4UR9A

Structure of ligand bound glycosylhydrolase
Total Genus 233
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
233
sequence length
713
structure length
685
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMISIKNLPLQVKANRVLISPANEVVKGNSVEIELDAIYPGENIQINFLEISTDGKEWKTVDLKSRLSAGLQKAPVKFVRFTNYLRQFVLTIEKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
publication title Discovery of Selective Small-Molecule Activators of a Bacterial Glycoside Hydrolase.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 233
structure length 685
sequence length 713
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2014-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 4ur9A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4ur9A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 4ur9A01
3OBAA 4UNIA 2ZXDA 3ARPA 3K8MA 2BXYA 3AHYA 3WNPA 1UQYA 2X05A 1EHNA 3E1F1 4H7VA 5I3DA 3GNPA 3LPGA 5I6SA 5CPQA 3U5UA 5I0DA 4ACYA 4MNJA 2C0HA 3VD9A 3SEPA 1M01A 2Y8VA 1VJSA 1DWFM 1KQYA 2J75A 3W28A 4Z2LA 1C92A 2YA1A 3W0KA 1JDAA 4NRRA 2E8ZA 1OD8A 2Y8KA 3VUPA 1BYDA 4TX8A 2QHAA 4OZOA 2EBNA 5A6JA 1X6LA 4PCSA 3MMWA 3RM8A 2WKLA 3LPPA 3WH6A 2ZUWA 2VX6A 2XHYA 4PMRA 4ZFMA 1DEDA 1QNPA 1WDRA 3GXFA 2AAAA 1GVYA 1JZ4A 4LYRA 4P8UA 3VMPA 4L4PA 4GI8A 4PMZA 3AIBA 1E6QM 1MW1A 5AY7A 3F4VA 1ISXA 4D72A 1XC6A 4F9DA 2DT0A 5E70A 4M24A 4AD1A 2WZHA 1UR1A 3BC9A 2VVSA 4AISA 2XSBA 4NI3A 4AEFA 2GFTA 1OWQA 1H41A 4C7DA 4NSBA 1LWHA 4V28A 5IDIA 5GNZA 4CN1A 4Z2JA 3FHQA 1FOBA 3BSHA 3WDHA 1GHRA 5CG0A 2YLAA 5D8ZA 3N15A 2YIHA 3MUZ1 3VPLA 4Q7NA 2V38A 1OGGA 4CUCA 1NP0A 1WO2A 2VRJA 1EOKA 3DYPA 4CU7A 4QCFA 4ZENA 3A4XA 3ZOAA 3L2LA 5I2UA 3WBAA 3VO0A 1I75A 1Q6GA 1CGWA 3ZIZA 1B3XA 2XVPA 1G5AA 2GK1A 3KEHA 3NSMA 4Z2KA 2C7FA 1H3GA 1UD8A 2ZUMA 3HMCA 4U3AA 3TOPA 2WVVA 2G3MA 2DH3A 1ZBVA 1W3LA 2Y5EA 5A6BD 2XFRA 1OB0A 