4TX8A

Crystal structure of a family gh18 chitinase from chromobacterium violaceum
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
395
structure length
374
Chain Sequence
ACPGWAEGTAYKVGDVVSYNNANYTALVAHTAYVGANWNPAASPTLWTPGGSCGNTVPFAKHALVGYWHNFANPSGSAFPLSQVSADWDVIVVAFADDAGNGNVSFTLDPAAGSAAQFIQDIRAQQAKGKKVVLSLGGQNGSVTLNNATQVQNFVNSLYGILTQYGFDGIDLDLESGSGIVVGAPVVSNLVSAVKQLKAKIGPNFYLSMAPEHPYVQGGFVAYGGNWGAYLPIIDGLRDDLSVIHVQYYNNGGLYTPYSTGVLAEGSADMLVGGSKMLIEGFPIANGASGSFKGLRPDQVAFGVPSGRSSANSGFVTADTVAKALTCLTTLQGCGSVKPAQAYPAFRGVMTWSINWDRRDGYTFSRPVAASLRQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Probable chitinase A
publication title Crystal Structure of a Family GH18 Chitinase from Chromobacterium violaceum
rcsb
source organism Chromobacterium violaceum
total genus 120
structure length 374
sequence length 395
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-07-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.10.20 Mainly Beta Ribbon Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 4tx8A01
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4tx8A02
1HJVA 5A6AA 1E0XA 2CBUA 2CCRA 5BXTA 5A6JA 4OOUA 1E5NA 3TA9A 2VNCA 3RILA 3UR7A 2VX4A 3N17A 1E15A 2VX5A 1GQLA 1TVPA 1E5JA 1HKKA 3WF0A 2EPKX 5JBEA 2D3NA 1UKOA 2DH2A 1ISVA 1KQYA 1I1WA 2VJXA 4AEEA 3CTTA 5A6BD 2DT0A 2YBTA 1DWHM 1NQ6A 3VX1A 4C7FA 4NRRA 3B9EA 1WZLA 4TUFA 3K4AA 5A94A 1HXJA 3QR3A 1KQZA 2WMHA 4W86A 2V3DA 4AZCA 4QP0A 1UD8A 1MW3A 1W91A 1SMAA 3AXIA 4DWSC 1CGWA 1QNPA 1PIFA 2IUZA 1KXHA 4BQ5A 5I5RA 3L4TA 1B90A 3F5KA 3WUGA 4PCTA 3BLPX 1PBGA 4JZ5A 5AC5A 3CZGA 3TOPA 1Y7VA 3OLEA 1V6UA 1X1NA 2ZX8A 2J7EA 1W3JA 3J7HA 1ZL1A 1KFWA 5C8BB 3POCA 4GKLA 2ZUWA 1GUVA 4UFLA 3WSUA 4MB5A 2PC8A 5BXRA 3NIYA 3NJ3A 2F8QA 2YL8A 2A3BA 2X1IA 1ITCA 2WHMA 9CGTA 1N82A 4ML4A 2ZUSA 1ZBWA 2Z1KA 1ODZA 3WD1A 3CUGA 1LL4A 4Z2JA 2JEPA 2O9RA 4WF7A 2J4GA 4TVDA 4OKDA 2IXVA 3ZOAA 1A3HA 1EA9C 