4PEKA

Crystal structure of a computationally designed retro-aldolase, ra114.3
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
246
structure length
246
Chain Sequence
PRYLKGWLEDVVQLSLRRPSVRASRQRPIISLNERILEFNKRNITAIIAEYKRKDPSGLDVERDPIEYAKFMERYAVGLFISTEEKYFNGSYETLRKIASSVSIPILMYDFIVKESQIDDAYNLGADTVALIVKILTERELESLLEYARSYGMEPLIIINDENDLDIALRIGARFIGIAARDWETGEINKENQRKLISMIPSNVVKVAKEGISERNEIEELRKLGVNAFLIGSSLMRNPEKIKELI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Lyase
molecule keywords Retro-aldolase
publication title De novo-designed enzymes as small-molecule-regulated fluorescence imaging tags and fluorescent reporters.
pubmed doi rcsb
source organism Artificial gene
total genus 96
structure length 246
sequence length 246
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-23
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4pekA00
2J9YA 1EWDA 3TSMA 1B4KA 2YCEA 4JTJA 4Z1AA 4LVBA 2GQ9A 1OFQA 3P61A 3HPXA 5LSMA 3WK2A 2E77A 1G4SA 2Q3OA 4XTDA 4MZYA 2X1SA 3B05A 3QQ0A 3NZRA 4ML9A 5HINA 4O50A 1NSJA 4AAJA 1G6CA 3PWAA 5LKYA 5SWUA 3C2EA 4K8HA 5KITA 1KFBA 2A5HA 4XZ9A 3G22A 1LOLA 4UC5A 3T7VA 2X1RA 5HWJA 1JR1A 2QCGA 2FLIA 3DI1A 4POCA 3G0SA 3N9RA 4DPQA 5AYZA 1JCJA 3TE9A 2DORA 3LM7A 4NZJA 3G1DA 3O6CA 4AH7A 3G3MA 3N3MA 5EBUA 1JCNA 3NQ6A 4TU1A 1ZJIA 1SU5A 1GEQA 5AHMA 4QAIA 4FNTA 3TQ0A 1XCFA 4RCXA 1Q6OA 2RH9A 3N2XA 3EWYA 3VI2A 3NL6A 4UTHA 3F1QA 3TXZA 1H60A 3MJYA 2A6NA 1TPH1 3NO5A 3WK0A 3DAQA 4HNNA 2JGYA 2A0NA 4HPJA 5CPMA 4M5PA 2HTMA 4M7SA 1Q6QA 2E5CA 3V1PA 3TJXA 5AC6A 2CFFA 4JTUA 5LHFA 3FYOA 3G0XA 5CGQA 3LI1A 1ZAHA 4MOZA 3W7IA 3N9SA 2QDHA 1EP3A 3L65A 5FEWA 2V2DA 1KFKA 1WOAA 1TRDA 2OT1A 3LERA 1F6KA 1FCQA 2YSWA 1D3HA 1H7NA 2R91A 2DZTA 2F7FA 1DORA 1PVNA 3QPZA 2GQ8A 1LYXA 3W7KA 2RDTA 3UY8A 2TRSA 3GDTA 2OT0A 3G1SA 1JUBA 3M7WA 2BSLA 2ZRWA 2JK2A 3QF0A 1VQTA 3S5ZA 3M16A 1SZFA 1F2JA 3LCFA 4JTSA 4LVFA 5HQEA 4NJHA 3LCXA 1ME9A 4TR9A 2YFOA 3TROA 1K02A 1IXPA 3O05A 3NPVA 3UQNA 2YYTA 4X22A 4U28A 3TJLA 4O57A 4Z08A 2WQPA 4Z1DA 2OCZA 5K4XA 1JCMP 4QNWA 3GDMA 3GAYA 1YXYA 3KRUA 