4P7RA

Structure of escherichia coli pgab c-terminal domain in complex with a poly-beta-1,6-n-acetyl-d-glucosamine (pnag) hexamer
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
359
structure length
359
Chain Sequence
EKSPQRIMHIDLDYVYDENLQQMDRNIDVLIQRVKDMQISTVYLQAFADPDGDGLVKEVWFPNRLLPMKADIFSRVAWQLRTRSGVNIYAWMPVLSWDLDPTLTRVKYLPTGEKKAQIHPEQYHRLSPFDDRVRAQVGMLYEDLAGHAAFDGILFHDDALLSDYEDASAPAITAYQQAGFSGSLSEIRQNPEQFKQWARFKSRALTDFTLELSARVKAIRGPHIKTARNIFALPVIQPESEAWFAQNYADFLKSYDWTAIMAMPYLEGVAEKSADQWLIQLTNQIKNIPQAKDKSILELQAQNWQKNGQHQAISSQQLAHWMSLLQLNGVKNYGYYPDNFLHNQPEIDLIRPEFSTAWY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase
publication title Modification and periplasmic translocation of the biofilm exopolysaccharide poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 139
structure length 359
sequence length 359
ec nomenclature ec 3.5.1.-:
pdb deposition date 2014-03-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF14883 GHL13 Hypothetical glycosyl hydrolase family 13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4p7rA00
2DSKA 3NSXA 4TUFA 5CXPA 1H2JA 5HBFA 3TTYA 2E9MA 2WZEA 3K8MA 4HOXA 1PJ9A 3GZAA 1CLVA 2VZVA 1JAEA 3F5JA 4DWSA 4DUXA 1V0MA 3PHAA 1J18A 3M6DA 1UKOA 4TVDA 4OBSA 4GKLA 4M82A 2FH6A 1H49A 3ECQA 4AD4A 1JDCA 2W66A 3WSUA 2W62A 3T0DA 3UEQA 5C8BB 3I3EA 4U3AA 5A1AA 2VCCA 2UY4A 1VJSA 3AZSA 5HNNA 3ZJ8A 5ECUA 1BF2A 1E5JA 3SUSA 5A6AA 1TVPA 2VO5A 4J3WA 1HKMA 1WZMA 3NIYA 1PBGA 2EPMX 4ATDA 1AVAA 5ABFA 1D7FA 1VBRA 4TTGA 3WF4A 2WMJA 2D23A 3A4WA 1MWOA 4W8LA 4XZWA 4BQ2A 5I23A 3WUBA 1BPLB 1GVYA 3B8SA 3SEPA 3AFBA 4U33A 3VX0A 4CU7A 5ABEA 3D5HA 4MADA 3VD7A 2DH2A 1XRVA 1V3IA 3AIWA 1HKKA 2WBKA 3APGA 2WLZA 3NUKA 1QOXA 1HP4A 3NYDA 1O6IA 4DWSB 3TP4A 3WQ8A 4AZ7A 3RILA 3WQ5A 5A6LA 1BG9A 1E6PA 4AZHA 2XVGA 3N17A 5M03A 4WJXA 2ZX5A 3FAXA 3WNNA 1JZ2A 2D22A 2J8FA 1BTCA 5BROA 4OOUA 1JIBA 3GNOA 5CJ5A 1OD0A 3AJ7A 