The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
126
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sequence length |
429
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structure length |
407
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Chain Sequence |
MRAELNQGLIDFLKASPTPFHATASLARRLEAAGYRRLDERDAWHTETGGRYYVTRNDSSLIAIRLGRRSPLESGFRLVGAHTDSPCLRVKPNPEIARNGFLQLGVEVYGGALFAPWFDRDLSLAGRVTFRANGKLESRLVDFRKAIAVIPNLAIHLNRAANEGWPINAQNELPPIIAQLAPGEAADFRLLLDEQLLREHGITADVVLDYELSFYDTQSAAVVGLNDEFIAGARLANLLSCHAGLEALLNAEGDENCILVCTDHEEVPFLEQVLRRLLPEGDAFSRAIQRSLLVSADNAHGVHPNYADRHDANHGPALNGGPVIKINSNQRYATNSETAGFFRHLCQDSEVPVQSFVTRSDMQVGVRTVDIGLPTFAMHSIRELAGSHDLAHLVKVLGAFYASSELP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
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| molecule keywords |
Probable M18 family aminopeptidase 2
|
| publication title |
Structural and kinetic bases for the metal preference of the M18 aminopeptidase from Pseudomonas aeruginosa
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Pseudomonas aeruginosa pao1
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| total genus |
126
|
| structure length |
407
|
| sequence length |
429
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature |
ec
3.4.11.-: |
| pdb deposition date | 2014-01-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02127 | Peptidase_M18 | Aminopeptidase I zinc metalloprotease (M18) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | Aminopeptidase i, Domain 2 | Aminopeptidase i, Domain 2 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aminopeptidase | Zn peptidases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2BO9 A; 4PPZ A; 3K2K A; 2NYQ A; 2PJ3 A; 5DS0 A; 4H2K A; 3IEH A; 4P44 A; 4TNU A; 3FF3 A; 5LYD A; 3GUX A; 2WYR A; 1VGY A; 2AFZ A; 4JYW A; 3PB6 X; 3TX8 A; 1AYE A; 5F09 A; 3IWW A; 3VH9 A; 1TF9 A; 3WC7 A; 2AFM A; 3FMC A; 3SI1 A; 1M4L A; 3NH5 A; 2ZEN A; 1LAN A; 3B3C A; 4UEZ A; 4MHZ A; 2ANP A; 4F9U A; 2ZOF A; 1NSA A; 4DJL A; 2GLF A; 2XEJ A; 2EK9 A; 2PJ5 A; 1R3N A; 2PIY A; 4A39 A; 4OIW A; 3PFE A; 3KQX A; 4A37 A; 4NJR A; 1FT7 A; 3B35 A; 4PXB A; 7CPA A; 3LWU A; 1ZG9 A; 3B3T A; 1TXR A; 4P4D A; 4NJQ A; 