4RTFD

Crystal structure of molecular chaperone dnak from mycobacterium tuberculosis h37rv
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
355
structure length
349
Chain Sequence
RAVGIDLGTTNSVVSVLEGGDPVVVANSEGSRTTPSIVAFARNGEVLVGQPAKNQAVTNVDRTVRSVKRHMGSDWSIEIDGKKYTAPEISARILMKLKRDAEAYLGEDITDAVITTPAYFNDAQRQATKDAGQIAGLNVLRIVNEPTAAALAYGLDKKEQRILVFDLGGGTFDVSLLEIGGVVEVRATSGDNHLGGDDWDQRVVDWLVDKFKGTSGIDLTKDKMAMQRLREAAEKAKIELSSSQSTSINLPYITVDNPLFLDEQLTRAEFQRITQDLLDRTRKPFQSVIADTGISVSEIDHVVLVGGSTRMPAVTDLVKELTGGKEPNKGVNPDEVVAVGAALQAGVLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Chaperone
molecule keywords Chaperone protein DnaK
publication title Crystal structure of molecular chaperone DnaK from Mycobacterium tuberculosis H37Rv
rcsb
source organism Mycobacterium tuberculosis h37rv
total genus 99
structure length 349
sequence length 355
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-11-14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4rtfD01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4rtfD02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4rtfD03
2BTFA 3EKSA 3R8EA 5BN8A 4BRPA 1X9JA 2OANA 3MDQA 1ATNA 5AQJA 4BREA 4CBWA 4EHUA 2A41A 1JCEA 5AZIA 1YUWA 2VWBA 3O5BA 3CJAA 2V52B 1GLJO 5LY3A 4BR9A 1MDUB 3BEXA 4WQ5C 3VEZA 3H6EA 1V4TA 5ADXA 3UKUA 3EKUA 2YJEA 2ZF5O 5AQXA 2QWPA 5BR9A 5EXWA 4BC5A 1BO5O 4FWQA 4BROA 2ZGZA 1BU6O 3DXKA 3DWLA 4B1VA 3HZ6A 2FXUA 3TPQA 4WQ4C 3ZETB 1NGCA 4J8FA 3LDPA 4M7XA 3U8XA 3JS6A 4JHDA 1NGAA 4RTFD 2BUPA 2CH6A 4AM6A 3AAPA 1KAZA 1QQOA 3DXMA 3IUCA 4FWMA 1XUPO 5AQGA 4BRGA 3VEVA 3QBWA 4BRFA 1BA0A 1QQNA 3QMLA 4EIAA 2DPNA 3QBXA 3CETA 2P9UA 3HM8A 4FOIA 4YDUA 3VGLA 2P9PA 4LC9B 3ATUA 3O1WA 3KZBA 1HLUA 5AQKA 2VCPA 5F2RA 4XH4A 1LOTB 2IVPA 1BG3A 2Q0RA 1MWMA 4BRKA 3FZKA 5KQDA 5AQWA 3O6WA 2D0OA 3R6MA 3CHWA 5AQVA 1P8ZA 2A5XA 3VETA 3EO3A 4JD2A 2E2PA 4NB4A 3MK6A 3EN9A 4HWIA 3R9PA 4DHYA 5EY4A 1GLAG 5FPDA 4FSVA 5AQFA 2HMPA 3H3OB 3D2FA 1SAZA 2ZGYA 4FO0A 1MWKA 2FSNA 3MN5A 3RSEB 1E4GT 1OKJA 2PAVA 2QWQA 3GG4A 3QFPA 4H5WA 3QDKA 4PL8A 2ASOA 5EVZA 2P9SB 1ZC6A 1HPMA 3HTVA 2GUPA 5KQ8A 4PKIA 2ASPA 1KAXA 3EZWA 4A2AA 1Y64A 1GLLO 2QW9A 