4WQ4C

E. coli ygjd(e12a)-yeaz heterodimer in complex with atp
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
229
structure length
229
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNDGTVNAHFELCPREHTQRILPMVQDILTTSGTSLTDINALAYGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGAELPMIGVSTLMTMAQGAWRKNGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDENGIWHGEETEAVLKPEIVHERMQQLSGEWVTVGTGWQAWPDLGKESGLVLRDGEVLLPAAEDMLPIACQMFAEGKTVAVEHAEPVYLRNNVAWKKLPG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 72
structure length 229
sequence length 229
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq4C01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq4C02
2V7YA 3BEXA 5KPRA 3D7EO 3H1VX 2YJEA 1NGHA 5CE3A 4H03B 4CZEA 4B1VA 1ZC6A 3H6EA 4CZGA 4DCHA 3D2FB 3MK6A 4JHDB 4WQ4A 3C0BA 3FR0A 1YVNA 2E2NA 3WXIA 4PL8A 3A5MC 4JD2A 3WXJA 3VEZA 4PL7A 1NGIA 1JCFA 1HKBA 5FPEA 2A40A 2ZGYA 3DXKB 5F0XA 3ID8A 2OANA 2AP1A 2QWNA 2ZWHA 5F1XA 5AQSA 4H0PA 1U2VA 3M1FA 3SLCA 3SMPA 5AFUA 4GY2B 1IJJA 2QWQA 3I33A 3CERA 3MCPA 3ZETB 1ZBSA 3BF3A 1NBWA 1Q18A 4CZJA 5B8HA 2IVPA 2CH6A 3H3NO 4H0XB 1TYQB 4BRIA 1J6ZA 1X3NA 4NB4A 3LDPA 4H0TB 5AQUA 4H5RA 3FFKB 4M7XA 2Q0RA 1TUUA 4FWKA 4B1UB 3MN9A 2HOEA 2D4WA 4A2BA 4H5NA 4BQZA 1BA1A 1NGAA 1NMDA 5KPTA 5ADXA 4CBXA 5AQZA 2FF6A 1K8KA 2BTFA 3LL3A 4YDUC 4BGBA 3QB0A 4CZKA 5AQMA 3WQUA 1NGBA 3CI5A 3U8XA 3DXMB 3ULEB 2J4RA 5AQKA 2P9PB 2H3GX 1NLVA 3R9PA 1Z05A 2P9SA 3KHYA 2GTDA 5BN9A 2IVNA 3VEOA 2QWRA 2F9TA 4XH5A 1G99A 5AQRA 1E4GT 2E88A 5KPZA 4IJNA 5BRHA 3UKRB 3G25A 1KAYA 2VCPA 4B1ZA 1XQSC 2E1ZA 1OKJA 4CBWA 2W41A 1NGFA 3EN9A 2GELA 2P9LB 3GBTA 4EAHD 3WXKA 2E20A 3D2FA 3SK3A 4JHDA 4XEIA 4BRPA 5AQVA 5FPMA 4DQ8A 4GNIA 1DGKN 3O5BA 3CJ7A 1HPMA 3BF1A 4FWRA 3A5OC 4H5WA 3WT0A 5JLFA 3VPZA 1QZ5A 3CIPA 3L4IA 3DXKA 3R6MA 4O8KA 4BG9A 4BR7A 5ADXH 4QS8A 4I6MB 1GLAG 2YHYA 1NGDA 1NM1A 4CBUA 1NGGA 3L0QA 2YHXA 4B1YB 4WQ5A 3ZETA 1ATSA 3WXLA 1QQMA 2P9NB 3VESA 2P9UB 4EFHA 5AZIB 4ISFA 1NGJA 3CJ9A 1IG8A 1TYQA 4BC5A 1YUWA 3GL1A 4F9OA 5AQHA 4QS7A 3B8AX 