2NSM A; 1QQ9 A; 3V7Z A; 1YLO A; 4WJB A; 3PRT A; 1VHO A; 2PIZ A; 4G1P A; 1XRY A; 1DE4 C; 2QJ8 A; 4UIB A; 3JRU A; 3D4U A; 2O4H A; 3KQZ A; 4BD9 A; 1YSJ A; 3I1U A; 4KSI A; 2ZEO A; 5D8N A; 2C1C A; 3TC8 A; 3QNV A; 5LYI A; 3WC5 A; 4ZY1 A; 5CBM A; 4YWY A; 4ZYQ A; 1HDQ A; 1GYT A; 2IMO A; 3B3W A; 5K8N A; 4EWT A; 1IY7 A; 1F2P A; 4GM5 A; 2ZEE A; 5LYF A; 1TKH A; 2J9A A; 2V77 A; 3HUV A; 2OR4 A; 1FNO A; 3CPX A; 3D67 A; 1TKF A; 4NGP A; 3SJE A; 1KWM A; 1JQG A; 3KAS A; 2V8H A; 5I4M A; 3D66 A; 2PJ9 A; 4OP4 A; 2PJ8 A; 2JBJ A; 3RBU A; 2CIJ A; 2PJ2 A; 4R7M A; 4MCR A; 4FWU A; 1PCA A; 8CPA A; 1LCP A; 4R8F A; 2OOT A; 3CPA A; 2PE3 A; 3CT9 A; 3ISZ A; 4DYO A; 2POK A; 2PJ4 A; 3S9N A; 1ARL A; 3BXM A; 1CPS A; 3B3V A; 4FBE A; 5K8M A; 1CPX A; 2XEF A; 4ONW A; 3NFZ A; 3KHX A; 4YU9 A; 4IK2 A; 1YME A; 2QVP A; 4NGS A; 4MCP A; 1DTD A; 4OKO A; 3VAR A; 4ZI6 A; 1CP6 A; 3LMS A; 2EWB A; 4NGN A; 4F9V A; 3NH4 A; 3SJG A; 1XMB A; 4OC5 A; 4ZY0 A; 2PJA A; 4OID A; 4ZX9 A; 1ELL P; 3S9M A; 4CPA A; 4ZX8 A; 4OC0 A; 2XEI A; 5D29 A; 4IHM A; 1EE3 P; 4A38 A; 3H8F A; 4UEE A; 5ELY A; 2JBK A; 1LFW A; 4P4E A; 4JZ0 A; 4K3N A; 3FEC A; 4TWE A; 3D7G A; 4OC3 A; 4P45 A; 4MXU A; 2AFO A; 4AXV A; 2CF4 A; 3KGQ A; 2QYV A; 3K9T A; 4P4I A; 4MMO A; 3B2Y A; 1TF8 A; 3PEI A; 2PRQ A; 2ABZ A; 1AMP A; 3PBE A; 3GLJ A; 5HVF A; 2ZEM A; 2PCU A; 1Q7L A; 3KZW A; 5LRK A; 5LYL A; 1R43 A; 5J1Q A; 1LAP A; 1HDU A; 4RUH A; 3L2N A; 3NA6 A; 4P4B A; 3RZA A; 3H8G A; 2G9D A; 2V8D A; 1ZLH A; 4Q7A A; 4Z65 A; 4P4F A; 2DEA A; 4PQA A; 2PJC A; 2PJ6 A; 3D68 A; 2PVW A; 1BLL E; 2ZED A; 3KR5 A; 4F8Z A; 4MCS A; 3FVL A; 3KI9 A; 2PJ7 A; 2EK8 A; 2CTB A; 2RFH A; 2ZOG A; 4P6Y A; 1ZLI A; 4P4J A; 2XEG A; 1YW4 A; 2IJZ A; 4X8I A; 3PB4 X; 3IJ3 A; 4X3R A; 2VL1 A; 3SI0 A; 1F57 A; 3WAB A; 2AFU A; 5THW A; 3IC1 A; 5LRJ A; 2ZEH A; 3H8E A; 1XBU A; 3FX6 A; 4X2T A; 2F8H A; 4NGT A; 4A94 A; 5LRG A; 5HVH A; 6CPA A; 3FJU A; 2BOA A; 2ZEG A; 3IFE A; 3CDX A; 2ZEF A; 2Q4Z A; 2WZN A; 5IB9 A; 1Z8L A; 2PJ0 A; 3BI1 A; 2AFW A; 4WWV A; 3DGV A; 5JGF A; 4MHP A; 3N5F A; 2ZEP A; 4EFD A; 4MHY A; 1VHE A; 4IAV A; 3FH4 A; 1Z2L A; 3PBB A; 3PB9 X; 1CBX A; 3D7F A; 4FUU A; 1IGB A; 4MCQ A; 3WC6 A; 2F7V A; 2V8G A; 3HLP A; 2FVG A; 1LAM A; 1RTQ A; 4EME A; 2HB6 A; 4OC2 A; 4DUK A; 2C6C A; 