The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
|
sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
N(6)-methyladenosine in mRNA disrupts tRNA selection and translation-elongation dynamics.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
27
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-12-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DV4 K; 2F4V K; 4K0K K; 4DR6 K; 2VQF K; 4JYA K; 2UUC K; 4GKJ K; 4DV7 K; 1XMQ K; 2ZM6 K; 4X65 K; 4YHH K; 4LF8 K; 1N36 K; 4DV5 K; 4CVN E; 5LMU K; 4JV5 K; 4X62 K; 1HNZ K; 4JI3 K; 4DR7 K; 4DV6 K; 1IBK K; 4JI5 K; 1N34 K; 1I94 K; 5LL6 Z; 3JAM O; 5A2Q O; 4LF6 K; 4X66 K; 4GKK K; 3J81 O; 4DUZ K; 1HNW K; 4DR2 K; 4LF9 K; 4DR1 K; 2UXD K; 5BR8 K; 1N32 K; 3J7Y P; 5IWA K; 3T1Y K; 4CW7 B; 5AJ3 K; 4B3T K; 1XMO K; 4LFC K; 1HNX K; 4YY3 K; 3OTO K; 1FJG K; 4LF5 K; 4JI4 K; 4NXM K; 1J5E K; 2UUA K; 4DV1 K; 2UUB K; 3J7A P; 4DUY K; 2E5L K; 1XNR K; 1XNQ K; 5LMN K; 2HHH K; 4LFB K; 4DR3 K; 4B3M K; 2UXC K; 4DV3 K; 2VQE K; 4DV0 K; 4DR5 K; 4JI0 K; 4LF4 K; 4NXN K; 4OX9 K; 4KHP K; 4X64 K; 4JI8 K; 2UXB K; 4JI7 K; 1HR0 K; 4V19 S; 1N33 K; 3J80 O; 4B3S K; 4LF7 K; 4JI6 K; 4B3R K; 4DR4 K; 3T1H K; 1IBL K; 1IBM K; 5IT9 O; 4JI1 K; 4JI2 K; 5FLX O; 4DV2 K; 4LFA K; 2UU9 K; 4AQY K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4FJ9 A; 4I2P A; 2F4V K; 3TSP A; 5I9E B; 3PV8 A; 4R79 A; 1YF5 L; 1HNI A; 2Q3S A; 3WXL A; 1T6C A; 3SBT A; 3CIP A; 3AVC A; 4FJK A; 5AQT A; 3P39 A; 4KHY A; 3GDQ A; 1RDW X; 1S9E A; 1QSL A; 3CPW M; 3LP2 A; 3MAQ A; 4DV6 K; 4DF8 A; 4CBX A; 3A5N C; 4XH1 A; 1BA1 A; 4I6M B; 3LP1 A; 4E7L A; 2YCH A; 4JD2 A; 2O8D B; 5AQM A; 4EZ6 A; 4E1N A; 2W42 A; 2UXD K; 4BRO A; 1Q81 O; 4ISE A; 1XC9 A; 2RN2 A; 1R59 O; 2IC3 A; 3F73 A; 1S1X A; 5AZJ B; 4Z4H A; 1YJ9 N; 5M1F A; 3RMB A; 1KTQ A; 3V1O A; 4HTL A; 2PAV A; 3LAM A; 1EO1 A; 3VQE A; 4LF5 K; 3UKU A; 4FOI A; 4AHC A; 4A62 A; 3THV A; 4DFM A; 3VQ8 A; 1VRU A; 4BGA A; 4KRF A; 4KV8 A; 3TSQ A; 3M8R A; 4FWO A; 4DUY K; 4FJI A; 4RG8 A; 1KXP A; 3GOI A; 2P9I B; 4E0D A; 4CZL A; 1BOT O; 4ISG A; 1EP4 A; 1KLM A; 1RTH A; 1C0F A; 3DOL A; 2CGL A; 4DR3 K; 4WQ4 C; 1NMD A; 2HHX A; 1NGD A; 3TR8 