4OVLA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords Integrase
publication title Interrogating HIV integrase for compounds that bind--a SAMPL challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.1: Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase.
pdb deposition date 2013-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ovlA00
4CF1A 3RMCA 4B9TA 3HYFA 3OYNA 1I3AA 3L2VA 1L3VA 2BANA 3SJJA 1WSFA 3LZJA 2O4IA 3QEVA 4F8RA 1W9HA 1WSIA 2G8WA 2W42A 3DLKA 1RBTA 3LP0A 3O3HA 4Z4HA 4O55A 3S3OA 1T05A 1UWBA 4FZYA 4CJSA 3E01A 4KFBA 2GUIA 3V9XA 4ZTFA 1TKXA 2XY6A 2NUBA 3FFIA 3ZT2A 3AVHA 3MEGA 4FM1A 1W0HA 1VSLA 3VQ6A 1ZBLA 1RDCA 4YFUA 2D0AA 2HHWA 1S6QA 5FDLA 1BHLA 1EXQA 4FLXA 2HVIA 1NK8A 4FM0A 1RTHA 5JS1A 5HLFA 3PO4A 2HNDA 1RDBA 4B8CA 1RT6A 2FBTA 1TK8A 2KZMA 3QETA 3ALYA 3OVNA 3TAMA 4FW1A 3P5JA 4DU3A 1U47A 1JXBA 2HNYA 3H08A 4O5BA 4DTUA 3DLHA 2QKKA 2EX3A 4F2RA 4DS5A 1BIUA 3WNFA 4CFBA 4KHYA 4C8MA 4C8NA 4M3TA 3LANA 3ZT1A 4FCYA 3OYMA 3PUFA 1S1UA 3OYEA 4IKFA 4CHPA 3VQAA 3QEPA 4LSLA 2HMIA 1X1PA 4CJFA 1NJYA 4DWIA 2O4GA 1TGOA 1FKPA 2GBZA 4LH5A 4CJLA 4QCLA 4FJKA 4CHOA 3K5MA 1A5XA 3KIOA 4I2PA 3MXIA 2G8KA 1BGXT 3DM2A 3IG1A 5FRNA 4Q0BA 3DLRA 3ZSQA 1N6QA 2WONA 4M3WA 2RPIA 3MXMA 4M3XA 4G1QA 2YKMA 3QEIA 1BIZA 4NCAA 4FXDA 3L3VA 1RTIA 4J2EA 4FJ7A 4Z4FA 4Z4EA 1TAUA 1LWFA 3VQ8A 3WNHA 3TWHA 3QNNA 3SQ2A 5I3UA 4M3UA 2DTUA 4M45A 3KD1E 3QIOA 1EP4A 4JS5A 3THVA 5C25A 3S9HA 3QLHA 3U6FA 4OPJA 4FJHA 1Q9YA 3OJUA 1UA0A 1ASUA 4TSXA 3LWLA 3QEWA 1LW0A 1U49A 1SKSA 4FJ9A 2VG7A 3V1OA 4DTPA 3L2RA 4HCBA 3VQ9A 4CGGA 3M8SA 4XIUA 4FLUA 5D3GA 3WNGA 3AA4A 3AVGA 1CXQA 3LZIA 3TABA 4DSEA 2OPSA 2FBVA 1C1CA 4W5TA 3LDSA 1NJWA 5KTQA 4KHNA 1BQNA 1ASVA 4B9VA 3KK2A 1C6VA 1IKXA 1IO2A 1JXEA 3NDKA 3HSTB 3T19A 3ZSZA 4FK2A 