4TSXA

Hiv-1 integrase catalytic core domain mutant complexed with allosteric inhibitor
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
155
structure length
143
Chain Sequence
DCSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEFGIPESMNKELKKIIGQVRDQAETLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Dna binding protein
molecule keywords Integrase
publication title The mechanism of H171T resistance reveals the importance of N -protonated His171 for the binding of allosteric inhibitor BI-D to HIV-1 integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 49
structure length 143
sequence length 155
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4tsxA00
1KVCA 4M3UA 2Z1GA 4F2RA 1ZBLA 4DSFA 3KLGA 3KTQA 4Z4IA 4CFBA 3QIOA 3VN5A 4L8RB 1VRUA 4IDKA 4MQ3A 2G8KA 2KZZA 1JKHA 2OPPA 1VSIA 4DTUA 4FJ8A 4ID1A 1RNHA 2OPRA 2Z1HA 1TV6A 3AO5A 3ZT4A 1Z25A 1QQCA 4CIGA 1JLGA 4GMJB 3OYKA 4JS4A 1KLMA 1BL3A 3OS0A 1T8EA 4F8RA 4PA1A 2YHAA 3NH1A 4E7KA 3VA0A 4KI4A 5D3GA 4FXDA 2HVIA 4E7HA 1EX4A 1BI4B 3AO4A 3M8RA 3TABA 3AA5X 1N6QA 1C1AA 5HBMA 4AHVA 3TAEA 1KSPA 4KO0A 1RBVA 3TARA 1NOZA 3B6PA 4BWJA 3V6DA 3CFPA 4OVLA 4CGHA 1UA0A 3MAQA 1NKBA 1JLEA 1U04A 4M3XA 3L3UA 3L2UA 4BE2A 4DLEA 1KVAA 1HNVA 2Y1IA 1Q8IA 4OJRA 3HP6A 1NK7A 1BI4A 4CJVA 1SL0A 4W5TA 3IRXA 4CJKA 3CM6A 4DTRA 4NYNA 5HLFA 3T1AA 1C6VA 1RDBA 3OJSA 1QSYA 1JLFA 3O3HA 4HUEA 4Z4EA 4CFCA 3M8QA 4CIFA 4PWDA 3O3GA 2HW3A 2P5OA 1S1VA 2HHQA 1T05A 1RT4A 2FBTA 1K6YA 4CF2A 3NGIA 3BGRA 4J2DA 3OJUA 1JL2A 3SPZA 3AVIA 3DLBA 1ASVA 4DSEA 3AVLA 4MFBA 2X74A 3ZSWA 4CEQA 4O44A 1UAXA 5FROA 5EU7A 4CJSA 1KFSA 2HVHA 4FJGA 3HPOA 3LZIA 4F3TA 3DMJA 2Z1JA 3VQCA 3DRPA 4Z4GA 1RT7A 2WONA 3HPHA 1L5UA 3ALYA 4FJXA 3KKSA 4LH5A 3B6OA 3ZSOA 4EZ6A 4CIEA 3F9KA 3QEPA 2A1SA 4AHRA 3LWMA 1SKSA 3U3YA 5HP1A 2B5JA 4M41A 2FBYA 3WNEA 3VQAA 3I8DA 3LZJA 1CXQA 1LW0A 1J9AA 4AHUA 1FK9A 4DTMA 3TAMA 1NJYA 2RPIA 4KI6A 2DFFA 1IKXA 1BHLA 2YKMA 3AA3A 4B08A 3QEWA 4FJIA 3ZSQA 4FJ7A 1ZBIA 