4PODA

Structure of triosephosphate isomerase i170v mutant human enzyme.
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
245
structure length
245
Chain Sequence
RKFFVGGNWKMNGRKQSLGELIGTLNAAKVPADTEVVCAPPTAYIDFARQKLDPKIAVAAQNCYKVTNGAFTGEISPGMIKDCGATWVVLGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKVIADNVKDWSKVVLAYEPVWAVGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKSNVSDAVAQSTRIIYGGSVTGATCKELASQPDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Triosephosphate isomerase
publication title Triosephosphate isomerase I170V alters catalytic site, enhances stability and induces pathology in a Drosophila model of TPI deficiency.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 86
structure length 245
sequence length 245
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 2014-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4podA00
4A29A 3PUDA 3LHUA 2ZZ7A 3FLUA 3DU0A 3GNNA 3GNDA 2UV8G 3LX9A 3H55A 3IV3A 3HO8A 3GB6A 3IIOA 3S42A 1DORA 4U4MA 4AEOA 2XN0A 5KZDA 4NXKA 3W7RA 1Q45A 1QAPA 1TMHA 3BW4A 1NF7A 5G2HA 1P5BA 1EP2A 4JY9A 4DXVA 2RDTA 1XDLA 3UWYA 4LVDA 3SR7A 4FB7A 5F2IA 1OFOA 3G1AA 5LHFA 1TPWA 5AN7A 3LBCA 4O53A 3LTSA 1WDWA 2JKPA 2QEZA 4MY9A 1VRDA 4UMAA 4K7YA 4B5NA 1L6WA 1W5PA 4O16A 4JTFA 1EPXA 2DZXA 3HB9A 3OA3A 1WBJA 4YLWA 3BW2A 4AHOA 5DBUA 4R34A 1ZCOA 2GJNA 2Y62A 3JS3A 5TBOA 4R53A 1D9EA 3W2NA 2R8WA 1I2NA 3MBDA 1RQBA 4N9BA 1OFAA 2ZBTA 4O12A 3G1XA 3NAVA 4CQAA 2GVLA 2PRHA 4IMDA 3DFPA 1Q3NA 4AB4A 3W7IA 4NT0A 3G1DA 1HG3A 2FIQA 2QCEA 4CCCA 1QPOA 4LY8A 3SY5A 2H8XA 4ADSA 1GOXA 3C2FA 5KSWA 2E5BA 1VYPX 3G3DA 3GDMA 3LXBA 3G18A 3TAKA 4ML9A 3MWAA 3W23A 3KXQA 3G0SA 3DHDA 1EA0A 1IIHA 3W7QA 2DZUA 3RU6A 3R2GA 1EX5A 1O5KA 5CZJA 3STCA 1KFEA 3MBFA 2ZCGA 1TJRA 1N55A 1KV5A 5LNVA 5D02A 3A24A 2HS8A 3NGJA 1F5ZA 3I7RA 3A22A 4A22A 2CLHA 3NQDA 4S2CA 4RXFA 6TIMA 1L2UA 3PVFA 3WJXA 5BW6A 2FTPA 4FX6M 5G5IA 5K7JA 3PC0A 2GOUA 4WOQA 3LOTA 1YTEA 3ZWSA 1OJXA 4D2JA 2X1RA 4TO8A 1K7XA 3W1NA 5HUOA 1XBZA 3DKJA 3W1TA 3KFTA 1VLIA 2FFCA 1VS1A 3BGGA 4NXSA 1FWTA 1HO4A 1VZWA 