4NYNA

Crystal structure of rnase h1 from halophilic archaeon halobacterium salinarum nrc-1
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
GGRVHAYFDGASRGNPGPAAVGWVLVSGDGGIVAEGGDTIGRATNNQAEYDALIAALEAAADFGFDDIELRGDSQLVEKQLTGAWDTNDPDLRRKRVRARELLTGFDDWSITHVPRATNERADALANEALDDA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ribonuclease HI
publication title Crystal structure of RNase H1 from halophilic archaeon Halobacterium salinarum NRC-1
rcsb
source organism Halobacterium
total genus 49
structure length 133
sequence length 133
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2013-12-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4nynA00
1KTQA 2QK9A 2KTQA 4DTXA 1B9FA 5C42A 3LWMA 4ZTFA 1C1AA 1WNSA 3KKSA 5C24A 4CEAA 1RT1A 4JRQA 3KD5E 4PWDA 4FLXA 2HNZA 1NOZA 3HP6A 3VA3A 2XY6A 3F73A 1T03A 4FJIA 4NCAA 4M3XA 2F8SA 1A5WA 4BDPA 1G15A 3PO4A 1S6PA 3ASMA 4HUGA 1IO2A 2P51A 4EP4A 1UA1A 3SUQA 4OKKA 1T8EA 3O4QA 2G8FA 3OS1A 2B6AA 3ZCMA 2YKMA 3AVFA 3V9XA 4FXDA 3VQ5A 3DLBA 4ELTA 1TK8A 4AHRA 3K59A 1N6QA 3CG7A 1X9SA 2KFZA 3VQCA 1EETA 3OYCA 4LH5A 2W42A 4DQSA 2VG5A 1XI1A 3LZIA 2A1RA 1SL0A 5DMRA 1O1WA 3CFRA 3RWUA 4CFDA 4RW8A 4Z0UA 4CGFA 4B9NA 5CZ2A 3G0ZA 3UIQA 4G1QA 3SV3A 4J2EA 2G8IA 4CCHA 3AA2A 3DRPA 1SKSA 1SKRA 2HVIA 1EXQA 5CY4A 2JLEA 3HVRA 4CHYA 4ELUA 2OPSA 3NF7A 4DS5A 1JLFA 1QTMA 1C0UA 2D0BA 4CJ4A 4F2SA 3NGZA 3AO3A 1D8YA 2HHTA 3TAEA 1U48A 3ZSVA 1NOYA 5EU7A 3I8DA 4B08A 3DYAA 4IG0A 4NCGA 4M3TA 3S9HA 3V81A 3QNOA 4CK1A 1S6QA 4CF8A 1NKBA 3AVLA 1BQMA 1NJYA 3NDKA 4EZ9A 3OVNA 4KFBA 4E89A 3U6FA 3C95A 1S5JA 4DLGA 3TAGA 2HHSA 4YNQA 1HMVA 4BDZA 2Z1GA 4ICLA 4CEFA 3L8BA 3SV4A 4KI6A 3B6OA 1L5UA 1KSPA 1X9WA 1VK0A 3KLGA 3L3UA 4BDYA 1FKOA 2RPIA 3TAPA 1VSIA 3IAYA 1IKWA 2HMIA 1ZBIA 