4PMQA

Crystal structure of the mycobacterium tuberculosis tat-secreted protein rv2525c in complex with l-tartrate (orthorhombic crystal form)
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
204
structure length
204
Chain Sequence
SLGTLLDYAAGVIPASQIRAAGAVGAIRYVSDRRPGGAWMLGKPIQLSEARDLSGNGLKIVSCYQYGKGSTADWLGGASAGVQHARRGSELHAAAGGPTSAPIYASIDDNPSYEQYKNQIVPYLRSWESVIGHQRTGVYANSKTIDWAVNDGLGSYFWQHNWGSPKGYTHPAAHLHQVEIDKRKVGGVGVDVNQILKPQFGQWA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Unknown function
molecule keywords Tat-secreted protein Rv2525c
publication title Structural studies suggest a peptidoglycan hydrolase function for the Mycobacterium tuberculosis Tat-secreted protein Rv2525c.
pubmed doi rcsb
source organism Mycobacterium tuberculosis
total genus 78
structure length 204
sequence length 204
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08924 DUF1906 Domain of unknown function (DUF1906)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4pmqA00
1HJQA 1H11A 3AS0A 1MXGA 1JDCA 1V6UA 5FCZA 4WLCA 1H09A 3RIKA 4RE4A 3VD3A 2DGAA 3VIHA 5HXMA 4HZ8A 1Q6GA 1R85A 1K9TA 2WYSA 1E15A 5LA1A 1GOIA 3OLDA 5A6SA 4Y7EA 3AXIA 2WVUA 4GZEA 2G4FA 3EDFA 4B3LA 2W66A 1GONA 5I77A 3L4UA 1CECA 4UR9A 1CIUA 1MW2A 5D4YA 3CTTA 4AXNA 4B3KA 3F5KA 4OJYA 3RCNA 1PAMA 1J01A 4JFUA 5A6AA 1B2YA 5IFTA 3VX0A 1VIWA 3WD2A 1G01A 1MXDA 2VR5A 2WHLA 3ARPA 4URIA 4K68A 4NI3A 2A3BA 4F9DA 1JF6A 2WHJA 2WVTA 3A47A 4PMVA 2JF6A 2D22A 2WXDM 1KXQA 1OCQA 2YOCA 1CEOA 3PHAA 3N04A 3MANA 4HOXA 1HP5A 4D1JA 3WUGA 4CN4A 4AISA 3EDEA 8CGTA 1JI1A 1EIBA 1E3XA 7A3HA 3K46A 1UH2A 1JNEA 5JBFA 4OBSA 2CYGA 4GZJA 1ECEA 1KGXA 5D8ZA 4WSJA 1BFNA 4GIAA 4E8CA 2C8NA 4UFJA 1NOFA 3QOKA 3W24A 2FH6A 3OLIA 4MJ2A 1CNVA 1CPUA 2OWCA 3WDRA 4Z2KA 2WCAA 1SFSA 3VDAA 1N82A 2EPKX 5EMYA 1ESWA 4R27A 5D9OA 1H4PA 3T09A 1U33A 1C8XA 2ZXQA 1ZL1A 1NP2A 2ZWZA 4ACZA 3QHOA 1D2KA 3SUVA 1VJSA 1NH6A 4ZXOA 3GH7A 4CD5A 3POHA 1J0YA 2CETA 1OT1A 3PZIA 1E6SM 2CXGA 3SEPA 4CN1A 4HMEA 3WF1A 1GZJA 2WB5A 4N0RA 2Q8XA 2ZUMA 4H8VA 4LYQA 1E0WA 4J3XA 4IPLA 3ZT7A 5AC5A 3WL0A 3WMSA 3PZVA 1LL7A 4MNMA 