4TTEA

Crystal structure of atad2a bromodomain complexed with methyl 3-amino-5-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)benzoate
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
SMQEEDTFRELRIFLRNVTHRLAIDKRFRVFTKPVDPDEVPDYVTVIKQPMDLSSVISKIDLHKYLTVKDYLRDIDLICSNALEYNPDRDPGDRLIRHRACALRDTAYAIIKEELDEDFEQLCEEIQESR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Gene regulation
molecule keywords ATPase family AAA domain-containing protein 2
publication title Observed bromodomain flexibility reveals histone peptide- and small molecule ligand-compatible forms of ATAD2.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 54
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.6.1.3: Adenosinetriphosphatase.
pdb deposition date 2014-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4tteA00
5F1HA 5CU8A 4J0SA 4YAXA 3UV2A 3MUKA 5DLZA 4HXSA 4ZC9A 4HXOA 3QZVA 4QR4A 5DFCA 3LXJA 5FE8A 5FE6A 4ZQLA 4A9OA 5EWCA 3SVHA 5FB0A 5ENFA 5I1QA 2E7OA 3O34A 4PCIA 2F6NA 5DFBA 5FFYA 5A5OA 4N4GA 5C85A 4QBMA 3U5MA 4A9EA 5A5NA 4IOOA 2RFJA 5E3GA 5HM0A 4UITA 4A9NA 4O7FA 5FG6A 5CRMA 4YK0A 4QY4A 4TT2A 5IG6A 4Q0OA 4A9IA 1X0JA 4A9JA 4O77A 5F36A 4BW4A 4LC2A 5IIDA 4NUCA 4YATA 5CZGA 3IU5A 4CUPA 4MEQA 4HXPA 5CQ3A 5FH7A 5FE7A 5CFWA 5CP5A 3I3JA 4TT4A 4O70A 4NQMA 2R10A 4YH3A 4RVRA 3O36A 4QEWA 3AQAA 4QYDA 4QZSA 3JVJA 3P1EA 3O35A 4QC1A 3SVFA 5HEMA 4LZSA 4NYXA 4YADA 5FH8A 3JVMA 4QUUA 5A5PA 4UIVA 2RS9B 5IGLA 4OGJA 4O7AA 1JM4B 4XYAA 5HQ5A 5LKTA 5BT3A 4E96A 2OUOA 2DATA 5HJCA 5DYUA 4CFLA 3Q2EA 5FFVA 2WP2A 5DYXA 4A9HA 5I89A 4XUAA 4NR9A 5D7XA 2G4AA 5EQ1A 4ALGA 4LYWA 5HRWA 4UYHA 4YYGA 4O74A 2DVRA 5CQ6A 2YEKA 3GG3A 3P1FA 3S91A 4MR6A 4KV4A 2DVSA 3IU6A 4A9MA 4YYNA 4DONA 5CUBA 4NR8A 4TTEA 5CQ5A 5AMEA 4A9LA 4O7BA 5FE3A 4TT6A 3RCWA 4MR3A 5DKDA 5D3SA 5L8TA 3FKMX 3U5JA 5J0DA 3UVDA 4YY4A 5EWDA 4LR6A 5A5RA 5DYAA 