1MWOA 3RCNA 1ZB5A 2WMHA 4W93A 3WF3A 1HJVA 1V3IA 4P7RA 3VD7A 4HMDA 5EBAA 1D3CA 1Q6CA 2FGLA 1G1YA 2J7FA 4UFMA 5M03A 4AZIA 4QLLA 5ABFB 2DPEA 1C7TA 2FHBA 1J11A 2VZVA 4TTGA 3ZR6A 4HOXA 4FLOA 2WHLA 1HL9A 4M80A 4PTMA 3UETA 1J9YA 1OIMA 3VM7A 1US2A 1JNEA 2EPKX 1L0PA 2J8GA 1V0KA 1WKYA 2WLZA 1V03A 4IM4A 4AZCB 1GQJA 4TUFA 1HKIA 2J25A 2XIIA 5CSYA 3WDIA 1UKPA 3SUTA 2DIJA 4HPGA 1I1XA 4CD6A 4Z2GA 1TE1A 3A47A 4P7OA 1LWJA 1ODUA 1E15A 4E8DA 1UD6A 3AXXA 1PPIA 1NOFA 3DHUA 3L4YA 4M8UA 4CCCA 4HMEA 1IT0A 4CKQA 5E6YA 2X09A 1E0WA 3BMVA 4UQAA 4PSPA 4IISA 4AC1X 3B9EA 2WSPA 1HVQA 3CZEA 4FLSA 3K4DA 3N9KA 3W6MA 4MNKA 1B90A 1A47A 1ESWA 1R85A 1PAMA 5AYBA 4TOQA 5CPSA 3VDAA 2UY3A 4M82A 2V3DA 4GQQA 3VIPA 3N12A 3CHDA 2RGLA 2VZTA 4BQ5A 2J7BA 2WMKA 1OM0A 1FH8A 1JG9A 4K68A 4PTVA 3W25A 2G3IA 3CH9A 4UCFA 3LPOA 5EFDA 4J3XA 3AHVA 3N11A 2WBGA 5A6AA 2WZEA 3EDKA 1B31A 1SR0A 2ZX5A 4DUVA 2ZXQA 4D6FA 4C7GA 1VEMA 2DSZA 3CO4A 1CBGA 3M6DA 3AZTA 2XGIA 1JNDA 4P7QA 1HX0A 3KL5A 4AD3A 2WYSA 1DWHM 1UWSA 2JE8A 3U57A 2WWCA 1HNYA 1W3KA 4MTVA 2A3EA 3L4VA 2W63A 3DHPA 5CGMA 4D6CA 3II1A 4U2ZA 3RO8A 1DWAM 4QLJA 4BCEA 3O6AA 1BGGA 4PMYA 4XX6A 4OUEA 3AQUA 4QDMA 2WCSA 3PZNA 5E9AA 2D3LA 1V3JA 2WMIB 5HXMA 3VMNA 5E6ZA 3WEZA 1JDDA 3EDEA 2GSJA 1J0YA 4JFVA 4UTFA 2FH8A 2PWDA 3A4WA 3NYDA 1Q6FA 5CZKA 1R87A 1LQ0A 2QF8A 2PC8A 4CGTA 2W91A 3HJEA 3POCA 4PEEA 3RILA 3L4TA 3WL1A 3DYOA 2AOSA 1MQRA 4PYSA 2VZUA 1B2YA 3A4AA 1UWTA 2FH6A 3WENA 4ZXOA 3AS3A 2AMGA 4J28A 3UCQA 2WXDM 1JIBA 3EMQA 3U7BA 1H49A 3B9AA 3VGGA 3F5JA 4EKJA 1KWGA 1MQQA 3L2MA 3LPFA 5ECUA 3N18A 2WSKA 3LMYA 3W6LA 4HTYA 2NT1A 3WFLA 3WUGA 3WDRA 4WIWA 1UHVA 4CCDA 3WMCA 1CXEA 3D5HA 3J7HA 1G9HA 2YL5A 2ZWZA 2WLYA 3KL3A 3L4UA 1BYBA 1ZU8A 1UR8A 1NOUA 4U5KA 1ISZA 1MVYA 3NUKA 2OWCA 3I3BA 2EXOA 1XYZA 3BCFA 3CUJA 3FY1A 4W7UA 1NM9A 1FH9A 3B8SA 1HKKA 4ZXLA 1ITCA 4LYQA 4AYSA 3KWXA 2BY0A 3IANA 