4RE3A

Different transition state conformations for the hydrolysis of beta-mannosides and beta-glucosides in the rice os7bglu26 family gh1 beta-mannosidase/beta-glucosidase
Total Genus 198
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
198
sequence length
483
structure length
483
Chain Sequence
AAPFTYWLNPEIYDAGGLSRRAFPEGFVFGTAASAYQVEGMAKQGGRGPSIWDAFIEKPGTIPNNATADVTVDEYHRYKEDVNIMKNMGFDAYRFSISWSRIFPNGTGMVNQEGVDYYNRLIDYMVKKGIKPYANLYHYDLPLALHEQYLGWLSPNIVEAFADYADFCFQTFGDRVKDWFTFNEPRCVAALGYDNGFHAPGRCSGCDAGGNSTTEPYLAAHHLILSHAAAVKRYREKYQLYQKGRIGILLDFVWYEPFSDSNADRAAAQRARDFHLGWFLDPIIHGRYPYSMLEIVKDRMPTFSDEESRMVKDSIDYVGINHYTSFYMKDPGPWNLTPTSYQDDWHVGFAYERNGVPIGAQANSYWLYIVPWGINKAVTYVKETYGNPTMILSENGMDQPGNVSITQGVHDTVRIRYYRNYITELKKAIDDGAKVIGYFAWSLLDNFEWRLGYTSRFGIVYVDYKTLKRYPKDSAFWFKNMLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-mannosidase/beta-glucosidase
publication title A Single Glycosidase Harnesses Different Pyranoside Ring Transition State Conformations for Hydrolysis of Mannosides and Glucosides
doi rcsb
source organism Oryza sativa indica group
total genus 198
structure length 483
sequence length 483
ec nomenclature ec 3.2.1.25: Beta-mannosidase.
pdb deposition date 2014-09-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4re3A00
1E6NA 3QHNA 1GJUA 2DT2A 4C7DA 3A47A 4ACYA 1UH2A 4W88A 1WO2A 1YQ2A 1VIWA 1E5JA 1UOKA 3CLWA 7A3HA 1QOXA 1UQYA 3WUGA 1HIZA 3CGTA 4CCCA 1BTCA 1VF8A 3AIBA 4BQ5A 3EDJA 1CBGA 2G3MA 3LPOA 2XGBA 3WEMA 5A8PA 2FHFA 1K9FA 3THDA 4W8AA 1VFMA 2WKGA 3ARYA 4UOQA 1GHSA 8A3HA 1GJWA 5A6BA 3GXMA 3WQ6A 1R7AA 1CPUA 1RD6A 3HU7A 3BAYA 2VUYA 1H3GA 2W63A 5FL1A 4AWEA 5A6MA 1KGXA 1WP6A 2JF6A 2QLYA 2DSUA 4CCEA 4NI3A 3U7VA 3GZAA 2V3EA 2HISA 2ZXBA 4FLSA 1DP0A 3VMPA 4D6DA 3WQ4A 4D6IA 2ZUMA 4E8CA 1V02E 5A8QA 5BXRA 5A6BD 4PUEA 3DYPA 2J7DA 2YA1A 5ABHA 1XRVA 1JYNA 1SYTA 1XSIA 3VGFA 2XSBA 4JKLA 3W82A 1EIBA 3WUEA 1VRXA 2YKKA 2J7HA 2E0PA 3UR8A 4D6FA 