4QOZB

Crystal structure of the histone mrna stem-loop, stem-loop binding protein (phosphorylated), and 3'hexo ternary complex
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
288
structure length
277
Chain Sequence
FSDPVYKEIAITNGCINRMSKEELRAKLSEFKLETRGVKDVLKKRLKNYYKKQKLMSYYDYICIIDFEATCEEGNPPEFVHEIIEFPVVLLNTHTLEIEDTFQQYVRPEINTQLSDFCISLTGITQDQVDRADTFPQVLKKVIDWMKLKELGTKYKYSLLTDGSWDMSKFLNIQCQLSRLKYPPFAKKWINIRKSYGNFYKVQTKLTIMLEKLGMDYDGRPHCGLDDSKNIARIAVRMLQDGCELRINEKMHAGQLMSVSSSLPIEGTPPPQMPHFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Rna/hydrolase/rna binding protein
molecule keywords histone mRNA stem-loop
publication title Molecular mechanisms for the regulation of histone mRNA stem-loop-binding protein by phosphorylation.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 91
structure length 277
sequence length 288
chains with identical sequence E
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2014-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00929 RNase_T Exonuclease
B PF02037 SAP SAP domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4qozB02
2HNDA 3NDKA 1W9HA 2I5JA 1NK9A 1HQEA 2Z1JA 1L5UA 5HBMA 1GOBA 1RTHA 3P5JA 3CFPA 3S3MA 1NOZA 1NJZA 1RDAA 1U45A 3CYMA 1VRTA 1UOCA 3AA3A 3V1QA 3LZJA 1REVA 5J2MA 3OYFA 2XHBA 3OS2A 3OY9A 3K5NA 4OLAA 4M42A 3AVNA 4FM1A 1S1WA 4E89A 3SUOA 4Q5VA 4BDYA 4CEBA 2IC3A 2G8FA 4B9UA 3SPYA 4KTZA 2P5GA 4ZTFA 4KFBA 1HNVA 4CF9A 2KQ2A 1JLEA 3V9SA 2FBTA 3OJUA 3OVNA 3DM2A 1EXQA 1BISA 1S9EA 2P1JA 4CJPA 4CF0A 4CJQA 5FROA 4HVJA 2PZSA 1KLNA 1HQUA 3I0SA 1C1BA 2PYJA 1KVAA 3S3NA 1RT7A 3TABA 4DQSA 1WSFA 1UWBA 4J2DA 1ZBUA 1HYSA 3VQQA 2KZZA 4DU1A 1WSGA 2EHGA 2OPRA 1VSKA 1ASUA 1W0HA 3U3GA 3DMJA 3ZSRA 4CESA 3DLHA 4CIFA 4FZZA 4DS4A 4AHUA 2X6NA 3ZT3A 4DLEA 3CM6A 3RMBA 4KHYA 2YNIA 1SL1A 4I2QA 4KREA 3DI6A 3DYAA 