLA 4TTGA 2EXOA 2EPMX 4J3TA 3A47A 3ARRA 3N9KA 2VX4A 4E4PA 4OJYA 1JG9A 2J7EA 1OSEA 1I1WA 2GJXA 5BXPA 3RPMA 1KGXA 2J25A 1HJSA 4TX8A 1VFUA 3KL5A 2IUZA 2ZXDA 2BVYA 4M56A 1KGUA 4Q7NA 3MO4A 2VX6A 1EQCA 1HIZA 2F8QA 2C0HA 3J7HA 1V3MA 1CPUA 2XM2A 3POCA 2DSKA 1BGAA 1UR2A 1C90A 3CMGA 1X6NA 2NT0A 4AIOA 1XV8A 5BXTA 1WPCA 3RCNA 4B15A 1EDTA 5F7UA 3VILA 1WP6A 1GNXA 1QI4A 3VMNA 2DT1A 1GQJA 4CD6A 1QI3A 3OA5A 4Z2HA 2QF8A 3ZR6A 3AS2A 3PZVA 4MB5A 4URIA 4KGJA 5EBAA 2VR4A 1J18A 3OB8A 1LJYA 4CCCA 1L8NA 4B3KA 1GOIA 5FIPA 4DUVA 1M03A 2GJRA 4AZ7A 2WKLA 1HL9A 5I78A 4OUEA 3SCUA 2VCAA 3ARVA 3WNNA 2YIHA 4YHEA 4KH2A 1CXFA 2QPSA 4QCEA 1LQ0A 3QHOA 1JNEA 1W1PA 4NRSA 3IAPA 1CXLA 5AC4A 1DP0A 4HU8A 1PZ2A 1QW8A 3EDJA 3U7BA 2OWCA 1CGVA 3OLGA 4OOZA 4AIUA 1E4NA 4GI9A 5DF0A 4M8UA 2CBJA 2BS9A 1E56A 2W92A 5HPOA 1VAHA 2BY1A 1PPIA 4F8XA 4ATDA 5A3HA 1UA7A 3AZTA 1E4MM 1WNOA 1OWQA 1NM9A 2HVMA 4JKKA 2QHAA 4GQRA 2O9TA 2V5DA 4WKFA 4M24A 4D6CA 1W9DM 4HTYA 3M6DA 3S6TA 3M07A 5E70A 3PZOA 4W5UA 3ARXA 3CUFA 4PEEA 4RL3A 2TAAA 8CGTA 2D24A 2VUYA 3MUZ1 3A4WA 1LL6A 5JIWA 4A3HA 1B0IA 5D9PA 3PZMA 1WZLA 1JZ8A 1H0GA 3AMCA 2GJXB 1OD0A 2YKKA 2A3BA 3WDRA 4UZSA 3WF0A 3TTQA 3KL0A 2OYKA 2VJXA 3BAYA 1RD6A 2J7BA 3AZSA 3MU7A 1JFHA 3O6AA 3AIWA 2Q8XA 4PTXA 1J01A 3CH9A 2NSXA 1ITCA 1WDQA 4WLCA 3W6LA 3VOCA 5BRPA 4YHGA 3WH5A 4MJ2A 3VDHA 5BXSA 3VIHA 3CZGA 4W93A 4P7NA 4GO9A 3EDKA 3WUFA 4PUEA 3U5YA 1V3KA 1XC6A 9CGTA 3QOMA 4MAVA 4AYSA 3RIKA 5E0CA 1JYWA 1ISZA 4NRRA 2G3MA 1UQYA 2WZEA 2X1IA 3ARTA 2OSWA 4JFSA 4ZE4A 1KXVA 1UZ1A 1GQIA 3GNRA 1JI1A 1VEMA 1HJQA 1E4LA 2XHYA 2OYLA 4D1IA 4X0NA 1TCMA 3WIJA 4Z2JA 3POHA 1BPLB 1EIBA 3EYPA 4AD2A 1UKPA 2D0FA 2ZXQA 2XPKA 2VT0A 2FHFA 2PI6A 4CU6A 4Z2IA 1MW3A 1CGXA 4Y7EA 4J3UA 1HL8A 5C8BB 1UR9A 5IFTA 3MS8A 1GJWA 4GPNA 3FNDA 3EMQA 4HA3A 3UR7A 4CVUA 2WVVA 3VTRA 2VZTA 3VIGA 2WCAA 3CUGA 1V02A 3CO4A 3WH7A 2J78A 2D3NA 1WKYA 2VVNA 3K4DA 2OSXA 3WNPA 