4N4HA

Crystal structure of the bromo-pwwp of the mouse zinc finger mynd-type containing 11 isoform alpha in complex with histone h3.1k36me3
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
209
structure length
188
Chain Sequence
QEMGTYLRFIVSRMKERAIDLVPTIQEKVNEGKYRSYEEFKADAQLLLHNTVIFYGAASAQADIARMLYKDTCHELDELQLCKNCFYLSNARPDNWFCYPCIPNHELVWAKMKGFGFWPAKVMQKEDNQVDVRFFGHHHQRAWIPSENIQDITVNVHRLHVKRSMGWKKACDELELHQRFLREGRFWK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transcription
molecule keywords Zinc finger MYND domain-containing protein 11
publication title ZMYND11 links histone H3.3K36me3 to transcription elongation and tumour suppression
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 66
structure length 188
sequence length 209
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
A PF00855 PWWP PWWP domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4n4hA01
2.30.30.140 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4n4hA02
4IUUA 1EQFA 4UIXA 5F3AA 3U5KA 3OYNA 5DKCA 3UVWA 2RS9B 5D3TA 5CUCA 2RI2A 4C5HA 2BKDN 5D25A 5KU3A 2G4AA 3O36A 4YABA 5IGKA 3FDRA 5C8GA 2EQMA 3PNWC 3OYFA 2WP2A 4YH4A 5CZGA 5DW1A 3UVYA 4HXSA 3IU5A 3O8VA 4O75A 4HBVA 3U5MA 4BE0A 4IR4A 2D82A 4UYFA 3P1FA 2F6JA 5AD3A 2LVMA 4QW2A 2RI3A 5FB1A 5L97A 4HXOA 3Q1JA 5FRMA 3OMGA 4QSPA 4UIVA 4N4GA 4A4GA 5FG4A 5FE6A 2IG0A 4ZTFA 4TTEA 2JTFA 5ENBA 5FE7A 5CGPA 2FHDA 4XUBA 4XY8A 1WUMA 4BACA 4E7LA 5G4SA 4YYMA 4QVZA 3P1CA 3DLMA 4YY4A 3S6WA 4NR5A 5L8TA 5II1A 3PMIA 5C4QA 2RO0A 5FBXA 5C87A 2EKOA 3MEAA 3DAIA 4MEOA 5LVRA 2GF7A 3ONIA 5FE3A 4ZQLA 5EV9A 5D3RA 2R5AA 3FLGA 5FDZA 5I40A 5IAYA 5CFWA 4NYXA 4QQDA 5L98A 3L42A 4X34A 4A9FA 2X4WA 4Q0NA 5FFYA 3Q2EA 4BDZA 3U5NA 2QQSA 2RI5A 5CS8A 3OYJA 4MEQA 1WJSA 5DYCA 3U5JA 4IUTA 3HMFA 2MJVB 3O34A 4PCEA 3F70A 5FG5A 2G3RA 4NR6A 3OYGA 3OYLA 5FH8A 