The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
64
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sequence length |
154
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structure length |
154
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Chain Sequence |
MVLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Oxygen transport
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| molecule keywords |
Myoglobin
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| publication title |
Goniometer-based femtosecond crystallography with X-ray free electron lasers.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Physeter catodon
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| total genus |
64
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| structure length |
154
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| sequence length |
154
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-05-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1SHR A; 3ZOL A; 2QU0 A; 3OVU C; 2RI4 B; 1NIH A; 2AV3 A; 1HCO A; 3WCP B; 3SZK A; 2ZFB A; 1YOI A; 1M9P B; 3EU1 B; 1O1J A; 2MGE A; 1HSY A; 1C40 A; 1XZ5 B; 4N7N A; 3WCU D; 2HCO B; 2DN2 B; 3HHB B; 1HV4 A; 3UHU A; 1Y7Z B; 1A0Z A; 2V1K A; 3BJ1 B; 2VLX A; 3U3E A; 1HAB B; 1MWC A; 4MQK A; 2MGJ A; 1MYF A; 3BJ2 A; 5JDO C; 2ZT2 A; 5HBI A; 4VHB A; 2W72 A; 5CNF A; 5E6E B; 3WCT D; 1GBV B; 5MBN A; 2VLZ A; 5EUI B; 4M4B A; 1A00 A; 1RQ4 A; 2W6W A; 4U8U D; 1V4W A; 3PI4 A; 1Y09 A; 2H35 A; 1YOG A; 1NS6 B; 4F6G A; 3ARK A; 2ZSY A; 1BZ1 A; 1CH2 A; 1XYE A; 1URY A; 2VM0 A; 1J41 A; 1VXC A; 1VRF A; 2HBF B; 4QAU A; 1Y7G A; 5C6E B; 1JP9 A; 3GLN A; 4L7Y B; 4MQJ A; 5F0B A; 3ED9 A; 1NEJ B; 2FRF A; 1RPS B; 1HAC A; 4U8U C; 3UH3 A; 2G0V A; 2HBE A; 1BZR A; 1S5X B; 3EOK A; 3HEP A; 2RAO B; 1RQ3 A; 2DN1 B; 3ZJI A; 2OHB A; 4F69 A; 1YEQ B; 4DWU A; 2ZSZ A; 1Y4B B; 2ZS0 A; 3GQG A; 2AUQ A; 1XY0 B; 2G11 A; 4F6I A; 1Y46 A; 2XKG A; 1VHB A; 3EDA A; 110M A; 1Y4R A; 1NZ3 A; 2LH7 A; 1KFR A; 1JPB A; 5CN6 A; 1DUO A; 1I3E A; 2G0S A; 2NRL A; 3HXN B; 3PI8 B; 1YG5 A; 3A0G B; 1LFZ B; 1CH1 A; 1OBM A; 4TYX A; 1BAB B; 1J3Z A; 1A6M A; 1Z8U B; 3QM9 A; 4NK1 A; 1DLW A; 3NL7 A; 2HZ2 A; 1T1N A; 2ZT1 A; 5CN9 A; 3AQ7 A; 2HBG A; 2OIF A; 3G46 A; 1MTK A; 1Y7C B; 1KR7 A; 1O1O A; 3NFE A; 2ZFO A; 2H8F B; 2R4X A; 1R1X B; 