The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
57
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sequence length |
227
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structure length |
227
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Chain Sequence |
SRIVAADTGGAVLDETFEPIGLIATVAVLVEKPYRSAKEVMVKYANPYDYDLTGRQAIRDEVLLAIELARKVKPDVIHLDSTLGGIELRKLDEPTIDALGISDKGKEVWKELSKDLQPLARKFWEETNIEIVAIGKSSVPVRIAEIYAGIYSAKWGIENVEKEGHLIIGLPRYMEVNIKDGKIIGRSLDPREGGLYGSAEVSVPEGVKWEIYPNPVARRFMIFEIFS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Unknown function
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| molecule keywords |
Uncharacterized protein PF2046
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| publication title |
Crystal structure of a novel non-Pfam protein PF2046 solved using low resolution B-factor sharpening and multi-crystal averaging methods
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Pyrococcus furiosus
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| total genus |
57
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| structure length |
227
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| sequence length |
227
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-12-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5CHI A; 4YOT A; 4O8U A; 4YOR A; 4YOY A; 4YOX A; 4YOU A; 4YOW A; 4YOV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4YDU A; 3CME N; 1U2V B; 3O9T A; 2JLE A; 2D0A A; 2BAN A; 5C0Y A; 1JLF A; 2NZT A; 2X74 A; 2E6M A; 3DRS A; 2P9L B; 3F9M A; 4CZH A; 3T1Y K; 4B3S K; 3CJA A; 3HVT A; 4WQ5 C; 4CBU A; 4CJQ A; 4I6M B; 5FDL A; 1GLF O; 3D2E A; 4CEB A; 4OKK A; 3WNH A; 5ELZ A; 3JSM A; 1D4X A; 3RMD A; 3P83 D; 3VQE A; 3I0R A; 2UU9 K; 3MWP A; 4AM6 A; 2DFE A; 4U67 L; 2ZM6 K; 5HRS A; 1N36 K; 1ILY A; 3TAM A; 4HVJ A; 1UA0 A; 4CI6 A; 2XY7 A; 1ASW A; 1FK9 A; 3D2E B; 3S41 A; 4HCC A; 4F9O A; 1JLB A; 2F9W A; 3CYM A; 1I39 A; 4O4G A; 3NH1 A; 1B9D A; 2O8E A; 3MMV A; 3V9S A; 4FJ8 A; 5KRS A; 4AH9 A; 2X6N A; 3PV8 A; 4GV6 A; 4YHH K; 1TL3 A; 3LDL A; 1IBK K; 3SPY A; 3AVF A; 