The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
292
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sequence length |
962
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structure length |
930
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Chain Sequence |
MDISKAWARDYLDLAQNKGVFQPGSTHVKIKLKDFSFPALPVPDFSSATANGAATSIGGAYAVTVAHNAKNKSSANYQTYGSTQYTQINRMTTGNDFSIQRLNKYVVETRGADTSFNYNENNQNIIDRYGVDVGNGKKEIIGFRVGSGNTTFSGIKTSQTYQADLLSASLFHITNLRANTVGGNKVEYENDSYFTNLTTNGDSGSGVYVFDNKEDKWVLLGTTHGIIGNGKTQKTYVTPFDSKTTNELKQLFIQNVNIDNNTATIGGGKITNKDLVFSGGGKISLKENLDLGYGGFIFDENKKYTVSAEGNNNVTFKGAGIDIGKGSTVDWNIKYASNDALHKIGEGSLNVIQAQNTNLKTGNGTVILGAQKTFNNIYVAGGPGTVQLNAENALGEGDYAGIFFTENGGKLDLNGHNQTFKKIAATDSGTTITNSNTTKESVLSVNNQNNYIYHGNVDGNVRLEHHLDTKQDNARLILDGDIQANSISIKNAPLVMQGHATDHAIFRTTKTNNCPEFLCGVDWVTRIKNAENSVNQKNKTTYKSNNQVSDLSQPDWETRKFRFDNLNIEDSSLSIARNADVEGNIQAKNSVINIGDKTAYIDLYSGKNITGAGFTFRQDIKSGDSIGESKFTGGIMATDGSISIGDKAIVTLNTVSSLDRTALTIHKGANVTASSSLFTTSNIKSGGDLTLTGATESTGEITPSMFYAAGGYELTEDGANFTAKNQASVTGDIKSEKAAKLSFGSADKDNSATRYSQFALAMLDGFDTSYQGSIKAAQSSLAMNNALWKVTGNSELKKLNSTGSMVLFNGGKNIFNTLTVDELTTSNSAFVMRTNTQQADQLIVKNKLEGANNLLLVDFIEKKGNDKNLNIDLVKAPENTSKDVFKTETQTIGFSDVTPEIKQQEKDGKSVWTLTGYKTVNADYKAFLAE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
|
| molecule keywords |
Serine protease pet
|
| publication title |
X-ray crystal structure of the passenger domain of plasmid encoded toxin(Pet), an autotransporter enterotoxin from enteroaggregative Escherichia coli (EAEC).
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
|
| total genus |
292
|
| structure length |
930
|
| sequence length |
962
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| ec nomenclature |
ec
3.4.21.-: |
| pdb deposition date | 2014-01-27 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H | ||