1JQXA 3NQAA 2FLIA 4FHAA 2C1HA 5HINA 3CC1A 1PHQA 2VEIA 1KFBA 3TCEA 4K36A 3TXZA 3TE9A 3WJZA 3P62A 3PWAA 4PC8A 2ZA2A 2HMCA 5D04C 1LZOA 3EXTA 4ZQPA 1K8XA 3W7PA 3EWUA 1OYAA 3LCHA 3EX3A 2WNQA 2CZ5A 4UTWC 4I9AA 4KWWA 1DVJA 1SZEA 3L2IA 5DXXA 4Q33A 1OG0A 2FJKA 4ALDA 5BMWA 1VH7A 2A6LA 3HG5A 4GUJA 1Z44A 4MYAA 4CQ9A 2Z6JA 3O6CA 3W3OA 4GUFA 5AHIA 1ZY9A 3BO9A 3FEMA 3BPWA 5BOOA 5GVJA 1TV7A 2CW6A 2E6DA 4UFKA 1SW3A 3C6CA 1JRCA 4YL2A 2QCDA 3M47A 1Z41A 2H3BA 5KZMA 1X7FA 3W1RA 3LTPA 8TIMA 5U7SA 2A21A 1SZNA 1ZAHA 3TMLA 5E0KA 1FDJA 3TIMA 3W1UA 1O5XA 2CLLA 2W0UA 1TPEA 5EKYA 1OK4A 5EPDA 3W7HA 3TX9A 3T7VA 2NX9A 1LOSA 1FCVA 2QJHA 3G22A 3AJXA 3DFOA 3UYCA 4K7VA 4TR9A 4N6EA 3BG9A 4BF9A 2RDUA 5AYXA 5HULA 2X1UA 4NNAA 5AYYA 1YPFA 3ZFHA 2GQAA 3EXSA 3K30A 4TU1A 3EWZA 4O50A 4ORMA 2TPSA 1WOAA 3GLCA 3S1VA 4UFJA 4GJ1A 3W74A 5IBXA 1A5BA 1H61A 2NWSA 4LOCA 1KW1A 4X22A 2YSWA 1B57A 2Y7DA 1VR6A 3TNOA 1DBTA 1SQ7A 2NX1A 3F4NA 4K8HA 3FKRA 4DELA 2BLEA 1AW1A 1LLZA 2VXNA 3O07A 3HBLA 5K3VA 3THQA 1R47A 2ZZ2A 4PL2A 1KTBA 5J5DA 4UMCA 2V2HA 2Q3RA 4GBUA 3NEVA 3W2LA 3NG3A 3P8IA 2VOMA 3UWVA 1NEYA 3VKJA 4I7VA 1FWNA 3BLFA 4Q4KA 5AHMA 3P82A 1GVSA 2E5CA 1GEQA 1TPH1 2QUTA 4Y6GA 3QH2A 4ONVA 2TRSA 4LWWA 2JBMA 3G1YA 3PBWA 3R12A 1H7RA 1HL2A 1QCWA 5EA9A 3R8RA 4ZQCA 3LCFA 2QUVA 1UBSA 3TJLA 4JTIA 2V82A 1TTQA 5FF7A 1TPDA 4IOTA 3G1HA 4MFDA 3M41A 3UWQA 2V0TA 4IMGA 1KLYA 3USBA 3V75A 3GZ3A 3LCLA 1WQ5A 3W72A 4QISA 1YADA 5LNWA 5D38A 2QCDB 1F2JA 3KVKA 1PHWA 2YDAA 1TRIA 1XM3A 3W7EA 5HNRA 1K8YA 5EMUA 2LLEA 2KZHA 3QC3A 3EEGA 1ZALA 2OX1A 3UPBA 3UY7A 4AHQA 3DI1A 2Y7GA 2VFHA 5L6UA 1GYLA 2DORA 3HG2A 1I2QA 2ZZ1A 3PUEA 3R13A 1D3HA 2QCFA 2V81A 3MHGA 2ALDA 5CPMA 1ALDA 4WXZA 3PBVA 3NOEA 1F73A 3W7NA 2YYTA 3LCWA 3LXCA 1L9WA 1V7YA 2E09A 3C2OA 4IQLA 1H7PA 4Y8FA 2C13A 2DJLA 4BI5A 3KVLA 3PBUA 3WK3A 1PE1A 4J9JA 4JTLA 5G4WA 3GDKA 3LLDA 4YXGA 1LRNA 1LBMA 5FEZA 1IXQA 4JGDA 4IX0A 4KFPA 3LXAA 1K3UA 1H50A 1H1ZA 1OYCA 3PY2A 3DFTA 2WKJA 3NM3A 3PAJA 5HJLA 4MUZA 1H60A 3MYOA 4AMAA 1ICQA 2JGQA 3KRZA 1SFLA 3UZJA 3ZS4A 3HGRA 1CW2A 1O4UA 1EUAA 3CM4A 4ORIA 3F4WA 