4Z2GA 4EKJA 1Q6GA 2V38A 2ZIDA 2XG9A 5DT7A 2YBUA 3PZUA 4UR9A 1WB0A 1AQHA 4UQBA 5CLWA 2VX6A 1GQKA 1QW9A 2VQUA 3SURA 4AYSA 1BYDA 1GUVA 6A3HA 5E6ZA 2WMIB 3GBDA 2BHYA 2YA2A 2CBUA 5A2CA 1Q6CA 3GXIA 1ZB5A 4S3KA 4PMQA 4AXNA 5ABFB 3VD5A 2AAAA 1TUXA 1WKYA 1BQCA 3ARVA 1E55A 2FHCA 3THCA 3S2CA 5A6BD 3UR8A 1V02E 2F61A 1Z32X 1XH0A 4E8CA 2PBOA 1L0PA 5BXSA 1IT0A 1RPKA 4JL1A 4AW7A 3BAIA 3N11A 2F8QA 3WD2A 1XSJA 4N0RA 2OLHA 5I77A 3ARSA 1R7OA 3PN8A 2X2YA 1Q4NX 3VDHA 4CCCA 1E6NA 4YPJA 3EYPA 1TVNA 2UY5A 1LJYA 1HIZA 2G3JA 3WEZA 4JFWA 1W9UA 4M24A 4GQRA 2RGLA 2GJPA 3WFZA 5IXEA 2E8YA 3CTTA 2WNWA 2ZXQA 1QNOA 5IHSA 1W3KA 2RGMA 4B9YA 1XV8A 4RE2A 3VVGA 4JFSA 3BAJA 3GDBA 2WC7A 1F4HA 1G0CA 4PMVA 4UOQA 4XV0A 1E3XA 3B9AA 2C7FA 3WN6A 1E15A 4BCEA 3POCA 2XSBA 3CUHA 1IV8A 4ZXLA 1GQJA 4M81A 4W89A 3CHEA 4QDMA 2EBNA 3VD3A 4H8VA 2FDMA 3M07A 2X1IA 1ZBCA 2ZUTA 1EDGA 3VIJA 1JL8A 8A3HA 2Z1KA 1J0JA 5C70A 1K9FA 2ZUWA 3MO4A 5ABGA 5I2UA 2E9BA 2UY3A 3KL5A 1LG2A 1E4IA 1JZ8A 1US3A 1XH1A 1V02A 2WMFA 3K4DA 1A47A 2VCAA 3THDA 4AEFA 4IPNB 5CSYA 4KGJA 2IUZA 3RM8A 1MW0A 4GI6A 3BC9A 4D6EA 3B9EA 3U5UA 2W92A 4AEEA 2YA1A 3VTRA 3EDFA 1VB9A 4J7RA 2J7HA 2A3CA 1N82A 2VX5A 1FHDA 4C7DA 3MUIA 3WDIA 3WNPA 1CLXA 3WNKA 2JEQA 3BSHA 3QHOA 1E70M 4ATLA 2E0PA 1OIMA 4D6IA 4MNLA 2XYLA 4A4AA 4U2YA 3RDKA 3VIIA 2O92A 3UERA 4LGXA 3BLKA 3WMSA 1UWQA 5A8QA 3A4AA 1UD6A 4OKDA 2D24A 1MQPA 2IXVA 1H0IA 4P8XA 4RE3A 3G6MA 4D1IA 1CXEA 3AYRA 2CITA 3MMDA 1C91A 3SCPA 2CESA 2WSPA 5A2AA 4W88A 4M80A 2JIWA 4M8UA 2Y24A 4HPGA 3PZVA 5F7UA 3WL1A 1XD0A 1E6RA 1K6AA 1VFFA 5JBEA 1E1FA 2YL6A 3AHTA 2QMKA 3O6AA 4PMRA 1NQ6A 1B2YA 1UZ1A 4R27A 2XUCA 3IAPA 4U31A 1KBBA 3LPGA 2YA0A 4W93A 1V0KA 2D3NA 4P7LA 1UR0A 4WK9A 1MFVA 2ZXAA 4WKAA 3AMCA 3MUZ1 3AMDA 5D9OA 1VAHA 2YL5A 2GK1B 3L4UA 3OG2A 2VR5A 1VFMA 3CUIA 1BHGA 4P7RA 4HZ8A 1CXKA 5I6SA 3F5LA 1V6VA 1G01A 1G9HA 4AZ5A 1K9EA 3W38A 4GO9A 1WO2A 1JAKA 1KQYA 1HL9A 4AZGA 4IPLA 3AS1A 