The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
101
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structure length |
101
|
Chain Sequence |
MQFKVYTYKRESRYRLFVDVQSDIIDTPGRRMVIPLASARLLSDKVSRELYPVVHIGDESWRMMTTDMASVPVSVIGEEVADLSHRENDIKNAINLMFWGI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Plasmid
|
| molecule keywords |
CCDB
|
| publication title |
Crystal structure of CcdB, a topoisomerase poison from E. coli.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
27
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| structure length |
101
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| sequence length |
101
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1998-04-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01845 | CcdB | CcdB protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3HPW A; 1VUB A; 5CO7 A; 1NE8 A; 5CR2 A; 4OF1 A; 3NFC A; 3VUB A; 5HK0 A; 2C06 A; 5CKH A; 4ME7 A; 5CKF A; 5CKB A; 1X75 C; 4VUB A; 2KMT A; 4ELY C; 4MZT A; 1UB4 A; 4MZP A; 5CKE A; 3JRZ A; 5CQX A; 3G7Z A; 5CCA A; 4MDX A; 5CK9 A; 5CKD A; 1M1F A; 4HKE A; 5HKC A; 5DLO A; 3TCJ A; 5HK3 A; 2VUB A; 4MZM A; 3JSC A; 5CQY A; 4ELZ C; 2MF2 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2ENM A; 1QQJ A; 2CSQ A; 5FU6 B; 2P4T A; 5GAN 3; 3AHU A; 3CEY A; 4PJJ A; 5ECA A; 1Y57 A; 3QDR B; 2XK0 A; 4M78 C; 1M1G A; 2DF6 A; 4OGE A; 4TVR A; 1Q95 G; 5L23 A; 1N5Z A; 2CZ1 B; 1VQL T; 3A8L B; 2EQM A; 2VVK A; 4JPB W; 4F7U G; 5GAN d; 2A37 A; 1VQ6 A; 4KUL A; 1ZQ1 A; 3M56 A; 4OMQ A; 1AT1 B; 1RAA B; 4HVV A; 1Y0M A; 3H0H A; 2QA4 T; 3GBQ A; 1TWB A; 2OJ2 A; 5I2M A; 1EIF A; 2GNC A; 1VQ9 T; 1K8A U; 4ZTJ A; 5GAM j; 3X26 B; 1NJI C; 3GNF B; 2KSS A; 1YFN A; 3M9Q A; 3MEA A; 5DY9 A; 1K9M C; 1VQN T; 3LYI A; 2HSE B; 5FWB A; 3E9G A; 3JCM J; 3RMQ A; 2K5I A; 4AFS C; 4FSX A; 2ED1 A; 1R77 A; 3QWX X; 4C8Q C; 2LJ3 A; 1K1Z A; 7AT1 B; 1F1B B; 4RMO A; 1M3C A; 2DTI A; 3CC4 Q; 4M7A G; 4KGZ B; 2YRD A; 4J83 A; 2LVM A; 5EC7 A; 1VQ4 A; 2O2O A; 1ZSZ A; 1SHG A; 2DX1 A; 2EKO A; 1M2V B; 1PSE