1QHTA 4W5QA 1JLQA 2HNZA 2OZMA 4DQRA 3MAQA 4AH9A 4Y1CA 3DRPA 4RG8A 4CESA 2IDOA 4N41A 4OLBA 3HPGA 3ITHA 3U3YA 3OYBA 2QK9A 2KZZA 2DFEA 4BE2A 4YNQA 2BE2A 2KW4A 1NJZA 4B08A 2IAJA 4CJ3A 3I8DA 5KGWA 2F96A 4QOZB 2G8UA 4KHQA 3CYMA 2G8IA 1CZ9A 1NOYA 2HHVA 4FZZA 1O1WA 4DSLA 4DSJA 1SV5A 3QINA 3SCXA 1XHZA 2I5JA 5HROA 1X9MA 3AVFA 4RW6A 4O44A 2P1JA 3NF8A 1SUQA 3AO4A 3RMAA 4M3YA 1Q8IA 3DLGA 5HRSA 1IH7A 1QS4A 1WLJA 4Q5VA 1WSGA 4OKJA 1MU2A 3DI6A 4KPYA 4HUGA 3G0ZA 4N76A 3ZT3A 4BDYA 1WSHA 1BISA 1TKTA 2XY8A 4CGDA 3CFOA 4FLWA 1HQEA 2ETJA 3AO5A 3PO5A 3KKSA 3ZSVA 1QE1A 1EX4A 1RT3A 4CE9A 4CIFA 1HNVA 1S5JA 4FJ5A 3IAYA 4FJLA 3LWMA 1L3SA 3EY1A 4F3TA 4K8XA 3K2PA 1XWLA 3ZSRA 4CJWA 2OZSA 2E6LA 2G8VA 1SL1A 1RDAA 2YNHA 4PA1A 1FK9A 1F21A 1Y97A 5CYQA 1X9SA 3B6PA 1FKOA 4RW4A 3AVIA 3EYZA 1TKZA 1VSKA 4HUFA 5DK5A 3SV3A 1WAJA 5I42A 3DLEA 4WE1A 3NH1A 4O0IA 4E0DA 3VQ4A 4E7LA 1LWEA 1JLCA 1VK0A 3K5LA 1TKDA 3NGIA 1VSDA 1LAVA 4ICLA 3HXMA 2P5GA 1HNIA 3DMJA 1I39A 2YHAA 3ZT0A 1KVAA 2X78A 4B9UA 3AA5X 4I7FA 4N47A 1LW2A 4IG3A 3OYIA 3QERA 3AO3A 4FLYA 2YNFA 4ELUA 1DTTA 1R0AA 4HVJA 3KLFA 5J2PA 3P83D 3M8PA 4OVLA 5HBMA 2F8TA 2VWKA 5J1EA 3RR7A 1VSFA 2A1RA 2G8FA 3VQ5A 2ITGA 1S9EA 4CF9A 1JLBA 4CFDA 4DLEA 3V4IA 2OA8A 2IS3A 1JL2A 3AA3A 3MEEA 4M3RA 4M3ZA 1GOCA 1ZBFA 4H8KA 1U48A 3ZT4A 1L3TA 1NKBA 4BDPA 3KK3A 3V9UA 1XI1A 3SQ4A 3HO1A 4E7KA 4CEAA 1TAQA 4NYNA 1IKVA 4DTJA 3V81A 1NKEA 1ZBUA 1YVUA 3QEXA 3NE6A 1EKEA 1UAXA 4W5RA 4E7HA 4KTZA 4CFCA 4W5OA 2QXFA 3VQQA 1L3UA 2A1SA 2KTQA 5KI6A 1RT4A 3ZSXA 1UA1A 4CJKA 3K5NA 1KVCA 1NK7A 3AV9A 1HYVA 1RCHA 2D0BA 1KLNA 4Z4IA 2ZQBA 1VSHA 4CGJA 2YV0X 4FLZA 2B5JA 3K57A 3UIQA 4DFMA 2RF2A 3ZCMA 3DOLA 3IRXA 4AHVA 1IG9A 2D5RA 1RT5A 2PYJA 3D0PA 3RRGA 4I9QA 1RBVA 4H4MA 1NOZA 4ID5A 4MQ3A 1B9FA 4LH4A 3PX4A 1VRTA 