4ODC B; 2ZLT A; 4U8U B; 1YE0 B; 2G0Z A; 2Z6S A; 1HHO A; 2DN3 B; 2B7H B; 3GQP A; 2SPM A; 1ECN A; 3OZU A; 2FAM A; 1O1K B; 4G1B A; 4HRR A; 3QMA A; 4O4T A; 1UIW A; 1YGD B; 4F6B A; 3D4X B; 3HF4 B; 1LA6 B; 3HRW A; 3LR9 A; 3WFT A; 3ASE A; 2PEG B; 1MLQ A; 1A3O B; 1NS9 B; 1Y4V B; 2EKU A; 3MYM A; 3K3U A; 3GOU A; 1Y8K A; 4PQB A; 1MLR A; 1Y5J A; 6HBW B; 1BVD A; 2VYW A; 1MLS A; 5JDO E; 1YVT A; 2HBD A; 2VHB A; 2D60 A; 5B84 A; 1UX9 A; 1JY7 A; 3UHG A; 2EVK A; 3WHM B; 1Y22 B; 3VRG A; 4HSW A; 4FWY A; 2OH8 A; 3M39 A; 3W4U B; 5CNB A; 4O35 A; 1Y2Z B; 1YOH A; 1HBH A; 1YE2 B; 1NPF A; 1RTE A; 1J40 A; 102M A; 1CLS B; 1QPW B; 2AUR A; 4TWU A; 1J3Y A; 1MTJ A; 1MOH A; 2ZT3 A; 1HGB B; 2MYC A; 2RI4 A; 1K1K B; 4F6D A; 3IC2 A; 5CNE A; 3WCP A; 3A5B A; 1BZZ A; 1FDH A; 2BLJ M; 2SPN A; 1VRE A; 3HYU A; 1YMB A; 3EU1 A; 1XZ5 A; 1DKE B; 2MYB A; 2ZSN A; 2HZ3 A; 3LB3 A; 1YHU D; 1QXD B; 1O1P B; 2HCO A; 3HHB A; 3ZJQ A; 1MNH A; 1Y7Z A; 1HBA A; 1J7Y B; 3GYS B; 2G12 A; 2VEE A; 2QSS B; 1Y8W B; 4KMV A; 5E6E A; 1ABS A; 2H8D B; 1CQ2 A; 4JYQ A; 2D2N A; 2ZT4 A; 1MYZ A; 1O1L B; 5CN5 A; 1DXT B; 1LTW A; 4F4O B; 1A4F B; 5EUI A; 4ROL B; 1NS6 A; 3LB4 A; 3UHZ A; 3A59 B; 3H58 A; 2FRJ X; 1HRM A; 1QI8 B; 3WI8 A; 1UVX A; 5EE4 D; 2D5Z B; 3ORD A; 5C6E A; 2R4Y A; 3ZJO A; 1LFT B; 1BBB B; 2AUO A; 1MLJ A; 1RVW B; 5ILP A; 1U7S A; 3WFU A; 3R5I B; 4MU5 A; 1RTX A; 3TM9 A; 2AUP A; 4HRT B; 1NEJ A; 1RPS A; 3NG6 B; 3E4N A; 2O5Q X; 2GTL D; 1HJT A; 3MOU A; 1VXE A; 3UH7 A; 3LB2 A; 3PI2 A; 1CH5 A; 1S5X A; 3QM8 A; 4ESA A; 2DN1 A; 4MQI A; 2SPL A; 4G51 B; 1YHE B; 1YIH B; 1YEQ A; 2CMM A; 2O58 X; 3M38 A; 1Y4B A; 3WFW A; 4N8T B; 1WMU B; 1XY0 A; 2GL3 A; 1NZ2 A; 2HHD A; 2DHB B; 3VAU A; 1GCW A; 3WCW D; 2G14 A; 3A0G A; 4O2G A; 1CMY B; 1MNJ A; 4YU3 B; 2QFN A; 1B0B A; 3WCU A; 2GNV A; 3NMM A; 4AVD A; 5KDQ B; 2WTG A; 5EV5 A; 3QJE B; 2R1H A; 1Y0D B; 2BW9 M; 3G4Y A; 1PBX A; 1MBS A; 4AVE A; 4B4Y A; 1LH5 A; 1S0H B; 1ABY A; 1IBE B; 1X9F C; 2MHB B; 3UHE A; 1Y7C A; 1QSI B; 3WCT A; 2AA1 B; 1JP6 A; 1NZ5 A; 2BNL A; 2ZS1 C; 1Y0T B; 5F2A A; 2ZSQ A; 1R1X A; 6HBI A; 1QSH B; 3D7O B; 4ODC A; 3ZJH A; 1XQ5 A; 4U8U A; 1YE0 A; 2SPO A; 3QM6 A; 5C6Y A; 5HY8 B; 2DN3 A; 5AZR A; 1MOC A; 3S65 A; 1Y8H B; 1YEU B; 1GVH A; 1GLI B; 1V75 A; 4OOD A; 3BOM A; 3D4X A; 3HF4 A; 1LA6 A; 1DO4 A; 4NI0 B; 1CP0 A; 5M3S A; 3UHV A; 1YEN A; 112M A; 5HU6 B; 2PEG