4MPQ | Genus

Total Genus 122

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	122
sequence length	324
structure length	324
Chain Sequence	HHHMLKAEIFSGVIPALMTPCKPDRSPDFDALVRKGQELIGDGMSAVVYCGSMGDWPLLTDAQRMEGVERLVKAGIPVIVGTGAVNTASAVAHAAHAQKVGAKGLMVIPRVLSRGSAIAAQKAYFKAILSAAPDLPAVIYNSPYYGFATRADLFFDLRAEHPNLVGFKEFGGPADMRYAAENITSRDDGVSLMIGVDTAVFHGFVNCGATGAITGIGNVLPKEVIHLCNLSQAAALGDVDARQRAQELEQALAVLSSFDEGPDLVLYFKHMMVLKGDKEYTLHFNETDALSESQRGYVETQFRLFNTWYAEWSKLPGAVQRCKA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Dihydrodipicolinate synthetase
publication title	Crystal structure of1-pyrroline-4-hydroxy-2-carboxylate deaminase from Brucella melitensis ATCC 23457 rcsb
source organism	Brucella melitensis
total genus	122
structure length	324
sequence length	324
ec nomenclature	ec 3.5.4.22: 1-pyrroline-4-hydroxy-2-carboxylate deaminase.
pdb deposition date	2013-09-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4mpqA00

2FPYA 3IV3A 2X1TA 1Q6LA 5D33A 2YGYA 2CLHA 3F4NA 4GNJA 4MPQA 1ALDA 1F73A 1JULA 3NL2A 3GKFA 1GVSA 4DPQA 3PM6A 4AHQA 4N9BA 1BWKA 3MYPA 1G6CA 5F2GA 3S42A 1FWSA 3UPBA 3W7DA 3CB8A 2QDHA 1UUMA 4KKXA 3M41A 4FX8A 4N2YA 3RU6A 1JCMP 1PE1A 3KRSA 5G1YA 4GUGA 3C2FA 3NQEA 5K3VA 3BLIA 2CWNA 2VFDA 3B06A 2WSRA 3GNDA 4X22A 4N02A 1SO6A 5C55A 2A4AA 2A0NA 3O63A 2QAFA 3GXPA 2A7NA 3MP4A 3SW6A 3DI0A 4N9CA 3KRZA 4N6FA 2W0UA 3FOKA 3GDMA 3U6WA 3QQ1A 1CI1A 4JNMA 1ADOA 4EIVA 2RDWA 3ZFHA 3QJAA 4WY0B 2BTMA 4IX0A 1IGSA 1EP1A 2VENA 5HR6A 3FJLA 3NQVA 1MSSA 3MHFA 3W9ZA 4YCOA 3MBFA 3MI6A 3TUUA 1ZNNA 2ZRUA 1DBTA 3NPVA 2ZQ0A 3G0XA 1SU5A 2DZTA 3STGA 3MMTA 4DPPA 3DKJA 2ZDRA 1KM2A 4UTKA 1EP2A 3UZJA 2O7SA 2CU0A 3O16A 4RZ6A 4MFEA 3M9YA 3OVRA 1OFAA 4RCXA 4IMGA 1FWTA 4OU1A 3S5OA 4ZQCA 5HWMA 5DCEA 1Q6OA 4UR8A 5D09A 3WFAA 1XL9A 2QCFA 3RF9A 4JTIA 5CZJA 3WK2A 1OYAA 3E0IA 1XCFA 2ATMA 1W37A 3FEMA 4FNPA 1KW1A 3I7SA 4JXCA 1AL8A 5CPLA 3OEXA 5K2ZA 2ZZ4A 1FBAA 1QPOA 4HIBA 2JGYA 1QPNA 4MLRA 4TO8A 1KFJA 4CCEA 2B7QA 1H50A 1QPRA 1N8FA 1JJKA 5DCBA 1KLZA 1DJNA 1TB3A 3NQ6A 4UFHA 2FJKA 1SO3A 2ZRVA 2GVLA 1W56A 4AB4A 