2IQ6 A; 3V38 A; 3BHX A; 1BPM A; 4PXC A; 5JM6 A; 1BAV A; 3IO1 A; 3WT4 A; 5HVG A; 5K8O A; 4W9Y A; 1Y0R A; 3B3S A; 3S9L A; 3RAM A; 4NGR A; 2JEW A; 4PXE A; 3ISX A; 5JH9 A; 1PYT B; 1CP7 A; 3BI0 A; 3PFO A; 2PVV A; 4OC1 A; 4P10 A; 5CPA A; 1H8L A; 2BCO A; 3KL9 A; 3FEE A; 2PJB A; 3KHZ A; 1TKJ A; 1YW6 A; 2C6P A; 2CTC A; 2GRE A; 2AFS A; 1Y0Y A; 3D7H A; 5K8P A; 2V8V A; 3SI2 A; 2GLJ A; 4PXD A; 3IIB A; 2AFX A; 4ZY2 A; 4NGQ A; 3NH8 A; 2HC9 A; 1CG2 A; 3VAT A; 1F2O A; 3FED A; 2C6G A; 1XFO A; 1XJO A; 3MRU A; 1QMU A; 1UWY A; 3B7I A; 1ELM P; 4MHN A; 3T8W A; 3KR4 A; 4R76 A; 2Q51 A; 3GB0 A; 4O23 A; 1ARM A; 4FAI A; 1CX8 A; 2O53 A; 3PB7 X; 2GU2 A; 2PJ1 A; 2ZEL A; 3DLJ A; 4R6T A; 1Y7E A; 1ZG8 A; 1ZG7 A; 4UEF A; 3D7D A; 1LOK A; 1HEE A; 3PB8 X; 5HXD A; 4LQG A; 3SJX A; 1BPN A; 4NFR A; 4UF4 A; 4UIA A; 1VIX A; 3MN8 A; 2RB7 A; 4NGM A; 4OC4 A; 1OBR A; 2I3C A; 2Q43 A; 4OME A; 4B6Z A; 3SJF A; 1Z5R A; 4MRI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5G21 A; 2BO9 A; 2O28 A; 1P4N A; 3K2K A; 2NYQ A; 2PJ3 A; 4KSA A; 4PPZ A; 4QVT A; 4LQ6 A; 1XE4 A; 5DS0 A; 1FY7 A; 4H2K A; 4KLW A; 2FCK A; 4PV6 A; 4EVY A; 3IEH A; 3W6S A; 4P44 A; 4TNU A; 2ZW5 A; 3FF3 A; 4ZGY B; 4A2Z A; 5LYD A; 3GUX A; 2WYR A; 1VGY A; 4CRY B; 2AFZ A; 4NSQ A; 4JYW A; 4MRI A; 2CNT A; 3PB6 X; 2BSW A; 4I49 A; 3TX8 A; 3FB3 A; 2P6F A; 1AYE A; 2OZH A; 5F09 A; 3IWW A; 1WWZ A; 3VH9 A; 1TF9 A; 3WC7 A; 2AFM A; 1Y7R A; 2NMT A; 2F5I A; 3FMC A; 5HH1 A; 1M4L A; 2IL4 A; 3SI1 A; 3NH5 A; 4CAV A; 2ZEN A; 1LAN A; 3B3C A; 4JWP A; 3SXN A; 1OZP A; 4UEZ A; 4HKF A; 4MHZ A; 2ANP A; 4F9U A; 4QC6 A; 1YK3 A; 2B3U A; 2HV2 A; 2ZOF A; 1IYL A; 1NSA A; 2GLF A; 4GS4 A; 4CAW A; 4DJL A; 2EBJ A; 2XEJ A; 2EK9 A; 1Y9W A; 3CXP A; 2PJ5 A; 1R3N A; 2PIY A; 5DWN A; 4A39 A; 4OIW A; 3PFE A; 3KQX A; 1L0C A; 4NJR A; 1FT7 A; 3B35 A; 2P6G A; 4PXB A; 4A37 A; 7CPA A; 3LWU A; 1ZG9 A; 3QAY A; 4UWJ A; 3H4Q A; 3B3T A; 4L89 A; 1TXR A; 4FD6 A; 4P4D A; 4NJQ A; 2NSM A; 2ODF A; 3VWD A; 1QQ9 A; 3V7Z A; 1YLO A; 3DSB A; 4WJB A; 4U9Y A; 3PRT A; 1VHO A; 3G3S A; 5EC4 A; 2QML A; 2PIZ A; 2RC4 A; 1YX0 A; 1I12 A; 5J8C A; 4G1P A; 4M6G A; 1XRY A; 4U9Z A; 1KZF A; 1DE4 C; 5I0C A; 3DNS A; 1IB1 E; 2QJ8 A; 4PSX A; 3TTH A; 4UIB A; 1UFH A; 4LUA A; 3JRU A; 5H86 A; 4A32 A; 2CY2 