4W5N A; 1JL1 A; 3QEI A; 1HKB A; 4KKO A; 3CFP A; 4M42 A; 1FXX A; 1NGB A; 3H1V X; 3V1R A; 2G8F A; 4BVP A; 3AVB A; 1DEJ A; 3BUZ B; 3PUF A; 1OH7 A; 4KHY A; 4ZHR A; 4N47 A; 4XH4 A; 4V19 S; 1NKB A; 4DFM A; 4DTN A; 1BG3 A; 4JHD A; 2GBZ A; 4F2R A; 1IJJ A; 1ITG A; 3HL8 A; 3KKR A; 1CXQ A; 1GLL O; 2YNI A; 3O4W A; 5I42 A; 1R0A A; 1VRU A; 3DRP A; 1KAZ A; 1NU0 A; 5CY4 A; 3THV A; 2EHG A; 3RR8 A; 4JHD B; 1SUQ A; 3L0Q A; 5J2P A; 3OS0 A; 4AM7 A; 3VA0 A; 2O8D A; 1XHX A; 4CZL A; 2G8U A; 1Q8I A; 3WXM B; 1LW2 A; 2QXL A; 4GNI A; 3THY B; 1SS6 A; 5TKY A; 4C8N A; 3DLK A; 3LP0 A; 4DCH A; 1BA0 A; 1G99 A; 1SL0 A; 1JLQ A; 4RCH A; 1WB9 A; 1HYZ A; 1IKX A; 2GEM A; 4DQQ A; 2O8D B; 2QK9 A; 4ISF A; 3NBP A; 3TPQ A; 1VHX A; 4WYB A; 1D9D A; 4BE1 A; 4WFA L; 3ULD A; 4HTL A; 1RTD A; 4M3Z A; 2WC9 A; 3EKU A; 3QML A; 4OLA A; 1YJN N; 4O5F A; 1LV5 A; 2P9U A; 3NHG A; 4HUG A; 3DXK A; 3ZSX A; 2YHY A; 3DWL A; 3A5N C; 3FZL A; 5E26 A; 3CPW M; 3QEX A; 3ZX0 A; 4PL7 A; 2KFZ A; 4IO8 A; 3U8X A; 4PHT X; 3SV3 A; 3TAP A; 3AO3 A; 4JKE A; 4KAZ A; 3ZX2 A; 3L3V A; 2P9U B; 5GIO A; 1WAJ A; 4IDK A; 2F4V K; 1BI4 A; 1KXP A; 3I8D A; 3HO1 A; 1C1B A; 5C15 A; 1VSK A; 1NGF A; 1VSI A; 3EE8 A; 3L6Q A; 4FJ9 A; 3A5O C; 3A2F A; 4H0Y B; 4DTX A; 4B9N A; 2HVI A; 4DV2 K; 3AVC A; 3NCI A; 1BI4 B; 2VWJ A; 1TYQ B; 3IUC A; 3ZT2 A; 3VOV A; 2P9P A; 2XY5 A; 3T7Z A; 3SLC A; 4LF8 K; 3KWG A; 4JI2 K; 3DLR A; 1IBL K; 1HNV A; 3VEX A; 3FZF A; 2Q3S A; 1FKO A; 1Y97 A; 3NAE A; 3OVN A; 3KJV A; 3WNG A; 4H0O A; 4ID5 A; 2Q1N A; 2IIR A; 4LFA K; 2P9P B; 4NB4 A; 4DR5 K; 1RTI A; 2FSK A; 1YUW A; 4IEI A; 2PY5 A; 3QO9 A; 1NWK A; 4CHQ A; 5GIN A; 5JS1 A; 3BP8 A; 3BZK A; 5GAE P; 3T19 A; 2XY6 A; 4E3S A; 2CGL A; 4HWI A; 1XQS C; 1T6C A; 5M1K A; 4Z4G A; 2D4W A; 3M8P A; 2X78 A; 3RWU A; 4F3O A; 4A5B A; 4ELT A; 3LDQ A; 3TU5 A; 4H8K A; 4BRH A; 5AQX A; 2OTL N; 3MN7 A; 4B9S A; 1S9E A; 3LP2 A; 4K25 A; 4C8L A; 4XH5 A; 3JYT A; 1TKX A; 1HNI A; 3AAQ A; 3KD5 E; 1WSJ A; 3DLL L; 2ATQ A; 4CHZ A; 4W5O A; 4QOZ B; 4GKK K; 3DMJ A; 3V6D A; 3E66 A; 4Y0W A; 2PBD A; 4DWI A; 3HYF A; 4JN4 A; 1QSL A; 4O8U A; 5CYQ A; 3D6R A; 3MXI A; 1RBU A; 1N5Y A; 3CCV N; 1S1X A; 5LY3 A; 