4PSPA 2YOCA 4ZXOA 2WHKA 2EJ1A 2XVGA 1WZLA 1EGZA 3WH9A 1H5VA 6TAAA 3AMDA 3WH7A 1DWGM 1MW2A 2WMFA 4M82A 2BVTA 1US2A 3GNPA 2BVDA 1FH7A 4WKHA 1CGYA 3NCOA 3BSGA 4LX4A 3VM7A 2VCAA 3WNMA 3CZGA 3IAQA 4HA1A 3UCQA 4PMDA 2WBGA 2XFFA 4NZCA 4W89A 3VIKA 1UA7A 4TX8A 4ZEPA 1F4HA 4MJ4A 1XV8A 4H8VA 3LPGA 2G8ZA 3MS8A 1R86A 4AEFA 3II1A 4L4OA 3QOMA 1EQPA 4AD0A 4B3KA 2WXDM 1H11A 2VCCA 3F5LA 4UR9A 3VILA 1TMQA 2W91A 4D72A 3VX1A 1KGWA 3EMZA 5FIPA 2Y4SA 2VCBA 4PTWA 4M29A 4P8XA 1XSKA 2CHOA 4D6EA 1WB0A 5AC4A 5EFDA 2WC7A 1AQHA 2XJ7A 3AIUA 4CN1A 4AD3A 4CN4A 3AS2A 1WDPA 1Q6CA 4UFJA 2GK1B 1PPIA 1GVYA 3AHXA 1ZB5A 1W3KA 1NWSA 4NF7A 2DDXA 1GOKA 1LG1A 3NSMA 3POCA 5EB8A 1GQIA 3DYOA 3WD0A 3VO0A 3OLDA 1KCLA 4V27A 3TTOA 3CHDA 3N18A 1JFHA 4EANA 1B3VA 2X05A 4W85A 1V0KA 4AC1X 2QF8A 4JHOA 1ODZA 2BVYA 3LMYA 2DQXA 4J28A 2EEXA 4MJ2A 3AIVA 3N12A 2VZUA 4MNKA 1ESWA 4WIWA 4UFIA 4PMRA 2J4GA 3K1DA 1ISXA 1JDDA 3W81A 4C7GA 3CZ8A 1M53A 3FHQA 2EPNA 1EQCA 1W1PA 2YIHA 3U7BA 2RGLA 1GOQA 2F61A 2J8GA 4GQQA 2ZXQA 5TD4A 1HVXA 4HZ6A 3UG4A 4LXFA 4OKDA 1GPFA 1UH3A 2VNCA 1JZ4A 3GDBA 1VAHA 2XIBA 1CGWA 5I0DA 6A3HA 2RGMA 2YLAA 4F79A 2O9PA 3FAXA 3EDDA 1TVPA 3CPUA 1V3MA 1QHZA 1VJZA 3CUGA 2JEQA 1UZ1A 3PZOA 4PCSA 4HTYA 1FOBA 4W5ZA 2WVSA 1PX4A 4KRUA 2WMKA 2X09A 3N11A 2Y24A 3EMCA 1OINA 5CZKA 1IV8A 1E9LA 3OGVA 1ISWA 2CCRA 3CH9A 1MVYA 3RPMA 2ZUSA 4MADA 3CTTA 4AD2A 2F2HA 5FKYA 2CETA 2YL8A 1PZ3A 2ZIDA 4GKLA 3VNZA 3EDFA 5A8OA 3SCSA 2NSXA 1S46A 1JD9A 2FGZA 4ZXLA 3BH4A 1WDRA 4UQ9A 1C7TA 2Q8XA 1NQ6A 3SUSA 1FFRA 4HPHA 4W8BA 1E15A 1E6PA 1L0PA 2CPUA 1W3LA 1JL8A 3PZGA 3VD9A 2YA2A 4R27A 3BMWA 4F66A 5BXSA 2BHYA 4PN2A 1KBBA 3FXYA 1H0IA 5A95A 3RJXA 2DH2A 4JAWA 4HZ7A 4P8WA 5I77A 3N17A 3EDEA 3WEZA 2ZXDA 4U2ZA 1UKOA 3BCFA 1GOOA 1VEPA 3WNLA 2D22A 4H41A 4WKAA 1QI0A 3GH5A 3NDZA 4ZE5A 2XYLA 3WDHA 1EO7A 1MQQA 2CBJA 2IXUA 2UWFA 3NIYA 4H04A 5BCAA 3O6AA 2YLLA 4U33A 1MWOA 2D3NA 1LWHA 3CMJA 1Q6DA 3QR3A 3CHCA 3RIKA 3WF4A 1HJVA 4UQBA 2C7FA 1MYRA 1TVNA 