4PL2A

X-ray crystal structure of c118a rlmn from escherichia coli
Total Genus 131
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
131
sequence length
358
structure length
350
Chain Sequence
KINLLDLNRQQMREFFKDLGEKPFRADQVMKWMYHYCCDNFDEMTDINKVLRGKLKEVAEIRAPEVVEEQRSSDGTIKWAIAVGDQRVETVYIPEDDRATLAVSSQVGCALECKFCSTAQQGFNRNLRVSEIIGQVWRAAKIVGAAKVTGQRPITNVVMMGMGEPLLNLNNVVPAMEIMLDDFGFGLSKRRVTLSTSGVVPALDKLGDMIDVALAISLHAPNDEIRDEIVPINKKYNIETFLAAVRRYLEKSNANQGRVTIEYVMLDHVNDGTEHAHQLAELLKDTPCKINLIPWNPFPGAPYGRSSNSRIDRFSKVLMSYGFTTIVRKTRGDDIDDVIDRTKRTLRKRM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords Dual-specificity RNA methyltransferase RlmN
publication title Characterization of a cross-linked protein-nucleic acid substrate radical in the reaction catalyzed by RlmN.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 131
structure length 350
sequence length 358
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.1.1.192: 23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase.
pdb deposition date 2014-05-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.530 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 4pl2A01
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4pl2A02
2VFIA 3BW2A 1QWGA 1D3GA 1FDYA 4HNTA 4ZVJA 2GJNA 3N34A 1ZAHA 4K7YA 1T0OA 4GUFA 2C16A 2X2GA 2OT1A 4MOZA 1LOQA 3KRUA 2ZYFA 1XDLA 1LORA 1FUYA 3ATZA 2NWRA 1TV8A 4LY8A 1G4TA 3G22A 3G24A 4R33A 4GUJA 1QOPA 3S42A 2E6FA 5F4WA 3LXBA 4R7JA 2X30A 2CLKA 5G2IA 1WOBA 3TKFA 1XM3A 5LZLA 2VOMA 5AC8A 2DJXA 4U4MA 3M5ZA 2G95A 4LTSA 3NNTA 5K9CA 2CLOA 3DENA 4CQ8A 3WJZA 1W8SA 2NX3A 1DJNA 2A4AA 1YXCA 4X3ZA 5E93A 1L6WA 4CQ9A 1VYRA 3T55A 2QAFA 1OF6A 1FXPA 4O18A 2NV1A 4RZ6A 3GDTA 3OBKA 5EBUA 4QITA 4S1FA 3TQKA 1LOSA 3S1VA 3L0GA 4NJIA 5A5WA 1THFD 1S3HA 3W7NA 1KBIA 1W5NA 4K38A 2QCCA 3TK7A 3DFNA 1R2TA 4LV9A 3GYEA 2AAMA 3BPWA 1TRIA 1YTEA 1TPB1 3W3OA 3LTYA 4MZ1A 4I7WA 3W1LA 5C55A 1D9EA 4FNQA 4HSNA 4CNNA 1PIIA 4KFNA 1JR1A 1OFOA 3C2FA 2OCZA 3BLFA 2YYTA 3NL2A 3HGJA 4IX0A 5D2VA 5H91A 2FPVA 3E0IA 1IXPA 1DVJA 3IGXA 3BG9A 1JRCA 4S2BA 1JCJA 3TNOA 1OVDA 3S1XA 5FF4A 1EUNA 4Y96A 3SI9A 3C2VA 1HO1A 