4O55A

Hiv-1 integrase catalytic core domain complexed with allosteric inhibitor (2s)-tert-butoxy[6-(5-chloro-1h-benzimidazol-2-yl)-2,5-dimethyl-4-phenylpyridin-3-yl]ethanoic acid
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
154
structure length
139
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEFGESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein/inhibitor
molecule keywords Integrase
publication title A New Class of Multimerization Selective Inhibitors of HIV-1 Integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 45
structure length 139
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4o55A00
4UQGA 3QERA 2FBVA 3RWUA 1B92A 3ZSZA 4OJRA 3H08A 3F9KA 4J2EA 4DQPA 3HXMA 4W5RA 3KLHA 4DSIA 4DFMA 4PQUA 4CHNA 2P5GA 4CCHA 4CJFA 3PO5A 2E4LA 4CFAA 3U3GA 4CK3A 4CEZA 4HUEA 1QQCA 1WSEA 3CYMA 3AVCA 1C1CA 1W0HA 4H8KA 3HK2A 5KGWA 4CJEA 1Q9XA 4AH9A 3V9XA 1X9MA 4JS4A 3QESA 1N6QA 3SV3A 5HROA 1BIZA 2OZMA 4AHVA 1TL1A 2OPPA 1HJRA 3ZSXA 1IH7A 4M41A 1KRPA 4AHSA 4F2RA 4OKKA 1NKEA 2HW3A 2RPIA 4CIEA 4DSEA 4CF0A 2B4JA 1JLGA 2YHAA 4J2DA 4B3OA 3KLFA 2DY4A 3MXMA 1U47A 3NH0A 2YNGA 3HVRA 1TKTA 2B6AA 3ZT1A 5I3UA 2HNDA 4CEDA 1VSEA 1YVUA 2QK9A 4B9SA 1WSGA 4CFBA 1KCFA 1SKSA 2XHBA 3C6TA 3VQPA 2ZQBA 1FKOA 4FJIA 1XHXA 4DFJA 4Z4IA 2VG6A 3O4QA 1DTTA 4PY5A 4OLBA 4M3ZA 4W5NA 1VSHA 3AVIA 1VSKA 1CXQA 4DTOA 4CF2A 3SV4A 3OYGA 4Y1CA 4DTRA 1RDAA 4B9TA 2YKMA 4DFKA 3TANA 1IO2A 4CERA 4E7JA 1U49A 2P1JA 4FZYA 4KRFA 3O3GA 3AA5X 4C8LA 1Q8IA 1VSIA 4QCLA 3DLGA 2HMIA 3S3NA 5D3GA 3D0PA 3AVGA 4DU1A 3SUPA 4CGFA 2YKNA 5C25A 1NJZA 1LWCA 2HHVA 3TARA 2RN2A 4ZTJA 4AHUA 4KB1A 1NJXA 1J9AA 4DTXA 2OPRA 1WSFA 4FJMA 1TKZA 4N41A 3OYIA 4RW6A 1RDDA 5EU7A 4BACA 2FBTA 5JS2A 1RTIA 5KTQA 4DU3A 4M3RA 