4QLKA

Crystal structure of rice bglu1 e176q/y341a mutant complexed with cellotetraose
Total Genus 198
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
198
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
NWLGGLSRAAFPKRFVFGTVTSAYQVEGMAASGGRGPSIWDAFAHTPGNVAGNQNGDVATDQYHRYKEDVNLMKSLNFDAYRFSISWSRIFPDGEGRVNQEGVAYYNNLINYLLQKGITPYVNLYHYDLPLALEKKYGGWLNAKMADLFTEYADFCFKTFGNRVKHWFTFNQPRIVALLGYDQGTNPPKRCTKCAAGGNSATEPYIVAHNFLLSHAAAVARYRTKYQAAQQGKVGIVLDFNWYEALSNSTEDQAAAQRARDFHIGWYLDPLINGHYPQIMQDLVKDRLPKFTPEQARLVKGSADYIGINQYTASYMKGQQLMQQTPTSYSADWQVTAVFAKNGKPIGPQANSNWLYIVPWGMYGCVNYIKQKYGNPTVVITENGMDQPANLSRDQYLRDTTRVHFYRSYLTQLKKAIDEGANVAGYFAWSLLDNFEWLSGYTSKFGIVYVDFNTLERHPKASAYWFRDMLKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase 7
publication title Effects of active site cleft residues on oligosaccharide binding, hydrolysis, and glycosynthase activities of rice BGlu1 and its mutants
pubmed doi rcsb
source organism Oryza sativa japonica group
total genus 198
structure length 472
sequence length 472
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2014-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4qlkA00
3BXWA 3POHA 4LYRA 2VVSA 2CETA 1OSEA 4W5ZA 3WQ8A 5BXTA 1PIGA 5D9OA 1GHRA 1UYQA 4CD5A 5CPQA 1QW9A 2XPKA 3AS3A 5GPRA 3M6DA 1H1NA 2WMGA 4GO8A 5DT5A 3A4AA 2WZHA 4D71A 4D6DA 4JL1A 3B9DA 3N12A 1H0IA 1BYAA 2FHCA 3EYPA 1UHVA 4MJ2A 4CCEA 5IXEA 3SIMA 1HN1A 5IFTA 3CZJA 4LXFA 4N0RA 1V6XA 4ML4A 2YA0A 2D0FA 3GDBA 4UZSA 3VDHA 3BAYA 4Z2IA 1LG1A 2O92A 3NJ3A 1MFVA 1VFUA 1ZBWA 2W61A 3WN6A 2WB5A 4P8WA 2JIEA 4TTUA 3ZT7A 2O9PA 3WDPP 2UWFA 3TTOA 1UR9A 2QF8A 3ZT6A 3U7BA 1HP4A 3D3AA 3UG4A 4CD6A 4AMCA 3EDDA 1W9DM 4PCSA 4IISA 3VD3A 3FN9A 1HL9A 3W6LA 4M8UA 3NSNA 1HKKA 1CECA 3MKKA 1WZKA 3FW6A 3TTYA 3KE0A 1BVZA 4NRRA 4MNLA 2BY0A 3GH7A 1V3IA 4Q7NA 4GZJA 3LMYA 1WO2A 2XSBA 1GNXA 4CU7A 4UTFA 2XVKA 4JKLA 4M56A 4B15A 1E0VA 2A3HA 4CVUA 3AMDA 3KL3A 