4OJRA

Crystal structure of the hiv-1 integrase catalytic domain with gsk1264
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
150
structure length
131
Chain Sequence
PGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSATVKAACWWAGIKQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
molecule keywords HIV-1 Integrase
publication title Allosteric Inhibition of Human Immunodeficiency Virus Integrase: LATE BLOCK DURING VIRAL REPLICATION AND ABNORMAL MULTIMERIZATION INVOLVING SPECIFIC PROTEIN DOMAINS.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 50
structure length 131
sequence length 150
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ojrA00
4CJRA 1I3AA 4BWMA 4FCYA 3OJUA 3RMAA 1ASVA 3NAEA 3QEVA 4FJHA 3OYDA 4Z4EA 2YNGA 4OKKA 3G10A 4DMNA 4FW1A 3K58A 4Q0BA 3DLHA 1UOCA 1NK5A 2YNFA 4DQRA 3HO1A 4RW6A 3TAFA 3PX4A 4N56A 1RBRA 4HUEA 1BIUA 4F3OA 3JYTA 1CLQA 3AVGA 3VN5A 4CIEA 4KRFA 1IKVA 1JLAA 5DK5A 1MU2A 4JRPA 4KTWA 4LSLA 2OPSA 3O3GA 4DQPA 4M3XA 3OYAA 3NHGA 3TARA 3MXMA 3A2FA 1X9MA 2G8HA 4C8OA 2F8TA 1G15A 2OPPA 2FBVA 3ITHA 3CM5A 1LWCA 3ZT3A 4CEAA 3EZ5A 3QNNA 5HRRA 3S3NA 4CCHA 3LAKA 4OPJA 4HUGA 3MXJA 4J2AA 4BDZA 4KHWA 4KHYA 1L3UA 3LP0A 1SUQA 2OYQA 1CXQA 2G8IA 3PV8A 4KHQA 1JXBA 1QSLA 1KSPA 1IKYA 2VG5A 4CESA 4CHYA 2Z1IA 5EU7A 4QOZB 2HMIA 1VRTA 4I9QA 2E6MA 1BCOA 2X6NA 1T8EA 3LZJA 3KLIA 1TK5A 3C95A 4B9TA 4CE9A 2D5RA 1SL1A 4RW8A 1WAJA 3SNNA 3SQ4A 1Q9YA 2HHXA 4CFDA 3NE6A 5CZ2A 2KTQA 4Y1CA 4DG1A 1WSGA 1S5JA 3SQ2A 1S6PA 3HPGA 4Z4FA 4E0DA 1QSYA 4Z4GA 2E6LA 1NOZA 5FRMA 3NDKA 1VSKA 3LAMA 2YV0X 4IG3A 5C25A 4RW7A 4FLVA 4BDPA 1HNIA 2HHVA 3AA4A 4I2PA 4B8CA 5J1EA 3PX0A 3PX6A 1NKEA 1VSMA 1WSIA 4CJ5A 3LDSA 4DTSA 3ZSVA 4OGEA 3C6TA 3O4QA 3F73A 1VSDA 2P1JA 4KKOA 4LSNA 3LP1A 1LV5A 5HRSA 1KFSA 3HP9A 1DLOA 3IRXA 1YTUA 4KREA 4E7IA 4CK3A 3WNHA 2PYLA 4W5NA 4FK0A 4N41A 4CHOA 4CGHA 1KCFA 1RT2A 4XIUA 2X6SA 3AVIA 3OYGA 1VSFA 2G8WA 3V6DA 4EZ9A 3QINA 4KHNA 3OYEA 4CJUA 3MAQA 1KLMA 3AA3A 4W5OA 