4ML4A

Crystal structure of the complex of signaling glycoprotein from buffalo (spb-40) with tetrahydropyran at 2.5 a resolution
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNYGSQRFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLWPGWRDKRHLTTLVKEMKAEFVREAQAGTEQLLLSAAVTAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSYTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKWKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAIKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
publication title Crystal structure of the complex of signaling glycoprotein from buffalo (SPB-40) with tetrahydropyran at 2.5 A resolution
rcsb
total genus 122
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-09-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4ml4A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4ml4A01
1UR1A 1W3HA 5A8PA 4W8AA 2ZICA 5E0FA 4OOZA 4MNLA 1OD8A 2WVVB 4BZYA 1M53A 1BVNP 3EMZA 1AVAA 4QLKA 4HOWA 5I3DA 5A8NA 1CDGA 1I75A 3WFLA 1JZ6A 3KZSA 1JZ2A 1OGSA 5AC4A 3WF4A 3SUSA 1ISYA 1UD8A 3SCRA 3T09A 1VIWA 2WC4A 1QHPA 5DT7A 3UETA 3EDEA 2VZUA 3VD9A 3GYCA 3AHYA 2IUZA 2CIPA 4TVDA 3CPUA 1KXQA 5A95A 3M7SA 2VRQA 3ZIZA 1R86A 1WE5A 5D9MA 1OB0A 3WUGA 3WDPP 3WF0A 4PMUA 4AIEA 3AXHA 2WMHA 3THDA 1OSEA 4OOUA 5AYBA 5M3WA 2VOTA 1KFWA 3L2MA 2G3IA 1BYAA 3PZIA 2F8QA 1VENA 2XVKA 3F5LA 4E2OA 4YHEA 1TVPA 1TA3B 3WDIA 3FNDA 5ABFB 5JIWA 5I79A 1NWRA 1Q6DA 1MXDA 3T2PA 1C8QA 2BY1A 3SCQA 2GVYA 1X1NA 1GOWA 4JFVA 5ECUA 4P8XA 1BSIA 4LGXA 4CD6A 3GNOA 1UHVA 3L4WA 3TOPA 4CCDA 4C7FA 3AIBA 1W9XA 4BQ2A 1SMAA 2ZWYA 4GI9A 2CKRA 5IFTA 1WDSA 1JGIA 3CUHA 2E9LA 1V3HA 4HOXA 3NIYA 4DWSC 2XFFA 4B9ZA 3ZMRA 1JZ3A 1J0ZA 3WQ5A 5CXPA 3CZ8A 4EKJA 5FD0A 3M6DA 3WD0A 3TONA 2XSBA 4BQ5A 1AMYA 1QI2A 2NSXA 3PZMA 2IXVA 3VIMA 3NSNA 1J01A 3RPMA 1UKOA 1QBBA 3MUAA 4PRWA 3WNLA 3WSUA 2ZXBA 1JNEA 1K9TA 1MW3A 1E72M 1V0KA 2ZX6A 2WMIA 2WANA 3MUIA 4WK9A 3ZT6A 5A6SA 1HN1A 1VFOA 4GZJA 4JZ5A 3BAYA 4EANA 1C3FA 1IT0A 4RE4A 3MUY1 3RMEA 4JFTA 4FF5A 4MB3A 2QV4A 3FAXA 1ESWA 2BY0A 3JUGA 4CCCA 1HL8A 1EH9A 