3SUNA 1SL0A 4RW9A 1J53A 1KFDA 4CGHA 4Z0UA 3UIQA 4KAZA 3SPYA 4N76A 4CJTA 1ZBIA 5KI6A 3PX0A 1T05A 1BI4B 3QEWA 4I2QA 4PA1A 3QIOA 3WNGA 1VSFA 3AA3A 5HBMA 4ICLA 3AVKA 4CJ4A 1S5JA 3TAMA 1WLJA 3I8DA 5KRTA 1HMVA 4CIGA 1I39A 1ZBLA 4FJNA 4KTZA 1HQUA 4CGJA 4EP4A 2BDPA 3OJSA 3DRPA 3VA0A 4FJLA 2RF2A 4HUFA 4DQQA 1TVRA 2YNHA 3QIPA 3ALYA 3L8BA 3EYZA 3KD1E 4CESA 3MXIA 4CJVA 3KTQA 3HO1A 2Z1JA 4DQRA 3ISNC 3SNNA 3ULDA 4KKOA 4I2PA 3NAEA 1BCOA 5KRSA 3V9WA 1O1WA 5J2MA 4JLHA 4E1MA 1C6VA 3VQQA 3L2RA 2KZMA 2G8UA 2KW4A 3VA3A 1HPZA 1IKWA 1RDCA 1VRTA 3MAQA 3QO9A 2DFEA 4FLZA 2OZSA 4FK0A 1JL1A 3V1QA 4MQ3A 1RTJA 3DOKA 3M8PA 4FYDA 4QAGA 3MECA 1KTQA 1RBVA 3OYLA 2PY5A 4KB0A 4DQSA 3HT3A 3AVJA 4RW4A 2LSNA 2KZZA 2W42A 4K8ZA 3LWMA 3AVLA 3SJJA 5CZ2A 5CYQA 5FROA 3NHGA 4KI6A 3RR8A 2BE2A 2I5JA 3KLIA 1I3AA 4CJPA 3KD5E 1TK5A 3V4IA 3QEVA 3QEXA 4KHUA 4IG0A 1BIUA 3MEEA 3RMDA 1ZYQA 4FK4A 5C42A 1NK4A 4O0IA 4CJSA 3VQ4A 3LWLA 4E7LA 4F4KA 3TAQA 1NK5A 3OS2A 1ZBUA 1S9EA 4N47A 1RNHA 3G0ZA 5CYMA 1RTHA 1S6QA 3DI6A 1NJWA 4OKJA 1ZBFA 4DTMA 1RT1A 4CF9A 3T3FA 3P5JA 2IOCA 1XI1A 1QTMA 3AO1A 4H4OA 3TAPA 2X74A 2ITGA 3HP9A 4BE0A 1GOAA 2KQ2A 2ZD1A 3OJUA 4N5SA 5E41A 4DTJA 1RT6A 4O55A 1ASWA 3VQEA 5T7BA 3VN5A 1X1PA 3L2QA 3M8SA 3TAGA 3SUQA 2KFNA 3NF6A 4RW8A 2KTQA 3RRHA 3SUOA 3RMCA 1D9DA 3SQ2A 1WNSA 1UWBA 2RKIA 4JRQA 1SV5A 4HHTA 1NK8A 2BGGA 4HTUA 1DLOA 1W9HA 1WSHA 5HP1A 1JLFA 2PZSA 3B6PA 4Z4HA 4F2SA 2NUBA 3OS0A 2F8TA 3WNHA 3TABA 4FZZA 3B6OA 3THVA 1X9SA 2VG7A 4CHZA 3NH2A 3WNFA 1RBRA 1U4BA 4RW7A 2XY5A 1SL1A 4KREA 3C94A 3ZT2A 5DMRA 4DF8A 4FJ9A 3VQAA 3PX6A 4MFBA 4W5OA 4DQIA 4FW1A 4DFPA 3TI0A 1RCHA 2VWJA 3PO4A 3QNOA 4M3TA 5HRSA 2HVIA 1RBTA 3ZSVA 2QKKA 3NCIA 4E7IA 3DM2A 4I9QA 1BGXT 3NF9A 3TWHA 1UAXA 4E89A 1C0TA 4KHYA 2HHUA 4FVMA 2XY6A 