4FWOA 5BPNA 4BRNA 1HKGA 5AQRA 3JXUA 4H5NA 4BRLA 2P9KB 3CQXA 3CJ7A 3TU5A 1U6ZA 2FLOA 3MCPA 3H46O 3CIPA 2YJFA 1BA1A 3FLCO 3O80A 2AP1A 4IXCA 1K8KA 5AZJA 1EQYA 1KXPA 4FWRA 2NRHA 3J8AA 3VESA 3F9MA 4NO7A 5ADXH 3L6QA 2ITMA 4BVPA 1SQKA 4EFHA 1RFQA 2YHWA 1U2VB 2A42A 2Q1NA 3WQTA 4K42A 4CZHA 3FE1A 2YI1A 3WQUA 4YDUC 4B1YB 4CZFA 1G99A 3DJCA 3M6GA 5AQSA 2E20A 4BRCA 1YAGA 2QWMA 3VEWA 2Q31A 5AQQA 1NGBA 2A3ZA 3B8AX 4XEIA 4B1WB 4H0VB 3ZETA 3C7NA 2CGKA 2D1KA 3P4IA 1NBWA 5AQYA 2QWNA 5AQNA 4CZLA 4ISFA 3ZX3A 3C0BA 5AQUA 5AQHA 4CD3A 3UE5A 1TUYA 1IG8A 3FZLA 3ENHA 4BVOA 1HKCA 4CI6A 2H3GX 4BRMA 3C7NB 2WUSA 5EX5A 4BGAA 3KVGA 3AAQA 1ATSA 1HX1A 4BG9A 3WEEB 4C23A 2Q36A 2A40A 3VEYA 5TKYA 4DQ8A 3G25A 4BRQA 2P9NB 3FFKB 3I33A 5BPLA 3LM9A 1C0GA 1NGDA 4BRIA 1T6CA 2F9TA 2P9LB 4H03B 4CZGA 1NGFA 3A8YA 4BG8A 1XQSC 4PKGA 4H0TB 2ZWHA 2QM1A 4BC4A 3LL3A 4MO5A 3SMPA 1QZ6A 4K41A 4M7YA 4WYBA 2GWKA 3VOVA 2YHYA 4IJAA 3LDOA 2FSKA 4MLEA 2J4RA 5AFUA 4BC3A 4B1XB 3D2EA 1TYQB 3A0IX 1XC3A 2GWJA 3CI5A 3ULEB 2ASMA 4CZJA 3FGUA 5I9EB 5E84A 3RSEA 4FWKA 1RDWX 2VYPA 3ENOA 3WXIA 5FPEA 3EL2A 3H45C 4JNEA 5KPRA 3D2EB 3HI0A 4H0YB 2P9SA 3SLCA 1YVNA 4M63C 3HSCA 1QHAA 3ZX2A 3QB0A 1ZXOA 5JLFA 3MN7A 2E1YA 4I6MB 4BR2A 3I8BA 2QWOA 3LDNA 1R59O 3W0LA 4FPAA 3HBTA 2E8AA 2P9KA 1D4XA 2QXLA 5F0XA 1NGJA 4BQZA 3ATVA 1IJJA 4F9OA 3BUZB 2QWLA 2HF4A 1Z05A 2V7YA 4FWLA 4O5FA 3GBTA 2GEMA 3GL1A 3A5MC 4QS8A 3W3DA 4H5VA 3H3NO 4H0XB 1HJOA 3CJCA 1BDGA 1U2VA 5E26A 2E2NA 5BREA 3UKRB 4DCHA 4Z94A 3A5NC 4A62A 2W40A 1ATRA 2Q2RA 4H0PA 4CZKA 1DGKN 2FF6A 1TUUA 3VGKA 5BRFA 3MMVA 4FWNA 4PKHA 1HUXA 5AR0A 3O4WA 4QS7A 4BR4A 3VF2A 5FPNA 2P9IB 4E1JA 4EAHD 3ZEUA 1Q18A 3MN9A 4H5TA 2AA4A 3CQYA 4GY2B 4XH1A 4A61A 2GTDA 1RGIA 5EOYA 4B9QA 1NWKA 3OHRA 1KAYA 5JICA 3H1QA 1HKBA 2HF3A 3ZEUB 2HOEA 5KPZA 2CGJA 4HTLA 2CH5A 2I7NA 5JMVA 2F9WA 3QFUA 4DB3A 2W41A 3BF1A 4KBOA 3WEEA 5B8HA 4EHTA 4CZIA 4O8KA 5ELZA 2P9NA 4FWPA 3VERA 5AQOA 4BGBA 3DAWA 3IMXA 3WXJA 2P9LA 1C0FA 4ISGA 1BUPA 3AARA 4IZ9A 4CD1A 2YHXA 5AFUH 3SJHA 4QS9A 3KHYA 4RWTA 3FZFA 5LJVA 4CZMA 1Z6RA 4BR7A 3WXLA 1JCFA 3CJBA 1BWFO 1MA9B 3A5LC 5AZIB 1X3MA 4GNIA 3VEOA 2EWSA 1TYQA 4MO4A 3UB5A 3H1VX 2IIRA 3S41A 4CJ7A 2V51B 