The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
60
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structure length |
60
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Chain Sequence |
SLQDPFLNALRRERVPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVILLKNTVSQMVYKHAISTVVPS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Rna binding protein/rna
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| molecule keywords |
RNA-binding protein Hfq
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| publication title |
Structural insights into the recognition of the internal A-rich linker from OxyS sRNA by Escherichia coli Hfq
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
16
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| structure length |
60
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| sequence length |
60
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-07-14 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3RES A; 3SWN B; 2JN0 A; 5LJ5 h; 4M77 E; 5LJ5 j; 4M7D A; 4F7U A; 2E41 A; 2DTO A; 1I4K 1; 1N9S A; 1WNL A; 4M78 A; 4M78 C; 3SB2 A; 2DZC A; 2DXU A; 3HFN A; 1Y96 A; 3EFR A; 4M77 B; 4J5Y A; 4X9D A; 3RUX A; 4RCB A; 4C92 F; 1D3B B; 5LJ5 d; 2EJF A; 3M4G A; 4C8Q B; 4M7A E; 3JCM W; 3RKX A; 4NOY A; 3SWN C; 3SWN A; 5GAO m; 3BFM A; 4PJO B; 3QO3 A; 2HNI A; 4M7A B; 3JB9 H; 3JCM f; 1U1S A; 5DY9 A; 4M77 A; 4F7U F; 4M77 C; 3EFS A; 5GAN 5; 5GAO l; 4M78 F; 4C8Q A; 1LNX A; 4C8Q C; 4RCC A; 1B34 B; 4PJO A; 5LJ3 f; 4PJO C; 2CGH A; 2DVE A; 2FYK A; 2K57 A; 4M7A C; 1X01 A; 4M75 G; 4JRI A; 4QVD A; 4XU3 A; 2EJ9 A; 4M77 F; 1B34 A; 4XTZ A; 1U1T A; 4DQ2 A; 4C92 D; 5GMK i; 4JLI A; 4HT9 A; 1I5L A; 4C8Q F; 1BIA A; 3RIR A; 4N0A A; 4N0A C; 4PJO F; 2Y90 A; 3JCM e; 3BY7 A; 4EMH A; 3JB9 G; 4M7A F; 4M75 E; 4M7D D; 3JB9 D; 2YLB A; 5LJ3 e; 4J6W A; 4M75 B; 3V7C A; 1M8V A; 5GAO q; 1I81 A; 1WQW A; 4Y91 A; 3V8K A; 1H64 1; 4HT8 A; 3FB9 A; 4PJO E; 2DXT A; 3RER A; 2RD1 A; 3L1A A; 1D3B A; 4XTY A; 4A53 A; 1I8F A; 4PNO A; 3JCM h; 1MGQ A; 4M75 C; 3JCM c; 