3BAKA 4H41A 4M80A 1G9HA 3DECA 5A6BA 4GXPA 4HP5A 3MV01 2DT3A 1JYXA 1GOWA 3CUIA 3GYCA 2JIEA 1CDGA 1VFOA 4MNLA 1CGUA 2IXVA 4OZOA 1UWSA 4UQEA 4U3AA 3MSDA 1EDQA 1R7OA 3ZQ9A 2V3FA 1E5NA 4MAZA 5BRQA 1JIBA 1UWTA 4PMUA 2BFGA 1FFQA 5JBFA 1B1YA 3K8LA 3T2QA 1L0PA 3SCSA 4ACYA 2ZX5A 1OGSA 2BVDA 2BY3A 4UQDA 4H04A 1E9LA 4UFJA 1UR1A 5DFAA 1RP8A 1ISWA 4OKDA 1J0IA 4D71A 4OBRA 4DUWA 1KBBA 3AXXA 1UKQA 4UOZA 3WFLA 1E6SM 3N12A 2ZUMA 4H8UA 4ZENA 3WQ8A 3KZSA 1E0VA 4D6EA 4JFWA 1IT0A 2HISA 2DQXA 4BS0A 2WMKA 1CXIA 2XFYA 4GO8A 4KWUA 4DUXA 3WENA 5CPSA 4UOQA 2XWEA 2PBGA 1NWSA 1JFXA 1B3VA 1CNVA 2RGMA 3VDBA 2EEXA 5A8MA 3HU7A 1CYGA 4HZ8A 1Q6EA 1E6RA 4CVWA 1OBAA 4YN5A 3T0BA 4AZIA 2YA1A 4UFHA 1Q4NX 2BNJA 3ZSSA 2YLAA 3AXHA 3OGSA 4W89A 3WEOA 1UKTA 3VGHA 3AS1A 1XH1A 1NP0A 5JIPA 1XRVA 4P8UA 1TVPA 1JGIA 3SCWA 5A8OA 4D6DA 2ZUSA 3OGVA 5LA1A 4UQ9A 5LA0A 1ITXA 4JHOA 3WEMA 1WCGA 2YLLA 2WVVB 1KFWA 1HJVA 5CSYA 1YQ2A 3ZJ7A 4D6GA 4X9YA 2D20A 1HP4A 5M5DA 1KWGA 2GK1A 4XV0A 4MDOA 5A2CA 4BQ2A 2J62A 1VFFA 1JXKA 1G5AA 4TTUA 4QLLA 3ZIZA 3PZUA 4JL2A 2V38A 1UWUA 2BHUA 5AYBA 2ZUTA 4D6IA 2A3EA 4ZE5A 4UR9A 3W24A 2ZUVA 5E0FA 2WBGA 2OSYA 3TA9A 1FA2A 4S3KA 4AISA 1XYZA 1KGWA 1UYQA 4OIFA 3CGTA 1JAKA 3VGBA 3WDPP 5CJ5A 1W9PA 1GORA 3BSGA 3QR3A 4C7DA 1UG6A 1ISYA 4CN4A 1JAEA 1FH8A 4CGTA 3VNZA 4AEEA 1X1NA 1OCQA 1VEOA 2WMIA 3B9AA 1WDSA 3AISA 3SCRA 5IFPA 3D5HA 4LX4A 5D9MA 3WF4A 3WL0A 7CGTA 4W85A 1UD4A 1I1XA 2EPNA 2EJ1A 1JZ6A 1UR8A 5I2UA 2Y8KA 1VF8A 3NSMA 1CXKA 1RH9A 1B2YA 3WBAA 1VBRA 2YJQA 3MUY1 4QCFA 4TVDA 3THDA 4QLJA 4BQ5A 3AXIA 1TE1A 2UY4A 5A6JA 2VRKA 1PBGA 3RMEA 1TZ7A 1J9YA 4W7UA 1EA9C 3BMWA 3VM5A 1W1VA 5I24A 4L4PA 3ZSTA 1AQMA 4GZEA 3OLIA 3QOKA 2VTFA 4HOWA 2VI0A 1C8YA 1VFMA 3ZOAA 5HPCA 1LL4A 1XD0A 1HJWA 3BH4A 2EPOA 3VINA 4AD3A 4UQAA 1VBUA 1ZBCA 3ZR5A 2D1ZA 3N18A 5KZ6A 1C8QA 2VX7A 2VURA 1I75A 2J4GA 3TONA 2QMKA 2CITA 4F9JA 4DWSA 2ZWYA 1E3XA 3L4UA 2X2YA 