3N14A 1A53A 3P61A 3UWYA 2V81A 2V2DA 4XZ9A 3OEXA 4UTWA 1N8FA 3FS2A 2QCHA 3GXNA 1M5WA 2VEIA 4UC5A 3N9SA 4QQ3A 1OFQA 3QPYA 4O17A 3Q58A 4PC8A 3P74A 1EIXA 4OE7A 5HNRA 2TSYA 3NQFA 1SFLA 3IEBA 1VJIA 2A7NA 1TTIA 3IRDA 1TQXA 2E5CA 4Y8FA 1FCBA 3IVTA 2CW6A 3ABQA 4O54A 3C52A 3RLUA 1B4EA 4M6QA 1PHWA 4K7VA 4MZ8A 4GE8A 4O4WA 3UWWA 1TYGA 3TV8A 1F05A 2E6DA 1TMHA 3QRHA 2YSWA 3C56A 2I14A 5F4SA 4FHAA 4JS3A 3EXTA 3UY8A 1XL9A 2W79A 5EY5A 3MP4A 5F2MA 3DI0A 5LGXA 2ATMA 3W7CA 3GAKA 1VS1A 1TPFA 5IBXA 5FEXA 1H7OA 1KV5A 3BG3A 1LROA 2VXNA 3STCA 4R53A 4M6PA 4JX4A 3FYPA 2E6AA 3PVFA 1KTNA 3W87A 2QCLA 1LCOA 4I7UA 1HG3A 1ZHAA 3TDFA 2XN1A 4A2RA 1W5MA 5D32A 1MXSA 5SWUA 4JR5A 3PUOA 1EB3A 5BNKA 2O7SA 3DBPA 3AO0A 4RX0A 1J2WA 4IPJA 1Y0EA 3O06A 3PG8A 1O5XA 2Y7GA 2WJZA 4FNRA 4WZHA 3QH2A 5L9FA 1JUKA 1GOXA 4JTJA 1OJXA 4FXRA 3G8EA 3GXTA 3LCHA 3UPBA 1YLVA 1IIHA 1ICQA 2CLEA 1WBJA 3UNDA 3NO5A 5CKSA 1QAPA 2ZFAA 2Y7FA 2BX7A 1HO4A 4PTNA 1Q3NA 5HR6A 3TROA 3UXAA 2FIQA 1ALDA 3W2MA 3L5AA 1VYPX 4KWWA 2J88A 4J9JA 1ZAIA 1ICSA 3ABSA 3QQ1A 1YTKA 2Z2UA 4K39A 1ME9A 3CIXA 4A29A 5K9XA 3S9YA 5FESA 2XN2A 3GR8A 2ZZ2A 4A21A 3KVKA 4WUIA 2Y62A 4O14A 1OFEA 3CC1A 2QF7A 5KZEA 4AWSA 1KFLA 2G5WA 3QMRA 4XBSA 1WX0A 1XBYA 1A5SA 2PRMA 4RCXA 4ONVA 3T40A 1YPIA 2Z0IA 4UFKA 4PA8A 5F1VA 3NQ2A 1EP1A 3LHWA 2QDHA 3QEZA 1GVFA 1O4UA 4ZQNA 3L21A 3W1QA 3NVTA 3R13A 2RDWA 2DZPA 3TW7A 3P60A 2CLIA 3S0CA 3G0UA 1TTJA 2X1RA 1KFEA 3W1AA 1Q6OA 2QUTA 4LC8A 4M5PA 2FTPA 1LDCA 1OFDA 4HT3A 4DF2A 3WJYA 2DU2A 3UY7A 2R91A 3GXPA 4E2DA 1W3TA 1I2RA 3KRSA 1OK4A 1U83A 5HQEA 4MLRA 5G5IA 1LRQA 1SR9A 1TTPA 1NSJA 4G1KA 1QDSA 1BWLA 3NPWA 4MVAA 1LBFA 5D2WA 2G96A 4FB7A 1CW2A 2Z1BA 3EX2A 2J9YA 4O11A 4JTFA 1AW1A 3FYOA 1QNVA 3S5YA 1FWRA 1L9WA 4LS1A 3B8DA 1X8FA 1KA9F 3L0NA 3DZ1A 6TIMA 1LM1A 2C19A 3PM6A 3I7SA 2XFWA 3PY2A 4R34A 6ALDA 4O28A 1DKWA 4Z0JA 2ZZ5A 1ZFJA 5BRBA 4IMDA 3LCLA 3NXFA 2NLIA 2V2CA 1AMKA 3LI0A 2QR6A 2YFOA 3A22A 3UYCA 1FXQA 2TRSA 1H1YA 1DOSA 4XQ6A 5DCEA 2ZRYA 3FFSA 4JEQA 2PURA 4GUIA 1FDJA 3VE9A 2F84A 1W0MA 2NUWA 1YDVA 1TRDA 4UTTA 2CZ5A 3CIWA 4NJKA 3U6WA 1XCFA 3KRZA 1TB3A 3P84A 2Y89A 3HGOA 4HPJA 3R5EA 1UJPA 1LRTA 3MI6A 2EF9A 3NPUA 1UASA 3M5VA 