4PA8A

Crystal structure of a de novo retro-aldolase catalyzing asymmetric michael additions, with a covalently bound product analog
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
246
structure length
236
Chain Sequence
PRYLKGWLEDVVQLSLRRPSVHASRQRPIISLNERILEFNKRNITAIIAYYLRKRDPIEYAKYMERYAVGLSIKTEEKYFNGSYEMLRKIASSVSIPILMNDFIVKESQIDDAYNLGADTVLLIVNILTERELESLLEYARSYGMEPLILINDENDLDIALRIGARFIVIFSMNFGEINKENQRKLISMIPSNVVKVAHLDISERNEIEELRKLGVNAFLISSSLMRNPEKIKELI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords retro-aldolase
publication title A Promiscuous De Novo Retro-Aldolase Catalyzes Asymmetric Michael Additions via Schiff Base Intermediates.
pubmed doi rcsb
source organism Sulfolobus solfataricus
total genus 94
structure length 236
sequence length 246
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4pa8A00
4WXYA 1N7KA 3W1QA 4MUZA 3B05A 3W73A 1A53A 2J24A 2VEPA 2H90A 1OVDA 3QH2A 4M7TA 4KFOA 4M19A 4AMAA 1SW3A 3W84A 3C6CA 3M7WA 3N3MA 5BMWA 3ATZA 1DJNA 4TR9A 1SZNA 1G7UA 1XCFA 5I3IA 3H54A 3LTYA 3BARA 5J5RA 5G4WA 3TIMA 1M6JA 3LTSA 3UWUA 3HGSA 3UPWA 3NR0A 5GVJA 3QF0A 3S1VA 3PR2A 4K7YA 1O5XA 2Q8LA 1LOSA 3NQ8A 2NX9A 2FLIA 4QNEA 5DBTA 5AYXA 2ZZ1A 1DKWA 2X16A 5D37A 5K9CA 4JYFA 5U4NA 1IXPA 2E09A 3QQ0A 5FEXA 5I3HA 4O12A 3IIOA 3CPRA 4GNJA 5BOOA 3GXNA 3G1YA 2X1TA 5CPNA 2ZQ0A 1XC4A 5EL1A 1RV8A 3P5YA 3FJLA 1FBAA 3LX9A 3SW6A 1KV5A 1IIGA 2DZTA 3O06A 4I7UA 3W76A 1P5BA 1X1ZA 3LHTA 2VFHA 5FF0A 3UY8A 5HR7A 3NGJA 2ZTJA 3THAA 4WOZA 5HQEA 4HPXA 4DPPA 1P1XA 4K36A 3H53A 4CCCA 4UTKA 1OK4A 1LBMA 4LS1A 1X7FA 3E49A 2NX3A 3L0GA 4AWTA 4GRSA 3TJXA 2BZNA 5D33A 2OMAA 5C55A 3FIGA 2V82A 2ISWA 1Q6OA 3LM7A 3U6WA 1KBIA 1NAL1 3F4NA 2NXIA 4DXVA 2VEKA 3S9YA 4N2YA 3WK3A 3W7GA 3YPIA 1KW1A 3A9IA 1PCWA 3EWZA 2QJIA 1N8FA 1UUMA 3GZ3A 1XDLA 3C8FA 1TJPA 5K9XA 4K6AA 1TB3A 3QQ1A 4YLWA 4MVAA 1VR6A 1EB3A 2PCQA 3G8EA 4DO6A 4PODA 2HS6A 3WJXA 2NV2A 3PB0A 4PEKA 1L2UA 1GTHA 1A5CA 3BLEA 4DBEA 1WBHA 4JTJA 4UTWC 4HHPA 3NO5A 4POCA 4IXHA 3W23A 3A5FA 1ALDA 3IV3A 3UWZA 3SZ8A 4LWWA 3W1AA 3W7NA 1T8XA 