2EO7A 1JI1A 1H2JA 2D24A 1E70M 3VGFA 1ZJBA 1QHOA 1UYQA 2Y24A 2CKSA 2XWEA 5M5DA 3VIGA 1BVNP 4D6DA 1B3YA 3BAJA 3PZMA 1AQHA 1QPKA 3AS1A 5FL0A 1V02A 2E4TA 3ZMRA 2BFGA 1QVBA 1H09A 1E73M 2ZUTA 1HVXA 1QI2A 4EAMA 3T2OA 2FGZA 1KCLA 4S3JA 1XGZA 4AD5A 4PSRA 3CZKA 1U2YA 3W26A 2IXUA 4KGJA 3BAYA 4TTUA 2Y4SA 5BROA 3ZT7A 1J0HA 4DWSD 3QGVA 3HU7A 2J79A 3WUBA 5E09A 4AXNA 4CD4A 2E0PA 2WCAA 4P7NA 4P8VA 3QOMA 5A8OA 4OOUA 3SUSA 1HP4A 4AEEA 2DT2A 2XSAA 5E0FA 3O9NA 3W82A 4UQCA 2JIEA 1KB3A 2W67A 1BPLB 3AOFA 5D4YA 1KCKA 4B9ZA 4W85A 4IUGA 4GXPA 1W32A 1B9ZA 4DWSC 4BA0A 1SYTA 2A3HA 4PUEA 1MYRA 2O9RA 4UQBA 1CNVA 1RH9A 3ZQ9A 1PIFA 4CD8A 5LA2A 4W8BA 3HN3A 5GNYA 2XUCA 3K8KA 3G6MA 5AC5A 4C7FA 3WSUA 1KXVA 3WY1A 1UA7A 4OJYA 1E0XA 2GJRA 2GDVA 3UERA 1E5JA 4E2OA 2W92A 1VF8A 4JKKA 2D23A 4CN6A 4PTXA 4D6JA 1BAGA 4FK9A 2OSXA 3MO4A 3UG5A 2VZSA 3IK2A 3VIFA 3EYPA 3CLWA 3ARZA 5D8WA 3VU2A 2W62A 3CZJA 8CGTA 1VBRA 3NDZA 3SCWA 1FHLA 5I5RA 5CXPA 3CMGA 5GPRA 1CXIA 2VMFA 3CHEA 3VD5A 3OGVA 3WNKA 2A3BA 1SMDA 2XVKA 3GH5A 2EQDA 2A3AA 4KMQA 3JUGA 1V6UA 1CPUA 2Q8XA 5DF0A 3MUIA 4BZYA 5A6MA 4JHZA 1UR2A 1MW2A 5FIPA 1KGXA 4WSJA 3IJ7A 4RL3A 1GORA 2WB5A 3ALGA 2WMJA 3W27A 4JCMA 3WDQA 1BYAA 2OWXA 4DWSA 1XH2A 4AMCA 1C8QA 5AC4A 4X9YA 2YA2A 4D1IA 3AIUA 1JFHA 4HA1A 3U5YA 1PBGA 3UR8A 3UG4A 1NQ6A 1GQLA 1V3KA 4W5UA 4N0RA 4DUXA 7A3HA 1EDGA 1OIFA 3KL0A 2BHYA 4AY1A 1JFXA 4GZEA 1GJWA 1EIBA 3A6OA 3MANA 1EDQA 3MV11 1G0CA 7CGTA 4OBRA 2WHKA 2J4GA 3N13A 5KEZA 1VAHA 3QR3A 3RM4A 3CZLA 2OSYA 2XWDA 1PEZA 1AVAA 5DO8A 1C91A 3ARYA 4U3CA 4YHGA 3AJ7A 2WW5A 4X0VA 1ZS2A 5I24A 4HA3A 1BFNA 1VFOA 4AW7A 2WC4A 2EPOA 4J3WA 5EFFA 4CU8A 1NP2A 1Q4NX 3WH7A 2VVNA 1QBAA 3ZJKA 2EJ1A 5JUVA 2CKRA 3D3AA 4HMCA 2XFYA 1MXDA 1WZLA 4OOZA 3IAQA 4JKLA 4FLQA 3BAXA 3FNDA 5A69A 2XVGA 1YHTA 4W8AA 3G6LA 4JL1A 1ZBKA 4KWUA 2D0GA 3CGTA 4P8WA 3S2CA 3U7VA 4QCEA 1GOMA 2PBOA 