2YHBA 4FLXA 5HRPA 3AO5A 3AVNA 3S9HA 2P5OA 1EETA 3QEIA 1TKDA 4W5QA 3ZT4A 1BI4A 4IFYA 4F3TA 4DTSA 1EX4A 3U6FA 4M3YA 3I0RA 4ELTA 3CG7A 1J54A 1IG9A 2IS3A 4OPJA 1HQEA 4F3OA 4QOZB 1RT5A 3O4NA 4PWDA 1TAUA 4FM2A 4HVJA 3IG1A 4N56A 1ZBHA 3DMJA 5FRNA 4EZ9A 3NGYA 3BGRA 2G8VA 4M3XA 4FCYA 4GVMA 5CZ1A 3CQ8A 2R7YA 4DS5A 1RBSA 2JGUA 3SQ1A 1SKRA 4E0DA 4FK2A 1JLQA 2QKBA 1D8YA 3RRGA 3MEDA 4CJ5A 4JRPA 1KSPA 2HHTA 2FBXA 3ZSQA 2Q3SA 4M42A 3OYMA 3L2WA 4CF1A 4E3SA 4FW2A 2HHQA 3CM6A 3LANA 3TR8A 4YNQA 3AVHA 3OVNA 2E6LA 3MXJA 1IKVA 2FC0A 4FXDA 4ELUA 1TKXA 1JLBA 3F73A 3AVMA 1RT3A 3PUFA 4FLVA 1FK9A 3ITHA 3KJVA 3RR7A 3KK1A 4DLEA 3OS1A 4KHWA 2Y1JA 1S6PA 3DYAA 4G1QA 3D45A 3OY9A 1IKYA 1KVBA 3OYFA 3M8RA 1NKCA 2XRIA 5CY4A 1VRUA 4I9LA 5KGXA 1C0UA 4CGGA 2YNIA 4B08A 1L3TA 1EXQA 2G8WA 4B9LA 1EP4A 4O0JA 5FRMA 4NCBA 1HYZA 4ELVA 3IS9A 4KO0A 3V1RA 4KHQA 1XC9A 3I0SA 1HRHA 4C8MA 3K5OA 4FLWA 4BDYA 4J2BA 1A5WA 1F21A 3P1GA 4DTUA 4ZTFA 4OGEA 1WAJA 3LALA 4H4MA 2E6MA 4IBNA 3V6DA 3NF7A 3BDPA 4O44A 1C1BA 2GUIA 2JLEA 3C6UA 2IDOA 4B8CA 2HNZA 1RTDA 2DTUA 3CFOA 1FXXA 2X6SA 3OYHA 3K5MA 1QSLA 2HHXA 3TAEA 3VQ5A 1NKBA 2HVHA 4OLAA 2P51A 3LP1A 1BQNA 2WOMA 4XIUA 3LP3A 4FJJA 4BDZA 4CEEA 1LW0A 5DK5A 1GOCA 1JXEA 4IFVA 1VSMA 1Q9YA 1L3VA 1J5OA 3RMAA 3HP6A 3DLHA 3E01A 3AA2A 1K6YA 3M8QA 5HRNA 3DLKA 1D9FA 4KI4A 2YNFA 4BDPA 1JLCA 4CK1A 3K58A 2HHSA 1KLMA 1S1TA 2A1SA 1GOBA 4CECA 1A5XA 3OYKA 2G8KA 3PX4A 2G8FA 1DTQA 2DFFA 4CFDA 4KPYA 2A1RA 1BCMA 4DTNA 4B9UA 2OA8A 1HNVA 4FLTA 3KKSA 3NGZA 3V9ZA 4KTWA 4CJRA 4CE9A 4O5BA 1U45A 1WN7A 3HYFA 3SPZA 1NK6A 5J2QA 1TK8A 1RT7A 2OYQA 4FJKA 1U04A 3KLGA 4LH5A 3QEPA 4C8OA 5SZTA 3AVAA 3QLHA 4E1NA 3OYJA 2D5RA 1A5VA 3KIOA 1YTAA 2O4IA 2VG5A 3T19A 3IRXA 2G8IA 1G15A 3HPGA 3NDKA 1JLEA 4TSXA 2VWKA 1BL3A 