1HP4A 1J0JA 1E5JA 1LWHA 3L4ZA 1W2PA 4YPJA 1WZLA 1BTCA 4LGXA 1J11A 4CD4A 3UEQA 4MAZA 4TX8A 1HJWA 3OLEA 4PYSA 3NSMA 4W89A 5IHRA 3T2QA 1F4HA 2J7GA 1ISYA 1CXIA 1H2JA 1ZU8A 4PMQA 2J79A 2FGZA 5CLTA 4KMQA 1CXHA 2J75A 2UY5A 3CUJA 4LYPA 4AD0A 1HKKA 3ZMRA 2EPOA 4FLRA 3W25A 1VBUA 2CKSA 3AYRA 3NDZA 3NSNA 8A3HA 1HIZA 1PX8A 4J7RA 3B9AA 4U3AA 1UA3A 4LX4A 4J3SA 2BS9A 3WQVA 1D7FA 3MUY1 3WDJA 3PZGA 5GPRA 5A8NA 3AS2A 3AHZA 2XPKA 3SUTA 2DEPA 4UQEA 2WCSA 1W1VA 2G3MA 3RM8A 3MU7A 3M07A 4ATWA 4BS0A 1UYQA 3ZSSA 1UA7A 4U2ZA 2DT3A 1G1YA 2D3NA 1XYFA 4LPCA 4AY1A 3VILA 1PJ9A 4U5IA 5BYWA 5DT7A 4BQ2A 3SCPA 4J3VA 1UQYA 3LMYA 3BCFA 4DWSD 2J8GA 2EQDA 4MNLA 4X9YA 4NZCA 2CNCA 2IXUA 2NT0A 4S3JA 5CQ1A 2XTKA 3HU7A 4P7RA 1ZBKA 1EGZA 3A4XA 4PCTA 3ZJ7A 3VIPA 4ACZB 3WH9A 3ZT5A 4CGTA 3SUUA 3GXMA 1LJYA 4JKMA 1H49A 3WQWA 1QHPA 4ATLA 4JFWA 3A4WA 2AMGA 5D9NA 1C3FA 4V27A 3CUHA 1K9DA 4Z2IA 4JHZA 2Y8VA 4JCLA 4H2CA 4JFTA 1GOQA 3RM9A 5KZ6A 1X6NA 4BQ4A 3BAWA 2QLYA 1EXPA 3J7HA 3BC9A 3VIOA 4HMDA 4KRTA 1KBBA 4EE9A 1DWGM 2BY2A 3QGVA 3VD7A 1CLVA 5A6JA 5E0CA 1YQ2A 4CU8A 3T08A 3W27A 1SMAA 2A3EA 2VQUA 3RMEA 3BAJA 2EBNA 1CDGA 1V0LA 2AAAA 4TX6A 1FHLA 5BWFA 3UG4A 2VNCA 1V3IA 4D6JA 3A6OA 1JF5A 1CGWA 4M8UA 1ZBCA 2G8ZA 3EMQA 2Y5EA 4OUEA 3WMBA 1Q6EA 1W9DM 4MJ4A 4PMDA 3WH7A 1HF6A 3DC0A 4L4OA 1QNRA 3EYPA 1GJWA 4AC1X 3L4WA 1BYCA 2WZHA 2ZXAA 4OZOA 3T0AA 2X05A 3UG3A 2XFRA 3OZOA 2WHKA 3WQ4A 1GUVA 1ZS2A 1OBAA 3VGGA 1QI3A 1ZBWA 2AOSA 1C8QA 2VZUA 1WZAA 4PMRA 3K4DA 3W6MA 4QP0A 3SURA 2DSZA 5EFFA 3WF3A 4D6EA 2VUYA 3BAIA 4W7UA 2PBOA 2ZX5A 1JYWA 1CXEA 1EOKA 1VFUA 1KWGA 1EQPA 2WMGA 3TA9A 5KEZA 2ZX7A 3OIHA 3OGRA 5DEZA 4CCEA 5JIWA 2X09A 5E09A 1IZKA 4WKFA 4GI6A 3SCQA 3FN9A 1W32A 4JFSA 1MFVA 1C91A 3IJ7A 2C0HA 1XGZA 1M03A 1OT2A 2FHCA 1GQIA 1DWAM 4AW7A 3D3AA 1KBKA 3QHMA 5A94A 3AROA 2VX5A 1GVIA 2J4GA 3MKKA 3WNNA 1QOXA 2YJQA 4TOQA 3VKKA 1BVZA 2X2YA 3NDYA 3CUIA 4UOZA 3ARWA 2CEQA 4DUWA 3W53A 3AYSA 3AMKA 4CCCA 3GH5A 4AZ7A 4J3WA 4GKLA 4TTGA 5IDIA 2WVVA 1V0KA 4FMVA 3CZKA 1Q4NX 1UD6A 3M6DA 3ZIZA 2NW0A 1W2VA 3WIJA 2WCGA 4BQ5A 1PBGA 5EFDA 1R87A 3WENA 5CPSA 5DO8A 2XWDA 1FA2A 4P8VA 5ABFB 