4B3OA 4UQGA 1YTAA 1S1TA 1SUQA 1QSLA 4WE1A 1LAVA 1VRTA 3MXJA 3AVJA 3TAFA 3AA4A 1U45A 4K8XA 2RN2A 3S3OA 4M45A 4J2EA 2Q3SA 1B92A 3LAMA 1S5JA 4B8CA 5HRNA 4N5SA 3SPYA 2X78A 4DQIA 4CEEA 3ISNC 3LP0A 4KRFA 3KK3A 4BE1A 4W5OA 3L2RA 4ELTA 3K2PA 1HYVA 4ZTJA 1C1CA 2XY8A 1JLQA 4Q5VA 3T3FA 1Q9XA 1CLQA 4B8AB 4QAGA 1XWLA 3VQ8A 3DM2A 3RR7A 4G1QA 1HNIA 1ASUA 3OYAA 3AO1A 2OPQA 2XHBA 3QNOA 3P83D 3O4NA 1TKZA 1JXEA 1RT5A 2E6MA 3SUNA 1RDDA 4KV8A 4R5PA 1X1PA 3LP1A 1Z26A 3C95A 3D0PA 3NH0A 3V4IA 1TVRA 1VSMA 5FRNA 4KREA 1S9EA 1WSFA 2WOMA 1TAQA 4TSXA 4HCCA 4J2BA 4DU1A 1SV5A 1G15A 4FLUA 2YNFA 3TAGA 4FJLA 1NK0A 2RF2A 5DMRA 3HSTB 2X6SA 3KK2A 1TKDA 3QEIA 3QEXA 3OYEA 4DTSA 4DU4A 1YTUA 2VG7A 1CZBA 3LANA 2JLEA 3RTVA 4J2AA 4FK0A 1UOCA 3QLHA 4OGCA 3LAKA 4HUFA 4Z4CA 1CZ9A 2IGIA 4CF8A 5CY4A 2XY7A 3VQ7A 1L3VA 4OLBA 4JRPA 2G8HA 1QS4A 1HYSA 4PQUA 1U48A 3WNHA 1R0AA 2BGGA 3ITHA 4BDZA 2G8IA 4E3SA 4FVMA 3F73A 2GUIA 4NCGA 1SKRA 2DY4A 4CF9A 3DLGA 3HPGA 4DSJA 5FRMA 4M3RA 1EXQA 2D5RA 3EY1A 5CYMA 4CJFA 1NK6A 1CXUA 4KFBA 1QSSA 4CJ5A 3LP3A 3L2VA 3HO1A 5KGWA 3SNNA 3PO5A 4CFAA 3K5MA 3KLFA 4LY7A 3K59A 4BE0A 2ZE2A 3RMCA 4CGGA 2VG5A 3OYMA 2EX3A 3CFOA 4FLZA 4OKKA 2HHUA 1SKWA 3I0SA 3HYFA 3HP9A 1UA1A 4Z4HA 3MXMA 3CG7A 4CEOA 4DG1A 2YNGA 1BGXT 4CJ4A 2YNIA 3DYAA 4AHTA 2Y1JA 3ZCMA 1L3TA 2GBZA 4ELUA 4XIUA 4KTQA 4FK4A 4AH9A 1BQMA 3SJJA 2OPSA 1UWBA 1XC9A 2PY5A 4K8ZA 1RT1A 1I3AA 1JXBA 1RTIA 4H4MA 4BDYA 1RT3A 3VA3A 4C8KA 4O55A 4ZTFA 1KLNA 4NCBA 4FM1A 3T19A 4KHUA 3K57A 3SQ4A 5C24A 2AJQA 4Q0BA 4B9SA 1A5XA 4CF1A 1KRPA 1C0UA 4AHCA 4CJEA 3VQBA 1WSGA 3AVCA 4LSLA 2XO7A 1WNSA 1GOCA 1U47A 4KAZA 4KHSA 1WLJA 2HMIA 3BDPA 3SV3A 1WAFA 3AVNA 3V9WA 1YVUA 1S1WA 3QO9A 4CF0A 5J2NA 2LSNA 4I9QA 1NKCA 3HK2A 3WNFA 4CEZA 4C8OA 2XY6A 1O1WA 1X9WA 1LWFA 2D0CA 3U6FA 4FJ5A 4KB1A 5HRPA 5CZ1A 1T03A 2IDOA 4DFMA 3TAPA 2BDPA 4F4KA 2HHWA 3M8SA 1RDCA 1SL2A 4F3OA 3NGYA 1TAUA 2E4LA 3LPUA 1S6PA 5C25A 3HM9A 2G8UA 1T7PA 3HVRA 4FJHA 5SWMA 1JL1A 3OYBA 3VQDA 3QEVA 3OYCA 3PO4A 3ASMA 