4PQU A; 4J8F A; 3T1A A; 5ADX H; 1T03 A; 2FF3 B; 1VSE A; 1J53 A; 4AF1 A; 3HM8 A; 3SK3 A; 2XHB A; 1NJY A; 4A5A A; 3C0B A; 4YOY A; 5BR9 A; 1C6V A; 4BRM A; 3GE1 A; 5AQP A; 5FPM A; 3TAF A; 2A1S A; 2D5R A; 3CI5 A; 1YVN A; 5C2F A; 5BPL A; 3NE6 A; 4FZZ A; 1W7A A; 3BF1 A; 2G8W A; 1E4G T; 4LC9 B; 2DPN A; 4MDB A; 4FJ7 A; 3FE1 A; 2VG5 A; 3VGK A; 5EU7 A; 2FSN A; 2QI2 A; 4AQY K; 4E7K A; 1IO2 A; 1NMN A; 2NNW A; 3PLA A; 4FLY A; 4KHQ A; 4CGH A; 1HX1 A; 1T8E A; 1JLC A; 4DV0 K; 4DQI A; 5KGW A; 1YVU A; 4XH1 A; 4IDH A; 3E1Y A; 1OVY A; 2IVN A; 1Z05 A; 4H0P A; 4IFV A; 3QNO A; 3BEX A; 1KCF A; 2P9I B; 2Q31 A; 1K9M O; 5AQY A; 4FM0 A; 4CJ4 A; 3SZ2 A; 4CZF A; 3LWL A; 3D0P A; 3TSU A; 1YIT N; 3SQ4 A; 1MU2 A; 1OVQ A; 3WEE A; 3TAE A; 3CC4 N; 3TTF A; 1RT1 A; 4CBX A; 4ILG B; 1HMV A; 3L8B A; 4RW8 A; 1Q81 O; 3LAK A; 3AO2 A; 3K59 A; 3OYI A; 1H1V A; 1NGI A; 4JK8 A; 2VQF K; 1NKE A; 4GW6 A; 2Y1I A; 4RW4 A; 2YNH A; 1EX4 A; 1J54 A; 3WEE B; 1S1V A; 3HPH A; 4CES A; 4JS5 A; 2HW3 A; 3P5J A; 4M41 A; 5KPR A; 2V7Y A; 3V1O A; 4DTM A; 3UIQ A; 3VF2 A; 4DV1 K; 3NVM A; 4ILH A; 4U7B A; 4L8R B; 3AVA A; 5C24 A; 2UUB K; 2HHU A; 4JI1 K; 4DSI A; 1NKC A; 3B8A X; 5AZI B; 2H3G X; 3LZI A; 3KKS A; 3O08 A; 1VAZ A; 2E8A A; 3IAY A; 1QZ5 A; 4RTF D; 1RT6 A; 4H5N A; 4FL9 A; 4FJH A; 2E2N A; 4I9Q A; 4CJF A; 2IVP A; 3K9J A; 3NF7 A; 4CVN E; 5JMV A; 4OPJ A; 2HHS A; 1JXE A; 3E9O A; 3OYC A; 3HVR A; 4L3Q A; 3HK2 A; 4K42 A; 1KFS A; 1BU6 O; 2YHB A; 1S6Q A; 3ID8 A; 4OJR A; 1L3V A; 5I3U A; 4KB0 A; 2YJF A; 4PA1 A; 3ZT3 A; 3O3G A; 1BO5 O; 3OYE A; 3EZW A; 5EXW A; 3AA3 A; 5KI6 A; 4LF5 K; 4R79 A; 4BR9 A; 1N32 K; 1CZ9 A; 1YTU A; 2O8C B; 3M3Z A; 5FRM A; 1QS4 A; 4CFD A; 5DK5 A; 2QWQ A; 4MFB A; 4O55 A; 3K57 A; 4CFC A; 2QWP A; 3PO5 A; 1VSL A; 2A40 A; 4K0K K; 2RN2 A; 3A5L C; 3AO4 A; 3WNE A; 3ZEU B; 5LMN K; 3M6G A; 1ZBH A; 4OLB A; 1ZC6 A; 4FPB A; 5BRF A; 3C6H A; 1ZYQ A; 3ATV A; 4OX9 K; 3S9H A; 2W40 A; 5AFU A; 2HHV A; 2P51 A; 1EQY A; 1WSH A; 4CGG A; 3MXM A; 3CXC M; 5FPN A; 2FC0 A; 3Q7B A; 2WON A; 1LWF A; 4KBO A; 1B9F A; 1Z25 A; 1RT4 A; 1RTH A; 2YNG A; 4IJN A; 4JRQ A; 1EO1 A; 4IFY A; 3HI0 A; 4EAH D; 3LM9 A; 3CCE N; 3AV9 