4RE0A

Crystal structure of vmolac in p622 space group
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
314
structure length
313
Chain Sequence
MVRISIAGGNEIDPGSMGLTLFHEHLRLITEVVRWNWPHLYNEDEELKRAIDAVNAAKKYGVKTIIDLTVAGIGCDVRFNEKVAKATGVNIIMGTGFYTYTEIPFYFKNRGIDSLVDAFVHDITIGIQGTNTRAAFVAVIDSSGLTKDVEMAIRAAAKAHIKTDVPIITHSFVGNKSSLDLIRIFKEEGVDLARTVIGHVGDTDDISFIEQILREGAFIGLDRFGLDIYLPLDKRVKTAIELIKRGWIDQLLLSHDYCPTIDWYPPEVVRSTVPDWTMTLIFEKVIPRMRSEGITEEQINRVLIDNPRRLFTG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Parathion hydrolase
publication title Crystal structure of VmoLac, a tentative quorum quenching lactonase from the extremophilic crenarchaeon Vulcanisaeta moutnovskia.
pubmed doi rcsb
source organism Vulcanisaeta moutnovskia
total genus 118
structure length 313
sequence length 314
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-09-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02126 PTE Phosphotriesterase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.140 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Metal-dependent hydrolases 4re0A00
4IGNA 3NQBA 1P6CA 3IV8A 3TN5A 4RZBA 2BB0A 3HTWA 3MPGA 4HA0A 2A3LA 3IACA 4QRNA 1W1IE 4PBEA 2YXOA 3CS2A 4J2MA 3UPMA 3LSCA 5AKQA 3GG7A 4IH3A 2HPIA 4EPBC 4I6KA 4CNTA 1ZZMA 2QVNA 2PGFA 3RHGA 2OB3A 3MDWA 2PLMA 2WJFA 1POKA 3B40A 4ICMA 3TN4A 1RJQA 3WZ0E 4LFYA 5FSEC 1YIXA 1A4LA 4BY3A 4PBFA 4CQCA 1O12A 4GY7A 2YB4A 2WJDA 2Z29A 3EWDA 3GTHA 1KRBC 2GZXA 4H01A 1K6WA 4XD3A 1YBQA 2KAUC 4CQDA 1FWIC 3E3HA 4WVXA 4ZSUA 4ERAA 1EJRC 2R1LA 1FWGC 3GUWA 3K4WA 3LU2A 3OOQA 2Z2AA 1KRAC 2Z4GA 4C6FA 3RN6A 4LH8A 4XD6A 2OGJA 1R9XA 1RJRA 1M65A 2GWGA 1ONXA 3HM7A 4G7EB 4EPKA 1XWYA 3E0FA 2PGRA 2Q01A 3FEQA 1WXZA 2HBXA 2P50A 2WJEA 3D6NA 2AQVA 4LAMA 4HK7A 4UBPC 4C6OA 4IFKA 4H9MA 1K70A 3GTXA 4C6KA 2Z26A 1PO9A 2FTYA 3E38A 3R0DA 3V7PA 4GX9A 1R9YA 3LGGA 4R88A 3MVTA 1I0DA 3QY6A 4XAGA 2Z28A 2P53A 4LALA 2Y1HA 4IQJA 3OODA 4HK6A 2Z00A 3S2MA 3MVIA 2YB1A 2UZ9A 