4TMBA

Crystal structure of old yellow enzyme from candida macedoniensis aku4588
Total Genus 142
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
YMNFDPKPLGDTNIFKPIKIGNNELKHRVVMPALTRMRAIAPGNIPNTEWAEEYYRQRSQYPGTLIITEGTFPSAQSGGYPNVPGIWSKEQLAEWKKIFNAIHENKSFVWVQLWVLGRQAWPEVLKKEGLRYDSATDDLYMGEEEKERALKANNPQHGITKEEIKQYIKEYVDAAKKAIDAGADGVQIHSANGYLLNQFLDPISNNRTDEYGGSIENRARFTLEVVDAVVDAVGAERTSIRFSPYGTFGTMSGGENPGIVAQYAYVIGELEKRARAGKRLAFIDLVEPRVTDPFLPEFEKWFKEGTNEFIYSIWKGPVLRVGNYALDPDQATLDSKKPNTLIGYGRSFIANPDLVYRLEKGLPLNKYDRNTFYTFTKEGYTDYPSYEESV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Flavoprotein
molecule keywords Old yellow enzyme
publication title An Engineered Old Yellow Enzyme that Enables Efficient Synthesis of (4R,6R)-Actinol in a One-Pot Reduction System
pubmed doi rcsb
source organism Kluyveromyces marxianus
total genus 142
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00724 Oxidored_FMN NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4tmbA00
1YPIA 5AYYA 4RR4A 5DLCA 4S2BA 4EF8A 1KM6A 3G1DA 1OHLA 3N3MA 4Z1AA 5BRBA 5K4XA 3DGRA 1HFBA 5K9CA 5E93A 1WOAA 1GVQA 4AAJA 2YFNA 1BWKA 4ADUA 2QCNA 4LVAA 4N2YA 2QDHA 1I2NA 3Q94A 3NL2A 3W7RA 2PURA 2YXGA 4KWWA 3W70A 3NQCA 4O54A 2E1DA 2ISVA 2CLLA 5AHFA 1S5VA 3GZ3A 2XN1A 3C56A 1TJPA 4BR1A 1L2UA 5FF7A 2V82A 3B0UX 2ISWA 1HO4A 5EL1A 3RK8A 2HTMA 5TBOA 3IGUA 2Y61A 2Y85A 4XUGA 2RHGA 3LHUA 2C16A 5HR7A 4X3ZA 3CWNA 3PR2A 4GBUA 2FDSA 3TA6A 1FCBA 3QYQA 5G2HA 1OG0A 4AB4A 4MYAA 3LBMA 2Q3RA 4FEZA 1ICQA 3GAYA 4HIBA 3QSTA 3L5AA 3H53A 1ZAJA 3JRKA 3KOFA 4YCOA 2TMDA 4WUIA 1DJNA 5A8GA 3RLVA 4RCXA 2X2GA 3IV3A 1VYSX 5KTLA 1TTQA 1U83A 1XBYA 2A2IA 4AH7A 1KFKA 1HO1A 2CLOA 3W7IA 3N9RA 1C8VA 5EYWA 1TPDA 4PA8A 1UJPA 4BI5A 1G67A 2C3ZA 2J24A 4AF0B 3TKFA 2ZZ1A 4ZQPA 3LGEA 2B7QA 4JDYA 2ZRZA 3HPXA 2CLIA 1FCVA 3LCWA 1AMKA 4IPJA 1EP2A 5DBUA 3QMSA 2YYUA 3H55A 4FNSA 2GQ8A 2CLKA 5IBXA 1GEQA 2NLIA 1SZFA 3TIMA 5F2LA 2ZYFA 3TR2A 1OJXA 3NL3A 3QH2A 3WK3A 2E68A 3FEMA 3GR7A 1TRIA 3IGSA 4JTHA 3P5YA 1H51A 4M6PA 4IGHA 4Q33A 1EUAA 4YCPA 4JDBA 2ZZ2A 1SFLA 5L9FA 