| Mainly Beta | 3 Solenoid | Pectate Lyase C-like | Pectate Lyase C-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2OBO A; 2XCN A; 3O8R A; 1QA3 A; 4B76 A; 4TYD A; 3SV7 A; 4B6E A; 2P59 A; 1QA2 A; 4NWL A; 3RC6 A; 4JMY A; 4A1T A; 3O8B A; 2K1Q A; 4NWK A; 3E90 B; 2O8M A; 2VFQ A; 1RTL A; 2OIN A; 1DY9 A; 3OYP A; 5GND A; 3LOX A; 3KEE A; 5EPY A; 2VFM A; 2V5I A; 5EPN A; 1DXW A; 4B73 A; 4A1X A; 3SU3 A; 4U01 A; 5T1V A; 3SUF A; 2IOU G; 1A1R A; 3KN2 A; 4I32 A; 4RI0 A; 3RC4 A; 3PV2 A; 5EQQ A; 4KH3 A; 5EQS A; 2OBQ A; 1QRC A; 2VFN A; 3SV9 A; 2GGV B; 2FP7 B; 3KF2 A; 3LON A; 3SU1 A; 3SU5 A; 4I31 A; 2XC1 A; 2GVF A; 2OC0 A; 2IJD 1; 5FPS A; 4KTC A; 3SV8 A; 3ML3 A; 2A4G A; 4B6F A; 3P8N A; 3TH0 A; 1DAB A; 2OC1 A; 3O8C A; 4B74 A; 5B6L A; 3SUE A; 5EQR A; 3M5M A; 5ESB A; 4K8B A; 3OTP A; 2QV1 A; 2OK5 A; 3O8D A; 4WF8 A; 4B71 A; 1CU1 A; 3SU4 A; 1DY8 A; 1QQ1 A; 2VFO A; 2A4R A; 3H09 A; 3L6P A; 2F9V A; 2FM2 A; 2XNI A; 3RC5 A; 4OM9 A; 2XCF A; 4WH6 A; 1TYU A; 3RIQ A; 3SU0 A; 3LKW A; 3AK5 A; 1TYV A; 5IDK A; 3KNX A; 5H4I B; 4A92 A; 2VBC A; 3M5N A; 4A1V A; 5FPY A; 2OC8 A; 1RGQ A; 3SUG A; 2VFP A; 1CLW A; 4WH8 A; 3PV5 A; 2F4L A; 4I33 A; 1JXP A; 5FPT A; 2F9U A; 3SYJ A; 4B75 A; 3U1I B; 1TYX A; 1TSP A; 3SV6 A; 2OC7 A; 3U1J B; 1QRB A; 2WZQ A; 1BT7 A; 2YOL A; 3SU6 A; 1NS3 A; 3M5O A; 1W3C A; 2FOM B; 1N1L A; 3SUD A; 1TYW A; 2A4Q A; 3M5L A; 2IJO B; 5GPI B; 2WHX A; 1WXR A; 3P8O A; 1DXP A; 4M9F A; 3SZE A; 4R8T B; 3SU2 A; 5GJ4 B; 5ETX A; 1QA1 A; 3EYD A; 2WV9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1DT2 A; 3M61 U; 1V2J T; 1LQE A; 1LPK B; 4BAM B; 4OJ6 A; 4OS7 A; 1LO6 A; 1GI4 A; 1RD3 B; 5FBE A; 2FEQ H; 3M3S A; 1GHA G; 2H5D A; 3OU0 A; 2BM7 A; 5EJL A; 3TGI E; 3EDX B; 5EIY A; 2V3H H; 1PQ5 A; 1QJ7 B; 3ZZ3 A; 2O8M A; 1U6Q A; 3TJV A; 3M7Q A; 1P09 A; 3OEE D; 2Y7X A; 3DU1 X; 2Q1J A; 3QN7 A; 3M35 A; 1INC A; 2P8O C; 1BMA A; 2BDC A; 4NZL A; 2ZU3 A; 3UFA