The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
73
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structure length |
73
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Chain Sequence |
MKQGGQGLQDYYLNQLRKEKILATVFLTNGFQLRGRVVSFDNFTVLLDVEGKQQLVFKHAISTFSPQKNVALN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Rna binding protein
|
| molecule keywords |
Protein hfq
|
| publication title |
Recognition of U-rich RNA by Hfq from the Gram-positive pathogen Listeria monocytogenes.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Listeria monocytogenes
|
| total genus |
17
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| structure length |
73
|
| sequence length |
73
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-11-13 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3INZ A; 2EJ9 A; 4F7U A; 1KQ2 A; 4C8Q D; 5GMK l; 2EJG A; 2VXF A; 2CGH A; 3EFS A; 3SWN C; 3BY7 A; 4M77 E; 4NL2 A; 5GAN f; 5GAM e; 3V7C A; 4A53 A; 2RB6 A; 4M75 C; 1BIA A; 4XU0 A; 3JCM f; 4C8Q C; 5GMK j; 2EJF A; 1WPY A; 2K57 A; 3HFO A; 3SB2 A; 4JLI A; 5GAN 5; 5GAN 4; 5GAN 2; 3JB9 J; 4M7D B; 1I8F A; 3HFN A; 4DQ2 A; 1WQW A; 4PJO G; 2DKG A; 4M7A F; 3HSB A; 3M4G A; 3BW1 A; 5I21 A; 4M78 B; 4C92 B; 2E10 A; 3V7S A; 2DXT A; 3V7R A; 2I2L A; 4M77 A; 4OP0 A; 5LJ5 j; 3AHU A; 1JRI A; 4XU1 A; 5GAN d; 4M7D D; 4M7D G; 2DZC A; 4JUV A; 5GAN h; 3JCM J; 1U1T A; 3RKY A; 4XTY A; 4M77 B; 5LJ5 f; 4PNO A; 4M7D C; 4M78 D; 4M78 G; 4C92 D; 4C92 G; 4M75 G; 4M75 D; 3JCM V; 4C8Q G; 5GAO l; 3EFR A; 1U1S A; 1D3B A; 2DVE A; 3JB9 D; 5GAO n; 3JB9 G; 4J6X A; 5GAO r; 2Y90 A; 4J6Y A; 4M78 C; 5GMK h; 4V2S A; 4C92 C; 4F7U B; 1N9S A; 3RIR A; 2VC8 A; 4N0A A; 4MMK A; 2E41 A; 4HA8 A; 4EMG A; 5LJ3 j; 2DTI A; 5GAN 8; 3PGG A; 1H64 1; 4XTW A; 1BIB A; 5GMK i; 1B34 A; 5GAN e; 4QVC A; 4M7A A; 5LJ5 g; 3RKW A; 5GAO m; 5GMK m; 4F7U G; 2YHT A; 5LJ5 d; 3JCM e; 5LJ3 f; 1WNL A; 3VU3 C; 1I81 A; 5LJ5 h; 3FIF A; 1N9R A; 2DTH A; 5GMK e; 4PJO A; 4XU3 A; 4PJO F; 1I4K 1; 5GAN 3; 2HNI A; 1WQ7 A; 4M7A E; 5GAO p; 