3MP5A 3NQDA 3UWWA 4ICNA 3DFNA 4A2SA 2YW3A 1VGAA 2EKCA 3BGJA 3W1LA 2WNZA 5J5DA 4WQ6A 2Y6ZA 1A50A 3NPWA 2FPYA 5D2TA 1H5YA 1MEHA 1SO4A 2JKPA 2VFEA 3N34A 3KRSA 4IUOA 3O15A 1G6CA 1MZHA 2ZZ5A 1IIGA 2Q3OA 4I9AA 3TJXA 1SO3A 3S1XA 1VS1A 3F03K 3GDMA 3HGJA 1V5XA 1U5JA 5CZJA 1WDWA 2A6NA 1JCXA 5E1QA 3G3DA 4AWUA 3UPWA 2VEKA 3LTPA 1NF7A 4UXDA 4XTDA 4BFAA 3NA8A 2A5HA 1SSDA 2I9EA 2OZ0A 3WK2A 4UTKA 1YXCA 2ZQ0A 2VOMA 4LS1A 4RZ5A 3P61A 3HG4A 2Q8LA 1DOSA 4LVBA 3G0UA 3TROA 4IQLA 3MYOA 5AHIA 4AWTA 1W3TA 3W7JA 5I3JA 5LKYA 1WX0A 3TXZA 3W2KA 3B0VC 1OFBA 5BNKA 1F76A 3KVLA 3HO8A 2Y7FA 4WJEA 5AC6A 1WV2A 5LNSA 1TQJA 2C18A 5CZSA 1J5TA 3QMRA 1YPFA 1Q45A 3SZ8A 3W88A 6TIMA 2V30A 4UC5A 3L5LA 3TFCA 4TMCA 4UR7A 1R30A 3M5VA 3NQ7A 2NWSA 2NUWA 5HJLA 4TO8A 4UTIA 4M5PA 1O5KA 4GFSA 1X1OA 5BW6A 2JKEA 4BF9A 3M47A 3W1PA 2J6XA 1O5XA 4O4VA 3NOEA 5K9DA 4PTNA 3TH6A 1ME7A 3PSWA 4WY0A 3A21A 5FI8A 1F5ZA 2ZZ3A 4MKNA 5HINA 2GVJA 3B03A 4UNKA 2B7PA 1G7UA 4KWVA 3NXFA 1OF6A 2CLFA 4LC6A 1L6SA 3DKLA 1PHQA 1FWTA 4Y9AA 5CKSA 1JCMP 4GUHA 1WYIA 1SSGA 2BZNA 3B06A 3R8RA 2VFGA 3W7DA 4D2JA 5EBUA 1QOPA 3NEVA 1TB3A 3NQ6A 3TAOA 3H54A 5CSSA 5U7SA 2V5BA 1ZALA 3PBYA 3HBLA 3W85A 4JICA 3MBFA 1QWGA 4PCFA 3CEPA 3SW6A 4JTTA 1PCKA 3E96A 3P74A 3CIWA 3RU6A 1O4UA 4FX8A 2VFDA 3UXAA 3A5VA 3AO0A 3GIYA 4HPXA 4LU0A 1W5OA 1UBSA 5D03A 4GUJA 5G2WA 1RPXA 3QQ0A 3TSBA 3T44A 1QCWA 2Z6IA 3BARA 3T40A 5KMYA 3SIZA 1VHCA 1F73A 3PSVA 5KZEA 1H61A 4O10A 4LTSA 3W86A 3LCXA 3STGA 4JYEA 3P80A 5LGXA 1G7VA 4DPPA 1ADOA 1ZFJA 4UTWA 4FNPA 1D3GA 2XFWA 3THAA 4HHPA 3P7YA 3MHFA 3S1WA 2CZ5A 3N2XA 4FO4A 3B8DA 3D0CA 4QM1A 3W1UA 3T4CA 5F4SA 1KFCA 4Y90A 1QPNA 3NM1A 3OG3A 2FFCA 1D3HA 5ABTA 2PRHA 1L9WA 2J88A 1JCJA 4P2VA 3EB2A 3EWZA 1O60A 4OV4A 3DBPA 1LRQA 3DHFA 1LOLA 4DF0A 2FIQA 4A3UA 3CHVA 2GVGA 1SUXA 2TPSA 2YFOA 5D37A 3M1ZA 5G2IA 1ICSA 3STEA 1HL2A 4EF9A 1A5CA 4A2RA 2GQAA 1VLIA 4CNNA 4MJMA 1RR2A 3PG8A 1FCUA 2Q8ZA 1RVGA 3G18A 4K36A 1K03A 2OCZA 2YX0A 3FKRA 4FNRA 2VXNA 1M7PA 5J5RA 1OVDA 3NQEA 3TW6A 2C19A 3V1PA 2BSLA 3LHZA 2QDGA 3DZ1A 4DF2A 1P1XA 4WOZA 3LXBA 4TMBA 4UFMA 1VYRA 4PC8A 2VEMA 3ATYA 