4CEDA 4FYDA 2G8VA 3MEEA 3RWUA 1WSEA 3KD1E 3CQ8A 3DOLA 4DSLA 3V9ZA 3V9SA 4DTPA 3SQ2A 4ELVA 4PY5A 1BIUA 2ETJA 4FW2A 3CFRA 1VSLA 4DTOA 3ZT2A 2QXFA 2P5GA 3NH2A 3EYZA 3NGZA 4FM2A 1XHXA 4FLVA 4AILC 1HJRA 4LSNA 1IH7A 4NYFA 2OZSA 3L8BA 3DLHA 1BCMA 3RMBA 3SV4A 3NDKA 1RDAA 3OYFA 4IBNA 5J2QA 2A1RA 3VQQA 2PYLA 3HT3A 1VSHA 3SUQA 4I9LA 4KHYA 1QE1A 1TL3A 1RBTA 4E0DA 1TK5A 3O3FA 4DF4A 2IC3A 5J1EA 1ZBUA 2ZQBA 1F21A 1RTHA 4FJ9A 3AO3A 1B9FA 4CJRA 1DTTA 4DSIA 2VWKA 1RT2A 1TL1A 1J53A 4BWMA 4RG8A 3WNGA 2ZD1A 2HHTA 4IKFA 4DQRA 1DTQA 2FC0A 1YT3A 4N76A 4RW7A 2VWJA 4C8LA 3L2QA 2NUBA 2B6AA 3S3MA 1RBSA 2F96A 4Y1DA 2BANA 1FKPA 1B9DA 1WSHA 4JS5A 3ZSXA 1VSKA 1NOYA 1D9FA 4QOZB 4IG3A 2D0BA 3ZSRA 1N5YA 3G10A 4DFPA 4B9MA 3ZSVA 4CJQA 3LPTA 3L3VA 3OS1A 4DMNA 3HXMA 4FLTA 5HROA 2DFEA 5I42A 4C8MA 4CHNA 1VSDA 3AVGA 1WSIA 3DLKA 2KFZA 1RILA 3A2FA 3E01A 4RW4A 3HL8A 3HJFA 2XY5A 5KGXA 3PUFA 4CGFA 4JLHA 4FZXC 4PUOA 4DQQA 3S9HA 3SZ2A 1W0HA 3V1RA 4CECA 4O0IA 3SUPA 1D8YA 4CCHA 4HCBA 4KHQA 4EP5A 4YNQA 2HB5A 3HVTA 4GW6A 2OZMA 4M42A 4FLXA 3C6UA 2HHXA 5HRSA 4H4OA 1QHTA 1C1BA 2I5JA 1IKWA 3O4QA 5CZ2A 4CEAA 4CJWA 4B9TA 3V9UA 4OKEA 2F8TA 4IFVA 3PY8A 3C94A 4RW9A 2YKNA 2QK9A 4W5RA 3MEDA 4DU3A 5C42A 3NF6A 4CERA 1RTDA 1TGOA 3IG1A 3KLIA 1RBUA 2O4IA 2D0AA 5DK5A 3V1QA 2HNYA 3P5JA 4GVMA 4CHZA 3M8PA 3TR8A 3DRSA 1MU2A 3SI6A 4IG0A 1HYZA 5HRRA 3K5OA 2YHBA 3OYJA 1FXXA 2W42A 1NK4A 4RW8A 4C8NA 4KKOA 1S6QA 4I2QA 4DWIA 4CHQA 4M3WA 4DF8A 1S1XA 4B9UA 1L3UA 1U49A 5J2PA 1XHZA 4CHYA 4M3ZA 4LH4A 3EZ5A 5JS1A 1IG9A 3U3GA 3OS2A 3ULDA 1SL1A 2B4JA 4RW6A 1TKXA 2BE2A 3NCIA 3OYLA 4DS5A 3MXIA 1HQUA 1LWCA 1VSEA 3SYZA 2X6NA 3LWLA 3AV9A 3CYMA 2VG6A 2XRIA 3VQEA 4E7LA 1HPZA 3L2WA 1TK0A 2OYQA 2HHSA 1NJWA 3QESA 3OYIA 1ZBHA 1ASWA 2IOCA 4N56A 4E7IA 4B9NA 4NCAA 1NK9A 3NF7A 4KTZA 3VQPA 2YNHA 4ICLA 1EP4A 1BQNA 1FKOA 3QINA 1S9GA 4Z0UA 3KK1A 4DQSA 1W9HA 4DFJA 4FJKA 4AHSA 3FFIA 1KCFA 3IS9A 5CYQA 3SQ1A 1KFDA 4DSKA 3KIOA 3OY9A 4FCYA 2EHGA 2ATQA 2E6LA 1RCHA 5FDLA 2PZSA 3KKRA 