5BR9A 4JNEA 3O4WA 4DHYA 4BR4A 1NWKA 4BVOA 1MDUB 1HKCA 2P9IB 4M7YA 1H1VA 2CGLA 4NO7A 4C23A 4K25A 2A3ZA 5BPLA 3U9DA 1GLDG 2I7NA 2E2QA 1QQNA 3BP8A 3FZLA 1BO5O 3LM9A 3R8EA 3DAWA 3UE5A 1S22A 1RGIA 3DXMA 3ULEA 4BRFA 2P9PA 4FO0A 5LY3A 3CJBA 5AQLA 1YAGA 2QWPA 4K43A 5AZJB 3DWLA 4CZMA 2GUPA 1HX1A 3CJAA 3S41A 2ASMA 4FWNA 3BUZB 1JCEA 3F9MA 2YI1A 3UKRA 3UKUB 3VERA 1SQKA 5AQTA 4J8FA 4WQ4C 4BG8A 2P9LA 3QICA 2QM1A 4B1WB 2W40A 1U6ZA 2ZGZA 3IFRA 3DJCA 3VGKA 4FWOA 4BRGA 4BRHA 5AQIA 3AARA 3A8YA 5EX5A 3LDQA 3AAPA 2CH5A 3ZEUB 4CJ7A 5LJVA 4LC9B 2GEMA 4IWVA 3TU5A 4I6MA 4CZFA 3U9ZA 4BC4A 3VGLA 4Y0WA 3HM8A 2Q97A 3CQYA 1KAZA 2V52B 3O1BA 2E2PA 1HLUA 2EWSA 4FWLA 2NRHA 3IUCA 3EKSA 4CI6A 1X9JA 4WYBA 3WEEB 4EHUA 3U4LA 3O6WA 2P9NA 2P9UA 3M3ZA 5AZIA 2IVOA 5FPDA 5BN8A 2WUSA 3QBXA 4HTLA 1BOTO 2PBDA 1C0FA 2FSNA 3P4IA 3HTVA 3MN5A 5AFUH 3SMSA 5KQDA 1KAXA 4M63C 1V4TA 3FLCO 3H3OB 4H5TA 2GWKA 3VGMA 2I7PA 4FWQA 3O8MA 4PKHA 1MWKA 1P8ZA 1DEJA 4ISEA 4L3QA 2FSKA 2P9IA 3H46O 3D2EB 1YXQA 3QFUA 5AQWA 4BVPA 1S3XA 1V4SA 4FWSA 4BRDA 4EHTA 3MN7A 4IZ9A 2AA4A 5BPMA 4CZIA 1BG3A 3RSEB 2FXUA 2PAVA 5AQGA 1QQOA 2YHWA 1SAZA 1GLCG 4BGAA 1X3MA 5E84A 2D0PA 5AZJA 1BWFO 5BPNA 5EXWA 1D4XA 3A0IX 4O5FA 3M6GA 5JICA 2F9WA 3QBWA 3UB5A 5JLHA 4CD1A 4B1XB 3VEYA 3UKUA 3A5LC 5AQYA 4CZHA 1NGCA 3ZX3A 4CZLA 3MN6A 3ENHA 1MWMA 2D1KA 2KHOA 5LJWA 5TKYA 3ZEUA 2FF3B 3EKUA 1CZAN 2DPNA 3TPQA 4FWPA 3CJ1A 1MA9B 3FGUA 3FZMA 5AQPA 4FPAA 2E8AA 5F2RA 3C7NB 2FSJA 2BUPA 4WQ5C 3VF4A 3GE1A 1BU6O 3VF6A 5I9EB 3WEEA 3HZ6A 1WOQA 1RFQA 2A42A 3FE1A 4E1JA 1E4FT 3OHRA 5BREA 4FL9A 3QDKA 4XH1A 4MLHA 2A5XA 3WQTA 2HF4A 3L6QA 4AM6A 3HBTA 4IO8A 2QW9A 5AQOA 2Q2RA 1XUPO 2A6AA 3J8AA 2VWBA 4B9QA 2CGKA 3KZBA 1GLBG 5E26A 1LCUA 4FPBA 3FZHA 1RDWX 3D2EA 3QFPA 4BRCA 4PKGA 3VF2A 2YCHA 2YJFA 2QWOA 3VETA 2Q36A 4DB3A 3SJHA 2QXLA 3GDQA 5AQFA 1Z6RA 3ENOA 4FWMA 5ELZA 3RSEA 4BR2A 1ZXOA 3VENA 5JMVA 1HJOA 3O80A 1T44A 4BR0A 3LDNA 1HKGA 2ITMA 4MO4A 2ASOA 3H45C 3I8BA 2VYPA 2GWJA 1Y64A 2P9KB 1KXPA 3AAQA 3MDQA 1GLJO 4EIAA 3W3DA 5AQNA 4A62A 1GLFO 4H5VA 1BDGA 4BROA 3O08A 