4O8R | Genus

Total Genus 85

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	85
sequence length	220
structure length	220
Chain Sequence	RVDVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKD

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title	Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 5,6-dihydrouridine 5'-monophosphate rcsb
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus	85
structure length	220
sequence length	220
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2013-12-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4o8rA00

1C8VA 2C13A 4LOCA 1WOAA 4XZ9A 1I2OA 3R13A 3CU2A 1H7PA 1NF7A 1SZFA 4HN4A 3Q37A 4JX4A 3N14A 1GVSA 1Q6LA 1JCMP 3W1TA 2QCGA 1FXPA 4A3UA 4AH7A 4O18A 4WXZA 4OV4A 3TMQA 4HT3A 2TMDA 3LCXA 2JKEA 4BI7A 3NO5A 1FXQA 3W07A 4HKPA 1H50A 3EB2A 1KM1A 2ZDRA 1RPXA 3BPWA 4ZL1A 3IRDA 1QMLA 1OX4B 4B5NA 3GDLA 2QDHA 3G1HA 1F6PA 3EWZA 1VYPX 2J9YA 4AWUA 2NUXA 2P0OA 4DF2A 4LVBA 4A22A 1F7BA 3W2LA 4YLWA 2H6RA 4RZ5A 1JCNA 1FY6A 1OF6A 1DBTA 4PL1A 5BOOA 4WUIA 2DZXA 2ZRWA 1LORA 3LI1A 2YX0A 4Z08A 3G22A 1KLZA 4O52A 4JN6A 1AW2A 5J5RA 4GE8A 1I2RA 4MJZA 4LU0A 2QJHA 1KTCA 3BW3A 2WOQA 3MJYA 3C6CA 1WBHA 2WNZA 5F1VA 3LV6A 1DKWA 4FIQA 1UJPA 3KX6A 5K4ZA 4JTUA 5HUPA 3MP4A 4ZVJA 4GUFA 5G2IA 3MMTA 1TB3A 3T78A 5D03A 5F2GA 4PA8A 3DHDA 4FB7A 3NQFA 3UD6A 3W22A 3CLMA 1C9DA 4ADTA 1WQ5A 3Q2DA 3CC1A 3EX6A 4K39A 4TU1A 5EYWA 2C16A 3HOJA 4UUIA 3QF0A 3GKFA 4RKAA 5HQEA 3P60A 1MEIA 1VZWA 1TO3A 4KFNA 1DORA 1JR1A 1PHWA 1YDVA 4HNVA 3QPYA 1RR2A 1TPDA 3LM7A 4GUHA 4JTLA 3TFXA 1ICQA 4BWLC 3C2OA 2DZUA 4AMAA 3NPXA 1S5VA 5LNUA 1TPVA 4O4VA 4Y96A 2A4AA 3PR2A 3W86A 2X1RA 1Q45A 3DKJA 2YYUA 3W7HA 4M7TA 4IXHA 4OV9A 3KFTA 2C1HA 1VCGA 2P1FA 1VQTA 4K38A 5E0KA 2WO5A 3OIXA 5EPDA 2C3ZA 2QCLA 1RV8A 3LV5A 4DF1A 2WJZA 4AXKA 3C2EA 3N19B 1OK4A 3IIVA 4NVTA 2R91A 1LDCA 1XL9A 1TPWA 4OBTA 1BWKA 2V2CA 3EWWA 5DCDA 3K30A 2AAMA 3HPSA 4LW7A 4UXDA 1IXPA 1KW1A 4LNYA 1YADA 3NXFA 5D2WA 3PSWA 1XBYA 1VRDA 5D2VA 3S42A 