4O0JA

Hiv-1 integrase catalytic core domain complexed with allosteric inhibitor (2s)-tert-butoxy[4-(4-chlorophenyl)-6-(3,4-dimethylphenyl)-2,5-dimethylpyridin-3-yl]ethanoic acid
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
154
structure length
140
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein/inhibitor
molecule keywords Integrase
publication title A New Class of Multimerization Selective Inhibitors of HIV-1 Integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 49
structure length 140
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4o0jA00
2O4IA 3NGZA 3VQQA 4DFPA 3KLGA 2GUIA 3QEIA 4M3XA 1FK9A 1WSHA 2I5JA 3AO5A 1NKEA 4IFVA 2DY4A 3SYZA 2FBVA 1F21A 1JLCA 2D5RA 4CERA 4CJFA 1J5OA 2O4GA 3HP9A 4YFUA 4J2DA 2FBTA 3P83D 4FZXC 1RT4A 3NF6A 4OGCA 5DMRA 4W5TA 3MECA 4RW9A 3ASMA 2VWJA 1ZBLA 2EHGA 1UA0A 5KGWA 4CF0A 1VSDA 1SL0A 4DFMA 1ZBHA 4PA1A 1UAXA 4FJ7A 2X6NA 1WNSA 3KLHA 4DS5A 5CYQA 1L3SA 1NOZA 1W0HA 1T7PA 1SL2A 1JLEA 1BISA 1TAUA 4DU4A 4CEQA 2YKNA 3SQ1A 1NK7A 2G8IA 1HRHA 1VSJA 4CJRA 2B6AA 3I0SA 3VQDA 4FJXA 4DSLA 4FK2A 5SZTA 3HVRA 1VSIA 4OGEA 1O1WA 1VSMA 3DLRA 3ZCMA 3NH1A 1C0UA 4B08A 2IC3A 4O55A 3SQ4A 1D9DA 4CGHA 3RRGA 3SUQA 3F9KA 1IKYA 4B9VA 2NUBA 5FROA 4B3OA 1JL1A 2IOCA 3IS9A 5HBMA 1ZYQA 3OYKA 3PX0A 1BCOA 4AH9A 4MQ3A 3LDSA 3TAQA 3ALYA 3PO5A 4FJIA 4RW6A 1ZBIA 4W5QA 5T7BA 1HNIA 1C6VA 3NGIA 1I39A 4E7IA 1NK5A 4NCAA 1S9GA 2YNGA 3AVHA 5SWMA 1NOYA 4EP5A 2KW4A 3TAEA 3M8RA 4CIEA 3S3NA 2D0AA 2E4LA 1RTJA 4E1MA 2DTUA 3K5NA 3RRHA 4DFJA 4FZZA 5KTQA 1SV5A 3AVBA 3E01A 4DG1A 1EKEA 2YNFA 1KVBA 1RT5A 5CY4A 1L3TA 2P5GA 4FLVA 3C95A 2B4JA 4K8XA 3MEEA 1KFDA 4ZTFA 4J2EA 2QKKA 3K5OA 4CEEA 3HPHA 3QNOA 3QEWA 3C94A 3HL8A 3OS2A 4CFBA 4B9SA 3SPYA 2HHXA 