The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S rRNA
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| publication title |
N(6)-methyladenosine in mRNA disrupts tRNA selection and translation-elongation dynamics.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
28
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-12-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DR6 K; 3J7A P; 2UUA K; 4DR2 K; 3J81 O; 5A2Q O; 4JI7 K; 4B3S K; 4LFA K; 4DR7 K; 2UXD K; 1FJG K; 2VQF K; 4V19 S; 1N33 K; 1XMQ K; 2UXB K; 4YHH K; 4DV0 K; 4NXN K; 4JI2 K; 1N34 K; 2ZM6 K; 5LMU K; 4X65 K; 4DR5 K; 4LFB K; 2UUB K; 1XNR K; 4DR4 K; 1HR0 K; 4LF6 K; 4DV6 K; 4DV1 K; 2UUC K; 4LF7 K; 2UU9 K; 4NXM K; 4LFC K; 3JAM O; 1HNW K; 5LL6 Z; 1XMO K; 4B3T K; 1I94 K; 4KHP K; 5LMN K; 3J80 O; 4JYA K; 4GKK K; 2VQE K; 4JI4 K; 4K0K K; 3T1Y K; 4DV7 K; 4X64 K; 1HNX K; 4DUZ K; 4B3R K; 1IBL K; 4JI3 K; 5AJ3 K; 4CW7 B; 4JV5 K; 1IBM K; 5IWA K; 4LF9 K; 4X62 K; 4CVN E; 4DV3 K; 4LF8 K; 4DV2 K; 2E5L K; 1HNZ K; 3T1H K; 1N32 K; 2UXC K; 4DR1 K; 4LF4 K; 4DUY K; 4DR3 K; 4DV5 K; 3J7Y P; 1IBK K; 4AQY K; 5FLX O; 4JI1 K; 1J5E K; 2F4V K; 4JI0 K; 4DV4 K; 4OX9 K; 4GKJ K; 4X66 K; 4LF5 K; 4B3M K; 4JI6 K; 5IT9 O; 5BR8 K; 1N36 K; 4JI5 K; 3OTO K; 1XNQ K; 2HHH K; 4JI8 K; 4YY3 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 2KW4 A; 3A5N C; 4YNQ A; 4H8K A; 3ZET B; 3OYN A; 3NE6 A; 3CCL N; 1NGF A; 4LFA K; 5DM6 L; 4F3O A; 5CZ1 A; 3V4I A; 4A5A A; 4JKE A; 1M1K O; 3NHG A; 4M45 A; 1JL2 A; 4YHH K; 3M6G A; 4BC4 A; 3KLE A; 3IFR A; 1R59 O; 3SNN A; 1RDW X; 2ZD1 A; 4BE2 A; 1NK0 A; 4DR4 K; 3MXI A; 1VSK A; 3LDP A; 3OJS A; 3L6Q A; 3ALY A; 2ASO A; 4BRD A; 3CCM N; 4KH6 A; 1HYS A; 4FJM A; 3C6H A; 3SBT A; 4H0P A; 1UA1 A; 3SPZ A; 2VQE K; 3P39 A; 3T7Z A; 2IS3 A; 2G8F A; 2IGI A; 5KPR A; 2P9N B; 3ZX3 A; 4KKO A; 2BH1 A; 2HHX A; 1RDU A; 1N8R O; 1UA0 A; 3WXJ A; 2CGK A; 5JS2 A; 3PY8 A; 3TU5 A; 2V51 B; 1X9W A; 3FZM A; 2A42 A; 3BUZ B; 2VG7 