A; 2Q0Y A; 3D4U A; 2O4H A; 3KQZ A; 4XPD C; 1CM0 A; 1Z8X A; 3BLN A; 4BD9 A; 4AG7 A; 4KS9 A; 1YSJ A; 2Q7B A; 3I1U A; 1KUX A; 3H5Z A; 4XNH C; 3P2F A; 3IGR A; 4KSI A; 2ZEO A; 4KOX A; 4YGO A; 2G3T A; 5D8N A; 2C1C A; 3TC8 A; 3QNV A; 4HPS A; 5LYI A; 1Q2Y A; 3SHP A; 3WC5 A; 4ZY1 A; 5CBM A; 4RS2 A; 4YWY A; 4ZYQ A; 1IOF A; 3NE8 A; 1HDQ A; 1GYT A; 5F48 A; 2IMO A; 4CYN A; 3B3W A; 2OZU A; 1GHE A; 4R9M A; 5E96 A; 4EWT A; 1IY7 A; 1F2P A; 4MY3 A; 1Z8T A; 2D4P A; 4GM5 A; 3B8G A; 5F46 A; 3RO0 A; 1MJA A; 2ZEE A; 3P2H A; 2BUE A; 1XEB A; 5LYF A; 1TKH A; 2J9A A; 3F5B A; 2V77 A; 2VXK A; 4KOV A; 3HUV A; 3I9S A; 3TO6 A; 3S6F A; 2OR4 A; 4BBH A; 1YVK A; 2Q04 A; 1FNO A; 1Z8W A; 4NXY A; 3CPX A; 2FIA A; 3D67 A; 4B12 A; 3NE7 A; 4PK3 A; 1TKF A; 5HMN A; 4NGP A; 3SJE A; 1KWM A; 1IU8 A; 1JQG A; 3N7Z A; 3KAS A; 1SQH A; 2V8H A; 2Z3K A; 5I4M A; 3D66 A; 5A27 A; 5IX3 A; 2PJ9 A; 4UA3 A; 4OP4 A; 2PJ8 A; 3FIX A; 2JBJ A; 4H89 A; 5H84 A; 1S7L A; 3RBU A; 4B14 A; 2CIJ A; 2PJ2 A; 3EY5 A; 3F0A A; 5AG5 A; 4R7M A; 4XPD B; 4MCR A; 2PC1 A; 4FWU A; 2D4O A; 1PCA A; 2A4N A; 2PR1 A; 2GIV A; 1LCP A; 8CPA A; 3TE4 A; 4R8F A; 2OOT A; 3CPA A; 4JJX A; 4KUA A; 1M4D A; 4C7H A; 2PE3 A; 3CT9 A; 4C2Z A; 2REE A; 4CGP A; 3ISZ A; 4DYO A; 2EVN A; 4MI4 A; 1NMT A; 2R8V A; 2POK A; 5A28 A; 3EC4 A; 2PJ4 A; 2Z3L A; 3S9N A; 1ARL A; 3BXM A; 3R1K A; 1CPS A; 2B5G A; 3B3V A; 1QST A; 3IU1 A; 4FBE A; 5K8M A; 1CPX A; 4X5K A; 4C7I A; 2Z10 A; 2XEF A; 2CNM A; 1Z9U A; 2R98 A; 2WPW A; 3KHX A; 3NFZ A; 4ONW A; 4IK2 A; 4YU9 A; 5DWM A; 1YME A; 2QVP A; 4NGS A; 4JXR A; 4MCP A; 1DTD A; 4OKO A; 4Q38 A; 3VAR A; 4R57 A; 4A31 A; 3GYA A; 2YGW A; 4ZI6 A; 2JDD A; 4K30 A; 2HQY A; 1CP6 A; 3LMS A; 2EWB A; 4LX9 A; 4NGN A; 4F9V A; 3LD2 A; 3NH4 A; 2ZW7 A; 1QSR A; 2FE7 A; 4CGO A; 1XIX A; 3SJG A; 1XMB A; 5J8F A; 4JD6 A; 4OC5 A; 1QSO A; 4ZY0 A; 5BWA B; 4UWI A; 2PJA A; 1IIC A; 4OID A; 1MJ9 A; 2YNC A; 3E0K A; 5C82 A; 3KKW A; 1M4G A; 2JDC A; 4FD4 A; 4UCP A; 5GCN A; 2FSR A; 4A95 A; 4ZX9 A; 1ELL P; 4QBJ A; 3S9M A; 1U6M A; 3CXQ A; 2J8N A; 3BJ8 A; 2REF A; 4MFQ A; 4KOR A; 3CZX A; 3FXT A; 2B4B A; 4ZX8 A; 2DXQ A; 4OC0 A; 3TO9 A; 4CAX A; 2XEI A; 2OZG A; 3V8I A; 3BJ7 A; 4KOY A; 4UFV A; 5D29 A; 4CYP A; 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