3B8DA 2B7QA 2GJLA 3W1MA 1NVMA 2C14A 3LHVA 1DV7A 4NJIA 3DFSA 5I3IA 5LNVA 2DJLA 2Y61A 3B4UA 2W79A 4G1KA 1EP2A 4GWEA 4JY8A 2Z6IA 2C6QA 3DFNA 3LTYA 4O13A 2X30A 1SSDA 1ALDA 2E77A 4O17A 2ISVA 3A21A 3W72A 3LHWA 1R2SA 2YCEA 4PFMA 1O5XA 4LS0A 4DBEA 5HULA 1XUUA 2X16A 4QNWA 5GVJA 2EPHA 5MHBA 3NEVA 3M5YA 2A85A 2RHGA 1F05A 4MY8A 1A53A 4YWIA 1QR7A 2R8WA 2YR1A 4JNMA 4UMCA 1HO1A 3M1ZA 4UTUA 1KV5A 2J9ZA 2Y63A 3C52A 3M6YA 1F2JA 4DBDA 1IXQA 3EWXA 4IQLA 3JRKA 1AW5A 3EX2A 4WY0A 1ZAIA 3UYCA 3DKLA 3O6DA 3PUEA 3P7YA 1JULA 4TIMA 3HB9A 3KVMA 4A2SA 4IMDA 5G1TA 1WAUA 4DELA 2IQTA 1PS9A 1W37A 1FQ0A 3KVKA 2ZA2A 2VEKA 3LBCA 1TTIA 4I7UA 4XWUA 2DZPA 1IGSA 2BZNA 1YPFA 3SZ8A 1TRDA 2Y89A 4JDBA 1G69A 2CLHA 3LRLA 5HR7A 3TW6A 4QITA 4UFKA 1WV2A 4FXSA 3NPUA 4IGHA 3QC3A 1FWWA 3CB8A 3P82A 1FUYA 1OHLA 1X1OA 1SFLA 1D9EA 3SFKA 2TPSA 4JTEA 1HO4A 1M7OA 3HF3A 3SW6A 4ML9A 4O11A 1T8XA 4GUJA 5EA9A 5KSWA 2VFIA 3UZJA 3W6YA 3W7MA 3TFCA 3FJLA 1TSIA 2Q8ZA 4GRSA 3W1XA 1H7WA 4PEKA 3LLDA 1KM6A 3SGZA 3QMSA 4GBUA 4Z1AA 3QM3A 3LLFA 1R2RA 2YYTA 3LTSA 3GXPA 1ADOA 4MYAA 4CQ8A 4GXMA 2RFGA 3MYOA 2G5WA 1Q3NA 1FWTA 1ZNNA 1GG1A 3W70A 3L67A 3W7CA 3FIGA 3VNDA 5LHEA 1LP6A 5E1QA 4K6AA 1Q6QA 1MZHA 5IBXC 1EWDA 3QMRA 3BGJA 4LVGA 4QISA 1KFCA 3BW4A 3BLIA 1K8XA 4Y6GA 4Z0JA 4UCGA 2I9EA 2BX7A 2QCFA 4Z1DA 3W7RA 1JCXA 3WK2A 3JS3A 1O4UA 3L66A 4ALDA 4JS3A 3KVJA 3PVFA 3BG5A 3SGUA 1R30A 4FEZA 4JTHA 4MKNA 3GR8A 2J27A 2QDGA 1FX6A 4EVZA 3CM4A 3MYPA 4UC5A 2ZYFA 4FF7A 2Z0IA 5F2MA 1KTNA 5DXXA 1D3HA 6TIMA 3Q58A 5D09A 1YLVA 4TMBA 3HPZA 4WX2A 3A5FA 1EP3A 1VC4A 3NVTA 3R8RA 2OT1A 4QJ1A 1VYRA 3ZR4A 1IIHA 2P10A 5FF3A 3RMJA 3RK8A 4O14A 4OGZA 5HJLA 2A7NA 3GVGA 3QPZA 2I1OA 3STCA 4H6KA 4JTFA 3G0UA 5I3JA 1ME8A 3NM1A 3E9AA 4NJHA 1SU5A 4JYFA 2OZ0A 3W7OA 1W5OA 3L5AA 3HG3A 4UFHA 2RH9A 3Q94A 4L4MA 1I2NA 2EGZA 3UY7A 3TQKA 1EIXA 2HTMA 2VOMA 3O15A 2NXHA 2QKFA 4LRTA 1QWGA 2QR6A 2WPBA 4S1FA 4WJEA 3EWUA 1UUMA 3LERA 3CWOX 2BTMA 7TIMA 1IXNA 5D2YA 3PB2A 3QFEA 2XN2A 3W7QA 1ML1A 1VLIA 2NX1A 4EOUA 3TNOA 