4NU7A 4JTEA 2CLKA 4LY8A 3WJWA 4MLJA 1DQXA 3L5LA 3WK0A 4O16A 1ICPA 1YTEA 1EB3A 4OE7A 4DF2A 1E51A 1L2UA 3LI1A 4HHPA 2ZZ6A 3N3MA 4Y9AA 1EA0A 1DJQA 4O57A 1QDSA 2YR1A 1U5JA 3FS2A 4CCDA 2YFOA 4HSOA 3T55A 3S5ZA 1OF8A 1GEQA 3G18A 1FCVA 5TIMA 3QYQA 2Y89A 1YTKA 3ATZA 4ORMA 4GFSA 3FJ6A 1M7OA 3DBPA 1YDVA 3R5EA 4M7TA 1FCUA 3UWWA 3PUOA 4JYEA 4Q32A 2V0TA 2J88A 1PV8A 3SGZA 1XUUA 2E5BA 3S5YA 1W1ZA 2QUUA 3TC7A 4DEFA 2JGQA 2HSAA 3STCA 3W83A 5HQEA 5D2VA 2C13A 1TPUA 3BVJA 5DXYA 3SIZA 4U4MA 4ZMGA 4KWVA 3O6YX 4CNPA 3EX2A 2ZYFA 3IIZA 4UMBA 2ZRWA 2YYTA 1PCKA 2I9EA 4I9AA 4O1BA 2QCDB 3U2OA 3KVLA 1G69A 4AXKA 4O14A 1DV7A 3W71A 2WNQA 5KTLA 1NVMA 3DGRA 3JR2A 4JTGA 2I14A 1GG1A 2V2DA 3NA8A 1WDWA 4IQLA 4AWTA 3KFTA 4UR7A 3LCHA 3NZ1A 1EWDA 5I3IA 4WQ6A 1I2NA 4S2CA 1FWNA 3B0UX 3NPUA 1KTNA 2E6YA 3G22A 4QSHA 4IGHA 1WBHA 2P0OA 2GJNA 1H1YA 4C1KA 4PL1A 2GVJA 3TH6A 1AK5A 4CNOA 5KINA 2KZHA 2VEMA 3MO7A 1TTIA 1B9BA 1OG0A 1GOXA 4ZQPA 1PIIA 5EBUA 3W7EA 1SFLA 1WOBA 3HG5A 1IXQA 3TQVA 3LI0A 4NXKA 3QM3A 4MOZA 3P60A 3GNNA 3TCEA 3W84A 3DFPA 3LCLA 3B0PA 4AEOA 1FXQA 4XQ6A 1P0KA 2A5HA 3C2VA 5EMUA 4NVTA 1TV7A 1T8XA 4JS3A 1UCWA 2VEPA 2QF7A 3UWQA 1Z41A 4XZ9A 5LNVA 5IBXA 1BTMA 1KA9F 1TMHA 3TJLA 4LT9A 1B4EA 2R91A 5LGXA 4FIQA 1IIHA 1SO5A 1A5SA 1FDZA 1KFBA 4K6AA 3DHDA 1XDMA 3L66A 3IEBA 2FB3A 4FO4A 4XBSA 4XBKA 2PRHA 1XBYA 1K7EA 3LX9A 1FQ0A 1OFQA 3YPIA 4MJMA 3L5MA 2C6QA 2QUTA 3N2XA 1OFEA 3GK0A 1ME7A 2PURA 1ME9A 4UTWC 1V5XA 4O53A 5LSMA 5BW6A 3IGUA 1TQXA 5FI8A 3RK8A 3BK0A 2ZTJA 3G1AA 2ISWA 2LLEA 1VC4A 3UZ5A 5BNKA 4MZ1A 3HPSA 3E9AA 4AWUA 4UTLA 3B0VC 3CU2A 3ABSA 3NZRA 2GVGA 4JTSA 3HB9A 2HS6A 3NYZA 3TW6A 4MFDA 3QW3A 1H63A 2C1HA 1FWWA 3NR0A 1KM6A 3BO9A 1T96A 4L4LA 5AHFA 1WBJA 2DJXA 2WSYA 5E1QA 2VEIA 5CSRA 3C8FA 3KVKA 1LTDA 1TPWA 3W2KA 3M6YA 3LTSA 5C2XA 1F05A 2F7FA 4N9EA 5KZDA 4HKPA 4B5NA 3I68A 1JCLA 1QFEA 2CZDA 4LWWA 4BI7A 3G8RA 4ICNA 5G1TA 3UD6A 1F76A 2WNZA 3NQ2A 4UUIA 1G4SA 3B04A 4ZQMA 1LOQA 1I2QA 3MI2A 2Y7DA 4HNUA 1W3NA 1O60A 3MHGA 4QM1A 3T44A 2HS8A 4XUGA 3M43A 4AHOA 4RK8A 1UUOA 3JS3A 3BG3A 4FHAA 3QPYA 5K7JA 4GUHA 1OK6A 1Q45A 3BGJA 4P61A 