4X2R | Genus

Total Genus 90

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	90
sequence length	248
structure length	243
Chain Sequence	AMLTLLPAVDVADGKAVRLLQGEAGSETDYGSPIEAARDWVEAGAEWIHLVDLDAAFGRGSNAPLLERIVGEVGIKVELSGGIRDDASLTRALKAGAARVNLGTAALEDPQWTARVIAEHGEKIAVGLDVRGTTLAARGGDLWQTLDRLNEAGCRRYVVTDVTKDGTLTGPNTELLRQVAARTSAPVVASGGISSLEDIAALARLVPQGVDSAIVGKALYNGNFTLPQALAVAGGAAVQDVQA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneam
publication title	Evolution of substrate specificity in a retained enzyme driven by gene loss. pubmed doi rcsb
source organism	Actinomyces urogenitalis dsm 15434
total genus	90
structure length	243
sequence length	248
ec nomenclature	ec 5.3.1.16: 1-(5-phosphoribosyl)-5-
pdb deposition date	2014-11-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00977	His_biosynth	Histidine biosynthesis protein

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4x2rA00

1OX5A 1OFQA 2V30A 2AAMA 3WK3A 4QM1A 5DY3A 5HWNA 3ABRA 3W70A 3S8HA 3ZWSA 1DOSA 1DORA 1JRBA 1G6CA 2KZHA 5BNKA 1OF8A 4ADSA 1VQTA 3KVKA 3IIXA 1R2TA 4IUOA 3FFSA 5AHEA 3LRMA 2A2IA 4MPQA 3GIYA 4RX0A 2Y7EA 3MW7A 2YX0A 1QO5A 4KFNA 1L9WA 5C54A 2FPTA 3ABOA 5K2ZA 1QO2A 1GQNA 4AHPA 1ML1A 1LBLA 4O13A 4Z1DA 2JKPA 3DHDA 4EIVA 4O28A 2DZWA 2J9XA 4KWWA 1FQ0A 1TTQA 2QCFA 4ORIA 5D30A 4K7VA 1LRTA 1KM3A 4GUIA 4UNKA 4UC5A 5CZSA 4Y9AA 4FXSA 3NR0A 3QYQA 2X16A 4S2CA 5E0KA 5EMUA 2ZZ3A 3QFEA 4OHQA 2CLLA 4YL2A 5FEZA 3IVUA 4JYEA 4O19A 5DXXA 4LS0A 4Z1BA 3GDMA 2B0MA 3W22A 4N4PA 4O1BA 4M7TA 4GRSA 2WV8A 1FX6A 3NQMA 1HO4A 1GVRA 1VCVA 3TX9A 3R89A 2F84A 1TPEA 2ZRVA 3BPWA 5ABTA 5D2WA 3ZS4A 3PB0A 1O94A 3C4UA 1TREA 2B7OA 4UR8A 5HR6A 2HS6A 2QJGA 4JTJA 1QNVA 3PSWA 4EF8A 1LOSA 5AHFA 2W0UA 2DP3A 3W2JA 4S1FA 3HGSA 3MI6A 4OE7A 4IPJA 1I2PA 2C16A 2J88A 3NQ6A 3PBUA 4RZ6A 3QC3A 3NQGA 4CCCA 2BWGA 2RHGA 4P2VA 4JYFA 3HG3A 2A0NA 3G1HA 1CW2A 1OX4B 2Y6ZA 3Q94A 5F2GA 3TFXA 3W7PA 4X3ZA 3CPRA 3L65A 3LV5A 1DKWA 3DI1A 4CQ9A 1GJPA 3W3OA 3W73A 5LSMA 4DPQA 4A2SA 3BG3A 2TSYA 2EPHA 1TMHA 1YPIA 3TROA 1TJRA 4LRSA 3VI2A 3N9SA 3G3DA 4WXYA 2QUVA 4DO6A 4CNOA 