4NNC | Genus

Total Genus 168

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	168
sequence length	522
structure length	483
Chain Sequence	TSLYITAAPIGAVPKFLDPFEATFIPSFLLEGFFDADRCASIAADLKTDGWEVVPAGGRLLQVGHAQPIAAHFPKPWLAALSNKLARRIVLQLTTYGWIVSEQGDLLWEHERQHHYLPPALIEAIEKESPALLKNMEEAGWIACAAGYWQAGKARSPYLPITPEAITEETIRSMRAGAAVVHLHTRDLSDRRRIEIPGLGVVTVGSQRNQIVLDDYDAIVPMVKKREPAAILNLSTSVRGDRHGARSKLRRAHLKFYDDVGSAPEVASLSPAAVVFQGGGGYDNAPDFLDAQFDHFERVGTRPEVEVFNHAIVDNATSLYRDRLLRTGKPVLFMLVAGVDQYRRDPITGEVEDDSLIARVVREEISSLLADESADSHRRAVELAIGQLRPVVERLRASFPVSKISILLPGPMQNLLVDVALGLGLDGIRVGLEDGLTVNDARVPGGVRKARGTWEQVSLVREELLGRGATILTAAQVRDMFGL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	OBCA, Oxalate Biosynthetic Component A
publication title	Structural Basis for Bacterial Quorum Sensing-mediated Oxalogenesis. pubmed doi rcsb
source organism	Burkholderia glumae
total genus	168
structure length	483
sequence length	522
ec nomenclature	ec 4.1.3.-:
pdb deposition date	2013-11-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF05853	BKACE	beta-keto acid cleavage enzyme

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4nncA01

1PHQA 4MIMA 1VH7A 4JIQA 3SZ8A 2ZQ0A 4GBUA 2NWSA 4YCPA 4I7WA 1F6PA 4JYEA 1KW1A 4LTSA 1H7WA 4JDBA 3QQ0A 2O7SA 1HL2A 5DBTA 3C2EA 3QW3A 3TK7A 1QPRA 3W2MA 1FWWA 2CLEA 3E96A 4LV4A 4Q32A 2WSQA 3FYOA 4UTWC 4Z0SA 1LTDA 3S1XA 3W7QA 2IQTA 4WX2A 4JICA 3JR2A 1Q6OA 1QMLA 3STCA 3W74A 4GWEA 1ZFJA 4Z1CA 1K7EA 2I9EA 5CG7A 3W1TA 3QRHA 1KM3A 4MLJA 1ME9A 1QNVA 3Q2DA 3G1HA 2A6NA 4UFLA 5G4EA 3W1AA 3D0CA 4TMBA 1FCUA 3F1QA 5F4XA 5AHIA 2OT0A 2Y6ZA 3SECA 3DFSA 4TMCA 3G3DA 1CX9A 2W0UA 1YXCA 1W5PA 3NQ6A 4LS0A 1HFBA 3QYQA 5AYXA 1OYCA 4O0KA 3C61A 5BNKA 4LUJA 3MO7A 4NJGA 3QQ1A 2CZDA 3VNDA 3NA8A 1DJQA 1HO4A 1SO6A 3TNOA 3NQEA 2E5CA 4K36A 1WOBA 3W6YA 5FF3A 4JYDA 4JTJA 3WJYA 2FFCA 4HT3A 4UUIA 3T44A 1SW7A 1JCMP 3HPSA 3TR2A 2VEKA 3W73A 4E2DA 1KM5A 2VFEA 3P62A 3TXZA 3UPBA 3W1LA 3GXPA 4YL2A 3C0JA 4ZQMA 3P60A 3BLIA 3TUUA 1S3HA 5AYYA 4DF2A 4X22A 3ANYA 4J9JA 2C1HA 3PF3A 4O13A 3W1RA 2HS8A 4EF8A 2OX1A 3PY2A 3QZEA 4L4MA 2ZDRA 1A5AA 3GDTA 1L6SA 2OMAA 5HMSA 5U4NA 2J9XA 