2WSKA 1BVNP 5E9AA 1JF5A 1W1VA 5EFFA 1BGGA 1MW0A 1R87A 3MKKA 1HJWA 1UA3A 2GVYA 2D0GA 4FF5A 1NM9A 3PZMA 3RCNA 3FHAA 2DIEA 1JDAA 2EQDA 4ML4A 4GI6A 5CJ5A 4H8UA 1CXFA 2A3BA 2WC4A 4X0NA 3A4WA 1TZ7A 3PZVA 3I3EA 4D6CA 4MB1A 4A3YA 3PTKA 3HN3A 4DM1A 1YHTA 1CGVA 2VI0A 3ZIZA 2WVVA 4PMVA 4TTUA 4LYPA 2ZUVA 1C3FA 1NP2A 3MMDA 4J7RA 4J3SA 2D3LA 2VMFA 3AIRA 3M07A 3OZPA 3WMSA 7TAAA 2O9RA 1H1NA 2E40A 2WMHA 2ZX7A 3W4RA 3E1F1 1JI1A 1PAMA 4U5KA 1SMDA 3WD1A 1ZU8A 3PZUA 3AXHA 3T2OA 2YBTA 4J3TA 3AJ7A 2XG9A 2BY2A 2NT0A 5CLTA 5C71A 2DT3A 3S2CA 2B31A 2AAAA 1OM0A 1V03A 1C8XA 2V5DA 4AZ6A 3AICA 4M8UA 3OB8A 4CD8A 3W27A 1X6LA 3I3DA 1RH9A 5CSYA 4UCFA 3VD7A 2Z1SA 1NOUA 4UFHA 5E09A 1WDQA 2ZXAA 1K9EA 1VJSA 4PMZA 1J0JA 1E4IA 1AQ0A 1EO5A 1OD0A 5A69A 1OT2A 5D9MA 2WB5A 1E72M 1TE1A 1TG7A 1M04A 2BFGA 2XTKA 3IJ9A 3CHEA 4UZSA 1ZL1A 1KXHA 5A2CA 4LPCA 2GJPA 3ZQ9A 1LWJA 3W37A 4AD5A 3BGAA 2CKSA 1IZKA 3T0BA 5CLWA 2A3CA 2YBUA 2X1IA 1QI4A 3N13A 1FHDA 2E4TA 3WNPA 2WBKA 4GINA 3AMKA 3B8SA 3SCTA 1HJXA 1OIFA 2XUCA 1WZMA 5DT5A 2Y5EA 1KR0A 2C0HA 1US3A 1OGSA 3KE0A 3W28A 2YJQA 1G0CA 1G94A 1HKKA 1HNYA 4ZFMA 3BSHA 1W3HA 5A6JA 2G3NA 2WANA 2E9MA 3N9KA 1K9DA 1CZ1A 4B9ZA 1GZJA 2VURA 1B3ZA 2XHYA 1F4AA 5EMYA 1V3HA 4B9YA 3T0DA 1JZ7A 1EA9C 2JIWA 2QPSA 3KL3A 2X2YA 4TX6A 2DEPA 2XWEA 1UWTA 3VGBA 4Z2JA 1GUVA 2WW5A 2EPMX 4PEEA 2AOSA 3U5YA 4AYSA 4OOUA 1W91A 2WK2A 5FD0A 4D1IA 3VDHA 3PTMA 1C91A 1PX3A 2VRJA 3ZSSA 1HXJA 4QCFA 5C8BB 3W26A 4JFSA 1CIUA 4TVDA 1C90A 1V6XA 5IHSA 3ZM8A 4PRWA 1WCGA 3ZO9A 4UQEA 2ZUUA 3VU2A 3ARTA 5ABGA 4WLCA 1V3JA 4KGJA 3KL5A 5AYIA 1P6WA 1UD6A 4AY1A 1JFXA 4BS0A 3TTSA 4D71A 2WHMA 2YL5A 1KXQA 5E6YA 2WWDA 3WF1A 1HT6A 4W8LA 4WSJA 3ZR6A 1XH1A 1DWIM 4QCEA 4GO8A 3L4WA 4GXPA 1CENA 3A4XA 1ISVA 2ZX8A 5D8WA 1HKMA 5HBFA 3QHMA 1EHNA 2VVNA 1GW1A 3WNOA 1ECEA 1X6NA 1PIGA 1J9YA 3WD4A 2CNCA 1E6ZA 1C7SA 3WH6A 4W5UA 3AZTA 1G1YA 1W9XA 1CXIA 1CEOA 2JF7A 1KXTA 2J79A 1EHAA 4UNIA 1DTUA 3BAWA 4U3AA 1UR8A 4CD5A 3DHPA 2WAGA 2XWDA 