4P8VA 1HX0A 4QAWA 1DTUA 2WB5A 1UKPA 4PTVA 4FLRA 4NF7A 1QBAA 4MDOA 3GXDA 1QI2A 3WBEA 2E40A 4HMEA 1NP0A 2NT0A 1IZKA 2ZUUA 3L4VA 2VNCA 4RL3A 1QI3A 1DWFM 3PBGA 5D8WA 1C3FA 2BY1A 4ATWA 1E6SM 1HT6A 2XM1A 1GQIA 1EHNA 1J12A 2GJRA 4PCSA 4XUYA 2WAGA 1VRXA 3PTMA 5CLTA 1QBBA 1LQ0A 1CXFA 3N15A 5IFTA 4QP0A 4NSBA 2TAAA 5I0DA 4UQCA 2ZX8A 3OB8A 1CZ1A 6CGTA 2XWDA 3CZEA 3DYOA 3WD1A 3ARRA 3GNRA 4NI3A 4B16A 4D72A 2E9LA 3ARQA 1UKTA 1VEOA 1GPFA 2FGLA 2PWHA 4PMOA 2WZIA 3L4TA 1UR8A 3SUUA 2DQXA 2JF7A 2Y8KA 4AD2A 3WL0A 5GNZA 1X6NA 5GNXA 5JIPA 2J79A 3N04A 2EO7A 3IJ7A 2BVTA 1FA2A 1UA3A 2V5CA 2VZOA 3SCNA 4FF5A 4WKHA 1R8LA 2WKGA 3L4WA 4CD6A 2DT3A 1PIGA 1MXDA 3FY1A 2DSWA 4TX8A 1V03A 1NOUA 4Q22A 3W24A 2J7GA 1I1XA 1XGZA 5CZKA 2BHZA 2O9PA 2CBIA 2PC8A 4LQ1A 2G8ZA 3OLEA 4QCEA 5EBAA 1HJXA 4XZBA 2XVKA 2A3AA 1WZAA 3WKZA 2CCRA 1KBKA 1TA3A 4JFTA 4EK7A 4PRWA 2DIEA 4F79A 2J62A 2VR4A 3UR7A 1WNOA 3AIEA 4C7GA 4YHGA 5I5RA 1UD5A 3CZGA 3O9NA 3IJ9A 3AROA 2EPOA 4KMQA 1JFHA 2V3GA 1PZ3A 3OGVA 3VILA 2V5DA 4E2OA 1PZ2A 3CZJA 4ZEPA 3VX1A 1OT2A 2XVPA 4AMCA 3VIGA 2EPKX 4JKMA 3FXYA 3DC0A 4DWSC 3RMEA 4D71A 5GQBA 1JZ3A 1MW1A 3N12A 1V3JA 3NDZA 4ZENA 2J75A 3WMCA 5KZ6A 2Y4SA 4MAZA 1V08A 3OIHA 1LLOA 1VENA 3CZLA 3M7SA 2FGZA 2PB1A 1HJQA 1GNXA 4GI9A 3T08A 3DECA 1HP5A 4C7FA 3T2PA 4PEEA 3T2OA 1C8XA 2UWFA 3RJYA 1CGVA 3BGAA 5D9PA 4PTMA 4AIOA 1NWTA 1E72M 1RH9A 5EFDA 4BF7A 3ZSTA 4MPKA 1CPUA 5A6MA 2Y8VA 1UWIA 2G3MA 3WNMA 4J3UA 1TZ7A 3CHCA 5A2BA 2YL9A 3AS3A 2DDXA 2JEPA 4MDPA 1JYXA 1QNPA 1H4PA 3AHVA 1NOFA 1WZLA 3KL0A 3TONA 1EHAA 3UESA 2WWDA 2A3HA 3LPOA 3BCDA 3VIHA 5AYBA 1GORA 4ACYA 3ARXA 1ZJAA 3AS0A 3CZKA 5EB8A 2CEQA 3VMPA 1F4AA 4HU8A 1TMQA 1G94A 2G41A 3U7BA 1UQYA 3W0KA 3EMQA 3AI0A 1DWHM 1EOMA 1CXIA 2VVNA 2XFRA 1EDQA 2BXYA 3QR3A 5BCAA 1GCYA 4AD3A 3VIOA 3SCRA 1V6WA 4H8UA 1W1PA 4DM2A 4EAMA 4PMZA 2VX7A 3GNPA 2WMIA 4ACZB 5HPOA 3WUEA 4D1JA 4ZE4A 2YDSA 3ALGA 4PUDA 3ZMRA 1E56A 4D6HA 4JKKA 3BAKA 