5DY9 A; 1LNX A; 2RA2 A; 3L2Z A; 3JCM b; 5GAN 7; 4M7D F; 2DEQ A; 1JBM A; 4J6W A; 5LJ3 g; 4HT9 A; 3GIB A; 3SWN A; 2RM4 A; 5LJ3 d; 4PJO E; 1I5L A; 5GAM g; 4NL3 A; 2FB7 A; 2E65 A; 4M77 D; 4M77 G; 4M78 F; 4Y91 A; 1D3B B; 5LJ3 h; 4C8Q A; 4C92 F; 4EMK A; 4M75 F; 5GAM d; 4C8Q F; 3JCM P; 3JB9 F; 2DXU A; 4M77 C; 4XU2 A; 3V8K A; 5CAI A; 4EMH A; 2YLC A; 5GAM j; 4HT8 A; 4EMK B; 2ZGW A; 3JCM c; 4X9C A; 1B34 B; 1X01 A; 3V8L A; 5GAM f; 4M7A B; 4M75 E; 2E1H A; 4C8Q E; 2JN0 A; 3RKX A; 4A54 A; 2QTX A; 1HXD A; 2DTO A; 2E64 A; 3QHS A; 4F7U F; 4QVD A; 5LJ5 e; 5LJ3 e; 1HK9 A; 4PJO B; 4XQ3 A; 3JB9 H; 4N0A C; 4XTZ A; 1KQ1 A; 3QUI A; 3RUX A; 5GAO q; 4M7A G; 3JB9 I; 3V8J A; 4EMK C; 4M7D A; 4M7A D; 3BDU A; 4J5Y A; 4XTV A; 3RES A; 1M8V A; 2EWN A; 1TH7 A; 2EAY A; 3FB9 A; 3JCM Q; 4F7U E; 4M78 A; 4X9D A; 4M7A C; 4C92 A; 2YLB A; 1YCY A; 4MML A; 2DJZ A; 4M75 A; 2FYK A; 4NOY A; 4WF2 A; 4RCC A; 4PJO D; 2DZ9 A; 3SWN B; 3L1A A; 1LJO A; 2VXE A; 5GAM h; 3JCM W; 4M7D E; 3JCM X; 3QO3 A; 1M5Q 1; 4JRK A; 4M75 B; 4C8Q B; 1LOJ A; 4XTX A; 1Y96 A; 5GAN g; 4PJO C; 4M77 F; 3RER A; 3QSU A; 3JCM g; 3BFM A; 3FJP A; 5GAN 6; 4JRI A; 4M78 E; 2RD1 A; 4RCB A; 4XTU A; 4C92 E; 3JCM d; 5GAN j; 1Y96 B; 3JCM h; 1MGQ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2NYS A; 1IRE B; 3OYC A; 1I07 A; 4M77 E; 4NL2 A; 2M0O A; 1BIA A; 2MAM A; 4C8Q C; 1K0S A; 1X6O A; 2K57 A; 2O9S A; 4KGZ B; 4TVR A; 1X69 A; 1T3S A; 4M7A F; 3E1S A; 3M4G A; 2HAX A; 5I21 A; 3C94 A; 1RAE B; 5LJ5 j; 4M7D D; 1JRI A; 1HYO A; 2CZ6 B; 1X43 A; 3MP8 A; 2AIR B; 1VQM Q; 1VYT A; 3X28 B; 1U1S A; 3CXC S; 1WGS A; 4J6X A; 2YDL A; 2CUD A; 2HD0 A; 1U5S A; 2XMF A; 4EMG A; 5LJ3 j; 3OYL A; 5C0M A; 3PE0 A; 1VQM A; 4DBR A; 4J8O A; 2JT4 A; 4GY5 A; 1IHV A; 2DTH A; 3ZEH A; 1KC8 R; 1GRI A; 4PJO F; 2ZPG B; 3UPU A; 2JTM A; 4LUE A; 1RAC B; 5KYW A; 1GBR A; 2RA2 A; 1YJN A; 2KSS A; 3GIB A; 2VGN A; 1D1A A; 1BI2 A; 9ATC B; 4NL3 A; 3PNW C; 1BI3 A; 1NEB A; 2E6Z A; 4L6V 5; 1VIF A; 4XAX B; 4BE2 A; 2E3I A; 2EGE A; 5FRN A; 3R6N A; 4X9C A; 3DLL A; 2E1H A; 2PNI A; 3E2U