3OYAA 5HCLA 2RO1A 5AMFA 5LUUA 5E73A 5CUDA 4NR7A 1N27A 3LQJA 2DVQA 4RVRA 3MEVA 4AKNA 1SSFA 2RJCA 2KTBB 4UYFB 3M9QA 3H8ZA 1JM4B 5CUEA 4PLIA 4IUPA 3MP6A 2M0OA 5IN1A 1RI0A 3OS0A 4A9NA 4GPJA 4LC2A 4Z93A 4N4FA 3LX7A 5E9YA 5JI8A 3P1EA 3L2QA 3L2UA 5HFQA 5A82A 5CQ6A 5FE1A 5A5PA 5DW2A 5D3PA 2LDMA 4II1A 2D9EA 4O78A 3ME9A 1E6IA 4EDUA 2HQXA 5C85A 5ETDA 4BD3A 3OYMA 4TT6A 5CQTA 2I8NA 2DAQA 5D6WA 5BT5A 5HENA 4YATA 1XNIA 3OYHA 4CFKA 5H85A 4BE2A 3JVLA 5FFVA 3ZEHA 5D26A 4Y03A 3Q2FA 5IIDA 5I89A 5FH6A 3UV2A 2R58A 2BIVA 4IURA 4Q5WA 3SVFA 4NXJA 4LYIA 4IUVA 5C0MA 3NTKA 5F5ZA 4IR5A 4A4FA 5H1UA 5LKXA 4QSWA 2OUOA 1MHNA 5AD2A 4TS8A 1F68A 5I7XA 5F61A 4ZW1A 4UIYA 5EPBA 4PLLA 4TU4A 5COIA 5DY7A 4O74A 4LR6A 5J0DA 4DONA 1OI1A 3QIIA 5JWMA 4E96A 3L2VA 4CURA 2X4XA 3OYCA 4QSTA 5L99A 5D6YA 3LJWA 3UV4A 4F3IA 5L8UA 2QQRA 4C67A 3AADA 3O35A 5F63A 3JVJA 5I7YA 5I80A 2GFAA 1N72A 5E0RA 4QQ6A 4QR4A 2D9TA 4BW1A 3LQIA 5D3JA 4TZ2A 5EK9A 3U5OA 5E9LA 5ENHA 4NUCA 5DX4A 5ACYA 4PS5A 3DWYA 5KTUA 2R10A 4CFLA 3S3MA 5J26A 5EQ1A 4O76A 3G0LA 3HMEA 3DB4A 4NR9A 5E3GA 4OUFA 5FE2A 4O77A 2OO1A 3O37A 2K3XA 4A9IA 3G0JA 4QB3A 2DATA 4QSXA 5D0CA 2DKWA 4B9XA 2X4YA 2GRCA 4NR4A 4QR5A 4RG2A 1WGSA 3LYIA 5D7XA 4C5IA 4QR3A 4ZTJA 2YELA 5CQ7A 5II2A 4PTBA 4A9OA 4CUSA 2CKKA 5DBMA 4YY6A 2E5QA 4LDFA 2M16A 3OY9A 4QSQA 5CPEA 5H1TA 4HXNA 4QSVA 5HELA 4N3WA 5HFRA 5D3NA 5D24A 2RNXA 5D6XA 4IOOA 4NUEA 4BW3A 5I88A 5G4RA 2EQJA 1ZS5A 3QZTA 2RI7A 4NRCA 4QEVA 3LXJA 2R5MA 2NLUA 4B9WA 4BE1A 5F62A 5KE2A 5KH6A 4NQNA 3QJ6A 4PCIA 5EWDA 5FE5A 3FKMX 4BJXA 3CEYA 1OZ3A 3AQAA 5CTLA 2YW5A 4UIZA 3P1DA 4FLPA 5CRZA 4YADA 4X2IA 5KCOA 4TU6A 4YBTA 2RHXA 4YYDA 4O70A 5EISA 4QYLA 3FEOA 2K3YA 5A5QA 2LRQA 5LKZA 3MO8A 5M9OA 5EWHA 3MB3A 1WJQA 3GOXA 5A81A 3NTHA 2YRVA 2DVSA 3UWNA 4NS5A 2BUDA 3RCWA 4Q0OA 3S91A 2F6NA 1OZ2A 4QY4A 5A5NA 5BT3A 5E9VA 4E7HA 1WJRA 4QZSA 2RJEA 