4N4P | Genus

Total Genus 116

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	116
sequence length	296
structure length	290
Chain Sequence	MHNFDKFKGLFPAMVTPFTKDGKLHKAGVKEVVNFLVEKQKVDGIYITGSTGEFLLLSFEDKKEVMKLVAEANAGRVTLIAQIGSLNIEETKELAKLAKELKYDAISAITPYYYNFSFNETHHYYEEISKAADIPMLIYYLPVSTDQFGKLLEIKNVIGSKYGATDLFAFERLMSKYPDKLFMFAWDEALAMGLTMGAKGFIGSTYNVNAKGANAIIKAWEANDKEAVMKLTHTYNDYVLDLISKGLMQSLKAIMRLHGVDAGYTRKPFWRYEDEEIKKHAEFITDKYLK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Acylneuraminate lyase
publication title	GroEL/ES chaperonin modulates the mechanism and accelerates the rate of TIM-barrel domain folding. pubmed doi rcsb
source organism	Mycoplasma synoviae
total genus	116
structure length	290
sequence length	296
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date	2013-10-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4n4pA00

4HPXA 1QPQA 4JTFA 3P62A 4OHQA 4K8EA 2RDWA 1KM3A 3A5VA 1ME8A 3P74A 1ICSA 1C29A 4UNKA 4E0CA 3C2RA 5J5DA 3TSDA 1SO4A 2Q3OA 1IXQA 2PRHA 4XTIA 3BW3A 1H1YA 4GUGA 1OX4B 2DJXA 3G24A 1G4TA 1SFJA 4H6KA 3W7IA 2NZLA 1JRBA 1GPWA 4HNNA 3CWNA 3I6RA 3NPXA 4ONVA 3W2NA 1QR7A 2VOMA 4JX5A 5FEPA 1WDWA 3W7KA 2ZCGA 1EWEA 4HPJA 3INPA 3BG5A 1LRNA 2CFFA 1UJPA 2NWRA 4JTUA 5F4XA 3S5ZA 1MEHA 3O16A 3OBKA 4AXKA 3SGUA 3I7SA 3M0ZA 2PRLA 5C54A 2VKZG 1AMKA 1R30A 4IX0A 4OWGA 1IIHA 2DZPA 2X1RA 4EF9A 1I2PA 3A23A 4ORMA 3G1SA 3R8RA 4IPIA 3S6DA 4CQ9A 2BX7A 5KITA 1IF2A 1JR1A 4RV8A 3STCA 2J24A 4YLWA 3W7HA 4GNJA 3OVRA 1L9WA 3FKRA 2NLIA 4Y8FA 3NQCA 2PCQA 1EIXA 1KM5A 4H3DA 2P0OA 3ZS4A 3TUUA 4J9JA 4BI6A 2YXGA 1RZMA 3QPZA 4OE7A 4HN4A 4JNMA 5AOUA 3NA8A 4MYXA 3F4NA 1K8YA 5MHBA 3CB8A 3LV5A 3B04A 3BG3A 4X9SA 1YYAA 3P84A 2A6NA 4GUJA 4PFMA 3TW6A 3M9YA 2ZZ3A 1H61A 3L68A 3W1QA 3BPWA 1B9BA 1MEIA 3GDKA 4BWLA 5C6MA 3C2EA 3WK0A 3UWWA 1TB3A 1A5CA 3R13A 4NX5A 2PRMA 3HQ1A 3C52A 4LUJA 2WNNA 2EKCA 2GQ8A 4LC8A 4BR1A 4TU1A 3CPRA 5BMWA 1VGAA 3SY5A 2CLMA 3NQ6A 1DBTA 1OYBA 1SZFA 4HNUA 1XL9A 5F2IA 1C9DA 3UWVA 5D04C 3TE9A 3I7RA 2P1FA 3N19B 3QW3A 4W9TA 3WJSA 3NQVA 1X1OA 1TPC1 