2NXGA 3FFSA 3G1AA 2B4GA 2CZ5A 4IMEA 5AOUA 3PBYA 3L0GA 3PBUA 1W56A 1IF2A 2E1DA 1VLWA 5LNRA 1X8FA 1YYAA 4RK8A 4E2BA 5FEZA 4DO5A 4IXXA 2A7PA 2ZZ5A 2YZRA 2FPTA 2JK2A 4K36A 3DFTA 3LCWA 1AL8A 2YFOA 5K9XA 1TPC1 3V75A 4RLIA 1OX6A 4XTDA 4JTGA 3W87A 4O4WA 3MBDA 1K8ZA 2V2HA 2QAPA 1P0KA 1FWSA 5DELA 3G0SA 4D2JA 4IJBA 2J6XA 3LI0A 4ZQNA 4BI6A 4UR7A 2ZFAA 3G3DA 3NQGA 4WOZA 1LM1A 5F1UA 5TIMA 4M19A 3TK7A 1EP1A 1KM2A 3ABSA 2G96A 3CQ0A 3OBKA 2VFHA 4Z0SA 1WA3A 2NX9A 1KA9F 2LLEA 3GR7A 1G7UA 5CPOA 4HIBA 4NX0A 3NZRA 4N6EA 3TC7A 3M7WA 4N6FA 4WY0B 3C8FA 2DORA 1OK6A 2C15A 2NUWA 1OFQA 1K03A 4YL2A 4FIRA 2WNNA 4MOZA 3T40A 4CQAA 3KVLA 5BMXA 3NOEA 3W7EA 1LLZA 2DJXA 4ZQOA 4FNTA 2A6LA 1H51A 1OFOA 1W5MA 1VCFA 3CPRA 4BF9A 4O16A 1Q6OA 5FEWA 1O94A 4JTKA 1FCUA 2D73A 4I7VA 5D02A 2WQPA 1PL9A 2CFFA 4UNKA 1TREA 4LY8A 1W31A 5IM51 3P5YA 4CLMA 1YXDA 2DZTA 3S0CA 3C56A 1ME7A 3PM6A 5HMSA 1SPQA 1VHCA 4A29A 2NV1A 3W7JA 1GWJA 2VEIA 4NQ1A 4MZYA 4JYEA 5FEPA 3W7LA 2OMAA 3JR2A 4L4LA 3GZ3A 4AAJA 3LB0A 4CCEA 3E96A 3PULA 1EEPA 4OT7A 1UASA 1MEWA 2XN1A 2C19A 5D38A 1J2WA 1H7NA 2RKXA 1LRNA 3EWYA 1I4NA 4XKYA 4DPPA 2GPTA 1TJRA 2FIQA 1THFD 2Q8LA 1DHPA 1NFBA 3M16A 3IIZA 3ZFHA 2ZRYA 2I14A 1J5TA 2J9XA 3W7IA 3OEXA 2A0NA 3L0KA 1G4EA 3C61A 5DBTA 3UXDA 3LHTA 3LCLA 1YDNA 3L0NA 4UTIA 4Y90A 3UWUA 1RQHA 3O1NA 4AEOA 2VC6A 3MBFA 3WJYA 1TPFA 4IX2A 4E38A 3DI1A 3GIYA 1U83A 3LXCA 2H3DA 2EKCA 2CU0A 2J88A 1O5KA 3IEBA 2CLKA 3NAVA 5G5IA 3CT7A 3KXQA 4LVAA 2HMCA 5AHNA 1HTIA 1QOQA 3QW4B 2WSRA 5I3HA 3P81A 1AL7A 1F6KA 2DU2A 4NT0A 2QJGA 4U28A 3L5LA 2X2GA 3BARA 3N2MA 2BLEA 1TMHA 3W1LA 2WSQA 5DY3A 3P74A 3W75A 4OQVA 1IXOA 1TIMA 4N4QA 5G2HA 1OFPA 2QUUA 1FDYA 1SW7A 4DQWA 3N3MA 3C2FA 4M6PA 4QQ3A 5KZEA 4MY9A 5HUOA 4LS2A 1QPOA 3NL3A 1FDZA 2ZCGA 3G8EA 4MZ8A 4N9BA 4ZQPA 4C1LA 5K2ZA 3HMJG 3O06A 5LHFA 2NXIA 5CZSA 2JBMA 4DEFA 2FPYA 1OABA 3N9SA 3GXNA 3TE9A 3GDTA 3IVTA 3O6YX 1AK5A 3M5VA 4GJ1A 4MJMA 2ZZ2A 1ME9A 2PRMA 1JQXA 4M6VA 1SSGA 1QO5A 1YXYA 2V30A 3TC6A 3O16A 3THQA 3L5MA 1HG3A 1TV5A 