The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
|
sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
N(6)-methyladenosine in mRNA disrupts tRNA selection and translation-elongation dynamics.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
29
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-12-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JI4 K; 4DV5 K; 4JI5 K; 4YY3 K; 1XNR K; 1N36 K; 2UXB K; 4X65 K; 4CVN E; 2F4V K; 1IBM K; 2UUC K; 4JI1 K; 1J5E K; 5FLX O; 4B3S K; 4JI0 K; 3J81 O; 4X62 K; 4DV7 K; 1IBL K; 4DUY K; 5A2Q O; 4LFA K; 2UXC K; 3OTO K; 4DV1 K; 4B3T K; 4JV5 K; 4X64 K; 2UUB K; 4JI6 K; 5LMU K; 1XMO K; 4DR6 K; 4LF8 K; 4LF4 K; 5LL6 Z; 4DV0 K; 1XNQ K; 4B3R K; 1HNZ K; 4JI2 K; 3T1H K; 4LFC K; 4JYA K; 4GKJ K; 3J80 O; 4DV6 K; 2VQF K; 2HHH K; 4GKK K; 5AJ3 K; 4YHH K; 4LF7 K; 1HNW K; 1IBK K; 4X66 K; 4OX9 K; 4DV4 K; 4KHP K; 4DR1 K; 4DR5 K; 4CW7 B; 4K0K K; 2UUA K; 4AQY K; 4LF5 K; 4DV3 K; 3J7A P; 1N34 K; 3J7Y P; 2ZM6 K; 4DR2 K; 5LMN K; 5BR8 K; 2VQE K; 4JI3 K; 4B3M K; 1N33 K; 5IWA K; 4LF6 K; 1N32 K; 4JI8 K; 4DR7 K; 1XMQ K; 4LF9 K; 4JI7 K; 5IT9 O; 4NXM K; 4V19 S; 4LFB K; 1FJG K; 1I94 K; 3JAM O; 4DUZ K; 1HR0 K; 4DR3 K; 4DR4 K; 3T1Y K; 2UU9 K; 1HNX K; 2UXD K; 4DV2 K; 2E5L K; 4NXN K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4JK8 A; 4FCY A; 2I7N A; 4NO7 A; 4JI4 K; 3O80 A; 4KH5 A; 2BUP A; 4BGB A; 4DTX A; 3TSU A; 5CYQ A; 2PZS A; 3VMF B; 1K73 O; 3O6W A; 3ZCM A; 4KI6 A; 3ULD A; 3ALY A; 4OGE A; 5KPZ A; 1RDW X; 3KLE A; 4B9S A; 3Q7C A; 2F9T A; 4FJX A; 4FW1 A; 4DQP A; 2OPQ A; 3CYM A; 1DLO A; 1RBT A; 1NKB A; 1RDU A; 3CPW M; 4CZM A; 4BRO A; 4DSI A; 1U45 A; 1JLA A; 3I8B A; 3LPT A; 2FBV A; 1JCF A; 3TSQ A; 5LJV A; 3A5O C; 4KB1 A; 2EHG A; 1U6Z A; 4JI6 K; 4OLB A; 4YOY A; 1CZB A; 3CI5 A; 5BN9 A; 2OTL N; 3IS9 A; 3SUQ A; 4FM0 A; 4K25 A; 3CFP A; 3HT3 A; 1HNZ K; 1S5J A; 4CZH A; 2FXU A; 2BTF A; 2HMP A; 1GOC A; 4WFN L; 3SCX A; 3VQC A; 4KRF A; 1NOY A; 3LDP A; 3LAL A; 4BRI A; 4FLT A; 2CH5 A; 4C1N K; 1ESV A; 3V9U A; 3OYK A; 4A2B A; 1RT5 A; 3CM5 A; 3L8B A; 3EY1 A; 3AAP A; 4CEO A; 5C24 A; 1QQC A; 1EP4 A; 3MXJ A; 4CJV A; 4M3U A; 1VQM N; 4O5F