3UVDA 3QKJA 3DB3A 5CQ3A 5FFWA 4CUQA 3OQ5A 3PMTA 4PY6A 3OS1A 4NRAA 4Z02A 4QNSA 5EPRA 4ALHA 3MEUA 5TB6A 3MULA 5F25A 5CY9A 5C6SA 3OYKA 5E7DA 2YEMA 5D3SA 5E74A 2MWPA 5C89A 5ENFA 5FE8A 5A83A 3L2RA 3GG3A 4NYVA 3LLRA 2RHUA 4LRGA 5F1HA 4IKFA 4KCXA 5BT4A 2YEKA 4TT4A 2H60A 3KUFA 4QUTA 4YK0A 5TCMA 4WHWA 3SVHA 4YBMA 4A9MA 4BHWA 3FC3A 4QC1A 5EPSA 2JZ2A 4A9EA 5ENJA 4NYWA 5HQ5A 3NTIA 4J3IA 5LJ1A 2N9GA 3OB9A 4OGIA 4LZSA 3D7CA 2RFJA 5ENIA 5CUBA 2L3RA 5F1LA 3S92A 3MUKA 5IGMA 4OVAA 5E3DA 3MEWA 4TZ8A 4C5EA 4E7JA 4MR3A 4MR5A 4LZRA 5DFBA 4O7CA 4QSRA 3BDLA 4YC9A 3ZYUA 4A9LA 5FG6A 5KO4A 3OYIA 2X35A 3OA6A 4HXPA 5CQ5A 4LYSA 2B8AA 2L85A 3SD4A 2L84A 5DFCA 5LVQA 4FL6A 2YYNA 3L2WA 4J0SA 4OGJA 5E9KA 2VYTA 4A4HA 5EWVA 5FE0A 4LYWA 2LTOA 4CUUA 3K2JA 4HXMA 4C5GA 5HJCA 4MENA 1X0JA 5IGLA 2WACA 3MB4A 4KV4A 4N4HA 4O7BA 4C66A 4QC3A 4Z1SA 2L5EA 3E9GA 1JSPB 5HEMA 5IG6A 4HXRA 4NQMA 5CRMA 5EICA 3ASKA 4O7EA 5DYXA 5EVAA 5CQAA 5DKHA 5D3LA 5AMEA 4UYEA 5A5RA 3UT1A 5I86A 4A4EA 4A9JA 4QUUA 4CUTA 5A85A 2RHIA 3C4SA 5IGNA 2R0YA 5EM3A 4GY5A 5KTWA 2DIGA 5FH7A 5ENCA 2DIQA 3MP8A 5FRNA 5CUGA 4HBYA 4CRIA 5I29A 4QEUA 4UITA 4HXLA 4MEPA 3LQHA 4UC4A 4A9HA 3QZSA 2OSSA 3MQMA 5CQ4A 1G5VA 5ENEA 5EA1A 2E7NA 5EWCA 5L96A 2O4XB 3OYEA 4LD6A 4YAXA 4TQNA 5LKTA 4YYHA 3U5LA 3P8DA 4NR8A 5FE4A 4PL6A 4Z1QA 2EFIA 5DYUA 4YYIA 3E9FA 4HXKA 4UIWA 1WUGA 2NXBA 4IR6A 5EU1A 2L8DA 5A5SA 2E3KA 4CLBA 4QSSA 2FSAA 4N4IA 2DWWA 5F2PA 2F5KA 3OMCA 1H3ZA 5FB0A 3OYDA 2HQEA 3PFSA 5H1VA 2P0KA 5E9IA 4YH3A 4MR6A 5EI4A 4A9KA 4YYNA 4FU6A 4QEWA 2YDWA 3O33A 5A5OA 4XYAA 2XK0A 4CUPA 5CIUA 4NRBA 4E7IA 4IUQA 5F60A 4UYGA 4Z6HA 3H6ZA 5F36A 3U5PA 4HCZA 2RNWA 2O4XA 4HBXA 2EQKA 4E7KA 2PQWA 2L89A 4O72A 3LGLA 5I83A 2E7OA 2RNYA 4O71A 2M1HA 2GFUA 5FE9A 5ETBA 5DKDA 2RHYA 2R57A 5HRVA 4QBMA 5LJ0A 4YYGA 2R0VA 4UIUA 2MWOA 3OYBA 5CQ8A 4YYKA 3S3NA 4ZC9A 4XY9A 5KE3A 