4OHQA

Crystal structure of chloroplast triose phosphate isomerase from arabidopsis thaliana
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
250
structure length
250
Chain Sequence
GKFFVGGNWKCNGTKDSIAKLISDLNSATLEADVDVVVSPPFVYIDQVKSSLTDRIDISGQNSWVGKGGAFTGEISVEQLKDLGCKWVILGHSERRHVIGEKDEFIGKKAAYALSEGLGVIACIGEKLEEREAGKTFDVCFAQLKAFADAVPSWDNIVVAYEPVWAIGTGKVASPQQAQEVHVAVRGWLKKNVSEEVASKTRIIYGGSVNGGNSAELAKEEDIDGFLVGGASLKGPEFATIVNSVTSKKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Triosephosphate isomerase, chloroplastic
publication title Structural Basis for Redox Regulation of Cytoplasmic and Chloroplastic Triosephosphate Isomerases from Arabidopsis thaliana.
pubmed doi rcsb
source organism Arabidopsis thaliana
total genus 92
structure length 250
sequence length 250
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2014-01-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4ohqA00
3P5YA 1SO4A 2TYSA 1JCYA 3TSBA 4O1DA 2DZSA 1IGSA 4P2VA 3Q2DA 3GAYA 4WY0B 3IRDA 4RXFA 2QR6A 4BFAA 2V30A 3SR7A 1DORA 2GVLA 4O28A 4FIRA 5CPOA 5C5YA 4JTFA 1THFD 1TPUA 1K3UA 4YCPA 4PH6A 4CQ9A 1ICSA 4IXHA 1FWRA 2R94A 4ADUA 5CZTA 4CLMA 3SECA 1IXNA 3FLUA 1KM0A 4DQWA 4ONVA 2A4AA 1LBLA 1GTEA 1B4KA 4WOQA 3W7GA 3SFKA 4JIPA 2FPVA 1VZWA 4IMEA 5AHMA 2YYUA 1A5SA 4YMZA 2QDHA 1PVNA 1MZHA 3N73A 3FIGA 3W74A 3G24A 4CCDA 1XBXA 1F7BA 5AYYA 3UXAA 5I3JA 4UNKA 2FB3A 3P62A 2KZHA 4MJMA 3ZWSA 4OBTA 4WOZA 4A21A 5LKYA 5HNRA 3S5YA 4QQ3A 3TJXA 1PIIA 4ADTA 3C2FA 3E02A 2A7PA 3IIXA 2Y7FA 4FXSA 3W75A 2X2GA 5KZMA 1VCGA 2CZDA 3P60A 2FQIA 2VXNA 3EWXA 3NPVA 4X3ZA 3MWAA 1VS1A 1KM3A 1FCVA 1P4CA 1MEIA 4KFNA 3G0UA 3MI3A 4H3DA 4LW7A 2V2CA 2VEKA 2VEMA 2EGZA 1ZNNA 1J5TA 1ME8A 1W5PA 2I14A 4O18A 4QM1A 4RV8A 1B57A 4MFDA 2WJZA 3PVFA 5FF0A 4CNNA 3GNNA 1QO2A 1VYRA 2Z1BA 5FEPA 3WK1A 3IEBA 3LM7A 4O12A 3C2OA 1ADOA 2NV1A 3TKFA 1DBTA 4NNAA 