2RM4 A; 5GAN 6; 1M5Q 1; 4J6Y A; 5GAM f; 4M7A A; 3JCM d; 4JUV A; 4XU1 A; 4QVC A; 5LJ3 h; 4C92 G; 4NL3 A; 5LJ3 j; 1YCY A; 5LJ5 g; 5GMK e; 3RKW A; 3BDU A; 2VXE A; 2DJZ A; 5CAI A; 5GAN f; 5LJ3 d; 5GAM d; 1JBM A; 4M75 F; 5GAN 4; 4M7D G; 4F7U G; 1LOJ A; 3JB9 J; 4M78 G; 2VC8 A; 4XTU A; 5GMK m; 1LJO A; 4JRK A; 3GIB A; 3BW1 A; 4M78 D; 2YHT A; 5GAN d; 5GAO p; 5GAM e; 1WPY A; 2I2L A; 2EAY A; 3JCM g; 5GMK h; 3AHU A; 4J6X A; 4A54 A; 5GMK j; 4M77 G; 5GAO n; 3JCM J; 4M7D E; 3HSB A; 3INZ A; 4MMK A; 3QUI A; 4HA8 A; 4M77 D; 5GAN e; 4M75 A; 4M7D B; 4PJO G; 4C8Q D; 5LJ5 f; 1Y96 B; 3HFO A; 3JCM P; 1TH7 A; 3VU3 C; 4EMK B; 4PJO D; 4EMG A; 4WF2 A; 4M7A D; 4XQ3 A; 5GAM h; 3JCM b; 2E64 A; 3V7R A; 5GAM j; 4M7D C; 4C8Q E; 2QTX A; 4OP0 A; 2E65 A; 3JCM Q; 2RB6 A; 2ZGW A; 4EMK A; 4EMK C; 2YLC A; 5GAN 7; 3QHS A; 1BIB A; 3PGG A; 5GAN h; 3FJP A; 2E10 A; 2EJG A; 5GAN j; 2DTH A; 5GAO r; 4C92 E; 2EWN A; 1N9R A; 4XTX A; 5GAN 3; 2E1H A; 5GAN g; 2FB7 A; 3FIF A; 4XU0 A; 3RKY A; 5GMK l; 5LJ5 e; 4M7D F; 1HK9 A; 4C92 B; 3JB9 F; 5I21 A; 2VXF A; 1WQ7 A; 1HXD A; 5GAN 2; 2RA2 A; 3JCM X; 4X9C A; 1KQ1 A; 2DEQ A; 3V7S A; 4F7U E; 2DKG A; 4XTV A; 4M78 E; 2DZ9 A; 4C8Q G; 3QSU A; 4XTW A; 3JCM V; 4F7U B; 3JB9 I; 3L2Z A; 2DTI A; 4M78 B; 4C92 C; 4C92 A; 5LJ3 g; 5GAM g; 4M75 D; 4NL2 A; 4XU2 A; 4M7A G; 1KQ2 A; 4MML A; 1JRI A; 5GAN 8; 3V8L A; 4V2S A; 3V8J A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5IT9 E; 4LXC A; 4FM4 B; 3LH5 A; 4OB3 B; 5I2M A; 1TG0 A; 2OAU A; 3EGX A; 1D09 B; 4QT7 A; 4RTZ A; 2JNG A; 4IUT A; 3OYG A; 1GFD A; 1R77 A; 3GLX A; 3OBW A; 3JCM W; 1K9M U; 4NOY A; 2EQI A; 3BFM A; 4JZ4 A; 1SF9 A; 2QA4 A; 2RHI A; 3MEV A; 5J39 A; 2RH2 A; 2A3L A; 1VQ5 T; 1K9M C; 1SPK A; 1C1A A; 3P8B B; 2H8H A; 4XTZ A; 1QVF P; 2RK2 A; 4EMH A; 4Y92 A; 9ATC B; 5M9O A; 4J9D A; 2C0O A; 3CC7 Q; 1NYF A; 1WQW A; 3ULR B; 3MET A; 3FB9 A; 1BK2 A; 3MPU B; 1V1C A; 3O5Z A; 5LJ3 h; 4DEX A; 1YIJ T; 2VXE A; 3CMA Q; 2K5L A; 4KUD K; 1QP3 A; 3LGF A; 4C5G A; 2R5M A; 1YIT A; 3OYB A; 2P84 A; 1LOJ A; 4JRK A; 5C6S A; 2CP7 A; 2CZ1 B; 3CCS A; 3TSZ A; 