4FVMA 4OKKA 3K59A 4CJTA 2OPQA 4IDKA 3VQCA 3KK1A 4NCBA 1ASWA 1J5OA 4DQPA 4B8AB 2IOCA 2JGUA 2OPRA 5CZ2A 3SQ0A 2PZSA 2Y1JA 4CJRA 3TANA 3OYFA 4J2DA 2HHQA 3CFRA 1B92A 4RW7A 1U4BA 5J2NA 3NAEA 5J2QA 2OYQA 3V6DA 1D9FA 4FM2A 3TARA 3NF6A 1J53A 1JKHA 1S6PA 1C0TA 3HVTA 4FYDA 1A5VA 3M8RA 4CIEA 4K8ZA 3OY9A 4FW2A 4CEBA 4PQUA 3OYCA 4Z0UA 4DS4A 1REVA 5C42A 1NJXA 3V1RA 4OPKA 2PYLA 2F8SA 3NF9A 2E4LA 3KTQA 1VSEA 3MECA 4CHZA 5SZTA 2ATQA 2R7YA 1KSPA 1RT7A 1WN7A 3CFPA 3KLGA 2HHSA 2Q3SA 1RNHA 3CM6A 4CEQA 3AVNA 4KHWA 4CFAA 1IKYA 3L2QA 3SNNA 4FJMA 2EHGA 4F4KA 4FK0A 4JRPA 2ZE2A 3AVAA 3AVBA 4LY7A 3F9KA 4FJNA 1GOBA 4ID1A 4DSKA 1TK5A 4I2QA 2Y1IA 4CEFA 2HB5A 4KI6A 1TVRA 3F73A 4KREA 3OYHA 3C6TA 2RN2A 3U3GA 2KFZA 1KCFA 3NGYA 4CJPA 3G10A 3OYKA 1BI4A 4KO0A 1KVBA 4AHRA 4CGFA 3LP1A 3V9SA 3A2FA 3SYZA 2HHUA 1LWCA 2BGGA 1QTMA 1XHXA 4KTQA 2XRIA 4LSNA 4DFPA 3VQPA 3PV8A 3MEDA 1JLGA 2Z1JA 1HMVA 4CHYA 2DY4A 3ASMA 3TAPA 1SL2A 1KTQA 3HPHA 4BWMA 3VQDA 3V9ZA 3RMDA 1VRUA 1U04A 3AO1A 4IFVA 1C1BA 1EETA 2HW3A 1BCMA 5DMRA 4AILC 5HP1A 3PY8A 1C0UA 4FLVA 3V1QA 2HVHA 3AA2A 4OGCA 3O4QA 4KAZA 1A5WA 4I9LA 1HJRA 4CEOA 3HK2A 3SI6A 1WSEA 3TR8A 3KKRA 4F3OA 3T3FA 3VQBA 2XY5A 1RT2A 1QSYA 3AVKA 4AHSA 1VSMA 2FBXA 3D45A 3KLIA 4CEZA 3HT3A 3SQ1A 4B9NA 4FJGA 1UOCA 2B4JA 4C8LA 3I0RA 5CY4A 5CYMA 3NF7A 4N56A 4JS4A 2Z1GA 3LPTA 1QSSA 1C0MA 4FJ8A 1G15A 3SV4A 4OLAA 1S1WA 2RKIA 4GVMA 5JS2A 4JRQA 1RBRA 1JLAA 4FJIA 1D9DA 1S1XA 4KB1A 3RRHA 3ULDA 2Z1IA 4FLTA 3DYAA 3TAFA 2X6NA 1SL0A 1KFSA 3S3MA 3ISNC 4CJ4A 4W5NA 1QSLA 2JLEA 5CZ1A 4DTNA 3HPOA 5J2MA 4HCCA 3O4NA 3ZSYA 4CJVA 1U45A 4CJUA 2ZD1A 1ZBHA 4MFBA 4CF8A 3CQ8A 2D0CA 5HRNA 4KTWA 4BE1A 5FRMA 4DG1A 1LAWA 4DTXA 3TAEA 1BQMA 1HYZA 1S1VA 2YNGA 4CJEA 4DF8A 4UQGA 4HTUA 1HRHA 3AVCA 4CHQA 4CF2A 2OPPA 3VN5A 4BACA 