4MPKA

Crystal structure of the complex of buffalo signaling protein spb-40 with n-acetylglucosamine at 2.65 a resolution
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNYGSQRFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLWPGWRDKRHLTTLVKEMKAEFVREAQAGTEQLLLSAAVTAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSYTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKWKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAIKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
publication title Crystal structure of the complex of buffalo signaling protein SPB-40 with N-acetylglucosamine at 2.65 A resolution
rcsb
total genus 120
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-09-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4mpkA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4mpkA01
2XVLA 2ZXAA 3I3DA 4IUGA 7CGTA 3M7SA 2AMGA 1W3JA 1KR0A 1VEOA 5BXRA 3AS1A 4F9JA 4MAVA 3ALGA 3NUKA 3WDJA 1QBBA 3IJ9A 3PZGA 4P7LA 3AZRA 3WFZA 3TTSA 5A6SA 2VQUA 3FNDA 1CXHA 3VM5A 3G6MA 3L4TA 5F7UA 2WHJA 4HZ6A 3HN3A 1HP4A 3VD3A 2BHZA 1CGVA 2BFGA 1QVBA 1WZLA 2E40A 4CU6A 1C92A 2BY0A 1ITXA 4JCMA 3B9EA 3HJEA 2DSVA 4WKAA 1A47A 4D6IA 4UFKA 1ZBVA 2CBJA 3OLIA 2FH8A 3TTOA 4QCEA 5BXTA 4HOXA 4W5ZA 5LA0A 4QLJA 4W7WA 3N15A 3FAWA 1CYGA 2WAGA 3MV11 2BHUA 3WUGA 1QNOA 1TVNA 2W63A 2A3BA 1H1NA 3WL0A 1FP8A 3WQVA 3ARQA 1QNRA 1UR8A 4MB3A 3CUHA 3WL1A 3N11A 4WSJA 4MNLA 1XV8A 3O9NA 3G6LA 3AISA 2OSWA 2PBOA 1IT0A 2ZX7A 1H4PA 3UETA 1XCWA 3AFBA 3N13A 1GOWA 4JHZA 4UFHA 2D3NA 2QLYA 4H8UA 1EO7A 3QHMA 1R87A 3SCTA 3VNZA 4ZXLA 2A3AA 3AIWA 2CIPA 3K8KA 3OB8A 3AMKA 1CZ1A 1E43A 2NT1A 4WSKA 1UR9A 4MPKA 4BCEA 1H3GA 1V3LA 1EOKA 1NWSA 4M81A 1HJVA 5D8ZA 3MSDA 1JZ4A 2ZX9A 3F5JA 2VUYA 3VO0A 3VGGA 3SCRA 4MJ2A 1EO5A 4UZSA 3L4VA 1W3KA 1E5JA 3J7HA 2WPGA 1R7OA 4CN6A 2HVMA 2XJ7A 2X0HA 3EDJA 4RL3A 4AWEA 4HOWA 4FLSA 2VRJA 1C8XA 4CN4A 1EHNA 3F5KA 4P7OA 1XH1A 4AIOA 3A47A 5A8OA 2VR5A 2WXDM 4B3LA 2ZUSA 1C90A 3ZT7A 1XHGA 1BYAA 2JF6A 4J3UA 2CETA 3MV01 3RM4A 2GFTA 3SCSA 2WMFA 5E9AA 3UG5A 2EXOA 