A; 2RA2 A; 4DOW A; 3OYG A; 2K2V A; 4JS4 A; 3OW2 P; 1QWF A; 3I55 A; 1M90 C; 3CPW P; 1WQW A; 1TUD A; 3VRZ A; 4HT9 A; 4ZN3 A; 1UGV A; 3QWY A; 5LJ3 h; 2QQB A; 1BI0 A; 3EGU A; 5CKF A; 5M9O A; 4ANJ A; 1VQ6 Q; 3VS4 A; 5KH6 A; 4MZP A; 3VS6 A; 3ULR B; 1IO6 A; 3G6E Q; 1YIJ T; 1XOV A; 3OYI A; 1H92 A; 3HKS A; 4FCY A; 3FEO A; 1OUL A; 2E3I A; 4C92 G; 1TUC A; 2NUZ A; 4KRT A; 1D3B A; 1MMN A; 4J9E A; 3QUI A; 3FRN A; 2DTO A; 3BDU A; 5IH2 A; 4PJN A; 2DZ9 A; 2K3X A; 2H8H A; 4HCZ A; 1KJW A; 1YNZ A; 2D8H A; 4KT0 E; 2I2L A; 4A4G A; 5KCO A; 4HVU A; 5DLQ E; 3A8M B; 3OYY A; 1M30 A; 2KYM A; 1WNL A; 4AG1 C; 1MND A; 4NS5 A; 3QSU A; 4LDV A; 1KSW A; 2FPF A; 2HBW A; 2VGM A; 1SSF A; 2KK4 A; 2EQU A; 2V8K A; 2ABL A; 2B86 A; 1Q82 C; 1M3A A; 3CCJ A; 3GLX A; 1E6H A; 2ZZD A; 5GAN e; 1VQ4 Q; 1MGQ A; 2RI3 A; 1YJW A; 2DEU A; 3CCL T; 1OQK A; 2ZGW A; 4PJO C; 1M1F A; 2CDT A; 2E12 A; 3I55 Q; 2CP0 A; 2LNV A; 3X28 B; 2EYQ A; 5CKH A; 2E65 A; 2H3E B; 4F17 A; 5KYY B; 2RJC A; 3NTK A; 4OGC A; 2C0O A; 2MMP A; 4AMC A; 3CCQ T; 4PJM A; 2MK5 A; 3MP1 A; 2NLU A; 1SRM A; 4J9I A; 4C0F A; 4DBR A; 1QCF A; 3ME9 A; 1UGR B; 2WSF E; 1PD0 A; 1TUG B; 3SD4 A; 4X9C A; 3JSC A; 1GBR A; 4EMG A; 3TSW A; 1C0M A; 2XDP A; 3EH1 A; 2ESW A; 4BDY A; 4LD9 K; 1M1K C; 3FIF A; 2LC4 A; 1XTD A; 2YUP A; 1X6G A; 2P0K A; 1R8O B; 3RR6 A; 4C8Q A; 3SHW A; 4M7D C; 4JRI A; 2JUF A; 1I07 A; 3SB2 A; 4R0K A; 4C92 B; 5IXF A; 4M77 F; 3CC2 A; 1JB0 E; 2JM8 A; 1KQ2 A; 2J6F A; 3L2U A; 3EG9 A; 1BB9 A; 3VS3 A; 2DNU A; 1BIA A; 4OB2 B; 2RQV A; 4BI8 B; 2EYY A; 2W10 A; 1KC8 C; 2DM1 A; 3CME T; 2YLC A; 4WF2 A; 3CCJ Q; 4LUD A; 1KIK A; 2D6F A; 2OI3 A; 3H0I A; 1YJW Q; 2OX7 A; 2JTF A; 2GTJ A; 2YRV A; 3A8H B; 5HK3 A; 2DYB A; 4EDU A; 1U5S A; 1J3T A; 3QPH A; 2NUT B; 3QXE B; 4N0A A; 5KYX A; 2D0N A; 3VUB A; 3QKJ A; 1SEM A; 3QHS A; 3A5Z B; 3QO3 A; 1YWP A; 3JCM Q; 1Q7Y C; 5J26 A; 3A8O B; 1Z9Z A; 4M75 B; 5KYU B; 1VIE A; 3OYD A; 5IHK A; 2D1X A; 5LJ3 f; 5IXB A; 1G5V A; 2JOY A; 3EG0 A; 2X35 A; 5GMK l; 1MHN A; 2X51 A; 2F1L A; 1QVG A; 1IXD A; 2L89 A; 1N9S A; 3CCM A; 1NJI