The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
36
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sequence length |
92
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structure length |
92
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Chain Sequence |
VGSVAALLTVVFYIAAVMATNLYGATFPEWFGDLSKSLYTLFQVMTLDSWSMGIVRPVMNVHPNAWVFFIPFIMLTTFTVLNLFIGIIVDAM
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transport protein
|
| molecule keywords |
Ion transport protein
|
| publication title |
Molecular basis of ion permeability in a voltage-gated sodium channel.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Magnetococcus marinus mc-1
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| total genus |
36
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| structure length |
92
|
| sequence length |
92
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-12-10 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3ZJZ A; 4P2Z A; 3SJQ C; 3E8F A; 3E8H A; 2DWE C; 3E89 A; 3RVY A; 2WLL A; 3TET A; 2ZXW C; 3FB8 C; 3E8B A; 3LUT B; 2Y69 C; 3F7Y C; 3IFX A; 2WLH A; 2A79 B; 4GX1 A; 4KFM A; 3GB7 C; 4MVZ A; 3T2M A; 2Q69 A; 3ABK C; 4PDR A; 3K0G A; 2BOB C; 4R7C A; 2WLN A; 3UM7 A; 4J9Z B; 2EIN C; 4MTF A; 4WFH A; 5EC2 C; 2Q68 A; 1K4D C; 1OCC C; 3K06 A; 3OUF A; 4QE9 A; 3RBZ A; 5B1B C; 2H8P C; 3K08 A; 5J9P C; 3RVZ A; 4BW5 A; 4MVS A; 4MTO A; 4PA7 A; 4RO2 A; 2W0F C; 3LDD A; 4X8A A; 3X2Q C; 4MW8 A; 4MW3 A; 2HVK C; 3ASN C; 5EC1 C; 2IH1 C; 2HJF C; 3SPH A; 2Q6A A; 3SYP A; 3STZ C; 2ITD C; 1K4C C; 2EIL C; 1LNQ A; 4RUF A; 3SPJ A; 3T1C A; 1M56 C; 4QE7 A; 4GX0 A; 3RW0 A; 3JYC A; 1QLE C; 4WFG A; 4G28 B; 4MVO A; 4P30 A; 5EK0 A; 2WLK A; 1BL8 A; 2WLI A; 3SYC A; 4R8C A; 4J9Y B; 5CBG A; 4MTG A; 3IGA C; 3UKM A; 3HPL C; 1ORQ C; 4RUE A; 5CBH A; 2JK5 C; 3BEH A; 3OGC C; 4H37 A; 3T4D A; 3R65 A; 3WG7 C; 5IY5 C; 4XDJ A; 5KUK A; 2WLJ A; 3E8G A; 3ZRS A; 1V54 C; 3KG2 A; 2X6B A; 3OR7 C; 4PDL A; 2ATK C; 3AG3 C; 4PA6 A; 4UUJ C; 5EBM C; 3SYO A; 3LNM B; 3T4Z A; 2HVJ C; 4HZ3 A; 4JTA B; 4TWK A; 4MVU