3HPZA 3VE9A 1A53A 3A5VA 5DBTA 1DHPA 4LS0A 2ZRWA 5EL1A 3QW4B 4FIRA 5AHFA 5DCEA 1RZMA 1FCUA 1RVGA 1B4KA 4HKPA 2AQWA 2Y7FA 1R2TA 1QMLA 4LNYA 4XUGA 4UTJA 3OIXA 4LC6A 3U2OA 4LRTA 5K4ZA 2QUUA 3KAOA 1WBHA 3L5LA 4EVZA 1TTJA 3E0IA 3OVRA 4NNCA 1XBVA 1QNVA 1W3NA 4O4VA 1NF0A 2X30A 2ZRVA 2OCZA 2ZA3A 1OABA 1BEUA 4NX0A 5LNSA 1JCLA 1SPQA 3W84A 3O63A 1TV8A 1XL9A 1X1ZA 3NPUA 3QSTA 5CZTA 4LVAA 3G24A 3W2MA 2V5LA 1L6YA 3QYQA 3MI3A 3MUXA 1A5SA 2HSAA 4UR7A 3NQGA 1VYRA 1Y0EA 1C8VA 3QEZA 1LP6A 3PF3A 3UWUA 3CT7A 4ADUA 4MIMA 4GXMA 3LCGA 4CQ8A 5DCBA 3KOFA 5HR6A 1KBIA 4O8RA 1ICSA 1W31A 3JRKA 4MLRA 4UIOA 4JTJA 2WQPA 4N9CA 2DJXA 3HGSA 1GVRA 4O57A 1Q6QA 3SFKA 3M1ZA 1BTMA 1FDZA 2YPIA 4O54A 1GZGA 1M5WA 2QJGA 3L68A 4PODA 3QF0A 3ATZA 4M7TA 4UR8A 1M6JA 1TPC1 3PB2A 3JR2A 4A3UA 2B7PA 2B7QA 1LRTA 2J88A 3W70A 1KM0A 4Y96A 4ZQOA 5SWUA 3P7YA 1R2SA 2A85A 4PTNA 3BARA 3I65A 5I3HA 3P84A 3QFEA 4WUIA 4UTTC 4DO6A 3S1WA 1DL3A 3CEUA 4O1DA 1JRBA 4IMCA 3EX2A 1B4EA 2VELA 2QR6A 4FNTA 4NJJA 1SR9A 1ZJIA 1L6SA 3W75A 2ZRUA 4Z1AA 3C2VA 3P81A 4XZ9A 1H1YA 2NWRA 4O1CA 2BX7A 2WSYA 4LW7A 2Z0IA 4JYDA 3T55A 1LBLA 3LV5A 5I3GA 2X2GA 2FQIA 1KM3A 4LTSA 2NXHA 1AW5A 3L67A 2QCLA 3KVMA 3RLVA 3TW6A 1OHLA 2ZZ5A 5C2XA 1YDOA 4FXSA 1TCDA 3FYPA 1GTEA 5D2VA 1YTDA 3P60A 1AL8A 3N19B 4ZMGA 5HUPA 2A7PA 1T99A 4GFSA 2QJIA 4HPJA 3NPWA 5I3JA 1YLVA 4DF0A 3PG9A 4DF1A 1XUZA 4JY8A 3LTYA 5AHNA 2NX3A 1SW7A 4IX2A 4WOZA 3GKAA 1X6UA 1E51A 4E2BA 4E38A 4MY8A 2Z6IA 2NV1A 4JTUA 2E6AA 3PM6A 1W5NA 1TSIA 3CIXA 3VNDA 3G8EA 4U28A 2NUYA 1N7KA 3H54A 3E49A 4MZ8A 5LHEA 1AG1O 5EYWA 4JTKA 3TKFA 4C1LA 2H90A 3VCRA 4FNRA 4IGHA 4UTIA 1I2PA 1QOPA 3LHVA 1XKYA 1C9DA 1T96A 1FBAA 3GDRA 1BKSA 1GTHA 4N2YA 4RLIA 2B4GA 3L65A 5C6MA 5F4SA 1GYNA 5G4EA 2Y61A 2FPTA 1DJQA 1GWJA 5FEXA 5FF3A 1PL9A 2FPVA 4GUHA 3T78A 4H3DA 1KM5A 2VFDA 3WFAA 2DP3A 2NXGA 1R46A 1TJPA 5KZEA 3W73A 3EKLA 1JR1A 1WV2A 4HHPA 4O14A 3NA8A 4M5PA 3HG3A 2PRLA 3EX6A 3NQCA 3A5FA 3B0VC 4LV9A 1VHNA 3HG4A 3NL5A 3C56A 2X1TA 1YXYA 4IJBA 1VJIA 3EWYA 4NZJA 3NQVA 4IMEA 3CPRA 5AC8A 3NDOA 4O28A 3S1XA 4MJMA 3FYOA 1TB3A 2ATSA 2YFOA 