R; 3CCS T; 2JJ9 A; 5CO7 A; 3C95 A; 5I22 A; 3UPU A; 2LT4 A; 3EAE A; 2M02 A; 2JT4 A; 2CSI A; 3OYA A; 2LQ8 A; 3L2V A; 5KCH A; 3QYG B; 1VOM A; 1HSQ A; 4A4E A; 2G3R A; 2A36 A; 2RH2 A; 3GOX A; 2L3Q A; 4Q5W A; 1I1J A; 3GNG A; 3F70 A; 1X6O A; 2XID A; 2DO3 A; 4BD3 A; 2HMA A; 4DBF A; 3M57 A; 3MHX A; 2P4R A; 1B3Q A; 1GCQ C; 1KQ1 A; 2OTJ A; 2LCL A; 5FRO A; 1K9A A; 2O4X B; 3CC2 Q; 3VS0 A; 3OMC A; 1RLQ C; 4XTY A; 4IUU A; 1VQO T; 2E10 A; 1DJ7 B; 1NPP A; 3G7Z A; 4PJO A; 1OZ2 A; 2BKD N; 2CP6 A; 3I5R A; 3DLM A; 4LN2 A; 2R5A A; 3OYH A; 2DIQ A; 2YXY A; 1V76 A; 4NL2 A; 3M58 A; 1YCY A; 2RI5 A; 1X2K A; 5D6X A; 1WA7 A; 2JXB A; 4DEX A; 1ZBX A; 3CD6 T; 1WHM A; 3VS5 A; 1D1B A; 3DB3 A; 1K73 C; 2XDD A; 4J9F A; 1B34 A; 1JU5 C; 1RAD B; 3MET A; 1UJ0 A; 1MMD A; 4HT8 A; 2QQS A; 2RHY A; 2DXC A; 3E1S A; 1QKW A; 2LDM A; 2CP3 A; 2KDS A; 4LE9 A; 5GAN 4; 3S6W A; 1KHI A; 4A63 B; 2K6D A; 2E4H A; 4C8Q G; 2L3S A; 3CCM Q; 1HXD A; 2GFA A; 3T9N A; 2IIM A; 3L1A A; 3BDL A; 3ZBD A; 2DMO A; 2GTO A; 2PVD B; 1VQ8 T; 3OW2 A; 3CXC A; 1YI2 T; 1YN8 A; 3OYN A; 3CPW A; 2E5Q A; 4OB1 B; 1OYX A; 1N8R C; 4M7D A; 1UHC A; 5IT9 E; 1GFC A; 2A28 A; 2IG0 A; 4FT4 A; 5GJW B; 1NJI U; 4E7H A; 1WJQ A; 1K9M U; 2P84 A; 1EFN A; 4F7U F; 4L59 A; 1S72 T; 2P0Q A; 4RCC A; 2QTV A; 2A08 A; 5FU7 C; 5GAN j; 1HJD A; 1WYX A; 2OTJ Q; 1BI1 A; 4JS5 A; 1Q82 R; 2XDB A; 5LJ3 d; 4Y91 A; 2EKH A; 1MV3 A; 1WHJ A; 2BUD A; 2F69 A; 2NUP B; 1GCP A; 4C5G A; 4FW1 A; 4M78 B; 2MYS A; 3E19 A; 1AWJ A; 2XI9 A; 3JB9 H; 5LJ5 f; 1Q81 C; 1N27 A; 3EFO B; 3X24 B; 2DXB A; 2V26 A; 4PFO A; 1GRI A; 1WQ7 A; 1QP2 A; 1UUE A; 2CH4 W; 2B8A A; 2VGN A; 4LXC A; 1RAB B; 1M90 U; 1PHT A; 5CVI A; 1WLP B; 2JMA A; 4R55 A; 4JLI A; 3OBY A; 3PIP A; 2FVU A; 1QVG S; 2KRN A; 1EX4 A; 4M7A F; 3JB9 D; 2DAQ A; 2DL8 A; 2X4J A; 3MEU A; 2COZ A; 3M0S A; 2KXD A; 1W2B P; 2QAZ A; 3V7S A; 5HCK A; 2BE7 D; 2ZCF B; 1N6A A; 3JCM b; 4O6J A; 3EH2 A; 1VQ4 T; 1ABQ A; 1W6X A; 3KFV A; 2F2V A; 1GCQ A; 4PJO G; 1M27 C; 1M5Q 1; 1TTH B; 2O31 A; 8AT1 B; 1G3S A; 1K8A R; 4E47 A; 4JRQ A; 4QVD A; 4AFU C; 1IHW