4YYJA 5J39A 4ALGA 2WP1A 4PKLA 3META 5CU8A 5I1QA 4O7FA 5HRWA 5CP5A 5HRXA 4BW4A 5LJ2A 2EQUA 2RJDA 3P8HA 4WIVA 2XDPA 4NUDA 4TYLA 3IU6A 5K29A 5KCHA 5HQ6A 3QZVA 1KHCA 3JVMA 5ENGA 3SVGA 5C7NA 3NXBA 1OYXA 2DVRA 4UYDA 5A7CA 3TLPA 4KV1A 5EP7A 5EGUA 5FROA 3OS2A 4O7AA 3UW9A 4IR3A 4MR4A 3LH0A 4L59A 2R0SA 2LSPB 4BDYA 2YQDA 3I3JA 4J1PA 5CUAA 2E6NA 2I7KA 4IOQA 4WHUA 5HLSA 5E9MA 3MP1A 5IBNA 4J0RA 4BW2A 5KHMA 5DYAA 3UVXA 4CL9A 2RHZA 3JVKA 4XUAA 5KTXA 2DVVA 5D3HA 4LZ2A 3EAEA 4HBWA 3LGFA 3MXFA 3QBYA 5HM0A 4QSUA 4UYHA 5EWWA 5DLXA 3UV5A 4QYDA 3S3OA 5HQ7A 4YBSA 4Z6IA 2LCCA 4QQGA 5DFDA 3HMHA 4TT2A 5DLZA 5LKUA 4IORA 2RJFA 3P5OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2EYXA 4UIXA 3OYNA 2RS9B 5D3TA 1Q81U 4C5HA 1WXBA 2Y4XA 4J7FA 5IGKA 3PNWC 2JS0A 1YIJQ 5C8GA 2EQMA 3X24B 1UUEA 3QG1A 1Y96B 4M75F 3IU5A 1VQLT 4O75A 3QYHB 4OMFB 1YIJT 4QW2A 4DA4A 2RI3A 5L97A 3OMGA 2HQHA 4N4GA 5FG4A 2IG0A 2WSEE 4OMMA 3ZBDA 1TUDA 4M4ZA 3O5ZA 5GAMd 2PZ1A 4E7LA 3PVQA 3R6OA 4DBQA 5CAIA 2Z0WA 5C4QA 2RO0A 5C87A 1K9MR 3MEAA 3DAIA 2CS7A 3JCMV 4PJMA 2R5AA 3QSUA 5FDZA 3T9NA 4JJDA 5IAYA 1G3WA 2KEAA 1MGQA 1QVPA 4QQDA 3I56Q 3L42A 3J80E 1YITQ 5IHIA 2QQSA 4RKUE 2RI5A 1TU0B 3H0HA 5LJ5h 3I56T 1WYXA 1YITT 1B3QA 1NEGA 2EYQA 2JTMA 1MNEA 4PCEA 3F70A 1AWWA 5LJ3g 1QVGP 4NR6A 3OYGA 5IT9E 3RNJA 2RO1A 1X2QA 1NYGA 2AIRB 5CUDA 3LQJA 2MIOA 4RVRA 4J83A 4AKNA 1ZSZB 4ELYC 2RJCA 1BYMA 4UYFB 3H8ZA 1JM4B 5CUEA 3MP6A 2M0OA 4A9NA 2KT1A 4GPJA 4LC2A 3QWXX 4XU3A 1UHFA 3D1DA 5A82A 3X26B 5CQ6A 2RNAA 3H0FA 1V1CA 2D9EA 5IHKA 1VQ9T 2HBWA 3CC7T 5L8RE 5I11A 4PJOE 5ETDA 3GIBA 5D6WA 1TUGB 5HENA 1XNIA 4XTXA 4CFKA 1CSKA 2MYSA 3EG0A 5D26A 5KYXA 1QVGA 2DVJA 5FH6A 5LJ3j 3D7SB 4C92F 2A7YA 4NXJA 2I0NA 3OW2S 4IUVA 3NTKA 1M30A 2OJ2A 1AZEA 3VS7A 4R56A 1AD5A 2YSQA 2L3PA 1PSEA 5F61A 2KQWA 1WNLA 2E12A 2QI2A 4UIYA 2E3IA 3JCMb 4PLLA 4X9DA 4LR6A 