4M7SA 4MFEA 1PIIA 3ATYA 1K7FA 2QF7A 3C3NA 5G1YA 1K7EA 4N4QA 3SZ8A 4XWUA 5D2YA 1Q6LA 3PSVA 5D05A 1VYSX 2VENA 1TYGA 2NZLA 2V2DA 4N9EA 1W5MA 2J9ZA 4UXDA 1TQXA 1JUBA 3STEA 4AF0A 1BWKA 1GVFA 3GKFA 2VEPA 2PRMA 4HN4A 3RF9A 1WX0A 3N9SA 5D03A 1SO6A 5G2WA 3QPZA 1SU5A 2C18A 3INPA 4OWGA 3PS7A 4WZHA 3GDLA 1VLWA 4DBEA 4RZ6A 3W1MA 1P0KA 5TIMA 3BGJA 3MO7A 3W88A 3SJ3A 3TJXA 1A50A 1BWLA 2V8ZA 3KVJA 1J4EA 2DZTA 3SGZA 2H8ZA 1OK6A 4OGZA 2Y85A 2YFNA 5EBUA 3G0UA 3GDTA 4WY0A 4GE8A 4O52A 4K37A 3LHWA 1G4TA 2TYSA 4HIBA 4LVBA 4KFOA 1KM1A 3GXNA 5T26A 3GXPA 2ZZ3A 3DFNA 3TC7A 4BFAA 4E0CA 5LNUA 3OEXA 1D3GA 1YXDA 5HWMA 4MZ1A 1FCBA 1ME7A 2CLMA 4JX4A 4HT3A 3NQ7A 4AWTA 3M0ZA 5LNRA 4IMFA 3RFAA 2A4AA 1LTDA 1PS9A 3WK2A 1TREA 4XBKA 5I3IA 2WNZA 2ZRZA 4EWND 5U4NA 1SO4A 1LOQA 4X2RA 5D30A 3L0GA 3S6DA 2HTMA 3C4UA 3B06A 2D73A 3EWXA 4G1KA 3TW7A 3Q58A 1T8XA 2EGZA 2WSRA 2J9YA 1LORA 4OQVA 1H7WA 1EP1A 2GUUA 1QO5A 3TFCA 3TQVA 2FB3A 4N02A 3STGA 4DQWA 2JKAA 5DELA 4K6AA 4WD0A 3NL2A 3HQ1A 1O95A 4IXHA 2E5DA 4Y9AA 3CLMA 1F05A 1SSDA 4ZQNA 1MEIA 3B8DA 3IEBA 2ISSA 3LGEA 4NJHA 3WK1A 3IIPA 4Z1BA 3A23A 3N2XA 3LB0A 3MI6A 4UC5A 1TPVA 3N2MA 4FNQA 1A5AA 5I3KA 1JVNA 1MO0A 3LHZA 5AYZA 3S5YA 4AF0B 1LRQA 1QDSA 4GRSA 3U6WA 3B04A 5G2IA 1NVMA 3KX6A 3YPIA 3G8RA 3VI2A 4N9DA 1W8SA 2EPHA 1O60A 4QNEA 1PV8A 3NPXA 1JCYA 4BI6A 3SIZA 1DOSA 3HIJA 1QPRA 4M6QA 3N14A 4IXXA 1FY6A 1IGSA 1HO1A 2G97A 5FEWA 1UJPA 2CLFA 1YYAA 1MZHA 1EB3A 4WY0B 1F6PA 5AC6A 1JCMP 3NPVA 4L4LA 3AO0A 4N4PA 4MYXA 4W9TA 4CNNA 3EKZA 3N9RA 5AOUA 1FX6A 3TFXA 1RQEA 3HPXA 4NJKA 3S8HA 5KINA 1PVNA 1NAL1 3W1LA 4JEQA 4FO4A 3DZ1A 2YYUA 4LUJA 4GUGA 4JTEA 4M19A 4O0KA 4O1BA 5HR7A 4TIMA 4HNUA 1QOQA 4QAIA 4CCDA 4WY0F 1OX4A 3M5ZA 4UFLA 2A1YA 2GVJA 5K9XA 4UTKA 3W1AA 2J6XA 1JULA 2P0OA 3W7LA 3MHUA 2C15A 3LBMA 4HSNA 1AW2A 4OHQA 2A7NA 3FIGA 1LDCA 1SZFA 4UTLA 3S9YA 1M7PA 4UUIA 5D2XA 1KM6A 3I6RA 2QDGA 3TA6A 1FWWA 2YZRA 3L66A 3PUOA 3QRHA 5C55A 1KFLA 4IPIA 2A6NA 4MKNA 4YCOA 3UZ5A 5C5YA 3NVTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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