4PMOA

Crystal structure of the mycobacterium tuberculosis tat-secreted protein rv2525c, monoclinic crystal form i
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
211
structure length
211
Chain Sequence
NLYFQGGSLGTLLDYAAGVIPASQIRAAGAVGAIRYVSDRRPGGAWMLGKPIQLSEARDLSGNGLKIVSCYQYGKGSTADWLGGASAGVQHARRGSELHAAAGGPTSAPIYASIDDNPSYEQYKNQIVPYLRSWESVIGHQRTGVYANSKTIDWAVNDGLGSYFWQHNWGSPKGYTHPAAHLHQVEIDKRKVGGVGVDVNQILKPQFGQWA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Unknown function
molecule keywords Tat-secreted protein Rv2525c
publication title Structural studies suggest a peptidoglycan hydrolase function for the Mycobacterium tuberculosis Tat-secreted protein Rv2525c.
pubmed doi rcsb
source organism Mycobacterium tuberculosis
total genus 79
structure length 211
sequence length 211
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08924 DUF1906 Domain of unknown function (DUF1906)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4pmoA00
4AD4A 1OGBA 3M6DA 1HL8A 2BVYA 1ECEA 1S46A 3WH7A 1B3VA 3PTKA 4CUCA 3CHFA 3I3BA 1UH3A 3IAQA 3CZLA 1MFUA 1E4LA 3K4AA 2DSVA 3UCQA 1QOXA 5DT7A 3K46A 4LYPA 4AIOA 1J0KA 3OGVA 1CGXA 4BZYA 1TR1A 4MAVA 2X09A 1W9VA 2YLLA 4PCSA 2Z1SA 1KWGA 1WO2A 4F79A 3WSUA 3D3AA 4XB3A 1ODZA 2J79A 2WM0A 4UFJA 4BCEA 4UQBA 2FDMA 3BMVA 3NSXA 5BCAA 2OSWA 2GDUA 3CZ8A 1CGTA 2ZUWA 3VIFA 5BROA 3NDZA 4M1RA 3VD9A 1E6XM 4C7DA 2ZUTA 3WDRA 5A8OA 4Z2LA 3MSGA 1DWAM 1UQYA 2VNCA 2WVVB 1E55A 3G6LA 1IZJA 3ARPA 1BPLB 3TTQA 1OCQA 4AYSA 2ZX7A 3DYOA 1OSEA 2NT0A 4CCDA 3VO0A 1GOOA 1GVYA 2D3NA 4BF7A 1R85A 5E9AA 3SCSA 1UR8A 2WYSA 4TVCA 3VPLA 1N82A 1LG2A 1JF6A 4WIWA 1JL8A 4UNIA 2F8QA 4CU6A 3LPFA 3ZQ9A 4P7OA 2VCBA 3ARRA 1E4MM 4HA4A 2YBTA 2IXUA 4WKHA 1BLIA 1RP9A 1PJ9A 4J3SA 2XM1A 4JFTA 1PBGA 1WNOA 3VTRA 1QNOA 4J3XA 1CNVA 4PCTA 2UY2A 2XWEA 1CDGA 1J9YA 1HJQA 1TCMA 1NWTA 1G0CA 4ACZA 1EO7A 5CG0A 