2QCDA 1JUBA 4NXKA 3NL5A 1MEWA 3LTYA 2ZTJA 2DZWA 5FEXA 2A21A 2DORA 3NXFA 3G1SA 1W0MA 3LCXA 2ATMA 1TQJA 3W76A 3PBUA 4LS1A 4N6FA 4FNPA 1UUOA 5HQEA 4A29A 3G18A 4AF0A 4CCDA 1VPXA 1IIHA 4ADUA 4EIVA 3TCEA 2Y7FA 1KBIA 1KLZA 1ZHAA 3CIXA 3L66A 4OT7A 5F4WA 1KFJA 4QSHA 3UWZA 1LOLA 3EWBX 3UY7A 3HBLA 2A7RA 3OVPA 3FJ6A 1IIGA 1VCGA 3O8AA 4X2RA 2CLHA 1GYNA 2BTMA 1TCDA 2J88A 2JGQA 4UTMA 4EF9A 5FF0A 4GNJA 3P81A 2Y62A 4P61A 4P2VA 1OFPA 1SW0A 3GAKA 3LRMA 1GTHA 3O6DA 4XTIA 1EP1A 2ZCGA 3PR2A 4NNCA 1F74A 1RR2A 1JUEA 2YZRA 4UTWA 3B04A 1I2QA 2YGYA 1ICQA 1HUVA 1M5WA 2ZZ2A 4O1CA 2BZNA 2QJIA 2B7NA 3M1ZA 4UTKA 5BW6A 3WJSA 3LCFA 5DN1A 3RNDA 3L67A 3KOFA 1W54A 1F2JA 4M6VA 5DCDA 3QPYA 4CNPA 5D02A 2H90A 3G8RA 5D2YA 4UFHA 3BGGA 4A22A 4HSOA 3DKJA 4UTIA 3SI9A 3IRDA 4UTLA 1XC4A 4ZQOA 3GDKA 2DU2A 5DCBA 2CZFA 3G1YA 3S9YA 4IWWA 4ZQRA 2QCGA 4PTNA 1AG1O 3L65A 4MYAA 3IEBA 3W72A 2G96A 5CPOA 3SGZA 1TPUA 4GUGA 4ZMGA 1GG1A 1XM3A 3OIXA 5HR6A 2V82A 1I45A 4JTSA 2VFGA 5DY2A 4RZ5A 5F2LA 2WNNA 2GUUA 3L2IA 4N2YA 3S5OA 3MP5A 3LBCA 3ATZA 1N55A 1F73A 5K3VA 3TU9A 4X9SA 4YWIA 4O4WA 4EVZA 1QWGA 4JYFA 2Y7DA 4JTLA 5I3KA 1KFCA 2QAPA 3GDLA 1EA0A 1LCOA 1SR9A 3UWVA 1RPXA 1FWSA 3E0IA 3S6DA 1TIMA 3NAVA 1ALDA 3TE9A 5E93A 2HS6A 3ZWSA 1O4UA 3NQ7A 3MUXA 4PODA 4ZQCA 3LCLA 1OX4A 2QF7A 3EX1A 1ICSA 4ORIA 1IGSA 3S42A 1K7FA 3PBVA 2Y61A 4UMAA 3RFAA 4L4LA 7TIMA 1K8ZA 3R2GA 3LTPA 4R53A 3HO8A 3QMTA 4POCA 3TROA 1G4PA 3BLFA 2QCFA 3JRKA 5FF4A 2QR6A 2J27A 3T7VA 3PS7A 4FF7A 5AHNA 2OJPA 3NOEA 2YCEA 3DHFA 2E1DA 3N73A 1G6CA 3S1VA 3MW7A 3IVUA 1EPXA 4HPXA 3QEZA 3STEA 3GKFA 3DKLA 4TO8A 1BEUA 3IIZA 1GPWA 4XKYA 1FXQA 3UWWA 1OFBA 1Q45A 2CLMA 3IV3A 2DJXA 4I9AA 4IMFA 4NU7A 2G5WA 3GK0A 3MP3A 1NF7A 2CFFA 4PEKA 5KMYA 2XN2A 2WKJA 3THQA 1QO5A 3VCRA 2JKEA 2YXGA 2E68A 2QCLA 5G1TA 5D2XA 4MJMA 4MLRA 1GJPA 1OYBA 1S5VA 3W1MA 1H7RA 3LLFA 1JCYA 3SGUA 3L5MA 1CW2A 3O16A 4ZZ9A 4UFIA 2E5DA 1YXDA 1W3TA 4JNMA 3W1QA 4GUHA 3N2MA 1VHNA 1EUAA 1I2OA 3VKJA 2C3ZA 3BG9A 4Y96A 5CPNA 3N9RA 1GWJA 1F05A 1GVRA 4KWVA 1TTIA 1W5MA 1FCQA 4NNAA 5LNWA 3LTSA 4KFOA 1F76A 2DZPA 3NNTA 3LDVA 1B57A 4O8RA 2ATSA 2FPYA 1W3NA 3M7WA 3NPUA 1KA9F 2EAWA 1JRBA 3T78A 5SWUA 2BWGA 3TMLA 3EX3A 