1OPK A; 2SRC A; 1ZSZ B; 2YRV A; 4RTY A; 2QAS A; 4LDV A; 3L2W A; 1K8A U; 3HSB A; 4PFO A; 3LYI A; 3OY9 A; 1ZSZ C; 4WF2 A; 1VQM T; 1K8A C; 1I07 A; 1WGS A; 1VQK T; 2DJQ A; 2EJG A; 3OYC A; 3I56 A; 3CPF A; 3V7S A; 2HSE B; 2KT8 A; 5ECA A; 3JCM V; 3H41 A; 3E9F A; 4HVU A; 2KRN A; 4M77 E; 1PRL C; 1I4K 1; 1K76 A; 2KXD A; 3RUX A; 1BCM A; 4FYW B; 4FYX B; 1QVF S; 1Q86 U; 1SKU B; 1K9A A; 3M5A A; 1F1B B; 1RAH B; 3S3M A; 5I11 A; 1FMK A; 2DK3 A; 1YJW A; 1NLO C; 1N5Z A; 2K7A A; 4KUL A; 1HD3 A; 4OB1 B; 3L2R A; 1GCQ A; 1NPR A; 2NUP B; 1QP2 A; 1KSW A; 1VIF A; 4CC3 A; 1KD1 U; 2D0Q B; 2LX9 A; 4LUD A; 5EG2 A; 2J6O A; 5HK0 A; 1J3T A; 5A0G A; 2DEU A; 1M1G A; 1S1N A; 2NUT B; 1ACM B; 5FWC A; 4A53 A; 1KD1 C; 1JQQ A; 2ED1 A; 2DL4 A; 5GJV B; 5IHI A; 1BI3 A; 3QJY A; 3CCR A; 5LJ3 j; 5LJ5 g; 1QKW A; 4EDU A; 1K1Z A; 2R58 A; 1Q86 R; 3TEE A; 2V8J A; 3H0H A; 2X51 A; 3M53 A; 3JCM J; 5GJW B; 1M4Z A; 2BZ8 A; 5J3B A; 4LD6 A; 4OMF B; 2PUO B; 4BB7 A; 1N8R U; 4QQ6 A; 1VQP Q; 3S3O A; 2DLP A; 1H3Z A; 1UJY A; 2RHY A; 4L59 A; 4BI8 B; 1N8R C; 2EQJ A; 2LQN A; 3D7S B; 1D0Y A; 4C92 E; 2FB7 A; 4E7K A; 2DL8 A; 3SFM A; 1YI2 Q; 1YHQ Q; 2ABL A; 2DIL A; 2O88 A; 4BE0 A; 3VS4 A; 1AWX A; 4M78 E; 3EGX B; 2EVR A; 1BB9 A; 2QEX T; 2V1R A; 1G2B A; 3RES A; 4AFU C; 1Z9Q A; 1WHL A; 2HBW A; 2KT1 A; 1QVP A; 3EFR A; 4J5Y A; 3BE3 A; 4F14 A; 1TUC A; 4PFP A; 4RKU E; 4M7A E; 1VQ5 Q; 4IUR A; 3EGD A; 2BE7 D; 3PVL A; 2DRM A; 4Q5W A; 3JCM f; 3U23 A; 1KHC A; 4O5V A; 2LRQ A; 4E7S A; 2P4T A; 2KBT A; 1ZA1 B; 1WHH A; 2CUB A; 4C5I A; 3M0S A; 2RQV A; 1FMV A; 2A0F B; 3QWX X; 4J9B A; 1UGQ B; 3UF4 A; 1ZLM A; 3GNG A; 1N27 A; 3QBY A; 1KJW A; 1X69 A; 1UE9 A; 2YLB A; 2HQE A; 4M75 B; 1TUG B; 5IXB A; 3OSV A; 2DXT A; 4HCB A; 3ER0 A; 1YIJ Q; 1U5S A; 2K3X A; 1QCN A; 2V8K A; 3A98 A; 1VQ5 A; 2LVM A; 4M75 C; 4C0Z A; 2CT3 A; 3JCM d; 2WSE E; 2F69 A; 4IUQ A; 2CZ0 B; 1UUE A; 3JAM E; 3TCJ A; 1Y57 A; 2Z0W A; 4Z89 A; 5IN1 A; 2L3P A; 3QG1 A; 4QVZ A; 2VYT A; 3I55 A; 2QQB A; 4OGC A; 3M56 A; 1W2B A; 1VQ8 A; 1VQM Q; 4C0F A; 1Y0M A; 3FEO A; 1VQK Q; 2CRE A; 1H92 A; 1G3T A; 1JJ2 