2FBYA 2YNFA 3HPOA 4HUEA 1XHZA 1BI4A 1KLMA 4DTMA 4DSIA 3LZIA 3K5MA 1LW0A 1R0AA 5SWMA 1K6YA 2WONA 1LV5A 3LP2A 4FCYA 3QNOA 2RN2A 2YV0X 4PA1A 4FJ5A 1J9AA 1WSHA 1RBSA 2Z1IA 1TKXA 4B3OA 2BANA 2G8UA 4LSNA 3BDPA 4Y1DA 4FLTA 3KTQA 1VSMA 3AO4A 2WOMA 4FYDA 4C8KA 1O1WA 3SCXA 3HO1A 4DQQA 3AV9A 5HRRA 5SZTA 4F4KA 2HB5A 3HT3A 3S3OA 2HVIA 3NF6A 3MEEA 4DTNA 2AJQA 3TI0A 1BQNA 4FLYA 4KPYA 4MQ3A 4CERA 2RPIA 4KHWA 5DMRA 4OPKA 4AHCA 3CQ8A 4J2BA 4DU4A 3QEPA 1ZBLA 2ITGA 5FRNA 3LP3A 2HW3A 3OYNA 4CJSA 3NBPA 5J1EA 1KSPA 4FJNA 2ETJA 4KHUA 1YVUA 4QOZB 3ZSZA 4RW6A 3AVMA 4N5SA 1TL1A 4AHTA 4HCCA 3ZSQA 4KTWA 4DQPA 1NK7A 1VRUA 1KRPA 4TSXA 3SUNA 2QKKA 3CFRA 3AVAA 1TKZA 4BACA 1JLQA 4R5PA 2HMIA 4CCHA 1Q8IA 1RT3A 5EU7A 4DFKA 3M8PA 4I9QA 3DLEA 2D0AA 4RG8A 4E1MA 1A5WA 3PV8A 3UIQA 3AA2A 2DY4A 3O4NA 1KVCA 3G10A 5FDLA 3MECA 1WAFA 1T05A 5J2NA 4DFMA 3NF7A 2HHXA 1JLBA 4QCLA 4CGJA 2QKBA 4FJ8A 4LH5A 4RW7A 3SPZA 1X9SA 2KW4A 3QO9A 1S6PA 4ID5A 1S9GA 3JYTA 1U48A 4PQUA 3LPUA 3ZT0A 4CEQA 1J53A 4LH4A 4CJ3A 4DTRA 1I39A 3JSMA 3SV3A 1Q9XA 3L2VA 1HRHA 4CEAA 1TKDA 4E3SA 1DTQA 1Q9YA 2HHVA 4M45A 1NKBA 4WE1A 4CEDA 1KCFA 4KI4A 1RBTA 1EKEA 2VG6A 3KKRA 3S9HA 4FXDA 3MXIA 4CJ4A 2PY5A 1EX4A 3KKSA 3SI6A 2GBZA 2RF2A 1QSSA 4KKOA 3T1AA 1KTQA 2OZMA 3OYKA 5HROA 4EZ9A 4FJKA 4FLVA 3SV4A 1BCOA 2FBVA 1XWLA 4NCGA 3ZSOA 1WAJA 1A5XA 3DRRA 3V1RA 3ZSXA 3TANA 3RRHA 4M3TA 4DFJA 3C95A 3U3YA 1SL2A 4RW9A 4DWIA 2W42A 3QIOA 3VQ7A 3FFIA 1SUQA 2P51A 3KK1A 4BE2A 5DK5A 1N6QA 4BDZA 3TAFA 3PX6A 3TARA 4OVLA 3KK2A 1T7PA 4F2RA 4CK3A 2EX3A 3NH2A 1VSIA 4FW2A 5I42A 3PY8A 3H08A 4FM2A 2YKNA 1C1CA 4Z4CA 3ASMA 2F8TA 3LDSA 2JLEA 3OYLA 1D5AA 3SQ1A 4NCBA 1WNSA 4H4MA 3L3VA 3NGYA 3QLHA 4CJUA 4CJLA 4CF8A 3IG1A 4CEFA 5T7BA 3CFOA 3O3GA 4C8OA 1B9DA 1TGOA 2IAJA 3E01A 3KIOA 2A1RA 3M8QA 4B9NA 4CECA 2HHUA 3OYGA 3T3FA 3D0PA 3C6UA 1FXXA 3KLIA 2XY8A 3DRPA 1RDDA 2IDOA 