3W83A 2Y7DA 1AW5A 5HUOA 2A7PA 2ZQ0A 2BLEA 3P80A 4OBTA 1YLVA 2JKEA 2A85A 4JIQA 3USBA 2OZ0A 1XBVA 1M7OA 3CU2A 3P67A 3TSBA 1A5AA 4QJ1A 4LOCA 3EXSA 3LCWA 1NF0A 3L66A 3HMJG 3M5XA 1TV7A 4KFPA 4UFLA 5CZTA 5G4WA 5HWMA 5CPLA 5K4ZA 5KTLA 1LBFA 1FXPA 1QPRA 2X1UA 4PCFA 2FTPA 1PL9A 2A1YA 2VKZG 1RVGA 5K9CA 5EYWA 4QNEA 4AWUA 4LT9A 3HOJA 4MLRA 4JICA 3O07A 3INPA 1MZHA 4K8EA 3GR7A 2G97A 3DHFA 4XQ6A 3C2FA 2X2GA 3UWVA 1W1ZA 1SR9A 3SECA 3TW6A 3BO9A 4K39A 1TJPA 5LNWA 4OU1A 5HR6A 5CPOA 2QCFA 3M47A 1SW3A 4DO5A 2C15A 2RFGA 4JTKA 1XUUA 5GVJA 4O13A 3IGXA 4ONVA 3HB9A 1FCVA 3NG3A 3FKKA 4CQ8A 4N9DA 4YWIA 4O11A 4GUHA 4MY1A 2Y7EA 5G5IA 3C2RA 3JS3A 5TQLA 1FDZA 2CLOA 4WXZA 1TQJA 4YCOA 4JTTA 3W7CA 3NM3A 3WJZA 1FWTA 1ZENA 3BW2A 2OMAA 4UIOA 3N14A 3SZ8A 3BV4A 3LHUA 3QMTA 2B7NA 3CWNA 4S2CA 3EWBX 4LVGA 4QM1A 1F7BA 3P84A 1AW2A 3C4UA 4D2JA 3EX6A 1BTMA 3TQVA 3QRHA 1PS9A 3ATZA 2RDUA 3GDRA 1KM5A 2ZCGA 3P62A 1GYNA 3W1AA 2CLHA 1D9EA 4GRSA 3W72A 2ZZ4A 3Q58A 1SZNA 4EIVA 3GVGA 1W5NA 4I7VA 1IIHA 3O6DA 1Z42A 4H3DA 3O63A 3TC7A 1NAL1 1SO4A 2FIQA 3ANYA 4K37A 3EWZA 4DPPA 3PG8A 4CCEA 4N02A 3M6YA 2QR6A 2X1TA 4XKYB 5A5WA 4HNTA 4TX9A 3B0VC 3HGOA 4FNUA 2A21A 1QPQA 2NUYA 3UY7A 5D02A 1FCUA 3GXTA 5F1VA 1AL7A 1VJIA 3N19B 2FPVA 1K7XA 3F4NA 5U4NA 3LTSA 2ZZ5A 4AWTA 2ZDRA 4DF1A 2H6RA 4O17A 5G2HA 1QFEA 3LB0A 1DHPA 4Y96A 3I65A 1OFOA 1KFEA 2FQIA 3C0JA 1QR7A 4A2SA 4ZMGA 5AC8A 1KFLA 2TMDA 4OWGA 1QNVA 1BWKA 3L0GA 1OX6A 1EP1A 4N6FA 3TA6A 4B5NA 3MI2A 2I14A 4MY8A 1BKSA 1OYCA 3UWWA 1EIXA 1KM0A 5LNSA 1GVFA 1ZFJA 3LTYA 4X3ZA 4NJIA 2DJLA 1TYGA 4BWLC 4FNPA 1NEYA 2B7QA 5DXYA 2E6DA 1M6JA 4IMFA 3GXPA 1GVOA 5K9XA 2QUVA 2WNZA 2BZNA 1K7EA 2A7RA 2VELA 5AOUA 3THQA 4RXFA 4PEKA 3DI0A 4PODA 4WY0F 3E12A 3RFAA 2CWNA 3QYQA 1VR6A 4HHPA 2W6RA 5T26A 4J9JA 3SR7A 1RQBA 3W75A 3PB0A 5K2ZA 1V7YA 1B3OA 1SO3A 2DZUA 3SY5A 3HIJA 2PRHA 3E49A 1G7VA 4R34A 5ABTA 5AC7A 4WOZA 2C16A 2V81A 4GUIA 4GFSA 4M6PA 1OG0A 1L6SA 4GBUA 1M7PA 4OT7A 2Q3RA 4L4LA 1TPUA 3EB2A 1KTNA 4R7JA 1X1ZA 3MP5A 1FBAA 1GT8A 1OK6A 4IMDA 5I3GA 3W07A 1O5KA 3KAOA 1LOQA 4O0KA 3KVKA 3LHYA 2CW6A 