2A1YA 3O05A 3GKAA 2A7NA 3PUDA 1TPH1 1GTEA 2E6YA 5D2XA 4DELA 2LLEA 1LZOA 4OHQA 4CNPA 4JY8A 3M43A 2FTPA 4R33A 3LHVA 2NV1A 3NGJA 3HJZA 1T99A 2ZZ4A 3LCGA 4AEOA 3L65A 3UWVA 2YR1A 1KBJA 3W1TA 4MY1A 3I6RA 3W22A 4GNJA 1X1ZA 4O18A 2QCDB 2H90A 1J4EA 3ABSA 1NVMA 4RXFA 3ZR4A 3G3MA 3W83A 4YWIA 4NQ1A 1OX5A 3TX9A 1BWLA 1WBJA 3TJLA 2A85A 2HMCA 2C0AA 4YXGA 3NG3A 4N4PA 1EPXA 2ZTJA 4OE7A 2YCEA 5BMWA 1TPB1 2VEIA 2ABBA 1FBAA 1GOXA 1T0OA 2QJHA 1UUOA 1VCVA 2FPTA 2GJNA 5I3IA 2V8ZA 2F7FA 3W1RA 3S5OA 4Y96A 3LI0A 4BK9A 4NJKA 4ZQNA 4MZ8A 1TTJA 5DBTA 5HUPA 4ZQCA 3GXNA 3LB0A 7TIMA 3QZEA 5LNUA 3P67A 3PUOA 4K6AA 3IEBA 3DHDA 5DXXA 3M9YA 4K38A 3PULA 4M19A 1WA3A 1GVOA 2BXVA 4MZ1A 3TSMA 5KINA 2X1UA 2NUXA 5HWNA 3KX6A 1PVNA 1TPEA 1TV7A 4ML9A 4JTSA 1Y0EA 2Z2UA 1AK5A 1VZWA 3ABRA 3EKZA 2A21A 4ADTA 1PS9A 3F1QA 3TQ0A 3W6YA 2WSRA 5C5YA 4HT3A 3KVMA 4AVFA 2RDUA 4A21A 3THQA 3EKLA 3USBA 3UQNA 4K7VA 1XCFA 4GXMA 1YLVA 3SGZA 1KTBA 2WO5A 4NZJA 3SI9A 1KFEA 1LRTA 1WOBA 4DO5A 1WQ5A 5LZLA 3UYCA 5F1VA 1KW1A 5DCEA 2CZFA 5KITA 3SECA 3LCLA 3VFLA 3TUUA 3CQ0A 1GYLA 1OFOA 4Y8FA 3W1AA 3LDVA 4O12A 1I4NA 2CZEA 1ICPA 3LXCA 2JBMA 1X6UA 4UNLA 5AHEA 5D2YA 2FB2A 2VFIA 3STCA 3FIGA 3C8FA 3EWBX 3R89A 4AWSA 4PL2A 3G1SA 5CPLA 1TPVA 3MHGA 1T8XA 1LYXA 1IXOA 3A5FA 4UTHA 2X1SA 2YSWA 1VLWA 2VKZG 1FY6A 4PL1A 3KVKA 1UUMA 1EB3A 1C9DA 3KRUA 4O19A 3NO5A 3W87A 4KFNA 4XBSA 3DENA 3S42A 1MSSA 4WXYA 4JYDA 4MFEA 2XN2A 3GK0A 4CQAA 1TRDA 3HIJA 2WQPA 3LCFA 3UY7A 5CZTA 1FUYA 2DZTA 3PBUA 1RV8A 4WD0A 2NXIA 5CPOA 5FF0A 3JR2A 4QNEA 3W2LA 5FF4A 5AHLA 4MJZA 6ALDA 3TAKA 3DFSA 3PBWA 2PC4A 5HR6A 2QCCA 4WZHA 3MBDA 1PIIA 3ZWSA 1EWDA 2QUVA 2DZPA 1SPQA 2G96A 1L6YA 2B0MA 4FNUA 1AL8A 4HNTA 3W74A 5FF2A 1KV8A 5D02A 4N9DA 1AW5A 1NSJA 2Z6JA 4HPJA 1MXSA 3W84A 5EKYA 4PEKA 2WNQA 2QJIA 4DQWA 2QEZA 4O13A 2IQTA 4U4MA 4AHOA 5KZDA 3NPUA 4PH6A 2Y62A 1RQHA 3M16A 5E0KA 3NL5A 4ZZ9A 3LCHA 1TPFA 2V2CA 3DFTA 2XN0A 3KXQA 3N9SA 3MP3A 1W3IA 5D04C 2ZA2A 1LTDA 1FWNA 4MYXA 4K39A 2PCQA 4H3DA 4OV9A 4QISA 1TSIA 1LLWA 3B04A 4E2BA 3LXAA 1XBXA 5AYZA 2GUUA 1OYAA 1SR9A 1P4CA 1A53A 3G1AA 2DU2A 3KAOA 1H63A 