4GW6A 3C94A 4CK2A 4DTSA 3AVFA 4FLUA 2PYLA 1RBRA 3OYHA 5KRSA 3WNEA 3L3UA 4NYNA 3ZT1A 2YHAA 4HTUA 2Y1IA 1NJXA 1HNIA 1S1UA 3O3HA 3KLHA 4DF8A 1QSLA 4JLHA 1ZBFA 4FJ9A 3LANA 4QAGA 4N76A 4E0DA 1RTIA 4ZHRA 4PWDA 1YTUA 1VSJA 4Q0BA 3NH1A 4XIUA 4CHQA 3EYZA 4M3XA 4CHPA 4E7LA 4FJXA 2ATQA 3AVLA 1NKCA 5CZ1A 3OS1A 1TK0A 1Z25A 2B6AA 3VQ9A 3ZCMA 3KD5E 4FJHA 3AO3A 4CE9A 5C25A 4HUGA 5J2QA 4OKEA 1RILA 1LAWA 1TL3A 3VQ6A 5HRNA 1RT2A 5HRSA 4E7JA 1NK6A 4E7KA 4ELUA 4CEEA 4PUOA 1I3AA 4M3UA 4FK4A 1JLGA 4B08A 5I3UA 1VSDA 3TAMA 4W5OA 1XC9A 2VG5A 3ULDA 1QTMA 1TVRA 4DF4A 1KFSA 1NK8A 4H4OA 3K59A 3PX4A 1JL2A 1BIUA 1QE1A 1RBUA 5JS1A 3KLFA 3OYEA 1NJWA 3CG7A 4AHSA 3K57A 1J54A 4E1NA 2XO7A 4DTXA 4CFDA 1T03A 4M3ZA 4CF1A 1U4BA 3AA5X 1IKYA 4AHVA 1WSEA 2X74A 4OJRA 1LAVA 2R7YA 4Z0UA 4IFVA 3QEIA 1C1AA 3HPHA 3VQPA 4DG1A 4EP5A 1C0TA 1LWFA 3OYCA 3V9XA 1D9FA 3ZSVA 5E41A 5D3GA 4ZTJA 4DTUA 1L3SA 4FLXA 3HYFA 1EP4A 4YNQA 3VQ8A 3RMCA 5HLFA 3C6TA 3SQ2A 4Z4IA 3I8DA 4I9LA 3OYIA 2LSNA 3PUFA 4GMJB 5HRPA 2XRIA 1QS4A 5C24A 3VQEA 4FVMA 2VWJA 3LWMA 4FJGA 4FJ7A 4JRQA 4E7HA 4OLBA 4JRPA 3HVRA 1Z26A 1LWEA 3AVHA 1FKPA 3TR8A 4KB1A 2X78A 2OZSA 3SNNA 2ZE2A 3V9UA 4O44A 1D9DA 1SV5A 1TAQA 4CGHA 4I2PA 3M8RA 3V9WA 3HK2A 3TAQA 3QETA 4I7FA 1G15A 2F96A 2DFFA 3AVJA 4CGDA 3QERA 2P5OA 1L3UA 3PX0A 3RR8A 3V9ZA 1GOAA 5KRTA 4CEOA 1MU2A 3SZ2A 3SYZA 1CXQA 1WSIA 3OS0A 2F8SA 1JL1A 1JLAA 4KHNA 4F8RA 1BCMA 4LY7A 4GVMA 3VN5A 4YFUA 3RWUA 4M3WA 2BGGA 2OYQA 1JLFA 3LP0A 4OPJA 3QINA 4N41A 1YT3A 4F3OA 2DFEA 3ITHA 4J2EA 4KHSA 3WNGA 3F73A 4O0IA 2HHWA 1TK5A 1RCHA 3B6OA 3QIPA 1ZBIA 1RT5A 3QEXA 1A5VA 3V6DA 1RTDA 3T19A 4DSKA 5CYMA 4DTOA 1SKWA 4FJMA 4C8NA 4AILC 1QHTA 1TKTA 3AVBA 4IFYA 1IH7A 1VSFA 2Z1GA 1KVBA 3AVKA 3EZ5A 3QNNA 2OA8A 2FBXA 1FK9A 1RT1A 2JGUA 3I0RA 4O55A 3ZSWA 2OPSA 5KGXA 2E4LA 2QK9A 3VQ4A 4NCAA 3F9KA 1UAXA 4Y1CA 3V4IA 3TAGA 4KB0A 1CZ9A 