4MDPA

Crystal structure of a gh1 beta-glucosidase from the fungus humicola insolens in complex with glucose
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
477
structure length
477
Chain Sequence
SMSLPPDFKWGFATAAYQIEGSVNEDGRGPSIWDTFCAIPGKIADGSSGAVACDSYKRTKEDIALLKELGANSYRFSISWSRIIPLGGRNDPINQKGIDHYVKFVDDLIEAGITPFITLFHWDLPDALDKRYGGFLNKEEFAADFENYARIMFKAIPKCKHWITFNEPWCSAILGYNTGYFAPGHTSDRSKSPVGDSAREPWIVGHNILIAHARAVKAYREDFKPTQGGEIGITLNGDATLPWDPEDPADIEACDRKIEFAISWFADPIYFGKYPDSMRKQLGDRLPEFTPEEVALVKGSNDFYGMNHYTANYIKHKTGVPPEDDFLGNLETLFYNKYGDCIGPETQSFWLRPHAQGFRDLLNWLSKRYGYPKIYVTENGTSLKGENDMPLEQVLEDDFRVKYFNDYVRAMAAAVAEDGCNVRGYLAWSLLDNFEWAEGYETRFGVTYVDYANDQKRYPKKSAKSLKPLFDSLIRKE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase
publication title Structural basis for glucose tolerance in GH1 beta-glucosidases.
pubmed doi rcsb
source organism Humicola grisea var. thermoidea
total genus 200
structure length 477
sequence length 477
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4mdpA00
1CYGA 2WW5A 1JDCA 2WSKA 2WXDM 4D1IA 1E4NA 2WMIB 1KGXA 3EBVA 2WMKA 3MKKA 4LYPA 3CO4A 3L4TA 1CECA 3SUSA 3SCNA 1M04A 2VVNA 3VMPA 1WZKA 5BROA 3VGFA 1NWRA 4KRUA 1G01A 2RGLA 3MMUA 1SFSA 1E6XM 1W3JA 1VRXA 1K6AA 4MAVA 2VT0A 4AXNA 1PPIA 3HU7A 1XCWA 4UOJA 4GO9A 4Q7NA 4PBGA 4PUDA 3IANA 2VZTA 2XFYA 4DWSD 1G94A 1EA9C 4ZFMA 5AC4A 7TAAA 5EFFA 1CLXA 1J01A 3WUEA 2E3ZA 2NT0A 1IV8A 2X2YA 5GNYA 3AIVA 2D24A 3CUGA 4UZSA 4E4PA 1UWRA 5D8WA 2E8ZA 3J7HA 1G9HA 1J0IA 4FLRA 1EOMA 2CBIA 2OYMA 1CBGA 4W8AA 1XH1A 1JXKA 1BYBA 1C8YA 1N82A 1RPKA 1W1TA 4LGXA 2RGMA 5BCAA 2DT3A 4W88A 1B30A 1KR0A 1BVZA 4PUEA 1DWIM 1TA3A 1EQCA 5CXPA 1EDTA 4UR9A 1WAWA 4CD6A 2PBGA 2ZXQA 2G3JA 4GI9A 2WVUA 2DIJA 4GXPA 4W7VA 4TTUA 2QPUA 5M03A 2D0GA 2W91A 3CHFA 1AQ0A 1WZMA 2W62A 2GJRA 3RO8A 2XGIA 3AQUA 2OYLA 2J4GA 2WC7A 1ZBCA 4U2ZA 1HN1A 4PRWA 4AC1X 1UA7A 2XYLA 1E6QM 1W2VA 3WFLA 