1TV6A 4O55A 4E1NA 3TAQA 3L3VA 1DTTA 2HB5A 4H4MA 1VSEA 3ZT0A 1C0MA 1Z26A 5HRNA 1IH7A 3B6PA 3V9SA 4DTOA 1D8YA 2E4LA 2JLEA 2G8KA 3VA3A 4OVLA 2XRIA 3OY9A 3P1GA 2VG6A 1NJYA 4B9UA 1RTHA 5KI6A 1RDAA 1RTJA 3LP3A 3OJSA 3NF6A 4CF2A 4HCCA 4CK2A 3V1RA 1SV5A 2A1SA 3OYNA 4HUFA 3VA0A 4CF1A 4DU4A 4M45A 4F4KA 3VQDA 5KGWA 5FROA 4ID5A 1HQEA 3M8RA 3QEWA 4E89A 4J2EA 1IO2A 1IG9A 3C6UA 3ZSWA 3KK3A 4FJNA 1TGOA 4AHSA 4ELUA 4EZ6A 4FLUA 1SL2A 3ASMA 3SUNA 3VQ4A 3HVRA 4IG0A 3FFIA 1B9DA 3HPOA 2DFEA 3KD5E 1I39A 1A5VA 4C8MA 4YFUA 2DFHA 4FLWA 3HPHA 1BI4B 3HL8A 4MQ3A 1UAXA 3KKRA 3TAPA 1KVAA 1TL1A 4AHCA 1RILA 1WLJA 4KV8A 2QKKA 2P5GA 2KZMA 1JLCA 2FBYA 1J53A 2IDOA 2Z1GA 4FM1A 3AO2A 1KFDA 3VQQA 3KLHA 4E7HA 3SCXA 3MECA 3HXMA 3K5NA 1Z25A 1RT1A 4DTXA 4DSIA 4DFMA 4NCGA 4CEBA 4CEOA 2HHUA 5FDLA 3ZSZA 3MEEA 4FZZA 1CZ9A 3L2QA 3AO4A 4FJ5A 4CHNA 3SQ1A 4LD0A 2Q3SA 3VQPA 4PWDA 4H8KA 4CJPA 4WE1A 4CEFA 1LAWA 3E01A 4JLHA 2IS3A 2HW3A 1CXUA 4OLBA 3RWUA 4N47A 1B92A 5JS2A 4E3SA 4AHTA 1NJWA 3I0SA 4BE2A 4ELTA 1C1CA 4R5PA 1LWEA 5KRTA 4CGGA 1C6VA 4CJFA 4DTUA 2OZSA 1HYVA 2F96A 3RRGA 3NF9A 1LW0A 3DLBA 5D3GA 2O4IA 1JLQA 3ZSRA 5C42A 1YTAA 3NFAA 3AVFA 4EP5A 4GW6A 3K5MA 1HPZA 3AVCA 3CFPA 3RMCA 5KGXA 1RDBA 1NK0A 1QE1A 3ZSYA 1JKHA 1VSHA 1IKWA 3M8SA 4DTPA 3EY1A 1RTDA 2X74A 3DMJA 1EKEA 4RW4A 3T1AA 4BE0A 1BCMA 3QO9A 4DF8A 4E7KA 4FM2A 3TABA 1LWFA 4K8ZA 3DI6A 2Z1HA 4QAGA 1X1PA 3LALA 3OYMA 4C8LA 1HJRA 2QXFA 4M3YA 3CFOA 2KFNA 3DLGA 3OYJA 4ICLA 3DYAA 3WNGA 3WNFA 3F9KA 3KIOA 3ZT4A 1L5UA 3QETA 3ULDA 2RF2A 2Z1JA 4DTMA 5CYMA 1QQCA 2HHQA 2ITGA 3NGIA 3NBPA 3RRHA 1RT6A 4FJGA 3IAYA 4F2SA 2YNIA 1BGXT 1JL1A 4YNQA 1S6QA 1JLGA 3AVAA 4IFYA 3QNOA 3TANA 5J2PA 5CY4A 3SUPA 1CZBA 4CJTA 2ZD1A 5SZTA 4IFVA 1W9HA 5C24A 4B9MA 4OKEA 3HVTA 1S9EA 4O44A 3MXIA 2VWKA 4FJ8A 1XHXA 4DWIA 1WSFA 4CEQA 4DTNA 4M3RA 1HYSA 5HBMA 3HYFA 1S1TA 3NH1A 3HP6A 3TR8A 2XHBA 3WNEA 3SYZA 2KW4A 1BI4A 2O4GA 3TI0A 2HVIA 4KFBA 4CFCA 4DFKA 4DFPA 2OPRA 3K5OA 3RTVA 3U3YA 1BISA 4Y1DA 4F3TA 2YKNA 4B3OA 