3ULEA 5LJWA 1GLDG 3AY9A 2CGLA 4JAXA 2E2OA 3UKUB 1H1VA 1T6DA 5AQIA 3WT0A 3DXKB 4BC2A 1DKGD 1NLVA 3FR0A 1J6ZA 2QWRA 4RCHA 3ZX0A 3IFRA 4BRDA 1QZ5A 5BPMA 4IWVA 4JHDB 4K43A 3D7EO 3M1FA 3GDQA 3MN6A 2Q97A 4BRAA 1LCUA 3DXMB 5AQMA 3WUHA 4I6MA 3A5OC 3SK3A 3WXKA 2NLXA 5CE3A 3BF3A 4H0OA 4MLHA 2P9UB 4CZEA 3L0QA 4WQ5A 4JN4A 2FSJA 1ESVA 2Q0UA 3U9ZA 3VENA 1NMDA 2P9PB 3VPZA 3O08A 2D0PA 1GLEG 4ISEA 5BRHA 3LDLA 3BP8A 5JLHA 1E4FT 3LDQA 5F1XA 5BN9A 3CJ1A 4WQ4A 3U4LA 3IDHA 3SMSA 1DEJA 2E2QA 4FPBA 3CJ9A 4Y0WA 4AM7A 2E1ZA 2UYTA 1GLCG 3QICA 3ID8A 5AQPA 3UKRA 4BQLA 4FWSA 4BR0A 1BOTO 2I7PA 3M3ZA 2PBDA 3O1BA 1NGEA 4JD2B 4A2BA 1WOQA 1JCGA 3VF4A 4L3QA 1X3NA 2GELA 5AQZA 2IVNA 5AQTA 3U9DA 1GLFO 2P9IA 5FPMA 2FF3B 3D2FB 2A6AA 1V4SA 5AQLA 5KPTA 4FOEA 3L4IA 4K25A 3GE1A 3VGMA 3VEXA 1QQMA 1CZAN 1GLBG 1ZBSA 5BRDA 3GOIA 4IJNA 1YXQA 2E88A 4BRHA 1NGIA 3VF6A 2IVOA 1NGHA 1S3XA 1SZ2A 3FZMA 4B1ZA 3CERA 4H5RA 4FL9A 4BR5A 4CBUA 4B1UB 3O8MA 4PL7A 2KHOA 3LM2A 1NM1A 2V7ZA 1T44A 2NZTA 2YCHA 1S22A 4XH5A 2D4WA 3FZHA 1NGGA 4CBXA 5AZJB 1K8KB 1WUAA 4IO8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4TSXA 3CQ8A 2R7YA 4LSNA 4DU3A 2A41A 5AZIA 4CJTA 1YUWA 1NMNA 3AV9A 4FJ9A 4OPJA 1MDUB 4WQ5C 3VEZA 1BCOA 1V4TA 3I8DA 4OLBA 1TGOA 3UKUA 1IBMK 2YJEA 2ZF5O 3MEDA 3KKSA 4CHNA 4BC5A 1BO5O 1BU6O 4B1VA 1Z25A 3ZT0A 1KQSM 3OS2A 4XJXA 1NJIO 4HTUA 5H1SQ 3AAPA 4RW7A 3DXMA 5C12A 1XUPO 3VEVA 4CGGA 3QBWA 4KAZA 1QQNA 2YHBA 1B9FA 4CF0A 4CF1A 4FOIA 3HVRA 1NK8A 4KHWA 1HPZA 1S9GA 2P9PA 3D6RA 4LC9B 3ATUA 1HNIA 5AQKA 4FW1A 3RMDA 3G4SN 3SUNA 1LWFA 4AHCA 4EP5A 3FZKA 5KQDA 1QSSA 4Z4HA 4U67L 3R6MA 1K6YA 5AQVA 1P8ZA 3EO3A 3K59A 2JWLA 4CJEA 2E2PA 3EN9A 5KGWA 2BE2A 4HVJA 2VGNA 1NOZA 4FSVA 5AQFA 4LF7K 3LPTA 3H3OB 4KRFA 1SAZA 3HL8A 1JLCA 4Q5VA 1MWKA 4A57A 2PAVA 4DKWA 2PYLA 4YORA 3AVJA 4H5WA 3QDKA 4ELVA 1EWRA 2C1IA 3AVLA 4B3OA 1WSEA 3EE8A 2HHSA 1L5UA 4CK3A 1U4BA 1LW2A 5AJ3K 5KQ8A 4JYAK 4JKHA 2HVIA 4JRPA 2RKIA 4DFJA 4CJFA 2ASPA 3ENBA 4N47A 3ISNC 4CJVA 2QW9A 1RT7A 1WLJA 1HKGA 5AQRA 1OH8A 1UOCA 4M45A 3CQXA 1RDUA 5GIOA 3ZYYX 3F73A 3OS1A 3MCPA 4W5QA 2YJFA 1K8KA 4CEBA 4JI8K 4CJRA 4OKEA 4JKCA 4BDPA 4JK8A 2W00A 3AVAA 4WFNL 1HNZK 4K42A 5M1NA 