1B90A 1EDTA 1KR0A 3ZOAA 3G6MA 3VGEA 4YHEA 4MDPA 4EAMA 1IZJA 3IJ9A 3SCRA 5ABGA 4AZ6A 3I3DA 4KWUA 1W9PA 2E3ZA 5GQBA 4A4AA 3WF2A 1EA9C 4QFUA 4AZHA 1B3YA 2QHAA 1RD6A 4JKLA 1MW1A 3BSGA 3SCSA 4C7GA 1HL8A 4EK7A 2VZTA 1VFFA 2WC3A 2WW5A 1E40A 3GNRA 3WL1A 3CHEA 5I3DA 1HVXA 1UKQA 2WMJA 4P7NA 2X1IA 4WKHA 5DT5A 2F61A 5A2BA 3WNKA 1O7AA 4H8HA 4MNKA 3AIEA 3AMLA 1UWQA 3I3EA 2EEXA 3VDBA 1FFRA 4Z2LA 1GVYA 4MTVA 4U31A 3ZM8A 1US3A 3FXYA 4IM4A 3VMOA 1MQQA 1E55A 1TVPA 3ALGA 1IV8A 1HT6A 1YHTA 3APGA 3K8KA 4AIOA 1FOBA 2BY3A 2XM1A 1X1NA 3BH4A 3GNPA 3ZT6A 2Y24A 1C90A 3AFBA 1WDPA 2XSAA 3NCOA 1VAHA 3VIMA 3IAQA 1V08A 5E70A 1JD7A 1ZB5A 2V38A 4ZENA 1H1NA 5FIPA 1NQ6A 4EANA 2CHNA 1Y7VA 4PRWA 2D24A 2XIBA 3FW6A 1QW8A 1XC6A 1XSKA 1H5VA 4PEEA 1UHVA 4ATDA 5IFPA 3I3BA 5AY7A 2WLZA 4Q22A 3SCVA 5LA0A 2A3CA 4E8DA 1MYRA 3VDCA 1CXFA 1GOWA 1DEDA 2J7EA 2WVVB 3F5LA 3HN3A 2D3LA 4TUFA 2G3IA 4WIWA 3WQ8A 2PC8A 2ZICA 1KFWA 4D6GA 2VCCA 1FHDA 2VI0A 3WFZA 3MUIA 4CD6A 3M7SA 1R7OA 4CCDA 1UKSA 2D0GA 1E6ZA 2WVSA 2CKRA 5JUVA 4UOQA 2XVKA 1C8YA 1V3KA 3TTYA 5A6KA 1V0MA 2VMFA 4TTUA 1WDQA 3VMNA 1R86A 4FLQA 2JIEA 2WZEA 2XFYA 3DHUA 3FHAA 3WNLA 1V3HA 4DM2A 4X0VA 3VM5A 4AD5A 4CVWA 3OZPA 1GOKA 3ZJ6A 3ALFA 4AEEA 1TZ7A 2ZE0A 4GXPA 3O2LA 2WLYA 1W1PA 2DSKA 3NYDA 4J3TA 5A95A 2ZUWA 2BHUA 1TA3A 3GDBA 2ZWYA 2Y2WA 1B1YA 4QAWA 5BXPA 1NP0A 1QW9A 4B15A 1VEMA 3ZJ8A 2XGBA 4XZWA 4RE3A 2O9OA 1HJVA 1HJSA 4DM1A 3AZTA 1EHNA 2VX4A 1W3JA 1E5NA 1PPIA 3SCUA 4E2OA 1B3VA 4WK9A 3M46A 3TTQA 3TTOA 3W81A 1JDAA 1XH1A 2E9BA 2UWFA 4PMYA 4XZBA 1QI2A 1VB9A 4NSBA 2DDXA 1JXJA 1IT0A 1B3ZA 3AHYA 5CLWA 1LL6A 4JHOA 5CSYA 1WPCA 1F4AA 2XSBA 4AMCA 1SMDA 1XCWA 1JXKA 1E6NA 4W7WA 1R7AA 3PTMA 1GW1A 2QMKA 4OOZA 3AMDA 1UQZA 2WSKA 5HDRA 3PTQA 1W1YA 3HJEA 5IXEA 2ZXBA 1V6WA 3IJ8A 4HZ7A 1ISVA 5BXSA 4J3UA 1FH9A 4LYRA 2DH3A 3AICA 1DWIM 1GNXA 2J7DA 3MMWA 3DHPA 2VX6A 1SR0A 4CD8A 2Z1KA 4PTMA 3VOCA 1UR1A 4C7DA 5I78A 2JFEX 1XSJA 5HPCA 1NOUA 1KCLA 1P6WA 3GBDA 1JYVA 1CBGA 3WD1A 1J0IA 3E1F1 1HN1A 4GO8A 1HL9A 1VEOA 1PZ2A 3ZR5A 2O92A 2X0YA 2YLAA 2PF0A 1BSIA 2OWWA 3W38A 2O9TA 1QPKA 1GCYA 1CGXA 1MQRA 3WNPA 4XV0A 2D2OA 5C8BB 1RP9A 