4FYDA 3OYFA 3AA3A 3LANA 4OKJA 2QKKA 4HHTA 3O3HA 1L3VA 4C8OA 3WNFA 3CM6A 3TAMA 1CXQA 4IFYA 4OKEA 3T1AA 4IG3A 1J53A 1BI4A 5SWMA 4B9LA 3EY1A 3SUOA 3VQ9A 4DS4A 4Y1CA 4Z4CA 4W5OA 2ZQBA 4R5PA 5J1EA 3TAFA 4BWJA 2PY5A 3AVGA 4OGEA 4BWMA 4C8KA 1EP4A 4F3OA 3V4IA 3V9SA 3QO9A 4CF1A 1ZBFA 4CGIA 4HVJA 5C25A 1SKWA 4AHTA 4XIUA 1NJXA 4LH4A 3LAMA 2WONA 1D9DA 4M3YA 3EZ5A 3D0PA 3LP3A 3NH2A 3DLEA 4EP5A 4N56A 1KFSA 2FBXA 4FLVA 3KD1E 4CEBA 1BIZA 1RBVA 1LAVA 3TR8A 3OYBA 1JLQA 4AH9A 1BI4B 4CEEA 3OS0A 4ID5A 3TI0A 4FK4A 1HRHA 1RTHA 4DTJA 2PYJA 4FJHA 1QQCA 4DSKA 4J2DA 1QSSA 4Z4IA 3AO4A 3NH0A 4FJMA 1LWFA 1JL2A 1KLMA 4O5BA 3U3YA 3VA0A 4ELVA 4KHQA 4H8KA 3HM9A 4KPYA 1WSFA 1UA0A 3K57A 4GVMA 4KTWA 4ZTJA 1KCFA 2HHXA 3ALYA 2FBTA 3OYHA 4FJNA 1WSIA 4CGDA 4HCCA 5KRTA 4CJQA 3KK1A 2D0AA 1LAWA 3OYJA 2O4IA 3VN5A 5E41A 1LWEA 1UWBA 1RTDA 3HO1A 2X6SA 3SQ4A 1FK9A 3ZSYA 1S1VA 4CHPA 4YFUA 4CERA 4FJ9A 2ETJA 1S1WA 1C1CA 4NYFA 2NUBA 3LPUA 1HPZA 3RRGA 3PX0A 4O0IA 1C0MA 1KFDA 4B9VA 4CJWA 1RBSA 1VSKA 3KLFA 4F4KA 1CZ9A 1RT4A 1SUQA 2GBZA 3LP2A 4RW6A 1B92A 2FC0A 1Z26A 4DTNA 1JLGA 3QINA 2KFNA 4GW6A 4E19A 1RT6A 4JLHA 4BE2A 4KKOA 1S1TA 3ITHA 3NAEA 3V9WA 4OPJA 3AVMA 4CHQA 1VSFA 1XHZA 4FLUA 4DF4A 1CLQA 2E6MA 1NK6A 4E0DA 3NF8A 2E6LA 2XO7A 4FZZA 3LDSA 3AA5X 4O4GA 1BCOA 1D5AA 5K14A 2IDOA 1RTIA 4M41A 5J2MA 2VWJA 3HT3A 4N47A 4E7LA 1U04A 4DU3A 1X1PA 4E7IA 1IKXA 5DK5A 2R7YA 5J2PA 4LSLA 2HHUA 4M3UA 4Z4GA 4KTZA 4N76A 1Q8IA 4I7FA 2O4GA 2X6NA 5KTQA 1MU2A 3HYFA 5FROA 1U49A 4M42A 4DTUA 1TL3A 1NK8A 2KW4A 5JS2A 3K5LA 1GOBA 2Q3SA 3QIOA 3NH1A 4KHUA 4F8RA 4M3ZA 3QIPA 4FJLA 4CJ5A 4CEOA 2KQ2A 4E1NA 2XY7A 2OA8A 2DTUA 4KB1A 3RMAA 1VSDA 3NCIA 1WAFA 4HCBA 2AJQA 2IOCA 4DLEA 1JLAA 4FM2A 1BHLA 2B4JA 3KIOA 4PUOA 5FRMA 1CXUA 4AHCA 1DTQA 1RT2A 2Y1JA 