3M8PA 5E41A 1JL2A 3V9XA 3HJFA 3RMBA 3OYKA 4FJIA 3OYLA 1J5OA 3K5LA 1BQMA 1S1XA 1L3TA 2DY4A 4OJRA 4OKJA 1QS4A 2RKIA 1XC9A 1U49A 4C8NA 2XY6A 2BANA 1WNSA 3V9UA 3VQCA 4BACA 3DOLA 4GMJB 3SQ0A 1C0UA 4N76A 4EP4A 4W5QA 3OS2A 4O0IA 2G8UA 1Q8IA 2RPIA 4AH9A 2XO7A 4ZTFA 2ATQA 2EHGA 4FW2A 1XHZA 3AV9A 1WSEA 1HNVA 4CFAA 4E1MA 3HM9A 1QSSA 1ZBFA 2BDPA 4KTQA 1WAFA 1NK9A 3DRPA 1HMVA 2B4JA 4CFBA 4AILC 2WOMA 3SPYA 1QTMA 4F2RA 3DRRA 3TWHA 2LSNA 1ZBUA 3ISNC 2YHAA 3AO1A 1TL3A 4DF4A 4KAZA 3NGZA 4JS4A 4DSFA 3NF8A 1K6YA 3DRSA 3K2PA 1U47A 1RTIA 4M41A 2OPQA 4LH4A 2IC3A 2D0CA 1SKRA 3OVNA 4G1QA 4NYNA 4DFJA 1FKOA 3DOKA 4N5SA 3V9WA 1XWLA 1FKPA 1NJXA 4CJLA 4FJJA 4DQIA 4I2QA 4O5BA 3ZSQA 3VQ6A 3CFRA 3ZSOA 1NKBA 4FJLA 4DLEA 2A1RA 2I5JA 1N5YA 3AVKA 2PZSA 4B08A 1BIZA 1NK4A 1GOCA 4OLAA 1VSLA 1NJZA 4KI6A 1YT3A 3D0PA 1RT4A 3I8DA 5KRSA 1J9AA 3I0RA 4CF0A 1ZBLA 5K14A 1LAVA 4B9VA 3HT3A 4FJMA 2F8SA 4W5RA 2KQ2A 1U04A 3RMDA 3OS0A 4LY7A 3G0ZA 4CHQA 3VQ7A 3O3FA 1NK7A 1D9DA 3DLRA 4KHUA 2B5JA 3T19A 1UA1A 4DTJA 4ID1A 3KLEA 4KI4A 4BDYA 2EX3A 3VQAA 4DS4A 3AVJA 1T05A 1VSIA 3PUFA 3LWMA 4MFBA 1A5XA 5KTQA 1RBVA 2NUBA 3CG7A 3QIPA 3AVHA 1J54A 3LP2A 4ZHRA 1RT7A 3SV3A 3OYIA 1NKCA 1IKXA 1JLEA 1JLFA 3DM2A 1ZYQA 4FJKA 2OA8A 2JGUA 4FJXA 3P83D 4FM0A 4M3ZA 4FK4A 5JS1A 3PY8A 3O4NA 4DSEA 1UWBA 1NK6A 1DTQA 3KJVA 1S1WA 4DU3A 3U6FA 3TAEA 5I42A 1S9GA 3KLFA 1QHTA 2HNZA 4TSXA 2FBXA 4B8AB 3OS1A 3VQEA 3KK1A 4FLTA 1X9WA 2BGGA 4Z0UA 1EETA 2IAJA 1HYZA 2BE2A 2ZQBA 2GV9A 3QEIA 4JS5A 3KKSA 4FVMA 1HRHA 5CZ1A 4CEDA 3KD1E 4M42A 1EX4A 3KLGA 4CEEA 4CJKA 1FK9A 3V4IA 4KPYA 4OPKA 4M3WA 4O0JA 4DLGA 3K59A 1TKXA 1L3VA 3CYMA 3BDPA 3IG1A 2FBTA 3ZT1A 4CERA 1RCHA 1RDDA 4Z4HA 4M3UA 1TKZA 4PUOA 1SL0A 3LZIA 3SUOA 4BWJA 3AVBA 4KB1A 2YNHA 1F21A 2GBZA 3NF7A 4IBNA 1KVBA 1S1VA 3SI6A 4AHRA 1Y97A 3OYHA 4FLZA 1REVA 4KHSA 3THVA 1KVCA 3ZT2A 4CGDA 3EYZA 4BE1A 4CHPA 3IS9A 2IGIA 1GOAA 3P5JA 1RBTA 3QLHA 3ALYA 4KTZA 3L3UA 3TAMA 4CF8A 4CIFA 4ZTJA 1TK8A 1WN7A 3RR7A 4L8RB 3AO3A 2YHBA 