3F5KA 4W8LA 1B3WA 4JL1A 3ZOAA 4UQBA 1JFXA 3SCPA 3I3EA 3WDQA 1ISXA 3CUJA 4DUVA 2ZIDA 3IANA 1R87A 2XVPA 2WZHA 3VMPA 1XSKA 2EJ1A 5CLTA 4UQ9A 5M5DA 2J7DA 3A4AA 1OT1A 1UZ4A 3AQUA 1MQQA 4HTYA 4PTXA 4JKLA 1H3GA 2PB1A 4CGTA 1XGZA 2G8ZA 1FFRA 1HX0A 4CKQA 3AIVA 1E6QM 1OBAA 4AD0A 2V5DA 3VTRA 1D3CA 1UWIA 1GONA 1WZLA 3M46A 2XVNA 3DYPA 5HDRA 3RO8A 3MSGA 5CPTA 4UTFA 5GNXA 3QHOA 5A6MA 2D24A 2VX6A 5GNZA 4P7OA 1JF5A 4XV0A 4IPLA 1HVQA 4FLOA 4J7RA 5M03A 2RGLA 2FGZA 3U7BA 5C70A 2HVMA 1AQ0A 3MU7A 4AD1A 2BV9A 1FFQA 1CBGA 4CN1A 4F66A 2VZTA 3VDBA 1W9DM 3VMOA 4X0NA 1FH7A 3OA5A 1UR0A 2XWDA 1EQPA 3BLKA 2UY2A 3GDBA 1VEOA 3CZKA 3B9DA 2WMIB 2J47A 3WNPA 1PZ2A 5JBFA 1R85A 1W9BM 2XHYA 3FHAA 4M29A 5A94A 4OBSA 2YKKA 2XTKA 2VT0A 3G6MA 1JI1A 4W93A 4JHOA 1J12A 3SURA 1UWTA 1J18A 4PBGA 2ZX7A 3SCWA 4M24A 1JI2A 1RP8A 1KXVA 1B90A 4DM1A 4N42A 3DHUA 7TAAA 1WNOA 3A4WA 5CQ1A 1KXTA 4R5EA 1WCGA 3F5JA 2ZUNA 3LPFA 5A3HA 3LPOA 1CECA 2J25A 1CGXA 2DEPA 2QLYA 3PZ9A 4D6CA 1PX3A 2E3ZA 3VD4A 1TUXA 3AYSA 3ARSA 3K8KA 1E4MM 1V02E 1GHSA 1HKJA 4PMQA 4PMDA 2Z1KA 3W82A 3SUTA 5I6SA 1MW0A 4B3KA 4MAVA 5D8ZA 3SCNA 5DMYA 2OYMA 2UY3A 3LMYA 1OWQA 3VD7A 3SCSA 3OGVA 4PMXA 4PTVA 3ARXA 2DT1A 3U5YA 3MANA 3CUGA 1IZJA 2X05A 3VDHA 3O9NA 7CGTA 1HF6A 2AOSA 4E8CA 3GXIA 3N04A 2CETA 3WMBA 3EMCA 2VQUA 3WMSA 4IISA 2YL5A 3WH5A 1QBAA 5FOOA 2EPLX 3GM8A 1J11A 4XB3A 2J7CA 3GZAA 3BCFA 4UOQA 1E0WA 4GQRA 2D0HA 4QFUA 1EO7A 5BXTA 2X8RA 4IPNB 1V03A 4KGJA 3ARQA 4M82A 4WKFA 2OSYA 1GOKA 2JE8A 4RE3A 2E8ZA 4A4AA 4BQ3A 4JHZA 1W3JA 4KH2A 4L4PA 3T0AA 1F4HA 2DIEA 3OLIA 4JAWA 4HU0A 2UWFA 2VNCA 3ZSSA 2NW0A 4WSKA 1RP9A 3WDJA 3W4RA 2EBNA 3HN3A 4A3YA 4AMCA 2ZXAA 2ZX8A 2OLHA 4K68A 3AZRA 3ARUA 2XIBA 2E9BA 1JDAA 1UWUA 1VBUA 4HP5A 3VIIA 4CN4A 2VUYA 4DWSA 2CBUA 3RIKA 2QHAA 1SR0A 1V6XA 4TTGA 4WJXA 4EK7A 1WZAA 5A6KA 1H0GA 1W9UA 5E6ZA 1HIZA 4AZ5A 3AMCA 4PTMA 2GUYA 3K1DA 1E6XM 1W3KA 3VD5A 3ZJ7A 3CHCA 2GJRA 4D6HA 1EQCA 1G94A 2D20A 4R27A 1HP5A 3MMUA 3BXWA 3QOKA 3ARWA 2FHCA 3VOCA 3NDYA 3FN9A 4Z2IA 1W2VA 1IV8A 3L4YA 2D3LA 4DWSD 3MV11 4U33A 1FHLA 5F7UA 1KB3A 5BROA 