4RDYA 4GZ7A 4NP7A 1EJXC 1ADDA 3FDKA 4Z42C 1EF2A 2DVXA 2Z24A 2VC5A 4UB9A 1FWFC 2O4QA 3S2LA 4D8LA 4LAOA 3GIQA 3PANA 3A4JA 5HMFA 3OQEA 4ERGA 1POJA 2VR2A 3HPAA 2R1KA 4IF2A 1A5NC 4RE0A 1YNYA 2QPXA 1RJPA 3K5XA 4DO7A 4GBDA 3SO7A 3WMLA 1PSCA 3G77A 2AMXA 4J35A 4PE8A 2WM1A 4C60A 3PBMA 3WYZA 4F0SA 1EJVC 1V4YA 2VC7A 1NDZA 3B0YA 4AC7C 4CEXC 4E3TA 2DVTA 4QS6A 4L9XA 2QT3A 4IFOA 4XAYA 1VFLA 2E25A 4IGMA 2R1MA 2GWNA 4HK5A 4I6VA 1BF6A 4QS5A 2FVMA 2EG8A 4DLFA 4DZIA 4CNSA 4H9ZA 4DI9A 1NDVA 2VM8A 4HJWA 3IPWA 2R1NA 4J5NA 4B3ZA 2ADAA 1JGMA 4B92A 4G7EA 3URAA 4KETA 4C6PA 2I5GA 4BKNA 3AUOA 3GU2A 3QGKC 2ICSA 3URBA 4C6LA 3LY0A 4GY1A 4V1YA 3RCMA 3ISIX 1XRTA 4MUPA 3S2JA 5HMEA 3E2VA 3ICJA 1I0BA 2Z27A 4KEVA 4H9YA 3E74A 4QROA 3C86A 3F2DA 1EJUC 4QSFA 4GXWA 4C6CA 4G2DA 1J5SA 2HPMA 1M7JA 3B0XA 1PTAA 3F4CA 4C6EA 3QY7A 4C6QA 4B91A 1A5LC 3TNBA 1EJSC 3URNA 4H9UA 4KF1A 2ZC1A 1EZ2A 1ITQA 1UIPA 3IJ6A 1RA0A 2D2JA 2UBPC 4PCPA 1IE7C 4F0RA 1EJWC 3LSBA 3GRIA 3UR2A 3TN6A 4EPDC 3PNZA 4V1XA 4C5YA 2Z25A 2FFIA 1J6OA 3O7UA 3DC8A 2HNHA 3UBPC 2DVUA 1XGEA 1QW7A 4RDVA 3F4DA 3A3XA 4M51A 3GU9A 4LCRA 4IG2B 3LS9A 3OVGA 4BJHA 1FWBC 3CJPA 4NI8A 4C65A 3IGHX 3A3WA 4DI8A 4C6JA 1J6PA 3FDGA 1FWAC 4GYFA 4XAZA 3UR5A 1V51A 2OOFA 4QTGA 2RAGA 3GTFA 2FTWA 4DNMA 5CH9A 1A5MC 3AU2A 1RA5A 1QXLA 2OQLA 3OU8A 4KQNA 1UIOA 1KRMA 4R7WA 3K2GA 4ZSTA 2Z2BA 1WXYA 1XRFA 5HMDA 1GKRA 3O0FA 5E5CA 3JZEA 2O4MA 4LCSA 1FWJC 4C6IA 3RYSA 3DUGA 2IMRA 3ORWA 3S4TA 3GIPA 2D2GA 2I9UA 4DIAA 2HQAA 4GX8A 3ITCA 2XIOA 4LAKA 2F6KA 1S3TC 4KESA 4KEZA 2G3FA 4YIWA 3S2NA 1KCXA 4EP8C 1EYWA 3T1GA 1NDYA 1ONWA 3MDUA 1FKWA 4WGXA 1PB0A 3TN3A 1O5RA 1UBPC 3MSRA 2Z7GA 1DPMA 4RDWA 4F0LA 1FWEC 2YZ5A 4EPEC 4KERA 4R85A 1P1MA 3IRSA 3CAKA 3LGDA 3EWCA 2VHLA 4CEUC 4GC3A 4B90A 2HBVA 3NURA 5A6TC 4TQTA 1V79A 1V77A 3IARA 1FKXA 4C6BA 3F2CA 2EG7A 4CNUA 4DYKA 1EJTC 3BE7A 3KM8A 3MKVA 4NG3A 1ITUA 1GKQA 4LANA 4H9XA 4H00A 4C6DA 4JOMA 3OJGA 3URQA 3F2BA 4L6DA 5G4HC 3E0LA 4INFA 1A5OC 2QS8A 4AQLA 2E1WA 2Q09A 3PAOA 2BGNE 