4WQ5C

Ygjd(v85e)-yeaz heterodimer in complex with atp
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
228
structure length
226
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNDGTVNAHFELCPREHTQRILPMVQDILTTSGTSLTDINALAYGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGAELPMIGVSTLMTMAQGAWRKNGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDENGIWHGEETEAVLKPEIVHERMQQLSGEWVTVGTGWQAWPDLGKESGLVLRDGEVLLPAAEDMLPIACQMFAEGKTVAVEHAEPVYLRNNWKKLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 71
structure length 226
sequence length 228
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq5C01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq5C02
3CQYA 2FLOA 1QZ6A 3A5NC 3MDQA 2H3GX 3ENOA 3FE1A 3LDQA 3HBTA 2BUPA 3QBWA 5ADXH 3WUHA 2F9WA 3O6WA 5AQMA 3M3ZA 1U2VB 4K42A 4DCHA 4GY2B 2E1ZA 1MWKA 1Z05A 4JAXA 5AQRA 3LL3A 1V4TA 1K8KB 5AQXA 4BG8A 4BRQA 2P9SB 3L6QA 3VF6A 3VPZA 3I33A 2A5XA 4JHDA 2P9KB 1E4FT 1BA1A 2FF3B 3O1BA 5AQWA 4EHTA 1E4GT 3WXKA 1HX1A 2CH6A 1C0GA 1EQYA 5AQGA 4CZIA 4FWOA 1BDGA 4JN4A 4PKIA 3VEWA 4BRAA 1TUYA 4EHUA 3WEEB 1J6ZA 5ADXA 2NLXA 5BN8A 3A5OC 4PKGA 3WXIA 2ZF5O 4FWLA 4FOIA 4K41A 2VWBA 3D7EO 1IG8A 2CGKA 2ZGZA 3P4IA 4M7YA 4BRFA 2YHWA 3FR0A 1HJOA 2P9LB 4CBWA 3U9DA 3C7NA 3QB0A 2UYTA 5BRFA 2J4RA 3CJ9A 3VGKA 4HWIA 5BRDA 3QMLA 1JCFA 2A42A 2ZGYA 1NMDA 4C23A 4CZLA 1C0FA 2P9NA 1Q18A 5E84A 1NBWA 1QQOA 5AQHA 4B1ZA 4BREA 1NGEA 3VEYA 4O8KA 4AM6A 4IXCA 4Z94A 1YXQA 3MN7A 3JXUA 1HKCA 3A5MC 3VGLA 1SAZA 3H45C 3D2EB 2E2QA 3LDLA 3FZFA 3WT0A 4FPAA 5BPMA 3SK3A 3U9ZA 5FPMA 4NB4A 2A40A 4B9QA 5LJVA 1NGFA 4CBUA 4EFHA 4MO5A 4BG9A 3DWLA 1YVNA 4HTLA 2GEMA 4YDUC 3VETA 3ZEUA 1ZXOA 2ASMA 4BR0A 3TPQA 3ZX0A 5F0XA 1SQKA 2CGJA 3QICA 3VENA 1MA9B 5BPLA 4FWSA 2QW9A 1WUAA 2YHYA 1ATRA 3UKRB 2V7ZA 5AQQA 4CZGA 4WYBA 4EIAA 4CD1A 4CZMA 2FXUA 3W0LA 2CH5A 