1N5YA 4FM0A 4Z4FA 2FBVA 3EYZA 4KHWA 1SL1A 1F21A 2DFFA 4CFBA 4BE0A 4FLZA 3SI6A 3OYDA 3QEIA 3AVNA 3AVAA 4KHSA 1W0HA 1RDDA 2RKIA 4DFKA 1U4BA 4FLTA 4QOZB 2DFHA 4B8AB 4CHZA 1SV5A 3ISNC 3LALA 4CEQA 4CJLA 3SUPA 5SZTA 4FJ8A 1U45A 2EHGA 2GV9A 3AV9A 2HB5A 4LSNA 3K5OA 4DTMA 1S1UA 3VQ8A 3MXJA 1WSEA 2BDPA 5JS1A 1NJWA 3VQDA 3DI6A 4OJRA 1EX4A 2VG7A 3OJUA 4KB0A 1DTTA 3K5NA 4LY7A 3BGRA 3NHGA 1LV5A 1Q9XA 4I9QA 3S3MA 4CHNA 4FJXA 3MAQA 3RMDA 4I9LA 1EKEA 3DLRA 4AHVA 1YTUA 3DRSA 4PA1A 5HLFA 1TKDA 3QESA 1W9HA 1JLCA 1WLJA 1SL2A 4F2RA 3KLEA 3SPZA 5CYQA 1RCHA 4FW2A 3KJVA 3DLGA 2YHAA 3NE6A 4RG8A 1NKEA 1HYVA 1WSJA 3NGIA 4E7JA 3QEWA 4OGCA 3VQAA 4WE1A 4OVLA 4CIFA 4N41A 3I0RA 3SNNA 2OPPA 4CJVA 1TAQA 1I3AA 1JXEA 5CZ1A 3B6PA 4CE9A 1VSJA 1IKYA 4W5NA 4KV8A 2FBYA 3A2FA 3L3VA 2WOMA 4DFMA 3KK2A 3VQBA 1ASVA 1I39A 3SPYA 3S3OA 3D45A 1XC9A 4CFCA 3I0SA 3SYZA 3ZSWA 3C6UA 4DG1A 3OYIA 2IGIA 2HNYA 3P1GA 4CJPA 5KRSA 4IFVA 4H4OA 4K8XA 3MEGA 3HVTA 1KLNA 3AVKA 4FLWA 1NJZA 4QAGA 1BL3A 4FJJA 4BACA 2XRIA 1NK4A 3DRRA 3IRXA 4CF2A 4C8NA 1WSGA 4CHOA 4E7HA 5I3UA 2OPRA 2YV0X 3O4NA 3PUFA 1D9FA 1Z25A 3NBPA 1ASUA 3H08A 4CJEA 4FCYA 2QKBA 5J2QA 2YHBA 3VQ7A 3KTQA 2EX3A 2F8TA 3TWHA 1FKPA 1ZBHA 3AO5A 1S1XA 1TKTA 2I5JA 1WSHA 2YNHA 4Z4HA 3JYTA 3SQ2A 3RR8A 3HK2A 2Z1HA 4DFPA 3PX6A 3P83D 4DQPA 2RF2A 2HVHA 4M3RA 1J9AA 4CIGA 4DQQA 1YT3A 1S9GA 1A5VA 4ID1A 3AA4A 4W5RA 4HUFA 4DU4A 1RILA 4B3OA 4CESA 1ASWA 4C8MA 1VSHA 4HTUA 4CEZA 3F9KA 1X9MA 4CJTA 2A1SA 1KVCA 3DLHA 4FK2A 1CZBA 3LPTA 2IAJA 3AVCA 2Y1IA 1TV6A 2ZD1A 3CFPA 3WNEA 4LD0A 3V9ZA 3AVIA 3QETA 2G8WA 2PYLA 1A5XA 2HW3A 4DTSA 1Q9YA 4I2PA 4FJKA 3S3NA 1LW2A 2Z1JA 4AHSA 3LZJA 3BDPA 4FLYA 4KHYA 4IDKA 3KLIA 4JS4A 1BIUA 4CJ3A 3LAKA 4JRPA 4I2QA 3CYMA 4W5QA 1ZBUA 1QE1A 1RBRA 4M45A 1IKVA 1ITGA 