4PHTX 3NGYA 1G99A 3T1YK 3DRSA 3M6GA 2ETJA 3VA3A 1TKTA 2E6LA 3VEWA 1JLQA 2OTLN 4Z4FA 1NGBA 3TAPA 4DF4A 2ATQA 4JI4K 4H0VB 2HHQA 5AQYA 4DSLA 2QWNA 3SCXA 3HXMA 3C95A 4KB1A 5AQHA 4F8RA 3RMCA 1IBLK 4CW7B 3THWA 1IG8A 1ZBHA 4BVOA 4JI6K 5FRNA 3QIPA 4DV5K 2H3GX 3AGRA 3C7NB 2HW3A 3I56N 5EX5A 1BIUA 3T7ZA 3OYKA 5D3GA 4BGAA 5GAHP 4Y1CA 1SS6A 3VEYA 1U48A 2FBYA 3G25A 4KKOA 4BRQA 2WFBA 4CGJA 4NLCA 1XMQK 3J80O 4YOXA 3LM9A 4BRIA 1NK0A 1UAXA 3Q7BA 4GVMA 2F9TA 4BG8A 1S1TA 4PKGA 2ZWHA 4DSFA 1NK4A 3DLKA 3VQCA 2HBLA 1QZ6A 4WYBA 4IJAA 2HHUA 4BC3A 4PY5A 1MU2A 4JI7K 3SV3A 1FXXA 3SUOA 5E84A 3ENOA 4Z4CA 2OPRA 3HPOA 3LP3A 3D2EB 3CG7A 4OVLA 4RW9A 3SLCA 3IS9A 4CF9A 3PX6A 1BI4B 1QHAA 1RTHA 3O3FA 3MN7A 3CFRA 3SUQA 1XI1A 2D0AA 1GOCA 2DTUA 3OBYA 4B8CA 3W0LA 2E8AA 2HNZA 5F0XA 4DV1K 3ATVA 2OA8A 3TSPA 3D0PA 1IJJA 4CJPA 4F9OA 2HBKA 1Z05A 2Z1IA 1J5EK 3LWLA 2GEMA 3DRRA 3W3DA 4DTNA 3EY1A 1HJOA 2OPPA 4BE7B 1TL3A 4CJKA 4KHNA 2VWKA 3DLEA 2E2NA 5BR8K 4OO1J 1C1BA 3DLGA 4C8MA 3OYEA 2FF6A 4KHPK 4OKJA 3LWMA 4B08A 1Q86O 3HRGA 3AVCA 1HUXA 4W5TA 5AR0A 4JKAA 4BR4A 3VF2A 3SI6A 4YY3K 1VSJA 3ZEUA 3MN9A 3AA3A 2ZJRL 3TAQA 4XH1A 3ZSZA 2GTDA 3CM5A 4KO0A 3J7AP 1NWKA 4KREA 4DWIA 3H1QA 4KFBA 4M3WA 4X62K 2HF3A 2RN2A 4HTLA 2F9WA 4DB3A 3BF1A 4KBOA 1S1XA 3L2QA 2P5GA 1NK5A 3L3VA 4O8KA 4BWJA 3K0SA 1YJWN 2YV0X 3DAWA 1KLNA 4B9MA 3MXMA 3IMXA 3I0RA 1C0FA 4ISGA 1CXQA 4H4MA 3SJHA 3U3YA 2Y1JA 4L8RB 2QTDA 3BZKA 1TKDA 4FLTA 2VGMA 4FLUA 1VQ5N 1P90A 4I2PA 3OYAA 2F7TA 4B3RK 3A5LC 4FK4A 3UB5A 2IIRA 3PIPL 3SPYA 1GLDG 3AY9A 5C10A 4DSKA 2KLAA 1H1VA 3DXKB 3WNFA 4BC2A 3OYGA 2O4GA 4LF8K 1XNRK 3FR0A 1J6ZA 2QWRA 1JXEA 3ZX0A 3IFRA 3ZSRA 1TK0A 3B6OA 1VQ7N 4JHDB 4FK0A 3D7EO 3CCSN 3MECA 2UUAK 1LCUA 5AQMA 3WNEA 4LH4A 3A5OC 2NRRA 5CE3A 1VQ6N 2KZMA 3P31A 2P9UB 3RR8A 1YHQN 3OTOK 1ESVA 1S1VA 3KLHA 1VRTA 3L4QA 2YNFA 3VPZA 3O08A 1GLEG 5BRHA 4BWMA 3LDLA 1E4FT 3VA0A 3K5NA 4N76A 4JI0K 3NCIA 3IDHA 4O0JA 1FKPA 1C0MA 3VQDA 3CJ9A 1IBKK 3THXB 4Y0WA 4AM7A 4FWSA 4BR0A 1BOTO 4GV3A 3O1BA 5SZTA 5KI6A 3AO5A 2UXCK 4DFMA 1VQ8N 2IVNA 4AHTA 2VQEK 3OYMA 1GLFO 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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