A; 5AQZ A; 3E9L A; 4C8K A; 3EEQ A; 3TTC A; 2FBY A; 2FSN A; 4PL7 A; 1FXX A; 2YKN A; 1V4T A; 5ELZ A; 4E7K A; 4Z4F A; 3ASM A; 3DXK B; 4EZ6 A; 3EKS A; 3HJF A; 1TAU A; 4BE0 A; 4B9N A; 2YHX A; 1UOC A; 4IBN A; 2G8I A; 4LF9 K; 4FJJ A; 4N76 A; 3BY5 A; 3HP9 A; 5FRN A; 4DQ8 A; 4DSJ A; 2A42 A; 3FZH A; 3ZSO A; 2P9I A; 2OZM A; 1RBR A; 2P9L A; 2HHQ A; 1W7A A; 3P38 A; 1HYS A; 2NRR A; 3T1A A; 1WSH A; 4J2A A; 3KLG A; 4DCH A; 3QFP A; 4ZTF A; 2FBX A; 1NK8 A; 3K2P A; 5FPD A; 2F4V K; 3VTI A; 3LAN A; 4K43 A; 2WTU A; 3ZET A; 5AQP A; 3TAN A; 4BY9 C; 3KLH A; 2ZJQ L; 3I8D A; 2D1K A; 1JCG A; 3M3Z A; 1QQM A; 2IC3 A; 1CXU A; 3SI6 A; 1NLV A; 5HRP A; 3AVA A; 3MXM A; 1X3M A; 2ATQ A; 1KD1 O; 3TAE A; 1RT6 A; 2P9K A; 3B6O A; 5J2Q A; 4ZTJ A; 4B9V A; 1RT3 A; 4ZHR A; 1K6Y A; 4BR4 A; 4M3W A; 2P9P B; 1BHL A; 5M1Q A; 3VF6 A; 2YJE A; 3FFK B; 1KFS A; 3ENO A; 4KH6 A; 2Y1J A; 4CJQ A; 4LF4 K; 4ILG B; 2NRX A; 4I2P A; 3U6F A; 2BAN A; 2QWL A; 4GKJ K; 3J80 O; 4O55 A; 3CMA N; 1ZBI A; 2YKM A; 2QM1 A; 3MED A; 5AJ3 K; 4FZY A; 3OYH A; 1L5U A; 1VAZ A; 1W0H A; 1QS4 A; 2E4L A; 4DTS A; 3G4S N; 4U7B A; 3THY A; 2GEM A; 3MX5 A; 4CJP A; 2Z1J A; 3TU5 A; 3HVR A; 4H5V A; 5M1P A; 4HHT A; 3VPZ A; 4XH4 A; 3LDQ A; 3VN5 A; 5LMN K; 1BA1 A; 1WAF A; 3D45 A; 1BGX T; 1KAY A; 4F4K A; 3L2R A; 3AA3 A; 5AQM A; 3MN5 A; 4BC5 A; 1BIU A; 2E1Z A; 3NVK A; 4JI3 K; 1N33 K; 4FJG A; 1BDG A; 1D9D A; 3A5L C; 4DTR A; 4H8K A; 5J2P A; 4O44 A; 3WXM B; 3PUF A; 3UIQ A; 4PKH A; 3ZYY X; 4DTM A; 2NRT A; 4BDZ A; 1ILY A; 2P9N B; 2D0B A; 3AV9 A; 3OYI A; 3C7N A; 3D2F A; 4IEI A; 2G8W A; 4B1Z A; 5KPR A; 4ISF A; 1WN7 A; 1MWM A; 5AQH A; 1J5O A; 1FKO A; 4CD3 A; 2A1R A; 4NXN K; 1WOQ A; 2E1Y A; 3HTV A; 3FZF A; 1NJW A; 3RR7 A; 3M8S A; 3H6E A; 4CGI A; 3ULE B; 1EKE A; 1OVY A; 1QVG M; 4KBO A; 5F0X A; 4X65 K; 3BF3 A; 4CFB A; 4CZE A; 1T44 A; 4FOI A; 5D3G A; 4H0X B; 4JK9 A; 3EO3 A; 4JKG A; 1UWB A; 1L3T A; 5DM6 L; 3SZ2 A; 1NJZ A; 3AA2 A; 2OCE A; 1S1U A; 4LY7 A; 4Z4G A; 5FRO A; 2QI2 A; 4KTQ A; 3C6H A; 1S22 A; 2JLE A; 3UKU A; 4ELU A; 1JLG A; 5EU7 A; 5KI6 A; 2FSJ A; 2GX9 A; 1SL1 A; 4CJL A; 4B1U B; 1ASW A; 3LDO A; 3LM2 A; 4UY8 O; 4FWN A; 2P9S A; 3WXJ A; 3MWT A; 