2EPOA 3WMCA 3BSGA 5E70A 4GINA 4B16A 4TX6A 5BWFA 1E56A 4MNMA 1QHOA 4GIAA 3ARRA 5E0CA 2J8GA 2J79A 3PZVA 2ESCA 3GXIA 5CG0A 3WEOA 1LL4A 1E3ZA 3GXMA 4FLQA 2D3LA 3ZJ7A 1OT1A 3DECA 2BNJA 2WVVA 1CLVA 4C7FA 1I1XA 4Z2IA 4LYPA 1WCGA 5ABGA 2YBTA 1JYWA 5IFPA 1LG1A 4GPNA 1KBBA 1IV8A 4H2CA 4W8BA 3VM7A 4AZ5A 1Q6GA 1NARA 3BAIA 3W24A 2X05A 2GUYA 4HU0A 1E5NA 1TZ7A 2PWEA 5GNYA 3WNMA 1ISYA 3N04A 3T0BA 4J7RA 2VI0A 4OBSA 4PYSA 1V3KA 3DYMA 1GNXA 3AXIA 3BAXA 2F2HA 3WBAA 1SFSA 2E9BA 3WDHA 1FH7A 3WH5A 1GUVA 1OWQA 1ODUA 1EHAA 3CLWA 4LYRA 3OZOA 1TVPA 5EB8A 3WF0A 1V0NA 4H04A 4D6FA 4GO9A 4QAWA 1ZB5A 3HU7A 1UR0A 1US3A 2J25A 1UA3A 1UKQA 4HZ8A 2XGBA 4D1JA 2FHCA 3IAPA 1WZAA 1UWUA 1VEMA 1XH2A 1JD9A 4JKMA 1BGAA 4YN5A 3VGHA 4Z2GA 1G1YA 3ARVA 4HA3A 3WH7A 1JZ6A 3WIJA 2CBUA 1L8NA 3QGVA 3UR7A 1M01A 3AXHA 1K9EA 3M46A 2JALA 2EPKX 4JHOA 1V0LA 4PUDA 2FDMA 1E6RA 3AYRA 1AVAA 4CCCA 4IISA 3T0DA 2CBVA 2X1IA 4TXEA 1E6QM 5M03A 4DWSC 1O7AA 5I0DA 1JI2A 2JE8A 4LPCA 3K46A 4M80A 1B90A 5I24A 1RD6A 1MVYA 3CHFA 1B9ZA 1CGXA 3LPOA 3CTTA 3CH9A 1ISWA 4AZ6A 5DMYA 4QCFA 2YIHA 2XPKA 3VIKA 5I77A 4MB1A 3W26A 3WF1A 1ZS2A 1TE1A 4CVUA 2YL6A 4CU7A 3BAWA 1S46A 1M53A 1UD6A 3D3AA 4KGJA 4AXNA 4PTXA 6A3HA 2DIEA 4CUCA 5HBFA 5I3DA 1FFQA 1M04A 9CGTA 3U7BA 2XSAA 4M29A 1RP9A 4AEFA 4W87A 1CGTA 2FGZA 1E6XM 4ATWA 3VIIA 3ZSSA 4KRTA 4X0NA 2NW0A 1QI4A 2DT3A 3RO8A 4V2XA 2WNWA 1OSEA 2WK2A 4YHGA 4PSRA 1VENA 3DYOA 3T09A 3WDPP 4GZEA 4XX6A 3FW6A 1W9UA 3CZEA 3W28A 2QMJA 2JIWA 3VDBA 3U57A 1HJWA 1TCMA 2G4FA 2GDVA 1DWFM 2Q8XA 2J7GA 1G01A 4LYQA 5E6ZA 3SUWA 1E55A 2VZUA 1U30A 2Z1KA 3IAQA 1R85A 1EQCA 2CITA 1HXJA 5HXMA 4RE4A 1OIMA 2EQDA 5BROA 3BLPX 2WC4A 2PF0A 4AEEA 3CUFA 1UH3A 1CGWA 4KRUA 5CGTA 1KXHA 2C7FA 4F8XA 4D1IA 4JCLA 3S2CA 4AMCA 1ZBKA 3PHAA 2W5FA 1JZ3A 2G3JA 1J9YA 1HVXA 2UY3A 2OLHA 2JF7A 3KL5A 1J0YA 3VIPA 1W9XA 4PCSA 1B2YA 3BMVA 1WZMA 5I6SA 4HA1A 1C7TA 2OYKA 4PMQA 2EEXA 3W53A 3A6OA 5ECUA 1UR4A 4W93A 4PMUA 2VCAA 1UA7A 1UG6A 3SCQA 4UFLA 1MFUA 2G3IA 3KEHA 5FD0A 1UZ1A 2WMJA 4UCFA 1EGZA 1I1WA 2XHYA 4DM1A 1V03A 2W62A 4H41A 3RILA 3FAXA 4ACZB 3VIOA 