1G4PA 3RFAA 1IGSA 3LRLA 3HPZA 4NXKA 4ORMA 3RLUA 3O6CA 4UMCA 2QCEA 3ELFA 1VS1A 2WSYA 1OF8A 2QEZA 4ZMGA 3C61A 4Z1CA 1GVQA 3CWNA 1H7WA 3RU6A 3U8GA 1RQHA 1FWRA 2Y6ZA 2FPVA 1Z42A 1X1OA 1PHWA 1TV5A 5AHFA 3GKFA 3P61A 3DHFA 4Y9AA 1KV8A 4WUIA 2ZA1A 3EXTA 4QM1A 4ZL1A 1E51A 1LDCA 3B06A 1ZENA 3W1TA 4E0CA 3TW6A 2YW4A 4AHOA 2QAFA 4O13A 1KBJA 2VENA 1OF6A 1XFBA 4MJMA 5D32A 1LM1A 1U83A 1XBVA 3G1VA 1X6UA 5KTLA 3IIZA 1OG0A 3INPA 4XTIA 2V8ZA 4EWND 3O07A 2C3ZA 2NLIA 3L5MA 2ZRWA 2HSAA 3DI1A 5LNWA 1G4EA 4XZ9A 3LCLA 1FCBA 4ZVJA 3FA5A 3W83A 3M1ZA 3IIXA 4TU1A 1H63A 4O54A 5HWNA 1TRIA 5HUPA 4E2BA 2ABBA 3QRHA 4ZQCA 5LHEA 5G2HA 3ATYA 1W8SA 3FLUA 3H55A 4IJBA 2I14A 3PUDA 1NF7A 3TC7A 4LS0A 4CQAA 2JKPA 4O50A 3LRKA 1WBJA 4ONVA 3R13A 1W5QA 4DPQA 1W3TA 2A6NA 4RLIA 3T40A 1ICPA 4OT7A 1EWDA 3OVRA 4JS3A 3S5ZA 1MEHA 1BWKA 1K8XA 1MEIA 1PHQA 4JYDA 4NJJA 1T96A 5BRBA 2AGKA 3S0CA 1VQTA 4S1FA 1F2JA 1LLWA 1Q45A 3GK0A 3ZFHA 3NQCA 5AYYA 3W7IA 1RVGA 2V2HA 4O16A 2P1FA 1GVFA 4Y6GA 3W7HA 1QAPA 5K7JA 1ADOA 3M5YA 5D2TA 4Z0JA 4DELA 1KTNA 1I2QA 2GOUA 1MXSA 1LRTA 4Z0SA 3O8AA 1ME9A 3W22A 1R47A 3W2KA 2G5WA 2ZZ6A 4LUJA 5ABTA 1OK6A 5AOUA 3MJYA 2WSQA 3W7JA 4LTSA 2AAMA 1TSIA 1GWJA 3ABQA 1ZAJA 1ZFJA 4YXGA 2XFWA 3EWBX 3PC0A 3QEZA 3MW7A 4RV8A 4JTLA 3WK0A 3GDMA 5LKYA 4NQ1A 1K02A 3LBCA 5D02A 2E1DA 1VJIA 4BWLA 4DQWA 4OV9A 4AWSA 3NL2A 5HUOA 4WQ6A 4JTUA 4GFSA 4D2JA 2W6RA 5F2IA 2J9ZA 4M6VA 2QCMA 4S2BA 4JGDA 4LUIA 4DO4A 2X1RA 2JGQA 3LOTA 3S42A 5FF7A 2YYTA 3MBDA 4Q33A 4ALDA 4PC8A 2YW3A 1YDOA 3HJZA 5CZSA 3I7SA 4HKPA 2PURA 7TIMA 3GR7A 2A7PA 3VE9A 2E5CA 3ZWTA 4CNOA 3PUOA 1O60A 3O15A 5D04C 3MBFA 4UIOA 3EEGA 5F2MA 3WK2A 3KVKA 2Z2UA 5DLCA 3UD6A 5TIMA 4QIUA 1DVJA 1QO2A 3FFSA 4LU0A 3GIYA 2ZRZA 3NAVA 4RZ6A 2A7RA 3L2IA 4K37A 3DGRA 3VFLA 3B0PA 4K38A 2VOMA 2V2CA 3CEUA 4NU7A 1I45A 3P74A 4NJKA 4CNNA 4IX2A 1WOBA 3G0SA 1KFCA 2A6LA 5LGXA 4UTWA 2NUXA 1JCXA 1TREA 3PF3A 2H6RA 1TTJA 2V0TA 3TV8A 1FUYA 4TX9A 3KVLA 3VKJA 1JUEA 3IVTA 1OFDA 2B0MA 2YGYA 2QJHA 4LC8A 3V1PA 1LROA 3B4UA 1VRDA 4XWUA 1YPFA 3W1NA 3BO9A 3G22A 3C52A 2RHGA 3EX4A 3GXPA 