4DV6 K; 1WBD A; 1GLF O; 1YF5 L; 3OBW A; 3GE1 A; 1ZBS A; 3IG1 A; 4NCG A; 3KKS A; 2W40 A; 2B6A A; 2QWQ A; 1DTT A; 1S9E A; 3L2Q A; 3LP1 A; 4FLW A; 3DLE A; 4E89 A; 3O4N A; 3SBT A; 2DPN A; 3IDH A; 3VQ4 A; 2HF4 A; 3D0P A; 3AA5 X; 3PIP L; 1QSL A; 5CZ1 A; 4I9L A; 3BUZ B; 4JS5 A; 4CGF A; 1ZXO A; 5CYM A; 1GLC G; 1C6V A; 4E1J A; 4CF0 A; 1SQK A; 3SYZ A; 3BZK A; 2P51 A; 1RTD A; 4JI8 K; 3BZC A; 3ZSQ A; 3ZSY A; 4I7F A; 3DLB A; 3MAQ A; 5MLC Q; 2KW4 A; 3DM2 A; 4DMN A; 3KVG A; 1EWR A; 4FVU A; 1BCM A; 1IG9 A; 1QHT A; 3LZJ A; 4YOW A; 2G8K A; 1WB9 A; 3K5O A; 2V52 B; 3HM9 A; 1L3U A; 4DSK A; 4AM7 A; 4M45 A; 3IMX A; 4O0J A; 2KTQ A; 4GV6 A; 2P9P A; 4CK2 A; 2WC9 A; 3QEX A; 3PSI A; 4FWM A; 3OYN A; 3QET A; 2E8A A; 1TL1 A; 2YNG A; 3ZSX A; 3P39 A; 3SNN A; 3SAG A; 1JLQ A; 3ATV A; 1T6C A; 4CVN E; 3WXK A; 4FJK A; 2WOM A; 1NWK A; 3ZSV A; 4FSV A; 3NGI A; 4IJN A; 4ELT A; 2VG6 A; 4DV7 K; 4CE9 A; 5AQV A; 3P83 D; 3DJC A; 1RBU A; 1T7P A; 3IAY A; 2VCP A; 4G1Q A; 2QWR A; 4CBX A; 5I42 A; 1VRU A; 2DFE A; 1FKP A; 4JHD B; 2H3G X; 1LWF A; 3VTH A; 2HHU A; 3T3F A; 3S41 A; 4GKK K; 4Z4C A; 3V1Q A; 2YV0 X; 4YDU C; 4DV4 K; 3QLH A; 3LZI A; 1ZBF A; 4CJ7 A; 4FXD A; 3SK3 A; 2NUB A; 1H1V A; 4BRM A; 3K58 A; 4W5R A; 3WNG A; 5E26 A; 4CHZ A; 4DHY A; 3CCJ N; 3QEV A; 4CZJ A; 4CEZ A; 1KSP A; 1C0F A; 4C8M A; 1RFQ A; 4B9T A; 5AQO A; 5FPN A; 1RT4 A; 1J6Z A; 4B3M K; 3EYZ A; 4H0Y B; 3BGR A; 3SV3 A; 5AFU A; 3DRS A; 4LSL A; 5DMR A; 2Q31 A; 4CIG A; 4LFB K; 3O4W A; 3HOS A; 5C2D A; 3O3F A; 3V1O A; 1SV5 A; 5E84 A; 1LWE A; 4KO0 A; 1NMD A; 5ADX H; 1HJR A; 5AQN A; 2E6M A; 5TKY A; 3MX2 A; 4CFA A; 2OPP A; 4WF9 L; 1QQN A; 2EWS A; 1G99 A; 4OKK A; 4H5R A; 4M42 A; 3F9K A; 3AGK A; 1KXP A; 1HLU A; 1IKV A; 1TL3 A; 3VEV A; 3L2W A; 3H1Q A; 4OPJ A; 2G8H A; 4FWO A; 4B3S K; 4FVM A; 3HYF A; 1ZBH A; 1NOZ A; 2B4J A; 3AAQ A; 1IBL K; 3HSC A; 4IO8 A; 4EP4 A; 2HNY A; 5BN8 A; 4BRD A; 4M41 A; 3CCL N; 1S6Q A; 1KRP A; 5EX5 A; 1K8K A; 1JXE A; 4M7Y A; 3BEX A; 4W5Q A; 1ZBL A; 3TAG A; 3CG7 A; 3D2E A; 3WXI A; 2VWK A; 3CJ7 A; 1BI4 B; 4H5W A; 1BQM A; 1TAQ A; 2Q0R A; 3VER A; 2E6L A; 4JKB A; 4AM6 A; 3HPO A; 2HST A; 3KJV A; 3EZW A; 2NLX A; 1N6Q A; 