1K9EA 3W4RA 1W3KA 4Z2KA 1E4NA 3DHPA 3MMWA 3WFLA 1W9XA 3SUWA 2QHAA 4AZBA 1CIUA 3W0KA 2YA2A 2GDVA 4UFMA 3L2LA 2CXGA 3MUZ1 1LWJA 3SCQA 3I3EA 1EDQA 1MFUA 1QVBA 4CUCA 5ABFA 5I2UA 1IZJA 4X0NA 2WMJA 1DWAM 1GPFA 4LYPA 3ARRA 1QI3A 2VX7A 3VO0A 1BTCA 2J78A 1LG2A 3AMKA 1CYGA 1FH8A 1DWIM 2HVMA 1KR1A 4HZ7A 2BV9A 1JI2A 4HOZA 5CSYA 2OSWA 2V38A 3T2OA 4M8UA 2BHZA 6TAAA 1HP5A 4TTGA 4B3LA 3EDFA 1WB0A 3NSXA 4D6FA 1B3YA 1W9UA 3WMBA 4D71A 2BY2A 1PAMA 2D2OA 4GINA 4Z2LA 2ZUMA 3BAIA 4N0RA 4B15A 3VIIA 1MXGA 4ATWA 5D8ZA 1BSIA 2CHNA 3WDQA 3CO4A 2XM1A 4D6HA 1EH9A 3TTYA 4AISA 5FD0A 5DMYA 3G6MA 1NP0A 1CXKA 2G3IA 1C90A 3B9DA 4URIA 1AQ0A 4AEFA 4WKHA 4AZCB 1VIWA 3CHDA 1BYBA 4HA3A 3CUIA 1H0IA 3GTNA 1C7TA 1HP4A 2DSWA 1FOBA 1MYRA 1P6WA 2XGBA 3VILA 1QNOA 4QDMA 2O9PA 3LPFA 3RM9A 2WZHA 3RM8A 1LL7A 4J3XA 1YHTA 1GONA 4R5EA 2TAAA 3VM5A 1GQIA 2VOTA 5A8OA 4W93A 2W66A 3VD7A 4PMYA 4KH2A 1KBBA 1UR1A 1E40A 3ARYA 1K9TA 2VQUA 3THDA 1Q6CA 1E43A 1SFSA 2J7GA 2VRQA 4HA4A 1CZ1A 3VPLA 1A47A 4U2YA 2O92A 4D1JA 2DSKA 4J27A 4GO8A 1KCLA 1U33A 5CPSA 4ZE4A 5EBAA 3BMWA 4M82A 5E9AA 1F4AA 5CPQA 3U7BA 3KL5A 3K8MA 3FHQA 4EAMA 2V3FA 2XFRA 1ISYA 5FIPA 3WMCA 2DIJA 1F4HA 4BCEA 3CBWA 1E56A 3LPGA 3ALGA 2OSYA 3WDPP 3VD9A 3QGVA 3WUFA 1O6IA 3K4DA 1TZ7A 1JZ7A 2EXOA 3VMPA 3KZSA 1E3XA 2YLAA 1C7SA 1UH4A 1V3MA 5A6BA 2BY0A 4LQ1A 3W6MA 2YA1A 3VGBA 2VUYA 2DSUA 1E6XM 4U3AA 3ARVA 1NWSA 4U5KA 1JI1A 5HBFA 4AIEA 1QHOA 1GOMA 5CQ1A 3VDHA 2DDXA 2WWDA 2YDQA 4M80A 4R27A 4AD0A 1WDQA 3RM4A 1LL6A 3ARXA 3MUAA 2DT3A 3W28A 3N12A 3ZR6A 1JNEA 2ZX6A 3ZJ8A 1OGBA 3POHA 1HJXA 3CPUA 3F4VA 4AZ7A 2Y4SA 1CNVA 3GXFA 5ABHA 5M17A 1OIFA 1V3KA 4J28A 1J11A 1JAKA 2D0HA 3A6OA 1IZKA 2DIEA 5TD4A 3EBVA 1MW0A 3WF3A 1J0HA 4JL2A 3U5UA 1JZ2A 2BFGA 3OIHA 2WLYA 3SUTA 5EB8A 3WF2A 1LJYA 1XH1A 4DUXA 4V2XA 4YHGA 4YN5A 4PCSA 3MU7A 3W29A 3WF4A 2XPKA 2IXUA 3SCWA 2E0PA 4P8VA 3SCPA 5BXPA 5CPTA 1VENA 2JF7A 1MQRA 2V3EA 3NCOA 4P7OA 3GH5A 1CXIA 1E55A 