A; 5CK9 A; 3GPL A; 3CCR A; 3LW5 E; 1YBY A; 2JVV A; 2KRO A; 2ZPH B; 2LJ1 A; 4E7L A; 2RD1 A; 3MP6 A; 2AK5 A; 2FRW A; 1LJO A; 3CMA A; 3EGD A; 2F5T X; 4WCI A; 5FRM A; 1CKB A; 4C92 F; 4KH0 B; 4J9G A; 3RKW A; 4BB7 A; 4X34 A; 2PUO B; 3M54 A; 4FYY B; 3OYM A; 2FRY A; 2G6F X; 8ATC B; 2HZY A; 3WXM B; 1X01 A; 4M77 B; 1IRE B; 3E9F A; 4PK4 A; 4B9W A; 4ZGE B; 1IGU A; 4AG2 C; 4J7I A; 2FZC B; 2M16 A; 4ELZ C; 1E6G A; 1QVP A; 3GF5 A; 1NE8 A; 4J9C A; 5I21 A; 5GAO q; 4M7D G; 2VXF A; 3H41 A; 2EFI A; 3IQL A; 4EMK A; 4C5I A; 3OQ5 A; 4A54 A; 3JCM g; 1FYN A; 5CAI A; 2QTX A; 4ZN1 A; 3CBO A; 5C6S A; 1JEG A; 2L0A A; 3OW2 S; 3CXC S; 3PMT A; 4DBH A; 5IAY A; 4B6M A; 3CPW S; 4DA4 A; 1JQQ A; 3A8G B; 5LJ3 e; 4FYX B; 2RN8 A; 5GMK h; 5LJ5 d; 6AT1 B; 3EFR A; 1YIT A; 3DB4 A; 4E7Z A; 1RAG B; 1YJW T; 4Y92 A; 4Y28 E; 5GAN 6; 3JB9 G; 5GAM g; 2QYZ A; 2EBP A; 2R5M A; 1M1K U; 4K11 A; 4XTZ A; 2HCK A; 1YHQ A; 1VQK A; 3SWN A; 1PWT A; 3FLG A; 1JJ2 P; 3I5S A; 4FU6 A; 3CCR Q; 2MF2 A; 3EG3 A; 4MDW A; 4Z88 A; 3UA6 A; 2ED0 A; 2DE0 X; 3VJP A; 3TRE A; 3CMA Q; 3GIB A; 3G6E A; 2LRQ A; 1YJN T; 1UB4 A; 5FRN A; 1KC8 U; 1TOV A; 1UTI A; 5IHN A; 5A2Q E; 1WXT A; 2FHD A; 1VQ7 A; 1ZA1 B; 3CCE T; 4FIB A; 4JZ3 A; 2A0F B; 3CCV T; 3L2Q A; 1SPK A; 4KGX B; 4BDZ A; 2CP5 A; 1AD5 A; 4JJD A; 2KRS A; 4IIM A; 2LCC A; 1PKS A; 4PFP A; 1Q7Y U; 1YJ9 T; 1H8K A; 3FDR A; 4OMM A; 5CQX A; 2YT6 A; 1TH7 A; 5GAN 8; 1KD1 C; 5LL6 S; 3OYJ A; 2QEX A; 3PT9 A; 2VKN A; 1N8R R; 1Y07 A; 1K76 A; 2GQV A; 4M7D B; 2BZ8 A; 4N4G A; 3MEV A; 2YLB A; 4HCK A; 1YIT Q; 4M75 D; 2K7A A; 1BYM A; 4AFZ C; 1BCM A; 2RM4 A; 1YHQ Q; 2CZ7 B; 1VQK Q; 1KQS P; 3V8J A; 4KUI A; 1ZUU A; 4E2F B; 3CC7 T; 3H8Z A; 4N0A C; 2ROT A; 1Q81 R; 5GAO l; 4J8O A; 4ZTF A; 3TSZ A; 1K4U S; 3M4Y A; 1VQP T; 4FL6 A; 4UC4 A; 2HBP A; 4GLM A; 3UAT A; 1PRM C; 1T0H A; 4LNP A; 3M59 A; 4F7U B; 5CQY A; 4GBQ A; 3EGX B; 1I8F A; 4J7F A; 2KRM A; 5GMK i; 4A4F A; 1VQ7 Q; 1AZG B; 4M78 F; 1AWW A; 1VQM A; 2M0Y A; 4RTY A; 2RJF A; 1UJY A; 2AZS A; 5FWC A; 5LJ5 e; 2QGG A; 2RB6 A; 3G71 A; 3C94 A; 1K73 U; 3EHQ A; 