3DRSA 3ZSZA 4OPKA 2KTQA 1HYVA 1A5XA 1RBVA 1RBUA 3V1QA 4HCBA 3U6FA 3I8DA 1SKRA 3QINA 3LZJA 4Q0BA 3WNGA 4DS4A 2YNIA 1TKTA 2Z1GA 2RN2A 1RDAA 4HVJA 1A5VA 3K58A 5FRMA 1WAFA 1RT2A 1HJRA 4RG8A 4CESA 3DOLA 4CGDA 1WSEA 3KD1E 1SL1A 1XHXA 1QQCA 3RMDA 5CZ2A 1CXQA 4FLWA 3ZT3A 3CFOA 4CIFA 1B9DA 5C24A 2ZQBA 2XY5A 4PQUA 4LH5A 3CYMA 3NF8A 3TI0A 4PY5A 4BE1A 1FKOA 1BL3A 1JLQA 2Z1IA 2XY8A 1WSGA 2BDPA 4CGIA 4CEOA 1SKWA 3O4QA 1KLNA 3KTQA 4XIUA 3D0PA 1SUQA 1SKSA 3A2FA 4FJ9A 1W9HA 2XRIA 4O0IA 2YHAA 1WN7A 3RMAA 4DSEA 3ZSXA 3OS0A 1C0TA 4CJ3A 3NF7A 1X1PA 2PY5A 4E1NA 3HK2A 3KKRA 4KTWA 3LALA 4CJWA 1HYSA 1RILA 3TR8A 3KLEA 4H4MA 1ITGA 5CZ1A 4FJGA 4IG3A 3DLKA 4CJSA 1TVRA 3WNFA 4KHNA 4HTUA 1T8EA 1KVCA 3ISNC 1N6QA 3K2PA 1LW0A 2Y1JA 3NDKA 3AVNA 1S1VA 2DFHA 3I0RA 2R7YA 3T19A 3ZSVA 3VQBA 4E19A 1QTMA 1NK6A 1KFSA 4CHPA 2HNZA 4RW4A 4CFDA 3RR8A 3DI6A 4DTUA 4FXDA 3B6PA 1U49A 4KB1A 2HHQA 5JS2A 3HPGA 3ZSYA 3HP6A 5CYMA 1ASWA 1DTQA 4DSIA 2LSNA 1KVAA 3SI6A 2BGGA 4YNQA 3FFIA 3SJJA 1JKHA 1YTAA 3HM9A 3TAPA 2OZMA 4KI4A 1CLQA 4CHOA 2OPRA 2RF2A 4Z4IA 3DYAA 3KLFA 1HQEA 1RCHA 3MEGA 4O5BA 3OYFA 3L8BA 1ASUA 1JLBA 2YHBA 3P1GA 4KKOA 2XY6A 4F3TA 5J2PA 4Q5VA 3QIPA 3AO3A 4NCGA 1BI4A 1VK0A 3AVAA 3VQ4A 3SQ2A 1IKXA 1VSHA 4CFCA 1XWLA 3AA3A 5I42A 1IG9A 1NJXA 1TV6A 1N5YA 5HP1A 5J1EA 4KHYA 3V4IA 3PY8A 4FLZA 1UA1A 4UQGA 4FJJA 2GV9A 3AVIA 2VG7A 3L2UA 3G10A 1S6PA 3TAMA 2KFZA 3VQCA 4F2RA 3K57A 4CHNA 4R5PA 2B5JA 3U3YA 3M8QA 2P5OA 2F8SA 4E7KA 3L3VA 1D9FA 3DLEA 3LWLA 3ZT4A 3O3GA 3AA2A 3NCIA 4FLYA 4KREA 2IS3A 3QNNA 3CM5A 1LWCA 4OKKA 4LD0A 5I3UA 4OLAA 1JL2A 4GW6A 4HHTA 2VWKA 1WAJA 2PZSA 4I2QA 1BCMA 1RBTA 3TARA 4FJLA 3AV9A 5HLFA 4CJEA 2QXFA 3NBPA 3VQ9A 4EZ9A 5DK5A 3NGYA 4M3ZA 5FDLA 4KTQA 4JS4A 4B8CA 2DFEA 5J2NA 1QHTA 4M3TA 