4FNSA 1KTBA 1ONRA 2VFEA 1CW2A 1TPB1 4MVAA 2PURA 4Q4KA 3UXAA 1DQWA 2EF9A 2ZZ4A 3LHZA 1L6SA 5F4SA 3W7KA 4UTJA 3R89A 3BLFA 3WFAA 2Y7DA 1V5XA 3W73A 1XI3A 1KM3A 2FPVA 1SW3A 3WJXA 4LV9A 3HG2A 2TSYA 1JCJA 4XQ6A 1GG0A 3UY8A 5H2ZA 3GAYA 3MI3A 4Z1BA 5LKYA 1QO2A 3DZ1A 2V5BA 1QOPA 3HQ1A 4ORMA 1GJPA 1T99A 3STGA 4UTTC 2DZVA 4S2CA 3LCIA 4LWWA 4WXYA 3SR7A 4RX0A 1L6WA 3EXRA 4M6QA 4P2VA 3ZS4A 4UTWC 3FA5A 3CEPA 3H53A 3P5ZA 1OYBA 1WBJA 5AYYA 1B9BA 2WV8A 2YW3A 3PSVA 4ADUA 1LZOA 4HPJA 4RZ4A 3IVUA 3BG3A 2UV8G 1TJPA 4XTIA 1BWLA 3QYQA 3BW2A 1KFJA 3CTLA 3ABQA 3TDFA 3NGJA 3NQMA 3EX1A 5DXYA 3WK3A 1MXSA 1OF8A 1G67A 2JKPA 1M5WA 3W2JA 5AC7A 1SO6A 5BW6A 4RV8A 3FKRA 1G4TA 3TXZA 5LNWA 2CWNA 3G0XA 5BRBA 3UPWA 5I3FA 4PC8A 1JUBA 3DAQA 4DPQA 4TR9A 1ZHAA 3OVPA 2RDUA 3DFOA 5LSMA 3S5OA 3W85A 1JUEA 3NNTA 4ZZ9A 3W7NA 3G1XA 1LTDA 2V81A 4O54A 2GUUA 3PB0A 3TX9A 5FF4A 1EUNA 3M5XA 1LBLA 4P61A 5HINA 3EWBX 5D05A 3KHJA 3NZ1A 3B0UX 4IPJA 1F76A 4BWLA 4CNNA 2V8ZA 1JCYA 2Y70A 4NZJA 3V1PA 2Q3RA 2YFNA 1T96A 2VENA 4AHOA 4UR8A 3NQAA 4N9DA 4MIMA 3TSBA 1ICSA 3I7RA 1N8FA 5AHFA 4CNOA 2E6YA 1VHNA 2QCMA 4HNNA 2A7RA 2FB2A 1K7FA 4R7JA 5G4WA 1JCLA 2E5DA 1NEYA 3S8HA 2YGYA 4EWND 1K7EA 2VFFA 2X1UA 2A21A 1RQEA 4N9CA 5G4EA 3RLVA 2QCHA 3NL6A 2GVJA 5AN7A 4W9TA 1KFKA 1O60A 1EPXA 4QM1A 5FESA 1PHQA 3AO0A 1GVQA 4OE7A 1B4EA 4AVFA 1A5CA 1ZAJA 3LX9A 4HNUA 3CHVA 2NV2A 2V9DA 1KBIA 3USBA 2V82A 3TAKA 1SR9A 1KBJA 2PC4A 1W5QA 2EHHA 4MPQA 2FJKA 5CSSA 5AHMA 3DH7A 1SFJA 1W8SA 4Z1CA 3UWQA 3DBPA 2A5HA 3OA3A 3F4NA 3RU6A 3WK1A 3TROA 4IMGA 4EF8A 3HG5A 3F1QA 2Z2UA 4KWWA 3RF9A 1TV7A 1TV8A 3LTPA 3S1XA 3LRKA 2O7SA 5AC8A 1SZGA 3TU9A 5EKYA 4RJEA 5T26A 2YSWA 4JTSA 3TMLA 1KM5A 3TKFA 3W1QA 1SO4A 1U5JA 3NYZA 4FNPA 5KINA 3MHFA 3UWWA 3DFPA 5C6MA 3U2OA 3W74A 3S6DA 3RLUA 1I8JA 3BO9A 1S3HA 3QQ0A 1GVFA 4YCPA 2E5CA 1X6UA 5C2XA 4JICA 1KFBA 2YDAA 1XM3A 3NL5A 4GC4A 3TA6A 5D30A 3FJ6A 4LC6A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4O8RA

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