4HPGA 2D3NA 4Q7NA 1E71M 5LA1A 4TVUA 1EDGA 3N1AA 2YDRA 4CUCA 1H5VA 2WNWA 1UYQA 3POCA 1V3KA 1JDCA 1QNQA 2WBKA 4PEEA 1UWQA 4TUFA 3SCOA 4J3XA 1CXHA 1WDQA 1MVYA 2O9OA 1V6VA 1DEDA 1KGXA 2CCRA 3UR7A 4WLCA 3W6LA 1JZ7A 4MNKA 1DHKA 1ECEA 3SUVA 3OLDA 3VNYA 1JD7A 1S46A 1HKKA 2W66A 3VM5A 3ARZA 1SFSA 1XD1A 3ARVA 3T2QA 3AICA 3BSHA 3WNOA 4Z2KA 4U3CA 1Q6CA 2WHJA 2J78A 1OT2A 4B9YA 5ABEA 1BGAA 4L4OA 2A3CA 1WDPA 1KGUA 3AIQA 3QGVA 4P7RA 3WNMA 2YLLA 3WN6A 5BRQA 9CGTA 4HMCA 2CBJA 1XH1A 1V6YA 3EDDA 3W0KA 1UH4A 3WD1A 1MFUA 1C8XA 3A6OA 3W6MA 1GQIA 3CH9A 4DWSB 2BS9A 3DC0A 1CGTA 2PWEA 1D2KA 3WF2A 5JH8A 3PHAA 4LX4A 3WIJA 1XC6A 3K4AA 3U5UA 3BMVA 1E55A 2UY5A 3VO0A 3WUFA 3WDRA 3O6AA 2PBOA 4FLSA 2DIJA 2J74A 4P7LA 4NZCA 2O9PA 2VCAA 1NARA 5IDIA 4UQCA 2XIIA 1NH6A 1NQ6A 4GO8A 1E73M 4JKKA 4PMZA 1EHAA 1TFVA 3W24A 3W27A 1OGBA 3CHEA 1NP2A 1UKQA 1D7FA 4IUGA 4AY1A 1PIFA 4Z2JA 1E6SM 2VZSA 3RILA 3AZSA 2WCGA 3CHDA 3W81A 4RL3A 3DYOA 3EBVA 3B9EA 1CTNA 1HJSA 1R7AA 3WNNA 3WNKA 1EA9C 2GFTA 1PPIA 3UERA 4AWEA 4D6FA 1QI0A 3AHVA 2W63A 4CVWA 4H8UA 1VFMA 3SUUA 1QNSA 4HA4A 1VEMA 4MNJA 4PSPA 2C0HA 1B3XA 1DWGM 3VNZA 3EMQA 3PZUA 4AZIA 4MAZA 1B3VA 1RD6A 1SYTA 1US3A 2WYSA 2VVNA 3VIGA 1BGGA 1V3LA 2VR4A 1JYNA 3K8LA 4KMQA 1GOIA 1UH2A 4AEEA 2BXZA 4BF7A 4CD4A 4ATLA 3CTTA 5CPQA 4UZSA 1BVZA 1CPUA 4FMVA 1GNXA 2YDSA 2WKGA 3FAWA 1K6AA 3N18A 1ISZA 1FOBA 1MYRA 1UA3A 4P7NA 1N82A 4HZ7A 2XM1A 2DSZA 1GQLA 3CZLA 4PMRA 1KQZA 2C8NA 3AISA 4V28A 3WDHA 1GOOA 1H49A 2JEQA 1GVYA 3BLPX 1BAGA 5DT5A 3OGRA 2VZVA 4M81A 2XUCA 2OSXA 3W37A 1JAEA 2JEPA 4AD3A 1UWSA 1HJXA 6TAAA 3O2LA 1XD0A 2WM0A 5FL1A 2VC9A 1ZS2A 1CGVA 3GTNA 5EFFA 4UFIA 3AOFA 2BY3A 3K4DA 3AMGA 1JL8A 2ZUVA 1G0CA 1HT6A 1C92A 3GBDA 1CEOA 1XSIA 1YQ2A 5IXEA 4J3TA 4MJ4A 1KBBA 1C90A 2E9MA 1UR8A 3ZSTA 5A6AA 1G1YA 2EPNA 3MUZ1 3WD2A 2RGMA 2YBTA 4LXFA 2J7EA 3CUFA 1KQYA 4GI8A 4AYSA 3EYPA 3VGFA 2XVLA 4OZOA 2ZWZA 3WELA 3WQ8A 3NUKA 5BCAA 3GNPA 1QI4A 2Y8KA 2CXGA 3VINA 2CBVA 1JZ8A 3IAPA 3AMLA 2VURA 2EPOA 5DO8A 1KR1A 1Q4NX 2X09A 4JFUA 5HPOA 4XUYA 2QMJA 4UOZA 2W62A 3VIHA 4AW7A 2GDUA 1H0IA 2G41A 