1A47A 1E73M 4GI8A 3AMDA 2CPUA 4MB1A 1KBBA 1UQYA 3EDEA 3MUIA 1UKOA 4J3UA 1GHSA 1BGGA 4YHEA 1H1NA 3N17A 1H11A 1C91A 3WH6A 1UWIA 2AMGA 1Q6DA 5JUVA 3WD3A 2OYKA 1H3GA 2WK2A 4MNJA 1LL4A 4AZ7A 1KR1A 4M80A 2WMGA 3UG4A 4ZE5A 4ML4A 4UFHA 1UG6A 4AEFA 1BFNA 1ISWA 4ATWA 1CPUA 4P8XA 1QNOA 1JYVA 1C90A 4MTVA 5D9MA 2ZX9A 2FH8A 2E0PA 3BAKA 5D9PA 4H7VA 1B90A 1J11A 2PBOA 4AZHA 3E1F1 2WKLA 3RCNA 2D3NA 3PZOA 2DSVA 3CUHA 2GJXA 3BAXA 4A3HA 4B15A 2ZXAA 4CUCA 2VR4A 3POCA 3WDJA 1JZ7A 4MJ2A 2OSYA 2V3DA 4M56A 3GNPA 3VIIA 5KZ6A 5D9OA 3TP4A 2JF6A 2XPKA 3GH7A 4IPNB 4YHGA 3WEZA 1DTUA 2GDVA 1E0WA 2GJPA 1MQPA 5A6MA 1JI1A 2GK1A 1JNEA 2C0HA 2DPEA 4BZYA 1J18A 2ZIDA 3WDQA 5HBFA 1UHVA 4DUXA 1XV8A 3AMCA 2BHUA 3I3DA 2FHCA 4A4AA 2JE8A 1BYAA 2WHJA 5C8BB 3POHA 2WVTA 5ABFA 2Z1KA 3WBEA 4LXFA 2A3HA 2V3EA 5A6LA 2A3CA 1HJUA 2W63A 2PB1A 1GW1A 1V03A 5I24A 4UQEA 2WCGA 4OZOA 4UTFA 1UA3A 4UFIA 4WF7A 1OD0A 1VJZA 2JFEX 1C93A 1UQZA 3WF0A 3WNKA 1PX8A 1OBAA 1NP0A 3AROA 1V0LA 1JF6A 5FCZA 3MSGA 3AIQA 4TX8A 1VFOA 3OB8A 3WF3A 1KQYA 2BY1A 1E3XA 3KE0A 4C7GA 4NF7A 3IJ7A 2VZUA 1E9LA 3WQ4A 2XUCA 1AMYA 3WNPA 2X05A 1CXFA 2PWGA 1CEOA 2F2HA 3WH9A 1J0KA 1FH8A 1ZB5A 2J7BA 7A3HA 1QI4A 4MB3A 3MV11 2XVNA 3CZJA 5GPRA 4PSPA 5E9AA 3SCWA 4QCEA 2VRJA 1E0VA 4F79A 2WNWA 2Z1SA 3VIPA 2D2OA 4CD8A 5ABGA 4IM4A 3KL5A 3KWXA 4TTGA 3T0DA 4NZCA 3EDKA 1GCYA 2BHYA 2WAGA 3O6AA 2PF0A 2VJXA 2A3EA 1LG1A 2QV4A 4LPCA 4IUGA 1J0YA 1CNVA 4QLKA 4WLCA 5I6SA 4TOQA 1NP2A 1EO7A 4D1JA 1E55A 1W3LA 3BAJA 5A95A 1GQIA 2YIHA 5BYWA 2HISA 1A3HA 3VGHA 1IT0A 4X0VA 5DEZA 4PMRA 4BQ3A 3CTTA 5HXMA 4GZIA 4HMDA 1B3WA 3CZGA 5IHSA 5GNXA 1CDGA 8A3HA 2O9RA 2VO5A 2EPMX 4CKQA 1WDRA 4LYRA 2ZX8A 1QHPA 4R5EA 3MU7A 4AD3A 4AD1A 2NSXA 1QI0A 2YDSA 5A3HA 2WCAA 3N9KA 4IPLA 2DIEA 2W67A 4MNKA 3VVGA 5HPCA 3ZIZA 1DP0A 1V02E 1MVYA 4LYQA 1V3LA 1E6ZA 4NRSA 3AHVA 3VNZA 4XZWA 4HU8A 5A2CA 1UD6A 2GDUA 1AQHA 1E15A 1TG7A 1O7AA 1W32A 2BV9A 2WLZA 