1JKHA 4CGIA 3DLGA 3KJVA 1NOYA 4HUFA 2QXFA 4L8RB 3VQAA 1ASWA 1JLCA 1WLJA 4DLGA 2OPPA 3QEWA 1S5JA 1ITGA 2BE2A 1RT6A 4IG0A 1B9FA 4Z4GA 3PO4A 4W5NA 3LAMA 1TV6A 4E19A 3KD1E 3LP1A 3P83D 3VQBA 2IGIA 4FK2A 4CJEA 4K8XA 3OYDA 4CIEA 3VQDA 4KTQA 4B9SA 3MEDA 5JS2A 1XHXA 3AVCA 4DTJA 1T8EA 3AVIA 4CFBA 4DQIA 4KAZA 2HNYA 2KFZA 1S1VA 4BE1A 2NUBA 3SUPA 4CJTA 1RDBA 4CEZA 5CY4A 1C0MA 3QEVA 4O5BA 3P1GA 3NHGA 2E6MA 4DSLA 3RMDA 5KGWA 4M3RA 3VA0A 4KRFA 3IS9A 4LD0A 2Y1JA 4F3TA 1ASVA 3U6FA 3TAPA 4ELVA 4DSFA 3K5LA 4CJKA 2D5RA 3MXMA 1RTJA 3THVA 4PY5A 1IKWA 3OYBA 1BL3A 3VQ5A 1S6QA 3NE6A 1BQMA 1RNHA 3K58A 3DRSA 4BWJA 3G0ZA 3OYAA 4CJWA 1X1PA 4OGEA 4CJFA 4FLZA 3K2PA 4DTPA 2FC0A 1BI4B 5FRMA 4O0JA 4JS5A 3RRGA 3EY1A 4CJVA 4CJRA 1JXBA 1IKXA 3L2UA 4DSEA 2A1SA 4ELTA 2G8IA 2B5JA 1HPZA 1CZBA 4O4GA 1HYVA 3M8SA 4N56A 5HP1A 1J5OA 3WNFA 4E7IA 3BGRA 4FJLA 1S1TA 3RTVA 3OYJA 2KTQA 2ZD1A 1HJRA 4B9LA 4KV8A 3AO1A 2G8KA 4JS4A 3NH0A 3B6PA 3IAYA 4KI6A 3DLKA 4CK1A 3TWHA 4CGFA 4DFPA 2XY5A 1IKVA 1ZYQA 2IOCA 4FZYA 1N5YA 3LAKA 1SKRA 4ICLA 2IS3A 3RR7A 4FK0A 3HSTB 4B8AB 2KZMA 3SQ4A 1F21A 1BIZA 3LWLA 3SQ0A 1L3TA 3SJJA 1GOCA 1B92A 1RBVA 3D45A 4CHYA 3HP6A 2XY7A 3ISNC 4KHQA 4M3YA 3O3FA 4FLWA 1VSEA 3L2QA 4OKKA 4RW4A 1U47A 2YHBA 2GUIA 4IDKA 4AH9A 2G8WA 1X9WA 2YKMA 1C6VA 2B4JA 4IBNA 4BWMA 3HP9A 4M41A 4DU3A 3WNHA 1LWCA 4CFCA 1ZBHA 2D0BA 3K5OA 1CLQA 1NKEA 4CHZA 2HHQA 1NJYA 2ZQBA 4Z4FA 1TK8A 4B8CA 2Q3SA 3OYMA 2VG7A 4Z4HA 4F2SA 4G1QA 2GV9A 1U04A 4CJ5A 1EETA 3HL8A 4HHTA 2HVHA 2Z1HA 3DOKA 2G8HA 4CGGA 1S1XA 3KLGA 4EP4A 3HVTA 3LALA 3KLEA 4IKFA 1BGXT 3V81A 1D8YA 4FZXC 1UA1A 2OPQA 4OKJA 4FJJA 3HM9A 3V1OA 3L8BA 3HPGA 3NAEA 1DTTA 1JXEA 1WN7A 3CM5A 4FJIA 3AA4A 2YNGA 5CYQA 3IRXA 1X9MA 1NK4A 3PO5A 1KFDA 4CF2A 1CXUA 2X6SA 4NYFA 5K14A 4DQRA 3ZSYA 2XY6A 3NFAA 4BE0A 4HCBA 1QQCA 1C0UA 1RDCA 1NK5A 4Z4EA 4B9MA 4CHNA 4RW8A 4DS5A 