2CXGA 5A6MA 1CGXA 1RP8A 4E8DA 4NZCA 5CZKA 3THCA 3M7SA 4UFLA 5C71A 4V27A 3ZOAA 4OBRA 3QHOA 4UQ9A 2WAGA 1E3ZA 1XV8A 2VO5A 2FHBA 2VQUA 3S2CA 1UR4A 3CZKA 3WD3A 1H2JA 3CUJA 3PZ9A 1KGWA 1CLVA 4ACZA 1XD1A 3PZOA 3WF4A 4HU0A 2J8GA 2C0HA 1W3HA 2XFRA 2WZEA 3PHAA 3N04A 4UNIA 2CBIA 4H2CA 1BGGA 3MO4A 2DH2A 3QHNA 1M01A 1LG2A 1UR1A 1H5VA 2ZWYA 1U30A 4PMDA 3AIQA 1PZ3A 2WMHA 2FH8A 1PPIA 3EMCA 3LPGA 5HXMA 1N82A 1ODZA 2J75A 4H7VA 2DH3A 1WNOA 1OD8A 2BY3A 5FL1A 1WCGA 4AEFA 1BF2A 1CENA 5A6LA 1JNDA 1HVXA 3DYMA 1JD7A 2O9RA 1JYVA 1C7TA 1E4LA 1XSJA 2DT2A 3NSXA 1DWJM 4JHOA 2VI0A 2JIWA 1O6IA 2F61A 3VD9A 1JF5A 1XSKA 4FMVA 1EQCA 4KH2A 4PTWA 2J7CA 3L4UA 3II1A 2EEXA 4AD4A 5D9MA 3K8MA 3HJEA 3RCNA 3WQ5A 3ZO9A 1CDGA 5KEZA 5FL0A 5A6BD 4WKAA 3CUHA 1H0GA 4D1IA 5DT7A 1TR1A 3L4TA 3A3HA 4EKJA 1MXGA 4WKFA 3WQ6A 4CKQA 2FGZA 3T08A 1FOBA 2QPSA 5JUVA 2JE8A 2VZVA 4XB3A 1W9VA 3GBDA 1XYZA 1A3HA 3CH9A 1ZS2A 3IK2A 3N13A 1W9BM 3W53A 3BCDA 4TVCA 1KB3A 4P8XA 1JF6A 4GPNA 4M80A 1K9TA 2HVMA 1E6QM 4W93A 1V0LA 2GJRA 4YHGA 1OWQA 1BTCA 1XCXA 1Q6EA 2OYMA 1JL8A 4BQ2A 2WCGA 2J8FA 3POCA 1ITCA 1J0HA 5BRPA 2V3GA 4MJ4A 4KGJA 4U31A 1E9LA 4AEEA 3AISA 1U2YA 4OOUA 4D6GA 1J0JA 1UKOA 2GJXB 4MNKA 7TAAA 1TFVA 2ZUWA 1G0CA 3AMCA 3F5LA 2XGIA 1B2YA 2CBJA 4MB3A 2ZICA 3IJ8A 1G94A 1J0YA 4MB4A 4Y7EA 2DSKA 1JG9A 6CGTA 1FFRA 1KWKA 5I24A 1UH2A 3AIRA 2CKSA 2VRQA 3DYOA 2WMIA 3WUBA 2PBOA 4GINA 2G3IA 4W84A 2F2HA 4MNMA 2W91A 3ZJ6A 5M3WA 1JZ2A 1LWHA 4JFUA 2ZUTA 2E9LA 2WVVA 1E5NA 1FFQA 1JD9A 1ZJBA 2G3JA 1E6NA 3BMVA 3ECQA 5HPCA 1UZ1A 4B16A 3BAKA 5HBFA 3BH4A 1Y7VA 3EBVA 4HTYA 2XUCA 3WBAA 4GQQA 1H4PA 3VMOA 4FLRA 4DUXA 4UQAA 4HU8A 4PMQA 1DWGM 1BGAA 2V38A 1JZ8A 1G5AA 3ARQA 1BVNP 2J77A 1VFOA 1NWTA 3T0AA 3ARUA 1WDQA 1F4AA 1PZ2A 3OIHA 1ISWA 2ZXAA 2DT0A 4W87A 1E4MM 4HOZA 5CG0A 3BSHA 4PUDA 4JKMA 1W9PA 1BLIA 2D1ZA 4MDOA 1Q6GA 3SCUA 1J12A 1E4NA 5I23A 4WIWA 2CCRA 3OGVA 5A6AA 1GJWA 3GXDA 1FH7A 1AQMA 3CGTA 1BQCA 1DEDA 1BHGA 4V28A 