1TA3B 4OKDA 5BXRA 1CTNA 4NRSA 1V03A 3U57A 3ARXA 3S2CA 4W5UA 3VM7A 2W5FA 5AYIA 1B0IA 1M04A 4W93A 4BCEA 1VJZA 1AMYA 4JZ5A 1VENA 1H0GA 5GNYA 2IUZA 3MMUA 1E1FA 1HKIA 3VIJA 3WQ6A 1GQLA 1EO7A 3VMPA 5CJ5A 1UD2A 1UD3A 1XHGA 3NJ3A 2Z1SA 3TOPA 3VIKA 2XVNA 2Y4SA 1HKMA 3AIQA 3K1DA 1E71M 1I1WA 1GQJA 1AQMA 1M01A 3LPFA 1UKPA 3PZUA 2ZIDA 2WWDA 2NSXA 4W5ZA 1E4NA 5A2AA 5CZKA 3BLPX 3MSDA 3VU2A 5BROA 2JEQA 3WF4A 4WSKA 3MV11 1J12A 3FY1A 1GQKA 3VIGA 4UFHA 4CU6A 2V5DA 2OYLA 2GSJA 1V6XA 2E9MA 2D20A 3SCTA 3CZEA 3ARVA 3QOMA 1XD1A 3OG2A 1NARA 2GFTA 1EQCA 4JIEA 3K8MA 1GOOA 4HOWA 3U5UA 5FL0A 3W0KA 3TTSA 2DT1A 5GNXA 1QBAA 1VBRA 1UR4A 3ECQA 4MNJA 2CBVA 4BA0A 3W4RA 3EDDA 2J74A 2F2HA 5C71A 2XYLA 4ZFMA 3DECA 3UR8A 2BV9A 1JNDA 3O9NA 3WEOA 2BXZA 1BPLB 6CGTA 2CCRA 4W8AA 2J7CA 3CIVA 2VC9A 3LPOA 4S3KA 7CGTA 2YDSA 1JZ8A 5ECUA 3GM8A 4P8WA 2W63A 2G3NA 1BVNP 4U5KA 4CUCA 2JF7A 1VFOA 1BLIA 2YKKA 2DT2A 1OD8A 1Q6FA 4Z2GA 2WMIA 3POCA 5A8QA 1VRXA 2PI6A 1RH9A 2WMHA 1W9XA 3ARUA 1UH3A 2EPNA 1X6LA 2JE8A 3GYCA 4UCFA 2YDQA 1C7SA 1W3HA 1GHSA 5ABFA 3LPPA 3N13A 1ISXA 5DF0A 1V02A 3TONA 3WQ5A 5D8WA 3AZSA 1G5AA 3MUAA 3W28A 2V5CA 1TUXA 3AS1A 3L4YA 2JALA 1HVQA 4ZE5A 1CYGA 1QI4A 5EBAA 1JZ4A 2XGIA 3VD5A 3BMWA 3OBAA 1JG9A 2WZIA 1Q6CA 1E6PA 1L8NA 3W82A 1HKJA 4D6IA 1U30A 4GINA 4N42A 4QDMA 2WPGA 4XUYA 4PBGA 1FH7A 1QNQA 4J28A 3CHCA 1BGGA 2XWEA 3KZSA 1E1EA 1MFUA 2OSYA 4A3YA 1NM9A 2V3FA 3B9DA 1ZJAA 3FNDA 4D72A 1TCMA 1BG9A 4MB5A 4RL3A 3QR3A 3WD4A 2BY0A 4UZUA 3WBAA 2WWCA 1UR2A 3WSUA 1R8LA 2EJ1A 4KGJA 2VR4A 4EKJA 4P8XA 1XH2A 4TXEA 1G9HA 1KXHA 4UFLA 4MDOA 1ODZA 9CGTA 3OLGA 3PZ9A 3ZO9A 1GORA 1QHOA 1LG2A 3AIWA 1VFMA 3AISA 1UZ1A 1CWYA 2ZUSA 1B30A 3AXHA 4M81A 1CLXA 2BXYA 2XVGA 3T2OA 1SYTA 3AJ7A 3WH6A 4FLOA 2GJRA 2W4XA 1WE5A 1UKOA 3WMCA 3FAWA 2DSWA 3ARYA 4H04A 3WH8A 4Z2JA 3PTKA 1ODUA 4UQCA 1JYNA 2YBTA 1NOWA 1ISZA 3IAPA 5I0DA 5D9PA 3CLWA 4PUEA 1AQ0A 4U33A 4GO9A 2WMIB 1BQCA 1TR1A 1V3LA 1UWSA 3KL3A 4Z2HA 5HPOA 1WNOA 2J77A 1W9VA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HJQ A;  1H11 A;  3AS0 A;  1MXG A;  1JDC A;  1V6U A;  5FCZ A;  4WLC A;  1H09 A;  3RIK A;  4RE4 