A; 3HO1 A; 1V4T A; 4FK0 A; 1KCF A; 2A6A A; 4YOV A; 3RMD A; 4FJL A; 2FBT A; 1XQS C; 4KB1 A; 2F9T A; 1QSY A; 1YJW N; 2VWK A; 1J6Z A; 3VQ5 A; 4FL9 A; 4AHV A; 3AVJ A; 4KHN A; 3FGU A; 1FK9 A; 4DLE A; 4KRE A; 3FZM A; 4C1N I; 4MLH A; 1IBM K; 1TKZ A; 4A61 A; 2G8U A; 1YT3 A; 4DFP A; 3KKR A; 3HXM A; 1YUW A; 3VF6 A; 3V9S A; 1TUY A; 5FPE A; 4BRQ A; 2RKI A; 3MN5 A; 1JKH A; 3SV3 A; 1E4G T; 2VQF K; 4M3R A; 4A57 A; 1TKD A; 3ZLJ A; 4CFD A; 2P9U A; 3SV4 A; 2NRX A; 4F9O A; 3PO4 A; 2QWM A; 2FLO A; 4CJP A; 1WOQ A; 4WE1 A; 2O8B A; 4YDU A; 3O9Q A; 3D45 A; 5C2F A; 4FWL A; 1Z6R A; 4ISF A; 4A2A A; 4LF6 K; 2ASM A; 3AGR A; 4E7H A; 4FWQ A; 4B1W B; 5AQF A; 4B8A B; 5BR8 K; 4FZZ A; 4CEQ A; 1WSE A; 1DEJ A; 4C8N A; 4HVJ A; 3KHY A; 5GIP A; 3B6O A; 4CZM A; 2HST A; 3THY A; 2VGN A; 2YNG A; 1S72 N; 4Z4C A; 2VCP A; 1JLG A; 4PY5 A; 5C0Y A; 1FXX A; 1KVA A; 1IKY A; 1WSG A; 3CCJ N; 1C0U A; 4KI6 A; 1ZBU A; 3AVH A; 3HPO A; 2HBM A; 1N6Q A; 2QK9 A; 1XNQ K; 1NG9 A; 1SKS A; 4B9V A; 2HHH K; 3VQB A; 2HMP A; 3LM2 A; 2GWK A; 1DGK N; 3GL1 A; 3ZT4 A; 4RW7 A; 2CH5 A; 3SCX A; 4LH5 A; 3O3F A; 3CER A; 3LDO A; 3U3Y A; 3TAR A; 1RDA A; 3K5M A; 3ZSO A; 3HBT A; 4FLY A; 1NK8 A; 4LD0 A; 3QNO A; 4FJ8 A; 2F9W A; 3DWL A; 1BWF O; 4JI7 K; 4IOX A; 1HR0 K; 3WT0 A; 4BRL A; 4CK1 A; 4KI4 A; 2FC0 A; 1NGF A; 1CZB A; 4BE0 A; 3VA0 A; 2Z1J A; 3L2W A; 5DM6 L; 3RWU A; 3UKU B; 2HVI A; 3F9K A; 2X6S A; 1MWK A; 3UE5 A; 1OH7 A; 4IFE A; 4O55 A; 1TV6 A; 3ZSV A; 4IO9 L; 4DKW A; 3H1V X; 1RBR A; 1RT1 A; 1D9F A; 1VSK A; 3TSU A; 4DV4 K; 3AA2 A; 1YXQ A; 3BEX A; 1RDD A; 1BCM A; 2W6K A; 3DXK B; 3VGL A; 1TK0 A; 1JL2 A; 3EE9 A; 3SUN A; 3DXM B; 4FM0 A; 3SPY A; 1M90 O; 3WNF A; 5KPR A; 3WXJ A; 1IO2 A; 2YNI A; 3CJC A; 3NDK A; 4RW6 A; 3HP6 A; 4RWT A; 1S22 A; 2GV9 A; 5JVH L; 1P90 A; 3TAE A; 3KJV A; 1Z26 A; 4ILG B; 3SJJ A; 3SUO A; 1HNW K; 2YHA A; 1VAZ A; 3T69 A; 2HHW A; 3HK2 A; 1QZ6 A; 4W5R A; 4GNI A; 4CZI A; 4HHT A; 3R9P A; 3CMA N; 3B6P A; 1NKE A; 1EX4 A; 4CE9 A; 1EWQ A; 4FM1 A; 3VEN A; 5GAH P; 1VSE A; 4PKI A; 3SK3 A; 4E7I A; 2YX6 A; 4KTW A; 2QXF A; 3OYI A; 3CQY A; 2ZF5 O; 4H4M A; 4CGH A; 3OW2 M; 3BUZ B; 1J5E K; 3PIO L; 3LZI A; 3DLB A; 4O5F A; 