4NX5A

Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 6-azauridine 5'-monophosphate
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
220
structure length
220
Chain Sequence
DVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 6-azauridine 5'-monophosphate
rcsb
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 85
structure length 220
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2013-12-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4nx5A00
1M7PA 4DPQA 4GFSA 4H6KA 1H7PA 1SU5A 2A85A 4ICNA 1EP2A 5ABTA 3A23A 4B5NA 4NXSA 3W7GA 2FB3A 2B7QA 4TMBA 1A5AA 2ZRYA 3HGRA 5EMUA 2VFIA 3QJAA 4Z08A 1VCVA 1DORA 2BX7A 3CPRA 4QITA 2IQTA 1H7WA 2FLIA 1OX6A 3EXSA 2R14A 2QKFA 3AO0A 2Y88A 3I7QA 4KWVA 3W1UA 1EEPA 2E77A 1EB3A 3PS7A 4Q33A 1W5OA 3I7RA 4O52A 1S5VA 1SW3A 1OK4A 3DFQA 3HG2A 3L0GA 5AFDA 1R2RA 4UTWC 1M5WA 1W5MA 4FNTA 1RQBA 3OG3A 1XBVA 1XXXA 1RR2A 4ADSA 3HIJA 4GUIA 2C18A 5D2TA 1X8FA 1TIMA 4JDYA 5KITA 1R2TA 1C29A 1QNVA 1WBJA 1P1XA 3LHUA 1W37A 2DJXA 3W1LA 2Y85A 5LNVA 3UXDA 4Q32A 4PODA 5K9CA 1GTHA 1VLIA 5K4ZA 4N4PA 3GDMA 4LY8A 3H55A 1KM5A 3W7KA 1OFAA 2Y61A 3EEGA 1SO6A 3CU2A 3GDLA 1QPRA 5AC7A 3NL3A 4LV9A 4GE8A 7TIMA 4MUZA 2BWGA 2EPHA 1NFBA 5AHMA 2GVLA 3IVUA 1SSGA 1AW1A 4UUIA 2FTPA 3LCIA 1PL9A 3UYCA 1FBAA 1OYAA 3RLUA 4A21A 4OBTA 3GKFA 4FNQA 1ZENA 1YYAA 1QOPA 4GRSA 4BF9A 4PCFA 1V5XA 4MY9A 1KM6A 1JRCA 3TQVA 3P60A 1QDSA 2GJNA 3BG3A 3EKLA 4GUGA 2ZA3A 2ZDRA 3W6YA 1VS1A 1LP6A 3TNOA 4OE7A 3EWXA 5HNRA 1JQXA 1GT8A 2FQIA 4JX5A 3IIPA 2CLHA 3HG5A 4X22A 1IXOA 2VXNA 4JTIA 4LW7A 1YDNA 3G1SA 4O54A 3TK7A 4TO8A 3G1YA 1J5TA 2ZZ3A 4XKYA 3NEVA 1FY6A 2DZXA 6ALDA 1ME9A 1EWEA 3T7VA 2C15A 3IGUA 3T55A 3O05A 1FDJA 3CEPA 1XDMA 3E02A 4DF1A 3LI0A 2CWNA 4K8EA 2WJZA 3N19B 1YLVA 1ZCOA 1U83A 3DI0A 3STEA 5HWJA 1EPXA 1B3OA 1W0MA 1OHLA 1OFOA 2ISSA 3P8JA 4I9AA 1KBIA 4UTJA 4TR9A 5L6UA 1HTIA 3W72A 4JTUA 2QUTA 3FFSA 1VRDA 2Y63A 3LRMA 3T40A 1KM3A 1GVOA 1GJPA 4QSHA 3PSVA 3MYOA 3O07A 3EX4A 