1D7FA 5D9PA 2UY3A 3MANA 1VAHA 2XVKA 4UOQA 3D3AA 3AROA 1HL9A 4D6JA 3PZGA 3UCQA 4PSPA 2CIPA 3AMGA 1H3GA 1FP9A 1E6QM 3O6AA 5I0DA 4TTUA 2J47A 3OG2A 4TX8A 2VRKA 2J62A 4NSBA 4PUEA 1QHZA 1TE1A 1AQHA 4GO9A 1NWUA 2GSJA 2C8NA 3GZAA 1J0IA 1OINA 4UFKA 1EOKA 1QI4A 1GOIA 3GXDA 2XGIA 1UD5A 5F7UA 2QMKA 5FCZA 4M81A 1XV8A 4QLKA 4CGTA 2UY5A 2XJ7A 5IXEA 1UD4A 1DTUA 2VCBA 3WNKA 1UD2A 1V6WA 3MMUA 1O7AA 1XH2A 2NT1A 3ZO9A 2WCSA 5BRPA 4IM4A 3ZQ9A 2FHBA 4CU6A 1KBKA 2WSKA 2WKGA 3WBEA 3IJ8A 3CZ8A 1WZAA 1K9FA 4PUDA 1C8XA 1QOXA 5A8NA 1R87A 4GQRA 1LLOA 4K68A 3WUEA 5GQBA 2G4FA 4HMCA 2WXDM 4OIFA 2A3CA 2XG9A 2QPUA 3GNPA 2X0HA 2OYKA 4U5IA 3DYMA 2WVUA 1B9ZA 5A69A 3VIJA 4E4PA 1BG4A 4FK9A 2EEXA 1G9HA 5DEZA 1W1TA 4HU0A 1ISZA 1JIBA 1C8YA 1NH6A 2VO5A 2FHCA 4ZENA 1RP8A 3VDBA 2G3NA 1V3JA 1MFVA 3GDBA 5DT5A 2PWGA 2NSXA 3KL0A 1KGWA 2XFFA 4MDOA 4IPNB 3CZKA 2E8YA 2QLYA 1C8QA 4OOZA 4PTXA 3VKKA 2E8ZA 5E6ZA 4ZEPA 1PX3A 4AD4A 3AYRA 2YL6A 1B30A 1E6SM 2GJRA 3F5LA 3BH4A 2O9TA 1PX4A 3N9KA 4DUWA 5GNYA 5I77A 3WNLA 4PEEA 4HPGA 2G3JA 4U2ZA 4FLRA 1D3CA 2WANA 5HXMA 1KXVA 2VURA 4CCCA 2D1ZA 5JBFA 3L4UA 1VEPA 1KB3A 1W9DM 4HZ6A 3AIRA 1JFXA 1AMYA 4H41A 1LG1A 2Y2WA 1BVZA 3OGRA 2RTSA 2PWEA 2W63A 2D20A 3WH7A 3GH7A 4MDPA 1BHGA 4S3JA 5M3WA 1JZ3A 4PN2A 1VF8A 2VR5A 1GOKA 4TVCA 4GXPA 5CXPA 4J3SA 3WQ8A 3SCTA 4WLCA 3GH4A 1WAWA 3VNZA 2W4XA 3PHAA 1OBAA 3UG3A 4MPKA 3W38A 5IHRA 4EE9A 3AS3A 4ZE5A 3BAWA 1FFQA 1EQCA 3ZR5A 1UZ4A 1Q6EA 5D9MA 3ZT7A 5IFPA 2WKLA 4OBRA 4V27A 2BVTA 1CDGA 3ZJ6A 2OYLA 4GZEA 1J0ZA 1W9PA 3ZMRA 2XM2A 4U33A 1VEMA 1L0PA 1B3WA 4U3CA 3UR8A 4M56A 1NP2A 1MW1A 3WF1A 1VFOA 1DWJM 4KRTA 4D6CA 3W37A 3AISA 2BNJA 3W82A 3WH9A 1UD3A 3WFZA 2ZX5A 1MVYA 1E3ZA 3ZSTA 4Y7EA 2XHYA 1KWGA 2CBIA 4JKMA 1H1NA 4UCFA 2VX6A 1TA3A 3WNPA 3OLGA 1HJWA 7A3HA 5E09A 3MSGA 2FDMA 2YOCA 3WY1A 1BPLB 1GHRA 4MNJA 3T0DA 3SUUA 5I78A 4CN4A 2DQXA 1DEDA 2ZXDA 3WMSA 4AYSA 1MXDA 1BFNA 1ZBVA 3AOFA 5KEZA 1E73M 3A4AA 3II1A 