1TKXA 3AO1A 3RMBA 3OJSA 2BANA 3WNGA 3HXMA 1U47A 4J2AA 1JXBA 3V9UA 3ZT3A 1NK9A 1NKCA 3VQEA 3M8SA 3VQ6A 1TK5A 2RN2A 4CIEA 1RBTA 3V1OA 1L3TA 4DSEA 3HPGA 3RRHA 3TANA 3QEVA 1NK7A 1TKZA 4DSIA 3SJJA 2DY4A 3NGYA 1VRTA 3NF6A 2YNFA 5HRSA 3RMCA 5FDLA 2X74A 4RW7A 3L2UA 1QSLA 1RDBA 3O3GA 1HNIA 5HRNA 2G8VA 3HSTB 1T7PA 4PY5A 1TL1A 1FXXA 3HPHA 3PO5A 3JSMA 3SQ0A 4FK0A 4PQUA 3ULDA 1JKHA 4J2BA 2G8KA 3AO2A 1L3SA 2GUIA 3TABA 4DWIA 4QCLA 4CF0A 3OS2A 4FZYA 1REVA 2G8HA 1WAJA 3PY8A 2LSNA 3KKRA 4FJ7A 1RT5A 2IS3A 4DMNA 3OYGA 1ZYQA 3IG1A 2ATQA 3OYAA 2P1JA 3LP1A 4KRFA 3THVA 4CJUA 4IKFA 1J5OA 4OPKA 4DF8A 4OLAA 1BISA 3DM2A 4NYNA 1NK0A 3DOLA 4DTPA 4CJRA 1R0AA 4KTQA 4KO0A 1HYSA 4KREA 2VG6A 4CJKA 1L3UA 1JLEA 2HNDA 4FJ5A 3ZSQA 2P5GA 4DSLA 4HUEA 5I42A 1YTAA 4W5TA 3MXIA 4CJFA 2HHQA 3MEEA 2XHBA 2Z1IA 1UOCA 1XWLA 3NFAA 4JS5A 4DSFA 4Z4EA 5J2NA 4DTOA 3PX4A 3ZSOA 4RW9A 1HQUA 1KRPA 3M8RA 3T19A 1VSMA 2HHWA 3QERA 2G8UA 1RT3A 2OZSA 3L2VA 1RNHA 4CFAA 3OYLA 1RTJA 3L2QA 2OPQA 3U3GA 3SCXA 1C0TA 3DMJA 1TAUA 1QS4A 2B5JA 2D0CA 4N5SA 4DQIA 4O55A 2QXFA 1YVUA 2DFEA 3O3FA 3AVBA 3HJFA 1VSEA 5HBMA 4RW4A 4KI4A 2YKNA 4CECA 3MECA 4CEDA 4GMJB 3OYNA 2ZE2A 4H4MA 3SZ2A 4M3WA 3G10A 3V1RA 1GOAA 2X78A 3VQ4A 1HNVA 5HRPA 3RTVA 2KZZA 2XY8A 3K2PA 2BGGA 4O0JA 3C6TA 3OYKA 4DQRA 3HP9A 3WNHA 3SUNA 1GOCA 2D5RA 3E01A 4CGHA 4TSXA 3ZT0A 1TGOA 1Y97A 2OYQA 3QEXA 3M8QA 1VRUA 1JL1A 1UAXA 3VQPA 3AVHA 3ZSZA 2KZMA 3MEDA 4MQ3A 5HP1A 4DU1A 2P5OA 4E1MA 3CQ8A 3T3FA 3V6DA 3DOKA 3HPOA 3ZT4A 4C8LA 1LW0A 3VQQA 4Q0BA 2IC3A 3CFOA 1KVBA 4DTRA 3ZT2A 4KHNA 1HQEA 3K58A 4ZHRA 2JGUA 1XHXA 4Y1DA 1C6VA 1TVRA 4FVMA 5HRRA 2VWKA 3KK3A 1T05A 4UQGA 3LP0A 4B9SA 3QLHA 1WN7A 5KGXA 1RDAA 2YNGA 1RBUA 1HYZA 4E3SA 2PZSA 1TK0A 4B8CA 4FW1A 1BGXT 2OZMA 1BQNA 1J54A 1ZBLA 5KGWA 4B9TA 