5F1LA 4WHUA 5G4SA 2GRCA 2L85A 4GPJA 4N4FA 3UVXA 2R0VA 4QUTA 3QZTA 4IR3A 1N72A 5F5ZA 4LZ2A 3MB4A 5I86A 5K29A 4Z6IA 5IBNA 1WUGA 4Y03A 5HQ6A 5G4RA 3U5PA 4A9FA 4NRBA 4HXNA 4TQNA 4BHWA 4TZ8A 4YBSA 4QR3A 4N4HA 5F61A 4J1PA 4QB3A 5AD3A 3UV4A 4LZRA 2YW5A 4CUUA 4NYWA 5CQ7A 4LRGA 4Z1QA 5A5SA 4QYLA 4XY9A 3UW9A 5HLSA 4QSWA 4QSXA 5H1UA 3D7CA 3ZYUA 5I88A 1F68A 5KO4A 3DAIA 1ZS5A 4UIUA 5EV9A 5L96A 4HXLA 3ONIA 3UVYA 5D3RA 2DVVA 5DX4A 5E73A 5LUUA 4YYJA 4XY8A 3Q2FA 5E7DA 4KCXA 2E3KA 4UYFA 4QNSA 5HFQA 5DY7A 4CFKA 5CUDA 4NRAA 4NUDA 3TLPA 5DBMA 4YC9A 2DVQA 4PS5A 5ENHA 3UVWA 5IGKA 4YYKA 5FE5A 5KHMA 5E3DA 5FBXA 5CUGA 2OO1A 5EA1A 5LKZA 4BW2A 4IR4A 1E6IA 5F25A 5DW2A 4BW1A 4QEVA 5A83A 4O78A 4HXRA 5EWVA 3G0LA 3S92A 5EICA 5I40A 4IR5A 4X2IA 5C87A 5E9KA 5FE2A 2FSAA 5ENIA 4O7CA 3P1DA 4PKLA 5ACYA 4YYIA 4QSPA 4HBYA 5IGMA 5CQAA 5CQTA 5ENGA 2YQDA 5ENJA 5LJ1A 5II2A 4J0RA 5C7NA 3LQHA 5DYCA 4HBXA 2R0YA 5I7YA 5EGUA 5HRVA 4O7EA 5CQ4A 4YBTA 3U5OA 5E74A 4CUTA 4UYEA 4IORA 4PTBA 4CLBA 5C4QA 3LQIA 5C89A 1JSPB 5LKXA 4QSQA 4BJXA 3MULA 5EP7A 2RO1A 4NS5A 2WP1A 5KU3A 5A81A 3JVLA 5ENCA 4XUBA 5C8GA 5EPRA 4OGIA 2I8NA 5FE0A 5L99A 4Z93A 4NR7A 4UIWA 5AD2A 4HXKA 4QR5A 5DKHA 5HCLA 2N9GA 4QSSA 5ETDA 4QSTA 5CY9A 5ENEA 3U5NA 2D9EA 4YABA 3HMFA 5EI4A 5CUEA 5FG5A 4LYIA 4Z6HA 2RNWA 5D3LA 5HQ7A 5FH6A 5EVAA 5F2PA 4MEOA 5F60A 4CUQA 4NQNA 5DLXA 4ZW1A 5F62A 4UIYA 5HENA 4O76A 4QEUA 2YYNA 4NUEA 4UIXA 5D25A 5E9IA 5D26A 4F3IA 5F63A 2NXBA 2RI7A 2I7KA 2OSSA 2YDWA 5EM3A 5HELA 4C66A 5H1VA 5DW1A 4CL9A 3U5LA 2YEMA 3LJWA 2F6JA 5II1A 5CQ8A 4ALHA 5I7XA 2R0SA 4NR6A 5L8UA 4YYMA 5L97A 5TCMA 5LVQA 5EWHA 4HXMA 2RNXA 5D3PA 5DFDA 5JI8A 5FDZA 3HMEA 5D3TA 3G0JA 2YELA 4HBVA 4TS8A 5AMFA 5EWWA 4TU6A 3QZSA 2E7NA 5CUAA 4NR5A 2L84A 4QSRA 4YY6A 5EPSA 5D3HA 4UYFB 4UIZA 2LSPB 3HMHA 5I80A 4CUSA 4J3IA 5A82A 5D0CA 4LDFA 5I29A 3JVKA 5FG4A 4FLPA 5LKUA 5EPBA 3P1CA 4C67A 5ENBA 