A; 1IQE A; 2A32 A; 2EI6 A; 1A1R A; 1W7X H; 1BHE A; 1MZD A; 4JYV H; 1AU8 A; 3WWB A; 4ISL A; 2B0F A; 3KQC A; 1JRS A; 5HYO A; 1FY3 A; 3RC4 A; 1HJ8 A; 4FVD A; 1NBM E; 2WIN I; 4KP0 A; 2BLW A; 1SQT A; 2WUB A; 2NSP A; 4F48 B; 2R3Y A; 1QL8 A; 3DUX H; 8EST E; 3F0P A; 2EEK A; 1C2I A; 4A7I B; 2IPQ X; 3IWM A; 4D8N A; 2O17 A; 3ZZD A; 3SV8 A; 4MPX A; 1OGM X; 2A4G A; 3ZZ8 A; 2UUY A; 2UUK B; 2QXZ A; 3MHW U; 3HKI B; 1C1O A; 1WBG B; 1P57 B; 1O3A A; 3BV9 B; 2ASU B; 3BIV H; 1HJA B; 1KY9 A; 3PM3 A; 1Y8T A; 1GI7 B; 1V2U T; 1XX9 A; 1Z8G A; 2QF4 A; 3DT0 H; 2F83 A; 4YZ0 A; 1TBR H; 5LGO A; 2TGD A; 1MKX K; 3LGI A; 2FM2 A; 3LGT A; 4IN1 A; 1BTW A; 1IQK A; 3TJO A; 1SLV B; 2VIV A; 1TON A; 1CA8 B; 3FKS D; 3LYC A; 1GI8 B; 3A84 A; 1V2V T; 1LLZ A; 2VIP A; 4ZUH A; 5C1U A; 2KCY A; 2JET C; 1AND A; 1WQS A; 4MNY A; 2FI3 E; 4MDS A; 1ANC A; 5C1Y A; 2F9U A; 2L74 A; 1CT2 E; 1G30 B; 3GY4 A; 3GRH A; 4PMH A; 2B8O H; 2PV9 B; 3HKJ B; 3SHC H; 1TGS Z; 3JUR A; 3T9G A; 6CHA C; 1QFK H; 2J38 A; 1GJD B; 1KXE A; 1EZS C; 3ATL A; 1SGI B; 1QCP A; 4GCH G; 1TOM H; 4Q7Y A; 1EB1 H; 1ZR0 A; 1ELT A; 1Z6J H; 1N8O C; 1C5Q A; 4Y76 A; 3UW0 A; 6LPR A; 1GL1 A; 5FBI A; 1RIW C; 2X3H A; 2O0V A; 1O38 A; 1O8K A; 1D3Q B; 1A5G H; 1C5P A; 1ZTL A; 1AGJ A; 3A87 A; 4NIY A; 3VB7 A; 2A1D B; 2J98 A; 5DNS A; 2RA0 A; 2JDI D; 3ZZC A; 1QRZ A; 1SKY E; 4MR0 A; 2VJ1 A; 1D4P B; 4CRB A; 4WJG 2; 1C5V A; 4A6L A; 5HM9 A; 2H9E H; 4FUF A; 3S7H B; 3W95 A; 5TCC A; 4JK6 A; 5AVD A; 1D3P B; 1S6L A; 1UTM A; 2IOT A; 4I32 A; 4RI0 A; 3QK1 A; 3E8L A; 2FS8 A; 4CH8 B; 2BD5 A; 4Z1M D; 1DAN H; 3ZVF A; 3UOU A; 4DT4 A; 2JKH A; 3UWI A; 1PPB H; 2P3F H; 1ZLR A; 3PMJ A; 2Y5G A; 5A09 A; 2RA3 A; 3TU7 H; 1PYT D; 2VNT A; 3RU4 T; 1S82 A; 1MMJ N; 3OY6 U; 2OC1 A; 4ABF A; 1O2N A; 3O8C A; 1GI2 A; 2V7Q D; 2XW9 A; 3V13 A; 2Z9G A; 2CGA A; 3V0X A; 2H9H A; 1DY8 A; 3DFJ A; 1GVK B; 2H6M A; 4O9V A; 1BUI A; 1O2K A; 2XNI A; 