5I3DA 1HXJA 1FFQA 1BVZA 1JZ7A 4X0VA 1KR0A 1UKQA 1R7AA 1GOOA 3VMNA 2VRKA 2EQDA 5FL0A 3LPFA 5BXRA 1LL6A 4UFIA 2GDUA 3WDHA 1BGAA 4L4OA 3NDYA 4Z2KA 4MJ2A 5A8PA 3POHA 3KZSA 4H8HA 4M29A 1UWRA 3VINA 1DWJM 1GHSA 1LF1A 2WCSA 1SFSA 1GOQA 3AXIA 4UFHA 5HDRA 3D3AA 1OT1A 3OZOA 3NSNA 4W7UA 1E6ZA 4CD4A 3VIPA 1GHRA 4YHEA 5IFPA 2NT1A 1YQ2A 3A4XA 1DHKA 1UWSA 2XPKA 3B9DA 1VF8A 1ZL1A 3SCVA 2CBJA 4WIWA 4NZCA 2ZXDA 4W8AA 3GBEA 4UQ9A 3I3DA 4JHZA 1C90A 1W3HA 3FAWA 4PMNA 5AYIA 1BYCA 5JUVA 1LL7A 1EGZA 3WQVA 1CGYA 1GOIA 2BNJA 2X05A 2WCAA 1TG7A 2J7CA 3W4RA 5CGTA 3W82A 1PX8A 2XTKA 4HTYA 4AZIA 1WDPA 1BYAA 1C93A 4W7WA 4JKLA 1FHLA 1EO7A 1OM0A 2VUYA 4W8BA 2GJXB 4PCTA 1ITCA 1JG9A 3WUGA 1BG4A 2FHFA 3PZNA 1UWUA 1DWAM 1UOKA 3QOKA 3TTSA 3GM8A 1QHOA 1ZBVA 2VURA 2JF6A 1CGTA 2B31A 2FH8A 1LWJA 4QCFA 4D6DA 5BRQA 2PWGA 2G3NA 4GO8A 4U2ZA 3AYSA 1O7AA 2BY0A 1TE1A 2Q8XA 1BGGA 2ZWZA 1UD8A 4M1RA 4FMVA 1H09A 4QLKA 3N13A 3TA9A 1JDAA 5M3WA 2VZTA 3MMUA 1R85A 1PAMA 4J3SA 1QI0A 3WQ6A 1MYRA 2AMGA 1OIFA 1CEOA 3WNLA 4AIUA 5FOOA 1UA7A 3ARYA 4A3YA 1KCLA 5CPTA 3UETA 3WH7A 1RP9A 1KGWA 2YDQA 3ARTA 2CBVA 3RM4A 1E43A 4X0NA 5I79A 3ZT5A 5CSUA 3FW6A 2PWDA 3SCOA 3W81A 3K46A 1GJWA 1HKIA 4HP5A 4IUGA 4F9JA 3PZOA 3AMKA 1W1YA 1QNQA 1VFUA 3SCUA 1AQ0A 4QFUA 4CD5A 1ZBKA 3EBVA 4J27A 3BAXA 4LYQA 3WF2A 1BLIA 3VDAA 1V3LA 2Y5EA 3CHDA 2ZUNA 1V6XA 2W5FA 3ARWA 4UZUA 1J0ZA 1B3XA 3SCTA 1WDSA 3OLGA 1WP6A 2GK1A 2Y2WA 4HPHA 2A3EA 4UOZA 2DIJA 4V2XA 3AS2A 2ZE0A 1NWRA 1WE5A 1QNSA 1UH3A 3MUAA 4D6GA 2G4FA 2XHYA 4OIFA 1WPCA 3CMJA 4RE4A 2D2OA 3GH4A 4X9YA 1DWGM 2VI0A 1E71M 2DSVA 3ARZA 1UR4A 3TTOA 1HJVA 5TD4A 5D9MA 5M5DA 1ZJBA 3AICA 4BA0A 4U5KA 5C71A 2OYLA 3II1A 4CVUA 3MSDA 4XX6A 2D0HA 3WFLA 1L8NA 1ZBWA 4XB3A 4HOZA 3WEOA 4GZJA 2QPUA 1EO5A 1G5AA 1EQCA 3FHQA 3VGDA 1OSEA 4JIEA 4PTXA 2BHUA 4P8WA 4OBRA 1CNVA 2X09A 3DHPA 2WHMA 4K68A 1ZS2A 1E73M 2J74A 4P7QA 1CWYA 4TOQA 5A8NA 4NRSA 5A6SA 3VUPA 1E4NA 4UQEA 4F66A 