4ILH A; 4CED A; 3ULD A; 4M3Y A; 1DKG D; 4DTJ A; 3QIP A; 3FLC O; 1XNR K; 1RIL A; 1JLQ A; 2ZJR L; 1ZXO A; 1J54 A; 2BTF A; 4BR4 A; 5J2N A; 3R3L A; 4O8K A; 2Z1H A; 4L8R B; 4Q0B A; 4EZ9 A; 4HUF A; 1EKE A; 1L3T A; 3SQ4 A; 1D8Y A; 4O5B A; 4BG9 A; 4DR5 K; 4CHZ A; 3QBW A; 2PZS A; 3SMS A; 4DTR A; 3SNN A; 3UKR A; 1IKX A; 4FJ5 A; 2NRR A; 3FZH A; 2E1Z A; 3ZEU A; 3PSF A; 5AFU A; 3CCV N; 3HSC A; 2GUP A; 5JS2 A; 1Q8I A; 4DTM A; 2KTQ A; 4WQ5 A; 1J5O A; 2V51 B; 1HX1 A; 4CES A; 5FRM A; 3S3M A; 2E4L A; 5HRP A; 4PQU A; 4NCA A; 1OVQ A; 2BGG A; 5HRR A; 3VGK A; 2H3G X; 4CJQ A; 3HVT A; 4NYF A; 3MCP A; 4NCB A; 3D2F A; 4O0J A; 4OKK A; 1RDU A; 2QW9 A; 4IDK A; 1W0H A; 2RF2 A; 5D3G A; 2QM1 A; 3SMP A; 3OYG A; 4H5W A; 4R5P A; 3DJC A; 3HPH A; 5AFU H; 4O0I A; 1VQP N; 3R8E A; 4H0O A; 2P9N B; 2O8C B; 1TYQ B; 2HHU A; 2F96 A; 3AVG A; 1ATN A; 3VTH A; 2PY5 A; 3LDL A; 3U8X A; 4DSI A; 4CHP A; 2HND A; 4DMN A; 3KK3 A; 3D2E B; 3C6H A; 1LV5 A; 4CJL A; 4QAG A; 3PIP L; 1RDB A; 2NZT A; 1JLC A; 1VSF A; 3CJB A; 3IFR A; 2O8E A; 1TVR A; 4DWI A; 3EKS A; 5FDL A; 5GAG P; 3QES A; 3G4S N; 1Y64 A; 3O3H A; 4B8C A; 3OHR A; 1K8K B; 4E19 A; 3KLF A; 2P9P B; 1X9S A; 3K9J A; 3ZET B; 4CIF A; 4Z4I A; 4CEO A; 5CE3 A; 2YKN A; 1HYV A; 3NH1 A; 5AQQ A; 1C1C A; 5LMN K; 4DQI A; 4BVP A; 4KH4 A; 4BRC A; 2OPR A; 4YOU A; 2IVP A; 1HKG A; 3TU5 A; 2NRZ A; 3DLH A; 1NGC A; 1TGO A; 4JI8 K; 2ASO A; 3V9U A; 1VQL N; 1RTJ A; 4PWD A; 4JS5 A; 2YHY A; 3U4L A; 1D5A A; 4IZ9 A; 4QS9 A; 1RFQ A; 2P9K B; 1BQN A; 3SPZ A; 4B3R K; 2V7Z A; 2ZGY A; 5LJW A; 1VQ8 N; 3HPG A; 4RTF D; 5FLX O; 3TAB A; 4GV9 A; 4DTU A; 2Q31 A; 2AA4 A; 3K57 A; 4Q5V A; 3J8A A; 4DR6 K; 3T19 A; 3CXC M; 1QS4 A; 1RT3 A; 4KH5 A; 4DQ8 A; 4I6M A; 4HWI A; 2ZM6 K; 3TAF A; 4CGI A; 2O8D A; 2HHT A; 3O1W A; 3HI0 A; 1BI4 B; 4FLZ A; 2ZQB A; 1NKC A; 3MMV A; 3EYZ A; 3AVF A; 3MXM A; 3I0S A; 2WC9 A; 3OYB A; 2HBK A; 1E4F T; 5AZJ A; 2RHK A; 4OGC A; 5AQK A; 4OPA A; 3NVK A; 4F3O A; 3Q7C A; 4I2Q A; 2NUB A; 4N47 A; 4FW2 A; 3DLG A; 1Q9X A; 2JGU A; 2KZM A; 1S1U A; 5KRS A; 1ZBL A; 3I8D A; 2LSN A; 3VF2 A; 4CW7 B; 5JLH A; 1C1B A; 4FWP A; 3SYZ A; 4LFC K; 1HNX K; 4KHW A; 1VQM N; 1C0G A; 4CJK A; 