3GG4A 3HI0A 3AY9A 4YDUA 3VOVA 3LM2A 3QMLA 1JCGA 4AM7A 3MMVA 4BQLA 2Q0UA 4PKIA 4FSVA 4BRMA 1SZ2A 3W0LA 3IMXA 3KVGA 1EQYA 5FPNA 3O1WA 4BRAA 4BRKA 3LDLA 4BR5A 5KQ8A 3EZWA 4RWTA 2E2OA 4BC3A 4ISGA 2UYTA 3C7NA 3JS6A 2HF3A 4BRQA 4JN4A 1QZ6A 5BRDA 4JD2B 1GLLO 1NGEA 2ASPA 3FZFA 3GOIA 4MLEA 4RTFD 1ATNA 2NZTA 3IDHA 4IJAA 3WUHA 3ATVA 5EY4A 3A5NC 2V7ZA 5AR0A 4MO5A 5AQQA 1TUYA 4RCHA 4K42A 3VEXA 4K41A 3CETA 4BC2A 1T6CA 1LOTB 1U2VB 2E1YA 2D0OA 3ZX0A 3VEWA 1HUXA 3CQXA 5AQXA 2IIRA 4KBOA 1ESVA 3FZKA 4CD3A 3EL2A 4BRLA 4BR9A 3HSCA 4FOEA 4HWIA 2CGJA 1C0GA 3JXUA 4BRNA 4JAXA 3CHWA 4QS9A 1BA0A 2NLXA 5EVZA 3VEVA 4Z94A 3LDOA 1DKGD 4FOIA 3CJCA 3ZX2A 1WUAA 3ATUA 2HMPA 4BREA 2QWLA 1T6DA 2P9KA 1R59O 1K8KB 1ATRA 4XH4A 2A41A 1BUPA 4A2AA 2ZF5O 4IXCA 1QHAA 4H0OA 2FLOA 2QWMA 5EOYA 4A61A 4H0YB 5BRFA 2P9SB 1GLEG 2Q31A 3H1QA 1XC3A 2V51B 3EO3A 4H0VB 2Q1NA 5AQJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DYAA 3SQ1A 2V7YA 4BE1A 4GKKK 5DM6L 3OYIA 3H6EA 1TL3A 4KKOA 4N41A 4WQ4A 4DTPA 3P83D 4O0IA 1UA1A 4PL8A 4JD2A 5LL6Z 4GKJK 3WXJA 3KJVA 1JCFA 2VGMA 2AP1A 2IGIA 4LF4K 3SLCA 1QSSA 3MCPA 5DK5A 1XHZA 1ZBSA 1YIJN 4CZJA 2IVPA 3WNFA 3H3NO 4IBNA 1TYQB 4FZZA 3O4NA 3CD6N 1J5EK 3D0PA 4NB4A 3CF5L 2Q0RA 4CHNA 3MN9A 3T1HK 1REVA 2D4WA 4RW9A 5CHIA 4C8OA 1HNVA 1NGAA 1Z25A 4OPJA 5AQZA 2FF6A 1D9DA 1K8KA 2BTFA 1RCHA 3LL3A 4CW7B 1VSDA 3QB0A 5AQMA 3SUOA 3ULEB 2J4RA 3WNEA 1S9EA 1TK5A 1Z05A 5BN9A 4OX9K 3VEOA 1DT9A 1G99A 4M3ZA 5KPZA 4IJNA 3KK2A 3CCSN 3AO5A 1KAYA 1P90A 4B1ZA 1XQSC 1VSLA 4LF8K 1NGFA 2GELA 3EN9A 2P9LB 3CCEN 1YF5L 1N6QA 2E20A 4CGDA 4DQ8A 5FPMA 1NK5A 4GV3A 3BZKA 4GNIA 3WNHA 4FWRA 4H5WA 4DTJA 3VPZA 1QZ5A 4DR6K 1VQKN 3DXKA 4O8KA 4BR7A 2HW3A 1SL0A 4I6MB 3AO2A 3OS1A 4KI4A 2NRVA 4LFCK 3SAHA 3PY8A 1JXBA 2O8DA 1QQMA 3DLLL 2ZM6K 4EFHA 3CCLN 4HCBA 1TAQA 1YUWA 4F9OA 5HL7L 4QS7A 1XI1A 4BWMA 4I2QA 3O4WA 1Z26A 4B9MA 3OS2A 4BR4A 4C1NI 1BQNA 1X1PA 2WOMA 5JS2A 2YNFA 4C23A 4K25A 1NK6A 3VQPA 4CVNE 2HHSA 2I5JA 2E2QA 1T7PA 3PO5A 1IG9A 5M1QA 1VHXA 3DAWA 3AVJA 1C0TA 4FO0A 3TR8A 1U4BA 3CJBA 2Z1HA 3LWMA 