4MQ3A

The 1.1 angstrom structure of catalytic core domain of fiv integrase
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
MGIWQMDCTHFDGKIILVGIHVESGYIWAQIISQETADCTVKAVLQLLSAHNVTELQTDNGPNFKNQKMEGVLNYMGVKHKFGIPGNPQSQALVENVNHTLKVWIQKFLPETTSLDNALSLAVHSLNKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
molecule keywords Integrase
publication title Identification of phe187 as a crucial dimerization determinant facilitates crystallization of a monomeric retroviral integrase core domain.
pubmed doi rcsb
source organism Feline immunodeficiency virus
total genus 43
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-09-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4mq3A00
3LALA 3U3GA 3AV9A 4CE9A 3OYGA 4FJIA 1RCHA 2E6MA 3DRRA 3AVGA 4CJSA 3KJVA 3VN5A 1D9FA 2HNZA 4Z0UA 4W5NA 3AVAA 4NYFA 3I0RA 1W0HA 3KK3A 4CFCA 4BE1A 3NAEA 3V4IA 4CCHA 4B9NA 3VQEA 4PQUA 2O4IA 4F4KA 1EX4A 2HMIA 4O4GA 3ULDA 3TAMA 1KVCA 3AVJA 3QIPA 4DTPA 1L5UA 2VG5A 4ZHRA 2F8SA 4DF8A 3AVCA 3WNHA 4FM0A 4I2PA 4FJ9A 2OPPA 4KREA 4BE0A 4ID5A 4OKEA 4CJ4A 4JRPA 2X6SA 4RG8A 1RT2A 1YTAA 3OS2A 1HNIA 2IC3A 3AA4A 3VQQA 2VWJA 4DQSA 2KZZA 4AHTA 4JRQA 2PY5A 3MEGA 3DYAA 3C6TA 1SL2A 3TARA 3HK2A 2Q3SA 1BI4B 3HT3A 5EU7A 5KTQA 1RDDA 2G8HA 3DLKA 4XIUA 2VWKA 3AVLA 1QE1A 2G8KA 1IO2A 1QHTA 1NKBA 1KFSA 1WSGA 1JLBA 1VSJA 1NK9A 1J5OA 1I3AA 1FXXA 1HYVA 1VSDA 4E1MA 3AO1A 3KLEA 1J54A 2GUIA 1W9HA 1X9SA 3SYZA 2OZSA 3U6FA 3L2WA 4FJKA 3F9KA 4CHQA 4N41A 4Z4EA 1RTDA 2BGGA 4RW6A 1S6QA 4DFKA 1RT5A 4GMJB 1CXQA 5HP1A 3O4NA 4OKJA 4DQRA 1ZBHA 1WNSA 4DTUA 4AHRA 3OJSA 3ZCMA 3KLHA 2WOMA 5SZTA 3QO9A 3RMBA 4AH9A 1Q9YA 1DTQA 2HHSA 1RILA 4CJUA 1LWCA 4W5QA 2RKIA 3NF6A 3V9WA 2FC0A 3OYNA 3O4QA 4KTZA 3NHGA 5KGWA 3AA5X 1C0MA 1RBSA 4CECA 4BDPA 1RT3A 