2CESA 3UR7A 3VIIA 1E43A 2DT1A 2XM1A 1C90A 1XSKA 1JYNA 1UD4A 2J62A 4MNLA 1QHZA 1UKTA 2E40A 3AMLA 2J8FA 1J0JA 1VB9A 4B9YA 3SCQA 2DDXA 2WANA 5A2AA 4UR9A 3ZT6A 1WZKA 2BHZA 3MU7A 4EK7A 1US3A 2D3NA 3IJ9A 3IAPA 2ZX6A 3A3HA 4H8HA 4MADA 1LG1A 2WC3A 1TUXA 1HN1A 5D9PA 1AQ0A 4YHEA 2CPUA 3FAWA 1VFFA 1ISVA 3QOKA 3PZ9A 3ARWA 4AZ6A 3PZTA 3WUFA 1W3HA 3I3EA 1JD7A 3CHFA 2CBJA 2E9BA 3W29A 1VENA 3IJ8A 4W89A 4B15A 3GNOA 3SUUA 1W9PA 2PB1A 1I1WA 4UFIA 3F5KA 2BHUA 3BXWA 1B1YA 2WVTA 1W9XA 3AZRA 3T2PA 3GTNA 4MJ2A 3VNZA 2ZOXA 1HL8A 3OGRA 1AQMA 1C93A 4H8UA 1EDTA 1UUQA 5CPTA 3ZJ7A 6CGTA 2RGMA 4GIAA 1H0IA 1CGVA 4M81A 4HU0A 3TTYA 3UESA 3MS8A 1GCYA 2NSXA 1UKOA 1J0IA 2FDMA 1QNQA 4HU8A 4ZE4A 4M29A 2PBGA 2G8ZA 1M03A 1V02E 3VTRA 1O6IA 4UFHA 5JBDA 3CUIA 3WH5A 1LL4A 3VX1A 1LF1A 2GJXB 2PWHA 5DT5A 4URIA 4HP5A 4PBGA 1V3MA 3SCTA 1HJSA 4NF7A 1UOKA 2OWWA 2YL8A 5IXEA 3VILA 2E9LA 3I3DA 3AICA 2YLLA 1NWUA 1UR9A 1UG6A 4A3YA 1W3JA 4J3TA 4GQRA 1HF6A 3PHAA 1CXFA 4MAVA 1OT2A 4WKAA 2V3EA 2EEXA 1TA3A 3VIKA 4W84A 1UWUA 5FD0A 4XB3A 5IFPA 4CCEA 2X1IA 4AIOA 1CLXA 1K9DA 4D71A 1KR0A 1O7AA 1W91A 3WEMA 5LYRA 1NWRA 1J10A 3OIHA 3AIVA 2J47A 1XD1A 1BVZA 2PF0A 2CHOA 2WMFA 4AZGA 1UZ4A 4MB1A 2CIPA 1XSIA 4WF7A 2VR4A 1J12A 1E6PA 2JIWA 1JXJA 1W1YA 2C8NA 3GNRA 3WD0A 2VO5A 2D2OA 1M7XA 3AS0A 1LG2A 3UEQA 2ZWYA 3AMKA 4U5IA 1F4AA 3ARQA 4LPCA 4RE2A 1NWSA 1HJQA 3W38A 2EPNA 1S46A 3TTQA 3AROA 1PZ3A 3W81A 4GO9A 5I79A 3NSXA 4GZIA 3WEOA 4AD2A 4WK9A 1TFVA 3WL0A 4LQ1A 4JHOA 5ABGA 1W1PA 3VIJA 4XZWA 5BRPA 4J27A 1OGSA 2YBUA 3AYRA 2BNJA 2DSUA 3ZJ6A 3M07A 1V0NA 4GINA 2BVTA 4QLKA 5D9OA 1CXHA 2VJXA 3SUVA 1QNOA 4B16A 3WNLA 1HJWA 2EPLX 3FXYA 4QFUA 2QMKA 4MPKA 1KGWA 1MFUA 1GPFA 3M46A 1GOOA 1J18A 2W61A 1RD6A 4PN2A 5HPOA 3GZAA 5A3HA 1LLOA 3K8LA 3AMDA 2E9MA 3CBWA 4S3KA 1LL6A 1E56A 3TONA 4MDOA 3RM9A 2QV4A 2VX5A 2VR5A 1GJUA 1EXPA 1YQ2A 3WD4A 2XYLA 