1VRDA 2V82A 2WV8A 4JICA 3NQ8A 4LW7A 3W1NA 5LSMA 4PCFA 4TX9A 3TSMA 1PV8A 1TPDA 1ZNNA 4IQLA 1SSDA 1B3OA 4CNOA 2ZRZA 4FF7A 1WQ5A 1YPIA 4JDYA 4JS3A 3EWUA 3KAOA 4U4MA 2C14A 3W1LA 2ZRYA 3HOJA 1N55A 3MYOA 5EBUA 3TMQA 3W7JA 1WA3A 2W0UA 5CSRA 4ICNA 3PSWA 3VFLA 2CZFA 3S1VA 3NQEA 4MIMA 3SZ8A 4CQ8A 3C0JA 4MOZA 5HWJA 3UYCA 4R7JA 1H7XA 5HJLA 1SO6A 2RDTA 2ZZ6A 4ZMGA 3PG8A 3DKJA 5DXXA 3TMLA 5IM51 3MI3A 3M41A 3A24A 2V8ZA 1OYAA 4ML9A 5TBOA 2JKPA 1XBYA 3K30A 4FNUA 3FJ6A 4O54A 3TA6A 1ML1A 1MXSA 4YMZA 3TC7A 3L0GA 2QJGA 1KM2A 3E02A 1BWLA 3ATZA 3NGJA 4CQAA 4NVTA 1W0MA 3CTLA 2W6RA 2J9XA 4I7WA 3W1RA 5D09A 3T40A 4BK9A 1GQNA 4RK8A 4RJEA 2NV2A 1AW5A 4LU0A 4M6QA 3A9IA 3GNDA 2WQPA 4RXGA 2XFWA 3LCXA 3NL5A 1JCLA 1QPOA 4UXDA 3NL3A 3JR2A 3QEZA 3DXIA 4H4IA 5SWUA 1HFBA 4IGHA 5G2WA 1VHCA 2YFOA 4HSOA 3W7MA 2CZ5A 3DI1A 4JTSA 4KFNA 1YDOA 1KTBA 1H51A 1IGSA 7TIMA 3IGUA 1RPXA 5HNRA 1G6CA 2TMDA 2A5HA 3G3DA 3TX9A 2O7SA 3KVMA 4JYDA 1XUUA 3PR2A 2Y63A 5AFDA 4FX7A 1RQHA 2HS6A 3W70A 3TR2A 1CW2A 1JUEA 2A85A 1I45A 5FEZA 1L6YA 3AO0A 1F2JA 4CLMA 2ZZ5A 2GQAA 1TQXA 1N7KA 2CLFA 1F7BA 1XDLA 3ZWTA 3L66A 2VFGA 3U6WA 3S9YA 5F2LA 2NXGA 3P61A 1DKWA 4O1CA 3RLVA 3P82A 3GAKA 5LHFA 1ME9A 1OABA 3L65A 1OFAA 4PL2A 4JYFA 2Z2UA 4K7YA 4S1FA 3KRZA 5EYWA 1A5SA 4Z1BA 3UWQA 3PULA 3NPWA 3LHWA 1J4EA 5AC6A 1YXCA 2YX0A 1FDZA 3GB6A 4PTNA 2E77A 3B4UA 1I2QA 4FX8A 3S5OA 1IXPA 2Z1BA 3O1NA 1THFD 2BSLA 2IQTA 3GDLA 1ZALA 1TTPA 2ZTKA 1EUNA 4AWUA 1UUOA 3W23A 1G69A 2H6RA 5D30A 4PH6A 5G1YA 3UXDA 1SUXA 4UTTA 3W1MA 2E5BA 5K9XA 4IMGA 1T96A 1LORA 3W6YA 3VE9A 1KBIA 3HGSA 2Y85A 2H8XA 2X30A 3PWAA 3QQ1A 5AHNA 1TYGA 1S5VA 2PURA 4ADTA 1EUAA 4NJHA 3LCIA 3ZWSA 4N6EA 3GDTA 3W71A 3KRUA 3BK0A 3OA3A 3C8FA 5T26A 4JTLA 3LCLA 4JXCA 2Y7EA 2ZRUA 4L4MA 3C3NA 3WJXA 1JQVA 3PY2A 3U2OA 4ZQCA 3UNDA 2VEKA 1O60A 3DU0A 1TPH1 1RR2A 5D32A 3IEBA 4DF0A 5AYYA 1YDNA 3TSBA 5CGQA 4O4WA 5U7SA 3GX9A 4UFJA 3GR7A 5LKYA 1FWRA 2G96A 3PS7A 1WV2A 2FB3A 5AHLA 4UNLA 4NUWA 1TO3A 2V2HA 3BLFA 3S42A 3W74A 5F1UA 1R46A 1GVOA 3UPBA 2DZSA 2Y89A 3FIGA 3LLFA 4UFMA 1MO0A 4ZQOA 3W7EA 1DHPA 1C8VA 4C1LA 