4MENA 5D3JA 4N3WA 2H60A 5FB1A 5KTUA 5CRZA 5FE1A 4PY6A 5I83A 4YBMA 4LYSA 5ETBA 5H1TA 4A9KA 3MXFA 4BW3A 5EK9A 4O72A 2L5EA 4NR4A 5TB6A 5E9LA 5A85A 5F3AA 3MB3A 5A7CA 5D24A 4WHWA 5BT5A 5KTWA 3MQMA 4QSUA 5FE9A 3UV5A 5L98A 5BT4A 4YH4A 3LQJA 5H85A 4QSVA 5CUCA 4MR5A 5HFRA 5E9YA 4MR4A 3U5KA 5LJ2A 5IGNA 5E0RA 4O71A 4PCEA 4IR6A 5LJ0A 5COIA 4MEPA 4TU4A 4TZ2A 5CGPA 4IOQA 4UYGA 4YYDA 5KTXA 5D3NA 5EU1A 4QC3A 5DKCA 3O33A 3DWYA 4Z1SA 4AKNA 2RNYA 2KTBB 4NYVA 5FE4A 5JWMA 5E9MA 1EQFA 3P5OA 3O37A 5CS8A 4Q0NA 4TYLA 5LVRA 1WUMA 4N4IA 4YYHA 4CURA 5CTLA 2DWWA 4UYDA 2DKWA 3K2JA 5HRXA 2D82A 5FFWA 4O75A 3NXBA 4KV1A 4NXJA 5EISA 5A5QA 2MJVB 4HBWA 5E9VA 3SVGA 3AADA 4OUFA 5CPEA 4WIVA 4NRCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5F1HA 1ZKRA 5CU8A 4J0SA 4YAXA 3UV2A 3MUKA 5DLZA 4HXSA 4ZC9A 3D1DA 4HXOA 3QZVA 4QR4A 5DFCA 3LXJA 5FE8A 5FE6A 4ZQLA 4A9OA 5EWCA 3SVHA 5FB0A 5ENFA 5I1QA 2E7OA 3O34A 4PCIA 2F6NA 5DFBA 5FFYA 5A5OA 4N4GA 5C85A 4QBMA 3U5MA 4A9EA 5A5NA 4IOOA 2RFJA 5E3GA 5HM0A 4UITA 4A9NA 4O7FA 5FG6A 5CRMA 4YK0A 4QY4A 4TT2A 5IG6A 4Q0OA 4A9IA 1X0JA 4A9JA 4O77A 5F36A 4BW4A 4LC2A 5IIDA 4NUCA 4YATA 5CZGA 3IU5A 4CUPA 4MEQA 4HXPA 5CQ3A 5FH7A 5FE7A 5CFWA 5CP5A 3I3JA 4TT4A 4O70A 4NQMA 2R10A 4YH3A 4RVRA 3O36A 4QEWA 3AQAA 4QYDA 4QZSA 3JVJA 3P1EA 3O35A 4QC1A 3SVFA 5HEMA 4LZSA 4NYXA 4YADA 5FH8A 3JVMA 4QUUA 5A5PA 4UIVA 2RS9B 5IGLA 4OGJA 4O7AA 1JM4B 4XYAA 5HQ5A 5LKTA 5BT3A 4E96A 2OUOA 2DATA 5HJCA 5DYUA 4CFLA 3Q2EA 5FFVA 2WP2A 5DYXA 4A9HA 5I89A 4XUAA 4NR9A 5D7XA 2G4AA 5EQ1A 4ALGA 4LYWA 5HRWA 4UYHA 4YYGA 4O74A 2DVRA 5CQ6A 2YEKA 3GG3A 3P1FA 3S91A 4MR6A 4KV4A 2DVSA 3IU6A 4A9MA 4YYNA 4DONA 5CUBA 4NR8A 4TTEA 5CQ5A 5AMEA 4A9LA 4O7BA 5FE3A 4TT6A 3RCWA 4MR3A 5DKDA 5D3SA 5L8TA 3FKMX 3U5JA 5J0DA 3UVDA 4YY4A 5EWDA 4LR6A 5A5RA 5DYAA 5F1LA 4WHUA 5G4SA 2GRCA 2L85A 4GPJA 4N4FA 3UVXA 2R0VA 4QUTA 3QZTA 4IR3A 1N72A 5F5ZA 4LZ2A 