1L5U A; 3AVK A; 1FJG K; 4YDU C; 3WNG A; 2P9I A; 1SZ2 A; 4FK2 A; 1GOB A; 4PHT X; 3I8B A; 3M6G A; 1NU0 A; 2UUA K; 4IG3 A; 3VQA A; 5BRF A; 3LWL A; 2X6N A; 1W7A A; 4M3Z A; 1QQC A; 3M1F A; 1UA1 A; 1WSF A; 3SBG A; 2D0O A; 4JS4 A; 1KSP A; 2DTU A; 3G10 A; 4M7Y A; 4IEE A; 4CJS A; 2WUS A; 1YIJ N; 3UIQ A; 4DV3 K; 2VQE K; 4GVM A; 4CJE A; 4FJN A; 2E20 A; 1NM1 A; 2Q97 A; 5M1Q A; 1LW2 A; 4NXN K; 2P51 A; 3O4W A; 4FWR A; 3QO9 A; 3LAN A; 4N56 A; 2XY8 A; 4CZF A; 4NO7 A; 4BR0 A; 3DMJ A; 3DRR A; 4HCB A; 4CHQ A; 2HF4 A; 4CJ4 A; 3ATV A; 1T6D A; 5EVZ A; 3O9R A; 2P1J A; 3CFO A; 4WYB A; 1L3S A; 1NGA A; 1FKP A; 5C25 A; 3FFK B; 1S5J A; 3ZT0 A; 4BWJ A; 3MXI A; 3S41 A; 3FZK A; 1TKX A; 2NNW A; 4JNE A; 3C7N B; 2NLX A; 2Z1G A; 3HOT A; 4E1M A; 4DV5 K; 4DSJ A; 5BN8 A; 5AQI A; 2G8I A; 1ZBH A; 2KZZ A; 1ASW A; 1JLB A; 3L4Q A; 3GE1 A; 4FJG A; 1Q18 A; 3MN6 A; 5LL6 Z; 3K59 A; 5AQO A; 3CFP A; 3QNN A; 3AO2 A; 2HHQ A; 1B92 A; 2IOC A; 1G99 A; 1NMN A; 4BG8 A; 1L3V A; 4KTQ A; 1ZBI A; 3AVM A; 1ZYQ A; 2G8H A; 4GV6 A; 1X9M A; 4H4O A; 2Q0U A; 1U49 A; 2XY5 A; 4KB0 A; 5E41 A; 1QQO A; 4JHD B; 2GUI A; 1K6Y A; 3H46 O; 3HM9 A; 2E88 A; 3HRG A; 5ELZ A; 4DTX A; 1H1V A; 2EHG A; 1HMV A; 3M8Q A; 3C94 A; 1LCU A; 4QCL A; 3FFI A; 5J2M A; 2YHW A; 3DAW A; 3GG4 A; 3RSE A; 2WON A; 4AF1 A; 5M1N A; 2HB5 A; 3AVL A; 3OYD A; 2IIR A; 1VQ9 N; 1RT2 A; 3O9U A; 4IJN A; 3CC7 N; 3WEE B; 2VG7 A; 5C15 A; 4Y1C A; 4M3X A; 2VG5 A; 1E3M A; 2O8F B; 2YHX A; 2HHV A; 5BPM A; 1NJI O; 1JLF A; 3VEO A; 3OVN A; 4KPY A; 4OKJ A; 5C2D A; 4BRG A; 3DM2 A; 4BR9 A; 4CCH A; 1JLE A; 3LZJ A; 1LAV A; 1N33 K; 3PX0 A; 3VF4 A; 1D4X A; 3NH0 A; 3MEG A; 4B9N A; 2HHS A; 4FJX A; 1S6P A; 1BO5 O; 1I39 A; 4RW8 A; 3T1H K; 4M3T A; 5IT9 O; 3DXK A; 2O4G A; 3IDH A; 1WAF A; 4GV3 A; 4G9Z A; 3VQQ A; 4H5N A; 4BR7 A; 3DXM A; 5C42 A; 4CHY A; 4XH4 A; 3T7Z A; 2YJE A; 3CYM A; 2Q1N A; 3PUF A; 5GAE P; 1S6Q A; 3ISN C; 3NF7 A; 5FPD A; 5AQX A; 2OZS A; 3KLG A; 4X65 K; 3A5O C; 2QI2 A; 3TTF A; 3OA9 A; 4CJW A; 3JYT A; 4BAC A; 3UB5 A; 1CZA N; 1N34 K; 4YOY A; 4WQ5 C; 4KHQ A; 5CR4 A; 4CGF A; 3OYH A; 4K8Z A; 3TI0 A; 3QB0 A; 4EFH A; 1O13 A; 4BR5 A; 2Q36 A; 3MN7 A; 4W5O A; 2IGI A; 1NK5 