A; 2YHY A; 3I56 N; 1T44 A; 3C94 A; 2GBZ A; 3V9Z A; 4N5S A; 3QBX A; 1VAZ A; 3C7N A; 5AQV A; 3K5N A; 3KHY A; 1OH8 A; 4EIA A; 3UE5 A; 2Y1J A; 1KLM A; 3LZJ A; 4HUG A; 4JS5 A; 4WE1 A; 3NF8 A; 2B6A A; 4E7K A; 2G8W A; 3FFK B; 1BDG A; 3NAE A; 4E7L A; 4CZM A; 1ZBH A; 2ZGY A; 4HCB A; 3O4Q A; 5MLC Q; 5BR8 K; 1NM1 A; 3OYF A; 3QBW A; 1XC3 A; 4BR4 A; 4OPK A; 1UOC A; 3AVH A; 3MN7 A; 3K5O A; 1Q18 A; 1QTM A; 3OYG A; 1IO2 A; 4BVO A; 3ENB A; 4E7H A; 1NK9 A; 5LJW A; 4CF0 A; 4CEA A; 3VEV A; 1ATS A; 3HTV A; 2OA8 A; 4YDU A; 1B9D A; 2W42 A; 3H6E A; 3MX2 A; 4IO8 A; 2VCP A; 4NXN K; 3U9D A; 3T19 A; 4JHD B; 3LM9 A; 1DEJ A; 4KPY A; 4CZF A; 3VTI A; 4Z4C A; 3MN6 A; 4JKG A; 3EKU A; 3CJA A; 4CZG A; 1MDU B; 1WBD A; 3LM2 A; 1VQO N; 1HPZ A; 2FXU A; 4B3T K; 2HST A; 5AQF A; 4PHT X; 2EX3 A; 5LMN K; 2IVO A; 4B1U B; 3DI6 A; 4DSK A; 4OJR A; 1S1W A; 4X64 K; 3KLI A; 1FK9 A; 5AQS A; 2Q36 A; 2NRW A; 1QHA A; 2W41 A; 1G15 A; 3CC7 N; 4FJ7 A; 1Q9X A; 3HRG A; 3TTD A; 3IAY A; 3T3F A; 1HMV A; 4WFN L; 3V81 A; 3VEO A; 2I7P A; 3RSE B; 1HNZ K; 2HVI A; 4E89 A; 4Z4I A; 4O0I A; 4MFB A; 5C2F A; 1Y64 A; 4O44 A; 5ADX H; 4PKI A; 2I5J A; 1OKJ A; 4MLE A; 4CGG A; 1RIL A; 1RBT A; 5CE3 A; 1T8E A; 1BCO A; 4O55 A; 3HP6 A; 5CY4 A; 1W7A A; 5J2Q A; 1QZ6 A; 1C0U A; 4B1W B; 5LY3 A; 3LDS A; 1X3N A; 3R6M A; 1QSS A; 3F2K A; 1VK0 A; 2XY7 A; 3PX4 A; 1E4F T; 1EO1 A; 1SAZ A; 3A5M C; 4G9Z A; 4AHU A; 1LAV A; 5HP1 A; 3HPH A; 1GOC A; 4YY3 K; 4FK4 A; 1L3V A; 4JNE A; 3DM2 A; 1NOZ A; 1G99 A; 5C42 A; 3U4L A; 3HBT A; 1BIU A; 4WQ5 A; 4DMN A; 4R5P A; 1YHQ N; 3LAN A; 3O9Q A; 2XY6 A; 2A1R A; 4FOI A; 3CQY A; 4DFJ A; 1SZ2 A; 3DRS A; 4E3S A; 3TAM A; 1VQ7 N; 4NB4 A; 4NLC A; 1HQE A; 4B9U A; 2W40 A; 4AHV A; 3HOS A; 3I55 N; 4CGD A; 3TAQ A; 3JAM O; 2A1S A; 3L2R A; 4CFA A; 4ISE A; 4PY5 A; 4A2A A; 2D0A A; 1O13 A; 4KHP K; 2X6S A; 1EQY A; 3RMC A; 2YJF A; 4HUF A; 3J80 O; 3LDQ A; 2YNH A; 3K9J A; 3SUQ A; 5HRP A; 2DFE A; 1WUA A; 1YAG A; 4XH5 A; 2PYJ A; 4CHP A; 4DU3 