5C42A 3BGRA 4DU3A 3CFRA 1TKZA 4W5TA 1DLOA 4ELTA 2OPRA 3QINA 5JS1A 1TGOA 1VSIA 4E89A 5SWMA 4GVMA 3OYLA 3OJUA 4Q0BA 3SUQA 4FK4A 3OS1A 2WONA 4CEQA 3WNFA 4KAZA 1RBRA 1IH7A 3PX0A 1VK0A 2G8IA 4DWIA 3ZT0A 5C25A 4OGEA 3CM5A 5CZ1A 3MXMA 1HYZA 3VQ4A 1TK8A 3KD1E 4LSLA 3NF9A 1IKWA 4O0JA 4OGCA 2OA8A 4Z4GA 3NFAA 1TVRA 2F96A 3QEVA 1N5YA 3EY1A 1S1TA 4CGHA 3BDPA 1CXUA 1WSHA 2HW3A 4N56A 2DFEA 4NCAA 4CJTA 4CIEA 4DG1A 1SUQA 3AO3A 4DTSA 1UA0A 5FROA 4I7FA 4IDKA 5KI6A 4CHNA 4KHUA 3HPGA 4LY7A 1REVA 1CZBA 2GV9A 4CJFA 3SJJA 4G1QA 1ASVA 3OYFA 4OPJA 4BDYA 5E41A 3HP6A 2LSNA 4CHZA 1C0UA 4C8KA 2HVIA 4QCLA 1QS4A 4CGJA 3P1GA 2B6AA 2E4LA 3OYEA 3SUOA 4FM2A 3M8PA 1NJXA 4FJ7A 3OYDA 3DLBA 2HHUA 2P1JA 2X78A 3T1AA 3VQ7A 1XC9A 2D0AA 3RMDA 3AVBA 2P5OA 1UOCA 3TAGA 3AVFA 3CYMA 3ZSVA 3HO1A 1C0TA 3ALYA 4DQIA 1WSJA 1QSLA 5KRTA 4JS4A 4PA1A 1T7PA 1BISA 2E6LA 3VQCA 3P83D 4C8NA 4CJQA 4CFBA 3SQ4A 2G8FA 2YKMA 3K58A 4DSLA 3NGIA 3ASMA 1D8YA 2IS3A 4DS4A 1U04A 4B9LA 4EP4A 1JLCA 3I0SA 2GBZA 5CYQA 3QEIA 5KGXA 3O3HA 1WAJA 2D0CA 1NK7A 4DLEA 1RTJA 3V1RA 4K8XA 4DU4A 2YV0X 3JSMA 4FJ8A 4B9SA 3KTQA 3OS0A 1SL0A 1NOYA 4FJ5A 1ZBUA 4DS5A 3SUNA 4M41A 4Z4HA 3CFPA 4FXDA 1B92A 4IG0A 2G8VA 3NDKA 2PYLA 2OPQA 4BE2A 4EZ6A 1S1UA 4CJLA 1EXQA 4WE1A 4N47A 4BWJA 3ZSZA 3K57A 4DSKA 1ASUA 2W42A 4AHUA 1Z26A 3ZSXA 3L8BA 4DTMA 4L8RB 1TAUA 4I2QA 2A1SA 3PX6A 3QLHA 2FBTA 4DTNA 4DTOA 4FLXA 1ITGA 3AVIA 3AVNA 3CM6A 3LP1A 4AILC 3CFOA 3NF8A 3ZSRA 2OZMA 5FRMA 2B5JA 2XY5A 1VSHA 4DSJA 4F2RA 4DF4A 2DFFA 2HNDA 4CGGA 3PX4A 2QKKA 1SKRA 2RF2A 4FM1A 3S3MA 3O3GA 2HHXA 5HLFA 3ZSWA 3JYTA 4K8ZA 3B6PA 1BIUA 3LAKA 1JL2A 2ZQBA 1VSEA 1JLGA 1WSIA 3MXJA 1S6PA 1YT3A 2JLEA 4FLTA 5HRNA 1RT7A 3LPTA 4FLUA 3K5MA 4E7LA 4CJPA 2KFNA 2VG6A 3HVTA 5CZ2A 3MEEA 2QKBA 4Y1DA 4KTWA 3KK2A 2Y1JA 