1FKPA 1JLGA 1JLFA 3H08A 3EZ5A 4DTXA 1FXXA 1Q9YA 4KHWA 4QCLA 4WE1A 4PUOA 3ITHA 3QERA 1I3AA 4FW2A 4OKJA 4DQQA 4CJQA 1X9WA 4ELVA 5E41A 1LW2A 4CJUA 4AHRA 4DSKA 3SUPA 1VSLA 3QIOA 3NAEA 4AILC 1T03A 3IAYA 4IG0A 3DMJA 2HB5A 2IDOA 3KIOA 1QSYA 4CHQA 3BGRA 3DLGA 4CE9A 4O4GA 4N56A 3AA5X 1Q8IA 3MXJA 1S1WA 3AVCA 4CK3A 3VA0A 4B9MA 2YNHA 5J2QA 4FJMA 4B9UA 4DTRA 3S3MA 4C8KA 1TKZA 1X9MA 2XHBA 3SUOA 4L8RB 1HYZA 5C42A 4DTPA 2DFFA 1C1AA 3TANA 1B92A 3AVFA 3KD5E 3OYCA 1VSKA 4BDZA 3OYLA 4E89A 4F8RA 3ZSOA 3L2RA 4M3YA 5HRRA 3F73A 1Z26A 3SZ2A 4I9QA 2HHUA 4W5RA 3LPTA 2VG6A 4FLXA 3SCXA 4H8KA 1IO2A 2F96A 4KHQA 4OVLA 1ASVA 3SUNA 3SPZA 4CIGA 3QETA 1EXQA 3EY1A 4M42A 1JXEA 4Z4CA 4CEAA 4DLGA 3KK2A 2QKBA 4BACA 4E7LA 3BDPA 3EYZA 2OYQA 1RT3A 3QLHA 4E7HA 5JS1A 4N5SA 1LWEA 4KTZA 1YTUA 2F8TA 2ITGA 3QEVA 3M8SA 1BIUA 4JRPA 3PX6A 4BE2A 2GBZA 4CEZA 3ZT2A 1BI4B 2YV0X 3P5JA 4B9LA 4AHCA 4KHSA 4GMJB 3VQ8A 4FM0A 3CQ8A 1REVA 2E6LA 1HPZA 4FJKA 3AO2A 1NK9A 1KLMA 2YKMA 1BQNA 2KQ2A 2Q3SA 4Z4GA 3PX4A 3NH0A 3LPUA 3LZIA 4DLEA 4K8ZA 1VRUA 4CF2A 4M3RA 4KI6A 1LAWA 4N47A 3HO1A 1GOBA 3WNEA 3K5MA 4FM2A 4OPJA 3OYDA 4I2PA 2G8KA 2G8UA 4OLBA 1CZ9A 2ZE2A 2Z1HA 3AVKA 3WNHA 2WONA 4DMNA 2G8FA 2JGUA 1ZBUA 3AVMA 4LY7A 1UWBA 3JSMA 1CXUA 1WLJA 3C6TA 1GOCA 4LSNA 1JLAA 3RMBA 1TK5A 3OYAA 4MFBA 2HNYA 4F2SA 4CGFA 1NJZA 4HUEA 1HQUA 4ZTJA 1TK8A 4FJ5A 4N76A 1XHZA 1QE1A 1XI1A 1JXBA 1NK8A 1NKCA 3DLHA 1EETA 2VG5A 3AO4A 3LANA 3MEDA 4IDKA 3ZT0A 5HRSA 3QEPA 2JLEA 3VQ5A 1KTQA 3PV8A 2X78A 4CJVA 3OJUA 1TKDA 3AVGA 5D3GA 3RWUA 3TABA 3LP1A 4LSLA 4CHYA 1EX4A 4HCCA 4QAGA 1KRPA 1IH7A 3LP2A 4AHUA 4M3UA 4F3OA 3VN5A 3HXMA 4M45A 1VSFA 1ZBFA 1J54A 4BDPA 3LWMA 2QK9A 3K5LA 3OY9A 3AO1A 1MU2A 4KHUA 4BWMA 1S1UA 3O3FA 3RR7A 4CK2A 2PYLA 3VA3A 4JRQA 