3TE9A 2QAFA 5KTLA 5D09A 1LZOA 3E9AA 5K4XA 1PCWA 3R13A 5F2IA 2A4AA 1FDZA 2ZTJA 3HBLA 2CLIA 2V30A 4H4IA 4MLRA 1DBTA 1WYIA 3FS2A 2TRSA 4ONVA 2Z6JA 4E38A 2YFOA 1K7XA 4ZZ9A 4FIQA 4NNBA 4FX8A 3H53A 2VEKA 1VH7A 1EUAA 4CNOA 4RV8A 4UTMA 4OV9A 1Q6QA 3PG9A 4DF0A 4LUJA 3THAA 1TREA 3NXFA 3B04A 2Y70A 4LVDA 3CT7A 2CZDA 2Q3RA 3EX2A 2TMDA 1XL9A 2WNZA 4GUHA 1PE1A 1Q6OA 1THFD 4A29A 4DF2A 3KRZA 3B0PA 3S6DA 2EGZA 2WNQA 4JTTA 4AAJA 5KZEA 3YPIA 1VPXA 2NZLA 3U6WA 1DKWA 3EWZA 4YL2A 3QYQA 1KV8A 2V2CA 3S1VA 3O06A 1QPNA 2NV1A 2VEIA 4JR5A 3M5VA 1TRDA 1FWSA 4YWIA 3W85A 1K8XA 3P74A 4K38A 3ELFA 3PB0A 2C0AA 3PAJA 1H1ZA 3A21A 3FYOA 4I7UA 2QCDA 1YPFA 5F4XA 3IVTA 3QZEA 2RH9A 1SZEA 4FXRA 3G0UA 1NAL1 2VFEA 4A22A 1AG1O 1DQXA 4CCEA 1FCBA 1FX6A 4Z0SA 2V2DA 3TUUA 3M5ZA 2E09A 4WJEA 1J4EA 2X16A 2ZZ6A 3CWOX 1X1ZA 3TXVA 3UD6A 1L6YA 1XDLA 1OVDA 3DKLA 2ALDA 4FXSA 2A7NA 3P5YA 1EUNA 2VKZG 4JDBA 1G4SA 3GXPA 5EY5A 4UTWA 3STCA 2WOQA 1I45A 5KMYA 3G1XA 2ISWA 1ML1A 3G1VA 1GZGA 3A24A 5FI8A 3IIOA 1H63A 1W3NA 3C2FA 4O12A 3UPWA 3B0UX 3QH2A 3KX6A 3E49A 2OT0A 2W79A 3ATZA 4BFAA 3QRHA 2FIQA 2JGYA 2DZVA 2FPVA 4N4QA 3G18A 4JN6A 1LDCA 2JGQA 3L66A 3EXRA 5G4EA 3B8DA 4Y8FA 3FJLA 2QF7A 3G3MA 3SJ3A 3OHIA 1EA0A 1G67A 1LM1A 3LCGA 4ORMA 4QAIA 3O16A 4EWND 3PUDA 2QCFA 2QJGA 1HUVA 4MFDA 1TPC1 4OWGA 2TSYA 2NX3A 4RZ5A 1GEQA 1ONRA 3TC6A 2Q8ZA 3RF9A 5DXXA 1PS9A 3Q94A 4WY0A 5D37A 5U7SA 1QOQA 2JBMA 4UTHA 4UNKA 2J9YA 4NZJA 4DO6A 3HG3A 4R34A 1LRNA 3OBKA 4O53A 3CIXA 1EWDA 1W5PA 1OF6A 4JYDA 4QM1A 5BRBA 3W23A 4UCGA 5BOOA 2YPIA 3S5YA 1SZNA 2ZZ1A 3W2MA 1XUUA 1TTQA 4O10A 5CPLA 3G1DA 3GXNA 3TSDA 2RDTA 3WK2A 3W2JA 1FXPA 1UCWA 4HNUA 2W0UA 2QCLA 4P61A 1VYPX 5TQLA 4UTIA 3NDOA 2ABBA 2GQAA 3MW7A 1W5NA 4Y96A 1KV5A 4ZQMA 5CPOA 3QSTA 2CLEA 4NNAA 5CGQA 5F1VA 1QPOA 1XC4A 5LNUA 2Y7GA 4WXYA 1L2UA 5AYZA 1R47A 4BI5A 1TTIA 4IWWA 3LBCA 4H3DA 4MZ8A 3SFKA 4AWTA 4KKXA 4XQ6A 3C4UA 1IXPA 1E51A 3BLEA 3P81A 4JEQA 1QCWA 2CLKA 3BVJA 1LORA 5H2ZA 3OIXA 3PF3A 5J5DA 3P8IA 4RKAA 