3SFWA 4GOAA 3NEHA 4RDZA 4ERIA 2AQOA 4GK8A 4PCNA 1YBQB 1FWHC 1RK5A 2PAJA 2PUZA 4DLMA 1J79A 3GTIA 3LNPA 3AU6A 2CZVA 4IG2A 1NFGA 2VUNA 4XAFA 4IFRA 4GY0A 1A4MA 3LA4A 3ID7A 1P6BA 2EG6A 4H9VA 1FWDC 1E9YB 4WHBA 4KIRA 2FVKA 1E9ZB 4KEUA 2D2HA 1YMYA 1FWCC 4IFKB 2GOKA 2ANUA 4DZHA 4XD5A 2GSEA 1R9ZA 4LCQA 2W9MA 1M68A 3T81A 4C6NA 4CQBA 4OFCA 3QGAC 4C5ZA 5LXXA 3PNUA 1YRRA 1V7AA 4C6MA 1NDWA 3DCPA 3GU1A 1RK6A 1RAKA 4H9TA 3EGJA 1GKPA 4XD4A 2R1PA 2OODA 1A5KC 3N2CA 3MTWA 4LEFA 1KRCC 3MJMA 4P5UA 3UF9A 1HZYA 3T8LA 1K1DA 1UMLA 5FSDC 3QY8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3GY1A 1Z3NA 5FF7A 1GVQA 3TN5A 1DIKA 2PMQA 1TV3A 3AO0A 1PKYA 1X7FA 4BA0A 2RKXA 3VOIA 2QJHA 2R8WA 1RALA 1GVSA 5I79A 2NUXA 1ZU8A 4EPBC 2QVNA 2C13A 3AHVA 2PGFA 3RHGA 4JICA 1GQJA 4LFYA 3VCCA 4EXBA 3WNMA 4IWWA 3QFEA 3NQEA 3HG4A 4M1BA 4GI6A 1ZHAA 1Q6OA 6TIMA 4W5UA 1GYLA 2X2GA 4TVUA 1K6WA 1PKNA 2HRWA 3W2LA 1YBQA 3CPUA 4CQDA 4C1KA 4WVXA 4YMZA 1LQ2A 1G0CA 4OKDA 1YDNA 4EWJA 1G9HA 4N9DA 1KNWA 4X3ZA 3S46A 1UUQA 1EHNA 3ZS4A 3C2OA 1ONXA 2HVNA 4C7DA 1WXJA 8A3HA 1XDMA 2HS6A 3TNOA 2VENA 5CBBA 3A4AA 4KS0A 4A29A 4H7CA 4F0KA 3W87A 3H26A 4O10A 1XPGA 3LGEA 3AISA 1X97A 3L23A 3G8EA 1ZS2A 3P14A 2OX4A 2ZZ7A 4KCTA 4PB3A 3EXRA 1CCWB 2QNEA 3FCPA 1X8FA 4AVNA 3BV7A 1L2UA 1WOAA 1R3YA 1W5QA 4DO4A 3M5YA 1QNVA 1UC5A 4KGLA 4PSPA 2DVXA 2Z24A 4NHVA 1ICQA 2WKGA 3RITA 1MRQA 2DZTA 2CITA 3WF4A 4FHAA 1T41A 2QCGA 4F2UA 1X38A 1EPXA 3NA8A 3RDKA 3HGSA 2XVKA 1UROA 3WO8A 2V5DA 3VABA 1A5NC 2DFAA 1PTGA 3FA4A 4MYAA 4WOZA 1ELSA 2ZE0A 1UMYA 3FGCB 3VI2A 3TV8A 2WNWA 5FJPA 2QCFA 4HCHA 3DG3A 1K8YA 4RE2A 4QS6A 4L9ZA 3W7EA 1HKKA 4HYVA 3I10A 5J5RA 1J18A 4NJJA 1YE6A 3OA3A 4UZUA 4DLFA 5ABTA 3AJXA 4NRRA 5DFAA 4JKKA 4HZMA 3IPWA 4JTDA 2OSXA 3ITOA 1QPNA 1OF6A 4L1WA 4UTJA 2PDGA 3WCZA 3PFMA 2I5GA 1RV8A 3L5AA 4BQ5A 4FALA 3GVGA 4NASA 1ZALA 2OZ8A 2PRLA 3KXQA 3ONBA 3E2VA 2J62A 1X6NA 4DAFA 4Z2IA 4E6MA 3E2RA 1B30A 1RCOB 4QSFA 1Q6LA 1Q6DA 4GVGA 3B06A 2REQB 3RMEA 3M0LA 1A5LC 1MQRA 4E3VA 