2YI1A 4H0TB 4ISEA 4RTFD 4BRLA 3IUCA 3CJAA 2GELA 2E2PA 2NRHA 2QWRA 1V4SA 2FSKA 1X9JA 2QWMA 3EKSA 5BN9A 2I7PA 3ZETA 3VEVA 4KBOA 2DPNA 3L0QA 5E26A 4AM7A 4K43A 1XUPO 1X3MA 4JD2A 1XQSC 4CZHA 2FSJA 2IIRA 4WQ5C 4BVPA 2E2OA 1S3XA 3EKUA 4IWVA 2OANA 1NGHA 2P9PA 3VESA 3HI0A 3CI5A 1KAXA 5EX5A 3AAPA 1ATNA 2FF6A 4H0OA 4IZ9A 2P9IA 4XEIA 3UKUA 5AQLA 3VGMA 4BR4A 5CE3A 1BOTO 3TU5A 1QQMA 3WXLA 3DXMA 5AQFA 2E1YA 3H46O 2E8AA 2PBDA 4JHDB 5AZIA 3CJ7A 4H5TA 4IJAA 1X3NA 3O8MA 3EL2A 1QQNA 4FOEA 4B1WB 1GLAG 1WOQA 2IVPA 4H5NA 2ASOA 5AQVA 3H3NO 2NZTA 1ATSA 2W40A 4FWRA 2ASPA 3ULEB 3B8AX 4IJNA 3IDHA 1NWKA 3EN9A 1ZC6A 3CQXA 5AR0A 1NGIA 3MMVA 2VYPA 4CD3A 1S22A 3QBXA 4CZJA 1JCGA 1R59O 4I6MA 4FWNA 1KAZA 2YJEA 5KPRA 4FO0A 4H0VB 3FFKB 2A3ZA 3C7NB 3J8AA 2YJFA 3WQTA 1HLUA 4B1YB 3DXKA 5AQZA 4BRIA 3LDPA 3MN5A 3O1WA 2Q31A 3LM2A 2P9UA 5BPNA 1RFQA 2P9NB 3DAWA 1ESVA 1Y64A 1G99A 2E88A 4M7XA 4QS7A 3KZBA 1BA0A 3BP8A 1TUUA 4A2AA 4XH5A 4BC2A 4BRNA 1KAYA 2D0PA 1TYQA 4H03B 4H0XB 5TKYA 4CJ7A 2YHXA 1OKJA 2HOEA 3DJCA 4FPBA 4FWPA 3S41A 3VEXA 5AQKA 5EOYA 4BR9A 2BTFA 4FL9A 4H0PA 3A8YA 4B1UB 4PL7A 4K25A 3LDNA 3LDOA 1GLJO 1RGIA 3R8EA 1LCUA 5KQDA 4O5FA 1GLFO 4WQ4C 5AZJA 4FSVA 3RSEA 1T44A 3ZEUB 1MDUB 4E1JA 1DGKN 2EWSA 4FWKA 2GWJA 2V7YA 5FPEA 5BR9A 3SMPA 1U6ZA 2QM1A 2AA4A 3OHRA 2E20A 3WQUA 4BVOA 1HPMA 2HF3A 3D2FA 3H6EA 5FPDA 1BWFO 4BR2A 5JICA 4IO8A 3CJBA 3C0BA 1HUXA 4QS9A 4CBXA 2Q0UA 4F9OA 2IVNA 2HF4A 3VEOA 4XH1A 5AQPA 2QXLA 5AQNA 4B1VA 3IMXA 3VF2A 1IJJA 3FZKA 1GLEG 3ENHA 2F9TA 4YDUA 1NGBA 2QWNA 3LM9A 4MLEA 4ISGA 2Q36A 3L4IA 5AQIA 5AQJA 4DQ8A 4BC5A 3AAQA 3ZETB 5BRHA 4ISFA 4RWTA 3FLCO 5F1XA 3FGUA 3CJCA 4BR7A 3BUZB 3HSCA 4JD2B 2Q97A 5F2RA 3CJ1A 3EO3A 3BF3A 4BRHA 1U2VA 4BQZA 3CHWA 5AQSA 4PL8A 2P9PB 5LJWA 3UB5A 1K8KA 3VERA 2A41A 4QS8A 2P9SA 2P9IB 3UKUB 3SLCA 1NGCA 3GDQA 3H3OB 4BGBA 1YUWA 3ID8A 2P9KA 