3W25A 3PTQA 3CUFA 4CD5A 2WLZA 4AY1A 1W3LA 1D2KA 3AHZA 2JF6A 3JUGA 5JIWA 4D72A 3IJ7A 5E6YA 1UKPA 4D6EA 3AZTA 2BS9A 5CLWA 1XHGA 1EHNA 1QPKA 2WVSA 4LPCA 2D0FA 1EXPA 1J12A 2VCCA 3PZIA 2WK2A 1UR2A 2HISA 3VOCA 3PZQA 4V28A 3ZIZA 3M6DA 4P8UA 4D6DA 3TTSA 1AVAA 3AIQA 2ZIDA 4AC1X 5GPRA 3WQ6A 1FH7A 4UFIA 2D23A 4QLLA 3PZTA 4AW7A 1J18A 2XTKA 4ZXOA 3AIUA 1E4IA 4XZWA 3HMCA 5D4YA 4JCLA 1UWRA 2D22A 3LMYA 1JDCA 4J3VA 2ZOXA 3FHAA 1WPCA 2WZIA 1KR0A 4AWEA 3WH5A 4PTVA 3WDHA 3WEOA 1GQJA 1R86A 2Y8KA 4JFSA 1GVIA 3ARQA 3WELA 2WVTA 3KWXA 3VIPA 1M03A 3NDYA 3L4YA 3WQVA 1V0LA 1JF5A 4RE4A 1B3XA 1PJ9A 1FP8A 1W9VA 4MTVA 4MNKA 2B31A 2XYLA 3NDZA 4UFJA 4UQCA 3A4XA 8A3HA 1ZBKA 3PZUA 2JIWA 3MUIA 1YQ2A 3VIHA 2WMIA 2VRJA 1OT1A 1V3LA 2BHUA 1XYZA 4X9YA 3BGAA 5IFTA 1EIBA 4P8XA 4OZOA 3BAXA 1OGSA 1CGVA 2DT2A 3VU2A 3WNNA 1GW1A 1TA3B 1E4MM 3SCVA 2A3AA 4PMDA 1FHLA 3ARUA 3OLIA 2DEPA 3CIVA 2CERA 2CPUA 4QCEA 1BYDA 3ARTA 2J25A 2GUYA 2V5CA 4HOXA 1W1YA 1J0KA 4MJ4A 1UHVA 1V6XA 2WMKA 2YKKA 3AMLA 3OBAA 4H8HA 1XSKA 3VGFA 2UY4A 3UG5A 4BS0A 2PWDA 3LPPA 3VUPA 1BQCA 4E8DA 1TCMA 2CITA 3L4XA 1G0CA 3B8SA 5ABEA 2PBGA 4CD8A 2CBVA 2FGZA 4KRUA 3RDKA 2W67A 4A3YA 4AD2A 3SUSA 1ED7A 1MWOA 2D24A 2FH8A 4UQ9A 3BAKA 2PI6A 4GQQA 3VIOA 3WH6A 1WE5A 4QCFA 2BY3A 1UA7A 1CEOA 1V08A 3O9NA 1OB0A 3WDJA 5CSUA 4GZJA 3ZT5A 2ZUTA 1CTNA 3ARSA 3M07A 3SCOA 1E6PA 4UQDA 4W84A 5I23A 2WMGA 4HPHA 3NSNA 1I75A 2PF0A 1QI0A 1UKQA 2E40A 3PTKA 4WSKA 3FN9A 1R85A 2EPNA 1J0YA 4BQ3A 4CN1A 1QBBA 5AY7A 3U57A 2BY1A 5BROA 4UQEA 2BVYA 1QNSA 4FMVA 1CXFA 1QBAA 1FH9A 1ZS2A 4UZUA 5HOSA 1ZU8A 3TTOA 1QNQA 2WHJA 1UWSA 2Q8XA 3WKZA 3AICA 1E4LA 2WC4A 3VNYA 4AZIA 2WC7A 4TX6A 2G8ZA 3AHVA 1M7XA 3AHYA 5C71A 2VR4A 3B9AA 5D9OA 1GVYA 3WDIA 2FHFA 3BAJA 2F2HA 1XYFA 5HDRA 1H49A 2XSAA 5A8QA 2EPOA 4BQ2A 2D49A 3IAPA 1XCWA 3WQ5A 3WN6A 5C70A 3VGGA 2WMIB 1K9DA 4ZXLA 1M53A 2AMGA 2XVGA 1HJQA 1VFUA 2G3MA 1H5VA 1W3HA 4UTFA 1BGAA 4W87A 2EPLX 2OYMA 3PBGA 