1VB9A 1PPIA 3MU7A 2VX4A 4Z2HA 2ZUWA 5A2CA 1VAHA 4HZ7A 4P8VA 1JYNA 2XVPA 4FMVA 2GJPA 3WMSA 5IDIA 3SURA 4D6CA 4M8UA 1NQ6A 2NT0A 2DEPA 4LXFA 4CGTA 2GVYA 2XVKA 1TG7A 2XFFA 3A3HA 2ZUMA 1B3WA 4AD2A 1H5VA 2Y2WA 1ODZA 3K4AA 1HJUA 4AZGA 1AQHA 4FLRA 1KGWA 2WANA 1PZ3A 2V3DA 3CZGA 6TAAA 4QLLA 2C8NA 3VIFA 3N17A 1GQJA 1Q6FA 5M5DA 5M3WA 1JYVA 2WW5A 2BY2A 1C8QA 3SCUA 5BXPA 2J75A 3FHQA 4CN1A 2E8YA 1E1FA 1HKKA 2W91A 5E0FA 2X0YA 1E4NA 2OWCA 1W1YA 4ZEPA 1KCLA 3ALFA 1PIFA 1R8LA 3PZMA 2WB5A 4AIUA 4RE2A 3SEPA 2UY2A 1MW1A 1VJZA 5DO8A 2VZSA 1RP8A 2UWFA 5CPTA 2V5CA 3WH6A 4W85A 4TUFA 1J0HA 4BA0A 1CGUA 3MS8A 2B31A 2WC3A 3AHTA 3MUIA 2DGAA 1K9TA 1VFMA 3PTMA 4D72A 1LLOA 2BXYA 5A8NA 2MANA 1ISXA 4TVUA 3W82A 4W89A 1UD8A 5A69A 2QPSA 3AMDA 2Y5EA 2VL4A 4W7UA 3T2QA 1W3HA 5DEZA 1VJSA 4S3KA 3OA5A 3I3EA 4Z2KA 1XSKA 4D6HA 4LQ1A 4W86A 2GJXA 2JEPA 1J0IA 5D9NA 5A2AA 1KQYA 2EJ1A 1V3JA 2DDXA 1DP0A 3THDA 3ARTA 2EPNA 2ZICA 4LX4A 3SCWA 1C3FA 4AZCB 2EO7A 5BXSA 4MNJA 3K8MA 4AZCA 1UWIA 1UYQA 2OWXA 2XYLA 4PTVA 2A3HA 2VR4A 2YKKA 4P7RA 1BGGA 2V3EA 4IPNB 2FHFA 4URIA 2WYSA 1DWIM 3SCOA 4CKQA 1H09A 3EMCA 4PSPA 5JIPA 1PIGA 2VX7A 4QDMA 2X2YA 2W66A 1J18A 1NWTA 4UQEA 1I75A 4QLKA 4F79A 3N18A 1CLXA 1K6AA 1JD7A 2J7EA 1AMYA 2VZOA 4F66A 3AIUA 5FCZA 4GI8A 3U5UA 1W9PA 4TTUA 5GNXA 1AQ0A 4N42A 3WDIA 1DEDA 5FIPA 2QPUA 4YPJA 3M6DA 1QI5A 5A6AA 3JUGA 4XZWA 5JIWA 1QOXA 3NSNA 2GJRA 4NRSA 4UOQA 1W1TA 1E70M 4MADA 2XFYA 4HMCA 3UR8A 2WMKA 3OIHA 5AC4A 1E1EA 2EPMX 3VGBA 1HX0A 1QW9A 3WEMA 2YLAA 1E73M 1BPLB 3L2MA 1XRVA 3N1AA 4EK7A 4AC1X 4MTVA 3ARXA 3BH4A 4AISA 3THCA 1UD3A 1CGYA 1FP9A 3GH7A 4CD8A 4E8CA 1BVZA 2WM0A 3WEZA 4D71A 3CUIA 3WUBA 1QI3A 1XD1A 2UY4A 2Y4SA 4P8XA 1M7XA 3ARZA 4JZ5A 4ZE4A 1TA3A 1CXEA 2YDQA 4UQAA 4MJ4A 5I23A 3VNYA 5BCAA 1ESWA 5D9OA 1GPFA 1KGUA 1MQQA 5E6YA 4YHEA 3VOCA 3B9AA 1SMAA 3AIBA 1PX3A 2VO5A 5FL0A 5LA2A 3GM8A 4AD0A 5GNZA 5EFDA 5A3HA 1XGZA 3ZOAA 4UFJA 3SUSA 1UWQA 3GYCA 4U5KA 3EDDA 5E09A 2ZX6A 3ZIZA 1ZBWA 3NYDA 2J4GA 4CD7A 3WFLA 2E0PA 7TAAA 5TD4A 5ABEA 3BAYA 2VVNA 3VD7A 1EDTA 1MQRA 3BC9A 5I2UA 1XH0A 2ZXDA 