3NF8 A; 4CHQ A; 4K8Z A; 2ZJR L; 3M1F A; 4CGH A; 5BRF A; 4O0I A; 5KQD A; 3UE5 A; 2E2P A; 3AVG A; 1J9A A; 1NK9 A; 1M90 O; 1R59 O; 3IUC A; 3MN9 A; 3WT0 A; 4IFE A; 3DLH A; 4NB4 A; 3U9D A; 3A8Y A; 5HRS A; 4DSL A; 4CZG A; 4WQ4 C; 3ID6 A; 4BGA A; 3AVB A; 3CHW A; 2ZGY A; 4O5B A; 4CEA A; 3CC2 N; 4Q5V A; 1S1X A; 4KV8 A; 3NHG A; 3CQ8 A; 3QEI A; 1HQU A; 3CME N; 3C6U A; 4JI7 K; 1RDC A; 2NRH A; 3P31 A; 3AAR A; 4IXC A; 5J2N A; 4DTN A; 5KTQ A; 4FK4 A; 2IDO A; 1VQ6 N; 1YJW N; 3JAM O; 3RSE B; 1WAJ A; 5H1S Q; 1GLD G; 1VSK A; 1RT2 A; 1I39 A; 5AZI B; 4F3T A; 1TKX A; 5AQT A; 3GG4 A; 5AQX A; 4U67 L; 2WBN A; 4MDB A; 3GOI A; 4JHD A; 4CES A; 1BUP A; 5GAH P; 2ASO A; 4IFY A; 1IH7 A; 2GV9 A; 1X1P A; 3TAQ A; 1WUA A; 5AQJ A; 3RMB A; 4EP5 A; 4FK0 A; 4OJR A; 3U8X A; 3LWM A; 1D8Y A; 3AVF A; 1M1K O; 4Z4E A; 2BE2 A; 4KPY A; 4PY5 A; 4B8A B; 3L0Q A; 2VWB A; 3DLK A; 4JV5 K; 5FPM A; 1S72 N; 1LW0 A; 2GEL A; 4IWV A; 1CXQ A; 2PFU A; 2D0A A; 2XY7 A; 4G9Z A; 3CM6 A; 1NGA A; 3RMD A; 2A3Z A; 3R3L A; 1NJI O; 3NF7 A; 4YNQ A; 1TKZ A; 4MLH A; 4OLA A; 4CZK A; 4EFH A; 5M1F A; 4FLZ A; 1IBK K; 3THX B; 2X78 A; 4LSN A; 5KQ8 A; 2OTJ N; 3NE6 A; 3L4I A; 4ICL A; 3EKU A; 3S9H A; 1IG8 A; 2F96 A; 3E9P A; 3SBG A; 2O8B B; 3JXU A; 3C65 A; 4F2R A; 1BO5 O; 3EZ5 A; 4JLH A; 1WSE A; 4NCB A; 3SMS A; 1C1B A; 4KHY A; 4BRQ A; 4KHN A; 4PQU A; 2KKZ A; 4CZL A; 2CH6 A; 2FLO A; 4FWQ A; 5AZJ A; 3VQA A; 4DLG A; 1IKX A; 1W97 L; 4AIL C; 5C42 A; 1VQ9 N; 3LDN A; 4WE1 A; 3S3N A; 4GV3 A; 3O9T A; 1JL1 A; 1NK0 A; 3H08 A; 4IOC L; 1RNH A; 1GOB A; 2F8S A; 5C0Y A; 2ZE2 A; 4V19 S; 1FJG K; 4FPA A; 4WQ5 C; 5KGX A; 4B1Y B; 4WYB A; 5JS2 A; 4FLY A; 1YJ9 N; 4AHR A; 3VQ9 A; 4IO9 L; 3LAK A; 1TVR A; 1XWL A; 3MDQ A; 3SJH A; 3O9R A; 3OYG A; 1U48 A; 1Z25 A; 1N36 K; 1VQP N; 1BI4 A; 4CJR A; 3OYL A; 4BDY A; 4ISG A; 1KVC A; 3JYT A; 2HBJ A; 4E7J A; 1LV5 A; 3AO3 A; 3KLF A; 5FRM A; 5AQR A; 1S9G A; 4JAX A; 4A59 A; 5B8H A; 3AO4 A; 3CCV N; 3K5M A; 2YHB A; 4BE2 A; 3SMP A; 4FWP A; 4DU4 A; 2QKK A; 1ATN A; 3AY9 A; 4HCB A; 4GMJ B; 3R8E A; 5KGW A; 4B1W B; 1GLJ O; 1QHA A; 1SKS A; 3RMA A; 1NU0 A; 2ITG A; 3VQ8 A; 4WFA L; 1XMO K; 2DFH A; 4AHC A; 1WBB A; 3KWG A; 4RW9 