2EXOA 5D9NA 3CUJA 1PEZA 4MB4A 3CBWA 4W86A 3B9EA 3WFZA 1XC6A 1E0XA 1W1YA 5GPRA 3J7HA 3CUIA 1WKYA 4M81A 1JI2A 1GQLA 5CPTA 2PF0A 5I6SA 4JFVA 4DWSA 5M5DA 2IUZA 2J7CA 3UR7A 1JZ2A 1UQZA 1KCKA 2W5FA 6CGTA 4DUVA 3WNKA 2ZOXA 4JFWA 1JNEA 3VIOA 4UFKA 4PYSA 1C8QA 1B31A 1UR2A 1B2YA 1Z32X 1ZBVA 2YA0A 3L4ZA 1EDGA 1V3LA 4EKJA 2GUYA 4RE4A 2PWGA 1H4PA 1XH0A 4OBRA 4F8XA 4BQ4A 1WPCA 2J77A 1KWGA 4V28A 3CUFA 4MNJA 1CECA 1LJYA 3WBAA 3EYPA 4XB3A 1GONA 2VR4A 3L4YA 2YDRA 2ZICA 1JF6A 1W9PA 2PC8A 4X0VA 1J10A 4MNMA 4Q22A 3SUVA 4DWSD 4J3VA 4QLLA 3ZJ8A 1JZ8A 3WKZA 4H8HA 2WZEA 4MDOA 1UWQA 2VQUA 4W7VA 1LL4A 3SCVA 5A6KA 1CXKA 4NRRA 5I78A 4M24A 3BAXA 2BV9A 4AIUA 4KWUA 1HN1A 2DSVA 3NJ3A 1QNRA 4L4PA 3AS0A 1TFVA 1TR1A 3IJ7A 3ZJ6A 1QNSA 4F9JA 3AZSA 4QP0A 2VC9A 1CGXA 2JIEA 5BXPA 1E5NA 1RP9A 4IPNB 4WJXA 4M56A 2J7GA 3PZNA 5I24A 2D0FA 3WD2A 2G3JA 1N82A 2WMIA 4AMCA 2D2OA 3DECA 1KGUA 2XPKA 2DGAA 2DSZA 1C8YA 4GQRA 2CBUA 3SUTA 1OT1A 2WVVB 4WSKA 5F7UA 1VFOA 3FW6A 1UWUA 1UKPA 2X8RA 1UUQA 2CBIA 4BF7A 2VZSA 4EAMA 3AIQA 1BG9A 2VRQA 3NSXA 3KEHA 1E4MM 1UKTA 1VFFA 2YL6A 3MANA 2CHNA 1UD8A 2VRKA 3AHTA 3WDPP 2OSYA 1GNXA 5GNZA 4DUXA 4MDPA 3WENA 3BLPX 3T0AA 2D20A 1KBKA 2FHCA 1UZ4A 1MW1A 2J78A 4AZGA 1BFNA 4QLKA 1RPKA 3N04A 4HA4A 2EPOA 1HP5A 4QAWA 4U3CA 1HKIA 4J3UA 3CZEA 1DHKA 4A4AA 2OYMA 5E0FA 1UWIA 1XD0A 4GI8A 1E6SM 4CU6A 4HPGA 5D8ZA 3WQ5A 3RILA 1NARA 4CD6A 3ARVA 5ABFA 1FA2A 2FGLA 1LL7A 3VGDA 2XSAA 1UR1A 3G6LA 1NH6A 1GCYA 1O6IA 3KZSA 3L4VA 3BC9A 3VD3A 1G5AA 1SFSA 3GBEA 4N0RA 2XVKA 5ABEA 3T09A 2PBOA 4W84A 3QHOA 1ITCA 4FK9A 2YDSA 1MXGA 2QMJA 1V6VA 4CU8A 2W61A 4CVUA 3NYDA 3QGVA 2WLZA 4H2CA 4U2YA 2GJXA 3VGHA 2VL4A 5I2UA 1QW8A 1JAEA 4P7RA 4DUWA 1KR1A 2VR5A 1XD1A 4IPLA 1ZBCA 2OSWA 1HF6A 1QNQA 1UD3A 1BG4A 1BPLB 1J0HA 3WL0A 3AQUA 3WH5A 1RP8A 5JBDA 4YPJA 1JD7A 1C92A 3GTNA 1JG9A 3AZRA 3GNOA 3WDRA 4EK7A 3W0KA 3VINA 3APGA 1E3XA 1DWJM 4QDMA 4YHEA 4TUFA 3RO8A 4AW7A 3BLKA 3NUKA 1MQRA 1W9UA 2ZUNA 5I5RA 4Y7EA 2OSXA 1OGBA 