1OFBA 1YXDA 1FX6A 1VGAA 1RQEA 2HS8A 3IV3A 3FFSA 3L67A 3MWAA 3R89A 4UMAA 4AXKA 3L5LA 2FB2A 1C9DA 4RZ5A 3MHUA 1K3UA 3OHIA 5G4EA 1TREA 3S9YA 3IIPA 4UTTA 3RF9A 3Q94A 2B0MA 3IIZA 4QIUA 4NXSA 4RXGA 4LC6A 2R14A 3PG9A 3H55A 4JN6A 3HO8A 2WNNA 3LLDA 4XKYA 2Z6IA 1IIGA 1ZALA 1W3TA 4NNCA 5HWNA 4N4QA 1OFEA 1TMHA 3R8RA 1VYSX 5DY3A 2QDGA 5F4SA 3NQCA 5D38A 4WQ6A 3ABRA 5A8GA 3UWZA 4NX5A 3CC1A 3HPSA 3NQGA 1WA3A 1I2PA 3G0UA 3RLVA 1OK4A 4MUZA 5HMSA 4WJEA 1I45A 1X1OA 4GC4A 1MEHA 2YZRA 3NPUA 3Q37A 2C3ZA 1J4EA 2E5DA 2NXIA 3O8AA 3L0KA 3N2MA 3NZ1A 1B9BA 2QCHA 1S3HA 2H8XA 4DO6A 4N6EA 4L4MA 3ZR4A 4O16A 2V0TA 3B8DA 1JQXA 2E6FA 1YDNA 1AK5A 3ATYA 3PM6A 2GVJA 3MP4A 5AHLA 1ZNNA 1WDWA 3O6YX 2Y7GA 1EWEA 4FEZA 4GE8A 4DF2A 4MYXA 4JTIA 1HUVA 3GZ3A 4PL1A 5DCDA 4MZ1A 4OHQA 4RZ6A 4WUIA 7TIMA 1VRDA 3HGSA 1TTQA 1N55A 3E02A 5KZEA 3PS7A 2GJLA 5C55A 1M5WA 3NM1A 4JTFA 1FXQA 3JR2A 3P8IA 2TPSA 1WV2A 2QCNA 4P2VA 2DZWA 3BW3A 4MFEA 1IXNA 3NPXA 2ZRXA 5L6UA 2ZTJA 3LHZA 1HTIA 2Z2UA 1SO6A 2O7SA 2WV8A 3IVUA 4LUIA 3KXQA 4A22A 1HO4A 1GZGA 1P0KA 3AO0A 4UMBA 3W85A 8TIMA 5EPDA 1UB3A 4BFAA 5F2LA 1FWSA 3NQ7A 3U2OA 2BWGA 1TTPA 2B4GA 1VYRA 1LBMA 1OX5A 1LRTA 1ZCOA 4FB7A 2CZ5A 1TPC1 4PH6A 1O94A 5D32A 5LZLA 1XL9A 3NQ8A 3PB2A 1XBYA 2QCDB 1TJRA 3TCEA 4P61A 3B06A 4FX8A 4Z0JA 2PURA 5H91A 4IMEA 4O52A 3N73A 4UNKA 5FEXA 4LS2A 3G1AA 1TTJA 3IEBA 2C19A 1R2SA 2W79A 5E1QA 1FQ0A 2ZA1A 5CG7A 1TV5A 3TFXA 3W1TA 3NQFA 1P4CA 1F76A 3S8HA 3C3NA 1JUEA 1LROA 3Q2DA 2Y61A 2Z0IA 1A5SA 1VPXA 4GXMA 3QFEA 4K38A 3IGUA 4MFDA 2PC4A 4KFOA 3FKRA 1VYPX 1I2NA 1GG1A 4PL2A 3P82A 3TIMA 2YDAA 5D2XA 4K6AA 2QAFA 1R2TA 4QQ3A 1ALDA 2Y85A 3NQ2A 3LHVA 4IMCA 2GPTA 1PHQA 3M5VA 3C8FA 1EPXA 3EX2A 3KX6A 3G1YA 1LDCA 3NQMA 3VE9A 4ALDA 4FHAA 4JX4A 2ISWA 1W37A 4CQAA 3UPWA 1T99A 2A7NA 3LXBA 4CCDA 2NX1A 1UCWA 2ATSA 4HIBA 2I9EA 2DU2A 1JCLA 1MO0A 3W84A 3NL5A 2I1OA 3FEMA 3HGJA 3GXNA 2ZA3A 1VHNA 4NNBA 3MUXA 2PRMA 4NX0A 2EPHA 1W31A 2C6QA 1H62A 3L5MA 1SFJA 4O14A 4ZVJA 3C6CA 2D73A 4IJBA 3C52A 1UUMA 2J6XA 2DZVA 4GUGA 4XBSA 5G2WA 5LNRA 4N9BA 1OFAA 4UNLA 3NQVA 5AHFA 3CEUA 1TTIA 2ZZ2A 