4FX8A 3DHDA 3LCWA 1QPQA 3C56A 1AMKA 3W1NA 3A5FA 1KTNA 1WA3A 2E09A 2CZEA 1M7OA 1W31A 3PBYA 1B4EA 4OV9A 1BTMA 4JDYA 1R2TA 2YW4A 1YTDA 4HKPA 4GFSA 1C8VA 2NX3A 5G2HA 1QR7A 4NZFA 4FIQA 3I68A 1NFBA 3DFPA 4Z1AA 2E6DA 1TREA 3CTLA 5A5WA 3CWOX 1TPVA 3M9YA 4LVAA 1FCBA 1LZOA 3TC6A 5C55A 1ZJIA 3NYZA 2CLOA 1ADOA 1T8XA 4MFEA 3UZ5A 4HNVA 3ABQA 3S0CA 1W56A 2PRHA 1OK6A 2ZA3A 3P74A 1R47A 3TMQA 1B4KA 5LZLA 2X1UA 1G4TA 4K37A 4O12A 3TJXA 3HF3A 1EB3A 1DORA 4X3ZA 4HSNA 4CCCA 2VENA 2WSYA 5C2XA 4K8HA 3DAQA 1DV7A 2PRMA 4HNTA 5LNSA 1PCWA 4FB7A 1IXQA 4KKXA 3A5VA 2OCZA 4B5NA 1XBXA 3R12A 1OFRA 1W5OA 1UJPA 3TX9A 3M5YA 3WK3A 4QJ1A 1O60A 3TAKA 1FWNA 4JTGA 3TIMA 3M47A 1TSIA 4FNQA 1PCKA 4HN4A 4I7VA 3BLEA 3L5LA 2VFFA 1VC4A 3ABSA 4ZVJA 3F4NA 1S5TA 4QQ3A 2ZZ3A 3E12A 4LRSA 1TPWA 1RVGA 4ML9A 5FI8A 4WUIA 4HHPA 3EKLA 4HNNA 1FX6A 3H55A 3IIPA 1UUMA 1K03A 4NQ1A 2Y89A 5FF7A 1OG0A 2Y63A 1XI3A 4LVFA 2I14A 4O28A 3IIXA 4DEFA 2LLEA 3HG3A 2ISWA 3LI0A 1W5NA 1SFJA 3UWQA 4LC8A 3CEPA 1XUZA 2Y88A 4OHQA 2ZZ7A 4LS2A 1IXPA 3LHWA 2AGKA 3O05A 4Y6GA 5AN7A 4PL1A 4M7TA 1W3IA 3M44A 3OBKA 4FXSA 3N3MA 3LXBA 5J5DA 1R2RA 2TRSA 1P0KA 4N9BA 1WX0A 5CPMA 2BSLA 4NNBA 3U8GA 4H3DA 2V81A 3LHUA 4R34A 4CLMA 3G1XA 2RKXA 5CZ0A 5AHLA 3G1DA 2ZBTA 1SFLA 3G22A 1T0OA 2BX7A 2NXIA 3OA3A 5D03A 5C5YA 1SSGA 3NL2A 3NGJA 3CB8A 4FNTA 2C15A 5G2WA 4U28A 3QC3A 3W71A 1VLWA 3VE9A 1FXPA 1SUXA 1GZGA 1KFEA 4IX0A 1CI1A 1ZAHA 3NQCA 3W7HA 5D33A 2CZ5A 1OYAA 3FJLA 1F7BA 3DZ1A 2A6LA 2R91A 3FOKA 4MZ8A 1AL8A 4O16A 2C0AA 4UFMA 4BFAA 1LLZA 4AVFA 3KX6A 5G5IA 3K30A 2H8ZA 1D3GA 4I7UA 3PSWA 1P5BA 3PG9A 1VCFA 4LY8A 2C6QA 1D9EA 4QM1A 3N19B 3B4UA 2ZRYA 4ICNA 4DF1A 3MYPA 1ZAJA 1UBSA 5FEZA 4PL2A 5KZMA 1F6KA 4UR7A 3ATYA 1AW2A 4A2RA 1KTBA 3MBDA 2VKZG 5D2WA 1PS9A 5BMXA 1LORA 2W79A 5K4ZA 1LM1A 2X2GA 4OV4A 4ADTA 2WV8A 3A9IA 3LRLA 1E51A 5E1QA 1SO5A 1ML1A 1A5CA 3LI1A 4RV8A 4O57A 3GKAA 1JUKA 2NV2A 5IBXC 3L21A 2A4AA 1KFLA 4M7SA 1VLIA 3W2KA 4NJKA 3V1PA 1OFDA 2CLKA 5ABTA 3EEGA 1TJRA 1GVSA 4O53A 1U5JA 1TPH1 1QAPA 3KHJA 4JR5A 4Q33A 4TR9A 3W2UA 3L68A 3PG8A 3M16A 1PIIA 4TU1A 1RQBA 5AFDA 4Z1DA 2X30A 1YPIA 3IGXA 4UFKA 4O14A 1TPFA 1LOQA 5EMUA 1VYPX 1UB3A 2ZZ1A 3S1UA 1FBAA 