4O5BA

Hiv-1 integrase catalytic core domain complexed with allosteric inhibitor (2s)-tert-butoxy[6-(5-chloro-1h-benzimidazol-2-yl)-2,5-dimethyl-4-phenylpyridin-3-yl]ethanoic acid
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
154
structure length
139
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKTAWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein/inhibitor
molecule keywords Integrase
publication title A New Class of Multimerization Selective Inhibitors of HIV-1 Integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 40
structure length 139
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4o5bA00
2XY8A 1IKVA 3KKSA 3M8QA 4DU4A 4CF1A 1HYVA 3P83D 3ZSRA 2Z1JA 1RCHA 2G8KA 4E89A 1REVA 3NF9A 1RBRA 4CEFA 2OPPA 4W5NA 1JKHA 1VRTA 4B8AB 5T7BA 1NK8A 2DFHA 2FBYA 3AO4A 3WNHA 4RG8A 4AHCA 2RF2A 1RT5A 4Y1CA 3VQ6A 1VSMA 3SUQA 1X9SA 3KD5E 3C95A 3MEDA 4HUEA 3QNNA 4OLBA 4KRFA 1TL3A 2QK9A 3VQBA 3NBPA 4W5QA 4DQQA 4JLHA 3NGYA 4DTMA 1DLOA 4OPKA 2AJQA 3CM5A 4DLEA 4FJLA 4OPJA 1W0HA 1ZBLA 1IKWA 1L3VA 1VSFA 5I42A 1U47A 4ZTJA 3O4NA 3O3HA 3V9SA 4F2RA 1VSHA 1J54A 3SI6A 3PX6A 1UA0A 4IBNA 3DLEA 3LP3A 5CY4A 3AVMA 4B9LA 4JRQA 3AVLA 4DSLA 3HO1A 4FJ7A 3VQCA 3F73A 1RT6A 1LAWA 4CGHA 4CGGA 5HRPA 1VSLA 2VWKA 1RT1A 2EX3A 4CF9A 2YV0X 3SPZA 4EP5A 2HHXA 2HHWA 1VSKA 4CJUA 1ZBFA 4DQPA 4CEBA 2LSNA 4IKFA 4Q0BA 2YHBA 3DOKA 4CHZA 4FJXA 4KI6A 1RBTA 2Y1IA 3LP0A 4CF8A 3KK2A 3L2VA 2ITGA 1HYSA 3KTQA 1EETA 3CFRA 4DQRA 3QEPA 1VSEA 3OYLA 3TANA 3TAMA 1S1XA 1LV5A 5FRNA 1A5VA 4ZTFA 3SV3A 4FVMA 3MEGA 1HYZA 1QSYA 4EZ9A 4FK2A 3EYZA 1RTHA 1TL1A 1KCFA 1Q8IA 2IS3A 4DSJA 3T19A 2PY5A 3RTVA 1RT2A 3DMJA 3IG1A 1JXBA 2HHTA 1U04A 4F2SA 3KK1A 1HQEA 2E6MA 3V9UA 3F9KA 4FJGA 3LAKA 4RW7A 1D9FA 2IC3A 5KGXA 