3PVFA 4KKXA 4E2DA 3UPBA 3VFLA 4JR5A 2Y6ZA 3MHFA 5CPNA 2X30A 1F05A 1GOXA 3HJZA 1KW1A 2Q8LA 4G1KA 1A53A 3OIXA 1KM4A 5FF7A 3R12A 4GJ1A 4JGDA 1XDLA 2H3DA 4ORMA 1PCKA 1GJPA 1ZAJA 4NUWA 4XUGA 3S5NA 3G1FA 4M7TA 4C1LA 3U6WA 3CHVA 5DLCA 5FF4A 4JDBA 1RQHA 4LS0A 4O1BA 3FYPA 3QPYA 1C29A 3E9AA 5BMXA 5F1UA 4MJMA 4EWND 3W7GA 2QCDA 1G4PA 3TAOA 3LBMA 3IGSA 2P1FA 1TV8A 1YPFA 3BK0A 1H51A 2HS6A 2DZXA 5H2ZA 3KHJA 1VS1A 2P10A 1I2QA 5C6MA 1H63A 3A5VA 3NDOA 3STCA 2H90A 4UFJA 1KTBA 4LC8A 3ELFA 4O4WA 3RNDA 3W88A 2VXNA 5DN1A 1VHCA 2Y70A 4Y8FA 3DENA 4DQWA 3UWQA 2EHHA 1XDMA 3DU0A 1T8XA 2J9XA 4OV4A 1JRBA 1UUOA 4NXKA 1LBLA 5D2TA 2Z6JA 1O5XA 1K8YA 3STGA 3W7DA 3EX3A 2R94A 2ABBA 2ZZ1A 3A24A 3TDFA 5KMYA 5DY2A 4CCCA 5DCEA 3SJ3A 1A5CA 2W0UA 5FF2A 3LBCA 1T96A 4IPJA 2NWSA 4WX2A 3T40A 5BMWA 5C5YA 3KVJA 5D03A 2FDSA 1G69A 4ZQCA 3FA5A 1H5YA 2E68A 3I7RA 3GDKA 1TRIA 2CU0A 3PULA 3QM3A 3BARA 4C1KA 2QUUA 1AL8A 2B7OA 3W7MA 4O1CA 3PR2A 4UTTC 3QSRA 1YPIA 5F2MA 2WSQA 1OX4B 5IM51 1W3IA 4BF9A 3BW4A 4NNAA 3GKAA 1PV8A 3MW7A 2FPYA 2J88A 3QJAA 3PBUA 1G4EA 4O18A 1IF2A 3PAJA 3NQAA 5FESA 1LOSA 3HGRA 3W1UA 1EUAA 2NUWA 4I7WA 3GR8A 3PUOA 4AEOA 4OV9A 4UTKA 3B04A 3L2IA 3CIWA 4LNYA 4O54A 1FDYA 1WOBA 4FNRA 3CT7A 3P7YA 2EAWA 2ATMA 2GUUA 2J27A 3OVQA 4RV8A 1J5TA 2BTMA 3F4WA 3UYCA 3SI9A 1KLZA 3W2JA 1BEUA 4H4IA 3G18A 4GUFA 3WJXA 2IQTA 1ZAIA 1O4UA 3UD6A 3FLUA 1KFJA 5AB3A 1SSGA 4CNOA 5F2IA 1ICSA 3S42A 2XN1A 5KSWA 3W70A 1EP2A 3G8RA 4Z1BA 2ZRVA 3THAA 1YTKA 4GNJA 3EX4A 2BX7A 3LX9A 2ISVA 4AWSA 3WK1A 1KBIA 4DBEA 3HG4A 3VE7A 2ZA2A 1GYLA 4IUOA 1FUYA 3EXRA 3SFKA 4MY9A 4O1DA 4JY8A 4YLWA 4CLMA 1H7RA 4ZQRA 3LHTA 3JRKA 3F03K 4UTIA 3DKLA 3S1UA 3P81A 2QF7A 4Z0SA 4GWEA 1UBSA 3W6YA 3TSDA 4FIRA 5C2XA 3QH2A 1V5XA 1I2RA 3KVMA 1SW7A 4GUJA 1GVRA 3WJWA 1KM2A 1R47A 1TQXA 4RX0A 2VFFA 2CLKA 1GWJA 1T0OA 4IWWA 4OE7A 4FO4A 2Y62A 5I3FA 3S1VA 3B0UX 1IGSA 4XWUA 3BLEA 4YXGA 2R8WA 4ZZ9A 2HMCA 3UWYA 3PC0A 3W7NA 3W1PA 1F6PA 2JKPA 5KZMA 2V8ZA 1OX4A 4NU7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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