4ATOA 3JB9D 4E96A 4EMKC 3L2VA 1NLOC 5D6YA 3LJWA 5DY9A 1JRIA 2QQRA 2QEXT 4C67A 3M0PA 5F63A 3VRZA 2D0QB 3RBBB 1YI2A 4KRTA 1N5ZA 3JCMf 5CKHA 1ZUKA 5D3JA 2IVWA 2F1LA 2LJ1A 1RACB 5ENHA 2Y4YA 1PRLC 2DL3A 1D3BA 1RABB 4BB7A 3DB4A 5E3GA 3QZ5B 3RIRA 4ME7A 1K9AA 2JM9A 2CT3A 2OO1A 2K3XA 2DATA 5D0CA 4RG2A 1WGSA 3BY7A 1WI7A 1Q81R 5GANj 2O88A 2YELA 5CQ7A 3SWNC 3VS6A 4ANJA 4LDFA 1S1NA 3EG9B 1BCOA 4QSVA 4D8KA 4N3WA 1KJWA 5D24A 2YRCA 1GBQA 4EIKA 4NUEA 5I88A 3VYHB 5CR2A 5LJ3h 2RI7A 4QEVA 2NLUA 2EJFA 3I55T 1IZ6A 1WX6A 5KE2A 3M0RA 4RTTA 4C0GA 2AKLA 1D0ZA 1NYFA 3D1BA 4M78B 4DBRA 1NJIC 4M7AF 2YW5A 4UIZA 3P1DA 4YADA 5KCOA 1TG0A 5HY6A 5EC7A 4QYLA 2C0IA 2DD4A 3FEOA 1PG5B 3CMEQ 2HEQA 2CZ1B 5EWHA 1DJ7B 1SRLA 2DVSA 4C92D 1AOJA 3CCJT 3CMET 1UE9A 2CYZB 2ZAEA 4Q0OA 2XG8D 3E2UA 1BI1A 1ZX6A 1KD1C 4DEXA 4LDYA 1VQ8T 1VYTA 2GNCA 4M77G 5CQ3A 3RDVA 1YBYA 2KI7A 1TWBA 2NUPA 1XJWB 2J05A 4PY6A 3QWYA 4NRAA 3A8LB 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4KV4 A;  4N4H A;  4O7B A;  4C66 A;  4QC3 A;  4Z1S A;  2L5E A;  3E9G A;  1JSP B;  5HEM A;  5IG6 A;  4HXR A;  4NQM A;  5CRM A;  5EIC A;  3ASK A;  4O7E A;  5DYX A;  5EVA A;  5CQA A;  5DKH A;  5D3L A;  5AME A;  4UYE A;  5A5R A;  3UT1 A;  5I86 A;  4A4E A;  4A9J A;  4QUU A;  4CUT A;  5A85 A;  2RHI A;  3C4S A;  5IGN A;  2R0Y A;  5EM3 A;  4GY5 A;  5KTW A;  2DIG A;  5FH7 A;  5ENC A;  2DIQ A;  3MP8 A;  5FRN A;  5CUG A;  4HBY A;  4CRI A;  5I29 A;  4QEU A;  4UIT A;  4HXL A;  4MEP A;  3LQH A;  4UC4 A;  4A9H A;  3QZS A;  2OSS A;  3MQM A;  5CQ4 A;  1G5V A;  5ENE A;  5EA1 A;  2E7N A;  5EWC A;  5L96 A;  2O4X B;  3OYE A;  4LD6 A;  4YAX A;  4TQN A;  5LKT A;  4YYH A;  3U5L A;  3P8D A;  4NR8 A;  5FE4 A;  4PL6 A;  4Z1Q A;  2EFI A;  5DYU A;  4YYI A;  3E9F A;  4HXK A;  4UIW A;  1WUG A;  2NXB A;  4IR6 A;  5EU1 A;  2L8D A;  5A5S A;  2E3K A;  4CLB A;  4QSS