4Q5VA 1KVAA 4CEFA 4WE1A 3CFRA 4FJ8A 5J2PA 1TAQA 4CEBA 1KLNA 2HNYA 1LWEA 1C1AA 2QXFA 4M3WA 3VQ9A 3K5NA 4B9NA 3HJFA 2IGIA 3AO4A 3OYNA 3DRSA 3L2VA 1XWLA 5J2NA 4Z4GA 3PY8A 4M3UA 2X78A 4CJ3A 1SL2A 4DTPA 4NYFA 1ITGA 4OGCA 2FBYA 3EY1A 4DLGA 5JS1A 3LP0A 3RMBA 1L3UA 3SZ2A 2HB5A 3HPOA 1QS4A 4GW6A 1R0AA 5C24A 4FJGA 2D0CA 4IDKA 1JKHA 4LH4A 3QETA 4AHCA 3ZT0A 4E19A 1LAVA 4NCAA 3T1AA 1WSIA 2O4GA 3EZ5A 4B9VA 2X6NA 4DWIA 3AVFA 5K14A 3L3VA 4HCBA 5FDLA 1KFSA 4AILC 1JXBA 4DS4A 4CGIA 3IAYA 3SI6A 1RT2A 4NYNA 3L3UA 3G10A 4AHTA 4FJXA 3NH1A 1NK0A 4KTQA 4IG3A 4LSNA 4CK2A 4LD0A 2OPQA 1NK7A 3NFAA 3LAKA 4CEOA 4CHPA 4KFBA 3A2FA 3VQ8A 4DU4A 1YT3A 3AA4A 4W5TA 2Z1IA 3TAFA 4DSKA 1QSSA 4NCGA 1CXUA 3CFPA 4LSLA 4FLYA 4FZXC 1HNIA 4LY7A 2GV9A 3V9UA 3OYEA 2XO7A 2EX3A 1Z25A 2Y1IA 3PV8A 4CHOA 1TL3A 4CJUA 3QNNA 2F8SA 3K2PA 1S1XA 1LV5A 3U3YA 3DLEA 4R5PA 1RBUA 2WONA 4AHRA 4CFCA 4CJWA 1U48A 1QSYA 3HM9A 4EZ6A 3HVTA 1B9DA 3KK3A 3NE6A 1S1VA 3LZJA 1EKEA 1N5YA 4DG1A 4KV8A 4GMJB 4IKFA 3DLRA 3P83D 2IC3A 3OYDA 3K59A 2ATQA 3K5LA 4BWMA 1HYSA 3VQBA 1T7PA 3NGIA 1BHLA 4OVLA 4CF8A 1B9FA 4CGDA 3WNEA 4RG8A 3DOLA 5I42A 4Z4FA 2Z1GA 1TGOA 1LWFA 4C8NA 4JS5A 4CHYA 1MU2A 1BISA 1S1WA 1S9GA 3FFIA 4FM1A 3LDSA 2XY7A 3ZCMA 4CJLA 1KVCA 2DFHA 4ZHRA 3VQ7A 4DSLA 1QE1A 3S3OA 3ASMA 1T8EA 2OPSA 3LP2A 3QINA 3ZT3A 3HSTB 4EP5A 3SYZA 1UA0A 1C0MA 3CM5A 3KKRA 1CZ9A 4CEAA 1NJYA 3SQ0A 3ZSOA 4BE1A 5HLFA 5J1EA 3LAMA 3V81A 2PYJA 1UOCA 1X9WA 4CEQA 1CZBA 3S3MA 1TV6A 4DF4A 1VSJA 4K8XA 2D0AA 4KHNA 1HYVA 1REVA 1Y97A 1LW2A 2IAJA 3NF8A 3AV9A 1JL2A 3AO3A 3C95A 5HRRA 4DMNA 4ID1A 2F96A 1SKWA 3HL8A 3SQ4A 1TK0A 2BANA 1NOYA 1Z26A 4M45A 4YFUA 3O3FA 3VQCA 2AJQA 4PUOA 3KK2A 1RT4A 2XY8A 1JLAA 4CHQA 4FM0A 4L8RB 1WAFA 2ZE2A 4KHSA 4HCCA 3OYAA 1ASUA 1XHZA 3VQDA 