A; 1A3O A; 1HDB A; 1Y4V A; 4LPI A; 1G9V A; 1LH1 A; 2QFK A; 1XZU B; 3D1K B; 1YHR B; 3BJ3 B; 1L2K A; 1AJG A; 1Y0A B; 1DO7 A; 3AQ9 A; 1MNK A; 3KUO A; 4TWV A; 2MGB A; 1XZ4 A; 2QLS B; 3ODQ B; 3MJU B; 1BZ6 A; 1J7S A; 3HC9 A; 2QSP A; 2ZLV B; 1HGC B; 1A3N B; 1SI4 B; 3WHM A; 4PQC A; 2BKM A; 1XZ2 B; 1MKO A; 5CHR A; 1ECD A; 1I3D A; 3PI3 A; 1HBG A; 3G4U A; 3W4U A; 1X9F B; 3G4Q A; 107M A; 2HBC B; 2Z8A A; 3WCW B; 4L2M A; 1YE2 A; 1CLS A; 2WTH A; 2GRZ A; 1R1Y B; 3FS4 B; 3PEL B; 1C7D B; 109M A; 5JDO D; 1FSX B; 5ILR A; 2V1I A; 2ZLW B; 1MYI A; 1X46 A; 3MN0 A; 5KER A; 4GZG A; 1A9W A; 3AT6 B; 1Y31 B; 4NI1 A; 1SDK B; 1KD2 A; 1QXD A; 3KMF C; 4KMW A; 2BLI A; 5EU2 A; 1CG8 B; 4KJT A; 1J7Y A; 1MWD A; 3GYS A; 3ZJR A; 4NXC A; 2D2M C; 3UH5 A; 3WTG B; 1CP5 A; 2MGH A; 2OH9 A; 2QSS A; 1Y8W A; 2C0K A; 1U7R A; 3S1J A; 2H8D A; 1URV A; 1V4U B; 3A2G A; 1YH9 B; 3ONZ A; 1YZI B; 4MPM A; 1MTI A; 3A5A A; 1A4F A; 1MYM A; 1O1M B; 3PI1 A; 2W6V B; 3DHT A; 3E5I A; 1Y85 B; 3CIU A; 3HEN A; 1CH4 A; 2W6X A; 4KN3 A; 3A59 A; 3PIA B; 2YRS A; 4XS0 A; 2GRH A; 3MKB B; 1Y4F B; 1OJ6 A; 3QQR A; 3ECZ A; 4B3W A; 108M A; 3OJ1 A; 3AT5 A; 1XXT B; 2VEB A; 1S61 A; 1BBB A; 1D8U A; 1Y4Q B; 1SPG B; 2IG3 A; 3QQQ A; 3DHR A; 1MOB A; 3O89 A; 4HRT A; 2D6C A; 1HBR B; 1FN3 B; 1GBU B; 3D17 A; 3NG6 A; 2NRM A; 3PT7 B; 2FRI X; 1G0B A; 1YEO B; 4MQH B; 3LR7 A; 3M3A A; 3WR1 B; 4DC8 A; 1WLA A; 1HBB B; 4SDH A; 4G51 A; 1YHE A; 1YIH A; 1V9Q A; 3OO4 A; 4N8T A; 1WMU A; 2DHB A; 1MWB A; 4O4Z A; 1GZX B; 2ZSO A; 1LFL B; 1JW8 A; 1MDN A; 1Y7D A; 3WCV C; 1QXE B; 4DWT A; 3ECX A; 1SPE A; 3UHW A; 3UHQ A; 1O1N B; 5E83 B; 1AJ9 B; 1YHU A; 2D5X A; 3UH6 A; 1FAW B; 4FH7 A; 4PNJ A; 1MBO A; 5KDQ A; 3UHH A; 4MQC B; 1Y8I B; 1YDZ B; 1Y0W B; 3P5Q B; 1S0H A; 3IXF A; 1BIN A; 1EWA A; 1LH7 A; 1HGA A; 105M A; 2MHB A; 2WY4 A; 1QSI A; 2AA1 A; 2EB8 A; 3AQ6 A; 2ZLU B; 3VRE B; 1OUU A; 1OR4 A; 1CIK A; 2Z6N B; 1IDR A; 1H1X A; 1YEU A; 1NZ4 A; 3GK9 A; 4ROM B; 1IWH B; 3GKV B; 2PGH B; 1JDO A; 1NQP B; 1C7C B; 1MLF A; 5EET A; 1MLK A; 2VYY A; 1YVQ B; 4NI0 A; 3V2V A; 3BCQ B; 3SDN A; 5HU6 A; 1V4X B; 3G53 A; 2DC3 A; 3GKT A; 2MYD A; 1UFP A; 3UHX A; 1XZU A; 3WCV B; 2GTL A; 2ZSR A; 3D1K A; 1AJH A; 2HHB A; 1MCY A; 1LFV B; 1BUW B; 1LFY B; 4H0B A; 1OR6 A; 1JEB A; 1ASH A; 1OFJ A; 3AG0 A; 3ODQ A; 3MJU A; 4HBI A; 3OZV A; 4M4A B; 1N9H A; 1V07 A; 2ZLV A; 2MGG A; 1A3N