3QEZA 4WXZA 3W7LA 3G8RA 1TYGA 1WV2A 2E5DA 4RZ6A 3AJXA 2Z1BA 3V75A 2C19A 1XI3A 5LZLA 4JGDA 2X1TA 1C8VA 1I8JA 1OX4B 4RXFA 2KZHA 3WK0A 5LSMA 3S5OA 4UR8A 1TPUA 3HJZA 4O57A 3QFEA 1GVQA 4HT3A 4UFIA 2YX0A 1FWRA 1KFBA 3M9YA 1Q3NA 1GYLA 3STFA 3W2UA 5CZ0A 5G2IA 4M7SA 3LCXA 2VFGA 1OF8A 2O7SA 4K37A 3CLMA 4ADUA 1YXCA 2EHHA 3NG3A 4JTHA 3C52A 4AHPA 3LRKA 4NJJA 2G95A 3TKFA 2QCCA 3NM3A 3OEXA 2NWRA 3WFAA 1P0NA 2XN1A 3LV5A 3KRSA 3NPUA 1P4CA 2X1UA 6TIMA 2A7PA 2ABAA 1R46A 4KWWA 3W3OA 2YDAA 4S1FA 4JTJA 5I3GA 4WUIA 3L0KA 4LC6A 4FF7A 1GWJA 3GB6A 1WOBA 2ZQ0A 4RR4A 4NQ1A 3LTYA 3TAOA 1ZAHA 4J9JA 1MEHA 1G7VA 2QDHA 3FEMA 3S5ZA 4JX4A 3EWUA 2A21A 3ATYA 2RHGA 2OZ0A 1ZFJA 4OV4A 3UXAA 2V5BA 1GVRA 3W1TA 3V1PA 3NO5A 3PSWA 3M5YA 5DXYA 1TTPA 4CNNA 5FEXA 3M41A 3VCRA 4TIMA 1H7OA 4HSNA 4A2RA 4O28A 1JJKA 3IV3A 4N9EA 5EYWA 3RK8A 1ME8A 5E0KA 4E0CA 5FF2A 1X1OA 3HGSA 1DJNA 2A1YA 3BLFA 1F5ZA 4HIBA 4HPJA 4K6AA 1OFDA 3VI2A 1QFEA 2DORA 3S42A 4UR7A 5F4SA 1RD5A 5A5WA 3S0CA 1WBHA 1G4TA 1HO1A 2NV2A 3PB2A 4CNPA 5K9DA 3LHTA 3W7RA 1XBZA 2G96A 2QCEA 5G2WA 5I3KA 3L0NA 3VE7A 4CQ9A 3W86A 1XBXA 5LNWA 1KA9F 3LCWA 3OA3A 3W7NA 5U4NA 4M7TA 4ZMGA 1NEYA 2F7FA 2QR6A 1W3TA 2BTMA 4MLJA 3BGJA 4ZQPA 1AK5A 3CWNA 4MFEA 5I3HA 4MOZA 4UFHA 4LU0A 1OJXA 1A5BA 2VFHA 3PVFA 1RZMA 1OFQA 4N9DA 3ABSA 3D0CA 2YGYA 4R53A 3TJLA 5F2GA 3M1ZA 1HFBA 3MJYA 1OFEA 3C2OA 4NX0A 3LCLA 3NQGA 5AC8A 3T78A 3HOJA 1QR7A 5F1UA 3W07A 5D2VA 3EWWA 2E6AA 3P67A 3DBPA 1GVSA 5TIMA 3GDKA 2H6RA 3ZS4A 4CQ8A 4PEKA 5LHEA 3A9IA 3NVTA 3W7QA 1NF0A 5I3IA 5KZDA 3MP3A 4N9BA 1W56A 2QCNA 1T96A 3DFSA 3B4UA 4PH6A 3FOKA 1VZWA 3C61A 1DQWA 3MO7A 3LTPA 3VKJA 4AHQA 3MI6A 4MKNA 3GZ3A 3B03A 4UTTC 2P10A 3NGJA 3K30A 4RCXA 3PULA 5D30A 3FYPA 1OFPA 5K2ZA 2R91A 2ZRVA 4WZHA 3NM1A 1LOSA 4Z1AA 2A5HA 3IIVA 3LGEA 4HNVA 3GR8A 4AH7A 3LBMA 4M5PA 2BSLA 5AHLA 2AQWA 3UY7A 5G5IA 3DFPA 3MHUA 1JCYA 1PCKA 4PL2A 5DN1A 4HHPA 2V81A 1OABA 3A5VA 3BW4A 3C8FA 1TPDA 2J27A 4XUGA 3RMJA 4QISA 2ATMA 3BV4A 5SWUA 1H60A 2BZNA 