3MB4A 5I86A 5K29A 4Z6IA 5IBNA 1WUGA 4Y03A 5HQ6A 5G4RA 3U5PA 4A9FA 4NRBA 4HXNA 4TQNA 4BHWA 4TZ8A 4YBSA 4QR3A 4N4HA 5F61A 4J1PA 4QB3A 5AD3A 3UV4A 4LZRA 2YW5A 4CUUA 4NYWA 5CQ7A 4LRGA 4Z1QA 5A5SA 4QYLA 4XY9A 3UW9A 5HLSA 4QSWA 4QSXA 5H1UA 3D7CA 3ZYUA 5I88A 1F68A 5KO4A 3DAIA 1ZS5A 4UIUA 5EV9A 5L96A 4HXLA 3ONIA 3UVYA 5D3RA 2DVVA 5DX4A 5E73A 5LUUA 3ERRA 4YYJA 4XY8A 3Q2FA 5E7DA 4KCXA 2E3KA 4UYFA 4QNSA 5HFQA 5DY7A 4CFKA 5CUDA 4NRAA 4NUDA 3TLPA 5DBMA 4YC9A 2DVQA 4PS5A 5ENHA 3UVWA 5IGKA 4YYKA 5FE5A 5KHMA 5E3DA 5FBXA 5CUGA 2OO1A 5EA1A 5LKZA 4BW2A 4IR4A 1E6IA 5F25A 5DW2A 4BW1A 4QEVA 5A83A 4O78A 4HXRA 5EWVA 3G0LA 3S92A 5EICA 5I40A 3VKHA 4IR5A 4X2IA 5C87A 5E9KA 5FE2A 2FSAA 5ENIA 4O7CA 3P1DA 4PKLA 5ACYA 4YYIA 4QSPA 4HBYA 5IGMA 5CQAA 5CQTA 5ENGA 2YQDA 5ENJA 5LJ1A 5II2A 4J0RA 5C7NA 3LQHA 5DYCA 4HBXA 2R0YA 5I7YA 5EGUA 5HRVA 4O7EA 5CQ4A 4YBTA 3U5OA 5E74A 4CUTA 4UYEA 4IORA 4PTBA 4CLBA 5C4QA 3LQIA 5C89A 4AI6A 1JSPB 5LKXA 4QSQA 4BJXA 3MULA 5EP7A 2RO1A 4NS5A 4AKIA 2WP1A 5KU3A 5A81A 3JVLA 5ENCA 4XUBA 5C8GA 5EPRA 4OGIA 2I8NA 2EJNA 5FE0A 5L99A 4Z93A 4NR7A 4UIWA 5AD2A 4HXKA 4QR5A 5DKHA 5HCLA 2N9GA 4QSSA 5ETDA 4QSTA 5CY9A 5ENEA 3U5NA 2D9EA 4YABA 3HMFA 5EI4A 5CUEA 5FG5A 4LYIA 4Z6HA 2RNWA 5D3LA 5HQ7A 5FH6A 5EVAA 5F2PA 4MEOA 5F60A 4AKHA 4CUQA 4NQNA 5DLXA 4ZW1A 5F62A 4UIYA 5HENA 4O76A 4QEUA 2YYNA 4NUEA 4UIXA 5D25A 5E9IA 5D26A 4F3IA 5F63A 2NXBA 2RI7A 2I7KA 2OSSA 2YDWA 5EM3A 5HELA 4C66A 5H1VA 5DW1A 4CL9A 3U5LA 2YEMA 3LJWA 2F6JA 5II1A 5CQ8A 4ALHA 5I7XA 2R0SA 4NR6A 5L8UA 4YYMA 5L97A 5TCMA 5LVQA 5EWHA 4HXMA 2RNXA 5D3PA 5DFDA 5JI8A 5FDZA 3HMEA 5D3TA 3G0JA 2YELA 4HBVA 4TS8A 5AMFA 5EWWA 4TU6A 3QZSA 2E7NA 5CUAA 4NR5A 2L84A 4QSRA 4YY6A 5EPSA 5D3HA 4UYFB 4UIZA 2LSPB 3HMHA 5I80A 4CUSA 4J3IA 5A82A 5D0CA 4LDFA 5I29A 3JVKA 1PUOA 5FG4A 4FLPA 5LKUA 5EPBA 3P1CA 4C67A 5ENBA 4MENA 5D3JA 4N3WA 2H60A 5FB1A 5KTUA 5CRZA 5FE1A 