2NUBA 5C42A 3OYMA 5J2QA 1YT3A 3D45A 4E7LA 3G0ZA 3K57A 4FYDA 4LSNA 3KJVA 3ZT1A 3ISNC 4F3TA 3OYFA 3SV4A 1YTAA 4M3ZA 4CHYA 4FLUA 4KB0A 3V9ZA 3RWUA 3ZSXA 3L2QA 1XI1A 4CHOA 1T8EA 5CZ2A 4AHVA 3VQDA 3SJJA 1GOCA 1S6PA 1RBUA 4HCBA 1JLCA 2WONA 4FJNA 1JL2A 3C6TA 2DFEA 4AH9A 1L5UA 4M3YA 3ZT3A 2DFFA 1BI4A 3DLGA 4M3RA 4KTQA 3MECA 3MAQA 4FJJA 2F8SA 1B9FA 1TAQA 2E6LA 4CECA 4BE2A 4LH4A 1Q9XA 2ATQA 3S9HA 3ULDA 4KKOA 4FM2A 5JS2A 3ZSQA 3SUNA 4J2EA 4PWDA 1RTIA 1UAXA 3CFOA 4JS4A 1RDBA 4LY7A 4JS5A 1SL0A 3SUPA 4O5BA 4CJLA 1X1PA 4C8MA 3HM9A 1D9DA 4ZHRA 4DF4A 1RT4A 3SCXA 1U4BA 3PX4A 3L8BA 1I3AA 2D0BA 2ETJA 5KRTA 2KZZA 4W5TA 4G1QA 3ZSZA 1RTDA 5DMRA 3V9XA 4E7JA 4FLYA 1Z26A 4CEZA 4CCHA 3O4QA 1C1AA 1VSIA 3K2PA 3K5NA 4DLGA 1Z25A 4M42A 4KFBA 4CHPA 4ICLA 4N56A 3QESA 3AVAA 4CEQA 1QSSA 2KTQA 4DU3A 3V1QA 1ZBUA 3PX0A 1TKDA 3RR7A 3AO3A 4KV8A 3TAQA 1N5YA 4E1MA 2IGIA 3VQ7A 3RR8A 4PY5A 3MXJA 3DYAA 4CERA 1TKTA 4KHYA 2F8TA 2Z1GA 4BWMA 4FJ5A 2HNYA 3HP9A 3OYDA 4QAGA 3V1RA 1S1VA 3V9WA 1TK0A 4DS4A 1JXEA 5HRRA 4N76A 4CIFA 4CFBA 2WOMA 3IRXA 3WNFA 4CHNA 4DSEA 1UA1A 2X78A 3K5OA 1MU2A 4MQ3A 3SZ2A 3C6UA 4CIEA 3AVGA 1RDAA 1IKXA 1C6VA 4H4OA 2G8VA 3I0RA 3L2UA 2IAJA 3AVKA 4CJKA 5KTQA 5JS1A 3KD1E 2KFNA 4NYNA 1Y97A 3TABA 4R5PA 4FZXC 5CZ1A 1LW2A 3M8RA 3K5LA 2KW4A 4RW4A 3HVTA 4DTJA 5CYQA 1QQCA 3KLIA 4BACA 3RMAA 1J5OA 4K8ZA 1U48A 4KHSA 1HNIA 3L2WA 2IOCA 3VQ8A 4AILC 3SQ0A 2RKIA 5EU7A 3QNOA 2XHBA 4DTNA 1BCMA 4C8LA 2OYQA 1S9GA 1HRHA 1RDDA 1RNHA 1JLAA 1CXQA 1QHTA 5SWMA 3PO4A 1C1CA 4H8KA 4BWJA 3WNGA 4E19A 3OYGA 3RRHA 4F4KA 1KLNA 3UIQA 4PUOA 1RBSA 3HP6A 1JLQA 3ZCMA 4CGIA 3TARA 3VQ5A 2PZSA 4C8OA 3NGIA 3NGZA 3HPOA 2VG6A 5FROA 1Q9YA 4YFUA 1WSHA 3AVNA 1I39A 1ASWA 1QSLA 3B6OA 4IG0A 2D0CA 3NDKA 2JLEA 2OPQA 2Q3SA 1CZBA 3LWMA 