A; 2OZM A; 4KHS A; 1HNX K; 3CCR N; 1TK0 A; 1S6P A; 2PYL A; 1CLQ A; 2ZGZ A; 4BRM A; 3CG7 A; 3ZEU A; 4IBN A; 4DWI A; 4KAZ A; 4X62 K; 3AO4 A; 3TTF A; 4L3Q A; 3K9K A; 1YJ9 N; 4HVJ A; 3SQ4 A; 1HQU A; 3VF2 A; 2QEX N; 4CJW A; 5FPE A; 2IDO A; 1GLL O; 1JXE A; 3MAQ A; 5CZ2 A; 1BGX T; 4EHT A; 3QEP A; 3QIP A; 4CJ3 A; 1KVB A; 1J6Z A; 2HOE A; 1NMD A; 4DTJ A; 4KHN A; 3IS9 A; 2OCE A; 4CES A; 2YI1 A; 3O3H A; 1BI4 B; 4JI0 K; 1Z25 A; 3DRR A; 1IKX A; 4ZTF A; 5I3U A; 2HBM A; 4EAH D; 4DSF A; 1RT5 A; 1A5W A; 4I9Q A; 4K41 A; 1Z26 A; 4OLA A; 1JLA A; 3CCQ N; 3ENH A; 5AZJ A; 3R1X A; 4JI8 K; 3VQ4 A; 4C23 A; 4FYD A; 5TKY A; 2YHX A; 3SCX A; 4JKD A; 2FBT A; 3TWH A; 1NGI A; 1QQM A; 2X78 A; 3HT3 A; 5FPN A; 3IMX A; 4DV0 K; 1BUP A; 4BRP A; 1S22 A; 4LC9 B; 3VGK A; 3VQB A; 5GIP A; 4C8K A; 1JCF A; 3N4P A; 5AQW A; 4F2R A; 1JLC A; 4UQG A; 1RBS A; 3THX A; 1IKW A; 1S1V A; 3ZSQ A; 3OY9 A; 1WAF A; 1R0A A; 1KTQ A; 5AZI B; 2OPR A; 1ZBU A; 5AQT A; 4W5O A; 3DAW A; 3I0R A; 2P9P A; 4FLZ A; 1KD1 O; 3HP9 A; 3AAQ A; 5SZT A; 2UU9 K; 1NU0 A; 3AVC A; 4W5Q A; 4IOA L; 5HBM A; 3SMS A; 3O08 A; 3QNN A; 3GE1 A; 3L2W A; 4MO4 A; 1QZ5 A; 3CJB A; 2KZM A; 1C0G A; 1C0M A; 4BC2 A; 1K8A O; 4DTM A; 4CEE A; 5J1E A; 1EP4 A; 4IJA A; 2HB5 A; 5E84 A; 4FWK A; 3JYT A; 4PKH A; 4LF8 K; 3ZLJ A; 4E0D A; 4RW7 A; 4CGJ A; 1NKC A; 3J7Z O; 2ITG A; 3JXU A; 1NGB A; 4DR1 K; 2QA4 N; 3E9O A; 3TAR A; 1WNS A; 4FCY A; 5EY4 A; 4NYN A; 1RT6 A; 3UKR A; 2HHQ A; 1UAX A; 2BAN A; 1YVN A; 3SJH A; 4CZJ A; 4FWN A; 3EN9 A; 3THY B; 2OPQ A; 4JD2 B; 4BR2 A; 1RTD A; 3PO5 A; 1ZBI A; 4QCL A; 4CZE A; 1W97 L; 1NLV A; 2D4W A; 3V9U A; 3QEV A; 1HKB A; 4J2D A; 5BN8 A; 3L3V A; 4J2B A; 4GKJ K; 1TKD A; 4BY9 C; 1W0H A; 3NF7 A; 3FZL A; 1TAU A; 1S1T A; 3H3N O; 4BR7 A; 4CGI A; 1KAY A; 3QO9 A; 1U2V A; 2GWK A; 4JK8 A; 1L3S A; 1TL3 A; 1VHX A; 4KRF A; 4DR6 K; 2D0P A; 1C1A A; 1EET A; 3FGU A; 3PIO L; 4B3O A; 4E1N A; 4RW9 A; 3AA4 A; 1XMQ K; 2D0C A; 2EWS A; 3VOV A; 3LDO A; 2O8E A; 3QER A; 