2GUPA 4RG8A 1HX1A 3CJAA 3S41A 5IT9O 1VQ7N 4W5OA 3UKRA 3UKUB 4J8FA 3RMDA 3U6FA 3DI6A 4BG8A 1RDCA 2W40A 1U6ZA 3NGZA 2E5LK 2ZGZA 3O9TA 4AHRA 1HPZA 4BRHA 5EX5A 4DR1K 3ZT3A 2YKNA 3SQ4A 3LP3A 3ZEUB 1DLOA 2RN2A 1JLQA 2P51A 4LC9B 1TKZA 4IWVA 2FBXA 3TU5A 1OH6A 4K0KK 2HBKA 3LALA 4BC4A 4Y0WA 4FVMA 2Q97A 3L3VA 2E2PA 4K8ZA 5M1OA 3EY1A 3VQQA 1K9MO 3U4LA 3WNGA 2HHVA 1C6VA 1RBTA 5BN8A 3QBXA 1VQLN 1C0FA 2FSNA 3P4IA 3SMSA 4M63C 1HJRA 4H5TA 4DS5A 4JI6K 4DS4A 3KKSA 2F8TA 3S3MA 3O8MA 4CJPA 2FSKA 1S5JA 2P9IA 4ILJA 3TANA 4BVPA 4DF8A 4KPYA 4IOAL 1S3XA 4FWSA 1SKWA 3A2FA 3QINA 4OVLA 2Q3SA 4CZIA 1BG3A 3RSEB 3I55N 1VQ4N 2PAVA 2D0CA 4TSXA 4FLUA 1IV0A 3MXJA 3AVBA 1U47A 5KTQA 3VA3A 3OW2M 3CM6A 1IKYA 3TAEA 1RT3A 1U48A 3MCAB 4CD1A 4B1XB 3VEYA 5C10A 4KRFA 2KZMA 4KH4A 4CEOA 3THWA 4LF6K 1LW2A 3ULDA 3T69A 3VTHA 1LWFA 1MWMA 2KHOA 3OYNA 4B8CA 2RPIA 1SL1A 3EKUA 4KAZA 2DPNA 4FWPA 4JI4K 3FZMA 4DWIA 1LV5A 4DU4A 4FPAA 4HTUA 2UXDK 3C7NB 1XMOK 1I3AA 3I8DA 3VF4A 3OA9A 3VF6A 3NMUA 3WEEA 1S1TA 1WNSA 1TV6A 2A42A 3O9QA 1VQPN 5BREA 4FL9A 2PYJA 3QDKA 2XY8A 1JL1A 5M1PA 3NF8A 3ALYA 3L6QA 4IO8A 1XUPO 4FJ8A 3J8AA 3KZBA 5HRNA 1C1BA 4AHSA 2G8HA 5J2MA 4CEFA 3FZHA 1VQ8N 4BRCA 4PKGA 3SAFA 1RTHA 3K0SA 2FC0A 3GDQA 3TARA 1VSEA 4Z4EA 4N56A 5ELZA 1Q7YO 3D6RA 4B3SK 1HJOA 4K8XA 3HOSA 3CCVN 1RT2A 4JKCA 1FJGK 4JI3K 5GIPA 4BE2A 2ASOA 5J1EA 2E6MA 2VYPA 4CHYA 1RILA 1Q86O 1GLJO 4A62A 3ZSOA 1BISA 2BANA 3OYFA 3DRPA 1BDGA 4YDUA 2HNZA 4CHZA 3VOVA 4M3WA 3LM2A 1TL1A 3F9KA 4BQLA 3EYZA 1QQCA 3K9KA 4PKIA 4FSVA 4FJLA 4OO1J 1IBMK 3ZSYA 3CC4N 4BRAA 3C6UA 1VQ6N 2DFEA 1HYZA 2UYTA 2GX9A 4BRQA 1G15A 3RRGA 4JD2B 4M3RA 4BE0A 3FZFA 4DQRA 5HRSA 3PIOL 3VQCA 4M45A 4FZYA 4MLEA 4RTFD 1ATNA 1VK0A 3ATVA 1BQMA 4JK9A 2HHUA 1RDDA 4G1QA 1FK9A 4DU3A 3PX4A 1LW0A 3VEXA 3CETA 2VWJA 1L3UA 2E1YA 3ZX0A 4LY7A 3SCXA 1I39A 3NBPA 3FZKA 4IEEA 3EL2A 4BRLA 1KQSM 1RT4A 4M41A 3JXUA 4I9LA 4M3YA 4CJVA 4JAXA 3CHWA 4B9UA 3C65A 4M3UA 2ZD1A 3LDOA 2HNDA 2LSNA 3CJCA 2HBJA 3G10A 1T8EA 3ZX2A 1WUAA 1S1VA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3CJ1 A;  