1QO2A 2VFFA 1HFBA 1TTQA 1LYXA 1FX6A 4TU1A 3KHJA 1BKSA 5J5RA 3MJYA 1SO3A 3VE7A 4JTTA 3GLCA 2C13A 4LRTA 1TCDA 2CLFA 5ABTA 4MKNA 1XDMA 2QJIA 1RQEA 2Y61A 3INPA 2DZXA 3B04A 1TPDA 3G3DA 1W3NA 1IGSA 1T99A 4MPQA 4ZQMA 1F7BA 3LM7A 2JK2A 1G7UA 4AMAA 4DO4A 3GIYA 1P0KA 3O05A 1GWJA 3LB0A 4LNYA 4NNBA 4DEFA 3WJXA 1Z42A 2BSLA 1RZMA 1PS9A 1NFBA 3M1ZA 2BXVA 1NEYA 4UFJA 5EL1A 3MHFA 1VLWA 2QAPA 3C61A 3IIVA 1TPH1 3EWXA 3NQGA 3TMLA 1QPQA 1FWSA 1H61A 2E1DA 4JIQA 2QJGA 5C6MA 4CCEA 1R2RA 1ZNNA 1H7NA 1JCMP 1QPRA 1VGAA 4MFDA 1K8YA 3W88A 4JTEA 4N4PA 1WBHA 3E12A 5HINA 5MHBA 1W37A 3RNDA 1ZCOA 1GVOA 3NQAA 3GB6A 4ADTA 4O13A 2B4GA 4TMBA 1J5TA 3WK1A 3HF3A 2Y7DA 4UCGA 3W7JA 3PBYA 2Q8LA 1VCGA 1I2PA 1KM1A 4NQ1A 3NQVA 1PL9A 4IJBA 3SW6A 3GDRA 4IUOA 3NQMA 4ZQRA 4DF0A 1KLYA 3LCFA 2Q3OA 5BOOA 3GX9A 4UR7A 4B5NA 4QJ1A 4Z1AA 1I2OA 1OYAA 3A24A 3BLIA 3LI1A 3LOTA 3TFXA 1EP2A 3G0XA 2QCEA 3TAKA 3A9IA 3P62A 2NX1A 3BK0A 4JTKA 5LGZA 2YW4A 1RD5A 4KFOA 5AC7A 1O60A 4Y90A 3TA6A 2NXIA 3F03K 1VYSX 4JTHA 2E77A 3W74A 5F2LA 5DY3A 3HOJA 2WSYA 4ALDA 3UZJA 4A3UA 3DH7A 3TMQA 4M7SA 1X1OA 4JDYA 4O1DA 3H53A 4NX0A 4LUIA 3L9CA 2YXGA 2RKXA 3EKLA 1OX4A 3S6DA 3NR0A 3IGSA 4FX7A 4JTSA 3NA8A 1Q6RA 2Y7EA 1A5CA 4O1BA 3P8JA 4UFHA 5D05A 5CZTA 4UFMA 5F4XA 5CPLA 2J24A 5E1QA 2A0NA 3P8IA 1EWEA 3TXZA 3BW3A 4OU1A 3QJAA 3RFAA 1V7YA 5LNSA 3W9ZA 5LNWA 3ELFA 3B03A 4ZZ9A 2W0UA 3LX9A 4AWUA 3V1PA 1W1ZA 3TUUA 3OIXA 3GK0A 1L6YA 3LCIA 1WQ5A 1K02A 1KTBA 3DHDA 4QIUA 2AQWA 5D2XA 3LV5A 1VH7A 3HG5A 3EXSA 2Y85A 1HTIA 4ADUA 5EYWA 2RFGA 2CWNA 3TR2A 3W2UA 5AB3A 3B0VC 4JTUA 1TJRA 2VEKA 2RDUA 5DBUA 3TAOA 4JY8A 4OQVA 3OVPA 1UUMA 4UFLA 3I7RA 3NQDA 3UWVA 1KBJA 5CSRA 1WV2A 1SZFA 4FF7A 4EF9A 4BI6A 3W1PA 3W7IA 2VC6A 5TQLA 1KM4A 1VHCA 1SPQA 3PF3A 2R8WA 4O0KA 4O1CA 3DFSA 3NL3A 3UWQA 4YLWA 1MEIA 3MHGA 2FQIA 5KMYA 4LS0A 3STEA 1IXQA 1KTCA 3C4UA 5KZMA 2ATSA 3O6YX 5CPMA 5LNRA 1WXJA 4O0ZA 1FBAA 4FIQA 1FCUA 4Z1DA 3ZS4A 4AHOA 3IIXA 3SR7A 1DBTA 3GNNA 2IQTA 1M6JA 2RH9A 4HNNA 3L2IA 4ML9A 1RVGA 1MEWA 3RLVA 2ZRXA 1ZY9A 3DI1A 4DO5A 5LNVA 3M6YA 1VR6A 5CGQA 4O4VA 5KSWA 1H60A 2A6NA 3QF0A 3MW7A 5D30A 4QM1A 4UIOA 3W2JA 3NM3A 1KM5A 1OFBA 1FY6A 4IQLA 1NF7A 4UTHA 3EWBX 