2E40A 5A6LA 1TMQA 2ZUMA 1NOFA 3BAXA 2V3FA 3W25A 2D2OA 2XVGA 3WFZA 1CZ1A 4F9DA 2VVSA 1G5AA 3BH4A 2W5FA 3VMNA 3MMDA 5A6JA 3TTOA 1EXPA 4LYRA 5CG0A 4EAMA 1EDQA 1ZL1A 1XCXA 1CENA 4TTUA 2WHMA 1H11A 2YL8A 1DTUA 2WPGA 1LL6A 4ZFMA 3BAKA 4UCFA 5LYRA 2ZE0A 3WUBA 3ARTA 4D6IA 2E0PA 4AD2A 4GXPA 4UQAA 4DUXA 2VCBA 1LWJA 5EB8A 2Y5EA 4ACZA 3KE0A 4HZ6A 4MJ2A 4UZUA 1V0MA 1ODZA 1W3LA 3GNRA 4D6EA 2WKLA 3ALGA 2ZX9A 3KEHA 2F61A 3CZEA 4J3UA 5DFAA 4WIWA 4GPNA 1ITCA 4WKHA 1V08A 5FCZA 2BHUA 1RH9A 2WZEA 4QCFA 3RCNA 3KL3A 4D1IA 1HJQA 1E43A 4M1RA 3SEPA 1GVIA 2D23A 3VPLA 1KBKA 1VRXA 4AC1X 5HOSA 3IAQA 1QNPA 1E5JA 1B2YA 1JG9A 1I1WA 1VFUA 3AIWA 3WEZA 2XJ7A 1NM9A 4XX6A 4PN2A 2VX4A 1CWYA 1XCWA 1E0VA 1KWKA 5A2BA 2WK2A 1GJWA 2DDXA 1WB0A 2CYGA 3UG4A 4EE9A 1UKSA 1WO2A 4PCTA 1BQCA 1QHOA 1HVXA 1QVBA 3WY1A 3HMCA 5JUVA 2BVDA 3OLGA 4BQ4A 1JD9A 3L4XA 1UZ1A 4PUDA 4ZE4A 4W8BA 1GOQA 3WBAA 4J3SA 6A3HA 2BVTA 4MPKA 2DT0A 1MFVA 1E0XA 2Z1SA 4FK9A 4QP0A 2WWCA 4Q22A 1QNOA 1B9ZA 2FHFA 3I3BA 3WD3A 5BRPA 3KL0A 1C93A 2WSKA 2D1ZA 3AIUA 2WMJA 1VAHA 3SCVA 2JIEA 3OB8A 4C7DA 4HU8A 1ZBCA 3VGEA 3MO4A 5EFDA 3PZVA 4J3WA 3ALFA 3ARYA 1H2JA 3E1F1 4FLRA 3DECA 1E4LA 4GZIA 3TTQA 1JXJA 4H8HA 1MWOA 1K9FA 4UQEA 2CBIA 5ABHA 2ZXQA 3TP4A 1XRVA 1P6WA 1YHTA 2TAAA 3RM9A 3UESA 5E6YA 4F9JA 2PC8A 1QW9A 2WVUA 1J0KA 1XSJA 1UA7A 4ACZB 3PZOA 2ZX5A 5FIPA 2PI6A 3ZR5A 4KRUA 4TXEA 3VIOA 2DSUA 3CMJA 4PSRA 5M17A 1JFHA 5LA2A 2YIHA 3EDKA 4HA3A 1WAWA 3AYRA 4X9YA 1Q6EA 1E6NA 1UR9A 3RM4A 1E3XA 1GUVA 4GO9A 3TTYA 3VDCA 1MQPA 1NOUA 2EPMX 1CYGA 1ZU8A 1PIGA 1ZBKA 4CU8A 4W84A 2WCAA 3D3AA 1VJZA 3WL0A 4HPHA 3CZGA 2J77A 1JYVA 3WMCA 1B31A 4OIFA 1V02A 1E1EA 1J0YA 3AMKA 1W2PA 3ARRA 3PZTA 5ABGA 4WSJA 4YN5A 4ATDA 1GQKA 4U31A 4BCEA 3ARPA 1C7SA 1GCYA 2O9TA 3M07A 1PX4A 2YDQA 1V3JA 1W1YA 4JFWA 5GNYA 3SUWA 4W5UA 1H1NA 3EDFA 3DHPA 1NWSA 5LA0A 1BFNA 2VMFA 3VGDA 5BWFA 3AIRA 3THCA 5E0CA 4GKLA 4D6GA 3T0BA 1CLVA 1H41A 1E56A 1ISWA 3N15A 4OKDA 4P8VA 3WQ6A 2ZUUA 3QHNA 1WZMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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