1VJZA 4HU8A 3WF3A 3MUIA 2A3AA 4LGXA 1KGXA 1B90A 3FNDA 1DEDA 3N11A 1NWSA 3L4XA 2CPUA 2EO7A 2VZOA 3SCRA 3CBWA 2D1ZA 5HBFA 2ZWYA 3IJ8A 4M82A 1XC6A 4JFSA 3SUTA 1SMDA 3QHMA 3WKZA 1O6IA 4H7VA 1UWSA 4WK9A 1OINA 2UY5A 5ECUA 2G8ZA 5CSYA 1SR0A 4D6CA 1WPCA 3L4UA 3VD5A 4W84A 1UWUA 2WZEA 5ABGA 1EH9A 1AQHA 1LQ0A 2VZVA 1UR4A 3HU7A 3MKKA 1E6NA 3AHTA 1M03A 5FIPA 2WC4A 1ZB5A 4MDPA 5CLTA 3OIHA 5HPOA 4OIFA 1V3MA 1V3IA 4ZEPA 1JDDA 4IISA 1C8XA 1EDGA 4R27A 5FL1A 2W4XA 3VIGA 2YDQA 1KCKA 4CN4A 1GHSA 2W5FA 2VC9A 2J8GA 4UOZA 3SUWA 2DSKA 4CKQA 3WEZA 1JF5A 2D23A 1RP8A 3PN8A 1FH8A 2A3BA 4E8DA 4W7WA 1E6RA 1E9LA 3O9NA 3PZQA 4KH2A 3MMDA 1WCGA 4FMVA 3AS1A 2ZUSA 3L4YA 1ZL1A 1XH2A 1JFXA 3WNLA 4UQCA 5A8MA 4D6JA 1H4PA 2QV4A 4NZCA 4D6IA 3CZEA 4CGTA 3ALGA 1V6YA 3EMCA 3T2QA 1G94A 1ZBWA 1F4AA 3QOMA 4BA0A 4GQQA 3AMKA 4HMCA 2GJPA 4H8VA 4D72A 1CLVA 1DTUA 1HX0A 3ARXA 4CVUA 2CKSA 4CD8A 2JF6A 4GZIA 3AHVA 1D2KA 4AIUA 1XH1A 5A2AA 1VEOA 3KL5A 3BSGA 1K6AA 1CBGA 1QW9A 1A47A 3AHYA 1HJSA 4ZXOA 5BYWA 4CD6A 1H11A 2ZE0A 2BS9A 5A2BA 2OLHA 3I3EA 3LPOA 2VR4A 3PZMA 3WH8A 2PBGA 3NJ3A 1VBUA 2XGBA 3W26A 2RGMA 1AQMA 3TOPA 5I5RA 4ZXLA 1BSIA 3ALFA 1IT0A 3AZRA 3KL3A 3SUSA 1BYDA 2WZIA 2CXGA 3MS8A 3CMJA 3GH7A 3RM4A 4JHZA 3VIHA 4L4PA 1UG6A 2BVDA 4Z2HA 1UWQA 1XRVA 2CBVA 3A4XA 3CZKA 1E6QM 1J10A 1R8LA 3ARTA 1M04A 1XSKA 3T2PA 2VL4A 1XYFA 4TUFA 4OBRA 3U5UA 3BAIA 3THCA 3ARQA 4UR9A 4NRSA 3RPMA 3ZSTA 3B9DA 4AC1X 2DPEA 5A6BD 4ZENA 1KGWA 2O9PA 4XV0A 1OB0A 5DFAA 3OLDA 4Z2IA 2D0GA 3GXIA 3WBEA 1H3GA 1HXJA 1K9TA 3VIOA 3A4AA 2ZOXA 3WMBA 1IZKA 3DHUA 2WVUA 1MXDA 3AJ7A 2VTFA 5A69A 2G3JA 5EFDA 3VDHA 4B15A 3BXWA 1B3ZA 1PPIA 2IXVA 2HVMA 4IPLA 4QFUA 4B3LA 1CXEA 3WDIA 2YBUA 4H04A 5JIWA 1F4HA 4MNKA 1JXKA 1KXQA 4AEEA 4OJYA 1UKOA 1CWYA 4NF7A 3QHOA 3AYRA 2D0HA 5GNZA 3WF1A 2XVLA 3LPPA 2G3NA 1GQIA 1W1PA 4IPNB 4EK7A 2WSKA 1J12A 3VGBA 3W24A 4D71A 4PTVA 7A3HA 1C7TA 3VDAA 5BXPA 3BGAA 