1K03A 3G8RA 2X1SA 2DZWA 4RZ4A 1EP3A 4N9CA 5HR7A 3SY5A 1G4PA 4ORMA 3EEGA 2NWSA 4O8RA 3G1VA 3IIOA 1G7VA 1L2UA 3EXRA 1GVRA 1O95A 4YWIA 5DXXA 3R8RA 3W7GA 1EEPA 1WAUA 4TX9A 4WY0F 1OX4B 4AHQA 2YR1A 1FWWA 1F73A 3NQEA 4UTKA 4OHQA 2R94A 4PCFA 4S2CA 4POCA 3P81A 5F1UA 1XI3A 3DXIA 1R2SA 1GYNA 1QPNA 3F4WA 3W84A 4LVAA 3CTLA 3LHTA 2EKCA 2B7OA 4X9SA 2TYSA 3C2OA 3QMTA 1K3UA 5CZSA 2HS8A 1IIGA 4MY1A 3B05A 1M7OA 1O94A 1FWTA 1K8XA 1MZHA 4H6KA 2V0TA 2ZZ7A 1OG0A 5AOUA 1GPWA 1TPEA 4H4IA 4UXDA 1G6CA 1L6SA 5HUPA 4JX6A 1WDWA 4WOQA 2NXGA 5TIMA 3MO7A 3S1WA 3YPIA 3HB9A 2H8XA 3KOFA 5G2HA 3NEVA 3G1SA 4DF1A 1XKYA 2B0MA 3NYZA 3PBUA 4FEZA 3MBDA 4LVDA 2ZZ6A 4GNJA 4EOUA 4WXZA 5CG7A 3W7LA 1VPXA 4JYDA 1YDNA 4K6AA 1TV5A 1W31A 4JGDA 1IXNA 3CWOX 3W71A 2FLIA 3TXVA 4HHPA 4NZJA 1H7RA 3O6CA 2WPBA 3FJ6A 1P1XA 2A6LA 4NNAA 4LS2A 1VHNA 3NQ7A 5CPOA 1A5AA 4RZ5A 1H5YA 2VFDA 2YX0A 4NT0A 2ABBA 1ZENA 5G1YA 2C1HA 1F6PA 2TPSA 1Z41A 3DFTA 1RR2A 3EX4A 1SSGA 4QSHA 3W7RA 4Y6GA 1SSDA 1X6UA 3W7PA 4PL2A 1F5ZA 3TQVA 2E5BA 1G4EA 1C8VA 1KM6A 2WSRA 3SJ3A 3L67A 3R2GA 2DORA 5CZJA 3DFPA 3LERA 4E38A 2YDAA 3TC7A 3A5VA 5I3FA 3SZ8A 2FDSA 4HIBA 4JTIA 3G1HA 2QEZA 1OYBA 1TPVA 2HTMA 3RMJA 4IMFA 5AHFA 3UXDA 1GG0A 1X7FA 2A7RA 2J9XA 1LRNA 3O07A 2JKEA 3P5ZA 3LTSA 4TMCA 4FX8A 1X1ZA 2E5DA 3O63A 2ZA2A 1XFBA 1ZJIA 5I3IA 1GVQA 5D37A 1T8XA 3NDOA 4Q4KA 3PG9A 1WA3A 5D09A 3ATYA 4UTLA 3SFKA 4IGHA 3UD6A 3M9YA 1JVNA 1JRBA 5DN1A 2YCEA 4GBUA 3QMSA 3STGA 3CB8A 2OZ0A 2QCGA 2ZRZA 1ZAJA 1GEQA 3MHUA 1SW3A 1H62A 1LP6A 4X2RA 3Q2DA 1HL2A 4TR9A 3D0CA 3G1XA 3L68A 1QCWA 5K3VA 2ZRVA 4MJZA 1C9DA 4N6FA 1N7KA 4NJJA 4O50A 4DXVA 3B0UX 1SUXA 1Z44A 5DCDA 2EGZA 3O15A 3KX6A 5FF3A 3N2MA 5G1TA 4CCDA 3CM4A 5CPNA 5HJLA 3SECA 1MEHA 3VKJA 1KM3A 4OV9A 3LCWA 4Z1BA 1GJPA 1VCVA 4O12A 3QSRA 2Y88A 3GKFA 2BLEA 4PEKA 4PH6A 2RHGA 2ZZ3A 2Y70A 3TH6A 1JUBA 4JTLA 4ZQCA 4IOTA 1KM2A 3H54A 3W86A 2QDGA 5K7JA 2R14A 3WK0A 3PBWA 1RV8A 4O19A 5FEWA 5AYXA 1ICPA 2A7PA 3DKLA 3LHVA 3GDMA 3PSVA 3O16A 1KW1A 2H8ZA 5DBTA 3ANYA 5I3GA 4LVGA 3NQCA 1F6KA 1FCVA 3TSDA 3HO8A 1JJKA 3PUEA 4IX2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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