2GUUA 1W5OA 2X1UA 3P8IA 4WY0A 5FEWA 3OVQA 3TXZA 1LBFA 5CPNA 3NQ2A 2CLKA 3DFNA 3R89A 4GWEA 1TPWA 5H2ZA 4ALDA 3C61A 3NQFA 4FNPA 2H8ZA 4UTKA 2CWNA 1TQJA 2C16A 1FDYA 4LVFA 3KFTA 4N9DA 5FI8A 4O14A 1ZHAA 4MLRA 4KWVA 4MVAA 5I3IA 3DH7A 2RFGA 3VI2A 1XI3A 5I3JA 1KLZA 1T8XA 2OCZA 3PB0A 1TMHA 4GUFA 5F4WA 5CG7A 2C13A 1Q6RA 1TPEA 3E96A 1FCUA 3W84A 1FWNA 2Y7FA 1JUBA 2JKEA 3W7RA 4ADSA 3QFEA 1F74A 3KOFA 3T7VA 2TYSA 4DQWA 3EWBX 3FKKA 3LLDA 3TFCA 1I2OA 3W83A 4JX4A 1PS9A 4O15A 1H7RA 3E0IA 4JN6A 5K4XA 3OG3A 3NQMA 4AHPA 4IMEA 4LVGA 1JCMP 1KW1A 1OX5A 3IV3A 5TIMA 4QITA 1UASA 4RLIA 3T55A 4GC4A 4XWUA 4MZ1A 5LGXA 3ELFA 2RH9A 3DKLA 3JS3A 3EX2A 2NX9A 4DO4A 3P7YA 3C2FA 3MI6A 2WPBA 3I68A 4N2YA 1U5JA 5AHMA 4OGZA 4EF8A 5DCEA 4UTHA 1J2WA 3PC0A 1QOPA 3TH6A 5HR6A 1AW2A 4CNPA 4LV4A 3RMJA 1RV8A 3NM1A 2B4GA 4O1DA 4PODA 1KM0A 3NDOA 1YXYA 4N02A 5G2HA 2X1TA 4BI7A 4NJKA 1R2SA 3LTYA 4ZQRA 3M1ZA 1Q6QA 4ZVJA 3IIZA 3SR7A 5I3HA 4K7VA 3SGZA 1M7PA 1GVRA 2WO5A 3EWXA 1XXXA 3NQ7A 5HWNA 4ZQMA 4X2RA 1TPVA 1PVNA 2ZZ2A 5KZDA 4M6PA 3W72A 2QCMA 4Y90A 2Z6JA 3W7PA 2WNZA 3G1FA 1X8FA 1RQBA 3W1TA 3EKZA 6TIMA 3N14A 1W3IA 1KM6A 3DBPA 1OFEA 2BTMA 5CSSA 4K8HA 3BARA 3QPYA 2DP3A 4DO5A 4LVAA 1UCWA 3C2OA 4NXSA 1QAPA 4FO4A 2NUXA 5HULA 4AWSA 4UFLA 3FLUA 2RHGA 3MHUA 1TJPA 2QCEA 2JKAA 5FF7A 1LCOA 1VS1A 1G7UA 4HIBA 4NU7A 4MFEA 1GG0A 1FXQA 1K02A 3S8HA 4QQ3A 3KVJA 3HO8A 5G4WA 5K2ZA 2WJZA 3FEMA 2GJNA 3G1HA 1DORA 1H7NA 2ISSA 4HHPA 5CPLA 2J9ZA 3NZ1A 5DCDA 1GEQA 1ZAHA 4N4PA 1UBSA 3RNDA 1OX6A 4UTIA 3QW4B 4XTDA 2B7QA 2DJLA 3LOTA 3PBWA 5CZJA 2VFHA 4PEKA 4DF2A 3QH2A 3QMSA 1K8XA 2GVLA 2ZA2A 1P4CA 1FCBA 4TR9A 4QAIA 3HIJA 4DPQA 3GR8A 4UMAA 4EVZA 3O15A 3S1WA 4FHAA 4M5PA 4Q4KA 2J6XA 1S5WA 3LCWA 2Z0IA 3F1QA 1YTKA 3LCFA 3S5NA 3VE7A 1ZCOA 3EKLA 4FNRA 3DFPA 2XN1A 3OEXA 4YCPA 1QFEA 2QCCA 3HGJA 1W37A 3FS2A 3MYPA 1FWWA 4JTTA 1GZGA 3IIOA 3OHIA 3WK3A 1RQEA 3UD6A 4UTWC 1ZAIA 1ZENA 3DGRA 3STEA 1TRDA 1SZNA 1TV8A 2I14A 4JGDA 4YL2A 2OT0A 1W5PA 4O4VA 4AVFA 3LI1A 1ZJIA 3MO7A 5CPMA 3CEUA 1QMLA 5KZEA 1K8ZA 4IUOA 1YPFA 5CZTA 1NEYA 4WOZA 1LYXA 5F1VA 1LROA 4Q32A 