5C71A 4GXPA 5KZ6A 3WH8A 3WF3A 3VGEA 4PEEA 3FXYA 4BQ3A 3WQWA 4ZFMA 3VD4A 3IJ7A 2XVGA 1CDGA 2WVVB 1OIFA 2J7DA 1V02E 4JFSA 4WLCA 2EPLX 2CKSA 3GXDA 3WH9A 1D3CA 1CIUA 1C8YA 3FN9A 4EANA 5ABFB 3LPGA 3PZNA 1DTUA 3MUZ1 1QNQA 5ABFA 1NWRA 3VPLA 4Q7NA 1PEZA 4C7DA 5CSYA 3IANA 3OZPA 1GHSA 2V5DA 2VTFA 2IXVA 1WDSA 3W6LA 1WAWA 3VILA 3GBDA 2YA0A 3DHUA 1FH9A 1QBAA 1WO2A 5CJ5A 4KH2A 4M24A 3APGA 3TP4A 3CZKA 1JFHA 2J62A 1CEOA 2JFEX 2FH6A 2YDSA 4F9DA 1KBKA 1KWGA 2VRQA 3WKZA 3ZSTA 3CZ8A 1E0XA 2VRKA 2DT0A 1HT6A 2VNCA 3W27A 2XGIA 1E6PA 3ARYA 2WZIA 2PC8A 2V38A 2BVDA 3KZSA 2CEQA 2PWFA 4R5EA 2D20A 4JL2A 2XG9A 1GHRA 3TTQA 3ZJ8A 4UFIA 1EH9A 1W2PA 1CNVA 3WSUA 1B31A 3AOFA 4DWSA 2WWDA 1W9DM 4MDPA 2GK1A 2VX5A 3WELA 2C0HA 4E2OA 4B15A 1QNSA 1HF6A 3GNOA 1V6UA 1WE5A 3A4XA 5CZKA 1C7SA 1UZ4A 2BY3A 1NM9A 1J01A 1UD2A 2D24A 5A8PA 1U33A 1CXFA 1CBGA 2WBGA 1KFWA 5EMYA 1WPCA 3VVGA 3ZM8A 1H0IA 1TR1A 4KWUA 5EFFA 1TFVA 3OG2A 1WP6A 4GQRA 1YQ2A 1RPKA 1V0MA 1W1VA 1K9DA 3TONA 3VTRA 5A6BA 1V6VA 2WCSA 2PI6A 4PMZA 4CD5A 4TTGA 5KEZA 2CERA 5JH8A 4W84A 3K4DA 2D2OA 3AXXA 1KCKA 1L0PA 1LL6A 3BGAA 3VINA 1BG4A 3SCPA 2NSXA 3GH5A 4B9YA 1W1PA 4NZCA 4PBGA 4EKJA 2YLLA 1PJ9A 4PMDA 2BHYA 4ZE5A 1JNEA 2BV9A 1VFUA 4PMRA 3ARUA 1JXJA 1JIBA 4D6GA 3W29A 2CBIA 1CXKA 3VD9A 4WKHA 4NI3A 2PWDA 5I79A 2OWWA 4H7VA 3CPUA 3W81A 1W32A 3UESA 3MANA 1OGBA 4PUEA 2DSUA 3WNOA 4AZIA 4BS0A 4L4PA 2D0GA 4P7NA 4X9YA 4XB3A 5LA1A 2XM2A 2GSJA 1W3LA 2Y8KA 2O9PA 4K68A 1VBRA 1OT2A 3CZLA 1MW2A 1UQYA 3WD0A 2WMGA 2WLYA 2WHLA 2ZUTA 2AOSA 3RPMA 3WUEA 2ZWZA 3AMLA 3BMWA 4Q22A 5FL1A 5JUVA 3VDCA 3OBAA 3NCOA 3NSXA 3WQ4A 1QI2A 4HMEA 4IM4A 4UOJA 3UCQA 2O9RA 1K9FA 2GDUA 3OGSA 4AW7A 3OLGA 3VX1A 4PMXA 2WMIA 3WD1A 3AYSA 2JIEA 1CPUA 7A3HA 2BY1A 3AHYA 4PRWA 4AD4A 1UH4A 2WHMA 1JGIA 2E9MA 3VKKA 2DQXA 2WVSA 4U33A 1OM0A 1AQMA 4OOUA 1VEPA 4HU8A 2CKRA 4NF7A 1W9VA 1SR0A 1JZ5A 3KL3A 3PN8A 3L4UA 1ECEA 1GVYA 1Q6CA 1V6YA 3PZUA 4CU8A 4Y7EA 1Q6EA 1ITCA 4PTWA 3NIYA 2ZUNA 3WY1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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