1FCQA 3UY8A 3W7CA 2H6RA 3LI1A 4UFJA 3GDTA 1FDJA 1OFDA 4FB7A 2NZLA 1I2RA 3S5NA 2C14A 3GAKA 3ZFHA 4O28A 3I65A 1SZEA 3NR0A 2YGYA 1H62A 4JTKA 4HSOA 3N73A 1R2SA 4FNQA 3HOJA 3HGSA 4UMAA 3Q2DA 2B4GA 3MI3A 4GUIA 1Q6QA 3CIXA 4M6QA 3WJSA 4UTUA 2FPVA 3TE9A 1SW3A 1XUZA 2NXHA 3Q58A 1XDMA 3WJXA 3V75A 2DZUA 1UB3A 1VR6A 1YYAA 3PB0A 1GVSA 1ME9A 3BW4A 1RZMA 3EX4A 4WY0B 1I8JA 4WOQA 3T55A 4FNTA 4X2RA 5C54A 1OYCA 1W5NA 1TPWA 3HF3A 3VCRA 3W7NA 3CWOX 4DO6A 3R2GA 4K7YA 4ALDA 2ZRVA 1Z41A 3UWQA 4UFHA 3CT7A 3DAQA 1LP6A 2X30A 3HG3A 3LRLA 2P0OA 3QW3A 4GJ1A 1YADA 3FS2A 3EX6A 1JRCA 5GVJA 3SGUA 2ZA1A 3INPA 3GLCA 3W7EA 3M44A 1XL9A 1WXJA 3G24A 4UTLA 3O16A 5D32A 1QOQA 3NPXA 1MEIA 4JXCA 5I3GA 1OFRA 3G8EA 2I1OA 4NNBA 3L21A 4GWEA 1VYPX 1F74A 3HB9A 4FXSA 3P62A 3WK1A 3A9IA 3BVJA 2CU0A 4IMEA 1M7OA 4QIUA 1XUUA 2V81A 1HG3A 3BLFA 1QO2A 3G8RA 1F2JA 2E6AA 1Q6RA 4A29A 2JKAA 3MMTA 4LV4A 1N8FA 1AL7A 3WJWA 2OMAA 1ZAIA 2V0TA 3BG5A 4FF7A 3IIVA 3W7PA 3QW4B 1Q6LA 1XDLA 2Y89A 4JD4A 3N19B 3IVUA 1KTNA 1BEUA 1ALDA 3KRZA 2WSYA 1TCDA 3HPSA 2G5WA 3NDOA 5F2MA 4JY9A 4CCDA 2WSQA 3EX3A 4UMCA 3VE9A 2NUYA 1ZENA 4JX4A 1AG1O 4JX6A 3YPIA 4DO4A 4ZQRA 1T96A 1O94A 4UTTC 3GDKA 3O6CA 3ABOA 3BGGA 3LRKA 1LM1A 2C15A 1W37A 4IMGA 4MUZA 1K7XA 3GXPA 5C2XA 4O15A 4LVGA 1FXPA 4N4QA 4NXSA 2ZCGA 3C52A 3UWYA 4KFOA 2PRLA 2Z0IA 1KLZA 1QNVA 4LRSA 3P5ZA 3OVQA 5FEXA 1VH7A 3R12A 3NL6A 3TQKA 1R46A 4ADSA 3E49A 1Q3NA 1XBZA 1X7FA 4TU1A 3S1VA 1W3NA 3FJ6A 2DZXA 1DHPA 5LNRA 3MW7A 1ML1A 2A0NA 3TC7A 4UFKA 2WV8A 4IMDA 3C2VA 3W1NA 3MUXA 1SO6A 5LSMA 4OWGA 3IIPA 3NQ2A 5LHEA 4M6VA 3DXIA 4O52A 1H1YA 4EWND 2E77A 2GJLA 4BWLC 2YW4A 2WNNA 2DJXA 2R8WA 4O1BA 1S5WA 2QF7A 3MJYA 4BI6A 1WBHA 2NWRA 4WXZA 4CQ8A 2CLHA 1OFAA 4HNNA 3B0PA 3TFXA 2BWGA 3QJAA 2QCLA 1EA0A 1L6WA 2V5LA 4N02A 5T26A 1GT8A 2ISSA 5H91A 4P61A 5C6MA 1I2PA 2QR6A 4Z1DA 2J9XA 4NX5A 4ZQOA 2C1HA 4OQVA 3QPYA 3CU2A 3O06A 3NNTA 3KHJA 3IIZA 5HWMA 2G95A 1NF0A 1W8SA 5K7JA 2EF9A 4EIVA 1KA9F 3TNOA 1XKYA 3W2JA 1SZGA 2EHHA 1S5TA 4HNVA 1OYBA 2ZDRA 4K8EA 3JS3A 1OFPA 2V9DA 2ZFAA 2NX9A 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 