1E3M A; 2GEL A; 2E2O A; 2CGL A; 2E1Z A; 3HZ6 A; 3WNF A; 1BO5 O; 4W5T A; 5M1K A; 4NLB A; 4X65 K; 4IOX A; 2RPI A; 3Q7B A; 4OLB A; 1TYQ B; 4CEQ A; 4XIU A; 4FM1 A; 1TVR A; 2Y1I A; 3DLL L; 4FWP A; 4GVM A; 3LP2 A; 1HR0 K; 4BC3 A; 4DV6 K; 3CC2 N; 1SKR A; 1NKB A; 2UUC K; 2XY8 A; 2XO7 A; 1KLN A; 1MWK A; 4YOT A; 4PKG A; 3LAK A; 3QFP A; 2NZT A; 4M3R A; 4CJE A; 1QSY A; 4FVU A; 1LW2 A; 5AQI A; 4F9O A; 3T1Y K; 5BN9 A; 1FKP A; 5KI6 A; 3U3G A; 4FZX C; 1VQN N; 4DQQ A; 4DS5 A; 3AAR A; 3UKU B; 1CZ9 A; 5D3G A; 4DG1 A; 4IDK A; 5TKW A; 1OH5 A; 3SJJ A; 3QB0 A; 1JLF A; 3SZ2 A; 4BRC A; 4PUO A; 3VQ5 A; 3KWI A; 1JKH A; 3RRH A; 3BGR A; 3D2F B; 3DXM B; 4JRQ A; 4BRL A; 1VSI A; 5AQQ A; 3ZT3 A; 1J5O A; 3ULE A; 2FF3 B; 1C1B A; 1CXU A; 4WYB A; 5BPN A; 3VES A; 4ILG B; 4DFM A; 3K2P A; 5AQH A; 4RW6 A; 3J7Y P; 4KHU A; 3L2V A; 3OYI A; 4C8L A; 3NH0 A; 4CJP A; 2FSK A; 3N4Q A; 3I8B A; 1QS4 A; 4YOX A; 1LOT B; 3AVF A; 4O0J A; 4WFB L; 1RDC A; 3WXI A; 1NNE A; 5I42 A; 2VG5 A; 4DTS A; 4H4M A; 4B9M A; 5C25 A; 2B5J A; 2RKI A; 3NVK A; 4JI5 K; 3ZSX A; 4LSN A; 1JCG A; 4CJ5 A; 2E4L A; 3AVK A; 4DCH A; 3LP0 A; 3L2U A; 3PX0 A; 3AGK A; 4KH5 A; 4CIG A; 2UUA K; 4KBO A; 1SL2 A; 5EVZ A; 3UIQ A; 3VF6 A; 3NF6 A; 3QEX A; 4N41 A; 2Z1G A; 4XEI A; 4CE9 A; 4CFB A; 1LV5 A; 4KHY A; 3VQ9 A; 2E88 A; 5AQL A; 1SUQ A; 2QWL A; 5LMU K; 2BTF A; 5M1Q A; 2ZJP L; 3MXM A; 4FLV A; 3VPZ A; 2QXF A; 4H5R A; 3THW A; 3IUC A; 4YOR A; 2RN2 A; 2D0B A; 3OA9 A; 1S1U A; 4DF8 A; 3DXK B; 4EHU A; 4CJQ A; 3CPE A; 1NK4 A; 1KVC A; 4LFC K; 2G8U A; 3THV A; 3ISN C; 3ZET A; 4ELV A; 5LL6 Z; 4LD0 A; 1NOY A; 4HCC A; 3AVM A; 4M3U A; 4M3X A; 3FFI A; 3C6T A; 3HM8 A; 3L4I A; 5FRO A; 4CCH A; 4OKJ A; 4E19 A; 1CZB A; 2E20 A; 3ZCM A; 4FLU A; 3OYB A; 1NGE A; 3EZ5 A; 1JLQ A; 2HHV A; 4KHQ A; 1RT4 A; 4CZH A; 4JKB A; 4CIE A; 5EU7 A; 3P4I A; 3A0I X; 4CGH A; 4WFA L; 3K5L A; 2VYP A; 1N32 K; 2J4R A; 2FC0 A; 2HVH A; 5AQP A; 5AQM A; 3GG4 A; 4CJK A; 3AVN A; 2DY4 A; 5KGX A; 5AQO A; 