4FLQA 1CGTA 1JDCA 1NWTA 4HU8A 3AYRA 4GIAA 5HOSA 3WUFA 2ZX6A 4PMOA 3KWXA 4Q7NA 1UKSA 3L2LA 1H2JA 2CEQA 1BAGA 2UY5A 1IT0A 2UY3A 4K68A 3SUUA 2O92A 1JYXA 3PBGA 2C8NA 5LA1A 3MMWA 4KH2A 2A3AA 2WC3A 5ECUA 3OGRA 3SURA 3BCDA 3GYCA 4XZBA 3O9NA 4R5EA 4F9DA 5KZ6A 3S6TA 2XVNA 2OYKA 4HOXA 2VVSA 1DEDA 1FHLA 4AD4A 5HPOA 3FN9A 2JEPA 2DH3A 5DT7A 4AZ5A 4PMXA 2BXYA 3BXWA 3THCA 2MANA 2FH8A 1E73M 3WQ8A 3T2QA 2WM0A 2V3DA 4OBSA 3SCQA 4AXNA 1QHPA 3K8LA 4MNLA 4LYRA 4XV0A 1CTNA 4WK9A 3VIPA 2WSPA 2BHZA 2TAAA 8CGTA 4CKQA 1X1NA 2BY0A 2VQTA 1OBAA 3BAIA 1MQPA 4WKFA 1GQKA 1QI2A 3WNNA 3MUIA 1MW3A 1XH2A 5M17A 2WLYA 1UR4A 5BROA 5FOOA 1R85A 4UQAA 4QLJA 5HDRA 1UH4A 1V02A 5EBAA 4DWSC 2UY4A 4AD1A 4A3HA 2BXZA 1UD5A 3I3BA 2OWWA 1A47A 3CZLA 3WIJA 1HVQA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1E6N A;  3QHN A;  1GJU A;  2DT2 A;  4C7D A;  3A47 A;  4ACY A;  1UH2 A;  4W88 A;  1WO2 A;  1YQ2 A;  1VIW A;  1E5J A;  1UOK A;  3CLW A;  7A3H A;  1QOX A;  1UQY A;  3WUG A;  1HIZ A;  3CGT A;  4CCC A;  1BTC A;  1VF8 A;  3AIB A;  4BQ5 A;  3EDJ A;  1CBG A;  2G3M A;  3LPO A;  2XGB A;  3WEM A;  5A8P A;  2FHF A;  1K9F A;  3THD A;  4W8A A;  1VFM A;  2WKG A;  3ARY A;  4UOQ A;  1GHS A;  8A3H A;  1GJW A;  5A6B A;  3GXM A;  3WQ6 A;  1R7A A;  1CPU A;  1RD6 A;  3HU7 A;  3BAY A;  2VUY A;  1H3G A;  2W63 A;  5FL1 A;  4AWE A;  5A6M A;  1KGX A;  1WP6 A;  2JF6 A;  2QLY A;  2DSU A;  4CCE A;  4NI3 A;  3U7V A;  3GZA A;  2V3E A;  2HIS A;  2ZXB A;  4FLS A;  1DP0 A;  3VMP A;  4D6D A;  3WQ4 A;  4D6I A;  2ZUM A;  4E8C A;  1V02 E;  5A8Q A;  5BXR A;  5A6B D;  4PUE A;  3DYP A;  2J7D A;  2YA1 A;  5ABH A;  1XRV A;  1JYN A;  1SYT A;  1XSI A;  3VGF A;  2XSB A;  4JKL A;  3W82 A;  1EIB A;  3WUE A;  1VRX A;  2YKK A;  2J7H A;  2E0P A;  3UR8 A;  4D6F A;  4PSP A;  2YOC A;  4ZXO A;  2WHK A;  2EJ1 A;  2XVG A;  1WZL A;  1EGZ A;  3WH9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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