5KZDA 3FEMA 5L6UA 1J5TA 1KM1A 1R2RA 4QQ3A 4GJ1A 3P67A 1AL8A 2OT1A 4H3DA 3VI2A 3HF3A 2YSWA 3LHWA 3KAOA 3DFOA 1NEYA 3PB2A 5E1QA 3L68A 1JJKA 1QPRA 3SSJA 4UNLA 4NNAA 2EGZA 1PL9A 1I8JA 4CLMA 4RXFA 1KM6A 1AW5A 4NT0A 5KZMA 1K03A 4NNBA 4AF0A 1SO6A 3R12A 3V75A 1TQJA 3GYEA 3TFCA 1RR2A 3GDRA 2QAPA 5F4SA 2PC4A 1TPDA 1YLVA 1X8FA 3CU2A 5CZTA 1UASA 1TPB1 3LCFA 4RX0A 2FQIA 2WNQA 1TPH1 2C13A 3I65A 3ZWSA 4FNUA 4WOQA 2GVLA 2JBMA 1RD5A 3QMRA 5A5WA 3DH7A 1KFKA 3M41A 3KRSA 4O53A 3L9CA 2A1YA 1JULA 4LRSA 3SECA 4WXZA 2ISSA 4NJHA 3BLFA 4Q4KA 2PE4A 3NQ7A 4O1DA 3BG3A 4MYAA 1I4NA 4WY0B 3LCWA 3TKFA 3EWUA 3EWXA 1OHLA 4A3UA 1SFLA 3QW4B 4RCXA 3UZ5A 1W5PA 3QMTA 1SSDA 1K7EA 4LS2A 4N6EA 4H6KA 3A21A 4FB7A 3MWAA 3N2MA 4QSHA 1H60A 2CLKA 2C0AA 4PFMA 2FDSA 3GKAA 3W86A 3P5ZA 5LSMA 4B5NA 3UPBA 2E5BA 3UWQA 3LXAA 2XN1A 2GQ8A 1DQXA 1V7YA 4ZQNA 3TJLA 1QOPA 3OHIA 4GXMA 4GUHA 3QFEA 3G3DA 2QCDB 3N9SA 3HIJA 4IMGA 4IMFA 3QM3A 4LVBA 4MZ1A 1VYSX 4FIRA 4IWWA 3CWOX 2VFDA 5HWJA 1KFEA 4YWIA 1QCWA 5I3KA 2OX1A 5LNSA 3W7RA 1I2OA 4Q32A 3STCA 2ZRYA 4GUIA 3O16A 2EAWA 1GYLA 5D30A 3VCRA 1QMLA 3N9RA 5G2WA 2OZ0A 3G3MA 4JEQA 4A29A 2FB2A 3GVGA 3DENA 2DJLA 1SZEA 3M9YA 1OFAA 3E0IA 1H1YA 4KFPA 3BW4A 3KRUA 4UFJA 1KM5A 4O28A 4FIQA 1H51A 1GTEA 3FYPA 1FWWA 3NNTA 5G2IA 4K8EA 1TQXA 3W7DA 1KTCA 3FJ6A 5AN7A 1OJXA 3DFQA 4TIMA 5I3FA 4MFDA 1R30A 4JX5A 3NQGA 1IXOA 2DZPA 5C6MA 3NM3A 1G67A 8TIMA 4MFEA 1SU5A 4NX5A 1GVRA 4P61A 1HL2A 3W71A 2C14A 2TSYA 4O1BA 3T44A 3ABSA 1EP2A 1KM2A 1KM0A 4FXRA 3MO7A 5D05A 4OBTA 2ZZ5A 3NPVA 3L0KA 5D2XA 3U2OA 4GUGA 5EY5A 2GQ9A 2JGYA 1UB3A 2P0OA 1DJQA 3LXBA 4JY9A 4OHQA 3DAQA 3N73A 4IUOA 4YMZA 2VELA 3SR7A 1H7PA 3KFTA 3EKZA 3UXAA 1B3OA 3DZ1A 1MO0A 1TYGA 3G1FA 3MI2A 2X30A 3C0JA 3F03K 2E6FA 2R94A 3C4UA 1QPQA 1H1ZA 2V30A 1EUNA 1PVNA 3TC6A 2NUWA 2B7OA 1DQWA 3UQNA 3BPWA 3C56A 4DF1A 2CLIA 2BSLA 3D0CA 1EEPA 4O4VA 1K3UA 1BEUA 1JVNA 1FDYA 4BWLC 1M5WA 5C54A 4WX2A 3MYPA 2E6AA 1EP1A 1FXPA 3SJ3A 3SGUA 4JR5A 4YCOA 2WNZA 4IOTA 2ZZ2A 3G18A 3QW3A 4UTUA 2F84A 4MY1A 3G0UA 4O4WA 2HS8A 1OFPA 5DCDA 1RQBA 3W07A 3IVUA 4P2VA 2O7QA 