A; 2WLI B; 3PJS K; 3LDE A; 3AG4 C; 4OXS A; 4PA4 A; 4QNH B; 2AHY A; 4X88 A; 4GX2 A; 1P7B A; 5BZB A; 4R6Z A; 4CBC A; 2A0L A; 3ABL C; 4XDL A; 4JTC B; 5B1A C; 3VOU A; 2HG5 C; 3K03 A; 2WLM A; 4MVQ A; 1R3L C; 2HFE C; 2Q67 A; 2EIJ C; 3EFF K; 3OUS A; 2ZD9 A; 4G27 B; 4LP8 A; 4LBE C; 4MS2 A; 1JVM A; 4WFF A; 3SPC A; 2NLJ C; 4I9W A; 2A9H A; 4LCU C; 4PDM A; 2EIM C; 3K0D A; 4R50 A; 2K1E A; 4ZBM A; 4F4L A; 3AG1 C; 2IH3 C; 2BOC C; 4MSW C; 2QKS A; 2AHZ A; 2X6A A; 2OCC C; 2R9R B; 4RAI A; 3SYA A; 4HYO A; 2EIK C; 4MVM A; 1XL4 A; 1V55 C; 2YEV A; 3ASO C; 3E86 A; 3FB6 C; 5EBL C; 3F7V C; 3F5W C; 1J95 A; 5B3S C; 4PA9 A; 5CBF A; 4XDK A; 2QTO A; 4GX5 A; 4X89 A; 2KB1 A; 1R3J C; 3E83 A; 3TCU A; 4DXW A; 1OCZ C; 1R3K C; 3SPI A; 4EKW A; 1R3I C; 4WFE A; 4H33 A; 3OR6 C; 1OCO C; 3SPG A; 1ZWI C; 3SYQ A; 1KKD A; 4MVR A; 3FB5 C; 4P9O A; 4PDV A; 3FB7 C; 5EBW C; 2WLL B; 5E1A C; 5KUM A; 2P7T C; 4PA3 A; 3LDC A; 1OCR C; 3ABM C; 3AG2 C; 1G4Y B; 2DYS C; 1M57 C; 4P9P A; 2DYR C; 2X6C A; 4JTD B; 1XL6 A; 3K04 A; 2DWD C; 2ITC C; 3STL C; 1S5H C; #chains in the Genus database with same CATH topology 1EN5 A; 3KCX A; 1VF6 A; 3A2F A; 4YIO A; 1BMF G; 3U10 A; 3RYF B; 3QO7 A; 1F4M A; 4WFB V; 4DR1 B; 3ABK C; 4N23 A; 4O4J B; 2OT5 A; 2P06 A; 1SQV H; 2AXT Z; 3I55 V; 3CCR V; 4H13 B; 1SA0 B; 2MK3 A; 3E22 B; 1N36 O; 3ZHQ A; 1UJW B; 4O2A B; 3UT5 B; 4UV9 A; 2IH1 C; 2HJF C; 1ZAU A; 2N04 A; 2IJI A; 2A3Q A; 3OGI B; 1HNX B; 3ASO B; 3BFR A; 2M6Y A; 3Q4H A; 1VQ9 V; 2E74 B; 2UXC O; 2F43 G; 1GN3 A; 1ORQ C; 1IVS A; 5IY5 C; 4TV9 A; 2PI5 A; 3CCE V; 4F6E A; 5CA1 B; 2X6B A; 2ZDI A; 4UUJ C; 1U97 A; 1CP9 A; 2ETN A; 3RYC A; 4X1Y B; 5FPR A; 1M57 B; 3E35 A; 2CGN A; 4X20 A; 3MDS A; 2YXH A; 2D3O W; 1KBH A; 3FYI B; 1AP6 A; 4UV8 A; 5BY1 A; 3CCV V; 4QJF B; 2QR4 A; 4X65 B; 1QHT A; 1H2M A; 1VF5 B; 4UCO A; 4I50 B; 3L74 H; 3A0R A; 1VQK V; 4I55 B; 4U7N A; 1EN6 A; 4K8Z A; 5IJ0 B; 1Y74 B; 1VEW A; 4A5U B; 2RJZ A; 4DV1 B; 3TK1 A; 1COW G; 2JIZ G; 2Y69 B; 4TSF G; 4PDV A; 3JD2 A; 1XDC A; 2EJ7 A; 3G71 V; 2HLD G; 4DR3 O; 4I7Z B; 1YXB A; 3CXH F; 4MT8 A; 1Q3E A; 5EYP