1XH2A 3VPLA 2WVSA 4CCDA 2VCCA 2WPGA 1ZU8A 2FHFA 3EDFA 3IAQA 1LLOA 3PN8A 3W6MA 2FGLA 5JIWA 3QOMA 4HA1A 3MU7A 3SCWA 3WEOA 2VL4A 5E0CA 2J78A 3UCQA 3W29A 3VGFA 3WL0A 1PEZA 4KGLA 1IV8A 4UR9A 1FH8A 2ZX5A 2YOCA 1QHPA 5EB8A 4Z2LA 2DPEA 2JALA 2ZXDA 1TVNA 3ARYA 3CUGA 4BZYA 4AZ6A 1J11A 4N42A 1J0ZA 3MSGA 2D24A 4NF7A 1QPKA 3L2MA 4TVUA 3S6TA 1UKQA 1NWSA 2RGMA 1XHGA 1NOFA 3VMNA 3K4DA 4JKKA 3GH5A 1Z32X 5CQ1A 2A3EA 3K1DA 1DWFM 1ZJAA 2OWWA 3GNPA 1J0IA 1W91A 1MYRA 3THDA 4MB1A 3WH6A 3WD2A 2WHKA 1G9HA 3MMDA 4X0NA 2J7FA 3MANA 4DWSA 3VIKA 5CGTA 3N18A 2ZIDA 1BPLB 3SEPA 4IM4A 1EXPA 2WK2A 2FH6A 4J3UA 5IDIA 2YL6A 3GM8A 4PMYA 3MUIA 4H8VA 2GSJA 4NI3A 5GNXA 1EH9A 1U33A 1NP2A 5IFPA 3ZMRA 3KL0A 3VNZA 1E56A 5A6JA 5D8ZA 2UY4A 1MQRA 1LWJA 4P7QA 4V2XA 1CLXA 3G6MA 4PCTA 3WSUA 2XJ7A 2WW5A 2ZXBA 4D72A 3UEQA 1CXHA 1KCKA 1E40A 1M04A 3SCPA 3LPPA 4QFUA 1W1YA 2X0HA 1X6NA 2C8NA 4CD8A 5LA2A 3K8LA 2WNWA 5D9NA 3BLPX 4IPLA 1UWRA 1V02E 1KGXA 5CXPA 3LPFA 1L8NA 2WWDA 2WXDM 1DWAM 1XH0A 1HF6A 3O2LA 3OB8A 4GKLA 3WDHA 1JZ5A 4LGXA 3VIOA 1E71M 3BGAA 3ARTA 1JIBA 2XHYA 2IXVA 1QNQA 2UY2A 1E3XA 5CSUA 5BXPA 4AW7A 3RJXA 3F5JA 2VZTA 4MB5A 3NSMA 1W2VA 2Y4SA 2E8YA 3RPMA 4AZCA 3MMUA 2J7HA 2XM2A 5EBAA 3VDAA 3CZGA 4A3YA 1MWOA 2YJQA 1JAKA 3RM9A 3VTRA 1I1XA 1B3WA 1QNOA 2V5CA 3ARXA 2AMGA 1RPKA 4AZ7A 4Z2GA 3CO4A 3OA5A 3AFBA 2G4FA 2WKLA 4E8CA 1UH3A 3OGSA 4CVWA 1CIUA 1W9XA 1WAWA 2ZUVA 1US3A 4M24A 1OM0A 2JF6A 1B3XA 3ZQ9A 4HMEA 2DT3A 1M7XA 3VMPA 1NARA 2GK1A 5E0FA 4JCMA 4GZEA 1HVQA 3OLIA 1HX0A 3FHQA 2QMJA 1W1VA 2A3AA 3DC0A 3WFLA 3BMWA 4LPCA 3VINA 2BS9A 5EMYA 3WNPA 1H11A 1ZBKA 1CGWA 1OINA 3T0BA 1CGUA 4P8VA 5HPOA 3AROA 1JZ3A 1FHLA 3WDRA 2ZE0A 2G41A 1AQHA 1HJVA 3F5KA 3BLKA 4GI8A 4PEEA 4L4PA 3VUPA 3L2LA 4IUGA 4ACYA 3TTQA 3NCOA 2WC7A 5BXSA 1BG4A 1UD5A 2XIIA 2EPLX 2YDQA 1H49A 1UKPA 1R7OA 5D8WA 3BAIA 3AIEA 3VM7A 1V3JA 1EDTA 1JDAA 1E15A 1QBBA 1V0NA 4JFVA 1UOKA 5A8PA 8A3HA 3QGVA 3QHMA 4PMNA 4QLKA 1CXLA 