2ITGA 3FFIA 3IS9A 2XY5A 4CGGA 1LWCA 1QHTA 3TARA 1QSYA 3L2WA 3QNNA 4FM1A 1IG9A 2E4LA 4E7KA 2YNIA 4OLBA 1BCMA 4F3TA 3KLHA 5T7BA 4O44A 3OY9A 3LWLA 4B9MA 4MFBA 4CGJA 3HL8A 4CF9A 4FZXC 1NK5A 3ZSXA 3RR7A 3L2RA 1VSLA 1IH7A 5D3GA 1K6YA 3PV8A 1KVAA 3DLKA 3M8PA 4B9UA 1C1BA 1S9EA 3CM5A 4CK2A 3NF9A 4FJGA 1RDCA 4NCBA 4CJSA 5FRNA 1HJRA 3OYEA 1JLBA 3C94A 4BE1A 4Q5VA 3OYMA 4L8RB 3AVJA 4AILC 5CYMA 5HROA 4DSJA 3K5MA 1B9DA 5KI6A 4K8ZA 3V1QA 2F96A 2BE2A 4CK3A 2HHVA 3MXMA 3ZSRA 3QEPA 3TAQA 4AHUA 4EZ6A 4IBNA 4KAZA 1DLOA 3P5JA 3ZT1A 4DFJA 1RT7A 3SQ1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KTQA 3T7ZA 4DTXA 1B9FA 3CCUN 5AQKA 5KQDA 4GKKK 3KD5E 2FSKA 2NNWA 2Q2RA 4H5WA 5AQHA 4BREA 1T03A 1V4TA 3E9OA 4HUGA 1T8EA 1NGCA 2G8FA 3ZCMA 3AVFA 3V9XA 3VQ5A 4ELTA 2Q97A 3C7NA 3CG7A 5EX5A 4FWNA 5BN8A 3J81O 4EIAA 3LZIA 2A1RA 1IV0A 4QS7A 1O1WA 5DMRA 4CGFA 4B9NA 3G0ZA 3DRPA 4X65K 1T44A 2OPSA 3PSIA 2D0BA 2HOEA 1D8YA 1LOTB 3GG4A 1NOYA 3ZSVA 2P9PA 4B08A 3VF6A 3V81A 4CF8A 1NKBA 4R79A 4EZ9A 3U6FA 2OTJN 3C95A 2GELA 3TAGA 2HHSA 1HMVA 4JKCA 4WFNL 3KLGA 3TAPA 1QHAA 3IAYA 2HMIA 1TUUA 3OYFA 2VQEK 2NRHA 1L3VA 3WNFA 3TAMA 4KBOA 2O8DA 1Y64A 1DGKN 3EY1A 3SUOA 4DS4A 4Y1CA 3KK7A 4BWJA 3CQXA 2PY5A 4F3OA 4JI5K 3V9SA 3QO9A 3O4WA 1X3NA 4HVJA 2UXCK 3CQYA 5FLXO 4XIUA 1NJXA 1XNQK 1E3MA 3LAMA 1NU0A 3EZ5A 2ASPA 3DLEA 4N56A 4FLVA 4CEBA 1BIZA 3TR8A 1GLAG 4PKIA 1JLQA 4CEEA 1BI4B 4H0YB 2ZJQL 3MWPA 3DXMA 4ID5A 1HRHA 1KC8O 4FJHA 1QQCA 2P9SA 1QSSA 4FJMA 3EKUA 1LWFA 2I7PA 3P31A 4FWRA 1NNEA 4OPAA 4KHPK 3SBTA 4DHYA 4KTWA 1KCFA 3UE5A 4FJNA 2QW9A 3C65A 4HCCA 5KRTA 4CJQA 1LAWA 2D0AA 3OYJA 2O4IA 5E41A 3VGKA 3ZSYA 4CHPA 1XUPO 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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