A; 4CF1 A; 4KHW A; 1VQN N; 1X9S A; 2HHT A; 1KAZ A; 3V6D A; 4FZZ A; 2P5O A; 4FWL A; 2HND A; 1YUW A; 2HW3 A; 4OKJ A; 1NK4 A; 3MCA B; 4DR5 K; 4I2Q A; 1Q9Y A; 3K9K A; 4DF8 A; 4CJT A; 4AQY K; 1XUP O; 3OVN A; 4MDA A; 5AZI A; 5M1K A; 4LD0 A; 2YHY A; 4AHT A; 1OH6 A; 3FR0 A; 3WEE B; 3CCR N; 2XHB A; 2RPI A; 3AO5 A; 3V9X A; 3LL3 A; 5AQU A; 2BDP A; 4FJM A; 4B9L A; 2A40 A; 1E4G T; 4OPH A; 4JD2 A; 4LF6 K; 3AO1 A; 3Q7B A; 4GNI A; 4CJE A; 4KHS A; 3DYA A; 1E4F T; 1BU6 O; 4H0T B; 1XMQ K; 2UYT A; 4H03 B; 1SKR A; 2O8F A; 5IT9 O; 2F7T A; 2IS3 A; 3K9J A; 4RWT A; 2W6K A; 3L2V A; 3LP2 A; 3TR8 A; 4DR4 K; 2D0O A; 3T1Y K; 4FO0 A; 2OA8 A; 4DFK A; 4JRQ A; 4DV2 K; 2IOC A; 5EOY A; 5AQG A; 2FC0 A; 1JKH A; 3DWL A; 3SQ0 A; 4CJK A; 3V9S A; 4CEC A; 3TI0 A; 4NLC A; 4FPB A; 1NKE A; 1NG9 A; 3UKR B; 3O1W A; 1BCO A; 4FJI A; 1IBM K; 4CHO A; 1DTQ A; 4CJF A; 3CCQ N; 4GV9 A; 3THX A; 2HB5 A; 1VQK N; 4BRA A; 1WSJ A; 3QIP A; 3RTV A; 3WQU A; 1X3N A; 5A2Q O; 4AH9 A; 5EVZ A; 3TAF A; 3THW B; 3L4Q A; 1KLN A; 1BL3 A; 1JLB A; 3ZT3 A; 4B3T K; 1QZ5 A; 2LSN A; 3OYE A; 1VQO N; 3C94 A; 4FZX C; 1HNV A; 4LH5 A; 4QOZ B; 4J2E A; 4F9O A; 1C0G A; 4B8C A; 3G25 A; 2FF6 A; 3PIO L; 4NLB A; 2PYL A; 3OA9 A; 2W41 A; 2DY4 A; 2HMI A; 2W6L A; 1BA0 A; 2GWJ A; 4A2A A; 3CD6 N; 1U4B A; 4H4O A; 4CJ4 A; 5JLH A; 1XC9 A; 2ZGZ A; 1IKY A; 3FE1 A; 2E88 A; 1S1V A; 4DTU A; 1K9M O; 2Q2R A; 1T6D A; 2A5X A; 4CIF A; 1SUQ A; 1TUY A; 3L3V A; 4FJ9 A; 3M8P A; 4DV3 K; 1LW2 A; 3A0I X; 2RN2 A; 4M3R A; 3TTD A; 4Q0B A; 1KVB A; 1WSG A; 3DXK A; 1YTA A; 3VQB A; 2I7P A; 1EET A; 1C0T A; 2QEX N; 1RDA A; 3P5J A; 4XH5 A; 5IWA K; 3QER A; 1DKG D; 1DGK N; 3D7E O; 2QXL A; 3KLI A; 1TGO A; 3ZX2 A; 4M3Y A; 4B9Q A; 1B9D A; 1NK7 A; 2CGL A; 4IG3 A; 5HL7 L; 3PX0 A; 2GWK A; 4GVM A; 3M5R A; 3N4Q A; 3ENH A; 3L2U A; 4YDU A; 4M3T A; 4N56 A; 2E5L K; 2VG5 A; 1NJY A; 5BRE A; 4ID5 A; 3FFI A; 3T69 A; 5E41 A; 2WFB A; 3ZSZ A; 5HOO A; 4LH4 A; 1GLB G; 2GUI A; 1TYQ B; 3NMU A; 1U47 A; 1WSI A; 3CCE N; 5AR0 A; 2A1S A; 1FW6 A; 1NKC A; 2JGU A; 4YOV A; 4FWK A; 4BC4 A; 1HKC A; 5HP1 A; 4DG1 A; 3D6R A; 1T05 A; 4B1X B; 5ADX A; 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