B; 1VQN V; 1HR0 B; 4KFM A; 4YJ3 B; 4B3M B; 3QO8 A; 3GB7 C; 3CRM A; 4DRX B; 1S0V A; 2CGO A; 2ZR3 A; 4UB6 Z; 3RBZ A; 5B1B C; 3JAR B; 3OMI B; 1PL0 A; 2ADQ B; 1YIJ V; 2WA3 A; 3AEI A; 3X2Q C; 5DM6 V; 4DR6 B; 4DUZ B; 5JQG A; 1XOU A; 5KHJ A; 4JI7 O; 1M5I A; 1PKX A; 4RUF A; 1V55 B; 1BQ0 A; 3JYC A; 4G28 B; 4MVO A; 5IYC O; 2V7Q G; 1THZ A; 1X59 A; 1H38 A; 4TOI A; 5EIB C; 1LUV A; 3SJC C; 4JI2 O; 2CTQ A; 4X1K A; 2IW5 A; 2ZE6 A; 3ZN0 A; 4KHP B; 3MAQ A; 4UXN A; 5JH7 A; 2QWR B; 4QIW F; 4FM1 A; 5LMU O; 1M90 W; 4JI4 B; 4JI1 O; 4X88 A; 4TV9 B; 4RWU A; 2YC0 A; 4LP8 A; 2JJ2 G; 2NLJ C; 2A9H A; 4R50 A; 1YSC A; 3OTO O; 4RQE A; 3JAK B; 5TIS Z; 2NNU A; 4G2K A; 4MVM A; 1XL4 A; 4JGS A; 4DUY B; 4K3A A; 4UCV A; 5CA0 B; 4LWS A; 2F66 C; 3E83 A; 1R3J C; 3TCU A; 2B5U A; 3IC7 A; 3QVN A; 4B7E A; 3OR6 C; 1TUB B; 3SYQ A; 1TAE A; 2LP7 A; 4JV5 O; 5EBW C; 3IAY A; 2YIA A; 3ZRW B; 4JPR A; 1LUW A; 2X6C A; 2JRI A; 2Y4U A; 3BA8 A; 2W6I G; 1KMI Z; 1R6T A; 4JYB A; 2IBZ H; 1K34 A; 2Y69 C; 2PF4 E; 1NH2 B; 4KUM A; 4JI2 B; 1NKD A; 1BQZ A; 2CH7 A; 4DV7 B; 1NH2 D; 4B3R O; 3OAA G; 1VQ5 V; 5LMU B; 3HKE B; 5A9G A; 4JI1 B; 2VQE O; 4X66 B; 3SJA C; 1L0N H; 3STZ C; 1XUQ A; 3SPJ A; 3M8A A; 4DK0 A; 1G1X B; 1VF6 C; 4P30 A; 1XMO B; 2F4V B; 1M1K W; 1I5X A; 3RYI A; 4CC6 A; 2JK5 C; 3BEH A; 2WLJ A; 4O4L B; 3KG2 A; 1XQ8 A; 1RM1 B; 2VS0 A; 1H2N A; 4AI8 A; 1WP7 A; 4Z1M G; 4TWK A; 1GRJ A; 1DGS A; 1P7B A; 5LOV B; 1BHA A; 2KSD A; 4I0X A; 5F2V O; 3FKS G; 5IYB O; 2HFE C; 4MS2 A; 2IU0 A; 3RGB A; 3SPC A; 4LF7 B; 4WBN A; 1JVM A; 2UUC B; 2EX3 A; 1IUR A; 1QR9 A; 1N33 O; 3VQV A; 4J7K A; 2ZDI C; 1F23 A; 3ABM B; 1XNQ O; 2JS3 A; 4DW0 A; 3SDL A; 2KB1 A; 2DN9 A; 4B3R B; 2BE3 A; 1KKD A; 3VQX A; 1Y6X A; 2BSK A; 5LMN O; 4DV0 O; 3TXS A; 5KUM A; 4LWS B; 3K9A A; 2CK3 G; 2XND G; 1G4Y B; 5JCO A; 3STL C; 3JAS A; 3CC7 V; 2ZIN A; 1AJP A; 5LXT A; 4YHH B; 4Q20 A; 4UCR A; 2PGG A; 1UFI A; 1H2S B; 2ZXW C; 2ZIO A; 1XI1 A; 1VQ6 V; 4DK1 A; 5DN6 G; 3OM3 B; 2YI8 A; 1YHQ V; 4MTF A; 5KX5 A; 2Q68 A; 1RFY A; 4CS4 A; 2H8P C; 4DW1 A; 1PD3 A; 4MVS A; 4X8A A; 1WA8 A; 2CTR A; 1Q90 D; 