1XBVA 1W5QA 4WQ6A 4WUIA 2A0NA 1I4NA 4JX6A 2CLOA 3OIXA 2ISWA 3LXAA 3O6DA 3V1PA 2NXHA 3QRHA 2FPTA 1VYRA 4TO8A 4TMBA 2A1YA 3U8GA 2JGYA 3W2KA 4RXFA 1TPUA 1G4PA 3W2LA 3CM4A 4A3UA 4O17A 4NNCA 3TQVA 3LBMA 1K03A 3RFAA 3GXTA 4A2RA 3GK0A 1LRTA 3NVTA 2WSQA 4JIPA 2Y7DA 5I3GA 1KFBA 4UUIA 3W2JA 1ICPA 4MPQA 3TIMA 3W76A 2FPYA 2NXIA 3QJAA 5LNRA 3BLEA 3MW7A 5C55A 2JBMA 3L5MA 1GVFA 2QJIA 4UTJA 1LOQA 3GYEA 2FB2A 4LVDA 1I2RA 1FBAA 1V7YA 3M47A 2A2IA 4AH7A 3UWUA 1O4UA 1DVJA 3PAJA 1SO3A 2C0AA 1L6WA 3CQ0A 1PCKA 3V75A 1QPRA 1DQWA 1QWGA 3MHFA 3SI9A 5HUOA 2QR6A 4O0ZA 5CKSA 3LERA 4JTJA 3VCRA 2YPIA 1JCJA 3S1XA 1GVQA 4NNAA 3B0UX 3B06A 3QF0A 3W7QA 1OFQA 3HGRA 3DZ1A 4ZQNA 1F6KA 3HGOA 1H7PA 2CZEA 2HSAA 5E93A 5G2IA 4BF9A 1HL2A 2ZTJA 3M16A 4XBKA 1A5AA 4N9BA 3IRDA 3W7DA 3G8RA 3LBCA 4TMCA 4DBDA 4YCOA 4UMBA 1JRCA 1LM1A 4QJ1A 1A50A 3HPZA 4XZ9A 1D3HA 3SIZA 3Q2DA 4WXYA 3FYOA 3STGA 3N34A 1FY6A 5BRBA 1YTDA 1LOSA 1OVDA 3HBLA 1B57A 1DV7A 3A5FA 1H7OA 1W5NA 3BG9A 1JCYA 2V5LA 5AC8A 3NQGA 3NL6A 5DBUA 2C1HA 3W1UA 3TKFA 4KFOA 2DORA 1VCVA 2V5BA 5HUPA 4O28A 2YSWA 3MJYA 3ABRA 4S2CA 3M43A 1TV5A 3L5LA 1GWJA 4MY9A 4LRSA 4KWWA 5K7JA 1XC4A 4XUGA 3C2VA 4Q33A 3YPIA 4O1BA 2OZ0A 2I1OA 3BO9A 3FJLA 2E6AA 5F4SA 4A21A 2YW4A 4FIRA 1DJNA 1M7OA 4O16A 2VEMA 4LOCA 4DELA 3KRSA 3CIWA 1Y0EA 1ZY9A 3EXTA 3LCHA 3BLIA 3P80A 3MP3A 4KFPA 3W22A 3PUDA 1PIIA 1PCWA 2H90A 3IIPA 1YXDA 5G4EA 1T0OA 3FA5A 1D9EA 1F76A 1FCVA 2R91A 1OFOA 1HO4A 3Q37A 1YADA 3B05A 2B0MA 4YXGA 3G8EA 1SO5A 4N9EA 4K37A 5K9CA 1DL3A 2E68A 3O8AA 5KMYA 4HSNA 4FNSA 3GZ3A 4GXMA 3TAKA 2V9DA 1G4EA 3C6CA 3M5VA 2QEZA 1B4EA 1EX5A 2HS8A 4K36A 2A21A 1V5XA 2EPHA 1WYIA 2EAWA 3P5ZA 1OYCA 1BWKA 1I2NA 5AHIA 1AK5A 1W56A 4JTEA 1K7EA 4LY8A 3NR0A 2X2GA 3HG5A 3NOEA 3LCGA 3B03A 1PE1A 2VXNA 3QM3A 5HMSA 2ZQ0A 2DZTA 4OQVA 3UZ5A 4D2JA 5ABTA 1GYLA 2YYTA 1VLIA 2QDHA 5GVJA 1XUZA 5EPDA 1VYPX 4UC5A 1ADOA 3TK7A 1EP1A 2QCFA 5EY5A 3DFQA 5D2VA 1BEUA 3EWZA 3HG2A 1QO2A 1OG0A 4JTGA 2EF9A 3ZFHA 1MEWA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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