4UMAA 4AEOA 1JQVA 1A50A 3HF3A 3SGUA 4NT0A 1L6SA 1ICPA 1LBMA 1ZJIA 3CHVA 1GTEA 2CZEA 5HWNA 3LHWA 3NR0A 3Q58A 2F84A 4YCOA 5CPNA 3TU9A 2VC6A 1JCNA 1TCDA 1F2JA 4N6FA 4UFKA 4O19A 2DJLA 3W1QA 3KVJA 1UB3A 3G8EA 1IF2A 1K7EA 2Z0IA 3B05A 1BEUA 5D2WA 5G1TA 5G2HA 1OX5A 4GNJA 3EXTA 1TQXA 3GLCA 5BW6A 5KINA 1SFLA 3B0VC 5MHBA 3LV6A 2B7NA 3F4NA 4LUIA 4NJIA 5DELA 4EF9A 1H51A 1RQHA 4ZQOA 4O8RA 1SQ7A 3BGGA 1SW7A 3KAOA 2D73A 1JCMP 3GVGA 4O11A 3UPBA 3NL5A 2DZUA 3TA6A 3W9ZA 1SZGA 1W54A 3NZRA 1WAUA 4N2YA 3GDTA 3G3DA 1F6PA 4UFMA 4I7WA 4DEFA 3SSJA 1LCOA 1L6WA 2ZZ4A 1YTEA 1KFCA 2ZRXA 1H50A 5AYXA 2OT1A 3F03K 4LC8A 4FB7A 5KZMA 1G69A 4FEZA 4IGHA 4E2DA 4HPXA 1M7OA 1H7XA 1K8YA 4N6EA 1H62A 3Q2DA 4YXGA 4L4LA 4WOQA 4QJ1A 1T0OA 1AMKA 2DZTA 1B4KA 2R94A 1MZHA 1SZFA 4ADTA 1W3IA 3THQA 3M7WA 4MVAA 5FF4A 5C54A 3IVSA 4DQWA 5D33A 2H8XA 3W7OA 5HR6A 1SO3A 3P82A 2Z6IA 3C6CA 3BLIA 3WJZA 1LTDA 1B57A 3UWUA 2PE4A 1LROA 2V82A 1RVGA 4ZVJA 2PURA 1Z48A 3NQCA 1NVMA 3FA5A 5AB3A 3MP5A 2QJHA 1GPWA 1VCGA 2CW6A 1LRTA 3A5FA 5FEWA 5IBXC 1YPIA 3O8AA 4GXMA 3DU0A 3O6CA 1OX4A 2A0NA 3LRLA 3W2LA 4Z1BA 2ZCGA 4MJMA 3ABQA 4MZYA 3DZ1A 4MY8A 1FWWA 4O15A 2QCMA 2E6DA 3NQ6A 1HL2A 3G0XA 1ICSA 1I2PA 3C2EA 3M44A 1G4PA 2BXVA 3LHVA 3W1XA 3S8HA 2QUVA 3QQ0A 3NQAA 4UIOA 1N7KA 4XBKA 1FCUA 3NL2A 4FIRA 4CCDA 1FWNA 1GYNA 3GIYA 4PFMA 5CSSA 4NU7A 1H7RA 4LNYA 2ZTKA 4PA8A 1JRBA 3E0IA 1XM3A 2GJLA 2NUWA 2GUUA 3NPXA 3O63A 4X3ZA 4M6PA 5HR7A 1O4UA 3CC1A 4DELA 2CLLA 1I2RA 5AOUA 4KFNA 3LERA 3BG9A 1VGAA 2XN2A 3KOFA 3NZ1A 3W7HA 3KVMA 4PTNA 3DAQA 5GVJA 1CX9A 2FPYA 1UASA 2HS8A 5E1QA 1Z41A 3GAYA 4HNTA 3WJSA 5BMXA 1D3HA 4OU1A 2RDWA 3SI9A 3MMTA 3NQ8A 1TO3A 3VNDA 5C55A 1O5KA 1MXSA 1K8ZA 1W1ZA 3N9SA 3QQ1A 1H1YA 3HPZA 3QMRA 1KTNA 3W7CA 3PUOA 3U8GA 1TJRA 4O14A 1H5YA 2X30A 4P2VA 4JTFA 2DU2A 1PIIA 1TPWA 2V9DA 3LTSA 4G1KA 1SO4A 1YDVA 2GOUA 5EA9A 1BWLA 1R30A 1VQTA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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