1Y97A 1U45A 3OVNA 4DQSA 2BE2A 2HVHA 2FBXA 4J2AA 1L3UA 1L3VA 1YVUA 3SNNA 2G8WA 3ULDA 1S1TA 4BE0A 1NK0A 3ZSWA 1Q9XA 4PWDA 4IBNA 2HHVA 3OS1A 4I7FA 4I9LA 4KAZA 1YT3A 4CJ4A 1BQMA 3RMCA 3RTVA 2OPSA 3L2QA 4Y1DA 2A1RA 4ELTA 1HMVA 4FZYA 3OYMA 2P51A 1NK4A 3C6UA 1A5WA 3DM2A 3SV3A 4DSFA 2PYJA 4KO0A 1RDBA 4AHTA 4CF9A 3MXIA 4OJRA 3TAGA 3V81A 3CFRA 1RT6A 4OKEA 3V1RA 3OYGA 3S9HA 3THVA 4ID5A 4GVMA 2IAJA 2HHSA 4ELUA 4KRFA 3VQ7A 4CEFA 4DSJA 4DTJA 3V9SA 2E6MA 4B9TA 4HUFA 1CZBA 3V6DA 3AVLA 2X74A 1IKVA 1U04A 5FRNA 3NE6A 3V9ZA 5K14A 1RTHA 4Z0UA 1U47A 3K59A 4DWIA 4Z4FA 3VQPA 3KJVA 3VQAA 1U4BA 4QOZB 5KRSA 1HNVA 3S3OA 4CGJA 4FM1A 3B6OA 3NH2A 2WOMA 4FW1A 4BWJA 1QSSA 1LV5A 2OA8A 1VSEA 4CK1A 1X9SA 4NCBA 4DTMA 3V9UA 4IKFA 3PO4A 5EU7A 4Z4EA 1B9FA 3D45A 3LAMA 4CCHA 3QEXA 3DLBA 3ZSQA 3L2VA 3UIQA 4C8MA 1QSLA 4FK4A 4FJNA 4CJTA 3T3FA 2HW3A 2KZMA 3AVJA 4HUGA 1BGXT 2P1JA 2D0CA 4FLTA 4DQIA 2IGIA 1G15A 3OYIA 4DFKA 5J2MA 1TL3A 2RPIA 3U3GA 2A1SA 2FC0A 3NFAA 4CF8A 1RT1A 3VQ6A 4W5OA 5HROA 4DTNA 4EZ6A 3V9WA 3L2WA 4M3WA 4C8OA 1Z25A 2EX3A 1K6YA 2ZD1A 4M41A 4DU1A 4DF8A 1NKBA 4FYDA 1XC9A 4DF4A 3ZT1A 3KKSA 3NF9A 3TAFA 4CF1A 5HRNA 4DQPA 1RT7A 1S1XA 4FJ8A 3DRRA 1S6QA 4EP4A 2HMIA 3KK3A 4JLHA 1C1BA 2OPQA 3IG1A 3CFPA 1IKWA 3KK1A 1J53A 1D8YA 4B9NA 4FJHA 3DRPA 5C25A 4N41A 4RW8A 3OYBA 1WSJA 2RKIA 3JYTA 4IFYA 4E3SA 1UOCA 4LH4A 1J9AA 2D0BA 3G0ZA 3DOKA 4O44A 4CGGA 4E7JA 3KLIA 1TK0A 4KB0A 4CJKA 3V9XA 4KFBA 3QO9A 3HSTB 4Z4HA 4FCYA 3HJFA 1RNHA 3LP3A 3QESA 2FBYA 4G1QA 3AA4A 3O3HA 4JS5A 2Y1IA 3OYJA 1S5JA 1RTDA 1RBSA 4TSXA 4CECA 5KRTA 3HT3A 3M8PA 1NJYA 2G8VA 4CEBA 4E0DA 1RTIA 2ATQA 1EP4A 1QS4A 1TAQA 3T1AA 3V1OA 1U48A 1DTTA 1TL1A 4DU3A 4KPYA 2BANA 4CJLA 3LAKA 4FLUA 4Y1CA 1S9EA 4ID1A 4RW7A 3OJSA 4FK0A 1C0MA 