3DLBA 4Q0BA 3HPHA 4Y1DA 1S1UA 1VK0A 1VSDA 4J2AA 2HHWA 4BE2A 1T03A 4FJ7A 3LPTA 3O3HA 1D5AA 2KFZA 4I7FA 4ID5A 1UA1A 3ZSRA 4DSFA 2GBZA 4E7KA 4C8KA 2YV0X 4DSJA 4FJHA 3ZSYA 2PYLA 1ASVA 3MEGA 3VQ6A 4CJQA 3KLEA 1RDBA 3V1OA 4HUGA 1L3SA 1BQMA 4B8AB 4Z4EA 3ZSWA 1NK9A 4O4GA 3DRRA 4OPKA 2D0BA 4CJKA 4Z4CA 2ETJA 2B5JA 4CIFA 3V9SA 3LZIA 1LAWA 1NOZA 1QHTA 2Z1HA 3AVBA 4OKEA 4F8RA 3RTVA 3AO2A 1FKPA 3JSMA 1SUQA 5SWMA 1CLQA 3OYCA 4FLUA 4E7HA 2EHGA 1L5UA 3JYTA 3K57A 3LPUA 3SCXA 1IKXA 3L2UA 4BWJA 3NBPA 4B9MA 1RILA 1YTUA 1VSLA 1WSJA 3OYBA 4FJ5A 2G8HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4UQGA 3QERA 1KXPA 2QWLA 4PKIA 4A5AA 2J4RA 3CJ9A 4J2EA 3EKUA 5AZIB 1HNWK 4CCHA 1W7AA 4A62A 2E4LA 4CFAA 3U3GA 4MO5A 4QS9A 1QQCA 3CYMA 2UU9K 1X9MA 4BRQA 3SV3A 2OZMA 2QI2A 3LL3A 3W0LA 4F2RA 1NKEA 5KPZA 2ASPA 3BEXA 2B4JA 1JLGA 3CCSN 4CEDA 3IDHA 3HI0A 2UXCK 2VYPA 5BREA 1SKSA 1KCFA 3C6TA 3VQPA 1XHXA 2F9TA 5TKWA 4PY5A 3AVIA 5AQZA 1EO1A 1WUAA 4CF2A 3OYGA 4B9TA 4DFKA 3TANA 4FZYA 2P1JA 4C8LA 5KQDA 3DLGA 5HOOA 5EX5A 5AQNA 5C25A 1E4FT 1LWCA 1N8RO 3TARA 4ZTJA 3TSUA 1NJXA 5GADP 2OPRA 1DKGD 1TKZA 4CD1A 4DUYK 4RW6A 1RDDA 4BRAA 3J7AP 4DU3A 1NGFA 3ZETB 3HSCA 1HKGA 4N76A 4Z0UA 4X66K 3UIQA 3L4QA 3BP8A 1SZ2A 4CZMA 3QIOA 3THXA 1QVGM 1X3NA 2E20A 3TSQA 3ULEA 3WNGA 4ICLA 3TAMA 1OH7A 3MWPA 3MN7A 4KTZA 4CGJA 4BR5A 3OJSA 3DRPA 2RF2A 3N4PA 4DQQA 3L8BA 4YOVA 4CJVA 3HO1A 5AQIA 2W6LA 3ULDA 3B8AX 1BCOA 3V9WA 1O1WA 4E1MA 3RSEB 3L2RA 3NVKA 2KW4A 3VA3A 4F9OA 3DXKA 4FLZA 3SAFA 1KQSM 3GBTA 4OPHA 3V1QA 2UUCK 4DR7K 3QBXA 2QWQA 4DQSA 3IUCA 4XH4A 2QW9A 4H5NA 3AVLA 3NHGA 3CHWA 4KI6A 2BE2A 5ADXA 1I3AA 1TK5A 3QEVA 2NRTA 1ZYQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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