2DSWA 1GQKA 3AFBA 2GSJA 3CPUA 1WZLA 3RIKA 4JHOA 3WEOA 4BQ2A 2VX4A 1H41A 2VOTA 1E1FA 2VZSA 5A2CA 1GJWA 3AS0A 4JKLA 2B31A 1RPKA 4MADA 1MQQA 2XVGA 2QF8A 1TA3B 2WXDM 3VD4A 2Y24A 1I75A 1XV8A 4D6HA 1RH9A 5BXRA 2GFTA 4TVUA 1V03A 3MMWA 4WLCA 3IJ7A 1E6SM 4M80A 2FH8A 1C8QA 1UH4A 2ZXAA 2BFGA 5GPRA 2QMJA 3T09A 4EANA 1NQ6A 3MV01 1HP5A 1V0MA 2UWFA 3ZOAA 2DSZA 1E6PA 1E0WA 1LWJA 2X0YA 1KCLA 2VX6A 1U33A 2W61A 1I1WA 2CBJA 1BF2A 2V3EA 3U57A 4PMXA 4BQ5A 1HJUA 2C8NA 2CERA 1CECA 1EOMA 4HMEA 2ZUNA 1U2YA 1J11A 5IFTA 5CLWA 3AMGA 1CGUA 2YDRA 3FY1A 1UUQA 2PWGA 2W67A 4HPGA 5LA2A 1UKSA 4PMZA 1E3XA 2EPNA 3PZTA 2GUYA 1HKIA 5JBDA 3EMZA 2EBNA 5AY7A 1DP0A 2X0HA 3PHAA 3VGFA 1BFNA 4OUEA 4QAWA 4Y7EA 1HKJA 2EEXA 5CJ5A 4U5IA 3W53A 3IANA 2WBKA 1Q6EA 2WCGA 3CHEA 1G01A 1PX4A 3WBAA 3N15A 3WD0A 3CHCA 1MYRA 3AXIA 4D6GA 2E9BA 5GNYA 4UFKA 4OKDA 4WJXA 5A8QA 1V02E 4H8UA 3ARVA 1SFSA 2WMHA 2XGIA 2D22A 4RE4A 1QHZA 3N9KA 1JZ6A 5A6LA 1TMQA 1UYQA 4C7FA 1E3ZA 4CVWA 1UQZA 3VGEA 1V6XA 2XUCA 3OBAA 5IXEA 1UD6A 1W3JA 3GNOA 3QR3A 1Q4NX 4CU8A 2VR5A 3K4DA 3SUUA 2J78A 1GNXA 3CMGA 3EDDA 4F8XA 1ISWA 3O2LA 3ARWA 2DDXA 5A95A 3B9EA 4DWSD 3ZSSA 1B1YA 4AMCA 3KEHA 4DM1A 2D0FA 2PWDA 1VAHA 1GOWA 1KBBA 3RMEA 4UOJA 5IHRA 1AMYA 1BGAA 4AD2A 2WMFA 2DQXA 2G3MA 3BCFA 2UY4A 5D9OA 1JG9A 3TTOA 1UD5A 4TVDA 5CZKA 1B3YA 3UERA 2JEQA 1C91A 3AIWA 1LJYA 2ZX6A 2YL5A 5I77A 5F7UA 4TX8A 1PIFA 2OWXA 1CENA 2Y8VA 1J0HA 1GOIA 1NWUA 1L8NA 1WZAA 4DUVA 1MW1A 2QPUA 1EDTA 2QHAA 4JCLA 1NWRA 4LQ1A 1E71M 1EA9C 3VIJA 2TAAA 3HJEA 1B30A 3ZM8A 1QNRA 1FH7A 2OYMA 4PRWA 2WANA 2WMGA 4N0RA 2EQDA 3UR7A 9CGTA 3CUHA 4OZOA 3AI0A 3VIMA 1JYXA 3WH5A 3AZTA 2VI0A 3WQ6A 2X1IA 4JZ5A 1LF1A 1UD3A 4Z2KA 3BSHA 4UOQA 2WKLA 1X1NA 3OLGA 3L4TA 1WZMA 1J0JA 4WF7A 3CIVA 1MW2A 3W25A 4CD4A 1JZ3A 3DYMA 4HA3A 1V3HA 4MB1A 3CO4A 3ZIZA 1GORA 4ML4A 3AQUA 4UQEA 4HZ8A 3U5YA 5DMYA 2JALA 3PTQA 4UFMA 4KRUA 2WC7A 1R86A 1EXPA 