1TO3 A;  4O1D A;  3M7W A;  1B3O A;  1JR1 A;  4GC4 A;  5EY5 A;  2ZTK A;  3GDR A;  4IPI A;  3L66 A;  2A4A A;  4U28 A;  5KSW A;  5DEL A;  3HGO A;  3TXV A;  1LBM A;  2V2D A;  3DI0 A;  3UXD A;  5AHN A;  2QCD A;  3C2O A;  3LBC A;  3W75 A;  1S3H A;  1JCL A;  3P82 A;  1H7P A;  1R47 A;  2J9Z A;  1JUB A;  5FEP A;  3RF9 A;  3UWU A;  1KTC A;  1JJK A;  5K9X A;  2AGK A;  2Y7D A;  3S6D A;  3TC6 A;  2GQ9 A;  4ORM A;  3DFO A;  4N6F A;  4OT7 A;  3G1X A;  3E9A A;  4S2C A;  4DEF A;  5IM5 1;  3CPR A;  3PUE A;  4JN6 A;  5AHM A;  3TMQ A;  1DV7 A;  1VRD A;  3PB2 A;  1I45 A;  1KBI A;  4O0K A;  3O8A A;  1G69 A;  3NZR A;  4NJJ A;  3OA3 A;  2DZV A;  4Z1C A;  4Z1B A;  4YLW A;  4UTW C;  1DVJ A;  1VHN A;  2NXG A;  3LRM A;  2AQW A;  3QMT A;  5DY3 A;  1BKS A;  4LNY A;  2W79 A;  3TQV A;  2AAM A;  4HSN A;  3KFT A;  3QC3 A;  4O53 A;  3W1M A;  3W2U A;  3W72 A;  4UUI A;  3DFP A;  2RKX A;  2X16 A;  1H7O A;  5G5I A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1YPI A;  4F0M A;  4RR4 A;  5DLC A;  1M41 A;  2E8Y A;  5EFD A;  4B5T A;  3PTQ A;  1DJX A;  1HFB A;  5BXR A;  2ZX9 A;  4GK8 A;  5FIP A;  3SY1 A;  1WOA A;  3C0L A;  2E4T A;  5ECV A;  4LVA A;  2ZIC A;  2QDH A;  3NL2 A;  3TC3 A;  2PUR A;  4YTR A;  1QAT A;  2CLL A;  1QHZ A;  4CQD A;  2XN1 A;  1EQC A;  2V82 A;  2ISW A;  5EL1 A;  3H2A A;  3D5H A;  4I8Y A;  2Y61 A;  3VZX A;  1TZ9 A;  2RHG A;  2W27 A;  1KQZ A;  4GI4 A;  1OEP A;  3PR2 A;  3SUU A;  3QYQ A;  1OG0 A;  4AB4 A;  5ABH A;  3G6M A;  1NEL A;  1UR9 A;  1ICQ A;  3GAY A;  4HIB A;  3QST A;  2BVD A;  3JRK A;  1OG6 A;  1ZAJ A;  3KOF A;  2I16 A;  1XRS A;  3SN0 A;  1WZM A;  3MCM A;  5A8G A;  5C9W A;  3RLV A;  3NQB A;  5I03 A;  4CUC A;  3H6O A;  1VYS X;  4IIE A;  1KGU A;  2A2I A;  2VMF A;  3WDR A;  2CLO A;  3W7I A;  4KRZ A;  3BSH A;  1SVD A;  3C8N A;  1QI3 A;  1G67 A;  2J24 A;  4W89 A;  3PPC A;  2ZZ1 A;  1EC9 A;  2YXO A;  3LGE A;  4GXW A;  4HMD A;  1E1C A;  3HPX A;  3QGK C;  3LCW A;  3QTP A;  1AMK A;  4PCN A;  1EP2 A;  3H55 A;  1KCK A;  3VNI A;  2GQ8 A; 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