1YADA 2ZYFA 1XM3A 2H3BA 2A0NA 3LHUA 1BWLA 1ALDA 2W0UA 5AC7A 3LERA 4A22A 4FX6M 2E6AA 1SSDA 1T96A 2Y7EA 2ISWA 2Q3OA 4E38A 1DKWA 5EY5A 3HO8A 4ICNA 2Q3RA 1L9WA 1QPQA 6TIMA 3W6YA 2EF9A 1XUZA 4QNWA 3RK8A 3WJSA 3QPYA 4LV4A 5KZDA 3WK3A 2ATMA 3G3DA 3NG3A 1VLWA 1DJNA 3KVKA 2V0TA 3GXPA 1W37A 1QDSA 1IIHA 4WY0A 3T40A 2ZZ4A 3C4UA 3UWUA 3NPUA 5EBUA 2TMDA 3THAA 4YL2A 3FJLA 5HWJA 2ZTKA 4GNJA 1LOQA 3W1RA 4NX0A 1WA3A 1I2QA 3LXCA 1H7OA 3S1XA 1PHWA 2ZA3A 3LBMA 3LTSA 4O15A 4MY9A 2P0OA 3PG9A 3ANYA 1JQVA 1VYSX 2X1SA 3LCLA 4DEFA 4GFSA 1QMLA 1VR6A 4JICA 3W9ZA 1VH7A 3PUOA 1B3OA 4IQLA 1PHQA 4MYXA 3Q58A 2NWSA 4UTJA 1SZFA 5F4WA 2J27A 1AL8A 2E5DA 1D3GA 1T8XA 4FF7A 4TMBA 4A3UA 3UNDA 3I6RA 1H7NA 3O15A 1YXCA 3L5AA 3W1LA 2ALDA 5AHEA 3S8HA 3H54A 3OVPA 1WV2A 5I3HA 4LRTA 4JD4A 3W7RA 4O1BA 3NL5A 5G5IA 3NDOA 2VFIA 3T78A 3TXVA 2F7FA 2ZA1A 2NXIA 1W3NA 3TR2A 1KLYA 3IVTA 1TREA 4ZL1A 3KHJA 3QRHA 3F4WA 4W9TA 3CU2A 3KFTA 2QJGA 4AHPA 1K8YA 3PM6A 5AYXA 4JTGA 1FWNA 4AXKA 2C1HA 1X6UA 1M6JA 4AF0B 1R2SA 3QM3A 5CGQA 4NJJA 1YDNA 3C2EA 3DFNA 5FF3A 1I4NA 4I7WA 5E93A 1GQNA 4NJHA 3W85A 1KM4A 3BW3A 1XCFA 5T26A 1OX5A 5TIMA 1L6WA 2PRMA 4N4QA 1W8SA 1OFEA 3UY7A 3IIZA 3HPXA 3W23A 4GUJA 1DJQA 2ZZ1A 3VFLA 2CZ5A 5D2XA 4L4LA 1VCVA 3A24A 1MO0A 6ALDA 2LLEA 4NT0A 1VHNA 1LRTA 3M1ZA 3DGRA 3PWAA 5BRBA 4BWLA 3OBKA 1AL7A 2OCZA 2A21A 3RMJA 2NUYA 3LHWA 3HPZA 2AAMA 5J5RA 3INPA 1RQEA 5H91A 1ZCOA 1TRDA 1KTNA 1W5OA 1OYCA 2ABAA 1HO1A 3QSRA 5DBTA 5HMSA 1WQ5A 3OHIA 1VRDA 5HWNA 2BTMA 3NQAA 2A6NA 1H61A 4AWUA 3NZRA 3EX6A 3MI2A 4M6VA 4RK8A 3W3OA 3E12A 4NVTA 1QO5A 4ZQMA 4OGZA 3B0VC 3TQ0A 5F1VA 1TPVA 3G0SA 5G4EA 3HGRA 1YXYA 3AO0A 1I2OA 2V5LA 1NFBA 4OV9A 1PS9A 1I2PA 4BK9A 4YLWA 2G96A 1G67A 1WAUA 4WY0F 4AB4A 1FWSA 2Z6JA 5KTLA 5MHBA 4ALDA 4MFEA 2P10A 1R47A 5AC6A 3HIJA 3T7VA 1O4UA 2DZWA 4O54A 3QYQA 1SUXA 4EVZA 3A21A 3P8JA 1VCFA 1ZALA 1RZMA 1XC4A 5KSWA 3G8RA 3UPBA 