A; 3SAG A; 1ZBS A; 1WLJ A; 2NRT A; 3E1Y A; 1NK7 A; 3T1Y K; 4HUE A; 5AJ3 K; 1GLE G; 4JK9 A; 3OS1 A; 5CZ1 A; 3KIO A; 4UY8 O; 1HQE A; 3KZB A; 1RT6 A; 4AM7 A; 3W0L A; 4M3U A; 2YNF A; 2F8T A; 1BIZ A; 3K5O A; 5FPN A; 1TK5 A; 1HNV A; 4CEF A; 3KLE A; 3L4I A; 3MXJ A; 5BR9 A; 3E66 A; 4Z4G A; 2QWQ A; 4JKF A; 3WQT A; 5E84 A; 3FZL A; 2QWP A; 1WSH A; 2KKZ A; 1TL1 A; 4KHS A; 2E2N A; 4DCH A; 1R0A A; 4OGE A; 1V4S A; 4A5A A; 1VQN N; 4CF1 A; 3VQ6 A; 4DS5 A; 4B1U B; 2I5J A; 3IAY A; 3RVC A; 4AIL C; 1VSJ A; 2F8S A; 3DLK A; 2IVO A; 3A5M C; 3K2P A; 4JK7 A; 1CXU A; 1QE1 A; 3MED A; 3BDP A; 1QTM A; 4JKB A; 4BC3 A; 4CI6 A; 3CC4 N; 3OJS A; 2EX3 A; 2QEX N; 4KHU A; 3CCU N; 4B9L A; 3I0R A; 4OJR A; 1Q82 O; 4FWK A; 3BP8 A; 5MLC Q; 4EHU A; 3MK6 A; 4H03 B; 4DV2 K; 3RSE B; 5B8H A; 4DLG A; 2ZWH A; 3FR0 A; 3CCE N; 3PO5 A; 4BRA A; 3LDN A; 3O8M A; 3ENO A; 3VMF B; 1WBB A; 4O44 A; 3V6D A; 3QEI A; 2P9N A; 2O8C A; 3TTD A; 4CVN E; 2D5R A; 1TYQ A; 5LMU K; 1Q7Y O; 3QBX A; 1U45 A; 4B1Z A; 3ZYY X; 1HRH A; 5HBM A; 4JN4 A; 3O9S A; 1KRP A; 4CJR A; 3D2E A; 3LDP A; 5CYQ A; 3OYA A; 4C8M A; 2OTJ N; 3VEX A; 1X1P A; 5KI6 A; 3HT3 A; 1QVF M; 4A5B A; 4M3W A; 4OLB A; 4AHT A; 4CF8 A; 1GLL O; 1K8K A; 3P1G A; 2P9P A; 1IG8 A; 3A5L C; 3NCI A; 3ZET A; 4BRF A; 1HYZ A; 3P38 A; 1XMO K; 3KD5 E; 4KKO A; 4XIU A; 4LSN A; 2FXU A; 4UQG A; 1BDG A; 3KWI A; 1N5Y A; 3DI6 A; 4OLA A; 3ZX3 A; 4CJV A; 5CHI A; 3OYK A; 2QWL A; 3WXM B; 5I42 A; 1LWF A; 5CZ2 A; 3J7A P; 2ETJ A; 1YHQ N; 1DTQ A; 1WAJ A; 2OZM A; 4BE2 A; 4K25 A; 2ITM A; 2DFH A; 4W5Q A; 4IFY A; 2NRV A; 2QXL A; 3CG7 A; 4W5N A; 3AO3 A; 1LAW A; 1Y97 A; 3A0I X; 5BPL A; 4FLT A; 3F5T A; 3O1B A; 2P9K A; 1SV5 A; 4MLE A; 5KPT A; 4B9T A; 4K42 A; 3KKS A; 2UXB K; 1SL1 A; 2G8K A; 3KK1 A; 5AQR A; 4CD1 A; 4CF2 A; 3VGM A; 4AHU A; 4JRP A; 4NYN A; 4Y1D A; 4KFB A; 4ZTF A; 3ZSZ A; 4OPH A; 2ZE2 A; 3H6E A; 5EXW A; 3WNH A; 1OH5 A; 4IJA A; 4M41 A; 3TAN A; 1A5X A; 5AQZ A; 1BI4 A; 2V7Y A; 4NLB A; 5DM7 L; 2GX9 A; 4CGJ A; 1UWB A; 1S9G A; 2UUC K; 4ZTJ A; 3K9K A; 1CZ9 A; 4YHH K; 4DU3 A; 4I9Q A; 3PSI A; 5F0X A; 2D0P A; 5M1P A; 1GLD G; 1IBK K; 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