1EOKA 2C8NA 5IDIA 2G8ZA 4PMNA 4WF7A 3CZ8A 3MUIA 4TXEA 4F9DA 3WNLA 6A3HA 2GDUA 3WD4A 2J8GA 4J3WA 1E15A 2VQUA 2CKSA 4R27A 3SCQA 3VUPA 2GK1B 3AS3A 2AMGA 3WDQA 1CGTA 1MVYA 3EDFA 5ABEA 4HMDA 2WW5A 1XH0A 3AIVA 2FGLA 4JZ5A 3DHUA 2VL4A 3VGFA 4CU8A 2W63A 5A8NA 1TMQA 5DEZA 4JHZA 1KR0A 4XX6A 1SMAA 3VDCA 1C7SA 4LGXA 3K46A 1H49A 4WKAA 4WK9A 3AIBA 4AZ5A 3VPLA 1GVYA 3N11A 2CBUA 3ZM8A 2XVNA 3L2LA 4IISA 3W29A 1FH9A 2CEQA 3BLPX 1E6QM 4J3SA 4LPCA 3CZJA 1BF2A 4AD5A 3SUTA 4QAWA 1EDGA 4H8VA 1C8XA 1JZ7A 1J0YA 2VZVA 2DPEA 3ARPA 1NWRA 4D6JA 2WCSA 3F5KA 3WDHA 3RM9A 3WD1A 4FK9A 1GW1A 2VCBA 5HBFA 2V3GA 3AOFA 1CGYA 1PX4A 4J3VA 3IK2A 1ISVA 4L4OA 3OZOA 3G6LA 3NIYA 2YL9A 1V3LA 4AD1A 3TP4A 1E6ZA 3WELA 3OZPA 3K8KA 3AHXA 2ESCA 1CXHA 4JKLA 1DHKA 1K6AA 1JZ2A 4M1RA 1WDRA 5BYWA 3EBVA 3CLWA 1R86A 4AZ6A 1W32A 5A2BA 3VO0A 4LYRA 1SYTA 2BHYA 3BCFA 1GCYA 2E8YA 2G41A 1EOMA 2D0GA 3OBAA 1CECA 4MB3A 1C91A 1E0XA 1ZB5A 1LG2A 3WY1A 3FAXA 2G4FA 3RDKA 4U2YA 2WM0A 3AICA 3HMCA 1UWQA 5CLWA 3ALFA 5CSUA 1HNYA 2WZIA 2X8RA 1D2KA 3WMBA 4PMXA 3VDAA 4U33A 2PWFA 4U2ZA 3A3HA 4XUYA 4PMVA 4FF5A 1P6WA 2VNCA 2UWFA 1JZ5A 3RJYA 4DWSB 2WVTA 1V03A 1QNSA 3ARSA 1JDAA 1W9XA 5IHRA 4FLSA 3ARQA 5A8PA 4OBSA 5DMYA 1R8LA 5IHSA 3TOPA 1VB9A 3WBEA 5EMYA 1ISXA 1PEZA 3AIUA 3FW6A 4A4AA 2Y4SA 1V0KA 2O9RA 3W27A 2XM1A 2OWWA 1KB3A 5BROA 2GUYA 4W8AA 4FLOA 1WZAA 4RE2A 2VR5A 4K68A 4EE9A 3WF3A 3VIIA 1SMDA 2JE8A 1OIMA 3VD5A 1BLIA 3KE0A 5DT5A 2W66A 2XJ7A 1PJ9A 3GM8A 2QLYA 1QW9A 3VIFA 2ZICA 3N04A 4PTWA 2G3NA 3GXFA 4PCTA 3BAWA 1JD9A 4H8HA 5I6SA 3NSNA 1JYVA 2WLZA 5I23A 4JCMA 3QHNA 4D6HA 4CD7A 5GNXA 1US2A 2D22A 1LF1A 1V6UA 1K9EA 1MYRA 2RGLA 4WIWA 1UWRA 5A1AA 2WPGA 3LPPA 3VD7A 4P7OA 3RJXA 1UD5A 1QVBA 4AWEA 3LPOA 1CENA 1FHLA 2WBKA 3PBGA 5A95A 2YL6A 1BG4A 4KRUA 4UFIA 3UR8A 3B9DA 4UOJA 1GUVA 3CHCA 4U31A 3O9NA 2ZX8A 2AAAA 4Z2GA 1K9FA 1D3CA 2PWDA 3G6MA 4AY1A 2V3EA 4UCFA 2WWCA 2QV4A 3VVGA 1PIFA 