3LZ3A 2G50A 3VNMA 4LNCA 2B7OA 1JNEA 1JQVA 2DZAA 3W7LA 3MS8A 4ZR8A 4GZJA 1N2VA 2NQZA 4KFNA 3TYUA 3VAVA 4ATWA 4DYJA 3KHJA 1TQXA 3LDVA 1DQWA 2CLLA 3DGRA 3UXIA 3WK3A 1F8MA 1UQZA 1E1CA 2FH8A 3GXMA 3ARPA 3IGSA 4IG2B 1JDDA 3U5YA 4J3TA 3Q45A 1CX9A 1JPIA 4Q8VA 2VGGA 4O1EA 4O1DA 1A0EA 5EMKA 5FJIA 4GKLA 3W37A 1EC8A 2PWEA 4FIRA 1A5MC 1UR1A 2HE8A 3AU2A 4CN6A 3WUBA 4FNTA 3F5LA 2FPYA 3MUXA 4UMBA 1HO1A 3ZVIA 4AZBA 2NZLA 3WLOA 3MSGA 3AC0A 2TPSA 3PP7A 3GFZA 4QAWA 2VD8A 1GYMA 3LXAA 5MF5A 3UG3A 2R82A 2XSAA 3KBNA 1O1ZA 5AY7A 2J24A 5I3DA 1CXHA 3GNPA 1Z41A 3AAMA 1C8XA 3NYZA 3E02A 3WK1A 1JL8A 4ZXOA 4DO6A 1P0KA 1ONWA 7ENLA 3MDUA 4DF2A 3A9IA 3N2XA 5K7JA 2HTMA 3SJ3A 5CSYA 2YZ5A 3U4AA 4MAZA 4DZ5A 4GKTA 4J3SA 3B03A 1H1YA 2Q8ZA 1HF6A 8RUCA 1Q6QA 4XKYA 2VXNA 5A6TC 2E6YA 3MZ2A 1LQAA 3IARA 2GOUA 2VX6A 3KM8A 3RPTA 3TA9A 1EYEA 4ICNA 3TE9A 1EF3A 4FF7A 3WLQA 4YCOA 3PZTA 1YBQB 2OO0A 3RK8A 2BVWA 2CZVA 3VD9A 3ITVA 4D6CA 3IUIA 3W1PA 1A80A 4BS0A 2OT1A 3Q67A 3STPA 3WJWA 2J4GA 2VD9A 2CZFA 3P5YA 2WWDA 2C18A 3CUIA 1XLFA 3DX5A 4ML9A 3DFYA 4W8LA 2YXGA 1VENA 3PZMA 5AN7A 1SQ7A 2INEA 3W1RA 5M17A 3ABSA 3QC3A 4W86A 5FL0A 1UHVA 3ITGA 1XGDA 1AJZA 1V7AA 3IJQA 1ME7A 1F73A 2E28A 1VS1A 4ZFCA 5HJXA 4GABA 2Z2UA 2XZ9A 4V15A 3B8SA 1GG0A 4LNYA 3HTWA 3QN3A 3A47A 1Z44A 3C61A 3S1XA 1W1IE 2YXOA 4ZQMA 4J2MA 3UWWA 5DQPA 4S2CA 2PWGA 1A3WA 3RR4A 3UZJA 3NEVA 1VFSA 2DSZA 1GVFA 1U22A 1K8ZA 2F84A 3HQPA 1DWJM 3W81A 1C7SA 4LB3A 4E8CA 1A4LA 1OD8A 3W24A 4O19A 3VNIA 3G22A 4JEQA 1XBZA 4AF0A 4DUOA 3EDJA 2ZC8A 2OOGA 2QAPA 2ZA1A 4KCWA 4AIUA 2F6XA 2DU2A 2OEJA 4JD4A 1MXGA 1JAKA 5HA7A 3ZIZA 1XM3A 4NNBA 3QFWA 1RJRA 1QW9A 1FDYA 2UY5A 3LTPA 5B80A 4EPKA 1DXEA 1W56A 2E0PA 1JCMP 2AAMA 3QYQA 1K4GA 3D6NA 1HT6A 2DZSA 1H61A 5KITA 3RG6A 4CCCA 4MPKA 4DN1A 1F8IA 5FAJA 1KXVA 3ZJ8A 3T0CA 1PO9A 3GVRA 1CLXA 3LTYA 4HA4A 2CLFA 3NDYA 4N6EA 1R0MA 3DKJA 3EX4A 2NSXA 2C19A 4N9EA 1MEHA 3CASA 3QC0A 1I8JA 1PIIA 3G3DA 3GR8A 2PTWA 3W7DA 4ADSA 2ISWA 3CEUA 4K7VA 2C6QA 3F4VA 4NT0A 2X0SA 3CB8A 