3O3H A;  3FGU A;  2KZZ A;  3AVG A;  3IG1 A;  5F2R A;  4JV5 K;  3CCR N;  3NH2 A;  3SQ0 A;  4FJ7 A;  4CK2 A;  2BUP A;  4WQ5 C;  4DSI A;  3ZT0 A;  2W42 A;  2ATQ A;  3LAK A;  3V9X A;  3HPG A;  1L3V A;  3HZ6 A;  3FE1 A;  2RKI A;  1D8Y A;  1RBU A;  3RWU A;  4MLH A;  2NUB A;  2QI2 A;  3KWG A;  4DV4 K;  5AQO A;  2Q2R A;  4CK3 A;  1QE1 A;  1TKT A;  1BCO A;  4PHT X;  4CJK A;  3HO1 A;  5E26 A;  1LAW A;  1LCU A;  4FPB A;  5CZ1 A;  2JGU A;  4XIU A;  1RDW X;  3H08 A;  3G6E N;  5HRR A;  2YJF A;  3HPO A;  3VET A;  3CC2 N;  1KVB A;  4DB3 A;  3SJH A;  1RT5 A;  2QXL A;  4Z4H A;  3SBG A;  3ENO A;  4FWM A;  3RSE A;  3MXM A;  1EXQ A;  3S3O A;  2HHH K;  4JI2 K;  1T44 A;  3TSP A;  4CK1 A;  3NDK A;  2ZJQ L;  1HKG A;  4KHW A;  3K2P A;  3QEX A;  3I8B A;  2GWJ A;  1KXP A;  3RR8 A;  3MDQ A;  1EX4 A;  4EIA A;  2UUB K;  3L8B A;  1JJ2 M;  1GLF O;  4BRO A;  3HI0 A;  3QML A;  1WSH A;  4OGC A;  4AM7 A;  4KI6 A;  2NRR A;  3IRX A;  3NH0 A;  3ITH A;  3ZSW A;  1SZ2 A;  3IMX A;  4CIF A;  3O1W A;  4BRK A;  3HL8 A;  3MAQ A;  5J2P A;  4BR5 A;  2ZJR L;  1VSJ A;  4BC3 A;  1NK7 A;  1QVF M;  4FJM A;  1W0H A;  3C7N A;  1ZBL A;  4JN4 A;  3E9O A;  4E0D A;  1QZ6 A;  3K5L A;  1NJZ A;  4Y1C A;  3J80 O;  4LF5 K;  3IDH A;  3KK1 A;  4IJA A;  4DFP A;  2FBY A;  3OJU A;  1Q9Y A;  3DMJ A;  5AQQ A;  3M8S A;  5C24 A;  1UA0 A;  1WAF A;  3OYJ A;  1JLF A;  4K41 A;  3BGR A;  1T6C A;  1U2V B;  3HP9 A;  2D0O A;  1SL2 A;  3I0R A;  3B6O A;  5AQX A;  4KBO A;  3QEP A;  4BR9 A;  4CFA A;  3HSC A;  1X9W A;  3AVM A;  2IDO A;  1Q8I A;  4E1N A;  1WAJ A;  3F2K A;  4QS9 A;  4KTZ A;  3QLH A;  4ID1 A;  1BA0 A;  2F4V K;  4WFA L;  3V9S A;  3V9W A;  3EZ5 A;  3MEG A;  3VEV A;  3G0Z A;  4HUE A;  5TKW A;  3S9H A;  3SQ2 A;  5KI6 A;  3ATU A;  2HMP A;  4UY8 O;  4DV7 K;  1BCM A;  1R59 O;  1ATR A;  4XH4 A;  1BUP A;  4DSF A;  1QHA A;  4H0O A;  2FBV A;  5EOY A;  5K14 A;  1GLE G;  3H1Q A;  2V51 B;  3EO3 A;  2VGN A;  5KRS A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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