4GE8A 3N19B 5C2XA 1W37A 3ABQA 4LC6A 4UMBA 3CC1A 4Z0JA 2QKFA 1X6UA 2FIQA 3OEXA 4PH6A 1U5JA 1T8XA 4OBTA 4MLRA 2AGKA 4UTLA 2C14A 1A5BA 3GZ3A 2JBMA 1ME9A 3E12A 3I7SA 1TPWA 4LTSA 1JRCA 2ZZ7A 4DBEA 5D32A 1TRDA 4DEFA 4O14A 2VFDA 1W56A 1EA0A 1VYSX 5KITA 1IF2A 4UTWA 4DPPA 4HNNA 5IBXA 1ICPA 1GVSA 1MEWA 1WQ5A 3P84A 3QQ0A 3S1UA 3R5EA 2XN0A 3LGEA 1OYCA 3DZ1A 1OYBA 4Z1CA 4NNAA 1FWNA 3P67A 2I14A 3KRZA 3PUDA 4KFOA 4IPIA 2GQ9A 3DFPA 5FF3A 3G0UA 4MKNA 1OJXA 3MP4A 5KZEA 3WJSA 4LVBA 1SR9A 2NX1A 1ZHAA 3P8IA 2VFIA 1Q6LA 2E5CA 2A1YA 2QCCA 4OT7A 3HGOA 4AB4A 1G7VA 3CB8A 2CZ5A 2B7PA 4R33A 5G2IA 1PE1A 1W31A 3QPZA 1GYLA 3VE9A 1X1ZA 3LCHA 1OVDA 4MZ8A 1Z41A 3LB0A 3LHYA 2ZA2A 2X1RA 1H1YA 5A5WA 1DHPA 1OX6A 3DI0A 1KFLA 1NFBA 3W9ZA 3UXDA 4YMZA 3O06A 3STEA 2TYSA 1PL9A 4NNCA 3DU0A 2P10A 1FBAA 4MYXA 2EKCA 1KBJA 3AJXA 5G1TA 3GDLA 4WJEA 1VPXA 2QAPA 3M5VA 2O7QA 4K38A 3EX4A 4TMBA 4POCA 3MYOA 4UFHA 3W7GA 3HOJA 3TXVA 1ZCOA 3O15A 3P60A 2J6XA 4QITA 1M5WA 4JEQA 3W23A 4LUIA 1QDSA 2DZSA 4WD0A 1VYRA 4E0CA 3EWUA 4GXMA 3G3MA 1SO6A 5CPLA 2YSWA 1H7OA 2B4GA 2FB3A 3PVFA 4BI5A 1P5BA 1HTIA 2ZYFA 1VLWA 2YYUA 3W1PA 3UYCA 4ZQOA 3MUXA 3ANYA 2CZEA 2NX3A 1GT8A 3U6WA 1R2SA 4C1KA 3V1PA 3S5YA 1DQWA 2Q8ZA 3BLFA 2FQIA 4UTKA 1A5AA 3DFNA 1JQXA 1KM6A 2A6LA 2J9YA 3CTLA 6ALDA 2YW3A 3W7QA 4IMFA 3W75A 3I7RA 1QFEA 1V5XA 2ISSA 3HPZA 3M41A 4A3UA 3R12A 4LT9A 1QPRA 5E1QA 2ZQ0A 3TAOA 3TUUA 3C61A 4FX7A 5MHBA 1RQHA 2QCHA 3CIXA 4TMCA 3BO9A 2FB2A 5HWMA 2ZCGA 1OFPA 3EX6A 4QJ1A 4W9TA 2W6RA 3NZ1A 4PTNA 3R13A 2EGZA 1YXCA 3P8JA 1GTEA 2R8WA 1RR2A 1F73A 2G95A 1H7NA 4KKXA 3UWYA 2V0TA 4G1KA 3C56A 3GB6A 2HS8A 1X1OA 3A21A 1OFAA 3EX3A 1KTNA 1O4UA 4RZ4A 3WK2A 4JIPA 1A50A 1ZAJA 4A2RA 1EP3A 4I9AA 5AYXA 3LBMA 3ABSA 4IX0A 1EWEA 4MUZA 1AW2A 1JCLA 1ALDA 4RXFA 1X7FA 4O52A 3W76A 5HR7A 5EL1A 2NUWA 2B7NA 2QF7A 1SW0A 4X22A 3W7HA 2NV1A 2H3DA 2Y62A 3KHJA 1H7WA 2I1OA 3OVQA 3EX2A 4Y6GA 1QOPA 1S5TA 3FOKA 1F7BA 2YZRA 5GVJA 5TQLA 4CNPA 2O7SA 1F05A 1K7XA 3LTSA 3M47A 1S5VA 3LHZA 4FNPA 3VKJA 3W71A 1I2OA 3STFA 4ZQRA 1H51A 4GJ1A 5DCDA 4JN6A 5BMWA 3W1NA 4N4QA 1G4SA 3CEPA 4UUIA 1XM3A 1TPFA 3CU2A 4NT0A 