2VRQA 1J9YA 4UZSA 3OLIA 4PSPA 4W86A 4FLQA 3G6LA 1CXLA 4AZCA 2DSUA 2W91A 4PBGA 2YLLA 2O9OA 3K8KA 2GSJA 3CUGA 5HOSA 5EFFA 2WPGA 4HOWA 2GDVA 3TOPA 3UG5A 1S46A 3KWXA 4V28A 1V6UA 3A47A 4AC1X 1NM9A 4F8XA 5FL1A 3DHUA 2WXDM 1ISZA 2OWWA 3VM5A 3ZSSA 2QV4A 4R5EA 7CGTA 2WLYA 3WMBA 2BV9A 1B31A 3SCWA 3AZRA 4FLSA 4F9DA 3AHXA 1AMYA 4W5ZA 4TVUA 1JD9A 4Y7EA 3EDEA 4OJYA 1BVNP 1E4MM 2J47A 1JXJA 5CG0A 2VCBA 1B0IA 2AOSA 3VGBA 5BYWA 1B30A 2VJXA 1FFRA 1NP2A 1VIWA 2XVNA 1GVIA 2XFYA 4KWUA 2BY2A 1UZ4A 2W67A 1M53A 3ZJKA 1KGUA 2FHBA 2OWXA 4CGTA 2DGAA 2DEPA 3WH6A 3HMCA 1H11A 1VEPA 4AZCB 3WENA 1MQRA 4AD1A 1XSKA 2ZUVA 2OWCA 1HF6A 2QLYA 2OYMA 2VQTA 4MB3A 4AY1A 4N42A 5E6YA 4PTWA 3UG3A 1ISWA 2W4XA 3N18A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2DSK A;  3NSX A;  4TUF A;  5CXP A;  1H2J A;  5HBF A;  3TTY A;  2E9M A;  2WZE A;  3K8M A;  4HOX A;  1PJ9 A;  3GZA A;  1CLV A;  2VZV A;  1JAE A;  3F5J A;  4DWS A;  4DUX A;  1V0M A;  3PHA A;  1J18 A;  3M6D A;  1UKO A;  4TVD A;  4OBS A;  4GKL A;  4M82 A;  2FH6 A;  1H49 A;  3ECQ A;  4AD4 A;  1JDC A;  2W66 A;  3WSU A;  2W62 A;  3T0D A;  3UEQ A;  5C8B B;  3I3E A;  4U3A A;  5A1A A;  2VCC A;  2UY4 A;  1VJS A;  3AZS A;  5HNN A;  3ZJ8 A;  5ECU A;  1BF2 A;  1E5J A;  3SUS A;  5A6A A;  1TVP A;  2VO5 A;  4J3W A;  1HKM A;  1WZM A;  3NIY A;  1PBG A;  2EPM X;  4ATD A;  1AVA A;  5ABF A;  1D7F A;  1VBR A;  4TTG A;  3WF4 A;  2WMJ A;  2D23 A;  3A4W A;  1MWO A;  4W8L A;  4XZW A;  4BQ2 A;  5I23 A;  3WUB A;  1BPL B;  1GVY A;  3B8S A;  3SEP A;  3AFB A;  4U33 A;  3VX0 A;  4CU7 A;  5ABE A;  3D5H A;  4MAD A;  3VD7 A;  2DH2 A;  1XRV A;  1V3I A;  3AIW A;  1HKK A;  2WBK A;  3APG A;  2WLZ A;  3NUK A;  1QOX A;  1HP4 A;  3NYD A;  1O6I A;  4DWS B;  3TP4 A;  3WQ8 A;  4AZ7 A;  3RIL A;  3WQ5 A;  5A6L A;  1BG9 A;  1E6P A;  4AZH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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