1QQCA 2YNFA 3AO4A 3M8RA 4W5RA 1HMVA 1XI1A 1L3VA 3RTVA 3SPYA 4LD0A 3L2RA 3TAFA 3QEPA 4CJKA 2D5RA 4CF8A 2PYJA 3HXMA 1BGXT 4KHYA 3QEXA 3G0ZA 1K6YA 1YVUA 4N76A 4R5PA 1RDBA 4NYNA 1JXEA 3OYCA 1YTUA 1LAVA 4FCYA 3K59A 3PY8A 3VQPA 3RMAA 1VRTA 3QIOA 1NKEA 3PUFA 4DSFA 4O55A 2Z1IA 4YFUA 2XHBA 3MAQA 4CJVA 3DOLA 3DOKA 3F73A 4BACA 3P5JA 4DQQA 3QESA 4OPKA 1NKCA 1NJYA 1TK0A 4DMNA 4HVJA 3KKSA 3AVMA 3QNNA 1QSSA 1EP4A 3KLIA 3NCIA 5I3UA 4CIFA 2HB5A 5J2PA 4M3ZA 1RDCA 1KVBA 4CHYA 3KLFA 4CJWA 3SQ0A 4LH5A 4FZYA 4BWMA 1BL3A 3G10A 3ZT1A 4HUFA 1C1BA 1Q8IA 2RN2A 3AVHA 3IS9A 3TAQA 3VQ8A 4F2SA 4CEAA 3LWLA 5FRNA 5CY4A 1RBVA 3ZSYA 2KW4A 2EHGA 3K5LA 3DRPA 4W5OA 3VQBA 3LZIA 4PY5A 1BCMA 4FJLA 1J53A 2X74A 2BE2A 1KSPA 4FYDA 3C6UA 3SQ1A 1T05A 4O5BA 1EKEA 2Z1JA 4E7KA 1SKWA 3HM9A 2AJQA 4OVLA 3OYAA 1S1VA 1WN7A 1JLAA 3A2FA 3S3OA 2KZMA 3K5OA 4CJEA 1N6QA 4CEZA 4KFBA 1T03A 4IBNA 4E1NA 1TKDA 1A5XA 1U49A 3HP9A 1HQEA 2YNHA 3AO5A 4KHNA 4FVMA 5K14A 2BANA 3QEWA 2KTQA 3T19A 2R7YA 1X9MA 1BCOA 3PO5A 1TL1A 4KHQA 5C24A 1HJRA 3LAMA 4CGFA 5J2QA 4OLBA 2KFZA 3THVA 4B3OA 4E7IA 3OYMA 1XWLA 1WSEA 3AA2A 1HRHA 2FBXA 3KLGA 4FJMA 4CF1A 1KCFA 3EZ5A 1O1WA 4CF2A 3NBPA 1NJZA 1GOCA 2YHAA 4C8MA 1KLMA 5KRSA 4ID1A 3HVRA 1J9AA 3K5NA 4Z4CA 1RDAA 4QAGA 4MFBA 4CF0A 4ELVA 1GOAA 2VG7A 4CJ5A 1BQMA 3RMCA 4DSIA 1C1CA 4UQGA 4FZXC 1WSFA 4C8OA 1U48A 1S9EA 1IKYA 1WAFA 4CEEA 3OYJA 3U3YA 4OLAA 4HUGA 4KB0A 5DMRA 4CIGA 2ZD1A 4CGDA 5HBMA 4Q5VA 3TI0A 1A5WA 1VRUA 3NH1A 4FW1A 4CEDA 3SNNA 3KK1A 3KD5E 1HNVA 3SI6A 3AO2A 1ZBFA 3NH0A 1TAQA 3NF7A 5CYMA 1XHXA 3L2QA 1CLQA 1RTIA 4JS5A 4AHVA 1VSFA 1BI4A 3V9SA 4CESA 3C94A 1RT1A 3ZSOA 3S3NA 4B9TA 3RWUA 4KKOA 1NJWA 2PZSA 4PUOA 3HSTB 2IOCA 4IFVA 1I39A 2IGIA 1BHLA 3ITHA 3TR8A 2Z1GA 1LV5A 4M3YA 4IFYA 1DTTA 3RRGA 3O3FA 1BIZA 