5KRTA 2HHVA 3AVFA 1LWEA 3NF9A 3SCXA 4DQPA 4CE9A 3AVKA 3NF8A 4FLWA 3TI0A 3I0RA 1Q9YA 1C0TA 3THVA 4E19A 4O4GA 3DI6A 3NBPA 3RMAA 1C0MA 1VSFA 2FBXA 3V9XA 1J5OA 1A5VA 1ITGA 3LDSA 4F2SA 4E89A 1VSJA 1J54A 3CM5A 4W5NA 3VQ5A 1WSJA 3RRHA 3PV8A 3RRGA 2F8SA 3OYGA 3JYTA 3D45A 4DTXA 3V81A 2HNDA 4HTUA 5J2MA 4FJMA 3DLRA 4OGEA 3ZT3A 3SUOA 3AVAA 1TKTA 4Y1CA 2P51A 1VK0A 3MECA 3ZT0A 2R7YA 2IAJA 4KPYA 2DTUA 2ITGA 1REVA 4DTJA 4FJJA 3QIPA 1EKEA 4CESA 4E7JA 3NHGA 3G0ZA 2O4GA 3VQ4A 2KZMA 5KRSA 1IO2A 3OYNA 3LALA 2FBVA 3TAQA 3PX6A 5E41A 2JGUA 1GOBA 1KTQA 4O5BA 4DTNA 4HUGA 4M3YA 3PX0A 2Z1IA 4B9VA 1Y97A 3LP2A 3RR8A 4OPKA 2OA8A 3IAYA 1HRHA 4FLYA 4KHNA 1GOAA 1JLAA 3UIQA 3JSMA 3AVHA 1EETA 4FK2A 3VQ9A 1L3SA 4FZZA 1BIZA 4IFYA 5I3UA 4ID5A 3QETA 3TANA 1RT6A 2HNZA 5KI6A 4DFKA 2KTQA 5JS2A 3DLEA 2KFNA 4B9LA 4CJUA 3ZSYA 4CFDA 1LAWA 4CGJA 3K58A 4CJ3A 4KHWA 1BISA 1IKVA 3RMDA 4I7FA 1NK5A 3P1GA 1WAJA 2KQ2A 4N47A 4QCLA 3AO2A 1ZYQA 5K14A 1LV5A 4E1NA 3AVBA 3DOKA 4W5QA 3QNNA 1WN7A 4OKJA 1QTMA 1D9DA 4FW1A 4BACA 4KB0A 1RTJA 3OVNA 2IS3A 4H8KA 3V1OA 4CJLA 3S3NA 1S1UA 3K5NA 4JRQA 2G8WA 3PX4A 1D5AA 4EZ9A 3KLEA 4FM0A 5SZTA 4CJPA 1I39A 2DFHA 4HVJA 1NKEA 3SQ0A 3VQ6A 1JLCA 1HMVA 1NK8A 4CEFA 3DRRA 4OLAA 3KLHA 4CK3A 4BDPA 3H08A 4CK1A 5T7BA 3OYDA 1TK8A 3MEGA 2PYJA 4CEBA 3KJVA 4CK2A 4M3TA 4LD0A 3AA2A 1DLOA 1NJZA 1LW2A 1U4BA 2GV9A 2QKBA 4E1MA 4HHTA 1RBRA 3TWHA 4Z4FA 3NFAA 4FJNA 1ZBFA 3NE6A 3ZSZA 1NJXA 4EP4A 1X9SA 4CJTA 3AVMA 4CGIA 1BCOA 4KTWA 4OPJA 3C6TA 2G8FA 4I2PA 3NAEA 3QERA 4N41A 4O0JA 4DS4A 3KD5E 2QKKA 4YFUA 4CHOA 1JLBA 1KVBA 2YV0X 1XI1A 5KTQA 4DLGA 3OYHA 1A5WA 3K5LA 1X9MA 4CGDA 2RKIA 2KW4A 4FZYA 1IKYA 4ZHRA 2P1JA 4CHPA 3ZT1A 1HQEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQPA 4M3UA 4F2RA 3HOSA 3KLGA 5AQKA 3KWGA 1HKCA 3H3NO 2P9PB 3D2EA 3O4WA 4IDKA 2OPRA 3EL2A 1VQKN 1BU6O 2HOEA 4F8RA 2UU9K 1T8EA 2P9UB 4E7HA 3M8RA 1N6QA 1NMNA 4AHVA 4KO0A 2NRVA 4WQ4A 2P5GA 2F4VK 5EX5A 1JLEA 4M7YA 3LL3A 4BE2A 4DLEA 1Q8IA 3EKSA 4DTRA 4NYNA 