3V6DA 3U3GA 1R0AA 3DRRA 4O4GA 3ASMA 3U3YA 4KI4A 1W9HA 1RT3A 3HPGA 4Y1DA 4KREA 4CFDA 1HPZA 2JGUA 1NJXA 2Y1JA 4CJVA 4CGJA 3S3OA 1NJYA 3PY8A 2YHAA 2R7YA 1T05A 3ZT2A 4KHUA 3OYHA 3QO9A 1LWEA 4CK1A 4FLTA 1NK0A 1KFSA 1TV6A 4OGCA 1VSJA 3T3FA 3QERA 5FRMA 1BHLA 1GOAA 3MXIA 4KO0A 3K5MA 4IFVA 3BDPA 1FKOA 4I9QA 3H08A 4FW2A 4KAZA 4Z0UA 1WSIA 3NH0A 1BIUA 1C0UA 2PYLA 4O0JA 3LALA 3M8PA 2XY5A 3U6FA 1EP4A 4E0DA 4CJQA 3BGRA 4N5SA 4XIUA 3O3FA 2XO7A 3KK3A 1KRPA 4CESA 3RMDA 3SUOA 1DTQA 4DTSA 4CJ3A 1NKCA 3AV9A 4KPYA 1VSDA 2QKBA 3OS2A 3CQ8A 5HLFA 1U49A 1CLQA 2YNIA 1HNVA 3VQQA 3LPTA 1L3TA 2HNDA 4FJMA 2FBTA 1WNSA 3V81A 1NJWA 4BDPA 3MXMA 2YNHA 4W5OA 2G8UA 4CF0A 4Z4GA 4NCAA 3L3VA 4O55A 3HSTB 3DLBA 1NOYA 3HK2A 4GW6A 3K59A 2E4LA 4KHWA 4CJEA 1S1WA 2B5JA 4B9SA 4FJKA 3LDSA 1X9MA 1WN7A 4AHRA 4Z4IA 3CM6A 1JL1A 1WAFA 1ITGA 4E7KA 1RT7A 4B9TA 2OZMA 1EKEA 3IS9A 3SQ2A 3DLKA 1B92A 1T7PA 2QKKA 4HTUA 4CK3A 3LPUA 2PYJA 4E1NA 3LP2A 5FDLA 1NK5A 2BGGA 4DFJA 3AVBA 5J2MA 1BI4B 4J2DA 1WSFA 3G10A 4RW6A 1S6QA 1SL2A 4DSFA 4B9VA 2G8WA 3IAYA 1RBVA 2DTUA 3AA4A 4CJRA 1O1WA 4NCGA 3AVJA 3OS1A 2P5OA 3KLGA 4B9NA 3SYZA 4CEEA 3OYJA 1J53A 3TAGA 2BE2A 1IKYA 5I3UA 2O4GA 1SV5A 5HP1A 4CFCA 4Z4HA 3KLFA 1A5XA 2G8IA 3AVHA 3O3GA 1X9WA 4Z4EA 5D3GA 1NK7A 4DQSA 2G8FA 4CHQA 2P51A 3MEEA 4CEDA 2X74A 4KTWA 4BDZA 4LD0A 3VN5A 3KKRA 3I8DA 4ELUA 3AO5A 1JLBA 2YNFA 4EP4A 4DMNA 3DRSA 4HVJA 4JRPA 4HHTA 4FM0A 3QEIA 3PV8A 4M3WA 4FXDA 2KFZA 1FKPA 3DOLA 4N47A 4W5RA 3AVIA 3LZIA 1IH7A 4BDYA 4ELVA 3LWLA 4B8CA 1ZYQA 3TAPA 2HHSA 3CFPA 3L3UA 4OKJA 3RMCA 4DTPA 3VQ4A 1QS4A 3NH2A 3ZSOA 4B9MA 4DQIA 3QIPA 3ALYA 1BGXT 3ITHA 1BIZA 4DF8A 4GMJB 2QXFA 2I5JA 1HMVA 3VA0A 3NF7A 3KIOA 1CXUA 1DTTA 4GVMA 3AVCA 3NF8A 4E3SA 4B3OA 3EZ5A 1F21A 1WAJA 4PA1A 1NJZA 3TWHA 