A; 1C0F A; 4AHT A; 3EYZ A; 1WSI A; 4QS9 A; 2CGJ A; 1EWQ A; 3DXM A; 3J8A A; 3TTD A; 1YIJ N; 3SQ1 A; 4ISE A; 2OAN A; 4BY9 C; 4FWK A; 2V7Z A; 4DU3 A; 2JWK A; 3NF9 A; 4YOW A; 4WFN L; 3C6T A; 3PIP L; 2GUP A; 4NYN A; 4KHU A; 4E89 A; 1RBS A; 1QQN A; 4DQR A; 2PFU A; 1X9S A; 3DXM B; 1M1K O; 4CJU A; 2V52 B; 4BG8 A; 2EX3 A; 3P31 A; 4NXM K; 4FSV A; 4G1Q A; 1YHQ N; 3OHR A; 3HSC A; 3ZSO A; 5M1Q A; 5BRH A; 3W3D A; 3UKR A; 4CHP A; 2DTU A; 4IBN A; 4KRF A; 2IVO A; 1V4S A; 4E7H A; 3O9S A; 4LSN A; 3R3L A; 4XEI A; 3SBG A; 1N8R O; 2HHW A; 1S22 A; 5AQK A; 1UOC A; 2A3Z A; 1UA1 A; 3FFI A; 4B1W B; 1XMQ K; 1D5A A; 1WAF A; 1OH5 A; 4M3R A; 4CHO A; 3UKR B; 1IG8 A; 2VWB A; 3SI6 A; 2OCE A; 3VQ5 A; 1UWB A; 2QKK A; 3UE5 A; 4A2A A; 3ATU A; 4I9L A; 3RRH A; 5CHI A; 3OJU A; 3AVK A; 3MN9 A; 1T7P A; 1DLO A; 4B8C A; 1IKV A; 3OS1 A; 2FBV A; 5GAH P; 3CJC A; 1I94 K; 2HST A; 3LP1 A; 3PIO L; 4HUF A; 3L2Q A; 1ZBS A; 3CM5 A; 3OYA A; 3CCQ N; 1NM1 A; 4J2D A; 1E4F T; 2ZE2 A; 4KHP K; 3AY9 A; 4EIA A; 1YJ9 N; 3TI0 A; 3OTO K; 4F2S A; 4FYD A; 1F21 A; 1NK5 A; 1QE1 A; 1ZXO A; 4IG3 A; 1SL1 A; 3LAM A; 4DR6 K; 1CZA N; 4B3M K; 3TAG A; 4I6M A; 4CEF A; 3CIP A; 3CMA N; 3DLG A; 3LZJ A; 2IDO A; 3OBY A; 4BE2 A; 4I2Q A; 1ATN A; 1S1W A; 3F2K A; 3DLE A; 3KLH A; 4E19 A; 1G15 A; 4JKB A; 4CE9 A; 1RDB A; 4Z4E A; 4OO1 J; 3KHY A; 4DSJ A; 2KZZ A; 2A42 A; 4BR4 A; 5C42 A; 3U4L A; 3BZC A; 2HMP A; 2VGN A; 3ZYY X; 5J2M A; 3BGR A; 1VQ8 N; 1GOA A; 1W0H A; 1W9H A; 4FJ5 A; 4H5R A; 3VQB A; 4ZTF A; 1BHL A; 3BDP A; 4CJE A; 3U9Z A; 1VQP N; 4RW7 A; 4FWO A; 4BDZ A; 2YI1 A; 4EZ6 A; 3LM2 A; 1KFD A; 5IT9 O; 2HB5 A; 4BQZ A; 2E1Z A; 2ITM A; 4J2B A; 4DFJ A; 4KHW A; 3EZ5 A; 5GIP A; 3QET A; 2G8K A; 1QHT A; 5CR4 A; 1TL1 A; 4JI7 K; 2KFN A; 1TK8 A; 4JV5 K; 3J7Z O; 4FW2 A; 3QDK A; 4CZG A; 3OBW A; 4KPY A; 3ULE A; 3MK6 A; 1JCE A; 2KHO A; 4JLH A; 4BDY A; 3K58 A; 1EXQ A; 4WE1 A; 4PKG A; 5FRN A; 5BN9 A; 3EL2 A; 1N34 K; 1NG9 A; 4C23 A; 1YF5 L; 5CYM A; 2O8F A; 2I7P A; 4IJA A; 3CJ1 A; 1OH6 A; 2YV0 X; 2FF6 A; 2A5X A; 2KQ2 A; 1HPZ A; 4K41 A; 2HBM A; 4JKD A; 1KSP A; 5JVH L; 3ULE B; 2NRW A; 3OYJ A; 3SV4 A; 4BDP A; 3AA4 A; 2WBN A; 4IEE A; 