1Y7VA 3BAIA 2AOSA 3VIJA 3VO0A 2W4XA 3F5JA 1BSIA 4JFUA 3SCQA 3FHQA 4J3XA 2F61A 4OUEA 3GNOA 1KCLA 2FDMA 5EFDA 3VDHA 3G6MA 5A6AA 1HKJA 2ZOXA 2WMHA 3B8SA 4Z2KA 4P8WA 5CJ5A 3DYMA 4FLSA 3BSHA 3ZMRA 1LJYA 1LG2A 1R86A 1WDSA 4JKKA 3PBGA 3QOKA 4X0NA 2CIPA 1W9UA 5IHRA 5DMYA 1PEZA 4BCEA 3VNYA 3W24A 1QBBA 2WLYA 3BAYA 1CGWA 1E43A 1JG9A 3RDKA 2WZEA 2YL9A 2OWCA 3WDIA 3PZUA 2ZXDA 3MV01 1E40A 4WKAA 1U30A 3MSDA 3OGVA 4JL1A 4M24A 2ZWZA 3T0AA 1E71M 4JHZA 4AZCB 2OWXA 1H2JA 4H04A 4B3KA 5CPQA 5FD0A 4AIOA 4CN6A 4FK9A 3BMVA 3ZOAA 3VGEA 2VX4A 1KXQA 3VDAA 4P8UA 4DUVA 4XZBA 1FFQA 4P7RA 3UERA 2WMJA 2D0HA 4H8HA 3AXHA 4P7LA 1H5VA 2CCRA 5CLWA 3AYSA 2VQUA 1CXHA 1BHGA 1K9EA 3DC0A 4AZ5A 3FY1A 4N42A 2DEPA 4E2OA 5CZKA 1YQ2A 3AIUA 3UG5A 4LQ1A 3T2QA 3MMDA 1R7AA 3BMWA 1P6WA 4P7NA 1PX4A 2DH2A 1TFVA 3AFBA 2WBGA 4QCFA 3ZJKA 1HP5A 1MW0A 1TR1A 1UKSA 1TUXA 2WVVB 2X1IA 3RJYA 1KBKA 1QHOA 1E1FA 4KH2A 4PTWA 3ZT5A 2BY2A 4HZ6A 3OZPA 4WKFA 4Y7EA 1EHNA 1CXIA 1B3ZA 4OKDA 4CN1A 1HX0A 3WKZA 3AISA 4H8UA 4AZIA 3GBDA 3CUIA 2ZWYA 5M5DA 3RIKA 4GPNA 2DT0A 1WPCA 4UOZA 1VFMA 2DH3A 2G41A 3DECA 2E4TA 2FGZA 1KFWA 1VIWA 2XM1A 4D6IA 1QNRA 3NDYA 1UR1A 4V2XA 5BWFA 1E56A 1QI2A 4F9DA 2J7DA 1PAMA 3QHMA 1B3XA 1HVQA 1XRVA 1JYNA 4ATLA 3WMSA 5BXPA 1UWQA 2YLAA 1XD1A 3FN9A 3MUZ1 1ZS2A 1R8LA 2JIEA 2VUYA 2W5FA 4B9ZA 3PZNA 4QFUA 2VZVA 4YPJA 1MW1A 3L4XA 3ZSTA 3T08A 2VMFA 1EDQA 3BLKA 1PJ9A 3PHAA 4HU0A 2VCBA 1GOOA 4GQQA 3ARRA 3BC9A 1V6YA 3SUWA 4C7DA 2IXUA 1FA2A 4D6DA 1QOXA 3AXIA 1BTCA 2E9BA 3U5YA 3WF1A 1Q6FA 1QNPA 4BQ4A 3LPPA 3WUGA 4KMQA 3AMLA 2A3BA 4C7FA 1C8XA 2PWFA 3ECQA 5CLTA 1FP9A 3EMCA 1V3HA 3S2CA 2D23A 1H0IA 5LYRA 3K4AA 5BXTA 5A8NA 1R87A 1Z32X 1TE1A 1TA3B 3NJ3A 2JALA 1HJXA 4E8CA 1QW8A 1W1PA 4PTMA 1GHRA 3ARQA 3FAWA 4PCSA 1DWJM 2J8FA 2ZUTA 3VGDA 2JEQA 3S6TA 4TVUA 2J7EA 1VEOA 4RE2A 1QVBA 5JBEA 5FIPA 1E3ZA 1GNXA 2EEXA 3PZVA 3W29A 3TOPA 3BCDA 4LX4A 4NI3A 3MO4A 4Z2JA 5BXSA 2NW0A 4ZEPA 