1WB0A 1DHKA 2D24A 3W0KA 4W7VA 2OWCA 3L4WA 3A47A 3NIYA 3G6MA 4P7NA 1JXJA 4FLSA 1J01A 3OGRA 1W2PA 3FN9A 3PZOA 3WF0A 4CN6A 2E9MA 1C93A 2ZICA 4FF5A 4E4PA 6A3HA 2E3ZA 1PZ2A 3W82A 3EDFA 4GO8A 5CSUA 2BNJA 2PWEA 4WKAA 3SURA 2NW0A 4W5ZA 4YHGA 1LL6A 5D8WA 2PWFA 1G5AA 5EMYA 4CCEA 1HJVA 2G3IA 4PUDA 1CXKA 5DT5A 4FLRA 4B9YA 2F2HA 1FP9A 1V3JA 5D4YA 2D20A 1EQPA 2PF0A 4U3AA 5C70A 1WAWA 3AROA 4DWSC 4KRTA 3L4ZA 1CTNA 2E0PA 2V3DA 4JFUA 4DWSA 1QI5A 2V3FA 3GXMA 5I6SA 3A4WA 3RDKA 5E09A 2GK1A 5HNNA 5FD0A 1OT2A 2WWDA 1KFWA 1C7SA 1EIBA 4NI3A 4AZ6A 4GZEA 3MANA 5D9MA 3WUEA 4ZFMA 1V08A 4KMQA 1QNQA 3M46A 3OA5A 2XFYA 3WDJA 3ARZA 3VKKA 4W85A 4AZCB 5C8BB 3RILA 3PTMA 2YL6A 4K68A 5BWFA 1VFOA 2V38A 4AZGA 2ZUUA 4QLLA 1UZ4A 4JKKA 1R87A 2WLZA 1EQCA 4U2ZA 1NARA 3A6OA 1UKQA 3T0BA 4GI8A 1VFFA 1ZJAA 4PTXA 3N04A 3VUPA 1O7AA 1UD4A 2YL8A 1YHTA 3GDBA 3L2MA 4QDMA 2GJXA 1JI2A 1E56A 1XGZA 1XHGA 4PBGA 3L4VA 1GOQA 3T0DA 3SEPA 4JL2A 3W29A 1W9XA 3N12A 1BQCA 4RE3A 4YHEA 5JIPA 5D9PA 3VMPA 2YA2A 2VURA 2VT0A 4EE9A 1OD0A 2WCAA 5CGMA 4P8VA 3T0AA 3MUZ1 1E0VA 4M29A 4B3KA 3PZ9A 3OG2A 4LX4A 4E8CA 1BHGA 2EPKX 1OT1A 3FXYA 2ESCA 4PTWA 1JYNA 4FLQA 3M07A 3BLPX 4UQDA 5CPTA 1GUVA 1H09A 5I23A 3WN6A 4PMOA 5AC5A 4GIAA 1VF8A 4J3UA 1J18A 2AMGA 4PMDA 4M8UA 4S3KA 5M03A 1VENA 4H41A 2GJRA 3B8SA 3POHA 1G9HA 4V28A 4JFWA 1KR0A 3WFLA 3IJ9A 1HL9A 2DIEA 4PMNA 3VX1A 5IFPA 4MAZA 4NSBA 1BYBA 1WDRA 4AWEA 5M3WA 1UH2A 4J28A 2O9TA 1W9DM 1CEOA 4TX6A 2WKGA 3HN3A 3GZAA 1E0XA 3K8LA 2J7HA 3EBVA 3VDCA 2VVNA 1JGIA 1Y7VA 1EO5A 1B2YA 1JFHA 2BY0A 2OSYA 2PB1A 1FH9A 3ZT5A 3DC0A 1TZ7A 2X8RA 4JKMA 2X05A 3VINA 2WNWA 5E0FA 2O92A 5ABHA 1J0ZA 1V3KA 4AD5A 3VOCA 3WELA 4IM4A 4WSJA 3OLIA 3AMLA 4HP5A 3NSMA 4N42A 1JZ7A 3CH9A 3WF2A 3WH9A 4U33A 3CUIA 3AXHA 1R7OA 3J7HA 4UZUA 2XJ7A 3ZT7A 4GQRA 1W91A 1CGWA 3GNPA 4ZE5A 3KZSA 4LYQA 5I0DA 1H1NA 4WKFA 3VGDA 4ACZB 3BAJA 4PTMA 4ACYA 7TAAA 5ABEA 1UR2A 4KWUA 