A; 3VS1 A; 4YTL A; 4JS4 A; 1WJQ A; 3PGG A; 4BI4 A; 2AZV A; 1EX4 A; 2C06 A; 2J7I A; 4BUG A; 1C6V X; 2YT6 A; 3CD6 T; 1RUW A; 1IXD A; 1IGU A; 4DBQ A; 4XTW A; 3QDR B; 1KC8 R; 2DTI A; 4AFS C; 2DAQ A; 4MML A; 4ZGE B; 3P8D A; 3V8J A; 1WJR A; 4WTO B; 2JN0 A; 1XTD A; 1I5O B; 1PKS A; 2E12 A; 1PWT A; 3E9G A; 4F7U A; 4C8Q E; 1JEG A; 2V26 A; 3HL8 A; 4PJO E; 2XD0 A; 3FLG A; 3JB9 H; 2COW A; 1G3W A; 3OYL A; 1YJ9 A; 2MF2 A; 1M9S A; 2QA4 T; 2CKK A; 1WLP B; 5IHK A; 1VQ6 A; 3WVE B; 2DD4 A; 2R5A A; 4IUV A; 1B34 A; 5HKC A; 3OMG A; 1SRM A; 4RTX A; 1G5V A; 4AMC A; 2LJ0 A; 5I22 A; 4AFZ C; 2MWP A; 3PT9 A; 5CKB A; 3OW2 A; 2J06 A; 2GNC A; 3JCM h; 3JCM c; 4FL6 A; 4ZNX A; 2DXB A; 2D1X A; 2OJ2 A; 5GAN f; 3OYH A; 1CKA A; 3WXM B; 1YJN A; 1YIT T; 1OX8 A; 2YUQ A; 4OF1 A; 3M54 A; 3VRY A; 4OMQ A; 3CCS T; 3HRS A; 2H3J A; 4M7D E; 5GAO n; 2X4W A; 1OX9 A; 2JOY A; 3TRE A; 2EIF A; 1X43 A; 3X20 B; 1VQO A; 3MEA A; 2RF0 A; 1OUL A; 4EMG A; 3SHW A; 4AT1 B; 4ZTJ A; 5CKF A; 3OYI A; 4L6V 5; 1X2K A; 2ZGW A; 1I0C A; 1T0J A; 3TU4 K; 4N4G A; 2A36 A; 2MOX A; 2E1H A; 3ZBD A; 2QEX Q; 1Q95 G; 4IIO A; 3I56 T; 1G3Y A; 5CQY A; 1M1K R; 5EC7 A; 3KBG A; 4M7A G; 1SHF A; 3EGD B; 2XDB A; 3MP1 A; 3SB2 A; 1ZUU A; 4A4K A; 1D3B B; 3MJX A; 3IQL A; 1RL2 A; 4KRT A; 3TSW A; 4J9F A; 1HSQ A; 3CQT A; 3OYM A; 3CCM A; 2G6F X; 2QEX A; 1YJW T; 5CK9 A; 4OB2 B; 2H3E B; 3M0Q A; 1R8O B; 5FRO A; 1FMW A; 4OB0 B; 1KHI A; 1M3A A; 1AWJ A; 1MUZ A; 3OA6 A; 5FLX E; 3EHQ A; 3V7C A; 1VQN Q; 3M57 A; 2FVU A; 2QQR A; 1VQ9 A; 1EIF A; 1FWZ A; 4J6Y A; 4J9G A; 4LUE A; 1VOM A; 2OTL T; 3CCR T; 1ABO A; 5GAM d; 3VUB A; 2HD0 A; 1OZ3 A; 2XKO C; 1PCX A; 2PVO B; 2ROL A; 2YUP A; 4OMO A; 3JCM g; 2LC4 A; 3X25 B; 4A63 B; 5KCH A; 3PNW C; 5A0D A; 2FL7 A; 2NUT A; 1RAF B; 1RLP C; 1PD0 A; 3VS7 A; 4F16 A; 3VYH B; 2M0Y A; 4D8D A; 3CCJ A; 2E65 A; 1M90 U; 3CD6 Q; 3R6O A; 3QHS A; 4J8O A; 5I2S A; 3OMC A; 5GAN h; 2WSC E; 1M27 C; 1UGS B; 3M0U A; 3CBP A; 4GLM A; 3AT1 B; 4CC7 A; 5D6W A; 1M90 C; 2RMO A; 3M59 A; 1RAI B; 1XOV A; 5KYY B; 2DEQ A; 3RNJ A; 2HQH A; 2DZ9 A; 1U8R A; 4C8Q G; 2BKD N; 