4OQVA 4LRSA 2PRLA 5FESA 2VELA 2H3DA 2OJPA 4I7VA 4WZHA 1KLYA 2CLIA 4ZVJA 2Y85A 3LTPA 2P1FA 3CLMA 3M5VA 4LNYA 3LGEA 4IPJA 2V9DA 4JEQA 1JCYA 3TJXA 3W88A 3W7MA 1DL3A 1ZJIA 4UC5A 1GQNA 3VE7A 3WJYA 3I6RA 1OK4A 3DFTA 1G4EA 1RVGA 3FA5A 3N73A 4UTTC 2NLIA 4GUFA 5D2TA 3O15A 2NWRA 8TIMA 1HL2A 3QSRA 1TYGA 3O8AA 3QW4B 4MKNA 1G7UA 1I45A 1SFJA 3L65A 3S6DA 4NNCA 3HPXA 4FIRA 5CZTA 3TC6A 4JX6A 3DAQA 2DZWA 1GTHA 3EWUA 3GR8A 2W79A 4ZL1A 3UWUA 4HNVA 3UWYA 5BMXA 1IIGA 3GZ3A 1JCJA 2TYSA 3M47A 3KVMA 2Z6JA 3TX9A 1LBFA 1LP6A 1XBXA 3TFXA 2QEZA 3T78A 1Z42A 2ATSA 3LBCA 2OT0A 3T40A 4ONVA 3W1PA 5G4EA 1VLIA 1NFBA 1H7WA 5I3KA 3TAKA 4RZ5A 2GQAA 3I65A 1GVOA 3MW7A 3S5NA 1VRDA 3W1LA 1G4PA 3W1QA 3OG3A 1W54A 3CTLA 3QMRA 1ZENA 4KFOA 1VHNA 3M1ZA 1FX6A 4UXDA 5K9CA 4Z1DA 2ZZ2A 4XTDA 3TV8A 4R34A 1J5TA 1I2PA 4DBDA 3NL6A 1F7BA 2Y6ZA 4TR9A 2X1RA 4ZZ9A 5C5YA 1TTJA 2WV8A 4CCCA 4E2DA 6TIMA 4Q4KA 1TPC1 3EX1A 3G1DA 1JVNA 1AW5A 3KAOA 3LCWA 3EX4A 5CPNA 2QJHA 3NOEA 2NXHA 2R94A 5G4WA 2C18A 3QRHA 3W7HA 2CLMA 1VHCA 1W5OA 4UFKA 2A6NA 3W87A 5LKYA 1OX4B 2GPTA 2JKEA 3PF3A 1R47A 4Z1CA 1SZFA 3NQCA 3BPWA 1JCXA 2FIQA 3IIXA 1LRNA 1K8XA 4PL2A 4LVDA 1EX5A 2E5CA 4OT7A 4UTIA 1SW0A 5AOUA 4AWSA 1XUZA 5ABTA 1LRTA 1OYBA 3P81A 1I4NA 1GYLA 1K3UA 4U28A 4PH6A 3F1QA 3EXRA 1I2OA 2QUVA 1TV8A 4H3DA 2V81A 4N6EA 2GQ9A 3M7WA 5G2IA 3UYCA 3W07A 4WY0F 1XFBA 3BG5A 3PULA 4K7VA 4LV9A 1YPFA 2JBMA 3GXNA 1ZAHA 3NL3A 1H7PA 3W22A 5HMSA 1EP3A 3LB0A 1OFBA 3KVJA 4AMAA 3WJSA 1SSDA 3A23A 4WX2A 3WJXA 4K7YA 4JD4A 1KM3A 1YLVA 2VFIA 3IVUA 1LOSA 5EPDA 3IVTA 1HFBA 3TXZA 3H53A 3USBA 1TTPA 4ADTA 4LUJA 4FB7A 3GDLA 3IIVA 2EHHA 2J24A 4LVAA 3W73A 3D0CA 3DFOA 4M6PA 1LCOA 1W5MA 1JUKA 3QMSA 5KSWA 1DOSA 1IXOA 3NQ7A 2TMDA 5C54A 3VNDA 3TK7A 3P67A 3HG2A 1F6PA 1G7VA 2HMCA 3PG9A 4PA8A 3ABRA 1A5CA 2G97A 5CPMA 1M6JA 3EWWA 1LZOA 1W0MA 4HPJA 5FEWA 1OYCA 2B7OA 3C61A 3THAA 1HTIA 3U8GA 3TQKA 3SI9A 3KOFA 4FNTA 4XKYB 3OBKA 3O6CA 3CEUA 1WOAA 4UTMA 5G2WA 3W7QA 1W3TA 3EB2A 4KFNA 1IF2A 4A2RA 4O13A 2C15A 2NV1A 2C16A 5A5WA 5BRBA 3QPZA 2DU2A 3W75A 1NAL1 4NJGA 1W5QA 1HO1A 2BSLA 3IRDA 3F4WA 1MEIA 2W6RA 2ZRYA 