2A3EA 1HP4A 3VIPA 3CUGA 1WZKA 2O9RA 3VMOA 2ZX9A 4S3JA 4QP0A 3VM5A 4CD7A 5A1AA 1H0IA 1DWFM 2AOSA 3VM7A 2WWCA 4UQAA 1ZU8A 5CXPA 3FHQA 1FFQA 3VGGA 3B9AA 5A94A 3FHAA 1VFMA 3AXXA 2J47A 2WCSA 2XVNA 2J4GA 1CGVA 3AISA 1X6LA 3TTYA 4CD5A 4ATWA 3W6LA 5FOOA 2RGLA 5AC4A 2JFEX 3VNZA 1Q6GA 3AOFA 4Q22A 4URIA 2QPSA 4JCMA 3ZJ6A 3K8KA 5I78A 1OD8A 2V3GA 1JYWA 4HZ6A 2GJXB 2BXZA 4MB4A 1UD8A 5HDRA 1GPFA 3HMCA 2DT1A 5I79A 1CZ1A 5M17A 4ATDA 4HPHA 1ISZA 2PBOA 3MMUA 1IV8A 2W63A 4W89A 1PX3A 5FL0A 1GZJA 1ESWA 4JFVA 1MQRA 1W1TA 4F9JA 5KEZA 4YN5A 3WD1A 4ATLA 4HOXA 1VJSA 1MWOA 5CPQA 2JIEA 2WHMA 1D3CA 1TVPA 1ODUA 1FFRA 1LL4A 1K9DA 1JNDA 3AIRA 4J3VA 1KXVA 4HOWA 3RO8A 1UR1A 1W1YA 1EHAA 7CGTA 2E4TA 1JNEA 1H0GA 5HXMA 1U30A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4AD4 A;  1OGB A;  3M6D A;  1HL8 A;  2BVY A;  1ECE A;  1S46 A;  3WH7 A;  1B3V A;  3PTK A;  4CUC A;  3CHF A;  3I3B A;  1UH3 A;  3IAQ A;  3CZL A;  1MFU A;  1E4L A;  3K4A A;  2DSV A;  3UCQ A;  1QOX A;  5DT7 A;  3K46 A;  4LYP A;  4AIO A;  1J0K A;  3OGV A;  1CGX A;  4BZY A;  1TR1 A;  4MAV A;  2X09 A;  1W9V A;  2YLL A;  4PCS A;  2Z1S A;  1KWG A;  1WO2 A;  4F79 A;  3WSU A;  3D3A A;  4XB3 A;  1ODZ A;  2J79 A;  2WM0 A;  4UFJ A;  4BCE A;  4UQB A;  2FDM A;  3BMV A;  3NSX A;  5BCA A;  2OSW A;  2GDU A;  3CZ8 A;  1CGT A;  2ZUW A;  3VIF A;  5BRO A;  3NDZ A;  4M1R A;  3VD9 A;  1E6X M;  4C7D A;  2ZUT A;  3WDR A;  5A8O A;  4Z2L A;  3MSG A;  1DWA M;  1UQY A;  2VNC A;  2WVV B;  1E55 A;  3G6L A;  1IZJ A;  3ARP A;  1BPL B;  3TTQ A;  1OCQ A;  4AYS A;  2ZX7 A;  3DYO A;  1OSE A;  2NT0 A;  4CCD A;  3VO0 A;  1GOO A;  1GVY A;  2D3N A;  4BF7 A;  1R85 A;  5E9A A;  3SCS A;  1UR8 A;  2WYS A;  4TVC A;  3VPL A;  1N82 A;  1LG2 A;  1JF6 A;  4WIW A;  1JL8 A;  4UNI A;  2F8Q A;  4CU6 A;  3LPF A;  3ZQ9 A;  4P7O A;  2VCB A;  3ARR A; 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