2D0CA 3AVGA 4KO0A 4CIGA 5C42A 3TAEA 4DSJA 2HHTA 3SUQA 2G8VA 2VWKA 4J2AA 3O4QA 1SL0A 4B9TA 3HJFA 1IO2A 3DLBA 1UA0A 2HNZA 3KK3A 1QSYA 4W5TA 1BHLA 3VQCA 4MFBA 1DLOA 3VA3A 4K8ZA 4CHOA 4N47A 2RKIA 4ID1A 5J2PA 1TAUA 3NCIA 1SKSA 4EZ6A 3NGZA 4H8KA 3MXJA 3A2FA 4C8LA 5KTQA 1U49A 5CZ2A 4B9VA 3L2RA 3ALYA 3NGIA 2HHSA 3RMAA 4FW1A 1XI1A 1HYZA 3NF8A 1VSLA 1VSHA 2BDPA 2DTUA 3OJSA 3MAQA 3QESA 2DFHA 1NK0A 1VK0A 1Y97A 2E6LA 1FKOA 3AO2A 3NF9A 3HXMA 4DMNA 4W5QA 2O4GA 4LSLA 5KI6A 4IG3A 3DOLA 3L2WA 4OGCA 4FM0A 1L3VA 1IG9A 3DLRA 3ZT4A 4CFAA 2O4IA 4C8MA 4AHRA 4UQGA 3MEGA 1WSJA 1YTAA 3AO5A 3LPTA 4BDPA 1HMVA 2YNHA 3ZT2A 2KFNA 1RT4A 4W5RA 1LW2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1W9HA 2I5JA 4GKKK 4PL8A 1L5UA 3RSEA 3CFPA 3ATVA 2A5XA 1VRTA 3AARA 5FPMA 3OS2A 4C1NI 3OY9A 4M42A 3I56N 3G4SN 4BDYA 2QWNA 5A2QO 1BUPA 3HTVA 4KH5A 3OJUA 5GAEP 4CJQA 1HPMA 5FROA 3DLLL 2PZSA 2IIRA 4K41A 5AJ3K 2HMPA 2PYJA 1RT7A 2P9LB 3D2FA 3TABA 4LFBK 4HTLA 4DCHA 3CCRN 2EHGA 3U3GA 4NB4A 3DLHA 1OVYA 3UKRA 4FZZA 2X6NA 3RMBA 5LY3A 3DI6A 4BRQA 4CZEA 2FBYA 2YNFA 3HPOA 5SWMA 2WONA 4XH5A 3ENBA 3CMEN 4PA1A 5M1FA 1M90O 1J9AA 4JHDA 2G8UA 4LSNA 4FYDA 1VQ5N 4DV6K 4H5VA 1T6CA 3NF6A 3L4IA 2AJQA 3LM2A 4OPKA 4J2BA 4DU4A 5EOYA 5M1QA 5J1EA 3D2EB 2ETJA 4FWSA 4KHUA 4ISEA 4AM6A 4AHTA 3ZSQA 4KTWA 4A57A 1VRUA 4BACA 1Q8IA 4I9QA 4E1MA 1A5WA 3E1YA 5AQWA 1GLAG 2AP1A 2FSJA 3N4QA 5FDLA 1MWKA 4JD2B 1WAFA 3NF7A 1XC3A 4DR7K 4EHTA 3GOIA 5LL6Z 1X9SA 3C65A 3SPZA 3SMPA 1S6PA 1QHAA 5AR0A 3OBWA 4CEQA 4QS9A 4CJ3A 4KH6A 4OPHA 1Q9XA 4JKGA 1HRHA 4E3SA 4JI0K 1NKBA 1VHXA 5C2DA 4WE1A 1BU6O 3D7EO 1KCFA 3KKRA 4CJ4A 1QSSA 2OZMA 2GBZA 1S22A 3T1AA 2P9IA 3MMVA 3EKUA 2FBVA 2P9SA 3DRRA 3V1RA 5BRDA 3U3YA 3OW2M 4JYAK 1NMNA 2Q31A 1SUQA 2P51A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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