2KFZA 1D5AA 1X9SA 2HVHA 3D45A 4B9SA 5CYQA 4C8KA 4ELVA 1RBUA 1B9FA 1LW2A 3LWLA 4DSLA 4CECA 2KZZA 4CIGA 4CF9A 4Z4IA 3PO4A 3DLEA 4CK1A 5I3UA 2HNYA 1R0AA 4DSJA 1WSHA 3S3OA 3UIQA 1T7PA 1ZBHA 3RR8A 1C1AA 3AVLA 1KRPA 2PY5A 1BQNA 4W5TA 5HLFA 4CGJA 4F8RA 1TKTA 3TAGA 4CJSA 4NCAA 2HHSA 2XY8A 3T3FA 2B6AA 2DTUA 3VQBA 3DLKA 1RNHA 3KK2A 4CHZA 1WSJA 5SWMA 1SKWA 1S1UA 1VRUA 2XY7A 3SPZA 3S3MA 2HHTA 4I9LA 4J2BA 3LANA 4CGIA 4J2DA 4M3TA 2ZE2A 4DQSA 3AO5A 3L8BA 2VG7A 1SKSA 4HHTA 3MEDA 1VK0A 4E7JA 1XI1A 4PY5A 4DQQA 1RT3A 2R7YA 1UA0A 5J2QA 3L2RA 3BGRA 3VQ8A 2GUIA 3QIOA 4CGFA 3CQ8A 2DFFA 3SJJA 1N6QA 1TAUA 3QEPA 4FJ9A 4K8XA 3ZSXA 4FLYA 2Y1IA 4H4OA 1EP4A 3SV4A 1BL3A 4O4GA 4B9LA 1U45A 2ETJA 3NH0A 3QEXA 3NH2A 2FC0A 1C1BA 2IOCA 3AVMA 1RDCA 1O1WA 4Z4CA 3AVNA 4CEZA 1A5WA 1RBSA 5J2NA 1HQUA 1VSJA 3OYBA 3JSMA 3QESA 4CJ4A 3L2UA 1U4BA 4JRQA 3OYFA 1BHLA 4LH5A 3SZ2A 4UQGA 4FLXA 3NGYA 3V9ZA 3PO5A 2D0AA 2HHWA 3V81A 4DSKA 4IKFA 3NCIA 2P51A 4RG8A 2G8FA 1ASWA 2YKMA 4AHVA 1NOYA 1JLBA 1YVUA 1Q9XA 3VQ9A 5FRNA 5HROA 1KTQA 1TK0A 3C94A 3AA5X 3MEGA 4KB0A 4CJVA 4E7LA 3QERA 3LPTA 4AHUA 2QKBA 2OZMA 4FYDA 4E19A 4B9NA 4NYFA 3KTQA 4FK2A 3L2VA 1L3SA 4IDKA 4HTUA 4Q5VA 1ITGA 5HP1A 4DS5A 3M8QA 1FXXA 4DU1A 3S9HA 1U48A 4FJ7A 4CJEA 2RN2A 3CM6A 2Y1JA 5HRPA 3L2WA 1ZBIA 3VQ5A 2X78A 1TVRA 4CJWA 4PQUA 1GOBA 4HVJA 4QCLA 4KO0A 2XY5A 4FZXC 1JXEA 1D9FA 2AJQA 1W0HA 3V1OA 1NK8A 2G8VA 5T7BA 3LPUA 4FZYA 4CJ3A 2VWJA 4PA1A 4NCBA 1C0TA 4RW9A 1T03A 2P5OA 5DMRA 3HK2A 3U3GA 1RT5A 2HNDA 3HSTB 2W42A 2PYJA 3ZCMA 3AA2A 4DTRA 4HCBA 3K57A 3B6OA 2QK9A 3O3HA 5J2MA 4OGCA 1TAQA 2D0BA 4GVMA 4I7FA 3H08A 4CJQA 3OYCA 1EXQA 4FXDA 1TKDA 3V1QA 1KLNA 2WONA 1ASUA 3SUQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1I3AA 4LF4K 3RMAA 4FJHA 2W41A 3GBTA 2A6AA 4Z4EA 2YNGA 2OTLN 1D4XA 5AQIA 1NK5A 4RW6A 3TAFA 4N56A 1CLQA 3LDNA 4KRFA 1IKVA 4DQPA 1MU2A 5AZJA 3O3GA 3NHGA 4PL8A 3M6GA 1JCFA 4K0KK 4IXCA 3A5NC 2F8TA 1G15A 3ITHA 3ZT3A 3ULEB 1U2VB 4KHWA 3E9OA 2G8IA 2HF3A 1QSLA 2P9PB 