2KFNA 4BDYA 1R0AA 2OZSA 1D5AA 5HRPA 4CFAA 3HYFA 4C8LA 1VRTA 4AHSA 2W42A 4FVMA 2HVIA 4CHZA 1GOAA 3L3UA 4AHVA 4J2BA 3ZSRA 1KCFA 1L5UA 3NHGA 2OPPA 3LP0A 4KV8A 4DQRA 3PUFA 4CJPA 3SV4A 4DTOA 1KSPA 3CM6A 3SQ0A 1TGOA 3CG7A 1BHLA 3HPOA 1T05A 2AJQA 3VQEA 1C1CA 4B8AB 2HHTA 4CJ5A 2KZZA 1WSIA 2XO7A 1WSFA 3HVTA 1NJWA 4NYFA 4F4KA 2ETJA 1LWFA 2Z1JA 4DTSA 1LAVA 3MAQA 4O0JA 1TKXA 3OYEA 1RDDA 1BIZA 2G8HA 2HHWA 3OYHA 3OYNA 3IRXA 3TWHA 4ICLA 5KI6A 2XY7A 2HNDA 1RDCA 3O4NA 4C8NA 4W5NA 5KGXA 4ZHRA 4H4OA 4CEDA 3MXMA 4NYNA 1RBRA 1DLOA 2X6SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KLGA 1GLBG 3SAHA 1HNXK 3ENHA 3D2FA 5BREA 4YFUA 2VQFK 3P83D 1RT4A 3NF6A 4GVEA 4OGCA 5DMRA 4W5TA 1ZBLA 1IBKK 4H0OA 1VSDA 1NG9A 1ESVA 4DV0K 3KLHA 1K73O 4BR0A 1L3SA 1T7PA 3NVKA 1JLEA 1MWKA 1G99A 3SBGA 2HF3A 4DU4A 1NK7A 1HRHA 1VSJA 2B6AA 3HVRA 2F9TA 1D9DA 3ZCMA 3SQ4A 2IC3A 4XH5A 3F9KA 3SUQA 5JLHA 3E9LA 2QI2A 1IBMK 4JI5K 2D0OA 4BQLA 1ZYQA 2P9NA 4BR7A 3TAQA 4Y0WA 2QWPA 3ALYA 4FJIA 4W5QA 5T7BA 3NGIA 3THXB 3M8RA 4CIEA 2E4LA 5BPMA 2D0PA 4YOWA 4FZZA 2BH1A 3AVBA 3MWPA 3E01A 4CZGA 2YNFA 3DXKB 3C95A 3MK6A 3MEEA 3FZHA 2QKKA 3HPHA 2NRXA 2WTUA 1NGJA 1VQ8N 1K8KA 5AQIA 4B3RK 3RSEB 1RBUA 3V1QA 4HCBA 3CETA 3KWIA 1OKJA 3WNGA 1TKTA 1RDAA 2PFUA 5FRMA 1WAFA 2NRRA 5GADP 4I6MB 3O8MA 4CGDA 3KD1E 5GAHP 3GE1A 4JKDA 3D2EA 3ZT3A 3CFOA 1B9DA 4CZHA 2Q0RA 3ULEB 1SS6A 1FKOA 1JLQA 2XY8A 4H0YB 1KLNA 3C0BA 1SUQA 1SKSA 4PL7A 3CIPA 3ZX0A 3A2FA 4IEIA 1KAYA 2YHAA 1LOTB 1T6CA 3NF7A 1X1PA 2PY5A 3LALA 1RILA 1R59O 3WNFA 1EO1A 3EO3A 1N33K 1LW0A 4DR3K 3AVNA 3PSIA 2DFHA 2E20A 4E19A 1QTMA 1KFSA 4RW4A 3RR8A 3O5BA 2O8FA 3U9ZA 4EFHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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