4FCY A; 1HNX K; 4PKH A; 3FLC O; 3QFP A; 4J2A A; 3G6E N; 1GLB G; 4E7J A; 3VQP A; 3O1B A; 4QS7 A; 2O8F B; 1P90 A; 1GLJ O; 5KPZ A; 3THY A; 4BRA A; 1SQK A; 3TWH A; 3QEW A; 1C0G A; 4AHV A; 4DS5 A; 4Z0U A; 4A57 A; 3SJJ A; 4CK2 A; 3GL1 A; 1REV A; 3GG4 A; 5HRP A; 4JI6 K; 1TAU A; 2J4R A; 4KV8 A; 2VWK A; 4M3T A; 2CGK A; 3G10 A; 3CQ8 A; 4CEQ A; 2KW4 A; 4M63 C; 3HBT A; 2O8B B; 3A8Y A; 4DV5 K; 3CET A; 3TSQ A; 4DTJ A; 3O6W A; 4JI5 K; 4GV9 A; 5AQW A; 1X9J A; 3MEG A; 5CZ1 A; 3N4P A; 2B6A A; 1K6Y A; 3R6M A; 2NLX A; 1NK7 A; 1BIU A; 3VPZ A; 3S3O A; 4KB1 A; 2G8H A; 3RMB A; 2UYT A; 1XI1 A; 3C7N B; 4B3R K; 4AHC A; 2BDP A; 4M3Y A; 4Z4I A; 4IXC A; 3L2W A; 3VQA A; 4FLU A; 5BRE A; 4E7I A; 4A62 A; 3H3N O; 2Q36 A; 2CH6 A; 2GWJ A; 5H1S Q; 1JCG A; 4C1N K; 1IKW A; 4M3W A; 2GV9 A; 4OPK A; 1IH7 A; 4K8X A; 1KQS M; 3CD6 N; 1Q18 A; 2HNZ A; 1VQN N; 3G0Z A; 4LH4 A; 2IC3 A; 3M5R A; 4FWP A; 5AQF A; 4FPA A; 5HLF A; 4FZX C; 1M90 O; 2HHT A; 3KK1 A; 3AAR A; 4H0X B; 1MWM A; 5IWA K; 4KHN A; 1OH8 A; 1GLA G; 3EKS A; 1TYQ A; 1FJG K; 1LOT B; 1XUP O; 1O1W A; 3CCS N; 4N56 A; 3H3O B; 3KLF A; 5HRR A; 2B5J A; 4OPA A; 4DTP A; 3I8B A; 1HJR A; 4BC4 A; 4DUZ K; 1V4T A; 4LSL A; 3R8E A; 4JKF A; 1LAV A; 3NVK A; 5C10 A; 3V9Z A; 5D3G A; 2EWS A; 4CCH A; 1QSS A; 3GBT A; 5EOY A; 3ZSV A; 1WLJ A; 3VA3 A; 3SNN A; 3CFR A; 3I33 A; 3PO4 A; 4WQ4 A; 2HF4 A; 1XC3 A; 4M3U A; 1ZBU A; 3VQ4 A; 1T3V A; 3D7E O; 4NCG A; 4RW6 A; 5HRN A; 2E6L A; 2E2P A; 4B1Y B; 4YFU A; 2G8V A; 4MQ3 A; 3RMA A; 3M8R A; 3CCM N; 1CZB A; 1ZBL A; 5DM7 L; 1EP4 A; 1NLV A; 1WNS A; 2QA4 N; 1VQ7 N; 4B9V A; 2A1R A; 1SV5 A; 1LWE A; 2E5L K; 2QTD A; 1VQK N; 2GTD A; 2Q0R A; 3MX2 A; 5DMR A; 4JEP A; 5HL7 L; 1K8K B; 1JL2 A; 1RDA A; 3IRX A; 2ZJP L; 4BRL A; 2D0P A; 1JXB A; 2P9S A; 2YJE A; 4HUE A; 2VGM A; 1IKY A; 4CJL A; 3G71 N; 5J1E A; 3VQD A; 3G4S N; 3P38 A; 4KTQ A; 5F1X A; 2KTQ A; 2FBY A; 4DTS A; 4DTO A; 2QXF A; 5ADX A; 5HRO A; 1NGE A; 2P9S B; 3O9Q A; 1A5V A; 2VCP A; 3ZSW A; 2W42 A; 1L3U A; 1ATR A; 4FWQ A; 3MN5 A; 2HBL A; 1VQ4 N; 5J2Q A; 3TTC A; 3WXL A; 3CJ7 A; 4EFH A; 3U3Y A; 1GLC G; 1TK0 A; 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