5KI6A 4CF2A 3OYCA 4FLZA 2OA8A 4PQUA 1ZBIA 1K6YA 3KLHA 3AA5X 3QLHA 4HUGA 2D5RA 1NKEA 1VK0A 4HCCA 1TGOA 1U45A 4FJIA 4I9LA 4AHTA 1EXQA 1T03A 2EHGA 1L3UA 3LP1A 4OKKA 3QIOA 1EX4A 4CEAA 5SZTA 3V4IA 1NKBA 1JLFA 1FK9A 3FFIA 1UWBA 2OPSA 2XY6A 1TVRA 3TAFA 3HPHA 3RRGA 3OJSA 3AO2A 1ZBHA 3NCIA 1S1UA 4J2AA 4DFPA 4I2PA 2GBZA 4EZ6A 4NCBA 3LANA 1SKSA 1BISA 2D0AA 2B4JA 3WNEA 4DSIA 3SQ4A 1KLMA 2HB5A 4FM1A 3ZT0A 4FJ8A 3NAEA 4B08A 2GV9A 4DU1A 3LAMA 4DWIA 2YKNA 4Z4FA 1A5WA 4CJSA 1LW0A 2X6NA 1TAUA 4KTZA 4FLWA 1SKWA 1LWCA 4CIGA 2HVHA 1VRUA 3CYMA 4QCLA 4Q5VA 3OJUA 5KGWA 3OYBA 3OYAA 3AA3A 3CG7A 1N6QA 2VG7A 1XHZA 2HHVA 1RDCA 4CJTA 3HYFA 4O44A 3HT3A 1TKZA 4KHNA 4FJ9A 1C1BA 3VQAA 5KRSA 3T1AA 4RW9A 3HVRA 4UQGA 4OKEA 1GOBA 4OVLA 3S3MA 3NF6A 4FK0A 4BE0A 4ID5A 5HROA 3D0PA 4I7FA 5K14A 1SL1A 1RILA 4FZYA 3TI0A 4I2QA 3LZJA 4DSKA 1B9DA 3TR8A 1XHXA 4DTXA 1ASUA 1WSEA 4FW1A 4DG1A 1C0MA 4HUFA 3QEVA 4C8KA 1WSGA 5HRSA 1JLGA 3SNNA 2G8HA 5E41A 3NE6A 4FLVA 1NK9A 4E7IA 4CJ5A 3THVA 2P5GA 1HJRA 1KVAA 2OPRA 5J2PA 4L8RB 2IDOA 4M3TA 4QOZB 3VQPA 4CK2A 3AA2A 3NH1A 1BCOA 4M41A 2HHQA 1YVUA 4C8NA 3V1OA 1KVBA 2VWJA 1ASVA 2ZD1A 1JLEA 2BDPA 4KHQA 3AVFA 1LAVA 4CJFA 2BANA 3NHGA 3TAEA 2HMIA 3JSMA 4LSLA 3NFAA 1QTMA 2Z1IA 4AHSA 4K8XA 2XRIA 4IDKA 3K58A 2HVIA 4N41A 1IG9A 3L2RA 4OGEA 2OZSA 3SQ1A 4NYFA 4TSXA 3ZT4A 1LWFA 5C25A 2W42A 1S5JA 3E01A 5J2NA 4FZZA 2VG5A 2XY7A 3EY1A 3OYIA 3P1GA 4LH5A 4E7HA 3RMBA 4OLAA 5DK5A 1C0TA 1HQUA 5C24A 4AHUA 4CE9A 3DM2A 3QINA 5J1EA 2A1RA 3ZSWA 3OYKA 1QE1A 2YNGA 1IO2A 1RTJA 2KZMA 1KSPA 4Z4CA 3QEXA 4CJ4A 1TKXA 2P1JA 4CJWA 3B6PA 3ZSYA 1TK5A 2O4IA 4FK4A 4DS5A 4CJPA 1XC9A 4B9UA 3QEWA 1WLJA 3ZSVA 4FCYA 1KFDA 3DRPA 2F96A 3VQ9A 4IG3A 1D5AA 5CYMA 3PO5A 4F3OA 4M3XA 3VQEA 1KVCA 2HNZA 4CEOA 1S9EA 4FLXA 4DTRA 