2BVR H; 1BIT A; 1TRY A; 1DWD H; 1FY8 E; 4B2B A; 3B90 A; 1P12 E; 4YCQ A; 1QY6 A; 5BRR E; 2STB E; 5F6M A; 3SUC A; 1GHX H; 3P17 H; 1SB1 H; 3NXP A; 1RGQ A; 3FFG A; 1S81 A; 4XE4 A; 3FAO A; 4LOY H; 2VFP A; 1SGF A; 5IK2 D; 1IDJ A; 2XXL A; 2SGE E; 2C8X B; 1PPZ A; 2UVF A; 1D3T B; 1JXP A; 1O2Z A; 4B75 A; 2VIW A; 4KKD A; 1OSS A; 1SGT A; 4W8S A; 1ZJK A; 2C4F H; 4Y8Y A; 2PYH A; 3C1K A; 3QGN B; 3T62 A; 3U98 H; 1BCU H; 3U8T H; 1F0T A; 3GQA A; 3BH7 B; 1J17 T; 2ALP A; 3M5L A; 3ENS B; 2X6X A; 4XM3 A; 4OGY A; 3GQ8 A; 5GPI B; 1OS8 A; 7GCH G; 1GHB F; 4AN7 A; 4Z6A H; 1V2K T; 3DSP A; 5C1E A; 4FUB A; 1SQA A; 3BEF B; 4I8H A; 2AMP A; 3AAS A; 3F1S B; 4XN0 A; 1HFD A; 2XTY A; 1AIX H; 5C5N A; 1SPJ A; 1GVZ A; 3ATM A; 4TYD A; 2P59 A; 8LPR A; 1GBD A; 1GHW H; 1BML A; 2ZDM A; 1GHB G; 4A5T S; 1W10 U; 2W6J D; 4I7Y H; 1O3O A; 5DP4 A; 2FX6 A; 1SG8 B; 3O8B A; 1L4Z A; 1T8N A; 3LJJ A; 3RXV A; 3GY7 A; 3OFN D; 1ZRB A; 3A7X A; 4P00 A; 1C2J A; 5GCH F; 4O03 A; 1KYN A; 1OYQ A; 1XXD A; 4OJP A; 4W8R A; 2ODQ A; 2BQW B; 1LHE H; 4A1X A; 4UFF H; 1RRK A; 3A85 A; 4MPU A; 1GJ9 B; 1G3B A; 1MAY A; 3HK3 B; 2CHA B; 3RMM H; 1GBL A; 1ZGI A; 3BTF E; 1AWH B; 1TYN A; 3SUF A; 4OZZ A; 4Q7X A; 3OX7 U; 1V2M T; 5GIB A; 1FPC H; 3WW7 A; 3SOR A; 5C0U A; 2WYJ A; 1V2R T; 1BJV A; 4TPY A; 3ITI A; 1XG2 A; 2X6W A; 1HIA A; 1GJA B; 1TQ7 B; 1C4V 2; 2ZPQ A; 2FOA A; 3GCH B; 2Y80 A; 1BTU A; 3BTH E; 3F9E A; 2BDG A; 2L6O A; 1UK3 A; 2QZA A; 5DN6 D; 3SQV A; 1EP6 A; 1KXC A; 4TWW A; 1O8L A; 3B8J A; 2C93 B; 4P02 A; 1TQ0 B; 2BD9 A; 1O3P B; 1UTJ A; 5DK1 A; 3RXI A; 2R0L A; 2QY0 B; 1BMN H; 3OY5 U; 2CN0 H; 1FY1 A; 1MTS A; 4HI3 A; 1F0R A; 2OK5 A; 1GJ8 B; 1CA0 B; 1E79 D; 5HM2 A; 3PSS A; 4CRC A; 1C1S A; 1F5K U; 1NU7 B; 2XCF A; 3A89 A; 1EAI A; 3CEN A; 4DVA U; 1Z8I B; 3LPR A; 4OGX A; 2W7U A; 1K1P A; 1KXD A; 3QDZ B; 2J98 B; 1ZSK A; 4XBC A; 3AK5 A; 3H5C B; 4UFE H; 3M5N A; 2BLO A; 3E6P H; 1O3G