A;  3VD3 A;  2DGA A;  3VIH A;  5HXM A;  4HZ8 A;  1Q6G A;  1R85 A;  1K9T A;  2WYS A;  1E15 A;  5LA1 A;  1GOI A;  3OLD A;  5A6S A;  4Y7E A;  3AXI A;  2WVU A;  4GZE A;  2G4F A;  3EDF A;  4B3L A;  2W66 A;  1GON A;  5I77 A;  3L4U A;  1CEC A;  4UR9 A;  1CIU A;  1MW2 A;  5D4Y A;  3CTT A;  4AXN A;  4B3K A;  3F5K A;  4OJY A;  3RCN A;  1PAM A;  1J01 A;  4JFU A;  5A6A A;  1B2Y A;  5IFT A;  3VX0 A;  1VIW A;  3WD2 A;  1G01 A;  1MXD A;  2VR5 A;  2WHL A;  3ARP A;  4URI A;  4K68 A;  4NI3 A;  2A3B A;  4F9D A;  1JF6 A;  2WHJ A;  2WVT A;  3A47 A;  4PMV A;  2JF6 A;  2D22 A;  2WXD M;  1KXQ A;  1OCQ A;  2YOC A;  1CEO A;  3PHA A;  3N04 A;  3MAN A;  4HOX A;  1HP5 A;  4D1J A;  3WUG A;  4CN4 A;  4AIS A;  3EDE A;  8CGT A;  1JI1 A;  1EIB A;  1E3X A;  7A3H A;  3K46 A;  1UH2 A;  1JNE A;  5JBF A;  4OBS A;  2CYG A;  4GZJ A;  1ECE A;  1KGX A;  5D8Z A;  4WSJ A;  1BFN A;  4GIA A;  4E8C A;  2C8N A;  4UFJ A;  1NOF A;  3QOK A;  3W24 A;  2FH6 A;  3OLI A;  4MJ2 A;  1CNV A;  1CPU A;  2OWC A;  3WDR A;  4Z2K A;  2WCA A;  1SFS A;  3VDA A;  1N82 A;  2EPK X;  5EMY A;  1ESW A;  4R27 A;  5D9O A;  1H4P A;  3T09 A;  1U33 A;  1C8X A;  2ZXQ A;  1ZL1 A;  1NP2 A;  2ZWZ A;  4ACZ A;  3QHO A;  1D2K A;  3SUV A;  1VJS A;  1NH6 A;  4ZXO A;  3GH7 A;  4CD5 A;  3POH A;  1J0Y A;  2CET A;  1OT1 A;  3PZI A;  1E6S M;  2CXG A;  3SEP A;  4CN1 A;  4HME A;  3WF1 A;  1GZJ A;  2WB5 A;  4N0R A;  2Q8X A;  2ZUM A;  4H8V A;  4LYQ A;  1E0W A;  4J3X A;  4IPL A;  3ZT7 A;  5AC5 A;  3WL0 A;  3WMS A;  3PZV A;  1LL7 A;  4MNM A;  1HP4 A;  1J0J A;  1E5J A;  1LWH A;  3L4Z A;  1W2P A;  4YPJ A;  1WZL A;  1BTC A;  4LGX A;  1J11 A;  4CD4 A;  3UEQ A;  4MAZ A;  4TX8 A;  1HJW A;  3OLE A;  4PYS A;  3NSM A;  4W89 A;  5IHR A;  3T2Q A;  1F4H A;  2J7G A;  1ISY A;  1CXI A;  1H2J A;  1ZU8 A;  4PMQ A;  2J79 A;  2FGZ A;  5CLT A;  4KMQ A;  1CXH A;  2J75 A;  2UY5 A;  3CUJ A;  4LYP A;  4AD0 A;  1HKK A;  3ZMR A;  2EPO A;  4FLR A;  3W25 A;  1VBU A;  2CKS A;  3AYR A;  3NDZ A;  3NSN A;  8A3H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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