4CNPA 4QNEA 5DCEA 4Z1CA 2A5HA 3W1XA 4HNVA 4GE8A 3GX9A 1F74A 5F2MA 2H3DA 2V8ZA 1JCMP 3UWVA 3GVGA 1S5TA 1TO3A 3E49A 4B5NA 3A5FA 2DP3A 3S1UA 2V2HA 3B0UX 1JUBA 3W1MA 4X9SA 3TJLA 3LX9A 3GYEA 1PCWA 1Z48A 3UY8A 2FPYA 4UTMA 2A85A 4RX0A 2H8XA 4IWWA 3NQ8A 3O06A 1UB3A 4FNUA 2UV8G 4I7UA 1K7FA 2TPSA 3FFSA 4AHQA 3MHUA 4AF0A 4DBDA 1Z42A 3W86A 3IGSA 2C0AA 2WNZA 2E68A 4WJEA 2ZA2A 3W7QA 2C14A 2WV8A 2BX7A 3P82A 5IBXA 3ABOA 2CLEA 2QCLA 1EWDA 2YXGA 3GIYA 1ZJIA 3ZWTA 5D33A 1F76A 1LOLA 5AHNA 4MPQA 2BLEA 1KM5A 1C8VA 3V1PA 4O16A 2XN0A 1KFBA 3HF3A 1SO6A 3EX4A 3SY5A 3MO7A 3M0ZA 4UFIA 1FDYA 3PSWA 3OVRA 2CU0A 3WJZA 2BWGA 2ZCGA 1H7PA 2W79A 4MZ1A 3CB8A 1OFOA 3PBUA 5K9XA 3G1AA 5CPNA 1QCWA 1KA9F 1L6YA 4DPPA 3MMTA 2QCDA 3LXAA 3SIZA 1H50A 4UTTC 2OT0A 1KV5A 4NX5A 1LLWA 1W1ZA 3IGUA 4QIUA 4I9AA 3BGGA 3SW6A 4O14A 4BI6A 4K6AA 1TTQA 3PUDA 4PC8A 4GRSA 3QQ1A 3HGOA 4GWEA 1K02A 4WXYA 4UTWC 3B0PA 3UWQA 2V5BA 3R5EA 4Y9AA 2WSQA 1EP1A 3R2GA 4WD0A 1YLVA 1R2TA 5G2HA 3HB9A 3GR7A 3TK7A 3NEVA 3PC0A 4WZHA 3PBVA 3PF3A 4MOZA 4KFOA 1FCUA 4GUFA 3W7IA 1IXPA 2GQ8A 4J9JA 1OX4B 3VE7A 3LCGA 3ELFA 1O5XA 2RKXA 4KWWA 4CCEA 1A5BA 2B7NA 1YXDA 2CWNA 2YW3A 3L0KA 1KV8A 3C6CA 4RZ4A 3DI1A 3GDKA 4JTJA 4NJGA 2ZRUA 1OX6A 4NU7A 3DKLA 2QCMA 4GJ1A 2RH9A 1TCDA 2QCEA 4C1KA 4UFHA 4MY1A 3D0CA 4AEOA 3CWNA 3LCWA 4PCFA 3S1WA 1SZEA 4UMCA 4RR4A 3LTYA 5HULA 2CLOA 1OFBA 1TMHA 3BV4A 1K03A 1P5BA 2Z0IA 3TC6A 3LRMA 4ZQOA 1S5VA 3NQ7A 1EP2A 1A53A 3L5LA 4A29A 2FDSA 3SGUA 2DZXA 4LWWA 5DBUA 1H1ZA 3TROA 4ORMA 3S0CA 2WNQA 1VQTA 3GLCA 4CCCA 1F6PA 2ISSA 4OQVA 2YFOA 3N34A 3S1VA 1KM2A 1UUOA 3LV5A 3FKRA 5D2WA 3QSTA 4UFKA 1UCWA 4N02A 1FWTA 3T44A 3W73A 3KRSA 1H5YA 1ME7A 5EA9A 2ZQ0A 3UWWA 1NEYA 4JTUA 3ZR4A 5U4NA 5AHFA 1FXPA 5HINA 1YTDA 2AGKA 4JS3A 4EF9A 2YPIA 2VELA 1JRCA 4WUIA 4XUGA 3NR0A 5SWUA 1SZGA 4H6KA 1XUUA 4LC8A 3UXDA 5LNVA 1NVMA 1GOXA 1A50A 2YCEA 3LCFA 1X1ZA 3G0XA 