4BW9 A; 3BAB A; 4DV2 B; 1V54 B; 1BE3 H; 3OFN G; 1HWY A; 4JYA B; 1GO3 F; 4EB6 B; 3LSQ A; 4JAV A; 1BL8 A; 4WFA V; 1ZUQ A; 3T4D A; 4JI6 O; 5LBQ A; 3E8G A; 3L70 H; 4MTX A; 5EBM C; 3RYH B; 5ITZ A; 3PJS K; 1TVK B; 2BTO A; 3T1H B; 1Q8I A; 3RYI B; 5KHH A; 5LP6 B; 4O4I A; 4LF9 O; 4XDL A; 1L1F A; 5LMN B; 3AK3 A; 1RM1 C; 3K5O A; 4LR3 A; 4LBE C; 2FL4 A; 2NR5 A; 1FXH A; 2EIM C; 3K0D A; 3E2E A; 1MMM A; 2XAG A; 4CZZ A; 3G6E V; 2JS5 A; 2LO1 A; 2Q7G A; 3O9O A; 1GAX A; 2V4D A; 2QWQ B; 5JWP A; 4I0X B; 5B5E Z; 1FPO A; 4YY3 B; 1FJG B; 4DR7 B; 4XDK A; 3ZBH A; 1PL4 A; 3SPI A; 1K5S A; 4LF4 O; 1SER A; 4PJ0 Z; 1HNZ O; 1QQC A; 3FB5 C; 3FB7 C; 1XEQ A; 2WLL B; 2Q0O C; 4PA3 A; 1FXK A; 2UUB B; 5IWA O; 3FAV B; 3ABM C; 4UFZ A; 1IX9 A; 4JTD B; 2DMX A; 4GKK O; 4U3J A; 4P2Z A; 2IJH A; 3E89 A; 3SJB C; 2OCH A; 4U7O A; 4LFB B; 1KEC A; 2CTW A; 2LGQ A; 3MHH C; 4JI6 B; 1P7G A; 3K0G A; 5IDJ A; 4E2L A; 5IYZ B; 2XHB A; 3ZMU A; 3JAS B; 3OUF A; 5IJ9 A; 4NVP A; 3RYF A; 4BIO A; 4BW5 A; 2B1G A; 3BHP A; 1B3Q A; 1SC5 B; 4GYC B; 1SF9 A; 5FLX N; 5KX5 B; 2LGW A; 1LNQ A; 4GT1 A; 4YIP A; 2Y4T A; 1W0K G; 3E22 A; 4TQD A; 1KC8 W; 2ZE7 A; 1YTF B; 4O2A A; 3UT5 A; 2PI4 A; 4JI5 O; 4GLX A; 4H37 A; 1V54 C; 1UPG A; 1YTF D; 3OR7 C; 1KP3 A; 4PDL A; 2EIJ B; 3AG3 C; 1X4T A; 5FPO A; 2GHY A; 3SYO A; 4JTA B; 1Z2G A; 1P49 A; 3ZED A; 3LDE A; 4LF4 B; 2Q9L A; 2XUM A; 5KA5 A; 4B3T O; 1N4C A; 4X1Y A; 5ITZ B; 3K59 A; 2Q73 A; 4DR1 O; 1L0L H; 1M93 A; 4O4I B; 2XOK G; 3CCJ V; 1YJW V; 3FB6 C; 2GUZ A; 1NTZ H; 2LJ2 A; 5B3S C; 4Q6G A; 4EKW A; 3M7M X; 4H33 A; 4I55 A; 1HNX O; 1NTM H; 1SQB H; 4TT3 G; 2EZP A; 1Y74 A; 5B1O A; 3WFV A; 3CCS V; 1OCC B; 4MVZ A; 4FLT A; 1K92 A; 3TET A; 1FXK B; 4HBN A; 1Q6H A; 3BA9 A; 2BOB C; 1M9N A; 5EYP A; 3JD4 A; 1SRY A; 3K08 A; 1I0H A; 3TJT A; 4DRX A; 1I94 B; 1JJO A; 3JSN A; 1US6 A; 2QM8 A; 1AR5 A; 3JAT B; 4X65 O; 5CMU A; 4LF8 B; 3H9V A; 3JAR A; 5JCO C; 3ETQ A; 4B3T B; 4TUY A; 4QE7 A; 5IJ9 B; 1QLE C; 4WFG A; 2AZ0 A; 3ZMZ A; 4AQY B; 3K9S A; 5GTI Z; 4DV1 O; 4D6T H; 2QWN B; 3AK1 A; 2QA4 V; 1JFF A; 4EFB A; 2UU9 B; 2P5O A; 5KAF Z; 