2G8K A; 4FZY A; 5AQU A; 3O8M A; 3FLC O; 4W5R A; 1SL0 A; 1K9M O; 4YOW A; 3HK2 A; 2P9N A; 3AVA A; 3CCE N; 2E1Y A; 4JI1 K; 2YNI A; 5AFU A; 4Z94 A; 3VQC A; 3HPG A; 3M3Z A; 3RWU A; 3CFP A; 4FWR A; 3NGI A; 3EYZ A; 2Z1H A; 3TTC A; 4R79 A; 4JRP A; 1D5A A; 3OS0 A; 1JL1 A; 1EWR A; 1NKE A; 1GLD G; 1N36 K; 1Z6R A; 3A5L C; 3AVG A; 2OPP A; 3H46 O; 3VEW A; 2O8D B; 4CGF A; 3ZT1 A; 3KK3 A; 2JLE A; 1HPM A; 3PIP L; 3I33 A; 4LH5 A; 2RF2 A; 2NRZ A; 3BEX A; 2VG6 A; 4Z4H A; 4B3S K; 4DR7 K; 2P9K B; 1RBV A; 2KQ2 A; 2ASM A; 1TUY A; 3CER A; 4FLT A; 2UXB K; 3O9U A; 2A6A A; 1KCF A; 4PA1 A; 2WOM A; 3LL3 A; 2QWQ A; 3OYA A; 1JLE A; 1XQS C; 5JLF A; 4IEE A; 2AP1 A; 4ELT A; 2FBX A; 3R9P A; 1VSF A; 1LAW A; 3CJC A; 3E66 A; 1A5X A; 1HNV A; 4A57 A; 1Q8I A; 4GVE A; 3RTV A; 3S41 A; 1IH7 A; 1GOA A; 3AVB A; 1WSE A; 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3WXL A; 3ZSZ A; 2HHW A; 4QS8 A; 4DQP A; 1RDD A; 4IJN A; 1XC9 A; 5KGW A; 5AQX A; 3S9H A; 5JS1 A; 1NJW A; 1S1X A; 4CI6 A; 3ZYY X; 4DTU A; 5JLH A; 3CCJ N; 4F4K A; 4BR5 A; 2BGG A; 2F9W A; 4CHZ A; 3KJV A; 1IG8 A; 3VTH A; 4WQ4 A; 4EP4 A; 1JLG A; 4OGC A; 1J53 A; 3CMA N; 1KSP A; 4EZ9 A; 1S9G A; 4AHC A; 4IKF A; 5AQR A; 3CJ9 A; 2QWN A; 2O8B B; 4LF9 K; 4I2Q A; 3L0Q A; 3MED A; 3L4Q A; 3MN9 A; 4BGA A; 4BRE A; 2YCH A; 2E5L K; 1K6Y A; 4A61 A; 1HKC A; 5F1X A; 2O8F B; 2B4J A; 1TK8 A; 5GAH P; 4Z4F A; 5BRH A; 5HRR A; 4ID1 A; 3D2E B; 3HVT A; 2HND A; 2E6L A; 3U8X A; 3BDP A; 4M3W A; 3SYZ A; 2QWR A; 4BRA A; 3WEE B; 4MQ3 A; 1OH6 A; 4BC5 A; 3CD6 N; 4JAX A; 3SQ0 A; 4DFK A; 2G8I A; 4K42 A; 1JXB A; 3ZSR A; 1VSL A; 1U48 A; 3C0B A; 2F9T A; 1Q86 O; 5KRS A; 4BAC A; 3K58 A; 5B8H A; 4FL9 A; 1BOT O; 1NBW A; 4M3T A; 2NRV A; 4CD3 A; 1NGC A; 4JI7 K; 5AQZ A; 5M1P A; 3DLK A; 3CCV N; 4FWO A; 4EZ6 A; 4JKC A; 1HRH A; 4QS9 A; 4KFB A; 3AVL A; 3HST B; 1T05 A; 5E26 A; 3ASM A; 1N34 K; 1BI4 A; 3SAF A; 3S3O A; 3DYA A; 3E9P A; 3KKS A; 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