3TSMA 1J5TA 3S5NA 2V5LA 4JY9A 4IJBA 5G2WA 4AWSA 3O05A 1HFBA 4JTUA 4XKYA 1WXJA 2PRMA 3CEUA 3TU9A 1R46A 4HHPA 3TQVA 1JR1A 4H6KA 2VEKA 3G1XA 5H91A 5LKYA 3NPXA 2GJLA 3W2NA 1TPH1 2E5BA 4JX6A 2LLEA 1Q6QA 3FLUA 1ZNNA 3KVJA 3CWOX 1FWWA 4JTEA 3S5OA 5HJLA 3S1VA 1ADOA 5CZ0A 4MZ1A 4FX6M 3QSTA 5DXYA 3KXQA 2RDWA 5AHIA 4GNJA 3N14A 3SIZA 2C18A 5LNRA 2WO5A 3GDTA 3NOEA 3MO7A 3L68A 3NL6A 3I65A 3HMJG 1NEYA 1YTKA 4QQ3A 1LM1A 3GXNA 1UBSA 1K8YA 2OMAA 2XN1A 2E09A 3L67A 3OHIA 1H61A 1SZEA 4K37A 3W1RA 2A85A 1KTCA 2X1UA 2I9EA 3HQ1A 2A4AA 2ATSA 3G24A 1D9EA 2ZRXA 2P0OA 4CQAA 1Z42A 3FKRA 4OV4A 4ORMA 2Y63A 2H8XA 3LM7A 5AC6A 4WX2A 2ZFAA 2JKEA 1G67A 3IV3A 4N02A 1TV5A 3W2KA 4UNLA 1VZWA 2E68A 2QDGA 2QCMA 1W5OA 2ZZ4A 1VRDA 4P61A 1CX9A 1LZOA 1DV7A 4AF0A 3O63A 2V81A 2IQTA 4GUJA 5DBUA 1RD5A 5K3VA 1KFJA 4K39A 4XZ9A 2J9ZA 3TMQA 2GJNA 1XFBA 1Z44A 3GR7A 3BG9A 3NPWA 5K4XA 4M19A 4MZYA 4XBSA 1F5ZA 3P5YA 2NZLA 4NX5A 2E6AA 1WBHA 3CM4A 2CLFA 3H55A 3QW4B 3KVLA 4UCGA 4NZFA 4XWUA 1H7XA 1WX0A 4JTIA 2QR6A 1ZAIA 1YADA 5DBTA 3IIOA 3SR7A 2V8ZA 1ZALA 2GUUA 2X30A 1QOQA 4WY0F 1OK6A 3NDOA 4UMCA 1XBVA 1ME7A 4CCEA 2NLIA 1RZMA 1PIIA 3U2OA 4O57A 5DLCA 2E6YA 2Y89A 1LTDA 3TXZA 3BV4A 3KRUA 2EAWA 4TIMA 5HINA 1S5WA 1JCMP 1SZNA 3RFAA 3LRLA 5LNSA 1VCGA 3P80A 2EHHA 4UFKA 1LLZA 3NGJA 2C1HA 5LNUA 4YWIA 3CIWA 1IGSA 3WJWA 4PFMA 1VLIA 4NJHA 4QAIA 1OHLA 4RLIA 4AAJA 1G4TA 3C52A 1WBJA 4HIBA 5KZMA 4M6QA 4Z08A 5FEXA 2YCEA 5D02A 3NM1A 1H63A 1TO3A 3G8RA 2Z6IA 2WNQA 4Q32A 4FEZA 3NPUA 1OFBA 3UWVA 4UTTA 3T78A 4WY0A 1ZFJA 5I3IA 4N6EA 1WOAA 2ZTKA 1A53A 2DU2A 3UD6A 3B05A 1GG0A 3FJLA 3HGJA 1KFCA 3NQFA 2QCNA 1KBIA 1NSJA 3IIPA 3TSBA 3GYEA 2DZTA 5LGZA 5FF7A 1EUAA 5SWUA 1Y0EA 1OFDA 1W8SA 3M5XA 1FCQA 3UXAA 4ZZ9A 1WA3A 3HG4A 2BLEA 5C55A 3LCXA 1GTHA 1QWGA 5AC8A 4R7JA 1XCFA 4N9EA 3EWBX 3LLDA 4R53A 4Z0SA 2C13A 1VH7A 3WJYA 4J9JA 2VEPA 1ZJIA 3HBLA 3ATYA 2YPIA 5D2TA 1SFJA 2WNZA 3L5MA 4LRTA 4XKYB 3ATZA 3GR8A 3UPBA 3U8GA 4UTWC 4IXHA 1U83A 3W85A 1VCFA 5IBXC 3QMTA 3UPWA 1EPXA 3EXSA 2GVGA 4FNRA 3LRKA 3PR2A 2A7PA 4O4VA 5LGXA 3A23A 3LHWA 3IIVA 1HO1A 3A22A 1GVOA 5AYYA 2ABAA 3WK1A 5J5RA 2FTPA 