3JSMA 4B9SA 4E89A 4ZTJA 3TAGA 1GOAA 4F2SA 3O3GA 3QO9A 1KRPA 4RW9A 1D8YA 4BWJA 1ZBIA 3T1AA 5SWMA 2YNIA 3DRSA 4CK2A 4IG0A 1XC9A 4DFJA 1SKWA 4C8OA 1S9GA 1DLOA 3VA0A 4L8RB 2KFNA 3CG7A 3OYJA 1RTJA 4AHCA 2YHBA 4EP5A 4CGIA 5KRSA 2IC3A 2BDPA 3MXJA 1J9AA 1TL3A 3PX0A 3JYTA 4M42A 3KD5E 2P51A 3P1GA 3S3NA 3QNOA 1D5AA 1CLQA 3V9WA 4QAGA 1JL1A 1X9WA 2Z1HA 3OS0A 2AJQA 4FK4A 2FBYA 5HRRA 3ZSWA 4CK3A 1Q9XA 3LPUA 4PUOA 4C8KA 5FROA 1VSIA 3AVMA 3SPYA 1HYSA 4DSFA 1RT1A 3WNEA 4FJXA 3DOKA 1KLMA 4Y1DA 1T8EA 2DFHA 4KRFA 3RWUA 5E41A 1RILA 4FJJA 3HL8A 1BL3A 4E3SA 3LALA 3C95A 1WNSA 1NK4A 4DSIA 1JLEA 3LAKA 3C94A 3NGZA 4M41A 3KJVA 3HM9A 3HVRA 4ZHRA 1N5YA 1DTQA 2HHXA 4BDZA 2VWJA 3VQ7A 3OYDA 4Z4GA 4CEEA 1CZBA 3DRRA 1IKWA 1Z25A 3OYGA 4DTMA 4GW6A 4AHTA 4DTOA 1BI4B 1RBSA 3OJSA 3EZ5A 3TI0A 1LV5A 4KHUA 3KLEA 4NCGA 3K58A 4KHSA 3QIPA 3LAMA 1TV6A 4Z4CA 5HRPA 1YTUA 1YTAA 5C24A 4DF4A 4HHTA 3VA3A 4OKEA 3OYLA 1L5UA 4GMJB 3K5OA 3M8QA 4N5SA 4RW8A 3L2UA 3SZ2A 3DLBA 1NKCA 3HP9A 4FZXC 4DTRA 1SKRA 4PY5A 5K14A 4E7IA 2VG6A 1TK0A 5T7BA 4H4OA 4IFYA 3NHGA 2KQ2A 3NH2A 2WOMA 3O3FA 4J2AA 4KKOA 3L2WA 1TL1A 4LD0A 2QKBA 1T03A 3SUPA 3SPZA 2E6MA 1RTDA 1K6YA 1YT3A 1CXUA 4ELTA 3PX6A 4IBNA 1NK0A 1NK9A 4CIGA 4HUEA 1T7PA 4E19A 2X6SA 4R5PA 1FXXA 3OS1A 1ZYQA 3AO2A 3QESA 2FC0A 4OGEA 4CJQA 1S1TA 3TAQA 4O4GA 4KV8A 3SUOA 4B9LA 1WSJA 1JLFA 1ITGA 1B9DA 2YKNA 4CJ5A 3RTVA 1WAFA 5EU7A 3SUQA 1NK6A 3RMBA 1QQCA 3LP2A 4DU1A 4O0JA 4KB0A 1BCOA 2DFFA 2GV9A 3NCIA 3SUNA 3IS9A 3BGRA 4AHUA 2HHTA 5KGXA 4DQQA 3LP3A 4OJRA 4PWDA 2G8HA 3AVLA 2P5OA 4CF0A 4BE0A 1KFDA 1Z26A 1HPZA 4DLGA 2B6AA 3NBPA 4CERA 1VSJA 1C1AA 2XHBA 4JLHA 3CM5A 3RR8A 1HQUA 2LSNA 1RBUA 3ZSOA 4B3OA 5KRTA 4DQSA 1J54A 4CGHA 3VQEA 4E7JA 4CCHA 4DFKA 3HP6A 2VG5A 3OYAA 2XY7A 4EZ9A 4CECA 4NYFA 3NH0A 3OS2A 