4O1DA 3NXFA 3ZWTA 1D3GA 1UASA 1OFDA 2QR6A 1D9EA 3A24A 5HWNA 2WPBA 2JK2A 2RDTA 4FNQA 4FNUA 3KX6A 3L2IA 2V2HA 3GDRA 3NQDA 4NZJA 4DF0A 1H61A 1L6SA 2Y7EA 4G1KA 4BK9A 1ME8A 1TPDA 3R2GA 3UWVA 1BEUA 2Z6IA 2QDGA 4LOCA 4TMBA 1F6KA 1VH7A 3PSWA 2EAWA 3VFLA 3QQ0A 1A50A 2IQTA 1FDYA 4OWGA 3CPRA 4RXFA 3MI3A 3W2JA 4UTJA 3TKFA 4UIOA 3UQNA 2ZZ1A 5FF4A 4IPIA 5F1UA 3N19B 4PODA 3BLEA 5BMWA 4M5PA 2OCZA 2VEKA 1WV2A 2O7QA 5FF3A 1Q6QA 4IMFA 4N4PA 3MUXA 5D30A 3NPWA 1L6YA 1SZEA 3IGSA 1X1ZA 3C4UA 2YCEA 5FEXA 3DFNA 3L9CA 3DENA 1TREA 3BG9A 2E68A 2VFFA 3A21A 2CZ5A 3VI2A 3DH7A 1JQVA 3NL5A 4FX7A 3QF0A 4JN6A 4BFAA 3GDTA 5J5DA 3S9YA 4NXSA 1X8FA 2YFNA 1QR7A 3PG8A 1EWEA 3DU0A 5IM51 2WOQA 4UMAA 3TIMA 4N9DA 3W85A 4Y96A 4FXSA 3RLUA 4S1FA 1TCDA 3SY5A 5F4SA 3GAYA 3PBYA 5G2HA 4OHQA 4E2BA 4WXYA 3NEVA 1J4EA 3LDVA 3HOJA 5HINA 4O8RA 1OFPA 3A5FA 2J9YA 3BW4A 3FYPA 4O10A 5U4NA 4UFIA 4UFLA 4POCA 3HGRA 1H7RA 3C56A 2ISVA 1YXDA 3DHFA 4LC6A 3LRKA 3B8DA 5KMYA 5FF7A 3HQ1A 1H51A 1SUXA 3T7VA 4Z1AA 5CGQA 2QCLA 5IBXC 4P2VA 1WXJA 4JTLA 1YDNA 3LHYA 3B03A 4DF1A 3BW3A 3G0UA 4O11A 4ADUA 4JTFA 1R2TA 4GJ1A 5EYWA 1P4CA 2DZUA 2H90A 5EL1A 2WJZA 2P10A 1F2JA 3GXTA 1U83A 5GVJA 2C3ZA 4JTKA 2V2CA 1UBSA 5HWJA 6ALDA 4IJBA 2J9ZA 5E0KA 2QCCA 2TSYA 4MZ8A 4OGZA 4NUWA 3LCFA 3S1WA 4N4QA 3ATYA 1GVRA 3LBMA 2B7NA 3R12A 1JCNA 1VYPX 2QCGA 1HUVA 3GB6A 3TMLA 1RD5A 3MWAA 1EUNA 2NX3A 3HF3A 1YADA 4JTUA 2NUWA 4E0CA 2Q8ZA 1AW1A 2A6LA 5D32A 4UTHA 1FCQA 5HNRA 1JUBA 3HBLA 4O1AA 3LTYA 3VE9A 1OX5A 3W7KA 5CPOA 1LBLA 1NSJA 3A22A 4AF0A 3P84A 5AC7A 3EWYA 3PVFA 5AHEA 4LVGA 2Y88A 3A9IA 4MVAA 1TPEA 4PTNA 5K9XA 1Z44A 2E1DA 1TRIA 3DKLA 3W7JA 1OF6A 1THFD 2WQPA 1I8JA 2CLEA 5FEPA 3G1XA 2WKJA 4MYAA 3SECA 3L21A 4LW7A 4GWEA 4CLMA 4O52A 4JYDA 3QC3A 2E6FA 4GE8A 5D37A 2NWSA 2AQWA 2YYUA 3G1SA 3L68A 5LNSA 1O95A 1Q3NA 1LBMA 1WAUA 2ZA3A 4DO4A 1IXNA 3M5YA 4Y6GA 1KV8A 1TQJA 1VLWA 1X1OA 1XXXA 1TJPA 2ZA1A 3NQAA 3LHTA 2Z1BA 5AHLA 3W3OA 2DJLA 4BWLC 1UJPA 4FNSA 1VYRA 3P5YA 4WXZA 4GUIA 2EF9A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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