A;  2FSA A;  4N4I A;  2DWW A;  5F2P A;  2F5K A;  3OMC A;  1H3Z A;  5FB0 A;  3OYD A;  2HQE A;  3PFS A;  5H1V A;  2P0K A;  5E9I A;  4YH3 A;  4MR6 A;  5EI4 A;  4A9K A; 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 4WHU A;  5HLS A;  5E9M A;  3MP1 A;  5IBN A;  4J0R A;  4BW2 A;  5KHM A;  5DYA A;  3UVX A;  4CL9 A;  2RHZ A;  3JVK A;  4XUA A;  5KTX A;  2DVV A;  5D3H A;  4LZ2 A;  3EAE A;  4HBW A;  3LGF A;  3MXF A;  3QBY A;  5HM0 A;  4QSU A;  4UYH A;  5EWW A;  5DLX A;  3UV5 A;  4QYD A;  3S3O A;  5HQ7 A;  4YBS A;  4Z6I A;  2LCC A;  4QQG A;  5DFD A;  3HMH A;  4TT2 A;  5DLZ A;  5LKU A;  4IOR A;  2RJF A;  3P5O A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2EYX A;  4UIX A;  3OYN A;  2RS9 B;  5D3T A;  1Q81 U;  4C5H A;  1WXB A;  2Y4X A;  4J7F A;  5IGK A;  3PNW C;  2JS0 A;  1YIJ Q;  5C8G A;  2EQM A;  3X24 B;  1UUE A;  3QG1 A;  1Y96 B;  4M75 F;  3IU5 A;  1VQL T;  4O75 A;  3QYH B;  4OMF B;  1YIJ T;  4QW2 A;  4DA4 A;  2RI3 A;  5L97 A;  3OMG A;  2HQH A;  4N4G A;  5FG4 A;  2IG0 A;  2WSE E;  4OMM A;  3ZBD A;  1TUD A;  4M4Z A;  3O5Z A;  5GAM d;  2PZ1 A;  4E7L A;  3PVQ A;  3R6O A;  4DBQ A;  5CAI A;  2Z0W A;  5C4Q A;  2RO0 A;  5C87 A;  1K9M R;  3MEA A;  3DAI A;  2CS7 A;  3JCM V;  4PJM A;  2R5A A;  3QSU A;  5FDZ A;  3T9N A;  4JJD A;  5IAY A;  1G3W A;  2KEA A;  1MGQ A;  1QVP A;  4QQD A;  3I56 Q;  3L42 A;  3J80 E;  1YIT Q;  5IHI A;  2QQS A;  4RKU E;  2RI5 A;  1TU0 B;  3H0H A;  5LJ5 h;  3I56 T;  1WYX A;  1YIT T;  1B3Q A;  1NEG A;  2EYQ A;  2JTM A;  1MNE A;  4PCE A;  3F70 A;  1AWW A;  5LJ3 g;  1QVG P;  4NR6 A;  3OYG A;  5IT9 E;  3RNJ A;  2RO1 A;  1X2Q A;  1NYG A;  2AIR B;  5CUD A;  3LQJ A;  2MIO A;  4RVR A;  4J83 A;  4AKN A;  1ZSZ B;  4ELY C;  2RJC A;  1BYM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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