4CHPA 2BDPA 3IRXA 4I9QA 3H08A 1NOZA 4H4MA 1Q9XA 4KI6A 3NGYA 4I9LA 4E7HA 5D3GA 3I8DA 4OKKA 1U45A 1JLFA 3TANA 3ZT4A 1D9DA 1HYSA 3D45A 4H8KA 2P5GA 4RW7A 3V1OA 3QNOA 3TAPA 4OJRA 3LP3A 1RTHA 2HNYA 3SV3A 1JLQA 4M3RA 3L2UA 4HTUA 1NK6A 5T7BA 4F3OA 1LWEA 1S1XA 2YNIA 4EZ9A 1LW0A 1NK0A 4E19A 4B9MA 4TSXA 3HPHA 4CK1A 3OY9A 3VA3A 3SCXA 4FK2A 4M3UA 3OYKA 4F3TA 2Y1IA 1LWFA 3SPZA 1EETA 1ASWA 1X1PA 2X6NA 1WLJA 3NE6A 3ZSQA 4YNQA 3VA0A 1X9WA 1Z25A 3DI6A 4AHCA 1C1AA 4KRFA 4DU1A 4CK3A 3RRHA 2XY8A 2YHBA 4FJJA 4NCGA 3LPUA 4CJRA 3DLHA 1KFDA 4HCBA 1MU2A 4BDZA 4FJXA 3LANA 3AA3A 4EP5A 4RW4A 4KO0A 5FDLA 4DTRA 1XHZA 3LZJA 4KB1A 4E0DA 3DRSA 1TV6A 4DFJA 3HYFA 1LAWA 4CHOA 1IG9A 4KPYA 3DMJA 3K2PA 3L3UA 4Z4FA 4N5SA 4PWDA 4FW2A 3HPOA 1NK5A 2HHQA 1HQUA 3C95A 4DSEA 3DM2A 2I5JA 4RW8A 2ZE2A 4E3SA 2ITGA 2QXFA 1KLNA 4FLZA 1LW2A 4B8CA 2O4GA 2XO7A 5J1EA 4HHTA 4DTXA 1KTQA 4HCCA 4FZZA 4KHWA 1TKXA 3DLGA 3OYBA 3M8QA 3KKRA 4H4OA 5JS2A 4CEBA 3PO4A 1NK4A 3LWMA 2IAJA 1L3UA 2DTUA 1U47A 4M3XA 3QETA 4JLHA 3HL8A 3L3VA 3WNGA 1B9DA 2KQ2A 4B08A 4CEOA 4DLGA 3IAYA 4FJGA 3TABA 2HVHA 4C8LA 2ETJA 4Y1CA 4CFDA 1S9GA 1VSKA 4KTQA 1UA1A 1S5JA 3S9HA 1ZBLA 4B8AB 2JGUA 1TK5A 2G8WA 2HHTA 1SKSA 1FKOA 4IG3A 4ELUA 1L3TA 4IKFA 1A5VA 3OVNA 1FK9A 1L3SA 4RW9A 3OYIA 3VQAA 3KIOA 4GW6A 3V6DA 3NGZA 3PV8A 3RR7A 3EYZA 1JXBA 3V9ZA 3B6OA 1C6VA 4FLVA 4CERA 3V81A 4KV8A 1SL1A 2XY7A 3FFIA 4ICLA 3ZT2A 4M45A 2D0BA 1SV5A 4O44A 4FJHA 4Z4IA 5HRPA 3IG1A 3V9UA 1HPZA 4HUEA 4CGIA 4M42A 2XRIA 1VSMA 2NUBA 3RR8A 4ZTJA 1U4BA 2QK9A 5HRRA 3VQ9A 1ZBIA 1GOBA 1Y97A 3E01A 1UAXA 5J2MA 3ISNC 1ZYQA 1RT4A 3NH2A 1JL1A 1IKVA 5I42A 2DFHA 5HRSA 1QTMA 2OYQA 4M3TA 3CG7A 1IKXA 1BQNA 4FLYA 3SV4A 1D5AA 1F21A 1VSLA 4DFPA 3DLEA 4KHSA 3V9XA 1RBTA 2DY4A 3V1QA 4CK2A 4DTJA 2HHVA 3CQ8A 2XY6A 