4B9YA 1L0PA 5C8BB 1UKTA 2YKKA 1UD3A 2WBGA 1B9ZA 1QBAA 4U3AA 4PMXA 1GOQA 4J3SA 4UOQA 5EFDA 1OGGA 3RILA 3T2PA 4GI6A 3N11A 3L4VA 3TP4A 4U3CA 2J25A 1TZ7A 3VO0A 4HP5A 4CCCA 1LQ0A 2VZUA 4J28A 5IHRA 1ZBVA 3ZM8A 3VILA 1G01A 4OZOA 2XM1A 3BAXA 1TCMA 1QOXA 4W89A 4W8AA 2E4TA 5EFFA 1DWIM 3AIVA 2DIJA 3VVGA 2WVTA 2D3NA 4P7NA 1UD8A 1B31A 2OSWA 1H3GA 5M5DA 4M81A 1XSIA 3CHDA 3BAWA 1C8YA 4DWSB 4ZE5A 1WZLA 3RM4A 3K46A 4HA4A 4Z2KA 4HPGA 4BA0A 4UFMA 2CBUA 4C7DA 1UA3A 1R8LA 1CYGA 3VGGA 2VOTA 2W67A 3I3BA 1XRVA 5I0DA 3KZSA 1HL8A 2PWGA 3FAWA 1UQYA 4PTVA 2WLZA 4BQ3A 3MMWA 2YLAA 2VT0A 3PZVA 1SR0A 3WNOA 5E70A 4AD2A 4P7LA 1JFHA 1V03A 1A47A 1PX3A 3FHAA 3U7VA 1JYNA 4U33A 5I6SA 1O7AA 2X8RA 2ZWZA 1JYXA 1UD6A 4C7GA 3CMGA 1WPCA 5A6KA 3CPUA 3WH9A 1F4HA 2BVYA 2OLHA 5CSYA 5E6YA 3CTTA 1CEOA 3BAJA 3WUEA 1W3LA 1WE5A 1GW1A 4OKDA 3FXYA 2EXOA 1GVIA 3QOKA 1Q4NX 4HPHA 3M46A 3EDJA 4D1JA 1OIFA 1W9UA 4D6FA 1UWTA 6A3HA 3MV01 1OGSA 2YDRA 4X9YA 3WMBA 4FF5A 4WF7A 4LX4A 4AD1A 2XWEA 5A8OA 1XD0A 3IJ7A 2BHUA 2YIHA 2CKRA 2EBNA 3ZR6A 4UCFA 5ABFA 4URIA 5A1AA 2XSAA 4M29A 4TVDA 5D4YA 2E40A 5CLTA 4R5EA 1R87A 1ISVA 3WNKA 4KMQA 1UR2A 3PZTA 3F4VA 2CHNA 2YBUA 2C7FA 2Q8XA 3GXMA 2WLYA 2CESA 1XC6A 5GNYA 1FHDA 3VX0A 1WZAA 3TONA 1XGZA 3N17A 3SCOA 1ZL1A 2PWDA 3NUKA 1EHNA 3WF0A 1G1YA 3CHEA 2D2OA 1KXQA 3AQUA 2ZUSA 3ZR5A 1EQPA 5A94A 1WB0A 1HIZA 1HJWA 1VBUA 3OBAA 2DDXA 2GK1B 3MUY1 4CU6A 3AI0A 4W88A 2GVYA 2GDVA 4H8UA 3VD5A 5A8NA 2X0YA 3OLEA 5DMYA 1IT0A 4RL3A 3NIYA 1JZ6A 1AQ0A 1CTNA 3SCNA 4A4AA 3OLGA 1UWQA 2Y24A 1E0WA 3ARVA 1OCQA 2J7GA 3OZPA 1UUQA 2QPUA 3GYCA 3AXIA 3W28A 3WNLA 4PTXA 3CLWA 1LF1A 5DF0A 4L4OA 4XX6A 1CXKA 1HXJA 4OUEA 2BV9A 5DO8A 4AYSA 1US2A 2WMFA 1H41A 4W85A 1E1FA 1FA2A 1QI4A 1CWYA 4UOZA 4FK9A 3NDZA 1VIWA 5AC4A 5A2CA 1V3MA 1NM9A 1V3HA 1RD6A 4AC1X 4QLJA 3RMEA 1BFNA 3SCTA 1OGBA 3WBEA 3RDKA 3M07A 1HP5A 5I79A 1YQ2A 3CZ8A 3UR8A 3GTNA 4ZXOA 2VX4A 3W38A 3WH8A 4ZE4A 2B31A 1EHAA 1HNYA 2NT0A 2WCSA 