2NYS A; 2QYZ A; 4F7U B; 1UJ0 A; 1K4U S; 4WCI A; 2EGC A; 3LWH A; 4E6R A; 5IXF A; 1D0Z A; 1M2V A; 2NLU A; 2JS2 A; 1MHN A; 2QA4 Q; 2LTO A; 2ZPG B; 2M0O A; 2HZY A; 2RI2 A; 4M77 A; 5GAO l; 3MKD A; 4HCZ A; 3PTA A; 1B34 B; 2W10 A; 3HTR A; 5KCO A; 3LGL A; 3G6E T; 1X01 A; 2CH4 A; 2ZPB B; 1DJ7 B; 3MP8 A; 1O75 A; 2RN8 A; 4A4E A; 3JRZ A; 1NLP C; 1VQ4 A; 2FEI A; 3HRT A; 2JM9 A; 1BIA A; 3X28 B; 1WHJ A; 1MMN A; 4PLL A; 2BZX A; 3JB9 D; 1W6X A; 5LJ3 e; 1QVG A; 2E6N A; 4FSX A; 2L8D A; 4KGX B; 4HT8 A; 3H6Z A; 1BI2 A; 1ZUK A; 1AWO A; 1NEB A; 4ZTF A; 1EZZ B; 4JUV A; 1YIT Q; 3CBO A; 1CSK A; 1WFW A; 2K3B A; 5CAI A; 2LQK A; 1IRX A; 1X6B A; 2PUK B; 3CCS Q; 4M7D G; 3CPW A; 5GMK m; 2O31 A; 3G1J A; 4B9X A; 3E2U A; 1YBY A; 1C0M A; 2HDA A; 3DB4 A; 1WPY A; 3I55 T; 5A0L A; 4JPB W; 4NS5 A; 3H8Z A; 1VQ8 T; 4M75 A; 4PLI A; 2F5T X; 1Q81 U; 4HVV A; 4HCC A; 2CZ7 B; 1K0X A; 2K3Y A; 1RAE B; 1MV0 B; 1PD1 A; 2O2O A; 2DIQ A; 4EMK A; 1K9M R; 1Q81 C; 1PG5 B; 2DX1 A; 5AYF A; 3I56 Q; 3FRN A; 5GAN j; 3GBQ A; 4C5H A; 5GAN 3; 3LLR A; 2DBK A; 3JB9 F; 3JCM X; 1KQ1 A; 2DKG A; 3G4S T; 3OQ5 A; 4BE2 A; 2VV5 A; 1I1J A; 3M9Q A; 3THK A; 4C92 A; 4F17 A; 4GBQ A; 4KGZ B; 4RTV A; 1QKX A; 1BI1 A; 3QJ6 A; 2CT4 A; 2EYW A; 2JJ9 A; 1N9S A; 4M78 A; 1NZ9 A; 5GAN g; 3QZ9 B; 2KVQ G; 1ZBX A; 3WVD B; 2COZ A; 5GAO m; 2JVV A; 1WA7 A; 1YWO A; 1U1S A; 1YJW Q; 3I35 A; 1YJ9 T; 3UA6 A; 1VQ6 T; 4XAX B; 5CIU A; 2K57 A; 1TU0 B; 2RQT A; 2ZPI B; 1W2B P; 2P0P A; 2F2W A; 2XID A; 1IHW A; 4IUP A; 2DO3 A; 1S72 A; 4LDW A; 1QW1 A; 1ZA2 B; 2LDM A; 2XDP A; 1UHC A; 5D7U A; 1GFC A; 4RG8 A; 3OYK A; 2MAM A; 1JJ2 P; 4J83 A; 5GAO q; 1K8A R; 2OTL Q; 4OMM A; 1XNI A; 4JRP A; 2P0Q A; 5D6X A; 3CCR Q; 4P5N A; 2RM4 A; 4ATO A; 2DJZ A; 2LCC A; 4EIK A; 3RR6 A; 2GFA A; 1YJN T; 1RAD B; 1LJO A; 2DRK A; 2RQU A; 4OML A; 2D8J A; 3NGP A; 2GFU A; 1GBR A; 1OYX A; 4DOV A; 2HKN A; 3CC4 T; 3PMI A; 3UWN A; 1PC0 A; 5KE3 A; 3DLM A; 1TS9 A; 1VQO T; 2OTL A; 7AT1 B; 3CCU A; 3X24 B; 2RJE A; 2HEQ A; 2RHZ A; 2FPE A; 1WZO A; 3LX7 A; 4ME7 A; 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