1RBUA 3DLRA 1KVAA 4M3WA 4AHSA 4KI4A 4FK0A 1R0AA 3ZT3A 3VQ6A 3UIQA 3HJFA 3OYHA 1B9FA 1NK8A 2RPIA 2YNGA 1FKPA 1QSYA 4J2DA 2FBYA 3SZ2A 1T8EA 3MECA 1TKTA 4B9VA 4CJ3A 2YKNA 3LP2A 3QERA 2EX3A 1CZ9A 2B4JA 4MQ3A 4B9UA 4J2BA 4LH4A 1JLEA 3VQ5A 2IDOA 2F8TA 3D0PA 4CFAA 4O0IA 3SQ2A 4FLWA 5J2NA 4CF9A 4CEFA 2FBVA 4NCBA 4QOZB 3MXIA 1UWBA 2ATQA 3TWHA 2G8UA 4J2AA 1TL3A 5DK5A 2P51A 4ZTFA 2Z1HA 4LSNA 5HROA 4J2EA 4DFMA 3L2VA 2HHWA 3WNEA 1KRPA 1RNHA 3M8SA 4F8RA 1RT6A 2OPSA 3AVKA 4DQPA 3SUPA 3VQDA 4FJNA 3T3FA 4E7JA 3MEDA 3TAEA 3LDSA 3LP0A 1JKHA 2A1RA 1G15A 1S1WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OYGA 1BUPA 1BO5O 1RCHA 2E6MA 5BRHA 2P9KB 5F0XA 1W0HA 3KK3A 2O4IA 4F4KA 1EX4A 3AVJA 3QIPA 2VG5A 4YOUA 2BTFA 2F8SA 2CH6A 3AVCA 3EN9A 4CZMA 2ASPA 2OPPA 4BE0A 1GLAG 3BZCA 2X6SA 5M1OA 4JRPA 3WUHA 2HHQA 1HNIA 2IC3A 2UYTA 2KZZA 1VQON 4AHTA 4JRQA 3MEGA 1SL2A 3MN9A 3C6HA 4CD1A 3TARA 3CQYA 2G8HA 2G8KA 5I9EB 4GV3A 1IO2A 4DV0K 1JCGA 1J5OA 4B1ZA 3VF2A 4DHYA 1X9SA 4V19S 4LF4K 1TUYA 4H0OA 3L2WA 3ZETB 1DT9A 4QS9A 4Z4EA 1RTDA 4NLBA 4ILHA 4DFKA 1RT5A 2E1ZA 4DQRA 1ZBHA 1EQYA 1VQ7N 1WNSA 2P9PA 3CQXA 4DTUA 1K8KB 3ZCMA 2WOMA 3EKSA 3TSPA 4AH9A 4CJUA 2FC0A 3O4QA 4H5NA 4KTZA 4DU3A 4JKBA 4X64K 1DLOA 4ELTA 2OPRA 3AGRA 1VSIA 4MO5A 4E89A 5SWMA 3WXKA 3OJUA 2E2QA 5M1PA 5BPNA 4CZLA 3L4QA 3WNFA 3LDPA 2ASMA 3D2EB 5CZ1A 3CM5A 4LSLA 4OGCA 2P9NA 3ID6A 2F96A 2P9LB 1WSHA 4NCAA 3DJCA 4DG1A 1UA0A 3HPGA 2V51B 4CJFA 3VEZA 2P9KA 4DV6K 2LSNA 1C0UA 1XNQK 2B6AA 2E4LA 2YHXA 3OYEA 2HHUA 3DLBA 2P1JA 4JK8A 3A5NC 4IJNA 2P5OA 1UOCA 4MO4A 4JS4A 1BISA 2E6LA 3QMLA 4X62K 4C8NA 4CFBA 2G8FA 3UE5A 4DSLA 3ASMA 4DS4A 1U04A 4B3TK 3QEIA 2DPNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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