1NK5A 4E1MA 4DU4A 4EZ6A 4CEDA 4CHNA 2IGIA 3C6UA 4B9MA 3AVJA 4DQIA 4CK1A 2XO7A 3HJFA 4ELVA 2X74A 4J2BA 3B6OA 4DMNA 3I0SA 4KI4A 3NFAA 3KLHA 3BDPA 3L3UA 4DTSA 2PY5A 4E1NA 3L8BA 1RDDA 4EP4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZF5O 1TUUA 3RMCA 1I3AA 1W97L 2BANA 4YOXA 1Q18A 1WSFA 3LZJA 5C0YA 3CC4N 4DUZK 2UXDK 3DLKA 1UWBA 4WFNL 4CJSA 3E01A 2GUIA 1GLCG 3ZT2A 3ZETB 3AVHA 4FM1A 2ASMA 3VQ6A 2D0AA 2HHWA 1S6QA 4H5NA 5FDLA 3CCLN 2HVIA 5AQIA 5FPDA 3AAQA 5HLFA 3PO4A 4QS9A 2KZMA 2OCEA 1JXBA 4DTUA 3WNFA 4C8NA 3C7NB 3AGKA 4JI2K 1H1VA 3U8XA 1X1PA 4H0XB 4GV6A 1E4FT 4DWIA 4NO7A 4PKGA 5GINA 3ZSQA 4BRNA 2WONA 3MXMA 4M3XA 2QXLA 3LDNA 3P38A 4FXDA 3T7ZA 3QNNA 3CC7N 4M3UA 2DTUA 2HHHK 5LY3A 4JS5A 5C25A 3QLHA 1EWRA 1ASUA 1U49A 5F1XA 2VG7A 4B3SK 5KQDA 3L2RA 4HCBA 3VQ9A 4EHTA 3K0SA 3WNGA 1CXQA 3LZIA 4DSEA 4LFBK 2FBVA 4X64K 1LOTB 3KK2A 1IO2A 3CJ9A 5BRDA 3KWIA 4W5QA 2OZMA 5M1OA 4RG8A 4CESA 1RFQA 2IDOA 4N41A 3HPGA 3ITHA 1GLJO 2KZZA 4R79A 4BE2A 5AQSA 2JWLA 3AARA 4CJ3A 2E8AA 3D2FA 3CYMA 4GKJK 4DR6K 1XHZA 1SAZA 4JKGA 2P1JA 3DJCA 1SUQA 3AO4A 3MK6A 1Q8IA 5HRSA 5AQGA 1WSGA 5GAEP 4KPYA 3DXMB 1WSHA 1TKTA 3QICA 1E4GT 2YJEA 3H1QA 2ETJA 2NRZA 5BN8A 5AQZA 4HWIA 4FWNA 1HNVA 1VQMN 2UUCK 1L3SA 4FJLA 3C6AA 5B8HA 3ZSRA 2E6LA 2G8VA 2CGLA 1X9SA 1E3MA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3HOS A;  2OA8 A;  1JLB A;  3V4I A;  1MA9 B;  3W3D A;  1NGJ A;  1GOC A;  3ZT4 A;  3V9U A;  4BRE A;  3HO1 A;  5AQY A;  4NYN A;  5AQN A;  4BRM A;  1YVU A;  3F2K A;  3CJA A;  3QEX A;  3TSP A;  4LF4 K;  4MO5 A;  4E7H A;  4CBU A;  5HL7 L;  2KTQ A;  3ZSX A;  2RHK A;  4CJK A;  1NK7 A;  4Z4I A;  1RCH A;  2ZQB A;  3CCQ N;  2YV0 X;  1X3N A;  3SMS A;  3IRX A;  1N33 K;  3EE8 A;  4AHV A;  3QFU A;  2D5R A;  4I9Q A;  2FSN A;  4H4M