3CHX A; 2QDO A; 3B4S A; 3D36 A; 1YI2 V; 1J5E B; 1XHX A; 2WLM A; 1OZ0 A; 2EIJ C; 3IJ4 A; 1HR0 O; 4B3M O; 4QGP A; 1G8M A; 2BOC C; 2UXB B; 3HKB A; 1SQX H; 2Q0A A; 2F93 B; 1O9G A; 5LA6 B; 2ZCE A; 1QLN A; 4NTW A; 3VBB A; 2HKO A; 4UCT A; 1K3E A; 3JAK A; 3J81 N; 4W4L A; 4DR6 O; 4IT5 A; 4DUZ O; 2UXD B; 2GTS A; 1G6U A; 3P32 A; 5CA0 A; 2GUZ B; 3BRC A; 1WB8 A; 2FB5 A; 4MVQ A; 1TUB A; 1SQF A; 5KMG A; 1S5J A; 1BHB A; 4KHP O; 3ZRW A; 2OTL V; 1Y66 A; 1Q82 W; 3U0Z A; 4JI4 O; 2P90 A; 2EIN C; 4JZ2 A; 3C3T A; 1OCC C; 4ASU G; 3W7X A; 5H6R A; 2AGA A; 2XAS A; 3DXR B; 1ZLZ A; 1RSO B; 2LQT A; 2ARH A; 3B8N A; 1FXK C; 3W7T A; 1BS3 A; 1NZ6 A; 2EIK B; 3HKC B; 1M56 C; 1W0J G; 3HKE A; 1PNL A; 4DUY O; 1K97 A; 3SYC A; 2GTA A; 5AG2 A; 2Q7E A; 3RWR D; 3UQ8 A; 2Y0I A; 1FAF A; 1JX9 A; 1Q43 A; 2ZIM A; 4TUY B; 2Y48 A; 3OEE G; 4H44 B; 1RPR A; 2ZKO A; 3AG7 A; 4O4L A; 3ICX A; 1JFF B; 1DLB A; 1MZF A; 4UCU A; 2UUA B; 1VQL V; 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3JD3 A; 3KCY A; 3W7W A; 3TGU H; 5E1A C; 1NS1 A; 5CB4 B; 3CYO A; 4OX9 B; 2E3C A; 4E4E A; 2P67 A; 4NR1 A; 3SJQ C; 1V9P A; 2H3O A; 3DGE A; 2WLL A; 2YIB D; 3B8M A; 4O2B B; 3FAV A; 1OJH A; 2A79 B; 3T1H O; 3HKD B; 4FMT A; 4W4K A; 2ZE5 A; 4R7C A; 1JR9 A; 1FYJ A; 1EBO A; 4N21 A; 1AI7 A; 4QE9 A; 3CC2 V; 3G4S V; 1WLE A; 5H2F Z; 2L35 A; 2W0F C; 2ZM6 B; 3WG7 B; 1XNR O; 5IYZ A; 4MW3 A; 1Q86 W; 1B6Q A; 2UXN A; 3RFR A; 1IBK B; 2EIL C; 3K3W A; 4YY3 O; 4O4H B; 1FJG O; 2ZT9 B; 3CX5 F; 4DR7 O; 2ZQM A; 1EN4 A; 3ABL B; 3AK2 A; 1PP9 H; 1VP7 A; 3JD0 A; 3QF7 A; 3JAW A; 2CDY A; 2OYQ A; 4KXR A; 3RN4 A; 1QCE A; 1PNM A; 2UUB O; 1E79 G; 5H5N A; 4OPA A; 5J2T B; 5BZB A; 4GX2 A; 3A0H Z; 4NB5 A; 1BZK A; 4WCE V; 2QWO B; 3OMA B; 3N2K B; 2E76 B; 2G38 A; 3OUS A; 2VQF B; 4WFF A; 4LFB O; 4F4L A; 3AG1 C; 1XBL A; 2KQX A; 3THO A; 2VWK A; 2R9R B; 3SYA A; 3QG5 A; 2RQ6 A; 2A7W A; 4BIU A; 3F5W C; 1OCR B; 5E79 Z; 2P6J A; 1ZSP A; 3HR0 A; 4GX5 A; 1SZT A; 4IYI A; 3ZS8 C; 3JSL A; 3CSX A; 1WPX A; 4IHJ B; 4WFE A; 5GW7 A; 5LL6 Y; 1Z5W A; 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