1LP6A 1N7KA 3ELFA 2PRHA 2QJHA 3RLUA 5AHMA 4ZL1A 1KFEA 3EXRA 4U28A 1L6WA 4AHQA 4BI6A 2QJIA 3TH6A 1TQXA 4O16A 2CLEA 5CGQA 4XTDA 3O6YX 4S2BA 3L5AA 3LCWA 4MJMA 3E9AA 4ZVJA 4DF0A 1F74A 2G96A 1I2QA 2YGYA 4IMCA 3OVRA 2BTMA 2Z0IA 3A9IA 3SGZA 4R34A 4LU0A 1YPFA 4CQ8A 2JGQA 3M9YA 4WOQA 3PBWA 4JX4A 4DXVA 3INPA 5KSWA 1SW7A 2EF9A 3LCIA 3PAJA 2BZNA 3NVTA 1KM2A 2BXVA 3UY7A 4H3DA 5TIMA 1VHNA 2VFFA 3JRKA 1W3IA 2H8ZA 4NZJA 1FWSA 1C9DA 4E2BA 5CZTA 1SZGA 1QPNA 1B57A 1NVMA 2Y61A 3BW4A 4AF0B 4CLMA 3C8FA 1F6KA 3Q58A 2ZRWA 4NJJA 4M6VA 2VC6A 1NAL1 4HT3A 5E93A 3F4NA 2Y70A 2V2CA 5F2IA 1PV8A 3G1YA 3UZ5A 5G4EA 3LLFA 4BR1A 3UWWA 2GPTA 3ZFHA 3O8AA 3LX9A 2WNNA 5KMYA 3O6DA 2BX7A 5C6MA 4A22A 2VENA 1FCUA 1P4CA 2ZZ5A 3IVTA 3K30A 3MWAA 2PC4A 3MP3A 2DZXA 3GXTA 3B06A 4X9SA 1LRNA 5G2HA 4NJGA 4M7SA 2WPBA 1UCWA 1SUXA 3UWQA 5K4ZA 5I3GA 4JY8A 1T96A 1PCWA 4JX5A 4JTKA 5J5DA 3SY5A 1KM4A 4K7YA 1VYPX 1ZY9A 3W7OA 1AL7A 2YFOA 3LI0A 4DO5A 4IX2A 2CZFA 2RDTA 4N9DA 1G4PA 1C29A 2CU0A 3LCGA 4N9CA 4QNEA 4XTIA 1KLYA 1RQEA 2WOQA 4IXXA 4JTFA 4CCDA 4DQWA 2ALDA 3QEZA 5EBUA 2RKXA 3R8RA 3DENA 1LBFA 1TTPA 3GAKA 2ZZ2A 4PL1A 5KINA 2PCQA 1N55A 1I2NA 4Y8FA 3NQDA 4TO8A 1TPUA 4QNWA 3I6RA 3GDRA 2P1FA 2A7NA 3S5ZA 1K3UA 5KTLA 4YCOA 2QAFA 3GLCA 3M7WA 3QM3A 4WY0B 4DELA 3T55A 5A8GA 3WK0A 2G97A 4FX8A 3EKLA 3F03K 1KW1A 4UTHA 1W54A 3LXBA 1R2RA 2YR1A 3W72A 2FPVA 3CWNA 4JICA 3W1QA 4O18A 2CFFA 4LV4A 1P0KA 1OFEA 5K9XA 1VJIA 1JVNA 1WOBA 4WOZA 3HIJA 1BTMA 1LYXA 1EIXA 2F7FA 3EKZA 4O50A 1TRIA 4YLWA 3SFKA 3QZEA 1OF6A 3EEGA 3TR2A 3LV6A 1TPC1 1SSGA 3BGJA 3C6CA 4K8HA 2GVJA 1MEIA 3B0VC 4MVAA 1UJPA 3NQVA 5D2VA 2Y88A 3TQ0A 2CLOA 3DBPA 2A21A 3W07A 1XDLA 4GC4A 5CZJA 4UFJA 1YDOA 1FXPA 4JTTA 1N8FA 5BRBA 4Z1AA 4LVGA 2NXHA 1UUMA 3G18A 1TV8A 1HL2A 4ZQNA 5H2ZA 1NF7A 4ADUA 3DHFA 1A5SA 4RV8A 2UV8G 2Y7GA 4FNUA 2ZRUA 3S42A 2VKZG 5HQEA 4LW7A 1DVJA 1YXDA 1LDCA 4MY8A 3G1AA 4EF9A 4O1CA 3NL2A 4OWGA 3UWZA 3UY8A 1AMKA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4X2RA

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Chord Diagram

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