A;  4LH4 A;  5JVH L;  2A5X A;  4IEE A;  2Q31 A;  4CJT A;  3VQC A;  3CJC A;  1ASW A;  4DQP A;  3SQ0 A;  1Q86 O;  4J2D A;  1YUW A;  1HJO A;  5J2Q A;  1S6P A;  4FYD A;  5AQR A;  1A5V A;  3M8R A;  3OY9 A;  4OO1 J;  3ZEU A;  4Z0U A;  4JAX A;  3D2F B;  1NJX A;  2UXC K;  4BRP A;  2YCH A;  3J80 O;  1VSE A;  2ATQ A;  2R7Y A;  4JKG B;  5AQM A;  3O4W A;  4MDB A;  5AQU A;  3UB5 A;  2Q3S A;  3CM6 A;  3H45 C;  1X9J A;  4F4K A;  1EO1 A;  4DUY K;  1U6Z A;  3QBX A;  5BR9 A;  3F9K A;  1GOB A;  1TVR A;  3P4I A;  4KRE A;  3OYH A;  4U7B A;  3U3G A;  3OTO K;  2KFZ A;  3NGY A;  1K8A O;  4CGF A;  3SYZ A;  2BGG A;  2A40 A;  1IJJ A;  1XHX A;  2XRI A;  1XMQ K;  4IOC L;  3VQP A;  3PV8 A;  2UXB K;  1VQL N;  4X65 K;  2DY4 A;  2IIR A;  3TAP A;  2QWL A;  1KTQ A;  3HPH A;  4BWM A;  1VRU A;  1U04 A;  3H1V X;  2HW3 A;  3CET A;  5AFU H;  5DMR A;  2QM1 A;  3V1Q A;  4OGC A;  3AVK A;  4BR0 A;  3KLI A;  4CEZ A;  3OBW A;  1UOC A;  4C8L A;  5CY4 A;  5CYM A;  4A59 A;  2QWO A;  4X66 K;  1QSS A;  4OLA A;  1S1W A;  2A3Z A;  4OX9 K;  2X6N A;  5JIC A;  1SL0 A;  3S3M A;  1KFS A;  3ISN C;  3BZK A;  4W5N A;  4DTN A;  4WQ4 C;  3O4N A;  1U45 A;  2E1Z A;  4H0T B;  1VHX A;  1S1V A;  4DF8 A;  4UQG A;  3R9P A;  2OPP A;  5F0X A;  4C1N K;  1BA1 A;  4B9S A;  3L4I A;  4E89 A;  4F2S A;  3O3G A;  3THX A;  1S3X A;  2E2P A;  4IG0 A;  1XNR K;  4AF1 A;  4DFJ A;  3FZF A;  1SKW A;  4C8O A;  4AHC A;  3RVC A;  4CGI A;  1T6D A;  2GEL A;  3AAP A;  1TYQ B;  1D5A A;  2Z1H A;  2AJQ A;  3VER A;  1EQY A;  2QWR A;  1U2V B;  4O8U A;  4FJX A;  3RWU A;  3E66 A;  3EZW A;  1RIL A;  3G25 A;  1NK4 A;  4BRA A;  3KJV A;  4ZHR A;  1DTQ A;  3O9Q A;  2VWJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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