1JZ6A 4ATDA 1WE5A 2YOCA 2OYLA 2YL6A 3BAWA 2JALA 4NRSA 4R5EA 1FFQA 4TVDA 4KH2A 2JF7A 3VNYA 5F7UA 4J3SA 3WF1A 2X0YA 1EH9A 3VGDA 1ODZA 3WD3A 5JIPA 1GONA 1QBBA 2F8QA 5I78A 3VKKA 4WLCA 2WM0A 1CECA 2WC7A 2VQUA 1UH4A 1IV8A 1E40A 1JYVA 2J7DA 3AHXA 4DUWA 1XCXA 1JI2A 2ZIDA 6TAAA 4ACZB 1HJUA 5ABFA 1GHSA 5D9NA 1JF6A 3AIWA 1K6AA 1UH3A 3AXHA 1EGZA 4AZ5A 3ARSA 1E4NA 2D0HA 1UQZA 2F2HA 1OBAA 5LA0A 3VM5A 3PZOA 3L4WA 1WAWA 4AZCA 1BLIA 1JAEA 1E5NA 3AIRA 1KXTA 1PX4A 2VL4A 1W1VA 4JFTA 4RE3A 1E1FA 4W5ZA 1C8XA 4LXFA 2J7EA 3PTQA 3RIKA 2XJ7A 3GH4A 2VZOA 3WQ6A 4PTWA 5CGTA 3TA9A 1XD0A 4F8XA 4EE9A 1BGAA 3MSGA 5FCZA 1GQKA 2W4XA 3PBGA 2YDSA 2NT0A 1JDCA 1XCWA 1WPCA 3PN8A 3OB8A 4P7LA 3WDPP 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 3OBA A;  4UNI A;  2ZXD A;  3ARP A;  3K8M A;  2BXY A;  3AHY A;  3WNP A;  1UQY A;  2X05 A;  1EHN A;  3E1F 1;  4H7V A;  5I3D A;  3GNP A;  3LPG A;  5I6S A;  5CPQ A;  3U5U A;  5I0D A;  4ACY A;  4MNJ A;  2C0H A;  3VD9 A;  3SEP A;  1M01 A;  2Y8V A;  1VJS A;  1DWF M;  1KQY A;  2J75 A;  3W28 A;  4Z2L A;  1C92 A;  2YA1 A;  3W0K A;  1JDA A;  4NRR A;  2E8Z A;  1OD8 A;  2Y8K A;  3VUP A;  1BYD A;  4TX8 A;  2QHA A;  4OZO A;  2EBN A;  5A6J A;  1X6L A;  4PCS A;  3MMW A;  3RM8 A;  2WKL A;  3LPP A;  3WH6 A;  2ZUW A;  2VX6 A;  2XHY A;  4PMR A;  4ZFM A;  1DED A;  1QNP A;  1WDR A;  3GXF A;  2AAA A;  1GVY A;  1JZ4 A;  4LYR A;  4P8U A;  3VMP A;  4L4P A;  4GI8 A;  4PMZ A;  3AIB A;  1E6Q M;  1MW1 A;  5AY7 A;  3F4V A;  1ISX A;  4D72 A;  1XC6 A;  4F9D A;  2DT0 A;  5E70 A;  4M24 A;  4AD1 A;  2WZH A;  1UR1 A;  3BC9 A;  2VVS A;  4AIS A;  2XSB A;  4NI3 A;  4AEF A;  2GFT A;  1OWQ A;  1H41 A;  4C7D A;  4NSB A;  1LWH A;  4V28 A;  5IDI A;  5GNZ A;  4CN1 A;  4Z2J A;  3FHQ A;  1FOB A;  3BSH A;  3WDH A;  1GHR A;  5CG0 A;  2YLA A; 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