3LHVA 1XKYA 4ZQNA 3G18A 3LB0A 1AW2A 4MVAA 1KTBA 4BR1A 5D2YA 1YYAA 2ZRWA 3LLFA 5D09A 4JTEA 2VFFA 2B7PA 1G69A 1OK4A 5BNKA 3G1FA 2QCFA 2RHGA 1GPWA 4FB7A 3QW3A 4RZ6A 2NLIA 2Y62A 3QMRA 1EPXA 4ZQPA 5G2IA 4JXCA 4OT7A 2IQTA 4S2CA 1Q6RA 3KAOA 4OU1A 3P74A 1F2JA 4UMAA 1FDZA 3OIXA 4KFPA 4NUWA 1O95A 1PV8A 1WDWA 2I9EA 2FIQA 2HS6A 3ATZA 1EUNA 3L67A 1LP6A 1T0OA 3EXSA 3W1TA 3GXNA 3HOJA 2PURA 5CZ0A 1OX4A 3EKLA 5BW6A 4LVAA 5DLCA 3N14A 2XFWA 4XZ9A 3NPWA 4JIQA 5CSSA 3HGJA 4UR7A 3HG5A 2JKPA 1VGAA 1JCJA 3N9RA 1W5QA 1W3IA 3W7DA 5D2VA 2YGYA 4K7YA 4XKYB 1SR9A 4LUJA 1KBIA 4XWUA 1RQBA 3GDLA 1TPB1 2DZPA 2RDUA 1OYBA 1KFLA 3KVLA 3KOFA 7TIMA 1H7XA 4A2SA 1LCOA 2CLIA 5DELA 4JY9A 3HQ1A 1ZY9A 1JCLA 2EHHA 4JN6A 3M5ZA 1WBHA 3W2LA 3E96A 1OFQA 4HT3A 4N9DA 3QZEA 3O16A 5L6UA 1ZAIA 4X2RA 3N9SA 4ORIA 4MLRA 1D3HA 2ZZ3A 2ZRYA 2ZDRA 2CLFA 4HHPA 2J6XA 3P81A 3LRLA 2X1RA 3QF0A 3SI9A 4JX5A 3P61A 2FPTA 3NAVA 3PS7A 2C15A 4G1KA 5LNSA 5FF7A 1GEQA 3CTLA 3NM1A 3MBDA 4MKNA 3VI2A 3BARA 3B8DA 3TU9A 3B03A 5C54A 1DVJA 3H53A 4XTIA 2ATSA 5D05A 2JK2A 1QNVA 5DCBA 1YPFA 4WX2A 3V75A 3RFAA 3EX3A 3EWYA 3MI6A 3EXTA 5CSRA 3M6YA 5D04C 4A2RA 5EKYA 4N4PA 4NNCA 1KM6A 3UWYA 3M41A 4NXKA 3PAJA 2C16A 2ZZ7A 5K4ZA 3W7CA 3MHGA 3PBWA 1DV7A 3SSJA 5DXYA 3TW6A 1OFPA 3PR2A 3WFAA 3OVQA 5DCDA 4O1CA 4Q4KA 3O8AA 4M7TA 5TBOA 3DFQA 3GDTA 2Y70A 1TJRA 3NQMA 4Y96A 1ICPA 3H55A 1SO5A 1SQ7A 2X30A 2FB2A 5H2ZA 2C3ZA 2V2DA 3G3MA 4EOUA 3BK0A 3NQ6A 2C6QA 2D73A 3L9CA 3IV3A 4FNQA 5F4XA 1LRQA 2PRHA 1O60A 3W2MA 1X8FA 1F73A 1W3TA 2CLLA 1W56A 3QPZA 3TSMA 3FEMA 3G22A 3L21A 2GVJA 4XKYA 1JQXA 4JTIA 4AAJA 4GUHA 4NJKA 1VC4A 3NQDA 3UQNA 1TTJA 2GQAA 1IXQA 1VJIA 3QMTA 3BG9A 1LRNA 3S42A 3GKFA 3T4CA 3GDRA 1XFBA 3L65A 1AG1O 3LI0A 3B05A 3G1SA 4ZQCA 1UBSA 4ZVJA 4PTNA 4D2JA 1JJKA 4PL1A 4UR8A 5LZLA 2J88A 1DQWA 2ABBA 3NM3A 4LNYA 3U8GA 1F6KA 1OG0A 3UYCA 2G95A 3QMSA 3U2OA 2VEPA 2YSWA 2X1TA 5DY2A 