4CKQA 1UUQA 4UFHA 4W5ZA 3AIEA 3BAYA 3AIBA 2PWFA 2WNWA 2VC9A 5A6MA 3RO8A 1E6NA 4DUVA 4MB1A 4RL3A 5DFAA 2WC3A 1IT0A 1KXTA 3WIJA 1HNYA 4HZ8A 2J7BA 5HPOA 3MUY1 1RD6A 1E6ZA 5IDIA 1JG9A 2X2YA 2XIBA 1QI5A 3IAQA 3M46A 4AXNA 1EHAA 1V3HA 3OGSA 3TONA 4DWSD 3VVGA 1M04A 1R7OA 2GVYA 4XZBA 3LPOA 1UR4A 2WYSA 2XUCA 2ZXQA 2WWCA 3AS0A 5EFFA 1ISXA 1H0GA 1E70M 1BYCA 3DC0A 1CGXA 1VFFA 3SCSA 3UG4A 5A8MA 4ATDA 5A1AA 2E9MA 4LGXA 5ABGA 2ZX7A 4CD7A 3RCNA 1KGUA 2W91A 3DYOA 1DWFM 1CLVA 4GIAA 3AZRA 2OSXA 1VBUA 4JKKA 2EJ1A 1GOOA 1JDAA 3A47A 5JBDA 3EMQA 4JIEA 4WKAA 4P7LA 1E71M 1PEZA 4HOWA 1W1PA 1ODUA 2C0HA 5GNZA 4F79A 3CMJA 4F66A 4H2CA 1JD7A 1UYQA 4AD5A 3AS2A 4B9YA 2EPMX 4CVWA 5BWFA 2GK1A 3KE0A 4MADA 2DH3A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HJV A;  5A6A A;  1E0X A;  2CBU A;  2CCR A;  5BXT A;  5A6J A;  4OOU A;  1E5N A;  3TA9 A;  2VNC A;  3RIL A;  3UR7 A;  2VX4 A;  3N17 A;  1E15 A;  2VX5 A;  1GQL A;  1TVP A;  1E5J A;  1HKK A;  3WF0 A;  2EPK X;  5JBE A;  2D3N A;  1UKO A;  2DH2 A;  1ISV A;  1KQY A;  1I1W A;  2VJX A;  4AEE A;  3CTT A;  5A6B D;  2DT0 A;  2YBT A;  1DWH M;  1NQ6 A;  3VX1 A;  4C7F A;  4NRR A;  3B9E A;  1WZL A;  4TUF A;  3K4A A;  5A94 A;  1HXJ A;  3QR3 A;  1KQZ A;  2WMH A;  4W86 A;  2V3D A;  4AZC A;  4QP0 A;  1UD8 A;  1MW3 A;  1W91 A;  1SMA A;  3AXI A;  4DWS C;  1CGW A;  1QNP A;  1PIF A;  2IUZ A;  1KXH A;  4BQ5 A;  5I5R A;  3L4T A;  1B90 A;  3F5K A;  3WUG A;  4PCT A;  3BLP X;  1PBG A;  4JZ5 A;  5AC5 A;  3CZG A;  3TOP A;  1Y7V A;  3OLE A;  1V6U A;  1X1N A;  2ZX8 A;  2J7E A;  1W3J A;  3J7H A;  1ZL1 A;  1KFW A;  5C8B B;  3POC A;  4GKL A;  2ZUW A;  1GUV A;  4UFL A;  3WSU A;  4MB5 A;  2PC8 A;  5BXR A;  3NIY A;  3NJ3 A;  2F8Q A;  2YL8 A;  2A3B A;  2X1I A;  1ITC A;  2WHM A;  9CGT A;  1N82 A;  4ML4 A;  2ZUS A;  1ZBW A;  2Z1K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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