2NX1A 2ZA3A 2CLHA 3L0NA 1F7BA 1AW1A 4ADSA 2TMDA 5FF4A 1TIMA 5CSSA 2YYUA 4JIPA 3CLMA 3S5OA 3QPZA 1O5KA 3TE9A 2ZBTA 4ADUA 1TMHA 5CG7A 1SR9A 3TQKA 1B4KA 1YYAA 3LV6A 1MEWA 4PH6A 3W1XA 1F73A 3MUXA 4CCEA 4DEFA 4N9CA 4IPJA 4JDBA 4DO5A 4A21A 1LOQA 3LHZA 3FS2A 1AK5A 1YXDA 3C2EA 4WZHA 2AQWA 1KM3A 2QCCA 1JCNA 1GOXA 1EX5A 1I2RA 3CQ0A 3LLDA 4UFIA 1YXCA 2DZSA 3W7PA 3TX9A 4HSNA 3N34A 3JS3A 4UR7A 5D2YA 1DOSA 3W85A 1OX4A 1ZAHA 1LLZA 5CSRA 4KKXA 3NG3A 4U4MA 3KXQA 1H7NA 3W6YA 5F4XA 5F2LA 2CFFA 3QSTA 5DY2A 2FJKA 1H7XA 4UUIA 1GVSA 2G97A 3M43A 3W7QA 5LZLA 3GDTA 3W7CA 1GYNA 3S1XA 3S5NA 2VFEA 1UCWA 3LDVA 2Y85A 4LT9A 2VEMA 5T26A 4IMCA 3W9ZA 3VE7A 2B7NA 2YFOA 4A22A 2EPHA 2ZA2A 3STEA 1VCVA 3OIXA 3CEPA 3OA3A 3TSDA 1VPXA 1VC4A 1FY6A 2A0NA 3G1HA 3MHUA 4I9AA 5CPMA 4O0KA 4GE8A 1C29A 3W7LA 5KSWA 2CW6A 1TCDA 3S6DA 4PL2A 3W2LA 3A5VA 4HPJA 5LHFA 2H8ZA 4LV9A 4UFLA 3NL5A 1TPWA 3EX3A 3SFKA 3K30A 1B4EA 1S5VA 1ML1A 1XBYA 4LV4A 2C16A 3M16A 2ZCGA 3LB0A 3A24A 4O1AA 1D9EA 5AHNA 4O18A 2YR1A 4ZZ9A 4JX6A 3LCIA 4KWVA 1HG3A 1VYRA 1A5AA 1KLZA 2FPYA 3BVJA 3PG9A 4N6FA 3W7EA 1LP6A 1F6KA 5G4EA 2E6DA 3DFNA 3USBA 2WNNA 2QJGA 3B04A 4JICA 3QZEA 1IXQA 5HMSA 4UXDA 2QDHA 3TR2A 1LZOA 1IIHA 2BWGA 1M7PA 2WQPA 3PBWA 4UMBA 3TW7A 4JTSA 5HULA 4UCGA 4NZFA 1W54A 2NUYA 1SZGA 1UBSA 3IVSA 3L21A 1W0MA 4K39A 3BGGA 5DBUA 4LW7A 3M0ZA 2FIQA 2YDAA 5FF2A 1WAUA 4MY8A 4IPIA 4O14A 5HR6A 2H8XA 1NSJA 3A23A 3GXTA 3T55A 4FX8A 3OG3A 3G0XA 3HPSA 1OFOA 3NXFA 1ZAIA 1GEQA 1F74A 5HNRA 5F2GA 1LCOA 2R91A 3DFTA 4LVAA 2E6YA 4EVZA 2NXGA 4TMBA 2W0UA 3IIPA 1FWTA 4AVFA 4X9SA 4IQLA 1DHPA 5H91A 4MZ8A 4RKAA 2DZXA 3UNDA 4JTIA 4MKNA 4RZ4A 3C3NA 2DJXA 2H3BA 1SO4A 1FDZA 2Z0IA 3LCXA 1S5WA 2EF9A 2Y7EA 4L4LA 2ZTKA 4C1KA 3EX1A 1XDMA 3LXCA 1S5TA 3L5AA 5MHBA 1TV7A 2CLMA 3TROA 3KRZA 1U5JA 2ISVA 3THQA 3G1SA 4G1KA 3LGEA 1XM3A 3W70A 4NX0A 3HG4A 3E12A 5BNKA 1ZY9A 2WKJA 1GQNA 1VLWA 3LRMA 4NZJA 1B9BA 4WD0A 5G1TA 4JD4A 4N9DA 4LY8A 3PS7A 2QCGA 1EUAA 5TQLA 3IGXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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