A; 1SI4 A; 1XZ2 A; 1Y0C B; 1LH2 A; 2LH1 A; 1A0U B; 4IRO B; 3UBV A; 2HBC A; 3WCW A; 1YFF A; 4HHB B; 1YEV B; 2ZT0 A; 3UHY A; 1HDS B; 1VXF A; 1S5Y B; 1S6A A; 1IRC A; 1YGF B; 1R1Y A; 3FS4 A; 1C7D A; 2E2Y A; 2R4Z A; 3ZH0 A; 5HLQ A; 1G08 B; 2ZLW A; 1A6K A; 1M9P A; 2NSS A; 1VXH A; 4X0L B; 2FRK X; 3AT6 A; 2ZFB B; 1Y31 A; 2HHE B; 1SWM A; 2DN2 A; 2Z85 A; 1C40 B; 1CPW A; 1B86 B; 3BJ1 A; 1Y4G B; 1HAB A; 1DWT A; 1CG8 A; 3CY5 B; 1HV4 B; 2GKN A; 106M A; 1CQX A; 1A0Z B; 2ZS0 C; 5B85 A; 1GBV A; 1VWT B; 3BJ2 B; 1AZI A; 2MGF A; 5JOM A; 1V4U A; 1YH9 A; 3ARL A; 3PT8 B; 1YZI A; 3OO5 B; 5CN7 A; 1SDL B; 5CN8 A; 2MGL A; 3B75 B; 2W6V A; 4FWX A; 1Y85 A; 1GCV B; 1A00 B; 1Y4P B; 1VXA A; 1TES A; 2HBF A; 1O16 A; 3DUT B; 1Y4F A; 1XYE B; 4L7Y A; 2R50 A; 2W31 A; 1LHS A; 1Y5K B; 1J41 B; 4YU4 B; 1XXT A; 1M6M A; 1CIO A; 1ITH A; 1Y4Q A; 3IC0 B; 5D1V A; 2ZFO C; 4HSX A; 1TU9 A; 4MQJ B; 3MYN A; 1FN3 A; 1GBU A; 3AQ5 A; 1MNO A; 1JL7 A; 2RAO A; 1MLU A; 1MLO A; 1YEO A; 3NML A; 2HBE B; 1DXU B; 2EKT A; 1JWN A; 1BVC A; 3S48 C; 3K8B B; 1X9F D; 1HBS B; 1Y45 B; 2ZSX A; 2R80 B; 3HXN A; 2ZS0 B; 3PI8 A; 3GQG B; 4IT8 A; 1CG5 B; 3UHC A; 1LFL A; 2ZS1 D; 1LFZ A; 2G0R A; 2V1H A; 1QXE A; 1BAB A; 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104M A; 1J3Y B; 4MBN A; 3ZJL A; 3RGK A; 2M6Z B; 1FHJ B; 1DKE A; 4X0L A; 3IC2 B; 1BZZ B; 5HLX A; 1O1P A; 2HHE A; 3HYU B; 1UT0 A; 1WVP A; 1B86 A; 1Y4G A; 1CBL A; 4G1V A; 3CY5 A; 2FAL A; 1HBA B; 3G4V A; 1VWT A; 1ECO A; 2AV0 A; 1O1L A; 1DXT A; 2VYZ A; 4F4O A; 1DWS A; 3VHB A; 3PT8 A; 2D2N B; 1DXV B; 2V1E A; 3OO5 A; 4ROL A; 1SDL A; 1IT2 A; 3B75 A; 3WCU C; 1QI8 A; 1GCV A; 2Z6T A; 1DXD A; 1Y4P A; 1ABW B; 2G10 A; 3E55 A; 3QJB B; 3GQR B; 3DUT A; 3LB1 A; 2D5Z A; 1FCS A; 2HZ1 A; 4N7P B; 1LFT A; 1RVW A; 1MLG A; 1Y5K A; 1IOP A; 1DWR A; 3R5I A; 4YU4 A; 103M A; 1MBC A; 1JF3 A; 1MYT A; 3WCT C; 3KUN A; 3IC0 A; 4XDI A; 3WCV D; 1OUT B; 1MLM A; 4MAX A; 3MJP B; 3G4R A; 1NGK A; 2MGM A; 1A01 B; 1YMC A; 3QZZ A; 3A5G A; 1FLP A; 1DXU A; 1CH3 A; 2ZST A; 4NXA A; 1BZP A; 1N9F A; 4ESA B; 1JZM A; 2MBW A; 4MQI B; 2D2M B; 111M A; 1XZ7 B; 3K8B A; 3BA2 A; 5EYJ A; 1HBS A; 1Y45 A; 2R80 A; 3GDJ B; 1G09 B; 2HHD B; 1CMY A; 2LH6 A; 5JGG B; 3WFX A; 1CG5 A; 1CO9 A; 1GCW B; 4YU3 A; 1C7B B; 3UHI A; 4MXK A; 1JF4 A; 2XYK A; 3IA3 B; 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