3OJSA 1BOTO 4JI5K 1QSYA 1MWKA 5AR0A 4HUEA 4FWLA 3M8QA 4CFCA 4PWDA 2HHQA 1T05A 2NLXA 1K6YA 5BN8A 4QS7A 1VQ5N 3DLBA 1EO1A 5DM6L 3CC2N 2X74A 3ZSWA 5FROA 5EU7A 4C23A 2E1YA 5ELZA 4H5TA 3H1VX 3B6OA 3ZSOA 4FOEA 4CIEA 1EWRA 1DEJA 5HP1A 3W0LA 3MCPA 2WC9A 4M41A 1VQMN 1CXQA 4F9OA 3U8XA 3A5LC 2WUSA 1BHLA 4NO7A 3VENA 4UQGA 1YTAA 5LJWA 4E1JA 1LAVA 2RN2A 1SQKA 1B92A 3F9MA 1EWQA 5HRNA 4DR3K 3N4QA 4DQIA 4JKCA 4DHYA 4BR5A 3KK3A 5BPLA 4ELTA 3K2PA 1C1CA 1U6ZA 5H1SQ 1CLQA 4B8AB 1XWLA 1ASUA 5FPDA 3P83D 4AM7A 1JXEA 3ZETB 3Q7BA 2NNWA 4R5PA 3C95A 3D0PA 4QS8A 3SAGA 3DXMA 1WSFA 1TAQA 4RCHA 5BRDA 4YHHK 4YDUA 2RF2A 1NK0A 1YJ9N 4CZJA 2QWRA 1VQ4N 4DU4A 1NNEA 1HNWK 3RTVA 3SJHA 5AQVA 3QLHA 3OA9A 1L3VA 5CY4A 3VQ7A 3PIOL 3ITHA 2G8IA 4FVMA 1YJNN 4DSJA 2D5RA 1Q81O 2BTFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5AQP A;  4M3U A;  4F2R A;  3HOS A;  3KLG A;  5AQK A;  3KWG A;  1HKC A;  3H3N O;  2P9P B;  3D2E A;  3O4W A;  4IDK A;  2OPR A;  3EL2 A;  1VQK N;  1BU6 O;  2HOE A;  4F8R A;  2UU9 K;  1T8E A;  2P9U B;  4E7H A;  3M8R A;  1N6Q A;  1NMN A;  4AHV A;  4KO0 A;  2NRV A;  4WQ4 A;  2P5G A;  2F4V K;  5EX5 A;  1JLE A;  4M7Y A;  3LL3 A;  4BE2 A;  4DLE A;  1Q8I A;  3EKS A;  4DTR A;  4NYN A;  3OJS A;  1BOT O;  4JI5 K;  1QSY A;  1MWK A;  5AR0 A;  4HUE A;  4FWL A;  3M8Q A;  4CFC A;  4PWD A;  2HHQ A;  1T05 A;  2NLX A;  1K6Y A;  5BN8 A;  4QS7 A;  1VQ5 N;  3DLB A;  1EO1 A;  5DM6 L;  3CC2 N;  2X74 A;  3ZSW A;  5FRO A;  5EU7 A;  4C23 A;  2E1Y A;  5ELZ A;  4H5T A;  3H1V X;  3B6O A;  3ZSO A;  4FOE A;  4CIE A;  1EWR A;  1DEJ A;  5HP1 A;  3W0L A;  3MCP A;  2WC9 A;  4M41 A;  1VQM N;  1CXQ A;  4F9O A;  3U8X A;  3A5L C;  2WUS A;  1BHL A;  4NO7 A;  3VEN A;  4UQG A;  1YTA A;  5LJW A;  4E1J A;  1LAV A;  2RN2 A;  1SQK A;  1B92 A;  3F9M A;  1EWQ A;  5HRN A;  4DR3 K;  3N4Q A;  4DQI A;  4JKC A;  4DHY A;  4BR5 A;  3KK3 A;  5BPL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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