A; 2JN0 A; 2ZPB B; 2MIO A; 2O4X B; 3M54 A; 4OB2 B; 2EWN A; 1G3S A; 2EBP A; 5I2M A; 1M4Z A; 2DMO A; 2PVO B; 3QG1 A; 5KYN A; 3CC2 Q; 2D1X A; 3U23 A; 3JCM W; 2OI3 A; 3QZ9 B; 3QO3 A; 1YIT Q; 4M75 B; 2EQJ A; 3UA6 A; 2EYQ A; 1WI7 A; 2KR3 A; 1H8K A; 1S1N A; 3NTI A; 1XOV A; 1R0C B; 2W0Z A; 2CP0 A; 4FYX B; 1MND A; 3INZ A; 1KQ2 A; 2COZ A; 2BTT A; 2BZY A; 1SF9 A; 4A53 A; 4AFU C; 2KY9 A; 1WPY A; 4GLM A; 5GAN 2; 3X25 B; 1OV3 A; 1D0Y A; 1VQ6 A; 3OW2 A; 2Y4X A; 3OW2 S; 3CCU Q; 1D1C A; 4ATO A; 5FRM A; 3V7R A; 2F69 A; 3GF5 A; 2C0O A; 1RAF B; 1RL2 A; 1YHQ A; 3EG0 A; 4WTO B; 4R55 A; 4R0K A; 2DTI A; 4HKE A; 1H64 1; 2JXB A; 5GAN e; 4RTX A; 2YUO A; 5D6W A; 5I11 A; 1K8A R; 4J9B A; 5C6S A; 4LD6 A; 3OMC A; 3MEV A; 2G6F X; 1M1K U; 2HNI A; 1WQ7 A; 1UGS B; 2L8D A; 1Q7Y C; 1K9A A; 4HCC A; 4M7D F; 4HT9 A; 2BUD A; 1VQ8 T; 5GAM g; 3CCL T; 5IH2 A; 1TUD A; 2DET A; 2JOY A; 2B86 A; 1Y7X A; 2X51 A; 2LQK A; 5GAM j; 4EMH A; 2CT3 A; 3WXM B; 3CCV T; 1KD1 U; 3EG9 A; 4C8Q E; 4A4E A; 1WJR A; 1IGU A; 1OOT A; 2XD0 A; 4A4K A; 8AT1 B; 3RUX A; 2QYZ A; 2PTK A; 3CC7 Q; 4QVZ A; 5FWC A; 5FLX E; 1F1B B; 2ZPI B; 2L89 A; 2E4H A; 4P5N A; 5CKB A; 3G7Z A; 1VQP Q; 2OX7 A; 3GNF B; 1VQO A; 4JLG A; 1V29 B; 2HBP A; 2GQV A; 5CKE A; 2FEI A; 1MUZ A; 3M0T A; 2EVR A; 2RB6 A; 4M75 C; 4Z89 A; 3P8B B; 2FPE A; 1WXU A; 3CCR T; 1UE9 A; 1BI1 A; 1LVK A; 3FC3 A; 2RHX A; 1BYM A; 1HSQ A; 3OYD A; 1M2V B; 4CC7 A; 1C1A A; 1QQJ A; 2EKH A; 2VVK A; 1M30 A; 2LNH B; 3VUZ A; 2LZ6 B; 3MKD A; 3JCM V; 3TRE A; 3PTA A; 2V8I A; 1Q86 C; 4KGV B; 5GMK h; 4F7U B; 3I55 T; 4HA8 A; 2K9G A; 3CBM A; 1HD3 A; 3DB3 A; 1BIB A; 2F5T X; 2DIL A; 1W2B P; 2RI5 A; 3PIP A; 3LLR A; 5LJ5 d; 3JCM e; 5HCK A; 4RUG A; 2LMJ A; 2PUO B; 5KE3 A; 1OZ3 A; 2LT1 A; 1RAG B; 2QGG A; 3QII A; 1JBM A; 2RJE A; 3TSW A; 5LJ3 d; 3ZFJ A; 1YIJ Q; 1UGQ B; 3A8G B; 5GAN 4; 1D3B B; 4C8Q A; 2P0K A; 1Y71 A; 4QT7 A; 2WAC A; 2ZGW A; 1X01 A; 2OAW A; 2MCN A; 3OS2 A; 2RK1 A; 2X35 A; 4F04 B; 1MHN A; 3NPF A; 5DLO A; 2OTL A; 1K1Z A; 2D6F A; 1HK9 A; 2BKD N; 4OGC A; 2LX7 A; 1KQ1 A; 3VS4 A; 