1VYRA 1BWKA 2A7PA 1JJKA 4LU0A 2GJLA 3MI3A 3UPWA 1EUNA 2EF9A 2ZZ5A 3QM3A 2NUYA 2P0OA 5TBOA 3S5ZA 4TX9A 3QPZA 3W7NA 4MZ1A 1OHLA 3W7RA 1KM6A 2A5HA 3P5YA 4O15A 3LERA 1JQXA 4CNOA 2OZ0A 1VJIA 1TJPA 2A7NA 2V2DA 3TV8A 3CQ0A 4FX7A 3TQ0A 4JX4A 3GB6A 2RDUA 3HG5A 2AAMA 3DBPA 2FQIA 3KFTA 1FDZA 4FXRA 2H8XA 4UTJA 3A21A 1C9DA 3VFLA 3QW4B 2RDTA 4JTEA 3DI0A 4LNYA 5G1YA 5HUPA 4AMAA 2JGYA 2WJZA 1G4EA 1Z42A 4WQ6A 2ALDA 2YSWA 3BV4A 1ME7A 2QCHA 3LOTA 4UMBA 3B05A 3LBMA 4JTKA 1EWEA 1WYIA 3HJZA 4FEZA 3MBFA 2B7QA 4JTTA 2A85A 3F4WA 3G0SA 3EX4A 4O0ZA 2R94A 3BARA 4IMDA 1Z44A 3G3MA 2TMDA 3H54A 3C2FA 5D32A 2NUWA 4BWLA 2DJLA 5I3IA 2RHGA 2ZRWA 3GNNA 3B0PA 3NQMA 3LX9A 3PULA 5IM51 3SY5A 2ZZ6A 1U83A 4RX0A 3GXTA 2XFWA 2JKAA 1EX5A 3OVQA 4WY0F 4N6EA 4IMEA 3BW2A 3NO5A 3W7MA 3TDFA 4LV9A 3IVSA 1SO3A 1XBYA 5AHMA 1MXSA 1ZENA 4ONVA 1LYXA 3GR8A 5IBXA 3T40A 1UASA 2QDGA 2ZYFA 2V5LA 2C14A 5LGZA 1B3OA 5L6UA 4HNUA 4NX5A 2EPHA 2ZRVA 4JIPA 2WNZA 2CU0A 3BG3A 3P67A 2WQPA 3W07A 2YFNA 3LLDA 1AK5A 5A8GA 4OBTA 3RU6A 4XBKA 1NF0A 2HSAA 3O1NA 4MKNA 4AHPA 1YTEA 3PUDA 5EPDA 1MO0A 3HPZA 1C29A 5CZTA 3NM1A 1R2SA 1WQ5A 3LHYA 4S1FA 3MHUA 4LUIA 4AHOA 5AYZA 4DO5A 1Q6RA 5DXYA 3I7QA 1TB3A 3NQFA 5CZSA 4DPPA 2B7PA 2W6RA 3NL6A 4N9EA 1MEHA 1T99A 4AWUA 2ISVA 3U2OA 1TRDA 2QKFA 5HULA 2X1SA 1TV7A 5KZDA 5LSMA 4N4PA 2QDHA 1EEPA 2VEMA 2GQ9A 5D30A 5G2IA 2X16A 3KAOA 3CWNA 2Z2UA 2C13A 2PURA 2X1RA 3DFQA 3GZ3A 2NX9A 2FB3A 4H6KA 3EXSA 3NR0A 4PA8A 2YR1A 2B7OA 3L0KA 2Q3RA 1M6JA 1LBLA 3CIWA 4IPIA 5GVJA 3BO9A 4LC6A 2FIQA 3W7CA 4A2SA 4MFDA 3LHVA 4HIBA 3QSTA 3HPXA 3W7EA 3M5ZA 1H7PA 3UWUA 3EWWA 2VXNA 4DQWA 3EKZA 5DLCA 1F5ZA 1L6YA 4JX5A 1OK4A 2DZVA 1P4CA 2QEZA 4DPQA 5CGQA 3EWYA 3UD6A 3WJZA 4JS3A 1LBMA 3USBA 3W70A 2ABAA 1FWRA 2ZA2A 1Z41A 3HGOA 3RMJA 2YDAA 3L0NA 4IMCA 5BMWA 3HGSA 1G7UA 2KZHA 4JY8A 1TV5A 2ABBA 5FEPA 3M41A 4LRTA 4G1KA 4Z1BA 5FEWA 3LB0A 4AWSA 3TSMA 1ZAIA 3KVLA 1GG0A 1XUUA 2QUVA 2B0MA 1GT8A 3E49A 1PL9A 4LW7A 4WD0A 4PCFA 4ZQNA 3PUEA 4RLIA 3UY8A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4NNCA

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Chord Diagram

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