1XC3A 3QFUA 1GLBG 3MCPA 3AY9A 3I8BA 4DHYA 3DXMB 2QWQA 1ZBSA 1QZ5A 3HM8A 2GUPA 3MN9A 1RDWX 3WEEA 5AZIB 1SZ2A 4XH4A 3ATVA 3M6GA 2GWKA 3UE5A 4WQ5A 3GE1A 3WXJA 1NGAA 3ZX3A 5JMVA 3BEXA 5EXWA 5AQTA 2E2NA 3FZLA 1P8ZA 3M1FA 3ULEA 3GOIA 4B1XB 5JLFA 2Q2RA 2WUSA 2D0OA 1GLCG 2P9LA 4FWQA 3CIPA 1BU6O 1DKGD 4J8FA 3CETA 1BG3A 3GBTA 4A62A 5EY4A 3MK6A 2YCHA 3ZX2A 1HKBA 3HTVA 5I9EB 2FSNA 1QHAA 1T6CA 3SJHA 4I6MB 5KQ8A 1D4XA 2I7NA 2A6AA 1GLDG 2AP1A 4BRGA 1NM1A 2HMPA 4BRDA 4DB3A 5B8HA 4CI6A 1T6DA 3IFRA 3DXKB 1LOTB 5KPZA 4Y0WA 2D4WA 4MO4A 2P9UB 2ZWHA 4H5WA 2QWOA 3O5BA 4LC9B 1GLLO 1BUPA 3ATUA 4MLHA 3D2EA 3O08A 5AFUH 1NGJA 4EAHD 1BO5O 2IVOA 5KPTA 3GL1A 4BR5A 1CZAN 2Q0RA 3O4WA 4BRMA 1TYQB 5JLHA 5AQOA 2CGLA 4H5RA 5AQUA 4GNIA 4RCHA 2Q1NA 3G25A 3QDKA 3U8XA 3H1VX 1YAGA 2D1KA 4CZKA 5ELZA 4BGAA 4A2BA 1NGGA 3HZ6A 3KVGA 4BROA 3R6MA 1DEJA 2V52B 3O80A 1NGDA 5AZJB 5AFUA 2PAVA 3AARA 3RSEB 3UKRA 2KHOA 1NLVA 3QFPA 3CERA 3FZMA 4BC4A 4H0YB 2ITMA 3A0IX 3A5LC 2VCPA 5AQYA 3KHYA 4A61A 4PKHA 3D2FB 3BF1A 4NO7A 3VEZA 3W3DA 2QWPA 2GTDA 1MWMA 3SMSA 4CZFA 4BRCA 4CZEA 4BC3A 3MN6A 5BREA 3H1QA 5EVZA 4BQLA 1HKGA 1KXPA 3F9MA 4BRKA 4BRPA 4M63C 3VOVA 4L3QA 5LY3A 4WQ4A 3U4LA 3R9PA 2W41A 4FWMA 1H1VA 5FPNA 2V51B 3FZHA 3VF4A 1Z6RA 2QWLA 3JS6A 3EZWA 4JNEA 4H5VA 3GG4A 1JCEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4J2AA 4JRPA 1J5EK 3ZT3A 2KTQA 4DR2K 4HCCA 1Q82O 2YX6A 1BQNA 5ADXH 3WUHA 2F9WA 3O6WA 5AQMA 3RR7A 2E1ZA 1L3VA 1Z05A 3TAMA 3ZCMA 4LF4K 1K8KB 4BG8A 2OPPA 2UXCK 1JLQA 3WNGA 3SBTA 1FXXA 3ZLJA 1C1CA 3S3OA 4KB1A 3P38A 3V9SA 4JV5K 1O13A 3TANA 1IBKK 2CH6A 1EQYA 4JI8K 3VEWA 2WONA 4FM0A 1QQCA 1J6ZA 5ADXA 3A5OC 4PKGA 1KCFA 4K41A 4CHPA 4ILGB 1VSJA 3LDSA 3KWIA 4H4OA 3L3VA 4FK2A 4HUGA 1HJOA 1QVGM 3U9DA 1WSGA 3C7NA 3QB0A 4XIUA 4UY8O 3ZYYX 1JCFA 5MLCQ 1NMDA 4CJFA 1S1WA 2VWJA 3QEWA 1MU2A 5HOOA 