4JZ4 A; 1VQM T; 1AHJ B; 4KBM B; 2YLB A; 2DE0 X; 2AKL A; 2V1Q A; 2AT1 B; 2VXE A; 3JCM X; 4JRK A; 3QBY A; 4E7H A; 4AFS C; 3HKS A; 4PJJ A; 1NM7 A; 3UT1 A; 8ATC B; 1YJN T; 2J6O A; 2JJ9 A; 4C8Q D; 1PHT A; 2CGH A; 3MEU A; 4LDX A; 1RLQ C; 1Y0M A; 2IG0 A; 2V8K A; 1GCP A; 3I35 A; 3KUF A; 2DD5 A; 1YI2 Q; 4C92 B; 2J7I A; 4XU1 A; 2CSI A; 3VRZ A; 4JUV A; 2C0T A; 3SDZ A; 3CPW S; 3CPW A; 1LPL A; 1SSF A; 1YJ9 A; 2WSE E; 2FZG B; 2SRC A; 2VKN A; 4EPC A; 1Q95 G; 2DL7 A; 1PKS A; 1XNI A; 4DOV A; 3D7S B; 3OYM A; 4B6M A; 2X3X D; 1JO8 A; 4LDY A; 2CZ0 B; 4AG2 C; 4J7I A; 2F2X A; 3KBG A; 1YJW Q; 4L59 A; 2EKO A; 4Q5W A; 2PU9 B; 1VQK Q; 4RG2 A; 4JRP A; 1SKU B; 2WSF E; 4N4G A; 1VQ9 A; 5HY6 A; 2P4R A; 3URG A; 2IPO B; 3PMI A; 2GTO A; 3KFV A; 1VQ6 T; 2K2V A; 1YJW A; 2DX1 A; 1YCS B; 4Z88 A; 2JS0 A; 2CUB A; 2YT6 A; 4YTL A; 3NTK A; 4M77 C; 4XU2 A; 1PWT A; 1ZBJ A; 3G4S A; 4EMK B; 1BCM A; 3TSZ A; 4M75 E; 1GFD A; 2H8H A; 1YHQ T; 4ZTF A; 4A54 A; 2A36 A; 2MWO A; 2CP6 A; 3A8M B; 1NJI U; 3M0R A; 4FIB A; 3JB9 H; 2ZPH B; 3WVE B; 4J5Y A; 2FVU A; 3A5Z B; 4OMQ A; 2NUZ A; 1K9M R; 3L42 A; 1D0X A; 2KQW A; 2DYI A; 4EIK A; 1KHC A; 1N8R U; 1SRL A; 1WLP B; 4LNP A; 5IAY A; 3G6E A; 2XIC A; 4DA4 A; 4HCK A; 1JJ2 S; 1JJ2 A; 4XK8 E; 2KRM A; 2IIM A; 1NE8 A; 3VKI A; 2ROT A; 5GAN 5; 5DLQ E; 4KRT A; 4LN2 A; 2O2O A; 1M8M A; 2P4T A; 1VQ5 A; 4J83 A; 1ZA1 B; 2DXT A; 3MJX A; 4KUL A; 2R58 A; 1D0Z A; 2DO3 A; 1NZ9 A; 2O9V A; 1QP3 A; 2EIF A; 1X2Q A; 1YP5 A; 2E5K A; 4BB7 A; 3M5A A; 2DVE A; 3JB9 G; 2AKK A; 4C92 C; 2GF7 A; 4C5E A; 1KC8 C; 3OYH A; 3QWY A; 1MMN A; 4IUT A; 1VQO T; 1IHW A; 2CZ7 B; 5GAO m; 4F7U G; 2DXB A; 2QAZ A; 1Y57 A; 4FT2 A; 2RHI A; 3CCM A; 2O4X A; 4J9F A; 4E7S A; 4RTY A; 3EG1 A; 4NS5 A; 2KI7 A; 1I1J A; 2D0N A; 1BCO A; 4N4I A; 1QWE A; 4M77 G; 2K5I A; 1TS9 A; 1PSF A; 1SEM A; 3PT9 A; 4CRI A; 5J39 A; 4PK4 A; 4HCB A; 2LJ1 A; 4C5H A; 1B34 B; 3EGD B; 4JS4 A; 2L0A A; 5KYX B; 1HXD A; 4QVD A; 1W6X A; 4OGE A; 1ZBX A; 3H0H A; 3X26 B; 4XTZ A; 3RDV A; 1MNE A; 4EMK C; 1M8V A; 3JCM Q; 4OVA A; 5KYU B; 2EGC A; 4BI3 