3T78A 3SGUA 4BEQA 4UFHA 1E71M 3CL7A 2X09A 3POHA 3UWVA 1SU5A 5H6HA 4GYPC 5HXMA 1CXEA 5GJPA 3MUCA 3STFA 4FI4A 1RLCL 1FCVA 1E1CB 2H90A 1M7XA 2ZRVA 3S9YA 3GWQA 3VD4A 1M01A 4C91A 1ZCOA 3UXAA 5MHBA 1JXJA 2WSPA 4Z1CA 5C9XA 3EA1A 5LSMA 4GO9A 1VFLA 2E25A 2ZZ2A 4TU1A 4AUBA 1J93A 4QLLA 3M41A 4FB7A 5AZ0A 3CAQA 1TV4A 3E5PA 1SO4A 1HVQA 1TTQA 2PRHA 2ADAA 1E0TA 1LLZA 2I17A 4Z2GA 3ITTA 3LQLA 2WLZA 5CCZA 4LVBA 2VTFA 3AFBA 3C0SA 1RUSA 1BRLA 4CN1A 1GEQA 2EPLX 1J12A 3ICJA 2ZA3A 4Y9NA 3WDIA 3WFLA 2I5QA 3P60A 4O11A 5FEZA 3NQDA 3UZYA 4BCEA 1F76A 3DG7A 1VBUA 4FK9A 4QP0A 1XBXA 2VI0A 3AXXA 2PPGA 3GXIA 4XKYB 1KV5A 2OFJA 2HMCA 4BI5A 2D2JA 2EQDA 1EH9A 1ZTVA 3K46A 4FR1A 2DQWA 3WD3A 2C15A 4JQ3A 1E6ZA 5A6AA 3CMJA 1OB0A 2Z0IA 1JZ6A 2XU2A 1W1ZA 2GUBA 4KMQA 1KBJA 1R2SA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3GY1 A;  1Z3N A;  5FF7 A;  1GVQ A;  3TN5 A;  1DIK A;  2PMQ A;  1TV3 A;  3AO0 A;  1PKY A;  1X7F A;  4BA0 A;  2RKX A;  3VOI A;  2QJH A;  2R8W A;  1RAL A;  1GVS A;  5I79 A;  2NUX A;  1ZU8 A;  4EPB C;  2QVN A;  2C13 A;  3AHV A;  2PGF A;  3RHG A;  4JIC A;  1GQJ A;  4LFY A;  3VCC A;  4EXB A;  3WNM A;  4IWW A;  3QFE A;  3NQE A;  3HG4 A;  4M1B A;  4GI6 A;  1ZHA A;  1Q6O A;  6TIM A;  4W5U A;  1GYL A;  2X2G A;  4TVU A;  1K6W A;  1PKN A;  2HRW A;  3W2L A;  1YBQ A;  3CPU A;  4CQD A;  4C1K A;  4WVX A;  4YMZ A;  1LQ2 A;  1G0C A;  4OKD A;  1YDN A;  4EWJ A;  1G9H A;  4N9D A;  1KNW A;  4X3Z A;  3S46 A;  1UUQ A;  1EHN A;  3ZS4 A;  3C2O A;  1ONX A;  2HVN A;  4C7D A;  1WXJ A;  8A3H A;  1XDM A;  2HS6 A;  3TNO A;  2VEN A;  5CBB A;  3A4A A;  4KS0 A;  4A29 A;  4H7C A;  4F0K A;  3W87 A;  3H26 A;  4O10 A;  1XPG A;  3LGE A;  3AIS A;  1X97 A;  3L23 A;  3G8E A;  1ZS2 A;  3P14 A;  2OX4 A;  2ZZ7 A;  4KCT A;  4PB3 A;  3EXR A;  1CCW B;  2QNE A;  3FCP A;  1X8F A;  4AVN A;  3BV7 A;  1L2U A;  1WOA A;  1R3Y A;  1W5Q A;  4DO4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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