4HOXA 1V3MA 2YLLA 2J79A 3GM8A 3WDRA 4ZXOA 1SMAA 4HA4A 4QDMA 1FH7A 5A6BA 4NSBA 3AIWA 1JD7A 4HA1A 2XJ7A 6CGTA 1SYTA 3ARTA 1YHTA 3BAWA 1EO5A 3TTQA 1QW9A 5CG0A 3OGSA 5BXRA 3CZKA 4RL3A 4U31A 4OBRA 1UR2A 1G1YA 3GXDA 3GBEA 4W85A 5TD4A 3L2LA 5IFTA 4M1RA 1RH9A 2EBNA 5DF0A 2JIWA 4U33A 2OWWA 1J10A 2G3MA 2GSJA 3F5KA 3U7VA 3AS1A 2MANA 4JCLA 1UH3A 2VX5A 3SEPA 3OLGA 1V02A 1E5NA 1HP4A 1DWAM 1R85A 3A6OA 2VZOA 4TVCA 3AHTA 5BRQA 3ZJ6A 3WQ8A 3CUFA 4MPKA 3WMCA 4TX6A 4NRRA 2ZUUA 3VILA 2XG9A 2ESCA 2WANA 4MNMA 3PTQA 3WELA 1DWFM 1KWGA 3A3HA 4M81A 1MQRA 3WEOA 4ZE4A 4BQ5A 3SCRA 5FL0A 2GJXB 3FAXA 2YKKA 3PZ9A 4GZJA 3GYCA 1EGZA 4D6JA 3FHAA 2WB5A 4QLJA 1GVYA 3K4DA 4DWSA 3L4WA 2O9TA 1VAHA 4W7UA 1W9DM 1B31A 2ZUMA 4EANA 2Y8VA 2D22A 2EXOA 2CESA 2GK1B 3ALFA 3CHEA 2CYGA 3PZMA 4FLOA 2PWEA 5DT5A 3T2PA 3ZM8A 2BS9A 1CENA 1LWJA 2WYSA 2W92A 1C7SA 4TVDA 1H09A 1XC6A 2XSAA 1MWOA 1J0HA 3B9AA 3WL0A 4CCCA 3TONA 1W2PA 5ABFB 4HTYA 2WKGA 2DT1A 3DHUA 4XUYA 3WL1A 2UY4A 1TVPA 3RMEA 2J25A 1LF1A 4CU6A 2O92A 5C70A 3OA5A 5M3WA 4FLQA 1UWUA 2EJ1A 3AOFA 5IXEA 3U57A 3WQVA 3DYOA 1UKQA 1UD5A 4UFMA 3UETA 3VIMA 2CBJA 4W86A 3WMBA 5IFPA 3BGAA 1DWGM 4Z2LA 1ZL1A 1DWHM 4EAMA 3AZRA 3AS0A 3BLPX 3SURA 4CCEA 4W84A 1ISZA 1BYCA 2X8RA 1BYDA 1JI2A 1E6PA 2CXGA 3OLEA 4J7RA 2BVTA 3UG3A 3VDCA 2YDRA 3WD0A 2VCAA 1EH9A 1V08A 1MW2A 1JD9A 4GO8A 4V27A 4MAZA 3MUY1 4L4OA 1JYWA 5JIWA 3VKKA 5E0CA 4U3AA 2GVYA 4YN5A 2Y8KA 3SCTA 4UFJA 4W87A 2XVLA 2WC4A 4AISA 3IAPA 1E6RA 3M07A 3THDA 2XWDA 3W26A 1H4PA 1LQ0A 2Y5EA 1UR8A 5CSYA 3AJ7A 4ACZA 1BG9A 2DSZA 2WSPA 2DT2A 2J75A 5GQBA 3T0BA 4W5UA 1GOMA 3CHDA 2Y24A 4PSRA 1KB3A 2V3GA 2ZX5A 3U7BA 1U33A 2BXZA 4GIAA 3CMJA 3VIGA 1JL8A 1X1NA 4ACYA 3WH5A 3RM9A 2IUZA 1V0MA 1XCXA 1M53A 4S3JA 2XFRA 3WQWA 3HN3A 5DO8A 3VOCA 3WDHA 1TZ7A 1WCGA 1XH2A 3UR8A 3FNDA 4UQBA 2V38A 1ZBWA 1ZBVA 5HOSA 4WJXA 2TAAA 2WZHA 4HZ7A 3W0KA 3SIMA 3AHYA 2ZX7A 1UH4A 3VX1A 4TUFA 1UWSA 3LPFA 