A; 2JTF A; 4O6J A; 1X27 A; 3A1P A; 1OI1 A; 5L23 A; 3VS6 A; 4EDU A; 1E7O A; 1Y96 A; 3FJP A; 4RCB A; 1M3B A; 1Y07 A; 3CCQ Q; 1MGQ A; 2A0F B; 2EJG A; 2VXF A; 2DER A; 3BY7 A; 1S72 Q; 1UJY A; 3CPF A; 1QVP A; 2ED1 A; 3VYH B; 1WDX A; 2COW A; 3HSB A; 5CVI A; 4JJB A; 2OTL T; 3V7S A; 3AHU A; 4BUG A; 4R56 A; 1GL5 A; 4KH1 B; 2ESW A; 1C0M A; 2BZ8 A; 1IGQ A; 2KRO A; 1MV3 A; 2QQ9 A; 1WXT A; 4C92 G; 3CBP A; 1VOM A; 4KH0 B; 3M55 A; 1SRM A; 1XJW B; 3L2Q A; 3CD6 A; 2JS2 A; 5IXF A; 1K8A C; 1QVG P; 1R77 A; 3I9Q A; 2E5Q A; 5LJ5 g; 1HJD A; 1QMC A; 2KRS A; 3MPU B; 3PVL A; 3QWX X; 5LJ5 h; 4C5G A; 5GMK e; 1I5O B; 4XU3 A; 5KE2 A; 1IB8 A; 1R8O B; 4DEX A; 2AHJ B; 4AFQ C; 5GAO p; 2QQR A; 5FRO A; 3SD4 A; 5LJ3 g; 2NWM A; 2DD4 A; 1UUE A; 2ZPE B; 2VV5 A; 1IO6 A; 3CEY A; 3CCS Q; 3JCM P; 1G3Y A; 5LJ3 h; 1FMK A; 3HRU A; 1YJ9 T; 3V8K A; 4FYY B; 1WA7 A; 2X4Y A; 2KNB B; 1NG2 A; 1VQN Q; 2EYY A; 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2E3H A; 3C95 A; 2YUP A; 3BDL A; 2HL5 C; 1JXO A; 2RJF A; 1M90 U; 5I2S A; 1NLP C; 2HKN A; 3RKX A; 3LGL A; 3QHS A; 1Q82 R; 3CME A; 1KQS A; 2CRE A; 2KRN A; 1Q86 U; 3GPL A; 1TH7 A; 4BDY A; 4OB1 B; 4C92 A; 3CCM T; 1Q81 R; 1LJO A; 5GAM h; 3EFO B; 4PJO C; 4ANJ A; 3OSV A; 4L5G A; 4A4F A; 1VQ4 Q; 3QSU A; 2YUN A; 2DA9 A; 3JCM d; 3LGF A; 3OYI A; 3DLM A; 2K2M A; 4F14 A; 3SWN C; 1AWW A; 1K73 R; 5GAN f; 4LE9 A; 1SPK A; 2M9U A; 2HQH A; 1W2B S; 1W2B A; 2AZS A; 3CQT A; 4RKU E; 3CCE Q; 5CR2 A; 3A8O B; 2RQT A; 4JS5 A; 2PUK B; 1UTI A; 1UHF A; 3OBW A; 4OP0 A; 1BI0 A; 4B9W A; 2JM8 A; 2O01 E; 1TOV A; 1AZE A; 2DRK A; 1VUB A; 2GTJ A; 2KT8 A; 3H0I A; 3CC7 A; 4C92 D; 4LXC A; 1VQL Q; 2ROL A; 4M78 C; 3EGU A; 4FU6 A; 1M9S A; 1UGP B; 2V26 A; 3PGG A; 1PCX A; 1VQP A; 1W1F A; 5A0G A; 1KQS P; 1KHI A; 1WNL A; 2ED0 A; 3VU3 C; 2M0Y A; 3GNG A; 2LQ8 A; 2E12 A; 4UC4 A; 1W4S A; 1I4K 1; 3REB B; 5A0L A; 3NFC A; 3OS0 A; 5HKC A; 2FB7 A; 1XQH A; 1RLP C; 4BI8 B; 3FDR A; 1MV0 B; 2DM1 A; 3MEW A; 3SEM A; 3NMZ C; 5IHK A; 1WXB A; 3JB9 F; 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