1XYFA 4PCSA 1CXEA 1H1NA 2VC9A 5JH8A 1RPKA 4HMCA 2EQDA 1AQ0A 1ZBWA 1EQPA 2WC3A 2W62A 2Z1SA 3MV11 1TG7A 3B8SA 3A6OA 1LL7A 2YBTA 2PBOA 3N1AA 3CIVA 1MW1A 2WMJA 1QHPA 3GZAA 4AZCA 1GOMA 4IUGA 3AMKA 5BWFA 4PBGA 3ZT5A 2CIPA 5A6KA 4GI8A 3WUGA 1CBGA 1B3YA 1CLVA 4UFMA 1HVXA 1V6XA 3W0KA 4CCDA 1DWIM 1FHDA 1GONA 5ABFA 1Q6GA 1DWGM 3SIMA 3CBWA 4W8LA 3VGGA 4MPKA 2OYMA 3VGDA 4Z2KA 2WVSA 3W25A 4PUDA 2XFFA 1KWKA 3BLKA 3PZTA 2YL8A 1U30A 2DDXA 1MQQA 1O6IA 2O9OA 1M04A 4ZEPA 1NP2A 1MXGA 1WDPA 1MQPA 2XIIA 3ARZA 2PWGA 3AROA 2JEQA 4PYSA 2EBNA 2PB1A 3N17A 3WEZA 1MW2A 4D6FA 3UCQA 2ZIDA 4AC1X 3AHVA 4NZCA 4LYQA 3II1A 1UD8A 4MB4A 1JI2A 1J11A 1JDCA 1ECEA 1QOXA 1VJSA 3W37A 3AIRA 4V27A 4HZ7A 1B3XA 3SEPA 4HPHA 1R87A 1DWAM 2VVSA 5CXPA 2YL5A 1BTCA 4EK7A 4S3JA 2IXUA 1BYBA 1UH3A 4D1JA 1BHGA 4HPGA 2DEPA 2WKGA 4YPJA 2EO7A 3SURA 1HT6A 1M7XA 1BAGA 3VMOA 1XCWA 4AZHA 4B9ZA 3VD9A 4JFTA 3FN9A 3RM8A 3T0DA 1V6YA 3WNMA 3FHAA 1E71M 1VIWA 4ACZA 3DC0A 1BVNP 2ZWZA 5FKYA 1TFVA 1K9TA 2W4XA 3PZQA 5D8WA 3QGVA 2XVGA 2O9PA 2BXYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3BGA A;  4MTV A;  2GJP A;  1JL8 A;  4V28 A;  1GHS A;  4CD5 A;  4ZFM A;  1BYA A;  1IZJ A;  2VZS A;  4UNI A;  1XHG A;  1C92 A;  2WSK A;  1HN1 A;  4JIE A;  3U7V A;  2WWD A;  1XH2 A;  4HA4 A;  3OLD A;  2A3C A;  3WDI A;  5A69 A;  1V08 A;  3CHF A;  1B31 A;  1FP9 A;  2YOC A;  4AZB A;  5I3D A;  3CZL A;  2VO5 A;  2X09 A;  1V0L A;  1E55 A;  1UOK A;  2WMF A;  3T09 A;  3BC9 A;  5ABG A;  2YBU A;  4BQ4 A;  1HX0 A;  1GPF A;  4KMQ A;  1UQZ A;  4CN6 A;  4LYP A;  3PZG A;  1GOO A;  1ZJB A;  6CGT A;  4JL1 A;  4P8X A;  4J27 A;  2E8Z A;  3I3B A;  1W3K A;  3AJ7 A;  1EO5 A;  4MNJ A;  2GDV A;  1SR0 A;  3ZT7 A;  3SCO A;  8A3H A;  1W9B M;  2VRQ A;  3ARY A;  2CYG A;  2GFT A;  1E6P A;  2V3D A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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