5FPEA 4DR4K 1EQYA 5AFUH 2Z1IA 5EU7A 3CCLN 4I9QA 3VTHA 1BCOA 2NLXA 3LZJA 3L6QA 1X9JA 4JYAK 4FWOA 3ID6A 1WAJA 4IJNA 4GKKK 2KTQA 4Z4FA 1S6PA 3HPGA 3IKMA 1TUUA 1SQKA 3LAMA 3AA4A 3PX0A 3O8MA 5J1EA 3QFPA 1N8RO 5BR8K 4V19S 3LM9A 4WQ4A 4JN4A 2GWKA 3ZYYX 3CPWM 1LV5A 4A2AA 1KFSA 5AQNA 3KWGA 3WNHA 4FK0A 1J5EK 5AQSA 3KVGA 3CIPA 2X6SA 1VSFA 4A59A 3OYEA 3MAQA 1KLMA 4O55A 1KAYA 1DTTA 4H4MA 1Z26A 3WXIA 1IH7A 4DR1K 3V9SA 4DTOA 2VGNA 2JLEA 2ZGZA 2G8KA 3GOIA 4FWNA 2UU9K 3OW2M 1NJYA 4B9UA 2HBMA 1RTHA 2OANA 4YOXA 1RTJA 2NRXA 3OJSA 3H46O 4C1NK 5JLHA 3QMLA 3GDQA 3KK3A 3ZSWA 1QQNA 4DCHA 1NJIO 1SL2A 3SUNA 4BRPA 3VEZA 2BH1A 2DFEA 1BI4B 1UAXA 3KKRA 2P5GA 1G99A 2FBYA 4C1NI 1KFDA 3KLHA 4CZIA 4DFMA 2HHUA 5FDLA 3ZSZA 3MEEA 1HNXK 2WFBA 3L2QA 3WEEB 4LD0A 2Q3SA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1I3A A;  4LF4 K;  3RMA A;  4FJH A;  2W41 A;  3GBT A;  2A6A A;  4Z4E A;  2YNG A;  2OTL N;  1D4X A;  5AQI A;  1NK5 A;  4RW6 A;  3TAF A;  4N56 A;  1CLQ A;  3LDN A;  4KRF A;  1IKV A;  4DQP A;  1MU2 A;  5AZJ A;  3O3G A;  3NHG A;  4PL8 A;  3M6G A;  1JCF A;  4K0K K;  4IXC A;  3A5N C;  2F8T A;  1G15 A;  3ITH A;  3ZT3 A;  3ULE B;  1U2V B;  4KHW A;  3E9O A;  2G8I A;  2HF3 A;  1QSL A;  2P9P B;  5FPE A;  4DR4 K;  1EQY A;  5AFU H;  2Z1I A;  5EU7 A;  3CCL N;  4I9Q A;  3VTH A;  1BCO A;  2NLX A;  3LZJ A;  3L6Q A;  1X9J A;  4JYA K;  4FWO A;  3ID6 A;  1WAJ A;  4IJN A;  4GKK K;  2KTQ A;  4Z4F A;  1S6P A;  3HPG A;  3IKM A;  1TUU A;  1SQK A;  3LAM A;  3AA4 A;  3PX0 A;  3O8M A;  5J1E A;  3QFP A;  1N8R O;  5BR8 K;  4V19 S;  3LM9 A;  4WQ4 A;  4JN4 A;  2GWK A;  3ZYY X;  3CPW M;  1LV5 A;  4A2A A;  1KFS A;  5AQN A;  3KWG A;  3WNH A;  4FK0 A;  1J5E K;  5AQS A;  3KVG A;  3CIP A;  2X6S A;  1VSF A;  4A59 A;  3OYE A;  3MAQ A;  1KLM A;  4O55 A;  1KAY A;  1DTT A;  4H4M A;  1Z26 A;  3WXI A;  1IH7 A;  4DR1 K;  3V9S A;  4DTO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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