4G9ZA 2OPRA 4BWJA 4B1ZA 3ZSRA 3VQ4A 1NGEA 4CHZA 1LWFA 1EKEA 4O8KA 1N33K 3OYNA 3T1AA 4LSLA 1ZBLA 1QSYA 1X1PA 1VRTA 3QLHA 4CEQA 1A5XA 3VGLA 1SAZA 5C2DA 3D2EB 2D0CA 1OVYA 3NFAA 2A40A 4LSNA 5J1EA 1L3UA 4ZTJA 4BDZA 3A2FA 4NYNA 1NGFA 2P1JA 4DSEA 4I7FA 3AVKA 3ZT0A 3DWLA 2IC3A 3HOTA 2GEMA 4YDUC 4DSKA 1ZBIA 5F0XA 3KWGA 3MX5A 2ZJQL 1QVFM 3TSPA 1RT3A 4DLGA 3UKRB 2V7ZA 4CF1A 1QTMA 3DLBA 4CD1A 2CH5A 1KVAA 4DQRA 2YI1A 4ISEA 3AGRA 3MAQA 2NRZA 4DV3K 3CCEN 4O8UA 2NRHA 2QWRA 4ZHRA 3AO5A 4Y1DA 1BISA 2FSKA 4IDKA 3VQ9A 1WBDA 2AJQA 4JS4A 3HT3A 1XUPO 1VQNN 3OYIA 4CZHA 1WNSA 2FSJA 3MEDA 4R79A 1ZYQA 4KH6A 1S3XA 3EKUA 3R3LA 2IOCA 3TTDA 1NGHA 2ETJA 1X9WA 3CI5A 1RDCA 3AAPA 3HJFA 4IZ9A 4JI3K 4OX9K 3UKUA 3M8QA 4DV0K 2NRTA 3SYZA 2KQ2A 3M8RA 4GVMA 3TU5A 1QQMA 4KHPK 2PFUA 3VTHA 1DTTA 3H46O 4CGJA 1TVRA 4JHDB 3CJ7A 2OYQA 3O8MA 1OH7A 1QQNA 4CW7B 4FOEA 1GLAG 1WOQA 3CFOA 4M3UA 3AO4A 4RW7A 2NZTA 2W40A 4J2DA 3IDHA 3RVCA 1RBVA 1UWBA 3CCVN 3THWA 2KW4A 3FFIA 5C24A 2VYPA 4CD3A 1S22A 1S1XA 3QO9A 2X74A 4I6MA 3THXB 3H08A 1LW0A 3LP1A 4ICLA 2YJFA 3THYA 3WQTA 3AO1A 4DU1A 1SUQA 3L3UA 5AQZA 3MN5A 4CK3A 1L3TA 5BPNA 1GOAA 1S1VA 1RFQA 4N41A 1ESVA 5FRNA 3CM5A 4M42A 4FJMA 4DV4K 1BA0A 3KJVA 4A2AA 1JJ2M 2HVIA 1KAYA 1CXUA 1EO1A 2HOEA 1EETA 3VQ6A 1I39A 3S41A 3K5LA 3A8YA 4B1UB 4OO1J 3O9QA 1VRUA 1LCUA 4DFKA 3ZSYA 5KQDA 5HLFA 3JSMA 1C0MA 1GLFO 1XC9A 1N36K 4CFBA 4OPKA 5AZJA 4FSVA 1KVBA 2D0BA 4E1JA 1JL1A 4DTNA 4DR7K 1NK5A 1VSHA 4DQSA 1RT6A 5BR9A 1RILA 2XRIA 5M1FA 4YOUA 3OYFA 1DLOA 5KI6A 4BVOA 4B08A 5FPDA 4BR2A 1TKDA 4IO8A 1HUXA 4DR4K 1HYVA 3AVHA 4CK2A 4XH1A 3OTOK 5AQPA 3IMXA 4DR1K 1HNXK 4DQIA 2OZMA 3JYTA 3RRHA 4ISGA 3L2UA 5AQJA 4DQ8A 4BC5A 4DSJA 1T05A 4ISFA 2ZE2A 3O9SA 4KH4A 5M1PA 3SUNA 3CMAN 1ASWA 3SQ2A 1S6PA 5JVHL 3RMDA 4LF7K 4AILC 3CJ1A 4ILHA 4DTMA 3BF3A 3T19A 4BE0A 1YHQN 1NJXA 3CHWA 4PL8A 4BE1A 