4J3VA 3VIIA 1DTUA 1C93A 1MXDA 4AZIA 1TE1A 4CUCA 1IZKA 5D9PA 1B0IA 3U5YA 4AIEA 4JFSA 1OIMA 4J7RA 1DHKA 1EIBA 4PN2A 5FCZA 2ZX7A 1QI0A 2VUYA 3WEMA 2J79A 3RIKA 5LYRA 3PZGA 3K4AA 2O9OA 2J7EA 4XV0A 1JFXA 4QAWA 5ECUA 2W5FA 4ATDA 3T09A 3ZIZA 3AYRA 1J18A 4W7WA 4F8XA 3L4YA 2Y2WA 1KR0A 3GBEA 1SFSA 3WH5A 2WANA 2WYSA 1E1EA 3WKZA 4ACZB 4JFTA 2YBTA 1GUVA 1MQPA 4UOJA 5JBEA 3AMKA 2D23A 2YL9A 1K6AA 2A3CA 1JYWA 1QI5A 1UKSA 4U5IA 2CPUA 4CN4A 2VZOA 1W1TA 3WQ4A 2GUYA 4YHEA 1SMAA 2XTKA 4S3JA 3G6LA 3WELA 1KCLA 4MDPA 2BHZA 3VIMA 3ZSTA 3EMQA 4EE9A 2F8QA 4PBGA 1UD2A 3CZLA 1JDCA 2OWCA 1E5JA 3UETA 1QNPA 2UY5A 2BFGA 3AHXA 4PSPA 3VOCA 1WDPA 1C3FA 2FDMA 4OBSA 2QLYA 4DWSC 5I5RA 5JIPA 1UWIA 1E4IA 4KRUA 1BSIA 1I1WA 2W4XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3BXW A;  3POH A;  4LYR A;  2VVS A;  2CET A;  1OSE A;  4W5Z A;  3WQ8 A;  5BXT A;  1PIG A;  5D9O A;  1GHR A;  1UYQ A;  4CD5 A;  5CPQ A;  1QW9 A;  2XPK A;  3AS3 A;  5GPR A;  3M6D A;  1H1N A;  2WMG A;  4GO8 A;  5DT5 A;  3A4A A;  2WZH A;  4D71 A;  4D6D A;  4JL1 A;  3B9D A;  3N12 A;  1H0I A;  1BYA A;  2FHC A;  3EYP A;  1UHV A;  4MJ2 A;  4CCE A;  5IXE A;  3SIM A;  1HN1 A;  5IFT A;  3CZJ A;  4LXF A;  4N0R A;  1V6X A;  4ML4 A;  2YA0 A;  2D0F A;  3GDB A;  4UZS A;  3VDH A;  3BAY A;  4Z2I A;  1LG1 A;  2O92 A;  3NJ3 A;  1MFV A;  1VFU A;  1ZBW A;  2W61 A;  3WN6 A;  2WB5 A;  4P8W A;  2JIE A;  4TTU A;  3ZT7 A;  2O9P A;  3WDP P;  2UWF A;  3TTO A;  1UR9 A;  2QF8 A;  3ZT6 A;  3U7B A;  1HP4 A;  3D3A A;  3UG4 A;  4CD6 A;  4AMC A;  3EDD A;  1W9D M;  4PCS A;  4IIS A;  3VD3 A;  3FN9 A;  1HL9 A;  3W6L A;  4M8U A;  3NSN A;  1HKK A;  1CEC A;  3MKK A;  1WZK A;  3FW6 A;  3TTY A;  3KE0 A;  1BVZ A;  4NRR A;  4MNL A;  2BY0 A;  3GH7 A;  1V3I A;  4Q7N A;  4GZJ A;  3LMY A;  1WO2 A;  2XSB A;  1GNX A;  4CU7 A;  4UTF A;  2XVK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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