3NPF A; 1QCO A; 2YHT A; 3URG A; 2CGH A; 2FPD A; 3PVQ A; 1UDL A; 2E6Z A; 2DXU A; 2DL5 A; 3O5Z A; 4M75 E; 2QEX Q; 4ORZ A; 1VQ5 T; 3PFS A; 4Z02 A; 5CIU A; 1U3O A; 1KFZ A; 2A3L A; 3I56 A; 1Y96 B; 2CRE A; 3I9Q A; 4JRK A; 2FYK A; 1RAF B; 3TVT A; 1PG5 B; 4JDS A; 1CKA A; 1N8R U; 4M7A B; 3LX7 A; 4BE0 A; 1TG0 A; 3V8K A; 1W2B A; 1WHH A; 2RHU A; 3M0U A; 1GFD A; 5GAO m; 1IZ6 A; 3VYG A; 2LMJ A; 1HYO A; 3QDF A; 2K79 A; 2E64 A; 1OX9 A; 1JRI A; 2RPN A; 4D8D A; 5A0D A; 3REB B; 4J6X A; 4RTV A; 1VQL A; 3OYC A; 2OTL T; 1Q81 U; 1PKT A; 1GXI E; 2M0O A; 2V8I A; 1M4Z A; 4IUQ A; 2L5Q A; 1Y71 A; 1D0Z A; 1NLP C; 1PCX A; 5AT1 B; 1BI2 A; 4NL3 A; 2D0Q B; 2XU8 A; 1VQM Q; 2DIL A; 1FMK A; 2QA4 A; 3HRT A; 3G71 Q; 4HCB A; 4J5Y A; 2L3P A; 1VQ9 A; 2LP5 A; 1QVF A; 1Y7X A; 2GFU A; 1NEB A; 5LJ3 j; 3R6N A; 3PVL A; 5KYN A; 4PL6 A; 4OMP A; 4OMO A; 2CUD A; 2HAX A; 4QQD A; 4ME7 A; 3M5A A; 1VQN A; 4EPC A; 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4XTW A; 4AFQ C; 2VXE A; 3CCL A; 1O75 A; 5GAN g; 3THK A; 4F14 A; 1A0N B; 4YTL A; 1FWZ A; 2CKK A; 3CC4 T; 2CZ0 B; 1ZX6 A; 1AHJ B; 1X75 C; 3S3M A; 5LJ5 j; 1RAE B; 1RAH B; 2BIV A; 5FW9 A; 3A98 A; 1D1A A; 1UE9 A; 3INZ A; 4EMK C; 1D3B B; 3TEE A; 4LDW A; 3CCQ A; 2KE9 A; 1KQS A; 3LWI A; 2J6O A; 4Z8A A; 3MKD A; 1QVF S; 4FT2 A; 1YHQ T; 2RQU A; 1YIJ Q; 5CKB A; 1G3W A; 2J05 A; 3H9N A; 4M77 E; 3SFM A; 3LWH A; 1WJS A; 3UT1 A; 1R0B G; 3EHR A; 2EAY A; 1NYG A; 2EIF A; 3O8V A; 4BY6 C; 3OYF A; 4PNO A; 2KBT A; 3UA7 A; 2DJZ A; 2K57 A; 3SWN C; 1QKX A; 1M8M A; 2XKO C; 3V8L A; 1VQ6 T; 2H3J A; 4RTZ A; 2AKL A; 1KD1 U; 1M2V A; 1RUW A; 4PLI A; 4OP0 A; 1YCS B; 3G6E T; 1MMG A; 2RHX A; 4OMF B; 1BBZ A; 2K5L A; 1D0Y A; 1G3T A; 2EQI A; 2K2M A; 5J39 A; 3ER0 A; 1IHV A; 1MV0 B; 4OML A; 2ATC B; 1V29 B; 1WGS A; 5KE3 A; 4HCC A; 3VS7 A; 1PSF A; 3M55 A; 4HKE A; 3MP8 A; 2EYZ A; 5GMK e; 1VA7 A; 3CME A; 2WAC A; 3PMI A; 1KK7 A; 4M75 C; 3RMS A; 4Z89 A; 5DM7 R; 3SEM A; 1W4S A; 1AEY A; 2JN0 A; 2RMO A; 3CCL Q; 2KXC A; 2NWM A; 1NZ9 A; 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