4B9MA 4QS8A 2ZM6K 4PWDA 1C6VA 1NGCA 4PUOA 2O8CB 1YUWA 1FW6A 3QFUA 1GLBG 3MCPA 3CFPA 4KV8A 4W5OA 3J80O 1EWRA 4CK1A 4FVUA 2QWQA 3KKRA 3HM8A 4JRQA 2GUPA 1VSEA 1VK0A 3WEEA 3LPTA 3AO3A 1SZ2A 2KKZA 1RBRA 3OYBA 4CJWA 1RT1A 4FJ7A 4WQ5A 1NGAA 5EXWA 2NRVA 2E2NA 4KKOA 2HBKA 3I8DA 4DS4A 3G6EN 1TKXA 4FWQA 1BU6O 3GBTA 2HHHK 4A57A 3N4PA 4BWMA 1QHAA 2HNDA 1XMQK 1UOCA 4BRGA 2AP1A 2HMPA 2XHBA 1T6DA 4YOYA 3CQ8A 4A5AA 4Y0WA 3KK2A 4FJGA 4FJXA 4H5WA 1GLLO 3ATUA 4MLHA 3OYEA 2GBZA 3O08A 4K8XA 3AVBA 2OA8A 4K0KK 3NF6A 2IVOA 4AQYK 1VQPN 3KLFA 4BRMA 1TYQB 1JLFA 3C6AA 1QHTA 5A2QO 4H5RA 3U8XA 3H1VX 3QIPA 1RT2A 4BGAA 1LAVA 3DYAA 3AVLA 1T7PA 1RDDA 3OS1A 4F2SA 1DEJA 2V52B 2FBXA 4PY5A 3FZMA 3DRRA 4H0YB 3V9ZA 4WE1A 2X6NA 3A5LC 2VCPA 4FJLA 4O44A 3HPOA 4KO0A 3KHYA 3MXIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4LC9 B;  1BUP A;  1WSI A;  4MDA A;  1NGJ A;  1C0U A;  5KPT A;  3VQ5 A;  1S72 N;  3GL1 A;  3E9O A;  4W5T A;  4BR5 A;  2Q0R A;  2O8D A;  3PIP L;  3MEE A;  5AQO A;  4MFB A;  1REV A;  5D3G A;  4QOZ B;  2F7T A;  4GNI A;  4RCH A;  2Q1N A;  4LF8 K;  2BGG A;  1S6Q A;  4CEE A;  1LWC A;  1VQK N;  3TAF A;  1NGG A;  3HZ6 A;  4J2B A;  3P83 D;  3KD1 E;  1JLG A;  3NGY A;  2E6M A;  3O80 A;  4DUZ K;  5FRM A;  3L8B A;  3QES A;  2A1S A;  3RRG A;  2KHO A;  3CER A;  4CJ3 A;  2ITM A;  5CZ2 A;  3LWL A;  1RTI A;  4OPA A;  5AQY A;  1Q86 O;  1NK6 A;  3OS0 A;  3QEX A;  3D2F B;  3W3D A;  4NO7 A;  1WN7 A;  3BGR A;  4DS5 A;  2GV9 A;  4BRC A;  1WAF A;  5BRE A;  3DM2 A;  3H1Q A;  4FZZ A;  3PX4 A;  3AVJ A;  1HNV A;  4BQL A;  2HB5 A;  1YTU A;  4O0I A;  4F3T A;  3UIQ A;  1IKV A;  3U4L A;  4KTZ A;  1KFS A;  4CGH A;  4FK0 A;  1RTD A;  4AHR A;  3FZH A;  4FLW A;  5C0Y A;  4CJL A;  2ITG A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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