1L3SA 2FBVA 1BQMA 4M3UA 3A2FA 1SUQA 2ZQBA 4KB1A 5HRNA 4YNQA 1FXXA 2FC0A 1NK4A 3HJFA 2X6SA 3P5JA 4F8RA 4RW8A 5HBMA 3M8SA 2Z1HA 1NK6A 1KTQA 3QETA 4ID1A 2YKMA 3DI6A 2HHUA 4ELTA 3DLHA 4IFYA 3OS0A 3OYEA 4DFKA 1G15A 4DFMA 4OJRA 2RPIA 4M45A 1WSJA 3C94A 3HXMA 2RN2A 1BQNA 2B6AA 1TK8A 2DY4A 2GUIA 1CZ9A 3HL8A 3OVNA 4O0IA 3SPYA 4BE1A 2ZE2A 2KQ2A 3VA3A 1XWLA 1S1TA 1J9AA 2A1SA 4MFBA 4FJHA 4J2BA 3KLEA 2FBXA 3PUFA 4CFAA 3JYTA 4CGDA 1UOCA 3AO1A 3S3NA 3I0SA 1SKRA 4WE1A 2HW3A 4H4MA 1D8YA 3OYNA 1BL3A 1NOZA 3DLRA 4DTUA 1YTUA 3OY9A 4CGFA 4DTOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PL8A 1HYVA 1FJGK 4IDHA 5A2QO 3N4QA 1JCEA 3VERA 3QBWA 1BA0A 4BRFA 5EXWA 1JKHA 2P9IA 4AHCA 4Y1CA 2WUSA 3CC4N 3KD5E 1X9SA 3QNNA 4PHTX 4LF8K 5AZJA 4WQ5A 3O9TA 3G4SN 1L3VA 1U47A 3O4NA 1J54A 1HR0K 2QWQA 3PX6A 1UA0A 3LP3A 5CY4A 4B9LA 4JN4A 3K9KA 2O8DA 3WXKA 2VWKA 2HHXA 4CJUA 1MDUB 4A59A 3IKMA 3O9QA 5BN9A 1VQ7N 5FLXO 3QEPA 4U7BA 5AQTA 3SV3A 4FVMA 4AM7A 3LDLA 4DSJA 1Q8IA 4KH5A 2PY5A 3UE5A 4F2SA 3KK1A 1HQEA 1V4SA 1HUXA 3LAKA 4RW7A 4BG9A 1D9FA 5C42A 1YT3A 3D45A 3G0ZA 5H1SQ 5LL6Z 3E9OA 3ZT1A 2P9NA 4JKAA 4LFBK 4M3ZA 3HTVA 4DR4K 4YOTA 3NMUA 2WC9A 1HX1A 1RBUA 4HCBA 1JLCA 4CD1A 2DFEA 1L5UA 4M3YA 4IWVA 3MECA 5AQHA 4KH4A 2E6LA 4AM6A 2ATQA 3S9HA 3ULDA 4KKOA 5LY3A 4B3SK 1RTIA 1UAXA 3CFOA 5CR4A 1RDBA 4CVNE 4JS4A 4C8MA 1E4GT 1U4BA 3L8BA 1VHXA 4WCEL 1KXPA 4HTLA 4W5TA 4G1QA 3GG4A 1RTDA 4E7JA 5AZIB 3FZKA 1Z25A 4KFBA 4CHPA 2NRXA 3VGLA 2UYTA 3AVAA 3FR0A 2KTQA 3RR7A 3CJCA 4X62K 1BG3A 2IGIA 4PY5A 3DYAA 3WQUA 1Q81O 2Z1GA 3V9WA 1GLFO 4CIFA 4JD2A 4JI7K 4EAHD 4YDUC 3GE1A 2A5XA 4LF4K 4CBXA 4FWQA 2QWLA 1HPMA 3ULEA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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