3C3NA 3M5YA 3HBLA 4O4WA 1RPXA 4UTTA 4K36A 4FHAA 4LRSA 3W1NA 4K7VA 3DI0A 4JDBA 3C56A 2Y88A 1TIMA 3S6DA 1W5MA 2DJLA 1G4TA 3LHYA 4JYDA 3TC7A 2QCDB 2QKFA 3Q94A 3STCA 2OZ0A 4UTWA 3WK0A 3W84A 3DFSA 4DO4A 1N7KA 2R14A 3IGXA 4O0ZA 3NQGA 1H62A 4R34A 3W2NA 1ZAJA 2ZRVA 3W83A 3R89A 1TV5A 3W7PA 1EX5A 2CLKA 1SW7A 3DHDA 3NPXA 1IIGA 1WBJA 3LTPA 1TB3A 4O17A 4TO8A 4RCXA 3W76A 4Q32A 1SZNA 4O1AA 4DO5A 2W6RA 2Y61A 4IXXA 3W2UA 1CI1A 4LY8A 3KRZA 1GG1A 3GKAA 3SJ3A 1ICQA 3TXZA 2A7RA 3MYPA 5DXXA 2I1OA 2YZRA 4BI5A 2CW6A 1AW5A 4K37A 5I3GA 1E51A 4LVDA 1KFJA 4H4IA 2JKAA 1GG0A 2VC6A 3JRKA 1D9EA 1X1OA 4M5PA 2ZZ6A 4LT9A 4U28A 4GXMA 4M6PA 1H7WA 2NV2A 4UCGA 4EF8A 4TMCA 2E5BA 1F05A 3LLDA 1I45A 3OEXA 3LI1A 4N9CA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3IGH X;  1JCY A;  3RM4 A;  1EFZ A;  2DZS A;  2VC7 A;  3V0T A;  3GAY A;  4WY0 B;  4RXF A;  4NYY A;  1HL9 A;  4HZ8 A;  5C5Y A;  4KRZ A;  4PH6 A;  3KWX A;  5HJY A;  4CQ9 A;  1HGW A;  1XKJ A;  1FWR A;  3DX5 A;  1UOK A;  5CZT A;  1OCN A;  1IXN A;  2WWD A;  2J4G A;  1MUM A;  1UR3 M;  4DQW A;  4IIB A;  4B3L A;  2BHZ A;  1GOR A;  1GUV A;  1NM9 A;  4WOQ A;  3VGD A;  5LIX X;  4Q8N A;  1RA0 A;  3RCM A;  1TR9 A;  3ZLG A;  2ODO A;  4C6N A;  3CAK A;  3FIG A;  3JUG A;  1F7B A;  5AYY A;  1IGW A;  3N6J A;  4UNK A;  3A4A A;  1VBH A;  1EHN A;  3FSU A;  2KZH A;  2NSO A;  3H8A A;  1RA5 A;  4OBS A;  4MWA C;  4I9T A;  3OG2 A;  3E02 A;  2A7P A;  1XQL A;  4FXS A;  2QJN A;  2CZD A;  2DW7 A;  3P60 A;  4R7O A;  3GU2 A;  1JAK A;  4HPG A;  1YPX A;  3ZSS A;  1MQR A;  3ZT5 A;  5CGM A;  4G7E A;  5IFT A;  1P4C A;  1CGW A;  5I07 A;  3MI3 A;  4EAN A;  2OGY A;  4LW7 A;  2V2C A;  2VEK A;  3QN3 A;  3E2R A;  5JXQ A;  1W1P A;  2CKS A;  2I14 A;  2OSX A;  2I5I A;  1B57 A;  1T41 A;  2BB0 A;  4RDY A;  4V2X A;  2Z7K A;  4NIL A;  3TYU A; 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