4PY6A 5I83A 4YBMA 4LYSA 5ETBA 5H1TA 4A9KA 3MXFA 4BW3A 5EK9A 4O72A 2L5EA 4NR4A 5TB6A 5E9LA 5A85A 5F3AA 3MB3A 5A7CA 5D24A 4WHWA 5BT5A 5KTWA 3MQMA 4QSUA 5FE9A 3UV5A 5L98A 5BT4A 4YH4A 3LQJA 5H85A 4QSVA 5CUCA 4MR5A 5HFRA 5E9YA 4MR4A 3U5KA 5LJ2A 5IGNA 5E0RA 4O71A 4PCEA 4IR6A 5LJ0A 5COIA 4MEPA 4TU4A 4TZ2A 5CGPA 4IOQA 4UYGA 4YYDA 5KTXA 5D3NA 5EU1A 4QC3A 5DKCA 3VKGA 3O33A 3DWYA 4Z1SA 4AKNA 2RNYA 2KTBB 4NYVA 5FE4A 5JWMA 5E9MA 1EQFA 3P5OA 3O37A 5CS8A 4Q0NA 4TYLA 5LVRA 3D1BA 1WUMA 4N4IA 4YYHA 4CURA 5CTLA 2DWWA 4UYDA 2DKWA 3K2JA 5HRXA 4AKGA 2D82A 5FFWA 4O75A 3NXBA 4KV1A 4NXJA 5EISA 5A5QA 2MJVB 4HBWA 5E9VA 3SVGA 3AADA 4OUFA 5CPEA 4WIVA 4NRCA
chains in the Genus database with same CATH topology
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 5F1H A;  5CU8 A;  4J0S A;  4YAX A;  3UV2 A;  3MUK A;  5DLZ A;  4HXS A;  4ZC9 A;  4HXO A;  3QZV A;  4QR4 A;  5DFC A;  3LXJ A;  5FE8 A;  5FE6 A;  4ZQL A;  4A9O A;  5EWC A;  3SVH A;  5FB0 A;  5ENF A;  5I1Q A;  2E7O A;  3O34 A;  4PCI A;  2F6N A;  5DFB A;  5FFY A;  5A5O A;  4N4G A;  5C85 A;  4QBM A;  3U5M A;  4A9E A;  5A5N A;  4IOO A;  2RFJ A;  5E3G A;  5HM0 A;  4UIT A;  4A9N A;  4O7F A;  5FG6 A;  5CRM A;  4YK0 A;  4QY4 A;  4TT2 A;  5IG6 A;  4Q0O A;  4A9I A;  1X0J A;  4A9J A;  4O77 A;  5F36 A;  4BW4 A;  4LC2 A;  5IID A;  4NUC A;  4YAT A;  5CZG A;  3IU5 A;  4CUP A;  4MEQ A;  4HXP A;  5CQ3 A;  5FH7 A;  5FE7 A;  5CFW A;  5CP5 A;  3I3J A;  4TT4 A;  4O70 A;  4NQM A;  2R10 A;  4YH3 A;  4RVR A;  3O36 A;  4QEW A;  3AQA A;  4QYD A;  4QZS A;  3JVJ A;  3P1E A;  3O35 A;  4QC1 A;  3SVF A;  5HEM A;  4LZS A;  4NYX A;  4YAD A;  5FH8 A;  3JVM A;  4QUU A;  5A5P A;  4UIV A;  2RS9 B;  5IGL A;  4OGJ A;  4O7A A;  1JM4 B;  4XYA A;  5HQ5 A;  5LKT A;  5BT3 A;  4E96 A;  2OUO A;  2DAT A;  5HJC A;  5DYU A;  4CFL A;  3Q2E A; 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