A; 1OFD A; 1LVO A; 3GIC B; 4GLY A; 2J4I A; 3R3G B; 3P95 A; 4AGJ A; 2AER H; 1ARB A; 1EPT A; 3A7W A; 1GPZ A; 1YBW A; 5FPT A; 3LDX H; 4EST E; 1HAH H; 1SOZ A; 4OJ5 A; 1O2G H; 2BMG B; 2QCY A; 3GCT G; 5A0A E; 3G01 A; 1TA6 A; 3EST A; 4RT1 A; 1KDQ A; 3RXD A; 1NY2 2; 1UCY K; 1V2P T; 2KCP A; 2XTT B; 1ORF A; 1RFN A; 3HGP A; 3SJ8 A; 1IQG A; 1JMO H; 2AS9 A; 5DP8 A; 1OFM A; 4GSO A; 1QB1 A; 2FIR H; 1OWH A; 3QTV H; 2XCN A; 4B6E A; 2QXG A; 5JB9 S; 2O1D A; 2XRC A; 1J9C H; 1GMD F; 1NFY A; 2OTV A; 4JMY A; 1OP8 A; 4A1T A; 3HAT H; 5LPE A; 1EZG A; 1ZYO A; 3ZV9 A; 1OKX A; 3K6Y A; 2VFQ A; 1OWI A; 3N6Z A; 3VST A; 1XKA C; 2P94 A; 1O2Y A; 3QLP H; 1W14 U; 1GBF A; 3PSZ A; 1UTN A; 5DP7 A; 4U4B A; 2VVC A; 4AFS A; 3SI3 H; 5KED A; 2V3M A; 1TWX B; 4AB9 A; 5T1V A; 1CBW C; 2DUC A; 2YUH A; 5E0H A; 3QX5 H; 1K5C A; 1C1R A; 1YPJ H; 1O5C B; 1WTH D; 1O2Q A; 3PTB A; 1GDU A; 1GJ5 H; 4X2X A; 5BPE A; 1JWT A; 2OBQ A; 4X8V H; 4YZX A; 2JH5 D; 3NUM A; 5T6G A; 2GGV B; 1MD7 A; 1TNK A; 3UNR A; 3SU1 A; 4Y0Z E; 1TX6 A; 2FOH A; 1OFE A; 1BRC E; 4XOJ A; 4MQA A; 3BG4 C; 2EST E; 4GHQ A; 1IOE A; 1S6H A; 3ZSC A; 4YLU A; 2ODY B; 2ZKS A; 2G8T A; 4E7R G; 4Y10 E; 2XTW A; 2ZU2 A; 1E1Q D; 1DUE A; 2X6Y A; 4XNF A; 1C4U 2; 1NRP H; 3SNC A; 1LHG H; 4K8B A; 4Q4L A; 3W1E A; 2BQ7 B; 3KID U; 4X1Q U; 1GJ4 H; 1EZX C; 2SGD E; 1GI6 A; 1BBR H; 1MKW H; 3KHV A; 3OE7 D; 1T8M A; 3MFJ A; 1O0D H; 3TJN A; 1Y5A T; 1ESA A; 4CHA B; 3VG8 A; 1K21 H; 3CS0 A; 1ELG A; 1ID5 H; 1SOT A; 1TYV A; 2ZDK A; 4X6P A; 2BVS H; 3P4G A; 3VB5 A; 1NFW A; 1AKS A; 3BTT E; 5GWZ A; 1HAP H; 1IQF A; 1Y3U A; 5C0T A; 3B9F H; 2SGA A; 1TX8 A; 1UVS H; 1WCZ A; 3FVF B; 2F4L A; 2JIZ D; 1O2W A; 2QXJ A; 2PW8 H; 2ZEB A; 3SV6 A; 2BX3 A; 5E8E H; 4CRG A; 3BTK E; 1P01 A; 1OWD A; 4Y11 E; 2ZA5 A; 1KTW A; 1X0C A; 1WV7 H; 2AFQ B; 1BTH H; 1OP2 A; 9EST A; 2RDE A; 1WXR A; 3TGJ E; 1GHY H; 1CQQ A; 1FDP A; 3BTQ E; 2QC2 A; 1C2E A; 