4PMOA 1XYZA 1OGGA 1HKIA 3KEHA 3GXFA 5F7UA 3IK2A 4AW7A 5GNZA 1C8QA 1JNDA 2GUYA 4PCTA 4KWUA 5D8ZA 2B31A 1CGXA 3QOMA 4N0RA 5C71A 1X6LA 4JHOA 1E4LA 3ARXA 1UR9A 3ALGA 1Q6GA 4PYSA 3WNOA 1OT2A 2PWDA 3WF4A 1UOKA 2OLHA 3PTMA 2QMJA 3MMWA 4CD7A 3CBWA 4M82A 5D9NA 3ZQ9A 2C7FA 2BFGA 1VBRA 2J77A 3W4RA 5D4YA 1SR0A 1E70M 3EMZA 1GVIA 1PX3A 2BNJA 4D6GA 4AEEA 3CPUA 1NWTA 3AZTA 4GI6A 4URIA 4AIEA 3RM4A 5CGTA 2D3LA 1KGWA 4HA3A 4W93A 3TTOA 2BXYA 4JFVA 3RJXA 2O9OA 5E70A 1F4HA 2VI0A 1XYFA 1EOKA 3TTYA 1WZAA 5JIPA 1LWHA 3VU2A 3WH7A 4J3WA 1OWQA 1E5JA 3ZJ8A 4MB5A 5LA2A 1JZ8A 3ZO9A 4M29A 2Q8XA 1HJVA 1V0NA 3OLDA 3W38A 3QHNA 4CU8A 1CGVA 1SMDA 2XTKA 2FHFA 3LMYA 4W7WA 2J62A 2IXVA 2ZE0A 5CPTA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CYG A;  2WW5 A;  1JDC A;  2WSK A;  2WXD M;  4D1I A;  1E4N A;  2WMI B;  1KGX A;  3EBV A;  2WMK A;  3MKK A;  4LYP A;  3CO4 A;  3L4T A;  1CEC A;  3SUS A;  3SCN A;  1M04 A;  2VVN A;  3VMP A;  1WZK A;  5BRO A;  3VGF A;  1NWR A;  4KRU A;  1G01 A;  2RGL A;  3MMU A;  1SFS A;  1E6X M;  1W3J A;  1VRX A;  1K6A A;  4MAV A;  2VT0 A;  4AXN A;  1PPI A;  3HU7 A;  1XCW A;  4UOJ A;  4GO9 A;  4Q7N A;  4PBG A;  4PUD A;  3IAN A;  2VZT A;  2XFY A;  4DWS D;  1G94 A;  1EA9 C;  4ZFM A;  5AC4 A;  7TAA A;  5EFF A;  1CLX A;  1J01 A;  3WUE A;  2E3Z A;  2NT0 A;  1IV8 A;  2X2Y A;  5GNY A;  3AIV A;  2D24 A;  3CUG A;  4UZS A;  4E4P A;  1UWR A;  5D8W A;  2E8Z A;  3J7H A;  1G9H A;  1J0I A;  4FLR A;  1EOM A;  2CBI A;  2OYM A;  1CBG A;  4W8A A;  1XH1 A;  1JXK A;  1BYB A;  1C8Y A;  1N82 A;  1RPK A;  1W1T A;  4LGX A;  2RGM A;  5BCA A;  2DT3 A;  4W88 A;  1B30 A;  1KR0 A;  1BVZ A;  4PUE A;  1DWI M;  1TA3 A;  1EQC A;  5CXP A;  1EDT A;  4UR9 A;  1WAW A;  4CD6 A;  2PBG A;  2ZXQ A;  2G3J A;  4GI9 A;  2WVU A;  2DIJ A;  4GXP A;  4W7V A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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