1SGC A; 3MNX A; 4NIX A; 1C1N A; 1AQ7 A; 1QA1 A; 1OX1 A; 1GDQ A; 3HK6 B; 1X7A C; 3MU1 A; 1O2O A; 1O2J A; 1DE7 H; 4OJL A; 1UK2 A; 1G9I E; 1SLW B; 1MBM A; 1EZQ A; 2P3T B; 2STA E; 4K1S A; 1V3X A; 3MH6 A; 2GDD A; 1Y5U T; 4Z05 A; 1XUF A; 2NU3 E; 1QJ1 B; 1NFX A; 1A3E H; 5J4S A; 3MO6 A; 3E0N B; 1K2I 1; 1GBK A; 1FNI A; 2Z9L A; 1KLJ H; 5LPR A; 2BD3 A; 1AVG H; 1C9T A; 4X1R U; 2OD3 B; 1WMR A; 1P9U A; 3PB1 E; 1MTV A; 1SGR E; 2V5I A; 1SGF G; 1ZHP A; 3OEH D; 2J8I A; 2ZGH A; 2TIO A; 2SFA A; 4TY6 A; 1BRB E; 2VWL A; 3Q76 A; 4NIV A; 1N6X A; 1MAX A; 2Y7Z A; 1GMC F; 4KEL A; 1W0Y H; 1S0R A; 1W11 U; 5KEC A; 2KX4 A; 1G37 A; 2BD8 A; 2A2Q H; 2JH0 D; 2OLG A; 1OWE A; 2VBE A; 3EQ0 H; 1EPT B; 2GMT C; 2ZPR A; 3PMA B; 3BG8 A; 1W7G H; 2BM6 A; 3P8G A; 1XXF A; 2VWN A; 1MTN C; 1KDQ B; 2PGB B; 3K65 B; 3RXK A; 1ABI H; 1ELB A; 4FVB A; 1CHG A; 1C5L H; 3PMH B; 4WMF A; 2UWL A; 1C9P A; 1H8D H; 1CU1 A; 1KIG H; 3VB4 A; 1O3E A; 2WPI S; 1V2Q T; 1P11 E; 4X2W A; 4K8Y A; 1XM1 A; 4CRA A; 1OOK B; 5FCR A; 2DE9 A; 3TK6 A; 1UTP A; 4I84 A; 8KME 2; 4JZI A; 2ZWL H; 1JOU B; 5CHA C; 3SGB E; 2NT9 A; 1L1N A; 1BJU A; 3TNT A; 4AVZ A; 1DSU A; 3T25 A; 1LVB A; 1CVW H; 3SUG A; 1V6D A; 1EUF A; 2A4O A; 1XMN B; 3FP6 E; 5CMX H; 2G4U A; 2B9L A; 2BM2 A; 4TSF D; 3TIU A; 1C1T A; 1HAZ B; 3TH2 H; 2LEL A; 1TYX A; 4FUI A; 3RXL A; 1YPH E; 3SJO A; 4AOQ A; 3PRO A; 1C5Z B; 2WPL S; 1F5L A; 2YOL A; 4XLF A; 3RXQ A; 2FOM B; 2PUX B; 4E06 H; 4RT0 A; 4ISI H; 2VJJ A; 4NA9 H; 1XUK A; 2G5N A; 4FUE A; 1GI1 A; 1DXP A; 4M9F A; 1GBJ A; 1K1J A; 3P8F A; 1RS0 A; 2NT6 A; 2XT2 A; 1A0L A; 1PXZ A; 2EWE A; 1Y3Y A; 3Q3Y A; 1HRT H; 4ZCN A; 1C5N H; 4IW4 E; 1O2U A; 1AN1 E; 2ZGX H; 2KCO A; 4FU9 A; 1TNL A; 4ABB A; 2A31 A; 2BDB A; 5C67 A; 2BQ6 B; 2ZFQ H; 2PSY A; 1QTF A; 2ILN A; 1EA0 A; 1YGC H; 2J8K A; 1B0E A; 3GYL B; 3RU4 D; 2ZCH P; 1O3C A; 1GHA F; 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